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AUAUAAUAAAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAAUGAACGCUAGUGGUUAGCUUAACACAUGCAAGCUAAAAUUUUUUAUUAGUUAUAAAAUUAGUAGCGAACGGGUGAGUAAUGCAUAAAAAUUAACCUUAAAAAAUUGUUAAAUACAUUUAAAAUUAAAUUGUUUUAAGAAAAGUUUAUGUAAGAUUAAGUUGUUGGUAAUUUAAUAGAGUACCAAGCUUACGAUCUUUAGUUGGUCUAUGAGGAUGAACAGCCACAUUGGAACUGAGAUACGGUCCAAACUUAAUUAAAAGGCAGCAGUGAGGAAUAUUGGGCAAUGGGUGAAAGCUUGACCCAGCUAAACCACAAGUGUGAUGAAAGUAAAAUACUUUAAAACACUUUUUUAAAAUAAAUAAUGAUUUUAAUAAAAUAGUCCUGGCUAAUUUCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAAACGGGAAGGGCAAGCGUUAUUCGGAUUAAUUGGGCGUAAAGAAUACGUAAGUUGAAAAUCCAAUUUUAAGAUAAAUUUUAAAGUUUAUUUUUAAUUAAUUUAAAAAAUUAAUUUUCUAGAGUUUAAAGAGAAGAUUAUAGAAUUUUAAGUGUAACGGUAAAAUGUUUUGAUACUUAAAAGAAUUUCAACAGCGAAAGCAGUAAUCUAAAAUAAAACUGACACUGAGGUAUUAAAGUGUGGGUAGCGAAAGGGAUUAGAUACCCUGUAGUCCACACCCUGACGAUAAGUGUUCAUUUUGGAGAUUCAGAAAUGUAGCUAACGUGUUAAACACUUCGCCUGGGAACUACGAUUGCAAAAUUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACUUACACAAGCAGUGGAGCAUGUGGUUUAAAUCGACAAUCCGCGCAAAAUCUUACCAAUUUUUGUAUAAUUAUAAUUAAUUACAGGUGUUGCAUGGCUGUCGUCAGUCCGUGCUGUGAAGCGUUUGGUUCAUUCCAAUAAACGGACGAAACUCUUAUAUAUUUUUGAAUAUAAACUGCUAAAGAUAUCUUGGAGGAAGGUAAGAAUGACGUCAAGUCCUCAUGACCCUAAUAAAUUGGGCUACUUUCAUGUGCUACAAUAAUUUUUUCAAAAAGUAGCAAAAACGUGAGUUUUAGCAAACCUUUUAAACAAAAUUAUAUUCGGAUUAUUUUCUGAAAUUCGAAAAUAUGAAGUUGGAAUUGCUAGUAAUCGUAAAUUAGAAUGUUACGGUGAAUUUGUUCUUAAGUCUUGUACACACCGCCCGUCACGCUAUGGAAAUUCUUUUUGCUUGAAAAAUGUUUAACAAUUUUAUAGUAAAAGAAAAACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAAAAUAAUUAAAUAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...........(((((...[[[.))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..(((.((((((.....))))))..))))))......(((......((((((((.((...(((((((.(((((((((....)))))))))......)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......(((.....))).....)))).(..(((((............)))))...)...(((((......(((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...((((((((((.....(((((((((.....(((((.....)))))...))))))))).....))))))...((((((......(((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....))))))))))....)).))))..))))...))))....(((((((...(...((((........))))...)))))))).........((((((..((((((((...))))))))...((....)).....)))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((((....))))))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))...)))))).....(((((((((((....)))))).....(((((.....))))).......)))))....)))).)))...))))))))....)))))))...))...)))))))))....(((((((.....(((.....(((((....)))))........)))....))))))).....((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((...((((((((((((((((((.(((..((((((((...))))))))..)))))))))))))))))))))....))..))....((((((((((....))))))))))..................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(........(((((.......)))))...((((((.(((((..(((((((.........)))))))..((((((((....(((((((((.((((((.(((((((.((..((((......((((..(((((....(((.....))))))))..)))).....((((((((((((((((((((.(((......((((((.((.....)).))))))..(((((((..(((((.((((.((((((((..(((((((..(((((.(((.....)))))))).............(((((.((((((....(((.((..(((((.((...)).)))))..(((((((((.((((....((((((...))))))...))))....(((((((........)))))))......((((((.(.(((((((.((((.....((.((......))))...))))...((...(((......(((((((.....(((((((.(((((.......((((((((((....))))))))))..(((((((.....)))))))......(((((.((((((.......(((((((....((((((((((((((......))))...))))))))))...........((....)).)))))))....(((((..((((((......(((..(((((((..((...((((........))))))..)))))))..))).....))))))..))))).)))))))))))..))))).)))))))........)))))))......)))..))................))))))).).))))))..(((.....))).....)))))))))............)).)))..)))))).....((((((..((((....)))))))))).))))).)))))))((((((((((((((....)))..((((......))))...))))))....((((...(((((((((............)))))))))...))))...........)))))....)))))))))))).............(((.((((((((......((((((((....(((((..((.(((((....))))).))....)))))....)))))))).((((((......))))))........)))))))).)))....)))))..))))))).....))).)))).)))))))).))))))))...))))...)))))))))..))))))..((((..(((((....)))))..))))...)))))))))))))))))...))))).))....)))).......((((((((((....))))))))))................)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((..(((((((.........(((((..(((((((.........)))))))..((((((((....(((((((((.((((((..((((((.(((((...((((..(((((...........))))).....))))........((((((.((((..(((((((..((((((((((..((((((.(((....)))))))))))))..)))))).....((((.((((((((..(((((((..(((((............))))).............((((((....(((...((((....(((((.........)))))..(((((((((.(((((..((((((...............))))))(((((((........)))))))......((((((...(((((((.((((.....(((........)))....)))).((.....(((......(((((((...((..(((((...(((((..(((((....