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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00769



RNA: CRW_00769
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((..((((((.........((((((((((((((....((((((.(((..((((..((......(((...((((((((..((((.......))))....))..))))))....)))........))..)))).(((..................)))......)))))).)))......((...(((((....))))).)).)))))).......((((((.......(((((...((((.....))))..))))).)))))))))))))).(((.(((((.....(((((((...((((.........((((((...((((((....)))))).....(((((.........)))))...............))))))..........((((....(((...((((((...((...((((.........))))...)))))))))))....))))..))))...(((..((((..((((....((((.....((((....))))...))))...))))))))..((((((((((.((..(((((((.((.(((((.((((..(((....((((((.....((.(((((((..((((((...((((.......(((..(((..(((((((((....)))........))))))...))))))...............))))...))))..))....)))))))))...))))))....)))))))(((((...)))))..))))).)).))...........(((....)))..)))))...(((((((((.........))))))))).....)).)))))))))))))...))))))).....((((((((((((....((......................))..))))).)))))))...)))))....(((((...)))))...))).....))))))..))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................((((..((((.......)))).)))).((((((.((.(((..........)))..)).)))).))..............................................((((....))))..................((((((.......((((((((.((....)).)))..))))).)))))).......................................................((((((....)))))).....(((((.........))))).......(....)...........................((...((((((...((...((((.........))))...)))))))))).........(((((............)))))((....((((.....((((....))))...))))...))...((((((.((((((((.((....................((((...........)))).......(((((((..((((((.(.((((..........(.(((..(((((((((....)))........))))))....((((.....))))..))).))))).).))))..))....))))))).....................(((((.....)))))...........................................(((((((((.........))))))))).....)).))))))))(((.......))))))))).((((((((((((................................)))).))))))))(((((.......((((.....)))).......))))).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((..............................(((.(((..((....))......(((.....((((((..((((.......)))).)))).)).(((....(((..........))).....)))..((...)))))................)))))).......(..((...(((((....))))).)).)....(((.....(((((........(((((....((....))......))))).((((((((..(.(......(((((.....((((...............................))))....))))).....))..))))).)))....)))))..(((....))).......................)))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((............)))))).....(((......((((....))))....)))...)))))(((((.(((((((((.((.((....(.(((((((((....(.((........)).)........(((((((...........((.((((..((((((.((...(((((((((....)))........))))))....((((.....))))...)).).)))...))))))))....)))))))...).)))))))).)...(((((...)))))..................................)).))..........((((((((.........)))))))).........)))))))))))).))....(..((.(..((((((((((((................................)))).))))))))...).))...).((((.....))))...)))).)))..........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((....)))..........................................................((((..((((.......)))).)))).((((((.((.(((..........)))..)).)))).))...........(....).................((((((......((((....))))........))))))....((((((.......((((((((.((....)).)))..))))).)))))).((((......))))...((....(..............................((((((....)))))))..))(((((.........))))).....(((....)))................((((....(((...((((((...((.(.((((.........)))).).)))))))))))....))))(((((............)))))((....((((.....((((....))))...))))...))...((((((.((((((((.((..(....((((((((((.()((((.(.......).))))...(((.(((((((..((((((.(.((((..........(.(((..(((((((((....)))........))))))....((((.....))))..))).))))).).))))..))....)))))))).)).)))))))).(((.((((((((.....))))).))).)))..)).................).........(...(((((((((.........)))))))))..)..)).))))))))(((.......))))))))).((((((((((((................................)))).))))))))(((((.((....((((.....)))).....))))))).........
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((..((((((((....((.((((((((.............(((.(((.....(((........(((.....((((((..((((.......)))).)))).)).(((.((.(((..........)))..)).)))..((...)))))........))).....))))))...((((((((....(((((....)))))......))))))))....(((((.......(((((...((((.....))))..))))).))))).)))))))).))...)))......((((.(((((((.............((((...((((((....)))))).....)))).((((.((.....)))))).(((....))).)))))))..))))..((((....(((...((((((...((...((((.........))))...)))))))))))....))))....................((((....((((.....((((....))))...))))...)))).((((((.(((((((((((((((..(((((((((((...((((.(........)))))...((..(((((((..((.......((.(((((..((((..(((..(((((((((....)))........))))))....((((.....))))..)))...)).))..)))))))))..)))))))..)).)))))))).(((.(((((((((...)))))).))).)))...(((......))))))..))).)).........(((((((((.........))))))))).....)).))))))))(((.......)))))))))..(((((((((((....((......................))..)))).))))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))))))))..))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((((((.............................................((((((..((((.......)))).)))).)).(((.((.(((..........)))..)).)))..................................................((((....))))..................((((((.......(((((..................))))).)))))).)))))))...............((((((..........................((((((....)))))).....(((((.........))))).....(((....)))............))))))......(((...((((((...((...((((.........))))...))))))))))).......((((((............)))))).....((((.....((((....))))...))))........((((((.((((((((............(((((((....((((...........)))).......(((((((..((((((...((((............((...(((((((((....)))........))))))....((((.....))))...))..))))...))))..))....)))))))......)))))))........(((((.....)))))............................................((((((((.........)))))))).........))))))))(((.......))))))))).((((((((((((....((......................))