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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00768



RNA: CRW_00768
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.(((..(((((((((((((((.(((((((((((((((.(((....((((.......((((...(((((((((..................))))..))))).((((..((((....)))).((.......))...)))).....))))......))))...)))))).......(((((((.........))))))).)))))).))))))...(((((((......(((((...((....)).....)))))))))))).))))))))))...(((((.....((((.((((((......................)))))).((((((((.....((...(((....)))..))....(((....(((.(((((....((((...))))..(((..((((((...((...((((.........))))...))))))))...........((((((.........)))))))))..))))))))..)))..))))))))..))))....(((..(((((((((((((...(((.((((((((((((((..((...((........))....)).((.(((((((.(((((((((.((...................))...((((...))))...))).))).)))..(((..((((...........))))....))).........)))))))))...))))))))....)))))).((((..((.((((((..........(((((((...)))))))..........)).))))))..))))...(((((((((...)))))..))))...)))..)))))))........)))))).)))...((((((..((......(((...(((..((((....))))..)))..))).......))..))))))....)))))...)))))(((((((((....)))))))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.........))))(((((((.......(((..((((................................(((((....(((.....)))....))).))((((....(((..((((....)))).)))......))))............(((....)))............................(((....))).....))))...)))(((..((((((((.........))).((....))............)))))..))))))))))...........................(((((...((((((((.....((((((.(((......)))..))))))......................)))))))).)))))...............((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((.........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((.(((((((((((((...(((....))).((((................................((((((((((..................................(((.....)))....................................................))).)))))))........).........................(((..............(((((((.......))))))).......)))..........(((((((.........)))))))......))).))))))))........))))).......((((((..(((.....(((...(((..((((....))))..)))..)))......)))..))))))...)))).........((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.......)))))))(((((((((.(((((((((...(((.(((................(((.....(((((....(((.....)))....))).))((((....(((..((((....)))).)))......))))........)))...((....)).....)))))).......(..((...(((((....))))).)).)))).))))))...(((((........(((.....((....)).......)))..))))).)))))))))......(((.......((((...(((...(((((.......((......((((((..(((......)))...))))))......))....(.((....))).......))))))))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))...........((((((.........))))))..))).(((.......(((....))).....)))........(((((.((((((((...((.((((((.((((((((((..................(.......)(((((((...........((.((((..((((((.(.(........((.....))..((....)).......................).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((......))))....(((..........((((((.....)))))).........)))....))))).....(((((((.........)))))))......))..))))))))))).))....(..((.(...((((((..(((.....((....(((................)))...))......)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))(((((((((((.((((((((((((...............................(((((....(((.....)))....))).))((((....(((..(((((()))))).)))......))))((((..((....(((....))).....))))))................((((....))))...)))))).))))))...(((((((((.......)))(.((....)))..........)))))).)))))))))))((((..........))))...(((...(((((...((((((((....(((((((.(((......)))..))))))).....................)))))))).))))))))............((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((.........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((((((((((((((((...((((())))).((((((((..............(((.......(((.((((((((((..............(((((...............(((.....))).....................((((...........))))....)))))...))).)))))))).))....))).........(...(((((....(((((.............(((((((.......)))))))....)..))))))))).)..(((((((.((...)).))))))))))).)))).))))))))........))))).......((((((..(((.....(((...(((..((((....))))..)))..)))......)))..))))))..))))).........((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.......)))))))........................................((((((((((..((((((....(((.....)))....))).)))............((((....))))..)))))........[[[[[[...........)))))(((....))).......]]]]]]..(((((....))))).........(((((((..((((((((......((((...(((..[[[)))..))))))))))))..)))))))........]]]......((((...(((...(((((...(((((((.....(((((((.(((......)))..)))))))...........(((.....)))))))))).))))))))....))))....((((((......[[[[[[..(((........)))..)))))).......]]]]]].(((.................(((.((((......(((....)))....))))....((((((((((((((((((...(((....))).((((((((.....(((.(((.......)))......(((((((..(((.....)))...((((((...............((((...)))).....................((((...........))))....))))))......))))))).......)))(((((...((((......)))).((((..............(((((((.......))))))).......))))...))))).(((((((.........))))))))))).)))).)))))))))............)))....((((((..(((.....(((...(((..((((....))))..)))..)))......)))..)))))).)))))).......)))(((((((((....))))))))).)))