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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00781



RNA: CRW_00781
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ................(((((...[[[.))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..((((((.((((((.....................................................................))).))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((((....)))))).....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((......)))).....)))).(...(((((...(.........)....)))))...)...(((((......(((((.(................).)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...(((((((((((.(((((((((((.....(((((.....)))))...)))))))))..)))))))))...(((((((((.((((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....)))))))))))))))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((((((........(((((.....)))))............))))))).((.((((..((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((.(((...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))..))))))).....(((((.....))))).......)))))...))))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((..((...(((....)))...))...))).....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.((((((((((((((((((((((....((((....(((((((.((((.....(((.(((((((.....))).)))))))......))))...)))))))...))))...))))))))))))))))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))..........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.......)))).)))(((.((((.........((((((...........(((((.(.(((((....((((((..(((((((((((((...........((((.(((.......)))..))))(((((((((((.((.((....)).)).........(((((.....(((.((...((..(((.......)))..))...)).)))..((((.(((((.(((((....((((.((((...))))..)))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).)))))..)))))..)))).....))))).))))).).)))))...)))))).))))).).)..)))))).(((((..(((((((.....((((....))))..(((.......((((....))))......((...((((((((....((((((((.((((((.(............).)))))).))....((((..(((..(((((((((.((....)))))...))))))..))).(((((((....)))).)))))))...))))))...))))))))...(((((.....((.(....((((((.....))))))....).))((((((((((((.((.(.(((.(((...(((((((((..((((...((((((..((.......))..))))))..))))..))....((....)).)))))))..((((((.....((((...((((....))))....))))...(((........))).((((.....)))).....(((((((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).))))..))))))........((((((.((((((((.................(((.....(((((((..((((((...((((((...((..((((.((((....))))))))..))...))))))..(((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((...(((((((..((..(((((((((....(((((((((.(((((.(((((...(.((...)).)...))))).)))))))))))))).((((((((((.((..(((((..(((((.(.....))))))..((((((((..(((((.(((((..((((((........))))))..))).)))))))...))).))))).(((((((((..((((.....))))...)))))))))..))))).)).))))))...))))..)))))))))((((((((((((((..((((((...))))))..).)))))))))))))..))..))))))).))))))..........)))))).))))))))))))))........(((........(.((((((...(((((.(((.(((.(((.....))))))))).)))))....)))))))........))).......))))).)))))..)))))).((.((((((...)))))).))..)))))))..(((.....)))))).((((((.........))))))..))))))))...........((((..(((..(((..(((....))).((((.((((((((..((.....))..))))))))))))..)))..((((((.(((((...((((.....))))..(((((((.........)))))))...))))).)))))))))))))..))))))..))).))).).))))))))))))))))))).))...))))))).)))..))))))))))))))))((((((((.(((.....)))..))))))))....))))))..((((.((((.((....)).)))).)))).)))).........((((((((((....))))))))))...)))...)
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.......)))))))))...................................................((((((((.(((((((................))))))).................(((((((.....)))))))......))))))))........................................((((((((((.....................................(((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))))))))))))((.........))........................))))))))))(((((...........)))))......((((...(((((....))))).)))).....(((((((((((((((((((((..(((.....)))..))))).))))))))))))))))...........((((((((...((((((.((....(((((........)))))..)).)....))))).....))))))))....................................................((((((.....))))))...((...((((((((((((.(..(.(((.(((.....((((...............................................................))))..............................((((((((.((....(((........)))