..)))).))))))))(((((.......((((.....)))).......))))).........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((..((((((.........(((((((..............(((.(((.......(((......))).....((((((..((((.......)))).)))).)).(((.((.(((..........)))..)).)))............................))))))...((((((((....(((((....)))))......))))))))...((((((.......(((((...((((.....))))..))))).)))))).))))))).......((((....((((.(((((((....................((((((....)))))).....(((((.........))))).....(((....))).)))))))..))))...(((....(((...((((((........((((.........)))).....)))))))))....)))((((((............)))))))))).((((.....((((....))))...))))...)....((((((.((((((((((...........(((((((...((((.(........)))))...((..(((((((...........((((((((....((..(((..(((((((((....)))........))))))....((((.....))))..)))...)).....)))))).))..)))))))..)).)))))))..(((.(((((((((...)))))).))).)))...(((......)))(.(....).)..........(((((((((.........))))))))).....)).))))))))(((.......))))))))).((((((((((((....((......................))..)))).))))))))(((((.(((...(((((...)))))....)))))))))))))..))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..(((((.((........)).((((................(((........)))((((...........((((..((((.......)))).)))).(((((((((.(((..........)))..(((.(((((..((((..(((((..............((((.....))))..(((.(((((....))))).....((.((((((((.((((((.......(((((...((((.....))))..))))).))))))..))))))))))...))).....)))))...........................((((((....)))))).....))))))))).)))...(((.....(((....)))................((((....(((...((((((........((((.........)))).....)))))))))....)))).......))).......)))))))))..)))).....))))..................))))).....(((((((((((((((((.(((..((.(((((..(((.((........))))).......(((.((((..((((..((((((((((..((((..(((..(((((((((....)))........))))))....((((.....))))..)))...)).))..)))))).)).))..))))..)))).)))........(((((...)))))......))))).))..(((......))))))..))).)).........(((((((((.........))))))))).....)).)))))))))).........))).......(((((((((((....((......................))..))))).)))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((..........((((((((........(((([[[[.[[[))))...(((......))).....((((((..((((.......)))).)))).))((((....(((..........))).....))))...........................]]]]]].].((((((((.(..(((((....))))).....)))))))))...((((((.......(((((...((((.....))))..))))).)))))))))))))).......((((....((((.(((((((....................((((((....)))))).....(((((<<<<.....)))))>>>>.(((....))).)))))))..))))...(((....(((...((((((........((((..{{{....))))}}}..)))))))))....)))((((((............)))))))))).((((.....((((....))))...))))........((((((.((((((((((..(((.....((((((((...((((.(........)))))...(((.(((((((.............((((((..((((..(((..(((((((((....)))........))))))....((((.....))))..)))...)).))..)))))).....)))))))).)).)))))))).(((.(((((((((...)))))).))).)))...(((......))).....)))............(((((((((.........))))))))).....)).))))))))((((....).))))))))).((((((((((((................................)))).))))))))(((((.(((.(.(((((...)))))...))))))))))))))....
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((........).)))))...(((((.(((((((..((..((..))((..((..(((......)))))..)).(((.....(.(((....))))..)))))(((((.((((((..........)))).)).)))).).((((((.(((.(((..))...((......)).(((..))).......))))).).))))...)))))))((((((..(((...(((((((((...).))....(........)((..))..)((.((((.(...)))))))((((.(((((((((((((..(..(((((........)))))..)))))))))(((..(..((......))..)))))))))..))))(((..))))))))....)))(((((((((....)).))((((((((((.(((((.(((((......)))).)))))).))))))))))((((((.(.........)))))))...)))))..(((((...))))).)))))).((...))).)))).(((((((((((.((((((((((.......))))))...(((.((.((((.(((((.((..(((((((((((((((.(((((((..(..(((((.((...((((((.((....(...)...).)))))))....)).).)..).).)..)..).))))).))))).).)).).)))))))..))((((((...))))))(((((((.....))))).)).(..)((.(((..)).).)).))))))).)).)))))..(((((((((.(((..)))..)))))))))))..)).))))))))((((.......)..)))(((.(((((((((((..((((..(.(((.((..)).))).)..))))))))).))))))((((((.(((((((((((...)))))).))))))))))))))..)))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................((((..((((.......)))).))))...........(((..........))).......................................((((..........(((.(((((....)))))........((((((((.((((((.......(((((....(((.....)))...))))).))))))..)))))))).....))).....(((((((...((((.........((((((...((((((....)))))).....(((((.........))))).....(((....)))))))))..........((((....(((...((((((........((((.........)))).....)))))))))....))))..))))..............((((....((((.....((((....))))...))))...))))......((((((((((.................................................(((((((.............((((((....((..(((..(((((((((....)))........))))))....((((.....))))..)))...)).....)))))).....)))))))...............................................................................(((((((((.........)))))))))........))))))))))......))))))).)))).(((((((((((....((......................))..))))).)))))).............(((((...))))).....................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..(((((.((........)).((((................(((........)))((((...........((((..((((.......)))).)))).(((((((((.(((..........)))..(((.(((((..((((..(((((..............((((.....))))..(((.(((((....))))).......(((((((((.((((((.......(((((...((((.....))))..))))).))))))..)))))))))....))).....)))))...........................((((((....)))))).....))))))))).)))...(((.....(((....)))................((((....(((...((((((........((((.........)))).....)))))))))....)))).......))).......)))))))))..)))).....))))..................))))).....((((((((((.....((((((.......))))))..(((.....((((.(((((.....(((.((((..((((..((((((((((..((((..(((..(((((((((....)))........))))))....((((.....))))..)))...)).))..)))))).)).))..))))..)))).)))....(((.(((((((((...)))))).))).)))................))))))).)).........(((((((((.........)))))))))....))).)))))))))).........))).......(((((((((((....((......................))..)))).))))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))).........