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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00780



RNA: CRW_00780
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...((((((((...((((........))))...))))..........(((..(((((...((((((((((((.............))))...((.(((....((.(((((((.(((((.(((((.((....)).....(((((.((((((((....((((....))))(((....))).......))))))))..((((....))))....((((..((.(((((...))))).))..(((((((...(((.....)))..)))))))..............))))...)))))...))))))))...)).))))))).)).((((((((..............(((......)))...((......)).................))))))))...........................))).))......))))))))..))))).......(((((((((......((((((.(((((.........((((((.(((((........((((.((...((((....(((((.((..((((.(....)))))..))...))))))))).((((((..(((((........)))))................((..((((.((.........)).)).))..))..............))))))....)).))))..((((.....))))......)))))...))))))..(((.((((((((.((((((.....))))))....((((.................))))...)))))))))))..)))))))))))...(((((((((...............)))))))))....))))...))))).)))......(((((((............((((................................))))...)))).))).))))......((.((((((((((....))))))))))..)).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((...(((((..(((((((..((((((((......((((...(((((...((((((((((((.............))))...((.(((....((.(((((((.(((((.(((((.((....)).....(((((..(((...((((.((((....((((..(((..(((..(((..((((.....))))..)))))))))....((....)).)))).))))))))...(((((((...((....)).....))))))).............))).....)))))...))))))))...)).))))))).))...(((((((((...((......)).((....((.(((((((.......................))))))).))..))..)))))))))..........))).))......))))))))..))))).....))))(((..((((((.....(((((..............)))))..(((.(((.....((((......)))).....))).)))....(((((...((((..(((((((..(((.....(((....(((((........))))).....)))....(((((...((((.((.........)).)).))..(((....(((..((......))..((((((...........))))))....)))..)))))))).....)))...))))))).....)))).((((((((.....................))))))))....))))).))))..))))).))))))))(((((((((...............))))))))).((.((((.(((((.(((...........)))...))).....)))))).))...)))))))....((((((...((((............))))..))).)))..)))))(((((((((....))))))))).))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(((((.((((.........(((((...((((((((................(((((.............((.(((((((.(((((.(((((......((...........(((((((((....((((....))))(((....))).......)))))))))..(((....)))..........................((....(((((((((.((....))))...)))))))...))..........))............))))))))...)).))))))).)).((((((((........................................................)))))))).......................)))))...........))))))))..))))).....)))).))))).................................(((((..........((((......))))................)))))....................((((((((((((((((((........))))).......(((((((......((..........((((((((((...(((.(((...................))).)))...((((.....))))....))).)))...))))..))....)))))))....((((.....)))).......)))))))).............((..((.((.((.......)).)).))..))..(((((((((...............)))))))))....)))))..........................((((.((...((((................................))))...)).))))...............((((((((((....))))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..(.......)..))))(((((((((..((((.......(((.(((..((....))......(((..............(((((...........)))))(((((((....(((..(((....))).)))......)))).))).....)))...((....))......))))))...(...(((((...(((((....))))).)))))...))))).....(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))......(((.....(.((((.........(((.......((((((((..............(((......)))(...).........................))))))))......)))..........))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........(((((..............))))))))).(((......((((......))))....)))........(((((.((((.((...((..((((((.((((((((((..(((((........))))).......(((((((...........((.((.(..(((((((....(((.(((.(((......)))......))).)))...((((.....)))).....)).)))...))).))))....))))))).)).)))))))).)...(((((...)))))......................((.((.......)).)).)))))....((((((((...............)))))))).....))...)).))))))).))....(..((.(..((((.((....(((................................)))....)).))))...).))...).((..(((((((((....)))))))))...))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(........)(((...(((((.((((.....(...(((((.(.((((((((........((......(((((.............((.(((((((.(((((.(((((.((.(((((.(........(((((((((....((((....))))(((....))).......))))))))).((((....))))).....((....))..((...))((((....(((((((((.((....))))...)))))))...)))).......)))))...)).....))))))))...)).))))))).)).((((((((........................................................)))))))).......................)))))...))......))))))))).)))))..)..)))).)))))....)))....(....................)((((((.(((.....((((......)))).....))).)......)))))(............((....(((((((((((((((((((........))))).......(((((((.(....((.........(((((((((((...(((.(((...................))).)))...((((.....))))....))).)))...))))).))..).)))))))..((((((.....))))).)....))))))))............(((.(((.((.((.(....))).)).))).))).(((((((((.(...........).)))))))))....))))))..)).........)...........((((.((...((((................................))))...)).))))...((..........((((((((((....)))))))))).))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((..[[[[...[[[[..)))...]]]]...]]]]...((((..[[[[..))))..]]]].....................(((((...........))))).(((((((...(((.(((((..............((((((((((((((....((((....)))).................)))))))))(((((....)))))...