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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00777



RNA: CRW_00777
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ......(((((...[[[.))))).((((..(((((..((((((.......(((.(((..((((....................................................))))......(((.....(((((((............)))))))(((..(.(((..((((((((..............)))))))))))...))))..((((((((....))))..))))))).((((((.........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((.....))))).))))....))))))................(((((......(((((....................)))))))))).))))).))))..........(((.......((((..((((.............(((((..(((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....)))))))))).))))).......))))..))))....(((((((...(...((((.........))))....))))))))..........((((((.........)))))).))).(((.....((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((...........((.((((..(((((....((((((((......)))............)))))......(((((.......)))))....)))...))))))))....)))))))...)).)))))))))..(((((((......................))))))).....((((((((((..............((((((((((.....))))))))))...................)))))))))).....))))))....((((((((........))))))))..........)))))))))).))....((.((.(.((((((((((((((((((((((.......(((.((((.............))))))).......))))))))))))))))))))))..).))..))...((((((((((....))))))))))................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((..((((((((((((((((((........(((((((.......................)))))))..((((((..(((((((((((.(((((.........)))))(((..(((.(((.....))))))..))).)))))))))))...........((((((((((((...........(((((..((((.......))))...(((..((((.....((((...))))))))..))))))))..(((((....))))).(((.(((((((..(((((((..(((((.....)))))((((((((.((((((((((...(((((((..(((((......(((((((((.........)))...)))))))))))....)).)))))..)))..)))))))...((((((..((((.....((((((...((((....(((((((..(((((((((..(((......))).....)))))))))....(((...)))....)).)))))...))))))))))..))))..))))))..)))))))).....(((((.........)))..)).)))))))...)))))))..((((((((((((..((((..((...((((((..((((....))))..........(((((((((.(((((((((.((((((.((((...................)))))))))).....(((((..................((((((.(((((....)))..))))))))..(((((...(((((...(((((((..(((((...))))).....))))....((((((((((..(((...((((..((..(((((....(((((((......................)))))))..)))))...)).....((.(((((((............)))))))))........))))..))).....)))).)))))))))..((.((((((....)))).))))....)))))..))))).))))).))))))))))).)).)))))..))))))..))...))))..))).......))))))))))))........))))))))))))..)))))))))))).....)))))).....))).....))).((((((((((....))))))))))..))))))))......
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................(((((((((((...................((((.((((.(((.....))))))).)))))))))))))))((((.(((....((((((((............))))))))..))).))))..............((...(((((((.(((((((.((.....)).)))))(((((....))))).....(((((((..(((((((..(((((.....)))))..............((((((....)))))).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).............................((((((...(((......((((............(((((.....((((((((...................)))))))).....................)))))........))))...)))...))))))............(.....((.........))...)..)))))))...))))))).((((((.........)))))).............((((....))))..........((((......(((((((((.((((((............................))))))......................................................(((((..((.......)).)))))......(((.......)))..........((.((((((((((......(((((.......................)))))..................(((((......))))).......(((.(((((..(((((....))))).......))))).)))............)))).)))))).)).....((((((....)))).)).........................))))))))).......)))).....................................................)).)))))))...)).....................................((((((((((....))))))))))................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((.......)))))(((((.((((.(((.......))).....)))).))))).....(((...((((.......((...((((((((((....(((........))).(((((.((((.(((.....))))))).)))))))))))))))((((.(((....((((((((............))))))))..))).))))..............))......))))...(((((((....(.((((((..(((((....))))).(((((((........((((...(((((.....))))).))))..)))))))...........(((((............((((((.((.........))....))))))((((((........(((((((.(((((((.....((((((..((((......(((((.........(.(((((......(((((....((((...............))))........))))).((....)).))))).).....)))))...))))..))))))..((((((...((....(((.........))).....))))))))..........((((((.........)))))).)))))))......(((....)))...........((........))....))))))).(((((.((((((((((.........((((.......))))....(((((((..............(((((...(((....)))....))))).....(((((..........((.(((..((((.....)))).....))))).......)))))....)))))))...)).)))))))).))))))))))))))))...((((.........)))).......(....(((((..(((.(((((..(((((....))))).......))))).)))...((........))))))).......)............(((((((..........)))))))...)))..))).)...)))).))))))(..((.(..(((((((....(((((((..........(((.((((..((....))...)))))))..........)))))))....)))))))...).))...)...((((((((((....))))))))))......