..)).))))))))..................(((((((((((....)))))))))))..............................((((.(((((....)))))..)))).........................................((......................))((((..(((........((((((((.((((((((.((((....)))))))))))).))))))))...((((.(((((.((((((((((((((((((((.((((....(((((((...................(((((((((.(((((((((((...(.((...)).)...)))))))))))))))))))).((..(((((((((..(((((..(((((........)))))(((((((....))))))).......((((((.(....).))))))...........................(((((((((.((((.....)))).))).))))))...))))).))))))))).....))...........((((((((((((((..((((((...))))))...))))))))))))))......)))))))..))))...........)))))).)))))))))))))).....................((((((...(((((.((.((((............)))))).)))))....))))))...................))))).))))..........((.((((((...)))))).))..........................((((((.........)))))).....................................))).))))((((((..(((((((((.((.....)).)))))))))...))))))..((((((.((((...................(((((((.........)))))))....)))).)))))).................))).))).)..)))))))))))))......)).......................................((((((((((((((......))))))))))))))...................(((.........))).........((((((((((....))))))))))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.......)))).((((((..((((.((((..((((..((......(....(((.(((.......(((((.......(((((((................))))))))))))...(((((..((((((.(((((............((.............))......(((.....((((((((..((...((((((((..(((......))).......(((....)))))))))))..)).))))))))(((...(((..((((((((.......))))))))))).....)))...(((((((......)))...))))))).)))))...)))))))))))....((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).))))))......))))((((......((((......)))).....))))))))...))))..).)))))...(((....(((((((...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).....)))))))......)))(((.....(.((((...(((.((((((..((((...((......(((((.......)))))......))...)))).))))))......(.(((...((((((((...(((((((....(((......))).......)))))))...)(((.........))).)))))))..))).).......)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))))))).(((...(.(((((....))))))..)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....(.((........)).)........(((((((.....................(.(((((....))))).)................((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..(.((......)).)..))))))....(((((((...((((........((((((((...((.......((((......))))....))..(((((((.....((((((.((((.........(((((...(((...(..(((((........((((((........))))))........)))))..)...))).))))).(((((((.((((.....)))).)))))))......))))....(((((((.(((..(((..(......(((((((((((.....(((((.....)))))......)))))))))))((.((...............)).)).........(((((......)))))........)..)))....))).))))))).....)))))).......(((((..........))))).....)))))))..............))))))))..))))..))))))).((.((((.......)))).)).............)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....)).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((((((..((((((((.............)))))))).....(((((......(((((.(((.(((.(((((...........))))).))).))).))))).....)))))........))))))))....))...)....((((((((((....))))))))))..........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.......)))).)))).((........))..(((...((...(((.......)))....))....)))(((((((((((((((................))))))).((.........))...(((((((.....))))))).....))))))))................(.......)................((((((((((..((((........(((....))).......((.(((((.((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..)).))).)).))))))..((((((.....))..)))).....))))))))))(((((.(.......).)))))...(((((((...(((((....))))).))))).....((((....)))).....(((...((.....))...)))(((((.((((((.(............).)))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((((((((.............)..))))))))...(((((((..(((((...(.(((.....((((((.....))))))...))).)((((((((((((.((.(.(((.(((.(.(((((((....((((((.....((........((.............))....))....))))))...)))))))((((((((...(.((((...((((....))))....))))..)(((........))).((....))..............(((((((.((((((((((((()))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).......)))))))).((((.((......)).))))((((..................))))((((.(((((((((...((((((...((..((((.((((....))))))))..))...))))))))(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((..(...((((((.......))))))(((.(((((.(((((.(.(.((...)).).).))))).))))))))