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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00766



RNA: CRW_00766
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((...................((((((.((((((...(((....((((.(((....))).........(((......)))..))))..((..((.(((....)))...))..))..))).....((...((((....)))).....)).))))))..(((((((.((...((....)).)).))))))).))))))......((((((......))).)))...))))).))))..(((((...............(((.(((((....((((.....((((((...((((((....))))))............((((......))))...(((((((((((.....)))........................(((..(((((((..(((...((((.........)))).))).)))))))....))).................))))).)))..........((((....)))).........(((((.....(((.(((((........)))))..))).)))))........)))))).(((((...(((((..(((.((((((((((...(((((((((..((.(((.......((((......))))........)))))....(((((....))))).........)))....))))))(((......)))..))).)))))))....(((((.....(((....)))......))))).............))).(((..(((.....)))..)))..(((((((........)))))))...))))))))))..))))........)))))))).((((.((...(((((((...((((.........))))...)))))))...)).))))...))))).......((((.(((((....))))).))))...).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...(((((((((..((((((.(((((........(((((((...(((....((((.(((....)))....((((..........)))).))))..(((....(((....)))......)))..))).....((...((((....)))).....)).)))))))...((((((...........))))))...)))))))))))...)))))))))....))).(((((((..(((...((..((((((...............(((.(((((......((((((.....((((((((...(((((.(((.........))).(((((((....(((...))).......(((...(((((.............(((...((((((..(((((((...((....(((.........)))..))..))))))).......((((((..........))))))...........))))))...)))........(((((((((.(((((((.............(((((((...(((((........))))).....(((......)))..)))))))..(((.......)))....))))))).......))))..)))))))))).........(((....(((((....)))))....)))..))).....)))))))....)))))......(((((((.....((((....((((....)))).....))))))))).))........)))).))))..((((((((.......(((((((........))))))).)))))))).....))).)))......)))))))).((((.((...(((((((...((((.........))))...)))))))...)).))))...))))))))..)))....(((((....)))))..))))..)))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((((((......................((....))..................................((((((...(((........((...............((((....)))).....................))......)))...)))))).......)))))))..................((((((..(((.(((...............................))))))...))))))............((((((....))))))............((((......))))..(((..(((.......)))..))).....................(((..(((((((........((((.........)))).....)))))))....)))......................((...........))(((....))).....................((.....................))(((((........)))))............................................................((((......))))...........((....(((((....)))))....))......................................((((((.........))))))..........................................((((((((.......(((((((........))))))).))))))))...........................((((.((...(((((((...((((.........))))...)))))))...)).))))................(((.(((((....))))).))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((((((.....(((((......((((((......(((.(((................(((.....(((((............))).)).(((....(((....)))......)))............)))...((....))......)))))).....(((((((...((.((....)).)).))))))).)))))).....(((.((((.....((((((..((....))((((........)))).......................)))))).....))))...((((((....))))))........))).((((......)))))))))...)))).)))).))))((......................((...(((((((....(...((((.........))))...).)))))))...))................(((((.((((...........)))).))))).............)).(((..((((..........((((..((((((.(((((........)))))....((((((..(((.(((.((((.((((.....((.((((..((((((.((...((.((((((......))).......))).)).....(((((....)))))....)).).)))...)))))))).....))))...)))).))).((((((.........))))))..........)))......(((.........((..........))....))).....(((((((........))))))).......))))))....(((.......))).......))))))...((((((....((((.........))))....))))))......))))...))))....))).((((.(((((....))))).))))......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................(......(((((((.((.............((((.(((....))).........(((......)))..))))......((((((...(((.......(((..........((...((((....)))).....))..............))).....)))...))))))....)).)))))))..........(((.....((((((..(((.(((...............................))))))...)))))).....)))..(.((((((....)))))).)..........((((......)))))((((.((((.......)))).))))....................(((..(((((((..(((...((((.........)))).))).)))))))....)))..............(((((.((((...........)))).)))))......................(((.((((..........))))..))(((((........))))).((.((((........(((((((.............((((......(.............((((......))))..........(((....(((((....)))))....)))...).......)))).....))))))).......(((((((((.........)))))).................)))......................((((((((.......(((((((........))))))).))))))))))))..))(((.......)))..(...((((.((...