((....))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((...............))))))))).(((((.............(((((....))))))))))(....)....(((((((((((...((...........)).((((.((((.(((.....))))))).)))))))))))))))((((.(((....(((((((((.........).))))))))..))).))))...((((((((..................(((((.((.....)).)))))(((((....))))).((((((((......(((((...(((((.....))))).)))))))))))))((((((....)))))).(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....................)))))))).((((((..((((......(((((...(((.....(((((....(((((((((..((..........))...)))))))))....(((...))).......)))))....))))))))...))))..))))))..((((((((.((....(((.........)))..)).))))))))..........((((((.........))))))......((((...((((....)))).....)....(((((.(((.((((((((((((((((....((..................))..))))))...)..(((((((((((.........((....))......)))))))......((((((..((.......)).))))))(((..((((.....)))).....)))..((.((((((((((.....((((((...((............))....)))))..(((.........))).(((((......)))))....(..(((.((((((.(((((....))))).).....))))).)))....))......)))).)))))).))....(((((((....)))).)))..................))))..))))))))))).)..)))))....)))(((((((..(((((((((.((.......(((.((((.(((....)).).))))))).......)).)))))))))..)))))))..............((((((((((....))))))))))................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((.[[[[[.........))))))))).(((.......)))..]]]]]...(((((..((((.(((....)))..(((((((((((...(((........)))..((((.((((.(((.....))))))).)))))))))))))))((((.(((....((((((((............))))))))..))).))))...))))))))).(((...(((((((...(((((...........)))))(((((....))))).(((.(((((((..(((((((..(((((.....)))))(((((((((((..(((((((....)))))))(((((......(((((((((.........)))...)))))))))))...........((((.....)))).))).((((((..((((.....((((((...((((....(((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))....(((...))).......)))))...))))))))))..))))..))))))..)))))))).(((................)))....)))))))...)))))))..(((((((((................((((((..((((....))))..........(((((.....(((((((((.((((((...((((................)))).)))))).....(((((..((((....))))....((((((...(((....)))....))))))..(((((..((((((.(((....))).(((((...))))).............((((((((((.....(((.(((...(((((((.((((((.(((........))).))).(((.....(((((......)))))))).)))(((((......(((((....))))).))))).....))))))).)))...))))))).)))))).......(((((((....)))).))).....)))))).))))).))))).)))))))))......)))))..))))))(((.(((((...)))))...))))))))))))))).............)))))))...))).((((...((((.[[[[[..))))...)))).....((((((((((....)))))))))).....]]]]]......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((((((((........))).)))))))))..)))))).....(((((.((((.(((((..((((.(((....)))....(((((((((...................((((.((((.(((.....))))))).))))))))))))).(((((.(((....((((((((............))))))))..))).)))))..))))))))).((((((((((((....(((((.((......)))))))(((((....))))).....(((((((..(((((((...((((.....)))).((((((((.((((((((((.((..((((((.(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...))))))..)).)))..)))))))...((((((..((((.....((((((...((((....(((((((..(((((((((..(((......))).....)))))))))....(((...)))....)).)))))...))))))))))..))))..))))))..)))))))).(((....((........)))))....)))))))...))))))).((((((.........)))))).)))))))).((.((((....)))).)).......((((((((((.((((((((.((((((............................))))))..........................((....)).((((((((...))).))))).((((((((..((((((.((((.((((..(((((...))))).....)))).((.((((((((........(((((...(((..........)))....))))).((((((...)))..)))(((((......))))).((.(((((....((((.(((((....))))).))))....))))).))..((((....)))))))))))).)).......((((....)))).))))....)))))).)))).))))...))))))))))).)).)))))))))...(((((((..((((((((..((.......(((.((((((......))...))))))).......))..))))))))..)))))))))))))))).....((((((((((....))))))))))................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((..{{...........)))).....................................................(((((((((((...................((((.((((.(((.....))))))).)))))))))))))))((((.(((....((((((((............))))))))..))).))))..............((...(((((((...(((((...........)))))(((((....))))).....(((((((..(((((((..(((((.....)))))...............................(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).............................((((((...(((.....((((((...((((....(((((....(((((((((...................)))))))))...........((....)).)))))...))))))))))..)))...)))))).....................................)))))))...))))))).((((((.........)))))).....(((((...((((....))))..........((((((((((.((((((((.((((((............................))))))......................................((....))................................................................((((((((((......(((((.....[[[...............)))))..................(((((......))))).......(((..(((....((((....))))))).)))........]]]...........)))).))))))..........((((....))))............................))))))))))).)).)))))...)))))<<<<.....<<<<<<.................................)))))))...)).......>>>>>>...}}>>>>................(((((((((....)))))))))....)))))