|
|
|
AUCAUACUCAAAAUAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAAGGAACGCUAGCUAUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGUUGUUUUCGGGGAGCUGGGCAGAAGGAAAAGAGGCUCCUAGCGUGAAGGUUGCUUGUCUCGCCCAGGAGGUGGGAACAGUUGAAAACAAAGUGGCGAACGGGUGCGUAAUGCGUGGGAAUCUGCCGAACAGUUCGGGCCAAAUCCUGAAGAAAGCUAAAAAGCGCUGUUUGAUGAGCCUGCGUAGUAUUAGGUAGUUGGUCAGGUAAAGGCUGACCAAGCCAAUGAUGCUUAGCUGGUCUUUUCGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCGGACUCCCACGGGGGGCAGCAGUGGGGAAUCUUGGACAAUGGGCGAAAGCCCGAUCCAGCAAUAUCGCGUGAGUGAAGAAGGGCAAUGCCGCUUGUAAAGCUCUUUCGUCGAGUGCGCGAUCAUGACAGGACUCGAGGAAGAAGCCCCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACGGGGGGGGCAAGUGUUCUUCGGAAUGACUGGGCGUAAAGGGCACGUAGGCGGUGAAUCGGGUUGAAAGUGAAAGUCGCCAAAAACUGGUGGAAUGCUCUCGAAACCAAUUCACUUGAGUGAGACAGAGGAGAGUGGAAUUUCGUGUGUAGGGGUGAAAUCCGCAGAUCUACGAAGGAACGCCAAAAGCGAAGGCAGCUCUCUGGGUCCCUACCGACGCUGGAGUGCGAAAGCAUGGGGAGCGAACGGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCAUGCCGUAAACGAUGAGUGUUCGCCCUUGGUCUACGUGGAUCAGGGGCCCAGCUAACGCGUGAAACACUCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGACCGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCUGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUACAACGCGCAAAACCUUACCAGCCCUUGACAUAUGAACAACAAAACCAGUCCUUAACGGGAUGGUACUGACUUUCAUACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUUGGUCAAGUCCUAUAACGAGCGAAACCCUCGUUUUGUGUUGCUGAGACAUGCGCCUAAGGAGAAAGUCUUUGCAACCGAAGUGAGCCGAGGAGCCGAGUGACGCGCCAGCGCUACUAAUUGAGCGCCAGCACGUAGCUGUGCUGUCAGUAAGAAGGGAGCCGGCGCCUUUCGAAUUCGAAGCACUUUCUAGUGUGCGCUGUUUUUUGAUUGCAGCUAGCGAGCAAGAAAACGGAUGCGCGAACGCGGCUUUCUUUCGCCUUGCUUGUUGCUUUACUAAAUAGAAAGAAAGGGCUUUUCUCGCUUGUUUAGUAAAGUCCAGUUUUUGGCCUUAUCUUGCAGGUGACGACGACGUCGAGUUGGCGGCGGAGAAAGACUCGGCAUUCAGGUGAGCCGCCCGGUGGUGUGGUACGUAGUGGGUUUAGUACGCCCCGCCAAAACGGCUCCGAAACAAACGAAAAGGUGCAUGCCGCACUCACGAGGGACUGCCAGUGAUAUACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCCGCAUGGCCCUUAUGGGCUGGGCCACACACGUGCUACAAUGGCAAUUACAAUGGGAAGCAAGGCUGUAAGGCGGAGCGAAUCCGGAAAGAUUGCCUCAGUUCGGAUUGUUCUCUGCAACUCGGGAACAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAUGCCGCGGUGAAUAUGUACCCGGGCCCUGUACACACCGCCCGUCACACCCUGGGAAUUGGUUUCGCCCGAAGCAUCGGACCAAUGAUCACCCAUGACUUCUGUGUACCACUAGUGCCACAAAGGCUUUUGGUGGUCUUAUUGGCGCAUACCACGGUGGGGUCUUCGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGUGGCUGGAUGGAAUCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
................(((((...[[[.))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..((((((.((((((.....................................................................))).))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((((....)))))).....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((......)))).....)))).(...(((((...(.........)....)))))...)...(((((......(((((.(................).)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...(((((((((((.(((((((((((.....(((((.....)))))...)))))))))..)))))))))...(((((((((.((((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....)))))))))))))))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((((((........(((((.....)))))............))))))).((.((((..((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((.(((...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))..))))))).....(((((.....))))).......)))))...))))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((..((...(((....)))...))...))).....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.((((((((((((((((((((((....((((....(((((((.((((.....(((.(((((((.....))).)))))))......))))...)))))))...))))...))))))))))))))))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))..........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((.......)))).)))(((.((((.........((((((...........(((((.(.(((((....((((((..(((((((((((((...........((((.(((.......)))..))))(((((((((((.((.((....)).)).........(((((.....(((.((...((..(((.......)))..))...)).)))..((((.(((((.(((((....((((.((((...))))..)))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).)))))..)))))..)))).....))))).))))).).)))))...)))))).))))).).)