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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00765



RNA: CRW_00765
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((..(((..((((((((((((((((((((((......(((.(((..((...((((.....(((.((.(((((((..(((((...))))).....)))..)))))).(((...((....))..))).....)))..))))..))...((((....))))....)))))).....(((((((...(((((....))))).))))))).)))))))...(((((((......(((((...((....)).....)))))))))))).))))))))))....(((((((((((((((..((((..............(((.........)))....(((((((((((((....(((.((......)).)))....)))))))).)))))))))..))))))...((((((.((.....((((.........))))...))))))))......))))).((((((......))))))..)))).......(((..((....)).....(((((...(((..(((((((((((((.....((((((((((...((......((((........)))).......))..)))))(((((((((.((...................))....((((...((((..........))))..(((((((.((((((((((((((((((((((((((((((.............)))))))))))))..))))).(((....))))))))....)))))))))))))).......)))).)))).)))))...(((((((.........)))))))...)))))..)))))))........)))))).)))...((((((..(((....((((.....................))))..)))..)))))).))))).)))..)))))(((((((((....)))))))))))))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))((((((((((...............................................(....((((.....))))....).................(((....))).........................((((....)))).((....))......(((((((...(((((....))))).)))))))............((((((((.......)))))))).......................)))))))))).............((((((.......................................(((((((((((((....((...........)).......)))))))).)))))......))))))...((((((.((.....((((.........))))...))))))))..........((((((((......))))))))..........................................(((((((((((....(.......................((((........))))................................................................................((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((..........).)))))))))))))..)))...........)))))))....)))))))))))))).............)...........(((((((.........)))))))............))))........))))))).......((((((..(((...................................)))..))))))................((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.......)))))))(((((((((.((((((((....(((.(((................(((.......(((....(((.....)))....)))....(((....(((..(((....))).)))......)))..((...)))))...((....)).....))))))........((((...(((((....))))).)))).)).))))))....(((((........(((.....((....)).......)))..))))).))))))))).....(((.....((((((...((((..........((((((.......(((((((.(((......)))..)))))))............(.((....))).))))))....))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((((......))))))))................))....)))................(((((.(((((((...((..((((((.((((((((.....((((........)))).......((((((.(...........((.((((..((((((.(.(..((..((((......)).......))..))......((....))....).).).)))...))))))))....).))))))....)))))))).)...(((((...))))).........(....(((((((......)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...((((((..(((.....(((....(((.......)))....)))...)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))(((((((((((((((((....................................((((((...(((((...)))))...))).....)))........(((....))).(((((...........)))))...((((....))))(((....))).....(((((((...(((((....))))).))))))).)))))))...(((((((((.......))))))))(((()))).............).)))))))))).....(.......((((((..(((((((.....................)))).....(((((((((((((.(.((((.........)))).)....)))))))).))))).)))..))))))...((((((.((.....((((.........))))...))))))))..........((((((((......))))))))..)..............(....)..............(((..(((((((((((((((((.(((..(((((...........((((........))))...........))))).....................................(((....))).................((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((..........).)))))))))))))..))).....(....))))))))....))))))))))))))........))).)))).........(((((((.........)))))))..........))))))........))))))).)))...((((((..(((...................................)))..))))))................((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.....(((..(((((((((((((((((......(((.(((..........(((((.(((....((((((...(((((...)))))...))).)))(((...(((((.(((....)))..............))))).))).......))))))))...)))))).....(((((((...(((((....))))).))))))).)))))))...((((((((......((((...(((.....)))..)))))))))))).))))))))))....)))......((((((.((((..........(((((((......((((((((.(((......)))..))))))))............(((....))).)))))))...))))..))))))...((((((........((((.........)))).....)))))).)))))))))((((((((......)))))))).(((.........(((....)))......(((((...(((..(((((((((((((.(((.......)))(((((.......((((........))))...............((((((((((............................((((...((((..........))))..(((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((....)))...)))))))))))))..)))...........)))))))....)))))))))))))).......)))).))).)))))))..(((((((.........)))))))....))))).)))))))))........)))).)))...((((((..(((....((((....((((.....))))....))))..)))..)))))).)))))........)))(((((((((....)))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.......))))))).((((.(((((((((...........(((........))).(((.....((((((.(((((....(((((((((.....((((((((....(((..(((....))).)))......))).))))).((...((((....))))....)).........))))))))).(((((....))))).((((((......))).)))((((((((.......))))))))..((((((......((((........))))....))).)))))))).))))))..)))..............(((.........)))....(((((((((((((....(((.((......)).)))....)))))))).)))))...............((((((.((.....((((.........))))...))))))))......((((((((((((......))))))))....)))).)))))))))))))((((...(((((...(((..(((((((((((((((((.(((.(((((...((.((((((((((........)))).................(((.....))).)))))).))...)))))..............((((..........))))..(((((((.((((((((((((((.....(((((((((((.............))))))))))).(((((...)))))....)))))))....))))))))))))))........))).)))).((((.....))))..........(((((((...))))))).)))))))........)))))).)))...((((((..(((....((((....((((.....))))....))))..)))..)))))).))))).......)))).((((((((....)))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))((((((((((..............................................(((...((((.....))))...)))....................................................(((....)))................(((((((...(((((....))))).)))))))............(((((((.........))))))).......................)))))))))).............((((((............................((((((((....<<<<<<<<<<<))))))))....................>>>>>>>.>>>>.......))))))...((((((........((((.........)))).....))))))..........((((((((......))))))))..............((....))...................(({{{((aaaaa............................((((........))))..................................))...)).......................................((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((((.............)))))))))))))[[[)))..]]]......))))))....)))))))))))))).........................(((((((.........)))))))............AAAAA..........}}}.((.....((((((..(((...................................)))..))))))......)).........(((((((((....)))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((....((((((((..((((((..........(((........)))............((((((...(((((...)))))...))).)))............(((....))).((.................))...((((....)))).((....))......(((((((...(((((....))))).))))))).)))))).....((((((((.......))))))))........................))))))))..............((((((..((((...............(...........)......((((((((((((....(((.(........).)))....)))))))).)))).))))..))))))...((((((.((.....((((.........))))...))))))))..........((((((((......)))))))).))))).).........(....)......((((....(((..(((((((((((((..((.......)).(((((.......((((........))))................(((((((((............((........))....(((....((((..........))))..((((((.(((((((((((((((....((((((((((((.............)))))))))))).((((...)))).....)))))))....))))))))))))))........))).)))).)))))...(((((((.........)))))))....))))).)))))))........)))))).)))...((((((..(((....(........((.......))........)..)))..))))))..))))..........((((((((((....)))))))))).......
