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AAAAUUUUGAGUUUGAUGAUGGCUCUGAUUGAACGCUGUCCAAGUACUUGACACAUGCUAAUCGAACGACUAAUUAGUUAUUAAACUAAGUAGUAGUGGUGUACAGGUGAGUAAAAGAUAAUUUGGCUACCUUAAAGUAAGGGGAAAAAUCCCUUAUAAAAAGAAAGGAAAAAGAAGGUCCGCUUUAAGAUGUUAAUUAUUAUCACGGUGAGUAGUAGUAAAGGUAAUGACUUUACUAGCUAAAUCCGUAGUCGUGACUGAGAGGUCGAUCGACCACAUUGGGUCUGAAAAAACCCCAAUGCGUUUUAGUACAGCAGUGAGGAAUAUUGGUCAAUGGCCGAAAGGCGAACCAGUAACUUGGAAGAAUGAAAGUGUAUUAUAAUAAUACAAUAACGAUUAUAUCGUAUAAAAUUCUAAAUAGAAUAAUGAUAAUGACAAUUUUCUAUUUAUAAGUCUUGACCAAACUACCUGCCAGCAGUCGCGGUAAUACGUAGAAGACUAGUGUUAAUCAUCUUUAUUAGGUUUAAAGGGUACCUAGACGGUAAAUUAAACUCUAAAUGAGUACUUAUUUACUAGAGUUUUAUGUAAGAAGGAAGAAGCUCUGGAGUAGUGAUAUAAUACGUAUAUACCAGAGAGACUGGUAACGGCGAAGGCAUCCUUCUAUGUAAAAACUGACGUUGAGGGACGAAGGCUUGGGUAGCAAGAAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCCAAGCAGACAAUGAUGAAUGUCAUAGACUAGAAAAAGUCGUUUAGACUAUAAAUUUAGUCUAUAAAUGAAAGUGUAAGCAUUCCACCUCAAGAGUAAUAUGGCAACAUAUAAACUGAAAUCAUUAGACCGUUUCUGAGACCAGUAGUGAAGUAUGUUAUUUAAUUCGAUGAUCCGCGAAAAACCUUACCACAGUUUGAAUAUUUUACAAGCGCUGCACGGCUGUUUUUAGUUAAUGUCGUGAGAUCUGGUUAAGUCCUUUAAUUAACGAAAACCCUCACUUUAUUUGCAUUUAUAAAGUUGAUCGCCUUUAUAUUGGUUAGAUAAUAGGGAUUAAGACAAGUCAUCAUGGCCUUAAUACUGUGGGCUAUAGACGUGCCACAUAUGCCUUUACAAAGGGAUGCGAUUUUGUGAAAUUGAGCUAAUCCCCCAAAAAAGGAUAUAAUAUGGAUUGUAGUCUGUAACUCGACUACAUGAAUAAGGAAUUACUAGUAAUCGUGAAUCACCAUCGUCACGGUGAAUUAAAAAUCAGCUGGGUACUAACCACUCGUCAGGCGCUGAAAGAAGUAUGUGCAAGAAGUUUGAUUUACUUAUAUUUAUAAUAUAUAUAAUCAGUUAUAUAUAUUUAUAAGUUAAAUUUUCGCAUGCAUGACUUUGAUUGGUGUUAAGUCGAAAUAUGGUUCGUGUAAUGGAAAUUGCACGGGAUGAAUUA |
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Afold
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[ FASTA input ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
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...((((.(((((((((....(............((((.....(((.....(((.(((..(((..((.((((.((((((....)))))).)))).)))))................((((((...(.((.((((((((..(((((....)))))............(((.........))))))))))).)).)....))))))((((..(((..((((((((.......)))))))))))....))))......((((....)))).......(.(((((((...........))))))).)..........)))))).......((((((((.((((....)))..........................(((((.......)))))...(((((...)))))........(.((((((((.................))))))))....)).))))))))......)))...))))..((......))..(((((.............))))).((((((.........)))))).).....))))))))).))))((((((((...((((((((((((((((.(((((((.....((((((.(((...............))).))))))............((....)).))))))))))))).))))....((((((...(((.((((((...((....(((.........)))....)))))))).................((((((((((...((((.....)))).....))))))))))........((....)).)))..))))))........((((((((((....(((...(((............)))...)))........))))))......((((........))))........(((((((.............(((.((((...(((((((((..((.((((..(((((...(.(((((.........))))).).....)))))..)))).))...(((((((........)))))))....................))))).)))...).)))))))...)))))))...........))))(((((.(((((.....(((..((...(.......)....))....))).....))))).....)))))...(((((((........)))))))..............))))))(((((((..........)))))))................))))))..((((.(((.(.((((((((..((((..((((((.((((........(((((((.......((((((........))))))....))))))).....))))...)))))).))))..))))))))..).)))....))))(((((((((....)))))))))......)). |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......)))))...........(((.((((())))))))............((.((((.((((((....)))))).)))).))...................(((((((((((...((((((((((((((.....)))))))..........(((.........))).)))))))..)))))..))))))((((....(((((((((((.......)))))))).)))...)))).((((((((((...(((((()))))).(((((((...........)))))))............((....(((....((((((((.((((....)))...((((....))))..((((.....(((((((...)))))))...(((((...))))).....))))(((((((((.((((.......)).))))))))))).....)))))))))....)))))...))))))))))(((((.(((....))))))))............(((((.........)))))...........((((((((((((((())))))))...)))))))(((((.(((((((.(...(.(()).)((...............))((((((.....))))))..........).))))))))))))..........((((((...((..((((((((.((.((..((........)))).)).)))))))).((((........))))((((((((((...((((.....)))).....))))))))))........((....))..))..))))))..((.(((((....)))))..))...................(((....)))...(...(.........................................(((((.........))))).)...)(((((((((((((((..(((((((((((..(((...((.................((((....((((((.....(((((((.((())).)))))))......)))))).)))))).....((.(((...(((((((.........))))))).))).))(..(((((((((((.....((((((((((((....)))))..))..))))).....))))).))...)))))..(((((((........)))))))..........(((((())))))........)))))).))))))))))))))))).))))))(((....)))..(((.(.((((((((..(((((.((((((.((((((((....(((((((.....(((((((((((....)))))))))))))))))))))))).))...)))))))))))..))))))))..).))).......