..)))))).(((((..(((((((.....((((....))))..(((.......((((....))))......((...((((((((....((((((((.((((((.(............).)))))).))....((((..(((..(((((((((.((....)))))...))))))..))).(((((((....)))).)))))))...))))))...))))))))...(((((.....((.(....((((((.....))))))....).))((((((((((((.((.(.(((.(((...(((((((((..((((...((((((..((.......))..))))))..))))..))....((....)).)))))))..((((((.....((((...((((....))))....))))...(((........))).((((.....)))).....(((((((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).))))..))))))........((((((.((((((((.................(((.....(((((((..((((((...((((((...((..((((.((((....))))))))..))...))))))..(((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((...(((((((..((..(((((((((....(((((((((.(((((.(((((...(.((...)).)...))))).)))))))))))))).((((((((((.((..(((((..(((((.(.....))))))..((((((((..(((((.(((((..((((((........))))))..))).)))))))...))).))))).(((((((((..((((.....))))...)))))))))..))))).)).))))))...))))..)))))))))((((((((((((((..((((((...))))))..).)))))))))))))..))..))))))).))))))..........)))))).))))))))))))))........(((........(.((((((...(((((.(((.(((.(((.....))))))))).)))))....)))))))........))).......))))).)))))..)))))).((.((((((...)))))).))..)))))))..(((.....)))))).((((((.........))))))..))))))))...........((((..(((..(((..(((....))).((((.((((((((..((.....))..))))))))))))..)))..((((((.(((((...((((.....))))..(((((((.........)))))))...))))).)))))))))))))..))))))..))).))).).))))))))))))))))))).))...))))))).)))..))))))))))))))))((((((((.(((.....)))..))))))))....))))))..((((.((((.((....)).)))).)))).)))).........((((((((((....))))))))))...)))...) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.......)))))))))...................................................((((((((.(((((((................))))))).................(((((((.....)))))))......))))))))........................................((((((((((.....................................(((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))))))))))))((.........))........................))))))))))(((((...........)))))......((((...(((((....))))).)))).....(((((((((((((((((((((..(((.....)))..))))).))))))))))))))))...........((((((((...((((((.((....(((((........)))))..)).)....))))).....))))))))....................................................((((((.....))))))...((...((((((((((((.(..(.(((.(((.....((((...............................................................))))..............................((((((((.((....(((........)))..)).))))))))..................(((((((((((....)))))))))))..............................((((.(((((....)))))..)))).........................................((......................))((((..(((........((((((((.((((((((.((((....)))))))))))).))))))))...((((.(((((.((((((((((((((((((((.((((....(((((((...................(((((((((.(((((((((((...(.((...)).)...)))))))))))))))))))).((..(((((((((..(((((..(((((........)))))(((((((....))))))).......((((((.(....).))))))...........................(((((((((.((((.....)))).))).))))))...))))).))))))))).....))...........((((((((((((((..((((((...))))))...))))))))))))))......)))))))..))))...........)))))).)))))))))))))).....................((((((...(((((.((.((((............)))))).)))))....))))))...................))))).))))..........((.((((((...)))))).))..........................((((((.........)))))).....................................))).))))((((((..(((((((((.((.....)).)))))))))...))))))..((((((.((((...................(((((((.........)))))))....)))).)))))).................))).))).)..)))))))))))))......)).......................................((((((((((((((......))))))))))))))...................(((.........))).........((((((((((....)))))))))).......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.......)))).((((((..((((.((((..((((..((......(....(((.(((.......(((((.......(((((((................))))))))))))...(((((..((((((.(((((............((.............))......(((.....((((((((..((...((((((((..(((......))).......(((....)))))))))))..)).))))))))(((...(((..