((((((.((((((((((.((..(((((..(((((........)))))..(((((....)(((((.(((((..((((((.((())).))))))..))).)))))))(....))))..).((((((((...((((.((()))..))))))))))))..))))).)).)))))))...))).)))))).(..((((((((((((((..((((((...))))))..).))))))))))))).).)..)))))))..)))))..........)))))).))))))))))))))((.....))((.......(..((((((...(((((.((.((((............)))))).)))))....)))))))........))......).))))).)))))....)))..((.(((((.....))))).)).....(.((((((()))..)))).).((((((....)))).....))......((((.....)))................)..))))))))(((((((.((((((((..((.....))..)))))))))..))))))..((((((.((((...((.......)).....(((((((.........)))))))....)))).))))))...............).))).))).).)))))))))))))))))))..)))))..))...))...(................((((..((((((..((((((......))))))..))))))........))))).....(((((.......)))))........((((((((((....))))))))))((.....)).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.......)))).))))((((((((.(((((((((..(((.....)))..................)))).)))))...))))))))..............((((...((((...(((((((((((((.(((..............(((...)))...(((((.....(((((......(((((((............(((((((((..((((.(((((.((((((...((((.((((...))))..)))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))))))))))..)))))..))))..(((((((...)))..)))).....))))))))))))))))((((..(((..(((((..((((......(((((....))))).(((......((((((((..(((.(((((((..(((.....)))..)))))))..)))..)))))))).......))).......))))..))))))))..)))))))))....)))))........))).)))))))))((((....))))))))..))))...))))........(((((....[[[[...........)))))...]]]]..(((..[[[[[[[....))).(((((....)))))......]]]]]]]...((((...((((((.(((.....)))...))))))..)))).(((.........))).(((((((.[[[[[[..(((....))).((((....)))))))))))....]]]]]].(((....[[[[[)))..]]]]]...(((..[[[[[[[.(((((((((((....)))))))))))..........)))..]]]]]]]..((((..((((.(((((....)))))..))))..[[[......))))..]]].......(((..((((..[[[))))...)))......]]]............((((.((((...((((((.......((((.((((....)))))))).......)))))))))).)))).....((((((((((((((((((((((((((...(((((((......(((((((((....(((((((((.(((((.(((((.................))))).)))))))))))))).((((((((((.....(((((..(((((........)))))((((.....)))).(((..............)))((((((..((((....))))(((((....)))))))))))(((((((.((((.....)))).)))))))......)))))....))))))...))))..)))))))))(((((((((((((...((((((...))))))....)))))))))))))......))))))).))))))))..........)))).)))))))))))))).(((.....[[[[.)))......]]]]((((....((((((((((.((((.......((((((((((....(((.(((..............(((((.....)))))......))))))((((((...)))))).....)))))))....))).....)))).((((((.........))))))...)))))))))).............))))..((((.[[[[.....((((.....))))......))))..]]]]......(((((((..[[[[[.)))))))...]]]]].....(((....[[[[[[[...)))...]]]]]]].....(((((..[[[[...)))))....]]]](((......(((..((((((.....((((....))))))))))..)))[[[[[)))...(((((((((((((.(((.....)))..)))))))).......))))).......]]]]].(((.[[[[[)))....]]]]]........((((((((((....))))))))))..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.......)))).)))).(((((...........)))))...(((((((.(((((...(((((.....((((((((.(((((((................)))))))((((.......)))).((((((((.....)))))).))....)))))))).((((((..((((((((((.((((.((((((...((((((.(((((((((..............(((....)))..(((((((.(((((.((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..)).)).))).))))))).((((((......)).)))).....)))))))))..(((((((.(((......(((...))).(((...(((((....))))).))).......((((.((((((..((.(((...(((.(((((((..(((.((((.((((((................)))))).)))).))).(((.(((....((((((....(((.((((....(((((((........))))))).....)))))))......))))))))).))).....(((((((((........((((((.....))))))...(((((((....((((((..((((((..(((...(((((((....((((((.......((((...(((.............))).))))....))))))...)))))))..)))..(((((..(((((..((((...(((((((..((....(((........)))..))..))))))))))).((.....))....(((((((((((....))))))))))))))))...)).)))....(((((......))))).(((((....)))))..))))))..)))))).)))))))...((((.((......)).)))).))))))))).))))).)))))...)))...((((.((((...((((((...((..((((.((((....))))))))..))...)))))))))).)))).....((((((((((((((((((((((((((...(((((((..((...((((((((....(((((((((.(((((.(((((.....((...)).....))))).)))))))))))))).((((((((((.((..(((((..(((((........)))))(((((((....)))))))(((((..((((((........))))))..))).)).((((........)))).(((((((((..((((.....))))...)))))))))..))))).)).))))))...))))..)))))))).((((((((((((((..