((((((((((....))))))))))...(((((((((((...(((((((((...........))))))))).....)))))))).))).(((....((((((((((((........................)))).)).))))))..)))((((((((((.......((((((...((...((((........))))...)))))))))))..)....))))))....)))))..)))))..))))).))...((((...))))..)))))))......)))..))................)))))))...)))))))))))..((......)).)))))))))..))))...)))..((((((..........)))))).((((((....))))))....)))))).)))))))((((((((((((((....)))..((((......))))...))))))....((((...(((((((((............)))))))))...))))...........)))))....))))))))))))...)))))))..((((..((((((((((((.................)))))....)))))))...)))).....)))))))))).))))).((((((((.........)))))))).(((.((....(((((........(((((((.........)))))))......)))))....)).)))......))))))...))))))..((((..(((((....)))))..))))...)))))))))))))))))...)))))..))).))))........((((((((((....)))))))))).......))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((((...........................(((((((((....)))))))))...............((((((((..(((((...........)))))................................))))))))...........................................................................(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))...)))))).................................................................(((((......((((((..................)))))))))))........................................................................................................................(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................((((((((.........................)))))))).........(((((((..((((((....)))))).................)))))))..................................................................(((((((((..................((((((..........))))))........................................((((((.............................))))))..........((((((....)))))).........................................................................)))))))))...((((((((..............(((((....)))))................))))))))........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))..................................................((((((((.......................))))))))...........................((((((((((....)))))))))).................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((....(((....)...)).....)))))................(((((((.((...(((((((.((((.......)))).............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((...)))).....)))).....(...................).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((.(.....((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...(((((((.(...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((........))))...)))))))).........(((((((.(((((((((.)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(..((....))..)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))....))))))..........(((((......)))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))).....)))))....)))))))........)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((.(.(((((....(.(((.....)).).)...))))).)))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......((((..(((((.(((((((((....(((......(((......(((((....)...)))).....)))...............(((((((..((...(((((((.((((.......)))).............)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((...)))).....)))).(((((...................)))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...((((((((((((..(((((((.(.....((((((.....))))))...))))))))...))))))))...(((((((.(...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((........))))))..))))))).........(((((((.(((((((((.)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((....(((((((.(((...((((........)))).)))....(((((((........(((....))).....((.(((...((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))....))))))......(((.(((((......))))).....(((((.....)))))........)))...)))).)..))))....)))))....))))))).........))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....(((..(((((((........))))))).....)))....))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((.(((((((....(.(((.....)).).)...)))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).................(((((((.........)))))))........................((((((.(((((((......((((((........(((((((.............................)))))))......)))))).((((.((((..((((((...........))))))))))...))))......((((.((((((((............(((..............)))..................................((..(((((.........)))))))........((((((....((((((...))))))...))))))..(((((((........)))))))...........((((.........))))((....)).....................................(((((((.....)))))....................(((((((((....)))))))))...(((((((.....)))))))(((((...........))))).........((((((((((.................)))))))))).........