(((((((...((((.........))))...)))))))...)).))))....)).........((((.(((((....))))).))))......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................((((........(((....[[[[))).......]]]].)))).((((....[[[.))))........]]]..........(((...[[[[[...)))..................((((((...........))))))........]]]]].......((((((.[[[[[))).))).........]]]]]((((((.((((...............((((....((((.....((((((...((((((....)))))).((((((.....((((......)))).((((.((((.......)))).))))....................(((..(((((((..(((...((((.........)))).))).)))))))....))).................)))))).............((((....)))).........(((((.....(((.(((((........)))))..))).)))))........)))))).(((((...(((((..(((.((((((((((...((((((...(((..(((.......((((......))))........)))......(((((....))))).........)))....))))))(((......)))..))).)))))))(((.(((((.....(((....)))......)))))....)))......)))(((((.(((.....))).))))).(((((((........)))))))...))))))))))..))))........)))))))).((((......(((((((...((((.........))))...)))))))......))))...))))))......((((.(((((....))))).))))......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((.((((((((((((.(((((((...(((.........(((....))).....(((((((......)))..)).)).(((.((.(((....)))...)).)))..((......))...((((....)))).....))))))))))..((((((.((...((....)).)).)))))).((((((..(((..(((.(((......(((((..(((((.(((((......((((((.........((((...((((......(((....((((((.((((((((....))))))............((((......)))).((((.((((.......)))).))))....................(((..(((((((..(((...((((.........)))).))).)))))))....)))..............(((((.((((...........)))).)))))............(((((.....(((.(((((........)))))..))).))))).....)).)))))).)))......)).))...)))).........))))))..))))).))))).(((((((((((((((..((..((...((..(((....(((((....)))))....)))...))....))....))..))).))))....)))))))).....(((((.....(((....)))......))))).(((.........)))(((((.(((.....))).))))).(((((((........)))))))....(((....))).))))).....)))))))))..))))))....(((((((...((((.........))))...)))))))......))))))))..))))..)))((((.(((((....))))).))))......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((........................(((((((.........(((................................................(((....[[[.)))]]]........................((((....)))).....)))........(((((((.((...((....)).)).))))))))))))))...................(((((..aaaa((bbbb.............................))......))))).............((((((....))))))............((((......))))..(((.(((.........))).)))..........................(((((((..((....((((.........))))..)).))))))).............................................((....))...............................................(((((........)))))...........................................BBBB..AAAA.......((((......)))).................(((((....))))).........................................(((((((((...{{....)))))..............}}.))))..............(((......<<<<<....)))..(((((((........)))))))...>>>>>.................................((...(((((((...((((.........))))...)))))))...)).................))..(((.(((((....))))).))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(..(......................(((((((.....(((.(((.........(((....))).....(((((((......)))..)).)).(((.((.(((....)))...)).)))..((......))...((((....)))).....)))))).....(((((((.((...((....)).)).))))))))))))))......(((((........)).))).(((((.(((((..((...(....................(((.....)).).....((((((.(.((((((....))))))............((((......)))).((((.((((.......)))).))))....................(((..(((((((..(((...((((.........)))).))).)))))))....)))....................................((((....))))...........(((.....(((.(((((........)))))..))).)))........).))))))..(((......))).....................))).))))).))))).....(.((((......))))..........(((....(((((....)))))....)))........(((...))).................)..((.(.............).))......((...((.....))...))........(((((.(((.....))).))))).(((((((........)))))))....................................((((.((...(((((((...((((.........))))...)))))))...)).))))..........)..).((((.(((((....))))).))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.(((((...................((((((.((((((...(((....((((.(((....))).........(((......)))..))))..((..((.(((....)))...))..))..))).....((...((((....)))).....)).))))))..(((((((.((...((....)).)).))))))).))))))......((((((......))).)))...))))).)))).((((((...............(((.(((((....((((.....((((((...((((((....)))))).((((((.....((((......)))).((((.((((.......)))).))))....................(((..(((((((..(((...((((.........)))).))).)))))))....))).................)))))).............((((....)))).........(((((.....(((.(((((........)))))..))).)))))........)))))).(((((...(((((((((((..((((((..............((((.((........((((......)))).......)))).))...(((((....))))).....)).)))).))))))....((((.(((((........((((.......((((.....(((....)))......)))))))).........(((.((((..(((.....)))..))))...)))........))))).))))..))))))))))..))))........)))))))).((((.((...(((((((...((((.........))))...)))))))...)).))))...))))))......((((.