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AAGAAAAAAAUGAGUUUGAUUCUGGCUCCGAAUGAAUGCUAUCAGUGGGCUUUAUACAUGCAAGUUGAACGCUAUUGAAAAAUAGAGUAGCAAAAAGGUGAGUAAUGCAUAUGAAUUUUAAUAAUAAUUUUGGGAAUAAAAGAAGAAAUCCAGAAUAAAAAGAAAGAGGAACUUGAAAAACAGUAAGACUCGUUAUUAUAAAAGCGUAUGUCGAAUUAGGCAGUUGGUGGGGUAAAGGCUUACCAAACCUGAGAUUCGUAGGUGGUUCGAGAGAAUGAUCAUCCACAUUGGUAUUGAAAGAACGACCAAACUCUGAAGAGGCUGCAGUAAGGAAUAUUGGACAAUGAGCGCAAGCUUGAUCCAGCUACACUGAGUGAGGGAAGAAGUAAAGCGUAAACCUCUUUUAAUAAGGAAGAUAAUGACAAAAAUUAAAGAAGAAGUCCCGGCUAAUUUCGUGCCAGCCGCCGCGGUAAUACGGAGGGGGCAAGCAUUAUUCGUAAGGAUUGGGCGUAAAGGGUGCGUAGGCUGGUUCUCAAAGGUAUUAUAUGAAAAACACUGAAAAAAGAGGUGUGGGUAUAAAAACAAACAAAGAACCUAGAGUAAAGAUGAUGUAUUUAGAAGAACUAAUCUAGAGGUAAAAUUCAAUUUAGAUUAGUUUGACUGACAGUUGGCGAAGGCAAAAUACAAGCAAUACUGACGCUAAAGCACGAAGGUUCAGGGAGCAAAUCGGAUUAGAGACCCGAGUAGUCUGAACAGUAAACGAUGAGUGUUCAAUAUUCUAAAAAGUAUUUGAGUUAACACGUUAAACACUCCGCCUGAGUAGUACGAUCGCAAGAUUGAAACUCAAGGUAAUUGACGGAACUUUGCGCAAGCAGUGGAUUAUGUUCAUUAAUUUGAUACAACACGAAAAAUCUUACCCUCCAUUGAAUGACAUAUAUAAAACAUGAAACAAAUGUGAAGAAUAGAAGCAGACAAGGUUCUAUUAAAAUAAAUGUCUAACAGGUGUUGCAUGGCUGUCGUCAGUUCGUGCUGUGAGGUGUAACAUUAAGUUGUGAAACGAACGAAAUCCUUAAGUUCAAUUACGAUAUAUAAUCGAGAAAUGGACAGAAGAGUGUGACAUAAAUUAAAUCACAUUGGUAGUUGAGGAAGAUGUCAAGUCAGUAUGGCCCUUAUAGGAGGGGCUUGAAAUGUAAUACAAUGGUUUCUACAAAAGGAAGCGAAAGUGCAAGCUGGAGCAAAACCUAAAAAGAAAUCUUAGUUUGGAUUUAUUUCUGCAACUCGAAAUAAUGAAAGCGGAAUUGCUAGUAAUCGUAGAUCAUAAGGCUUCGGUGAAUAGUUGUCAAAGUUAGUACAUACCGCCCGUCACACCACGGAAAUCAAUCUUUUUCAGAUACAUUAUUAUGUUAAUUAUCUAAAGUUCUUAGGGUAUAACAGUCUCUUUUGAAGAGCAAUUAGAAUGGAGGAGGUUAAUUGUUAAUUAUCGAACAAUAGAGGGGUAACUGGGGUAAAGUCGUAACACGGUAGCUGUUGGGGAACCAGUAGCUGGAAGUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((...((((((((((((((...........((((((.(((((((..((((..((((....(((((....)))))..))))......(((......(((((((..(((((((((..((((((((..............)))))))).........(((..(((........)))....))).)))))).)))..)))))))....(((((...((((((((.......)))))))).)))))........(((.((((....)))).)))...)))....))))...........((..((((......((((((((((.....)))))......((((....))))....))))).....))))..))......)))))))....(((((((((.....))))).....................((.(..((((((.....((..((.(((.((.((......))..)).)))..((...((((....))))...))......))..))..))))))..)))..)))).............)))))).....(((.((..((.(((((..(((((.((((.(((...(((.((((.((((((((((..(((((((((((((............)))))))))))))..))))......((....))......(((((.((((((((..............(((((((..((...((((.........))))))..))))))).......(((...(((((.............(((.(..((((((.((((....(((...((((((((....(((((....)))))..)))).))))..............(((....))))))....))))...))))))..))))..(((((..(((.(((((((((.(((...(((((.(((...((((.......))))....(((((((.(......).)))))))...))).)))))...))).....(((((((((....))).)))))).).)))).)))).)))...)))))....)))))...((((((((((((.((.((((.....))))..)).))))).....(((((((...........))))))).....)))))))....)))..))))))))..(((((....)))))))))).......)))).)).)))).)))...)))..((...(((....)))...))................)))).)))))..))))).))..)).))).............))))...))))).)))))....))))...(((((.................((((..((.((((.((.((.((.((.........(((((((((((...((((....))))......(((((.((((((..((.............))..))))))..))))).))))))))))).((((((........))))))...)).)).)).))))))..))..))))....((((((((((....)))))))))))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((((((((((.((((.(((((((((....(((.(((.((((....((((((.........))))))........((((...(((((((..(((((.(((((((((((((..............)))))))).........(((..(((........)))....)))..)))))))))).)))))))(((((((((....(((((.(((....))))))))..)))..))))))..(((.((((.....(((.((((.......)))))))....)))).)))..))))......))))))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))....((((..................(((((.......)))))........................)))).(((..(((((((...((((...))))..)))))))..))).))))))))))....)))....((((.......))))..((((((((((....((..(((((.....(((((.........)))))..)))))...)).........((((((((..((((((((((..((((..(((((((((((((............)))))))))))))..))))..(((((((..(((......(((((.((((((((.((..(((((((..((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((......))))))...((....))....))))))).((((((((....(((((....)))))..))))).))).((((((((..((.((((((..(((((((...((((((......))).)))....((....))......)))))))...((((..(((...((((.......))))....(((((((..........)))))))...)))..)))).......))).))).))...)))))))))))))))...)).((..(((((...((((.......))))..((((((((((((....(((.......))).....))))).....(((((((...........))))))).....))))))).))))))).))))))))..(((((....))))))))))..(((((..((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((......((((((...(((......)))..))))))..((((...((((...............))))...))))..)))))))...)))))...)))))))).)).))....)))).))))(((.(((((.((((......)))))))))))).))))..)))).((((((((((((((((..(((((((((...........))))))))).....)))))....)))).....((((...((......))...)))).))))))))))))))))).)))))))... |
|
CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((.(((((....))))).)))))................(((((((.((...(((((((.((((..................)))).....(((.........)))..................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((..))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......(.....).....))))..(((((...................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...((((((((((......((((((.....))))))...)))))))).....)))))))))...(((.(((....(((((((....((((((((...(((........).))....))))))))............((....)).)))))))..))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((......))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((.....(((((((....)))))))...((..............)).......))))).)......((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((...))))....)))))))..((.(((((.............))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))..........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((.......(.((((.....(((..(....................................................).)))....)))).).......))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))....... |
|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.........))))........................................((.(((((....))))).))...................((((((........((((((..((((................)))).......................................))))))......)))))).(((((((((...((((((((.......)))))))).)))..)))))).......(((....)))..............((..............)).........(((((((...............((.....((((....))))...))................................................................................................(((((.((.............))..........................................)))))(((((........((((((.....(((((.........)))))..))))))..........))))).....................(((..(((((((((((((.(.......)..)))))))))))))..))).................................................(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((..................................))))))).((((((((....(((((....)))))..)))).))))..............(((....)))....................................................................(((.......))).....(((((((..........)))))))............................((((....)))).................................................(((((....((((.....)))).....)))))......((((((...........))))))..............................(((((((.....)))))))................(((((((......((..((...(((....)))...))....)).....)))))))...........(((((((........))))))).......................(...............)..................................(........).............................................................))))))).........(((((...............)))))................................................((((((((((....))))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((....)))..))))...(((.(((.(((((..(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((....))))).)))))......(((......(((((((..((...((((((((((((((..............)))))))..........(((....((....))........))).)))))))..)).)))))))....(((((...((((((((.......)))))))).)))))........((((((((....))))...))))))).(((((............))))).(((....)))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((...(........).....))))......................................(((((......(((((.....((....)).......))))))))))..)))))))).....)))...(((.....(.((((...(((...........((((((.........(((((.........)))))......................................((((((.....(((((((((((((............)))))))))))))............((....))..))))))...))))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((....(((............)))....))).))))))))))).(((......((((....))))....)))........((((((.....(((....)))((((..(((((.(.....(((((..((((.............((((((.......(((((.......((((.......))))....(((((((..........))))))).......))))).....((.((((..((((((.((((.((((((..(((((..............)))))..))))))...........(((((.((.(((.......)))..)).))))).....(((((((...........))))))).............)))).).)))...)))))))).....))))))...................(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(....(((((((........))))))).....)..............((((.((.........)).)))).....)))))))))....).)))))))))))))))......(((((.......)))))....((((....))))(.....(((((.....))))).....)((((((((.((...((.((((((.............)))))).......))....)).)))).....))))...............((....((((((((....)))))))).....)). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).........(((.........(.............)....((.(((((....))))).)))))...............(((((((..((((.(((((((((((((................))))))..........(((....................))).))))))))))).)))))))(((((((((...((((((((.......)))))))).)))..))))))...(((((((....))).......)))).(((((............)))))..((.((((((((((............(((((....((((....))))..)))))(........).((((..................))))(((.......)))............................................(((((.((.((......))..))............(((....)))....((((.......)))).)))))(((((........((((((.....(((((.........)))))..))))))..........)))))............((((((((((((..(((((((((((((.(.......)..)))))))))))))..))))...........................(((((((..............