(.((....)).).................((((((...........((((((((.((...((((........)))))).))))))))..........)))))).............................................))...................................((((((..........(..((......))..).....................(((.................((..(((((....)))))))......))).....((....))(((((((((....)))...(((......)))....))))))............(((((..................)))))......................))))))))))))))))))((........))....................(((((((.....((((..((.(((((....))))).))....)))).....)))))))(.((((((((.........)))))))).).......................(((((...........)))))............................)))))))..)))))).....(((((((.(((....(((((.....).))))...)))))))))).........................((((((((((....)))))))))).................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).((((.(((((..(((((((((....(((.(((..((((.((((((...........))))))..))))......(((.....(((((((...((...(((((((((((....................)))).)))))))..))..))))))).....((((..((((((.((.....)).))))))))))..........((((((((....))))...))))))).(((((............)))))................)))))).......(.(((...(((((....))))).))))))).))))))((((((....((((((...))))))...))))))...............................(((((......(((((.....((....)).......))))))))))..))))))))).....(((((((..........((....))......)))))))..((((((((........)))))))).(((((((.......)))))))((((.(((((........((((((.....((((((((...(((......)))......))))))))...........((....))..))))))............................((((((...((...((((........))))...))))))))((((.....(((((((((((((.........))))))..((....))....)))))))....))))....................)))))...)))).(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((......((........))..........(((((((.....((((((....)))))).(((.((((..((((((.((...(((((((((....)))).((((......))))....)))))....((((.(.((((((..................)))))).).))))..............)).).)))...)))))))))...)))))))...))...)))))))).).((((((((....(((((.....(((((....))))).......)))))....))))))))...(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(.((((.(((...(((((((.......(((((........))))).....)))))))...))).))))..).))...)....((((((((((....))))))))))..((((........)))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).................(((((((.........)))))))..(..((((.......)))))...((((((.(((((((.(....(((((((.......(((((((((((....(......)........)))).))))))).....)))))))((((((((((..((((((.((.....)).))))))))))..)))))).....((((.((((((((...........(((((.(((.....))))))))...............................((((..(((((...(())..))))))))....)..((((((....((((((...))))))...))))))(.(((((((........))))))).).....(((((.......((((((((.((....)))))...))))).)))))...................((((((.....(((((((.((((((((..........(((((((((((()))))))))))).((((((((.....))))))))(((((.(((((.......))))).)))))((((((((((((((......))))...))))))))))...)))))((.((....)).)).(((((.....(((..((((((......((...((((((((.((...((((........)))))).))))))))...)).....))))))..)))))..)))...........))).)))))))........))))))..................................((((((....((((((((.((......)).))))((....)).......(((.((((.(((...........(((..(((((....))))))))))).)))).))).((....))(((((((((....)))..((((......))))...))))))....((((...((((((((..............))))))))...)))).....)))).....))))))))))))))))))((((....)))).....................((((((....((((((.((.(((((....))))).))..).)))))....))))))((.((((((((.........)))))))).)).....................(((((((.........)))))))..........................))))))))..)))))).(...(((((((.(((...((((((.....).)))))..))))))))))...).....................((((((((((....)))))))))).................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..........((.((((...)))).)).........................((((((..((...(((((((.(.(((...()))))......(())....)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((...)))).)...))))....(((((...(((.))..)))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....)))))).))).))))))..)))))))))...((((((.((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((...(...((((........))))...)))))))).........(((((((.((((((((..)))))).))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((....(((.(((....))).)))(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))...)))))).....(((((((((((....))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...))...)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....).))))))...(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((...((((.((...))..))))..)))))))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((..(.(((((..........))))).)))))...............(((((((..((...((((((((.((..((((....)))).)).)......)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((...)))).....)))).....(((((..........)))))........(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...