((((((((.......))))))))))).....)))...(((((((......)))...))))))).)))))...)))))))))))....((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).))))))......))))((((......((((......)))).....))))))))...))))..).)))))...(((....(((((((...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).....)))))))......)))(((.....(.((((...(((.((((((..((((...((......(((((.......)))))......))...)))).))))))......(.(((...((((((((...(((((((....(((......))).......)))))))...)(((.........))).)))))))..))).).......)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))))))).(((...(.(((((....))))))..)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....(.((........)).)........(((((((.....................(.(((((....))))).)................((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..(.((......)).)..))))))....(((((((...((((........((((((((...((.......((((......))))....))..(((((((.....((((((.((((.........(((((...(((...(..(((((........((((((........))))))........)))))..)...))).))))).(((((((.((((.....)))).)))))))......))))....(((((((.(((..(((..(......(((((((((((.....(((((.....)))))......)))))))))))((.((...............)).)).........(((((......)))))........)..)))....))).))))))).....)))))).......(((((..........))))).....)))))))..............))))))))..))))..))))))).((.((((.......)))).)).............)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....)).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((((((..((((((((.............)))))))).....(((((......(((((.(((.(((.(((((...........))))).))).))).))))).....)))))........))))))))....))...)....((((((((((....)))))))))).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((.......)))).)))).((........))..(((...((...(((.......)))....))....)))(((((((((((((((................))))))).((.........))...(((((((.....))))))).....))))))))................(.......)................((((((((((..((((........(((....))).......((.(((((.((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..)).))).)).))))))..((((((.....))..)))).....))))))))))(((((.(.......).)))))...(((((((...(((((....))))).))))).....((((....)))).....(((...((.....))...)))(((((.((((((.(............).)))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((((((((.............)..))))))))...(((((((..(((((...(.(((.....((((((.....))))))...))).)((((((((((((.((.(.(((.(((.(.(((((((....((((((.....((........((.............))....))....))))))...)))))))((((((((...(.((((...((((....))))....))))..)(((........))).((....))..............(((((((.((((((((((((()))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).......)))))))).((((.((......)).))))((((..................))))((((.(((((((((...((((((...((..((((.((((....))))))))..))...))))))))(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((..(...((((((.......))))))(((.(((((.(((((.(.(.((...)).).).))))).))))))))((((((.((((((((((.((..(((((..(((((........)))))..(((((....)(((((.(((((..((((((.((())).))))))..))).)))))))(....))))..).((((((((...((((.((()))..))))))))))))..))))).)).)))))))...))).)))))).(..((((((((((((((..((((((...))))))..).))))))))))))).).)..)))))))..)))))..........)))))).))))))))))))))((.....))((.......(..((((((...(((((.((.((((............)))))).)))))....)))))))........))......).))))).)))))....)))..((.(((((.....))))).)).....(.((((((()))..)))).).((((((....)))).....))......((((.....)))................)..))))))))(((((((.((((((((..((.....))..)))))))))..))))))..((((((.((((...((.......)).....(((((((.........)))))))....)))).))))))...............).))).))).).)))))))))))))))))))..)))))..))...))...(................((((..((((((..((((((......))))))..))))))........))))).....(((((.......)))))........((((((((((....))))))))))((.....)). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((.......)))).))))((((((((.(((((((((..(((.....)))..................)))).)))))...))))))))..............((((...((((...(((((((((((((.(((..............(((...)))...(((((.....(((((......(((((((............(((((((((..((((.(((((.((((((...((((.((((...))))..)))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))))))))))..)))))..))))..