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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00773



RNA: CRW_00773
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((((((.(((((..((((((((..((((((...((((((.(((..((((((((((.....(((((....)))))....))))..))))))(((..(((((((..((((....................)))))))).)))....(((....)))..))).)))))).))).(((((((...(((((.....))))).))))))).))))))..((((((.......((((((...((....)).....)))))).)))))).))))))))....((((....((((((......(((((..........(((((((....)))))))(((.((..((((...........))))...)))))......)))))........))))))...........(((((((...((...((((.........))))...))))))))).........(((((((.........))))))))))).((((.....((((....))))...))))....(((..((((((((((((((..(((((..(((...(((((.(((((..(((....((((((.....((.(((((((..((.((...(((((.......(((..(((..((((((....(((....)))...))))))....((((.....))))..)))...)))..)))))....)))))))))))))...))))))....)))))))).)))))..((((...................))))...)))..))).)).....((....(((((((.........)))))))..)).....))))))))........)))))).)))..((((((((((....((......................))....))).))))))).)))))..........(((((((((....)))))))))))))))).))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................((((....(((((...((((.......)))).....)))))....)))).........((((.........))))..............(((((.(((((....)....((((.....................))))(((((((.....)))....)))).....((((((.......((((((((.((....))))...)))))).))))))........)))).))))).........................((((.(((((((....)))))))......((........))......(((....(((....)))))))))).......................(((((((...((...((((.........))))...))))))))).........(((((((.........)))))))(....((((.....((((....))))...))))...).....((((((((((((((.............(((...................(((((......(..(((((((..(.......((....((((((((((.(((..((((((.....((....))....))))))....((((.....))))..))).).)))...)))))).))..))))))))....).)))))..............................(((((............)))))....................(((((((.........)))))))......))))))))))........)))))))......((((((((((....((.......(.......)......))....)).))))))))...............((((((((((....)))))))))).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((....((((........((((((((....(((((((...(((.(((..((....)).....((((.....((((((..((((......)))).)))).)).(((....((((.........))))......)))....)))).......((....))......)))))).......(.(((...(((((.....))))).))))))).))))....((((((.......((((.....((....)).......)))).)))))).))))))))(((.((......((((((......(((((..........((...(((..(((..(((........)))...)))..)))...))....(((....))))))))........))))))..)).)))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((...........)))))).....(((......((((....))))....)))...))))..((((.(((((((((.....((((((.(((((((((....(.((........)).)........((((((...........(((.((((..((((((.((...(((((((((....))).......))))))....((((.....))))...)).).)))...)))))))))....))))))...).)))))))).)...(((((...))))).....(....(((((............)))))....).....))))).....(((((((.........))))))).........)))))))))))).)...))(..((.(..((((((((.......................................))))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.......(((........))))))......................(.((((.(..(((((.(.((((.......))))...).)))))..).))))).((((..(((((.........))))...(....))))))(((((.(((((....).....(((((...(((....)))..))..)))((((((((.....)))....)))))....((((((.......((((((((.((....))))...)))))).))))))........)))).))))).......((((.(((.(.......(((((.(((((((....)))))))....((((........))))....(((....(((....)))))))))))......).))))))).......(((((((...((.(.((((.........)))).).))))))))).........(((((((.........)))))))(....((((.....((((....))))...))))...)(((..((((((((((((((.............(((.((((()))))........((((((.....((.(((((((..((......(((...((((((((((.(((..((((((....(((....)))...))))))....((((.....))))..))).).)))...))))))))).)))))))))...))))))))((((..(((((.....))))..........(((((............)))))........).....))))..(((((((.........)))))))......))))))))))........))))))).)))..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...............