(((((.....)))))..).)))))))))))))..))..))))))).))))))..........)))))).))))))))))))))........))..)))))).))))))).))).)))).(((((((((.(((((((.......(((((((....((((((((.............(((((.....)))))..)).))).)))((((((...)))))).....)))))))..(((.....))).....(((((....))))).)))).))))))))))))...(((((((....((((..((...(((....)))...))...))))....)))))))...))))))...))))))))))((((((...((......))...)))..))).(((((((.........)))))))...))))))))))(((..((....))..)))))))))....((((.((((((.....((((....)))))))))).....)))).))))).))))).......((((((..((((((......))))))..)))))).((((.((((.((....)).)))).))))))).)))).((...((((((((((....))))))))))..))......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.......)))).))))..................................................(((((((((((((((((((((............(((.(((.......)))..)))((((((.(((((...((((........(((..........................(((((((.......(((((((.(((((......))))).....(((....))).))))))).....))))))).(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))......dd....)))......DD..)))).)))))...))))))..)))))).))))).)).)))))))).(((((...((.(((.....((((....))))............((((....)))).(((......................(((((.((((((................)))))))))))...............((((..........)))).....................{{))).}}..........................(((((..(((((.............((((((.....)))))).........(((((((((((......(((.(((...(((((((............((((.................))))...............((....)).))))))).(((((.......(((....((((....))))aa...)))........................AA..............((((((..((((((((((......))))))))))...((....)).....))))))........((((.(((((....)))))..))))..............))))).................................................................((((((...((..((((.((((....))))))))..))...))))))....(((.((((..((((((((((((((((((((((((((...(((((((......((((((.......))))))(((.(((((.(((((.....((...)).....))))).))))))))((((((.(((.((((((.....(((((..(((((........)))))((((((..ee..)))))).......((((((........))))))................EE........(([[[[.[[[.[[[[))...]]]].]]]..]]]]....)))))....))))))....))).))))))....(((((((((((((...(((((.....)))))....)))))))))))))......))))))).))))))))..........)))).))))))))))))))......................((((....................<<<<<<...<<...<<<<<<<.....)))).....................)))).)))..............(((((.....))))).....>>>>>>>...>>.....>>>>>>..(((((....))))).....................(((((((..........((............cccc)).bbbbbbbb..)))))))....BBBBBBBB....CCCC...((((((.((((...((.......)).....(((((((.........)))))))....)))).)))))).................))).))).....))))))))))).)))))..)))))..)))..))...)))))..................((((((..((((((......))))))..))))))............................................(((((((((....)))))))))...........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((.......)))).))).(((........))).......((.....))....((((...(((((.....((((((((.(((((((................))))))).((.........)).(((((((((.....))))))).))...)))))))).((((((..(.((((.(((.((((.((((((...((((((.(((((((((..............((......))...((((...(((((.((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..)).)).)))...))))..((((((......)).)))).....)))))))))..(((((((.(((.......((...)).((((...(((((....))))).)))).......(((.((((((..((..(((...))).........(((.((((.((((((................)))))).)))).))).(((.((.....((((((....(((.((((....(((((((........))))))).....)))))))......)))))).)).))).(.(((((((((((........((((((.....))))))...(((((((....((((((..((((((..(((...(((((((....((((((..(..(((......))).)......))))))...........((....)).)))))))..)))..((((..((((...((((....))))....))))...(((........))).))))...((((...................(((((((((((....)))))))))))....(....)))))....(((((......))))).(((((....)))))..))))))..)))))).)))))))...((((.((......)).)))).))))))))))).).................((((.((((...((((((...((..((((.((((....))))))))..))...)))))))))).)))).....((((((((((((((((((((((((((...(((((((.......((((((((....(((((((((.(((((.(((((.....((...)).....))))).)))))))))))))).((((((((((.((..(((((..(((((........)))))((((((......))))))...((..((((((........))))))..)).....((((........)))).((((((((((.((((.....)))).).)))))))))..))))).)).))))))...))))..)))))))).((((((((((((((..(((((.....)))))..).)))))))))))))......))))))).))))))..........)))))).))))))))))))))........))..)))))).))).))).))).)))).(((((((((.(((((((.......(((((((.....((..................