((((((((((....))))))))))........ |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((((((((...........)))))).((....))..[[[......))))))).((((.((((((....)))))).)))).]]].......((((((.....(((((((((((...((((((((.((((((....))))))...........(((.........)))))))))))..)))))..))))))((((....(((((((((((.......))))))).))))...)))).(((((((((....)))))..))))..(((((((.[[[.......)))))))..........]]]..........(((((((.....(((....)))..)))))))............(((..(((((((...)))))))...(((((...)))))......)))(((((((((..........[[[....)))))))))...]]].........(((((((....)))......[[[[[[)))).......]]]]]]....((((((.......)))))).((((.....))))..(((.[[[[)))..]]]].(((((...[[[[[[[[[[..)))))......]]]]]]]]]].(((....)))....(((...((((((.....))))))...))).....((((((((..............[[[...[[[[....[[[.[[[[[...))))))))....]]]]].]]].]]]].]]]..........((((((.((((((((((...((((.....)))).....))))))))))...[[[........))))))....]]]......(((((....)))))..((((......(((((.....)))))......))))................((((........))))....))))))...(((((.........)))))......((((((......(((((((((....)))..[[[[..........))))))...]]]]...(((((((........))))))).....(((....[[[[)))..]]]].....(((........[[[)))(((((((.........))))))).]]].(((..(((((.(((((.....(((((.((((((....)))))).....))))).....))))).....)))))...[[[[[[[.)))....]]]]]]]........................(((.[[[[[.)))....]]]]].........))))))(((....))).....(((.[[[[))).........]]]].........((((((((((((.....(((((((((((....))))))))))))))))).))))))..(((.....[[[[[[......)))..]]]]]]........((((((((((....))))))))))........ |
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Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((..((((((((.....))..)))))))))).(((((((....((((((((((..((((.((((((....)))))).)))).(((((((((((.(((......(((((((.(((...((((((((((((((.....)))))))..........(((.........))).)))))))..)))))))))).(((((((...(((((((((((.......)))))))).((.(((((.(((((.(((((((((((.((((((((..((((((((........).))))))).((......))...(((((((...((((((.....(((....)))..)))))).((((..........))))((((((...))))))....(((((...))))).........(((((((((...((.......))...))))))))).(((.(((((((........((((.((....)))))).(((((((((..((((((........(((..((((((((((....((((.....))))..)))))).))))..)))........))))))..)))))))))...........(((((.(((..(((((((.....)))).((((((.....))))))...((....)).((((((.((((........)))).)))))).....(((((((..((.((..((........)))).))..))))))).((((........))))((((((((((...((((.....)))).....))))))))))....(((.((....)).))))))))).))))).(((((....))))).....((..((((..(((.(((.((((((.((((.(((.(((.((((((((((((((........))))...............)))))))....)))...))).))).)))).))))))..))))))))))..)).)))))))..)))..............))))))).(((........)))..))))))))))))....))))))))))..)).))))).)).((.(((...(((((((.........))))))).))).))(((..(((((((((.....((((((((((((....)))))..))..))))).....))))).))))...)))..(((((((........)))))))..............)))...))))))).(((((........)))))........))).))..))))..)))))((.((((...))))..)).(((((((...((((((((....(((((((.....(((((((((((....))))))))))))))))))))))))))))))))).....)))))))))))))))))..........((((((((((....))))))))))........ |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.......[[[[[[)).........]]]]]]............................((((.((((((....)))))).))))......................(((((((((((...((((((((((((.((....))))))...........(((.........)))))))))))..)))))..))))))((((....(((((((((((.......)))))))).)))...)))).((((.((((....))))...))))..(((((((...........)))))))...................((....((((((((..(((....)))...(((......)))...........((((((.....))))))....(((.....)))..........(((((((((...((.......))...)))))))))......))))))))....))..........(((((......................................((((.....((((.....))))bbb))))((.......)).....BBB.......(((((((((.(((((((.....((((((.((.................)).))))))............((....)).)))))))))))))).)).....((((((.......(((((((((aa.aa..........))..AA.AA..))))))).(((..........))).((((((((....((((.....))))......)))))))).......................)))))).....(((((....)))))..............................................................)))))................((((.........)))).......(((((((((((((((....((((((...(((((....(((((.............((((....(((((......(((((((........))))))).......))))).))))..........(((...(((((((.........))))))).)))............(((((.....(((((((.(((......)))...))..))))).....))))).............(((((((........))))))).....)))))...)))))...........{{......))))))}}))))))))).)))))).............((...((((((((..(((((.((((((.......((<<<.(((((((......((((((((((....)))))))))).)))))))))>>>.......)))))))))))..))))))))....))........((((((((((....))))))))))........ |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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