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((((((((((((........))).)))))))))..)))))......(((((.((((.(((((..((((.(((....)))...((((((((((...................((((.((((.(((.....))))))).)))))))))))))).((((.(((....((((((((............))))))))..))).))))...))))))))).((((((((((((....(((((.((......)))))))(((((....))))).....(((((((..(((((((...((((.....))))..........((((((((((......))))).(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..............(.....))))))...((((((..((((.....((((((...((((....(((((((..(((((((((..((........)).....)))))))))....(((...)))....)).)))))...))))))))))..))))..))))))..((((((........))))))...............)))))))...))))))).((((((.........)))))).))))))))....((((....))))..........((((((((((.((((((((.((((((............................))))))..........................((....))..((((....)......)))..((((((((..((((((..(...((((..(((((...))))).....)))).((.((((((((((.........(((...(((((((.......((....))......(((...))).....(((((......))))).......((.....(((.(((((....))))).))))).....))))))).)))......)))).)))))).)).....((((((....)))).))).....)))))).))))).)))...))))))))))).)).)))))))))...(((((((..(((((((...((.......(((.((((((......))...))))))).......))...)))))))..)))))))))))))))).....((((((((((....))))))))))................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((((((((.(((...))).....)))))))))..)))))).....(((((.((((...((((.....((((.((((((..((((((((((...................(((((.((((.(((.....))))))).)))))))))))))))...........(((((((((((((((........)))...(((((.........(((((....((((((((((((....(((((.((....))..)))))(((((....))))).....(((((((..(((((((..(((((.....))))).((.(((((((..(((((((....)))))))(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))........))))))).))....((.((..((((((..((((.....((((((...((((....(((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))...........((....)).)))))...))))))))))..))))..)))))).(((((((........))))))).....)).))....)))))))...))))))).((((((.........)))))).))).((((((..((((....))))..........((((((((((.((((((((.((((((...((((.((..........)).)))).)))))).....(((((..................((((((...(((....)))....))))))..(((((..((((((.(((....))).............((((.......((.((((((((((..(((...((((..(((.(((((....(((((((........((((...))))...)))))))..)))))..))).....(((((......(((((....))))).)))))........))))..))).....)))).)))))).)).......((((....)))).))))....)))))).))))).))))).))))))))))).)).)))))..))))))........)))))))))))))).........))))).......))))))))))))..)))))).)))).......))))....))))))))).....((((((((((....))))))))))................
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((((((((........))).)))))))))..)))))).....(((((.((((.(((((..((((.(((....)))...((((((((((...(((........)))..((((.((((.(((.....))))))).))))))))))))))(((((.(((....((((((((............))))))))..))).)))))..))))))))).((((((((((((....(((((.((......)))))))(((((....))))).....(((((((.((((((((..(((((.....))))).........(((((((((((....)))))).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).....................)))))...((((((.(((((.((..((((((...((((....(((((((..(((((((((..(((......))).....)))))))))....(((...)))....)).)))))...)))))))))))))))).))))))).(((((((........)))))))..............)))))))..)))))))).((((((.........)))))).))))))))....((((....))))..........((((((((((.((((((((.((((((.((((.(................)))))))))))........................(.((....))).(((............)))..((((((((..((((((......((((.((((((...))))).)...))))....((((((((((.........(((.(.(((((((......(((....)))....((((...)))).((((((((......)))))...))).(((........(((((....)))))...))).....)))))))))))......)))).)))))).......(((((((....)))).))).....)))))).))))).)))...))))))))))).)).)))))))))...(((((((..((((((((...........(((.((((.............)))))))...........))))))))..)))))))))))))))).....((((((((((....))))))))))................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((((((((........))).)))))))))..)))))).....(((((.((((...((((.....((((.((((((..(((((((((((...................((((.((((.(((.....))))))).)))))))))))))))...........((((((((((((.......(((.(.(((.(((((((.((((((......)))).))...))))))).)).).).)))..(((.(((((..((((((.((.((...((.(((((((..(((((((..(((((.....))))).((.(((((((..(((((((....)))))))(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))........))))))).))....((.(((.((((((..((((.....((((((...((((....(((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))...........((....)).)))))...))))))))))..))))..)))))).(((((((........)))))))...).)).))....)))))))...))))))).((((((.........)))))).))..((((((..((((....))))..........((((((((((.((((((((.((((((...((((.((.(......).)).)))).)))))).....(((((..................((((((...(((....)))....))))))..(((((..((((((.((((.(((((.(((((...)))))...).)))).((.((((((((((...((..(.(((...(((((((.(((.((((....(((.....)))...))))..(.(((((......))))).)..)))(((((......(((((....))))).))))).....))))))).))).)..)))))).)))))).)).......((((....)))).))))....)))))).))))).))))).))))))))))).)).)))))..))))))...............)).))..))))))..)))))...)))..))))))))))))..)))))).)))).......))))....))))))))).....((((((((((....))))))))))................