(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........((((((((((((..(......))).))).............))))))).((((((((....(((((....)))))..)))).)))).............((((....))))((((........................................))))......(((((.......((((.......))))....(((((((.(......).))))))).......)))))......((((((((((((((....)))).)))))..........)))))...(((....)))..........(((..(((((.((.((((.....)))).).).)))))..)))(((((((...........))))))).....................))))))).(((((((.....)))))))............(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...).......(((((((........))))))).....((((....((((...((((.((.........)).))))................)))).....))))((((......)))).................)))))))).............((.........)).......))))))))))....))((((((((...........))))))))(........).....................................((((((((((....))))))))))...... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((.....(((((....)))))...)))................((((((..((...(((((((...(.((.....(((((....))))).......)).)......((((.....).)))........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((..))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((...)).)...)))).....(((((...(((.))..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((.(((((((..(.((((((((((.....((((((.....)))))).).)))))...)))..)))))))))...((((((.....((((((((...((((((((((.(((......))).....))))))))))...)........((....)).)))))))..))).)))...)))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((......))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((.....((((((.........(((........(((.........))))))......((.........))))))..)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((.((......))))....))).))))..((((((...........)))))...)....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))..........))))))............)))))).((((.(((..((((((..((((.......................(.....(.(...((((.((....))))))..........).)......)))))..))..........................))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((..[[[[.))))).....]]]].......(((.[[[[[.)))......((((....(((((....)))))..))))...]]]]].......(((((((..((((((((((.((((((((..............)))))))).........(((...((((........)))).))))))))..))))).)))))))(((((((((...((((((((.......)))))))).)))..))))))..(((.((((....)))).))).......(((((......[[[...)))))..]]]................(((((((((((((.(((((....))))).(((.(((..[[[.)))...)))...]]]............((((((.....))))))....................(((((...[[[..)))))..]]].(((..........[[[[[[...)))........]]]]]].........................(((((((((...........((((....(((((.........)))))...))))...........))))))...)))........(((((((....(((((((((((((............)))))))))))))((((...))))..........))))))).......((((.[[[.............))))..]]]...((((.....[[[[))))...]]]].................)))))))))))))...........((((.....[[[[[[..)))).((((((((....(((((....)))))..)))).))))..]]]]]]((((.((((....)))).[[[[[[.))))..]]]]]].......(((((......((((((((((((....(((((.......((((.......))))....(((((((..........))))))).......))))).....))))..(((((((((....))).))))))...)))).)))).......)))))............((((((((((((....((((.....)))).....))))).....(((((((...........))))))).....))))))).............((((..(((((....)))))[[[[[.......))))....((((((......)))))).......]]]]]...(((((...((((((((....)))..)))))......((((((...(((......)))..)))))))))))............((((..[[[[...))))..]]]]......((((.....((((..((((......)))).....((((((((((((((((((....))))..))).(((((.((((((((((.........))))....))))))..))))).))))))))))).((((((........))))))..............))))......))))....((((((((((....))))))))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.(((.(((((((((((....(((((((.(((((((..((((.((......))))))..)))))))....((..(((((........((((....((((((..(((((.((((((.((((((..............))))))...........(((...((((........)))).))).))))))))))).)))))).(((((((((...((((((((.......)))))))).)))..))))))..(((.((((.....(((.((((.......)))))))....)))).)))..)))).......)))))..)).(((((((((((((....((((..((((..(((..((.(((...))))))))..))))...))))....((((((....)))).)).((((.......)))).........((((......((((((((..(((.((.((......))..)).)))..((...((((....))))...)).......((((((...((((((((.....((.((((((.....(((((.........)))))..))))))..))......))))))........))...)))))).(((..(((((((((((((............)))))))))))))..)))....((((((.((.................))..)))))).)))))))).....)))).....((((((((..........)))))))).((........))..)))))))))))))....))))))).((((((((.(((((.(.((((.((.((((....(((((....)))))..)))).((((((((((((.....((((....)))).(((((.(((((.......((...)).(((((..(((.((((((((((((....(((((.(((...((((.......))))....(((((((..........)))))))...))).))))).....))))..(((((((((....))).))))))...)))).)))).)))...)))))....))))).)))))....(((((.((.((((.....))))..)).))))).....(((((((...........))))))).(((.(((((((((((.((((((........(((((....)))))))))))..............((((((......))))))....((.(((((((((..................)).))))))).)).((((((........))))))......((((.((.((((...((((.((.((....)))).))))