(((((((...)))..)))).....))))))))))))))))((((..(((..(((((..((((......(((((....))))).(((......((((((((..(((.(((((((..(((.....)))..)))))))..)))..)))))))).......))).......))))..))))))))..)))))))))....)))))........))).)))))))))((((....))))))))..))))...))))........(((((....[[[[...........)))))...]]]]..(((..[[[[[[[....))).(((((....)))))......]]]]]]]...((((...((((((.(((.....)))...))))))..)))).(((.........))).(((((((.[[[[[[..(((....))).((((....)))))))))))....]]]]]].(((....[[[[[)))..]]]]]...(((..[[[[[[[.(((((((((((....)))))))))))..........)))..]]]]]]]..((((..((((.(((((....)))))..))))..[[[......))))..]]].......(((..((((..[[[))))...)))......]]]............((((.((((...((((((.......((((.((((....)))))))).......)))))))))).)))).....((((((((((((((((((((((((((...(((((((......(((((((((....(((((((((.(((((.(((((.................))))).)))))))))))))).((((((((((.....(((((..(((((........)))))((((.....)))).(((..............)))((((((..((((....))))(((((....)))))))))))(((((((.((((.....)))).)))))))......)))))....))))))...))))..)))))))))(((((((((((((...((((((...))))))....)))))))))))))......))))))).))))))))..........)))).)))))))))))))).(((.....[[[[.)))......]]]]((((....((((((((((.((((.......((((((((((....(((.(((..............(((((.....)))))......))))))((((((...)))))).....)))))))....))).....)))).((((((.........))))))...)))))))))).............))))..((((.[[[[.....((((.....))))......))))..]]]]......(((((((..[[[[[.)))))))...]]]]].....(((....[[[[[[[...)))...]]]]]]].....(((((..[[[[...)))))....]]]](((......(((..((((((.....((((....))))))))))..)))[[[[[)))...(((((((((((((.(((.....)))..)))))))).......))))).......]]]]].(((.[[[[[)))....]]]]]........((((((((((....)))))))))).......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((.......)))).)))).(((((...........)))))...(((((((.(((((...(((((.....((((((((.(((((((................)))))))((((.......)))).((((((((.....)))))).))....)))))))).((((((..((((((((((.((((.((((((...((((((.(((((((((..............(((....)))..(((((((.(((((.((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..)).)).))).))))))).((((((......)).)))).....)))))))))..(((((((.(((......(((...))).(((...(((((....))))).))).......((((.((((((..((.(((...(((.(((((((..(((.((((.((((((................)))))).)))).))).(((.(((....((((((....(((.((((....(((((((........))))))).....)))))))......))))))))).))).....(((((((((........((((((.....))))))...(((((((....((((((..((((((..(((...(((((((....((((((.......((((...(((.............))).))))....))))))...)))))))..)))..(((((..(((((..((((...(((((((..((....(((........)))..))..))))))))))).((.....))....(((((((((((....))))))))))))))))...)).)))....(((((......))))).(((((....)))))..))))))..)))))).)))))))...((((.((......)).)))).))))))))).))))).)))))...)))...((((.((((...((((((...((..((((.((((....))))))))..))...)))))))))).)))).....((((((((((((((((((((((((((...(((((((..((...((((((((....(((((((((.(((((.(((((.....((...)).....))))).)))))))))))))).((((((((((.((..(((((..(((((........)))))(((((((....)))))))(((((..((((((........))))))..))).)).((((........)))).(((((((((..((((.....))))...)))))))))..))))).)).))))))...))))..)))))))).((((((((((((((..(((((.....)))))..).)))))))))))))..))..))))))).))))))..........)))))).))))))))))))))........))..)))))).))))))).))).)))).(((((((((.(((((((.......(((((((....((((((((.............(((((.....)))))..)).))).)))((((((...)))))).....)))))))..(((.....))).....(((((....))))).)))).))))))))))))...(((((((....((((..((...(((....)))...))...))))....)))))))...))))))...))))))))))((((((...((......))...)))..))).(((((((.........)))))))...))))))))))(((..((....))..)))))))))....((((.((((((.....((((....)))))))))).....)))).))))).))))).......((((((..((((((......))))))..)))))).((((.((((.((....)).)))).))))))).)))).((...((((((((((....))))))))))..))...... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((.......)))).))))..................................................(((((((((((((((((((((............(((.(((.......)))..)))((((((.(((((...((((........(((..........................(((((((.......(((((((.(((((......))))).....