((((((((((((.((((((((((.....((((((.....)))))).))))))).))..)))))))))...(((((((.(...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((........))))...)))))))).........(((((((.(((((((....))))).))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((((..((((........))))))))....(((((((....((((.((..))...))))(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))...)))))).....(((((((((((....))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).)).)))....)))))))...)))))))........)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....).))))))...(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..(((((.((((((....((((((...)).))))...)))))))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((.(((((..[[[[[)))))......]]]]]...(((((((.........)))))))..))))))))))............((((((.(((((((......(((......((((..(((((....(((.....))))))))..))))..)))((((((((((((((((..............((((((.(((....)))))))))..(((((((..(((((.((((.((((((((..(((((((..(((((.(((.....)))))))).(((......)))((((((((((((............(((((....(((((.((((((((......((((((....((((((...))))))...))))))..(((((((........)))))))...........)))))..(((((((((.........)))...)))))).)))))))).....(((.........((((.....(((((((.(((((.......((((((((((....))))))))))..(((((((.....)))))))......(((((.((((((.......(((((((.(((((((((((((((((......))))...))))))))))....))).............)))))))...........((((((.(((.......(((((((.......((((........))))....)))))))))).......))))))........)))))))))))..))))).)))))))........)))).........))).............))))).....((((.(((((((...((((............))))))))...))).))))..........)))))).....((((((..((((....)))))))))))))))).)))))))((((((((((((((....)))..((((......))))...)))))).....(((((((((((....))))).........(((....)))........)))))).)))))....))))))))))))(((((.............(((((((......((((((((....(((((.....(((((....))))).......)))))....)))))))).((((((......))))))........))))))))))))....)))))..)))))))..............)))))))).))))))))............)))))))..))))))..............((((..[[[[[[[[[[..((((((((((.........)))...))))))).....)))).((((((((((....))))))))))........]]]]]]]]]] |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).((....((.(((((...((((((.........)))))).((((((.((.....)).)))))).((((((.(((((((.((..((((......(((((...........)))))..(((((((....)))).))).(((((((((((((((((((.(((.(((..((((((.(((....))))))))))))((((((..(((((.((((.((((((((...........(((((.(((.....)))))))).(((......))).....(((.((((.((((.(((..(((((.((...)).)))))))).......((((((....((((((...))))))...))))))..(((((((........)))))))...)))).)))).))).......((((.....((.((......))))...)))).((((((((((((((((((..(((((.....))))).))))))...)))......((((((((((....)))))))))).(((((((((...))))))))).((((.(((((.......))))).)))).((((((((((((((......))))...)))))))))).....((......)).((((((..((((((((......((((((...((......((((((...((...((((........))))...))))))))....))....)))))).)))))))).(((((((((((((......((((...))))..((((((.((.....((((....)))).....))...(((.(((.(((.......((((.((......)).)))).......))).))))))..((((((..........)))))).((((((....))))))))))))..(((((((((....))).))))))....(((.((((.((((............)))).)))).))).)))))))))))))....)))))).....((((((.....)))))).)))))))))...))))))))))))((((....))))((((..((((((((((((.................)))))....)))))))...)))).....................((((.((((((((((........)))))))....))).)))).)))))..))))))......))).)))).)))))))).)))))))....))))...)))))))))..)))))).....(((((((.(((..((((.(((...))).))))..))))))))))..))))).))....)).........((((((((((....)))))))))).................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((........<<<<<)).........>>>>>....((((((.........)))))).........................((((((.(((((((......(((((((.......(((((((.............................))))))).....))))))).((((.((((..((((((...........))))))))))...))))......((((.((((((((...((((((..(((((.((.......))))))).............((((((...........((((....((((....))))..))))..........((((((....((((((...))))))...))))))..(((((((........)))))))............(((..{{{{...)))..............................................(((.......(((((((..............................................................................................((((((((((((((......))))...))))))))))...........((....))....................................(((((((.......((((........))))....)))))))[[...[[...[[[[[[.............((....))......))))))).]]]]]].]])))]]..............................}}}}.......................................................................((...(((((....))))).))..)))))).)))))).((((((((((((((....)))..((((......))))...))))))....((((...((((((((..............))))))))...))))...........)))))....))))))))))))................................(((((((....(((((..((.(((((....))))).))....)))))....)))))))..