...)))).))....((....))...))))((((......))))......))))))))))).))).......))))))))))))...((((((((((.........))))....)))))).........)).)))))))))))))))))).............))))...)))))))))).)))).((....((((((((((....))))))))))...)). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................(((((....))))).....................(((((((........(((((((((((((..............)))))))).........(((..((bb........))BB..)))..)))))......)))))))((((((.((cc.((((((((.......)))))))).))CC.))))))..............................((((............))))........((((((((..............(({{..(((((....)))))..)).....................................(((((......................................((((((.....((((((.(([[[[.[[.....[[[......)).......(((]]]...)))]]]]]].....))))))..)))))).......................aaaaa....)))))AAAAA.............................................((..(((((((((((((............)))))))))))))..))........((....))..................................((((((........((((.........)))).....))))))..............}}...........................................((((((((....(((((....)))))..))))).)))..............(((....))).......................................................(((((.......((((.......))))....(((((((..........))))))).......)))))...........((((..(((....)))...))))...........................................(((((....((((.....)))).....)))))......((((((...........))))))..............................((((((.......))))))...................(((........)))...................................(((........))).......................................................................................................................................................<<<<<..........)))))))).....>>>>>........................................................................((((((((((....))))))))))...... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((...)).......................................((.(((.......).)).))...................(((((((..((.((((((((((.(((..........(....))).)).................((........))........)))))))).))))))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....))))...))))....(((((..((......))))))).((((..))))..................(((...(((((....))))).)))......(((((((.(((.((...((...))))...)))..(((((((((...(.......)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).....................................(((.(.((((((((((((.((((..((((((....(((((((.....))))))).)))))...)))))..)))))))))..((((((.....(((((((((..((((((((((.(((......))).....))))))))))......))....((....)).)))))))..))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.((((((......))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...))))))))).....((((((...........(..((.........(((..((((.....)))))....)...)....(........))).)......................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((.((((((.....))))..))..)...))))))((.(((....(.....))).).)..).....)))))))).......................))))))....................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........((((..((....))..))))....((((.(((..((((((((.(((........................((...((((((......(..(...((.....)))))).))))....))))).)))))..........................)))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((((..............))))))........................((.........)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((..)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....(((.....)))...)))).((((((...(..........)....))))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........(((((.....((((...(((((((((((...((((((((((......((((((.....))))))...)))))))).....)))))))))...(((.(((....((((((((...((((((((((.(((......))).....))))))))))...)........((....)).)))))))..))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((......))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))....(...(((((((..(...((.(((((.....(((((((....)))))))...((..............)).......))))).)))...(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((..(((......))).))))))))(...)((((.(((((((...((..((...))))....)))))))..(..(((((.............)))))......).))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((...))).))))))..((....))..)))))))((((.(((..((((((.(((((.......((((((....((((..(....................................................).))))...)))))).......))))).))))))..))).))))...))).)))((...(((((((((....)))))))))....)). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((((..............))))))........................((.........)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((..)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....(((.....)))...)))).((((((.(((..........).)).))))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((...((((((((((......((((((.....))))))...)))))))).....)))))))))...(((.(((....((((((((...((((((((((.(((......))).....))))))))))...)........((....)).)))))))..))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((......))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........))))))