(((....))).))))))).....))))))).(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))......dd....)))......DD..)))).)))))...))))))..)))))).))))).)).)))))))).(((((...((.(((.....((((....))))............((((....)))).(((......................(((((.((((((................)))))))))))...............((((..........)))).....................{{))).}}..........................(((((..(((((.............((((((.....)))))).........(((((((((((......(((.(((...(((((((............((((.................))))...............((....)).))))))).(((((.......(((....((((....))))aa...)))........................AA..............((((((..((((((((((......))))))))))...((....)).....))))))........((((.(((((....)))))..))))..............))))).................................................................((((((...((..((((.((((....))))))))..))...))))))....(((.((((..((((((((((((((((((((((((((...(((((((......((((((.......))))))(((.(((((.(((((.....((...)).....))))).))))))))((((((.(((.((((((.....(((((..(((((........)))))((((((..ee..)))))).......((((((........))))))................EE........(([[[[.[[[.[[[[))...]]]].]]]..]]]]....)))))....))))))....))).))))))....(((((((((((((...(((((.....)))))....)))))))))))))......))))))).))))))))..........)))).))))))))))))))......................((((....................<<<<<<...<<...<<<<<<<.....)))).....................)))).)))..............(((((.....))))).....>>>>>>>...>>.....>>>>>>..(((((....))))).....................(((((((..........((............cccc)).bbbbbbbb..)))))))....BBBBBBBB....CCCC...((((((.((((...((.......)).....(((((((.........)))))))....)))).)))))).................))).))).....))))))))))).)))))..)))))..)))..))...)))))..................((((((..((((((......))))))..))))))............................................(((((((((....)))))))))........... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((.......)))).))).(((........))).......((.....))....((((...(((((.....((((((((.(((((((................))))))).((.........)).(((((((((.....))))))).))...)))))))).((((((..(.((((.(((.((((.((((((...((((((.(((((((((..............((......))...((((...(((((.((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..)).)).)))...))))..((((((......)).)))).....)))))))))..(((((((.(((.......((...)).((((...(((((....))))).)))).......(((.((((((..((..(((...))).........(((.((((.((((((................)))))).)))).))).(((.((.....((((((....(((.((((....(((((((........))))))).....)))))))......)))))).)).))).(.(((((((((((........((((((.....))))))...(((((((....((((((..((((((..(((...(((((((....((((((..(..(((......))).)......))))))...........((....)).)))))))..)))..((((..((((...((((....))))....))))...(((........))).))))...((((...................(((((((((((....)))))))))))....(....)))))....(((((......))))).(((((....)))))..))))))..)))))).)))))))...((((.((......)).)))).))))))))))).).................((((.((((...((((((...((..((((.((((....))))))))..))...)))))))))).)))).....((((((((((((((((((((((((((...(((((((.......((((((((....(((((((((.(((((.(((((.....((...)).....))))).)))))))))))))).((((((((((.((..(((((..(((((........)))))((((((......))))))...((..((((((........))))))..)).....((((........)))).((((((((((.((((.....)))).).)))))))))..))))).)).))))))...))))..)))))))).((((((((((((((..(((((.....)))))..).)))))))))))))......))))))).))))))..........)))))).))))))))))))))........))..)))))).))).))).))).)))).(((((((((.(((((((.......(((((((.....((..................(((((.....))))).........)).((((((...)))))).....)))))))..(((.....))).....(((((....))))).)))).))))))))))))...(((((((....((((..((...(((....)))...))...))))....)))))))...))))))...)))))))))).((((((.(((((.((.........))....(((((((.........)))))))...))))).)))))).....))).)))))..))))))....((((.((((((.....((((....)))))))))).....)))).))))).))))........((((((..((((((......))))))..)))))).((((.((((.((....)).)))).))))...............(((((((((....)))))))))((.......)) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((.......)))).))))(((........)))......(((.....)))..(((((...(((((.....((((((((((((((((................)))))))