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..)))))(((((((.(((((((..(((((....).............))))((..((((......)))...(((..))).....((((((((((...................((((((((.(.(((.....)))).))))))))))))))))))..)..))..)))))((((...).))).).))))).)))(.(((((....((((((((......).))..)))))(((...))).((((((.(((((((..))))))).).((..((((...))))..))....((....))(..)(((((((..(((((..((((.(((((((..)))))))).)).((.((((((..))..(((((.....((((.((((((.((((((((..((((..((((...(((..(((((((((((((((((.(((((.((((..))))))))))((((((.((((((((.(((........))).))))))))((((...........))))((..)).)))))).)))))................)))))).)))))..))).....(((..)))))))((.(.((((((((.(((((((.((.((((((((((..))).)))))))...)).)))..))))....((.((((((..((.......))((((((....))))))..((((((.(.(((.(((((((.....)))))))))).).))).))).((((((...)))).))((((((((((((((((((((.(((((...).)))).((........)))))))(((((........)).)))))))))))..).)).)))).)))))))))))))))))))...))))..))).))))))))..)))...))))..)))))((((((..)))))))))).((((((((.(((((((((((..)))))))))))((......)).))))))))))(((((((((........)))(((((((....)))).))).....(((((((((..((((...)))).((((((..))))))(((((((.(.((((...............))))))).).).)))((..((........))..))...))))).)))).).)))))))))))...)))))))).)))).((((((((((..)))))))))).))))))..(((..)))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((...((..((.(((((.....((((....)))).......(((((.........((((..((((.............(((((((((((...................((((.((((.(((.....))))))).)))))))))))))))((((.(((.(..((((((((............))))))))).))).))))...))))))))........(((((((.(..((((.((....))..)))).(((((....))))).....(((((((..(((((((....((.......)).................................(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).............................((((((..((((.....((((((...((((....(((((....(((((((((...................)))))))))...........((....)).)))))...))))))))))..))))..)))))).....................................)))))))...)))))))....(((....................((((((..((((....))))..........((((((((((.((((((((.((((((............................))))))......((((..................((((((...(((....)))....))))))..(((((..((((((........((..(((((...))))).....))...((.((((((((((...((..(.(((...(((((((...................................(((((......))))).......((....((.....((......)).))...)).....))))))).))).)..)))))).)))))).)).......((((....)))).........)))))).))))).))))..))))))))))).)).)))))..))))))...........................)))................).)))))))........)))))......)))))..))..))..........((((((((((....))))))))))...)))))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((..(..((((.(((..((((((((....)))).......))))..)))...............((((..(((((..(((((((((((...................(((..((((.(((.....)))))))..))))))))))))))...........(((((((((((((((........)))...(((((.........(((((....((..((((((((....(((((.((....))..)))))(((((....))))).....(((((((..(((((((....(((..(((.((((.((.(((((((..(((((((....)))))))(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))........))))))).))))..)).....((((((..((((.....((((((...((((....(((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))...........((....)).)))))...))))))))))..))))..))))))..)))..))).(((....((........)))))....)))))))...))))))).((((((.........)))))).))).((((((..((((....))))..........((((((((((.((((((((.((((((............................)))))).....(((((..................((..((...(((....)))....))..))..(((((..((((((.((((.((((..(((((...))))).....)))).((.((((((((((.....((..((...(((.(((((....(((((((........((((...))))...)))))))..)))))..))).....(((.(((((..(((((....))))).......))))).)))))..))......)))).)))))).)).......((((....)))).))))....)))))).))))).))))).))))))))))).)).)))))..))))))........)))))..))))))).........))))).......))))))))))))..)))))..))))......))))..)................((((((((((....))))))))))..))))))))......