((((((((((....)))))))))).........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((........((((((((..((((((......(((.(((..((((((((((.....(((((....)))))....))))..))))))(((..(((((((..((((....................)))))))).)))....(((....)))..))).)))))).....(((((((...(((((.....))))).))))))).))))))..((((((.......((((((..((((.....)))).)))))).)))))).)))))))).((((((.....((((((((..(((.....((((.....(((((((....)))))))(((...))).)))).....)))..))))...(((....)))...[[[.....))))...]]].((((....[[[[[[[........))))..(((........)))..]]]]]]].....(((.(((((((.........))))))).....((((.....((((....))))...))))..)))....((((((.......)))...[[[[[[..)))..]]]]]]......((((....)))).......(((((((..........(((((....(((.....(((..((((((....(((....)))...))))))....((((.....))))..)))...)))..)))))........))))))).....(((((((......(((((...)))))..........(((((............)))))..........(((((.(((.(((((((......[[[))))))).......)))))))).......]]]...)))))))..((((((((..............(((.....)))..............))))))))...)))))).......(((((((((....))))))))))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.((((((((((........))))........((..((((((.(((..((((((((((.....(((((....)))))....))))..)))))).((..((((((....((((.((....))))))((((....))))..(((((.((((((....))..((((....((((....)))).....)))).((((((.....))))))...((((((.((((((.......((((((..((((.....)))).)))))).))))))..)))))))))).)))))...((((((((....(((((..........(((((((....)))))))(((.....((((.((......)))))).....)))......))))).....)).))))))...........(((((((...((...((((.........))))...))))))))).........(((((((.........)))))))(((((((((.....((((....))))...))))........)))))((((((((((.((.((....))...(((((.(((((..(((....((((((....((..(((((((((........(((.(((((..((((..(((..((((((....(((....)))...))))))....((((.....))))..)))...)).))..)))))))))).)))))))..)).))))))....)))))))).)))))........................(((.(((.(((....))).))).))).((.(((((((.........)))))))..))..)).)))))))))).........))))))..))(((((((((....((......(((.....))).....))....)).)))))))))).)).))))..)).((((((((((....)))))))))))))))).))
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((((((.(((....((((((((...((((.......((...((..((((((.(((.....(((((....)))))....)))...)))))).....(((((((...((((.........))))...(....).)))).)))....(((....)))......))..)).....(((((((.....(((.....)))...)))))))..))))...((((((.......((((((..((((.....)))).)))))).)))))).))))))))............((((((((....(((((..........(((((((....)))))))........((((...........)))).....((....)).))))).....))).)))))...........(((((((........((((.........)))).....))))))).........(((((((.........))))))).....((((.....((((....))))...))))......(..((((((((((((((.((..((((((.......))))))...........((((((....((..(((((((..........(((.(((((...(((..(((..((((((....((......))...))))))....((((.....))))..)))...)).)...))))))))...)))))))..)).))))))........((((...)))).......................(((.(((.(((....))).))).))).((.(((((((.........)))))))..))..)).))))))))))........)))).)....((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...)))...........((((((((....)))))))).))))))).))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((((((.((((....(((((((..((((((......(((.(((..((((((((((.....(((((....)))))....))))..))))))(((..(((((((..((((((...............)).)))))))).)))....(((....)))..))).)))))).....(((((((.((..(((.....))))).))))))).))))))..((((((.......((((((..((((.....)))).)))))).)))))).)))))))((((.((..(((.(((.(((((.((.((((..........(((((((....)))))))......((((((...((((...(((((....(((....))))))))...........((((..........(((((((........((((.........)))).....))))))).........(((((((.........)))))))...)))).))))..))))))..)))).........(((((..(((....((((((......)).)))).))).)))))....))..)))))))).)))..)).)))).......(((.(((((..........((((..(((..((((((....(((....)))...))))))....((((.....))))..)))...)).)).(((((.((.(((..((.((((((.(((((((......(((((...)))))....(((....((.(((.((..(((.(((.(((....))).))).)))....(((((((.........))))))).........))))).)).))).......))))))).)).)))))))))...))......(((.....))).....))))).....)))))))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))).))