(((((....))))).))))......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((......................((((((((((..(((.(((.........(((....))).....(((((((......)))..)).)).(((....(((....)))......)))...............((((....)))).....)))))))))..(((((((..................))))))))))))))......(((((........)).))).(((((.(((((.((<<<<<((((................[[[[.............((((((...((((((....))))))............((((......)))).((((.((((.......)))).))))....................(((..(((((((..(((...((((.........)))).))).)))))))....)))..............aaaaa.aaaaaa..........((((....))))..............aaaaa(((.(((((........)))))..)))..............))))))..(((......))).................))))..))))))).))))).......((((..ccc.)))).................(((((....))))).....AAAAA.....(((...)))..CCCAAAAAA...AAAAA.(((((({{{......))))))}}}.(((((.............)))).).....(((((.(((bbbbb))).))))).(((((((........)))))))....BBBBB..................]]]].....((((......(((((((...((((.........))))...)))))))......))))...>>>>>..)))).((((.(((((....))))).))))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.(((((...................((((((.((((((...(((....((((.(((....))).........(((......)))..))))..((..((.(((....)))...))..))..))).....((...((((....)))).....)).))))))..(((((((.((...((....)).)).))))))).))))))......((((((......))).)))...))))).)))).((((((...............(((.(((((....((((......(((((((.((((((....))))))............((((......)))).((((.((((.......)))).))))........((((((......(((..(((((((..(((...((((.........)))).))).)))))))....)))..................(((((.((..........((((....)))).....(((.(((....((((((.............(((((((...(((((........))))).....(((......)))..)))))))..(((.......)))....))))))...((((((((((((((...(....).....((((((...(((((....)))))....(....)......)))).)).....))))))....)))))))).....(((((.....(((....)))......))))).))).)))....(((.((((..(((.....)))..))))...)))))...)))))..))))))..))))))).....))))........)))))))).((((.((...(((((((...((((.........))))...)))))))...)).))))...))))))......((((.(((((....))))).))))......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.....((.......)).((.......(((..))..(..)....)(((.((((....))).)).)).((.((......))...)))).(((..........))).))))))(.((((((......)...(((((((..)))....((((..(((((((..))).))((((......((((...(((((.(........))))))...)))).((((((((.((..((((((((.((((((((.((.................(((.(((((.(((((..((((((.((((((((....)))))))((.((....(((((((.(((((..(.(((((((((.......))))))))))..)))))))..((((.(((...).))(((((.(..(.(.((((.(((..))))))).).))))))).))))...(((((((..........)))))).).(((....((..((((..........).)))..))...)))..(((......).))((......))).)))).....)).)).)))))))..)).....(..).)))))))))))...)).))).)))))))).((.(.(.(..(.(((((.(...)))))))..))))).(((.((((((((....))))).)))))).)))))....))))((((((..))))))))))))((((((((...........)))).((......))(..).).)))))))....(((((.(((((.((((..))))))))).)..)))).(((....)))))))))((......))..).))).(..).((((((((((.(.((((((((((((((((((((((((((..)).)))))))))))))))))))).))))((......))(((...)))..)))))).)))))..))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.(((((...................(((((((................((((.(((....)))..........((......))...))))..((..((.(((....)))...))..))...............((((....))))................(((((((.((...((....)).)).))))))))))))))......(((((........)).)))...))))).)))).((((((...............(((.(((((....((((..........................................(((........)))...................................................(((((((........((((.........)))).....))))))).................................................................................................................................................................................................................(((((....))))).........................................((((........(((.....(((....)))......))).)))).......................(((((..........((((((........))))))....))))).......))))........))))))))......((...(((((((...((((.........))))...)))))))...))........))))))......((((.(((((....))))).))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..((((...................(((((((((((((...(((....((((.(((....))).........(((......)))..))))..((..((.(((....)))...))..))..))).....((...((((....)))).....)).))))))).(((((((.((...((....)).)).))))))).))))))......((((((......))).)))...))))..)))).((((((...............(((.(((((....((((.....((((((..((((.(((((((.(((........))).))).))))..((((..((((.((((.......)))).)))).................((((((..(((((((..(((...((((.........)))).))).))))))).......((((((..........))))))...........)))))).....))))..........))))..((((((.(((((........)))))..))).)))..........)))))).(((((...(((((.....(..((.....((((((((((.(((((..(((.......((((......))))........))).((..((.((..(((..((......))..)))..)).))..))......))))).......((((.......((((.....(((....)))......))))))))......))))).))))).....))..)..........(((((((........)))))))...))))))))))..))))........)))))))).((((.((...(((((((...((((.........))))...)))))))...)).))))...))))))......((((.(((((....))))).))))......