(((((.....))))).........)).((((((...)))))).....)))))))..(((.....))).....(((((....))))).)))).))))))))))))...(((((((....((((..((...(((....)))...))...))))....)))))))...))))))...)))))))))).((((((.(((((.((.........))....(((((((.........)))))))...))))).)))))).....))).)))))..))))))....((((.((((((.....((((....)))))))))).....)))).))))).))))........((((((..((((((......))))))..)))))).((((.((((.((....)).)))).))))...............(((((((((....)))))))))((.......))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.......)))).))))(((........)))......(((.....)))..(((((...(((((.....((((((((((((((((................)))))))((((.......))))(((((((((.....))))))).))..))))))))).((((((..((.(((.(((.((((.((((((...((((((((((((((((..((((.............................((((.....((((((((((..((((((((.(....))))))))))))..))))))).....)).))....))))..(((((((...).)).)))).....)))))))))).(((((((.(((......(((...)))((((...(((((....))))).))))......((((.((((((........................((((.(((.((((((................)))))).)))).))).(((........((((((....(((.(((((...(((((((........)))))))...).)))))))......))))))....)))...(((((((((((........((((((.....))))))...(((((((....((((((.(((((((..(((...(((((((.....(((((((((.(((......))))))....)))))).....................)))))))..))).(((((..((((...((((....))))[[[.))))...(((((...)).))).)))))]]]........(((.......))).(((((((((((....)))))))))))..................(((((......))))).(((((....)))))..)))))).))))))).)))))))...((((............)))).)))))))))))...................((((........((((((.......((((.((((....)))))))).......)))))).....)))).....((((((((((((((((((((((((((...(((((((......(((((((((....(((((((((.(((((.(((((.................))))).)))))))))))))).((((((((((.....(((((..(((((........)))))(((((((....)))))))(((((..((((((........))))))..))).)).((((........)))).((((((((((.((((.....)))).)).))))))))..)))))....))))))...))))..)))))))))((((((((((((((..((((((...))))))..).)))))))))))))......))))))).))))))..........)))))).))))))))))))))............)))))).))))))).))).))))((((((((((.((((((((......(((((((.........................(((((.....)))))............((((((...)))))).....)))))))..(((.....))).....(((((....)))))))))).)))))))))))))..(((((((....((((.......(((....)))........))))....)))))))...))))))...)))))))))).((((((.(((((.(((.......)))....(((((((((....)).)))))))...))))).)))))).....))).)))))..))))))....((((.((((((.....((((....)))))))))).....)))).))))).)))))...(((({{{{{{..{{{{{{..))))}}}}}}..}}}}}}.((((.((((..........)))).))))...............(((((((((....)))))))))((((...))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.......)))).))))...((((((....(((.(((((((.(((((...((..(((.((((((...(((((((((((((.(((((....((((.......((.(((..(((.(..((((((..(((((((.....)))))))..)))....)))....).)))...))).))....((((((.....(((((....((((((((((..((((.(((((.(((((....((((.((((...))))..)))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).)))))..)))))..))))..((((((......)).)))).....))))))))))((....)).)))))..(((..((((..(((((..(((((....))))).....(((...((((....))))......((..((((((((((...((((((((.((((((.(............).)))))).))....((((..(((..(((((((((.((....)))))...))))))..))).(((((((....)))).)))))))...))))))..((((((.((((((.((.((((.((((....((((((.....))))))..)))).))))..)).))))))....(((.(((...(((((((((..((((...((((((.(((.....)))...))))))..))))..))....((....)).)))))))..))).(((((..((((...((((....))))....))))...(((........))).)))))..))).((((.......(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))))..))))))))))))))))..)).))).)))))))))..)))..))))))...)))).))))))))))).....)))))))...((((.((((....))))))))..)))))).)))....))...))))).(((((((((((((((((((..(((((...(((((((..((..(((((((((....(((((((((.(((((.(((((...(.((...)).)...))))).)))))))))))))).((((((((((.((..(((((..(((((........)))))..((((((((..(((((.(((((..((((((.(....).))))))..))).)))))))...))).))))).(((((((((..((((.....))))...)))))))))..))))).)).))))))...))))..)))))))))((((((((((((((..((((((...))))))..).)))))))))))))..))..))))))).)))))..).(....)...)))).))))))))))))))....)).)).))).)))...))))))...(((((.((((((((((.((((..((.((...(((((((....((((((((...(....)....(((((.....)))))..)).))).)))((((((...)))))).....)))))))...))...))..)))).((((((.........))))))...))))))))))........((((..(((..(((..(((....))).((((.((((((((..((.....))..))))))))))))..)))..((((((.(((((...((((.....))))..(((((((.........)))))))...))))).)))))))))))))