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((((((.((((....(((((((..((((((......(((.(((..((((((((((.....(((((....)))))....))))..))))))(((..(((((((..((((((...............)).)))))))).)))....(((....)))..))).)))))).....(((((((.((..(((.....))))).))))))).))))))..((((((.......((((((..((((.....)))).)))))).)))))).)))))))((((.((..(((.(((.(((((.((.((((..........(((((((....)))))))......((((((...((((...(((((....(((....))))))))...........((((..........(((((((........((((.........)))).....))))))).........(((((((.........)))))))...)))).))))..))))))..)))).........(((((..(((....((((((......)).)))).))).)))))....))..)))))))).)))..)).)))).......(((.(((((..........((((..(((..((((((....(((....)))...))))))....((((.....))))..)))...)).)).(((((.((.(((..((.((((((.(((((((......(((((...)))))....(((....((.(((.((..(((.(((.(((....))).))).)))....(((((((.........))))))).........))))).)).))).......))))))).)).)))))))))...))......(((.....))).....))))).....)))))))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))).))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((..(((((........)))).((((((((((((..((..))((...((.(((......))).)).)).((((.(((((((..))))))))))))).(((((((.(((...((((..)))).(((((..))))).((((((.(((((((..)))..((((.....................))))((((((((.(....)))))))))...((.(((((((((.((((.(((........))))))).)))...)))))).))(..)..)))).))))))..(((.(((((((((.(((.(..((((((((((((......))))))(((.((.(((((.(((..)..)))))).).)))))(((..)))))))))..)).).((((((.(.(.(.(.(((((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))))).)))).)..((((((((.(...).))))))))...)))))..)....((((..))))....(((((.......))).)).)))))).))))))((((((.......))))))).)))))).)))(......).(((((((((((.........(((.(((...(.(.((.(((((.((((((.((...........).))))))))))).))).).)(.((...............)).)))))).).))))))))..)))))))))))).(((((((...))))).)).)((...)).......((..((.............))..)).(..)...((((((..((...))..)))))).((..((((..(((.......)..))..).)))..)).(((((((((............(((((........)).)))...))).)))))))))))))))).(.((((((((((((((..)))))))))).)).)))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((((((........((((((((..((((((......(((.(((..((((((((((.....(((((....)))))....))))..))))))(((..(((((((..((((((...............)).)))))))).)))....(((....)))..))).)))))).....(((((((....((((.....))))..))))))).))))))..((((((.......((((((..((((.....)))).)))))).)))))).))))))))..(((((.....(((((((....................(((((((....)))))))...............................(((....)))..............................(((((((........((((.........)))).....))))))).........(((((((.........)))))))..............((((....))))....................((((((((((...................................((((((....((..(((((((..........((..(((((..((((..(((..((((((....(((....)))...))))))....((((.....))))..)))...)).))..))))).))...)))))))..)).))))))..............................(((((............)))))....................(((((((.........))))))).........))))))))))......)))))))......(((((((((....((......(((.....))).....))....)).)))))))....)))))........(((((((((....)))))))))))))))).))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((((((........((((((((..((((((......(((.(((..((((((((((.....(((((....)))))....))))..))))))(((..(((((((..((((((...............)).)))))))).)))....(((....)))..))).)))))).....(((((((.((..(((.....))))).))))))).))))))..((((((.......((((((..((((.....)))).)))))).)))))).)))))))).((((((.....(((((((......((((..........(((((((....)))))))......((((((...((((...(((((....(((....))))))))...........((((..........(((((((........((((.........)))).....))))))).........(((((((.........)))))))...)))).))))..))))))..)))).....((((.....))))..(((((((((((((((((........(((((.(((((..(((....((((((....((..(((((((((........(((.(((((..((((..(((..((((((....(((....)))...))))))....((((.....))))..)))...)).))..)))))))))).)))))))..)).))))))....)))))))).)))))............(((((............)))))...))).))........((.(((((((.........)))))))..))..)).))))))))))......))))))).....((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...)))))).......(((((((((....)))))))))))))))).))