((((.....(((((...))))).....(((((((...(((.....)))..)))))))..............))))...)))))...))))))))......)))))))......(((((((((...........(((......)))(((((((.......................))))))).........)))))))))..........((((((.((((...)))).[[[[[[...........)))))).....]]]]]]...((((..........(((.....[[[.[[[.....[[[[)))...]]]].....]]].]]]..((((.[[[[..))))...]]]]..))))....(((((((((((((........))))).......((((((((((......))).....(((((((((((...(((.(((.(((......)))......))).)))...((((.....))))....))).)))...))))).......)))))))..((((((.....)))))).....)))))))).......((((..(((.....)))))))...(((............[[[[[[[[[.........)))...]]]]]]]]].(((((....[[[[..............)))))..]]]]....................................((((.[[[[[......))))..]]]]]........((((((((((....))))))))))......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((......((((........)))).((((((((...((((......)))).(((((((....(((((((..((((....(((((.((((.......((.(((((((.(((((.(((((.((....)).((((((((.(((((((((....((((....))))........((.....)))))))))))...))))...))))..((((((.((((......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).........))))...))).))).))))))))...)).))))))).)).((((((((..............(((......)))....(((...................))).))))))))..................((((.....((((((...((...((((.........))))...)))))))).(((....)))...((((...........(((.(((((.(((..((..(((...............)))..))..)))))))))))..............)))).(((((((.(((.((((........)))).................((..((((.((.........)).)).))..)).....(((......))).....((((((...........)))))).))).)))))))..((((...)))).)))).)))))))))))))...))))))).....................)))))))....((..(((....))).)).))))))))(((((((((...............))))))))).((((((...................).)))))..((((.((...((((................................))))...)).)))).)))))......((.((((((((((....))))))))))..))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(((((.((((.........(((((...((((((((.....................................(((((((.(((((.(((((...................(((((((((....((((....))))(((....))).......)))))))))..................................(((((((...<<<<<<)))))))...........>>>>>>.............................))))))))...)).)))))))......................................(((((((.......................)))))))........................................))))))))..))))).....)))).)))))................................................((((......))))...........................................((((([[[[..(((((........))))).......(((((((......((...((((.................((........................{{{)).....((....}}}))..............))))...))....)))))))......)))))...............]]]]................................................(((((((((...............)))))))))....((.............................aaaa.aa...aa))..................................AA...AA.AAAA...............((((((((((....))))))))))......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.......(((........)))...(((((((...((((......)))).(((((((..........(...........................((.(((((((.(.(((.(((((.((....)).....(((((.((((((((....((((....))))(((....))).......)))))))).(((((....))))).....((.....(((((...))))).....(((((((((.((....)))))...))))))..............)).....)))))...))))))))....).))))))).)).((((((((..............(((......)))..............................))))))))...........................((((((...(.....)((.........)).......)))))).(((....)))....(((((.............(((((.(((..((..(((...............)))..))..)))))))).((((((...(.........).(((((((.((.(((((........)))))................((..((((.((.........)).)).))..)).....((........)).....(((((((......))...)))))..)).)))))))..((((...)))).)))))))))))..........)...((((.....))))...........)))))))....((..((......)).)).))))))).(((((((((...............))))))))).((((((...................)).))))..((((.((...((((................................))))...)).)))).))))).........((((((((((....))))))))))......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((...(((((((..(((((((((.............)))).....(((((((....(((((((..((((....((((((((.........(((((((((.((((((.(((((..............((((((((((((((....((((....)))).................)))))))))(((((.........)))))....((((......(((((......(((((((.........[[[[[..)))))))))))).........))))...)))))...)))))...((((((((((((...(((((..................)))))........(((((((.......................)))))))............................((((((.((((...))))..................))))))........))))))...........))))))....)))))).......((((......))))....(((((..........((((.........)))))))))..)))))))))..(((((........))))).........(((((.(((..)))........(((((..............((((................((((((...........))))))........))))...))))).......)))))))))))))))))...))))))).....................))))))))))))......)))))))))))))......(((((((((...............))))))))).(((((.................]]]]])))))..((((......((((................................))))......)))).))))).........((((((((((....))))))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..((((((.....((((...(((....(((((.((((....((...(((((...((((((((((((.............))))...((.(((....((.(((((((.(((((.(((((.((....)).....(((((.((((((((....((((....))))(((....))).......)))))))).(((((....)))))...((((..((.(((((...))))).))..(((((((...(((.....)))..)))))))..............))))...)))))...))))))))...)).))))))).)).((((((((..............(((......)))...((......)).................))))))))...........................))).))......))))))))..)))))..)).)))).)))))..........(((((..............))))).)))..))))....((((......)))).........)))))).(((((((......((...(((...((((((.((((((((((((........)))))