((((.......))))(((((((((.....))))))).))..))))))))).((((((..((.(((.(((.((((.((((((...((((((((((((((((..((((.............................((((.....((((((((((..((((((((.(....))))))))))))..))))))).....)).))....))))..(((((((...).)).)))).....)))))))))).(((((((.(((......(((...)))((((...(((((....))))).))))......((((.((((((........................((((.(((.((((((................)))))).)))).))).(((........((((((....(((.(((((...(((((((........)))))))...).)))))))......))))))....)))...(((((((((((........((((((.....))))))...(((((((....((((((.(((((((..(((...(((((((.....(((((((((.(((......))))))....)))))).....................)))))))..))).(((((..((((...((((....))))[[[.))))...(((((...)).))).)))))]]]........(((.......))).(((((((((((....)))))))))))..................(((((......))))).(((((....)))))..)))))).))))))).)))))))...((((............)))).)))))))))))...................((((........((((((.......((((.((((....)))))))).......)))))).....)))).....((((((((((((((((((((((((((...(((((((......(((((((((....(((((((((.(((((.(((((.................))))).)))))))))))))).((((((((((.....(((((..(((((........)))))(((((((....)))))))(((((..((((((........))))))..))).)).((((........)))).((((((((((.((((.....)))).)).))))))))..)))))....))))))...))))..)))))))))((((((((((((((..((((((...))))))..).)))))))))))))......))))))).))))))..........)))))).))))))))))))))............)))))).))))))).))).))))((((((((((.((((((((......(((((((.........................(((((.....)))))............((((((...)))))).....)))))))..(((.....))).....(((((....)))))))))).)))))))))))))..(((((((....((((.......(((....)))........))))....)))))))...))))))...)))))))))).((((((.(((((.(((.......)))....(((((((((....)).)))))))...))))).)))))).....))).)))))..))))))....((((.((((((.....((((....)))))))))).....)))).))))).)))))...(((({{{{{{..{{{{{{..))))}}}}}}..}}}}}}.((((.((((..........)))).))))...............(((((((((....)))))))))((((...)))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((.......)))).))))...((((((....(((.(((((((.(((((...((..(((.((((((...(((((((((((((.(((((....((((.......((.(((..(((.(..((((((..(((((((.....)))))))..)))....)))....).)))...))).))....((((((.....(((((....((((((((((..((((.(((((.(((((....((((.((((...))))..)))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).)))))..)))))..))))..((((((......)).)))).....))))))))))((....)).)))))..(((..((((..(((((..(((((....))))).....(((...((((....))))......((..((((((((((...((((((((.((((((.(............).)))))).))....((((..(((..(((((((((.((....)))))...))))))..))).(((((((....)))).)))))))...))))))..((((((.((((((.((.((((.((((....((((((.....))))))..)))).))))..)).))))))....(((.(((...(((((((((..((((...((((((.(((.....)))...))))))..))))..))....((....)).)))))))..))).(((((..((((...((((....))))....))))...(((........))).)))))..))).((((.......(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))))..))))))))))))))))..)).))).)))))))))..)))..))))))...)))).))))))))))).....)))))))...((((.((((....))))))))..)))))).)))....))...))))).(((((((((((((((((((..(((((...(((((((..((..(((((((((....(((((((((.(((((.(((((...(.((...)).)...))))).)))))))))))))).((((((((((.((..(((((..(((((........)))))..((((((((..(((((.(((((..((((((.(....).))))))..))).)))))))...))).))))).(((((((((..((((.....))))...)))))))))..))))).)).))))))...))))..)))))))))((((((((((((((..((((((...))))))..).)))))))))))))..))..))))))).)))))..).(....)...)))).))))))))))))))....)).)).))).)))...))))))...(((((.((((((((((.((((..((.((...(((((((....((((((((...(....)....(((((.....)))))..)).))).)))((((((...)))))).....)))))))...))...))..)))).((((((.........))))))...))))))))))........((((..(((..(((..(((....))).((((.((((((((..((.....))..))))))))))))..)))..((((((.(((((...((((.....))))..(((((((.........)))))))...))))).)))))))))))))..))))).(((((..(((.((((.((((((.....((((....)))))))))).....)))).((((((.((((((((((((.(((.....)))..)))))))).......))))..(((.((((.((....)).)))).))))))))).......)))(((((((((....))))))))).)))))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((.......)))).)))..................................(((((.