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..[[[[[[[[[[[[[...[[[[[[[[[[[[[[[[[..........(((...{{{{{)))......}}}}}.[[[[[[)))(((((...)))))...]]].]]]............(((....)))...(((...........))).....((((....))))(((....))).....(((((((...(((((....))))).))))))).]]]]]]]....((((((((.......)))))))).......................]]]]]]]]]](((....)))...((((((..((((.........................((((.....<<<<<<<<<<<<))))(((............)))....>>>>>>>>.>>>>.))))..))))))...((((((.((.....((((.........))))...))))))))..........((((((((......)))))))).]]]]].]].]]].((((....)).))..(((((...(((..(((((((((((((.(((.......)))(((((((((((.((((........))))...............aaaaaaaaaa.....))))...................((((((.((((..........))))..((((((.(((((((((((((((....(((((((((((((.(((...)))).))))))))))))(((((...)))))....)))))))....))))))))))))))....)).)))).AAAA.AAAAAA..(((((((.........))))))).)).))))).)))))))........)))))).)))...((((((..(((.....(((....((((.....))))....)))...)))..)))))).)))))..........((((((((((....))))))))))...]]].
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(.((((((((((((((((((...))))))))).................))..).)))).)).)....))))))(((((((((......)))))).......((((((((((.(..(((((((((((.((.((((((((..(((.(((((..))).......(((((((.(..(((((....(((((..))))).((((...)).))(((((((((((((((((..))...))))))).)(((.((..((((((((..((......).)..))))..))))..)))))..(((((((((((.((((((...)))))).))))))).).)))((......)))))).))))))))..).))))))).)))))((..(((................))))))))).)).).).)).)))))))))))(((.((((((((..(((.((.((((((((((.((...)))))))))...(...)(.(((.......))).)..))).))..)))((((((((((((((........((((((((((.(..(((..)))..)(((((((...)))))))......)))))(((((((((...(((..)).(((........)))...((((.((..((................((((((.((((((((..((.((((((((.(((((((((.............))))))))).))))..)).))((((..)))).....))..))))))))))))))))..)).)))))))).))))))...((((((((((..))).)))))))...))))).(..))))...(..).)))))..((.(...(((((((((((.(((........))...................).)))))))))))....).))..)))))))))))))).))))).)))))))))..)))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................((((((((((.((((((......(((...........................((((((...(((((...)))))...))).)))..................................................................))).....(((((((...(((((....))))).))))))).))))))....((((((((..............................)))))))).))))))))))....((((.....((((((.((((....).....(((((((......((((((((.(((......)))..))))))))............(((....))).)))))))...)))...))))))...((((((.((.....((((.........))))...))))))))..........((((((((......)))))))))))).........................(((((...(((..(((((((((((((..............(((((.......((((........))))................(((((((((............((........))....((((...((((..........))))..((((((..((((((((((((((....((((((((((((.............)))))))))))).((((...)))).....)))))))....))))))).)))))).......)))).)))).)))))...(((((((.........)))))))....))))).)))))))........)))))).)))...((((((..(((...................................)))..)))))).)))))...........(((((((((....)))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....((((((...((((((((.....)))))))).......(((........)))..)))).))......)))))).(((((((...........))))))).((((((((((.....((((.(((((..((..(((((((((.....((((..((((((.((.((((.....(((((((...(((((....))))).)))))))....))))))..((((((((.......))))))))....((......))..)))))).........(((((..((.....)))))))..)))).........(((((((......((((((((.(((......)))..))))))))............(((....))).)))))))..................))))))...)))..))..))))).))))(((.(((((((.(((.....((((((((((((......))))))))....)))).....(((....)))..((..(((((...(((..(((((((((((((.(((.......)))(((((.......((((........))))...............((((((((((............((........))....((((...((((..........))))..((((((.(((((((((((((((.....(((((((((((.............))))))))))).(((((...)))))....)))))))....)))))))))))))).......)))).))))).)))))..(((((((.........)))))))....))))).)))))))........)))))).)))...((((((..(((....((((....((((.....))))....))))..)))..)))))).)))))..))....)))))))))).)))...))))))))))......