((((((((.........)))))))).........................(((((...........)))))............................)))))))..)))))).....(((((.(((((...(((((........)))))..)))))))))).........................((((((((((....)))))))))).................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..((((((.((((...............................................(((.......))).............((((((.(....(((((((..((.(.((((.(((.((((.....)))).)).)............)))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....)))...))))..(...((((.(((.....)))))))..((((....)))).(((((..........(((((...(((((....))))).)))))......(((....))).....((((...))))...........(((((((............))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..................(.(((((.....(((((((.((((((((((((.((((((((((.....(.((((.....)))))...))))))))))..))))))))....(((((.((...((((((.(...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).....(.((....)).)))))))..))))).))...)))).)))))))..((((((((..((...((((........))))))..)))))))).........((((((.((((((((..))))).)))....(....).....)))))).))))).)..(((.(((((....)))))..))).......................(((.((......)).)))(((((..((((........)))))))))..........(((..((((((....))))))))).)))))..)...........((((((.((....))...((((......))))...))))))....(((....(((((....)))))...((.(((((.....))))).)).....))).(((((.....)))))..((((((.........))))))..................((((((....(((((.((..((((....))))..))...)))))....))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((.........)))))))..................((....)))))))))...((((.(((..(((.((((((((.(..(.((........)).)..))))))))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).).....)).)). |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((.(((((((((((((((((((.((.((((((((.........)))))......(.(((((((((....))))))))).)...(((((.(((((((..................................((((............)))).............((((((((((..((((((.(((....)))))))))))))..))))))..(((.((((....)))).))).......((((.((((.....)))))))).(((......))).....(((.((((.((((.(((..(((((.(.....).)))))))).......((((((....((((((...))))))...))))))..(((((((........)))))))...)))).)))).))).......((((.....((.((......))))...)))).)))))))..((((((.....(((((.....)))))..(((((((.((.......((((((((((....)))))))))).(((((((((...))))))))).((((.(((((.......))))).))))..(((((((((((((......))))...))))))))).)).))))))).((....))................(((.(((((..........))))).)))......((((........)))).)))))).))))).))).)).))))))))))))).))..)))).......((......))...(((((((((((((....(((((((((.......(((((((.((((.((((((.............((.(((((...((((((....)))).)).)))))))....(((((((....(((((..(((((....))))))))))....(((((((((....))).))))))....(((.((((.((((............)))).)))).)))..((((......))))..........................)))))))....)))))).))))((((((((.........)))......)))))((((((.................))))))......))))))).(((((....................((((((((.........))))))))...............))))).))))))))).............(((((....(((.............)))))))).((((......))))...(((((.(((((..((((.(((...))).))))..))))))))))...)))).))))))).)).......((((((((((....)))))))))).......))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.(((((((((.((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((.(....)....))))..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.......))))....((....)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((...))))))...))))..((((.(((..........).)).))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))........))(.(((.....((((...(((((((((((.(((((((((.(.....((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...(((((((.(...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((........))))...))))))))....)))..(((((((.(((((((((.)))))))))...((....))....)))))))))))((((......((((....))))....)))).))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))....(...(((((((..(..((..((....))..)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))).)))))))(...)((((.((((((....))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..))...)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((.(.(((((....(((((.....)).)))...))))).)))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).).....))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((...((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(...((....)...)...)..)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.......))))....((....)).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((...)))).....))))..((((...................))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).......(((((.....((((...((((((((((((.((((((((.(.....((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...(((((((.(...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((..((...((((........))))))..)))))))....))...(((((((.(((((((((.)))))))))