(.(((((....(((((...(((((((((((((...................................(((((.(((((..(.((....)).)..........(((((.....(((.((....(..(((.......)))..)....)).)))..((((.(((((.(((((....((((.((((...))))..)))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).)))))..)))))..)))).....))))).)))))...)))))...)))))).))))).))....)))))..((((..(((((((....(((((....)))))..((.......((((....))))...........(((((((.....(((((.((.((((((.(............).)))))).))....((((..(((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))....((((....))))....))))....)))))....)))))))...(((((.............((((((.....)))))).........(((((((((((.(....(((.(((...(((((((((............................................))....((....)).)))))))(((((((......((((...((((....))))....))))........................................(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))........)))))))......((((((..................................(((((((..((((((...((((((...((..((((.(((......)))))))..))...))))))...((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((...(((((((..((..(((((((((....(((((((((.(((((.(((((...(.((...)).)...))))).))))))))))))))..(..((((((.((..(((((..(((((........)))))..((((((((..(((((...(((..((((((.(....).))))))..)))...)))))...))).))))).(((((((((..((((.....))))...)))))))))..))))).)).)))))).....)...)))))))))((((((((((((((..((((((...))))))..).)))))))))))))..))..))))))).))))))...(....).)))))).)))))))))))))).....................((((((............................................))))))...................))))).))))...))))))....((((((...)))))).....)))))))...((.....)).......((((....))))..................................(((..................((((.((((((((..((.....))..)))))))))))).......((((((.(((((..................(((((((.........)))))))...))))).)))))))))......))))))..))).)))....)))))))))))).)))))......)).)))).)))..)))).)))))))))))((((((((.(((.....)))..))))))))..............(..((((.((....)).))))..)................((((((((((....)))))))))).......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((.......)))).))))...((((((....(((.(((((((.(((((...((..(((.((((((...(((((((((..((.(((((...............((.(((((((((((((..(((((((((.(((......((....))............(((((.....((..((.....((((((..((....))..((((((((((..((((.(((((.(((((....((((.((((...))))..)))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).)))))..)))))..))))..((((((......)).)))).....)))))))))))))))).(((((.(((((((.......((((...(((((....))))).))))((....((((....))))......))....)))).))).....((((((.((((((................)))))))))))).))))).........))..))....)))))........))).)))))))))..)))))...))).))))).)).((((....((..(((.((.((((..(((((........((((((.....))))))...(((((((....((((((..((((((.............(((...((((((((((.(((......))))))....)))))))...))).....((....)).((((((..(((..(((((..((((...((((....))))....))))...(((........))).))))).................(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))).)))..)))))).(((((....)))))..))))))..)))))).)))))))...((((.((......)).)))).)))))..)))).)).)))))....)))).)))))))..)).....)))))))...((((.((((....))))))))..)))))).)))....))...))))).((((((((((((((((((((((((((...(((((((..((..(((((((((....(((..((((.(((((..((((.....((...)).....))))..)))))))))..))).((((((((((.((..(((((..(((((........)))))..((((((((..(((((.(((((..((((((........))))))..))).)))))))...))).))))).(((((((((..((((.....))))...)))))))))..))))).)).))))))...))))..)))))))))((((((((((((((..((((((...))))))..).)))))))))))))..))..))))))).))))))..........)))))).))))))))))))))....)).)).))).)))...))))))...(((((.((((((((((.((((..((.((...(((((((....(((..((..............(((((.....))))).....))..)))((((((...)))))).....)))))))...))...))..)))).((((((.........))))))...))))))))))........((((..(((..(((..(((....))).((((.((((((((..((.....))..))))))))))))..)))..((((((.(((((...((((.....))))..(((((((.........)))))))...))))).)))))))))))))..))))).(((((..(((.(((..((((((.....((((....))))))))))..)))...((((((((.((((((((((((.(((.....)))..)))))))).......))))..(((.((((.((....)).)))).))))))))))).....)))((((..(((....)))..)))).)))))..... |