..((((.(((((((......((...((((....(((...(((...(((.(((.(((......)))......))).)))...((((.....))))....))).)))..))))...))....)))))))......))))..............))))))).............(((.(((.((..(((....))).)).))).))).(((((((((...............)))))))))....)))))).)))...))...))))))).)))..((((.((...((((................................))))...)).))))..((((.........((((((((((....))))))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((......((((..[[[[..))))..(((((((...((((......)))).(((((((.........................................(((...........(((((....{{{{{{{{..((((((((((((((....((((....))))(((....))).......)))))))))(((((....)))))....(((.....(((((...))))).....(((((((((.((....)))))...))))))..............)))....)))))...))))).............)))....((((((((..............(((......)))..............................))))))))...........................((((((.(((.....)))..(((........)))..)))))).(((....)))....(((((...........(.(((((.(((......(((...............)))......)))))))))((((((...............(((((((.((((((((........)))))....................((((...............)).)).........(((......))).....(((((.............))))).))).)))))))..((((...)))).)))))))))))...}}}}}}}}...(((((...)))))...........)))))))...........]]]].......))))))).(((((((((...............))))))))).((((........................))))..((((......((((................................))))......)))).))))).........((((((((((....))))))))))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.(.(((...(((((((..(((.(((((.............)))))....(((((((....(((((((..((((....((((((((..(((....((.(((((((.(((((.(((((.((....)).....(((((.((((((((....((((....))))(((....))).......)))))))).(((((....)))))...((((..((.(((((...))))).))..(((((((...(((.....)))..)))))))..............))))...)))))...))))))))...)).))))))).)).((((((((..............(((......)))...((......)).................))))))))...........................)))....(((.....))).......((((((((((((((.............(((((..............))))).(((((........((((.((...((((....(((((.((..((((.(....)))))..))...))))))))).((((((..(((((........)))))................((..((((.((.........)).)).))..))..............))))))....)).))))..((((.....))))......)))))..))))))))....))))))))))))))))))...))))))).......(......)......)))))))......)))..))))))).(..((((((..(((((((((...............))))))))).((.((((..((((.(((..(.....)..)))...))))......)))).))..............................))))))..).)))))))))......((.((((((((((....))))))))))..))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((((........(((((((((.............)))).....(((((((((..(((((((.(((((...(..((((((......)))(((((((((.((.(...((((.....((((((((((((((((((((((((.(....((((..))).)..............).))))))))).).))))...)))).((.......))..(((..)))((((....(((((((((.(.(...)))).))..)))))...))))....).).))))(((((......))))).((..)).....((((.(..((((..))))).)))).(((((.................(((.(((((.((((((.(.(.....((((((((.....(.((((..)))).)(..)).).))))))..)).)))))).))))((((((((...)).((((((...)).))))(((.(.(.(.(((..(........)..)))))).))).(((......)))..))))))..))))))))).)))).((..))(........)))))))))))))..((((((......))))))...(..)(((((((((..(......).(((((...(((((((.(((...(((.(((..(..)))))))....))....((.(((.(....)))).)))))).))).)...)))))...))))))))).)))).))))..))))))))..)................).))))))))))))...(((.......)))))))))..((((((((((.((..........))))))))))))((((((((((.(((..))))).)).).)))))..((((.............................(((...(((((((........)))))).)....)))..))))(((((((((((..)))))))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.(.(((......((((..(((....(((((.((((.........(((((...((((((((...........................(((....((.(((((((.(((((.(((((.((....)).....(((((.((((((((....((((....))))(((....))).......))))))))..((((....)))).....(((........(.....)........((((((..................))))))..............)))....)))))...))))))))...)).))))))).)).(((((((...............(((......)))...............................)))))))...........................))).........))))))))..))))).....)))).))))).............................(((.(((((..........((((......))))................))))))))..................((((....((..(((((........))))).......(((((((.................(((((((((((....((.(((...................))).))....((((.....))))....))).)))...))))).......))))))).)).....))))......(((.....))).........................)))..))))....(..((((((..(((((((((...............))))))))).((.((((..((((.(((..(.....)..)))...))))......)))).))..............................))))))..).))))))))).........((((((((((....))))))))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..((((((.....((((...(((....(((((.((((....((...(((((...((((((((((((.............))))...((.(((....((.(((((((.(((((.(((((.((....)).....(((((.((((((((....((((....))))(((....))).......)))))))).(((((....)))))...((((..((.(((((...))))).))..(((((((...(((.....)))..)))))))..............))))...)))))...))))))))...)).))))))).)).((((((((..............(((......)))...((......)).................))))))))...........................))).))......))))))))..)))))..)).)))).)))))..........(((((..............))))).)))..))))....((((......)))).........)))))).(((((((((.((...((.(((.((((.((.(((((((((((((........))))).......(((((((..((..((...))....(((((((((((...(((.(((.(((......)))......))).)))...((((.....))))....))).)))...))))).))....)))))))..((((((.....)))))).....)))))))).........((........)).))))))...))).))....(((..(((((((((...............))))))))).....))).)).)))........)))))).)))..((((.((...((((................................))))...)).))))..((((.........((((((((((....))))))))))))))..