...((....))....))))))).)))((((...(..((((....))))...))))).))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((..(..((.(((....))).)))(((.(((..(((((((.((((((((((((((....)))(.((((......)))))..))))))(...)((((((((((......)))))..((.(((((.....))))))).....))))).))))).).))))...))))))))...)))))))........)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((.(((((((....((((.......).)))...)))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).).....))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((......((....((.(((((..(((((((.........)))))))..((((((((....(((((((((.((((((.(((((((.((..((((......((((..(((((....(((.....))))))))..)))).....((((((((((((((((((((.(((......((((((.((.....)).))))))..(((((((..(((((.((((.((((((((..(((((((..(((((.(((.....)))))))).............(((((.((((((....(((.((..(((((.(.....).)))))..(((((((((.((((....((((((...))))))...))))....(((((((........)))))))......((((((.(.(((((((.((((.....((.((......))))...)))).(((....(((......(..((((.....(((((((.(((((.......((((((((((....))))))))))..(((((((.....)))))))......(((((.((((((.......(((((((....((((((((((((((......))))...))))))))))...........((....)).)))))))....(((((..((((((......(((..(((((((..((...((((........))))))..)))))))..))).....))))))..))))).)))))))))))..))))).)))))))........))))..)......))).)))................))))))).).))))))..(((.....))).....)))))))))............)).)))..)))))).....((((((..((((....)))))))))).))))).)))))))((((((((((((((....)))..((((......))))...))))))....((((...(((((((((............)))))))))...))))...........)))))....)))))))))))).............(((.((((((((......((((((((....(((((..((.(((((....))))).))....)))))....)))))))).((((((......))))))........)))))))).)))....)))))..))))))).....))).)))).)))))))).))))))))...))))...)))))))))..))))))..((((..(((((....)))))..))))...)))))))))))))))))...))))).))....))......)))((((((((((....)))))))))).......))))))).... |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((.....))..))))).))).(((((.........)))))..........................((((((.(((((((.((..((((................................................((((((((((((((((((((.(((......((((((...........))))))..(((((((..(((((.((((.((((((((..(((((((..((((.((((.....)))))))).............((((((..................(((((.(.....).)))))..(((((((((.((((....((((((...))))))...))))....(((((((........)))))))......((((((.(.(((((((.((((.....((.((......))))...))))........(((......(..((((.....(((((((.(((((..........(((((........)))))..............(((.......)))....((((.((((((.......(((((((....((((((((((((((......))))...))))))))))...........((....)).)))))))............(((((......(((..(((((((..((...((((........))))))..)))))))..))).....))))).........))))))))))...))))).)))))))........))))..)......)))....................))))))).).)))))).......((......)).)))))))))................................((((...((((....)))).)))).)))))).)))))))((((((((((((((....)))..((((......))))...))))))....(((.....(((((((..............))))))).....)))...........)))))....)))))))))))).............(((.((((((((......((((((((....(((((..((.(((((....))))).))....)))))....))))))))..((((........)))).........)))))))).)))....)))))..))))))).....))).))))).))))))).))))))))...))))...)))))))))..)))))).....(((((.(((((...((..((.....))..))...)))))))))).........................((((((((((....)))))))))).................. |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((......((....((.(((((..(((((((.........)))))))..((((((((....(((((((((.((((((.(((((((.((..((((......((((..(((((....(((.....))))))))..)))).....((((((((((((((((((((.(((......((((((.((.....)).))))))..(((((((..(((((.((((.((((((((..(((((((..(((((.(((.....)))))))).............(((((.((((((....(((.((..(((((....(((((.(((.((((......((((((....((((((...))))))...))))))..(((((((........)))))))...........))))...(..((((((.((....)))))...)))..).))))))))((...(((......(..((((.....(((((((.(((((.......((((((((((....))))))))))..(((((((.....)))))))......(((((.((((((.......(((((((.(((((((((((((((((......))))...))))))))))....)))....((....)).)))))))....(((((..((((((......(((..(((((((..((...((((........))))))..)))))))..))).....))))))..))))).)))))))))))..))))).)))))))........))))..)......)))..)).........)))))..(((.(((.(((.......((((.((......)).)))).......))).)))))))).)))..))))))......(((((..((((....)))))))))..))))).)))))))((((((((((((((....)))..((((......))))...))))))....((((...(((((((((............)))))))))...))))...........)))))....)))))))))))).............(((..(((((((......((((((((....(((((..((.(((((....))))).))....)))))....)))))))).((((((......))))))........)))))))..)))....)))))..))))))).....))).)))).)))))))).))))))))...))))...)))))))))..))))))..((((..(((((....)))))..))))...)))))))))))))))))...))))).))....))......)))((((((((((....)))))))))).......))))))).... |