..(...(((((((..(...((.(((((.....(((((((....)))))))...((..............)).......))))).)))...(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((..((...)))).)..)))))))..((.(((((.............))))).)).....))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((...))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((.......((((((....((((..(....................................................).))))...)))))).......))))).))))))..))).))))...))).)))((...(((((((((....)))))))))....)). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((...((((((((((((((...........((((((.((.((((.(((.....(((.((.(((((....))))).))..)))....))).)))).)).......(((((((((((.(((((((((.........................((((((((...........(((((.(((.((((........))))...))).......(((((((((..(((((....)))))..))).(((.......(((.((((....)))).))).......(((((.((....))...))))).)))......)))))).........)))))........((((..((((..(((.(((......)))...)))..))))...))))...)))))))).....................................((((((.....((..((.(((.((.((......))..)).)))..((...((((....))))...))......))..))..))))))))))))))).)))))).)))))..)))))).....(((.((..((.(((((..(((((.((((.......(((.((((.((((((((((..(((((((((((((............)))))))))))))..))))......((....))......(((((.((((((((.((..((((((((.(((((((..((...((((.........))))))..))))))).....(((((.(((..((((((((......)))))).))..((((((((((.(((....((((((((....(((((....)))))..))))).)))..((((..((((((((.((...(((((((...((((((......))).)))....((....))......)))))))...............((((.......))))...........))...))))))))..))))......))).))))..))))))....))))))))...))))))))...)).....(((((...((((.......))))..((((((((((((.((.((((.....))))..)).))))).....(((((((...........))))))).....))))))).)))))...))))))))..(((((....)))))))))).......)))).)).)))).)))...(((..((....))....((....))....))).........)))).)))))..))))).))..)).))).............))))...))))).)))))....))))...(((((.................((((..((.((((.((.((.((.((.........(((((((((((...((((....))))......(((((.((((((((((.........))))....))))))..))))).))))))))))).((((((........))))))...)).)).)).))))))..))..))))....((((((((((....))))))))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.(((.(((((((((((...((((((((.(((((((.(((((.((......)))))).))))))))........(((((........((((...(((((((..((((..(((((((((((((..............)))))))).........(((...((((........)))).)))..))))).)))).)))))))(((((((((...((((((((.(....))))))))).))))..)))))..(((.((((.....(((.((((.......)))))))....)))).)))..)))).......))))).....(((((((((((((....((((..((((..(((..((.(((...))))))))..))))...)))).....((((((.....))))))((((.......))))...................((((((((..(((....((.(...))).....)))..((((((((............(((((.....)))))...((((((((........((((((.....(((((.........)))))..))))))..........)))))).))......))))))))..((((..(((((((((((((............)))))))))))))..))))...((((((........................)))))).))))))))(((((((.......((((.........))))....))))))).............)))))))))))))....))))))))((((((((.((((.((.((((...(((((....(((((....)))))..)))))((((((((((((.....((((....)))).(((((.(((((.[[[[..........(((((..(((.(((((((((((((...(((((.(((...((((.......))))....(((((((.(.......))))))))...))).)))))...)).)))..(((((((((....)))).)))))...)))).)))).)))...)))))....))))).)))))....(((((....((((.....)))).....))))).....(((((((...........))))))).(((.(((((((((((((((.........(((((((.....))))))))))..(((...))).(.((((((......))))))).((((.(((((((((..................)).))))))).))))..((((((.................))))))..((((...((((.((.((....)))).))))...))))........]]]]..........((((......))))....).))))))))))).))).......))))))))))))...((((((((((.((....))))))....))))))............)))))))))))))))))).............))))...)))))))))).)))).......((((((((((....))))))))))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((..................))........................................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((..)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......(.....).....))))..(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((.(((((((.....(((.((((......((((((.....))))))...)))).))).......)))))))...(((.(((....((((((((...((((((((.(.(((......))).....).))))))))...)........((....)).)))))))..))).)))...)))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((......))))))...((....))....)))))))))))..)...((((((((....))))....................((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((......((((((....))))))....((..............)).......))))).))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((...))))....)))))))..((.(((((.............))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))..........))))))))))))...(((((.....((((.(((..((((((..((((.......(.((((.....(((.........................................................)))....)))).).......))))..))))))..))).))))..((....))..)))(((((((((....)))))))))))..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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