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((..(((((((((((((((.((((((((((((.....((((((((((.(((....))))))..(((((....(((.....)))....))).)).(((....(((..((((....)))).)))......))).))))).))....(((....))).(((....))).......(((((((.........))))))).)))))).))))))...(((((((......(((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))))...))).......(((....(((...(((((...((((((((....(((((((.(((......)))..))))))).....................)))))))).))))))))...)))(((((.((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.........))))))).....((((......(((....)))....))))....(((..(((((((((((((...(((.((((((((((((((.......((........))......((..(((((((.((((((((..((.........((........))...((((...)))).))..)))).)))).......(((((........).))))....(((...)))...)))))))..)).))))))))....)))))).((((.....((((((..........(((((((...)))))))..........)).))))....)))).(((((((.((...)).))))))).....)))..)))))))........)))))).)))...((((((..(((.....(((...(((..((((....))))..)))..)))......)))..))))))....))))).........((((((((....)))))))).))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((...........((((((((((<<<((((((((((................................((((.....(((.....))).....)).)).............((((....))))..bbb...bbbbb.............(((....)))...........................((((....))))....))))).)))))....((((((((..............................))))))))..))))))))))....BBBBB...BBB.....>>>.............aaaaaa)))))).(((({{(((cc....)))...))))........................AAAAAA......................((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((.........)))))))................((.CC.))}}................(((((((((((((.............(((((((..............................(((((((.....................................(((.....))).....................((((...........))))................)))))))......))))))).....................................(([[[[[[.....))]]]]]].....................(((((((.........)))))))..........)))))))))........)))).......((((((..(((.....(((...(((..((((....))))..)))..)))......)))..)))))).................(((((((((....)))))))))........
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.(((..)))))))))...((.((((((((((((((((((..))((((((((......((.(((((((((((((((((((..........))))))))..))))).......(((((..))))).))))))))((.(((((((((((.(.(((((..))).(((....)))).))).))))))).)).).))))))))))..)))))).)))))).))(((.((((.............)))))).)((((.((.((((((((..)))))))...(((((..(......))))))((..))..(((((...((((((((.((((((..)))(((.(((.....(.((..)))..))))))(.......)))).)))))))).)))))..(((..)))((..))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))).).))))))(((((((((.(......))))))..((((.(((.(((((..(.(((......))))..))))).)))))))((((((((((..((((..)))).((((((((.(((...(((((((((......).((..((((((((((((((..................(.((((.......((((..)))).((.(((........))).))(((((........)).))).)))).))))).))).)))))))..))((((((...))))))((..))...))))))))....)))....))))(((((((.......)))))))..((((...))))(..)...((((((((((...)))))))))).....))))))))))))))...(((((((((((.....(((((((((((...(.(((....((.(.((........)))))...))).)....))))))))))).(((.............))).....))))))))))).)))))).)).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((..(((........................................................(((((....(((.....)))....))).)).............((((....))))..........................((......))..........................(((((....)))))..................((((((((..............................))))))))...............................................(((((((.....(((((((.(((......)))..)))))))...............(....).)))))))......................((((................................))))............((((((.........))))))......((((......(((....)))....))))............(.((((((((...(((....))).(((.((((........................((..(((((((.....................................((((...))))..(....).............(((.(........)..)))................)))))))..))................(........)....(((.............(((((.....)))))..............)))............((...(((.....))).))..))))..))).)))))))).........)..........((((((..(((.....(((...(((..((((....))))..)))..)))......)))..))))))..............)))(((((((((....)))))))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((...(((((((((((((((.((((((((((((.....((..((((((.(((....))))).)))).......(((((............((((((((....(((..((((....)))).)))......)))).)))).((....(((....))).....)).))))).........))..(((((....)))))..)))))).))))))...(((((..(.....(((((........))))).......)..))))).))))))))))))...))).......(((....(((...(((((...(((((((.....(((((((.(((......)))..)))))))..............((....))))))))).))))))))...)))..))).((((((........((((.........)))).....))))))..))))))..(((((((.........))))))).(((.((((......(((....)))....))))....(((((((((.((((((((...(((....))).((((((((....((...((((((((.......((..(((((((..(((.....)))...((((((..........((...(((.....))).((....))..))........(((((........).))))....))))))......)))))))..))..(((((.......((((......))))....)))))..........(((((((.......)))))))....)).)).))))...)).(((((((..(...)..))))))))))).)))).))))))))))).................((((((..(((.....(((...(((..((((....))))..)))..)))......)))..)))))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))........