..))))).(((((..(((.((((.((((((.....((((....)))))))))).....)))).((((((.((((((((((((.(((.....)))..)))))))).......))))..(((.((((.((....)).)))).))))))))).......)))(((((((((....))))))))).))))).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((.......)))).)))..................................(((((.(.(((((....(((((...(((((((((((((...................................(((((.(((((..(.((....)).)..........(((((.....(((.((....(..(((.......)))..)....)).)))..((((.(((((.(((((....((((.((((...))))..)))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).)))))..)))))..)))).....))))).)))))...)))))...)))))).))))).))....)))))..((((..(((((((....(((((....)))))..((.......((((....))))...........(((((((.....(((((.((.((((((.(............).)))))).))....((((..(((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))....((((....))))....))))....)))))....)))))))...(((((.............((((((.....)))))).........(((((((((((.(....(((.(((...(((((((((............................................))....((....)).)))))))(((((((......((((...((((....))))....))))........................................(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))........)))))))......((((((..................................(((((((..((((((...((((((...((..((((.(((......)))))))..))...))))))...((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((...(((((((..((..(((((((((....(((((((((.(((((.(((((...(.((...)).)...))))).))))))))))))))..(..((((((.((..(((((..(((((........)))))..((((((((..(((((...(((..((((((.(....).))))))..)))...)))))...))).))))).(((((((((..((((.....))))...)))))))))..))))).)).)))))).....)...)))))))))((((((((((((((..((((((...))))))..).)))))))))))))..))..))))))).))))))...(....).)))))).)))))))))))))).....................((((((............................................))))))...................))))).))))...))))))....((((((...)))))).....)))))))...((.....)).......((((....))))..................................(((..................((((.((((((((..((.....))..)))))))))))).......((((((.(((((..................(((((((.........)))))))...))))).)))))))))......))))))..))).)))....)))))))))))).)))))......)).)))).)))..)))).)))))))))))((((((((.(((.....)))..))))))))..............(..((((.((....)).))))..)................((((((((((....))))))))))..........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.......)))).))))...((((((....(((.(((((((.(((((...((..(((.((((((...(((((((((..((.(((((...............((.(((((((((((((..(((((((((.(((......((....))............(((((.....((..((.....((((((..((....))..((((((((((..((((.(((((.(((((....((((.((((...))))..)))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).)))))..)))))..))))..((((((......)).)))).....)))))))))))))))).(((((.(((((((.......((((...(((((....))))).))))((....((((....))))......))....)))).))).....((((((.((((((................)))))))))))).))))).........))..))....)))))........))).)))))))))..)))))...))).))))).)).((((....((..(((.((.((((..(((((........((((((.....))))))...(((((((....((((((..((((((.............(((...((((((((((.(((......))))))....)))))))...))).....((....)).((((((..(((..(((((..((((...((((....))))....))))...(((........))).))))).................(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))).)))..)))))).(((((....)))))..))))))..)))))).)))))))...((((.((......)).)))).)))))..)))).)).)))))....)))).)))))))..)).....)))))))...((((.((((....))))))))..)))))).)))....))...))))).((((((((((((((((((((((((((...(((((((..((..(((((((((....(((..((((.(((((..((((.....((...)).....))))..)))))))))..))).((((((((((.((..(((((..(((((........)))))..((((((((..(((((.(((((..((((((........))))))..))).)))))))...))).))))).(((((((((..((((.....))))...)))))))))..))))).)).))))))...))))..)))))))))((((((((((((((..((((((...))))))..).)))))))))))))..))..))))))).))))))..........)))))).))))))))))))))....)).)).))).)))...))))))...(((((.((((((((((.((((..((.((...(((((((....(((..((..............(((((.....))))).....))..)))((((((...)))))).....)))))))...))...))..)))).((((((.........))))))...))))))))))........((((..(((..(((..(((....))).((((.((((((((..((.....))..))))))))))))..)))..((((((.(((((...((((.....))))..(((((((.........)))))))...))))).)))))))))))))..))))).(((((..(((.(((..((((((.....((((....))))))))))..)))...((((((((.((((((((((((.(((.....)))..)))))))).......))))..(((.((((.((....)).)))).))))))))))).....)))((((..(((....)))..)))).))))).....