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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00783



RNA: CRW_00783
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..((((((.((((...(((((((((...(((...(((.....(((....((((((....)))).)).)))...))).((((....))))..)))..)))))))))..)))).........((((...((((.((((((..(((.....(((....)))........((((((..((((((((...........)))))).))))))))...)))...)))))).(((((..((((((...((....)).....))))))))))).....))))...)))).((((....(((((((..((((((((((..........((((((.((((((((((........))).)))))))))))))...............))).)))))..))...))).))))....((((((.((.....((((.........))))...))))))))..........(((((((.........)))))))))))..))))))))).(((((...(((..(((.....(((..(((((((((((((......)))).)).((.((((((((....(((((..................))))).(((((((..(((((((.(((..(((((((..(((((((((........((..(((((((.........))))).)).....))......))))).))))..)))))..))...))))))))))...(((((((((....((((((......(((.....))).......)))))).......((((((....))))))...))))))))).........))).)))))))))))).))...))))))).)))...((((((..............((((........))))...........))))))...)))..))).)))))(((((((((....)))))))))........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).........................................................(((....((((....)))).....)))......................................((((((((.....(((....)))..................)))))))).((((....))))...........................((((((..((((.((.((....))))....))))))))))(((((.....)))))........................................((((.(((((((((((........))).)))))))))))).............................................(((((........((((.........)))).....)))))............((((((.........))))))....................................................((((......)))).................(((........))).........(((((((................................(((((((((..............((((...........))))................))))).))))....))))))).................((((((((.((..((..........(((.((((....)))).)))))........................)).))))))))(((((.......)))))....(((((.........)))))......((((((.........................................))))))................((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))(((((((((..(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....((((((...................)))).)).(((....(((..(((...))).)))......))).........)))...((....)).....)))))).......(..((...(((((....))))).)).)))).)))))).........((((.....((((.....((....)).......))))....))))))))))))).....(((.....(((((((.....(.......)..............((((((((.(...........).)))))))).....))))))).....................................(((((...((...((((.........))))...)))))))...................................))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.((...(((.(((((....))).......)).)))......((.....)).....)).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...(((((....))))).....(....(((.((((....)))).)))......).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...((((((.........................................))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))......................................((((.(((((........(((((..((((....))))..).)))).)))))...((((......)).))))))..........((((((((.....(((....)))..................)))))))).((((....))))(((...)))((..(((((.........((((((..(((((((.((....)))).)..))))))))))(((((.....))))).....)))))..)).....((((................(((((.(((((((((((........))).)))))))))))))................)))).......................((((((.(......((((.........))))....)))))))..........(((((((.........)))))))................(((.......................)))....((((((......)))).))(((((((......((((........))))........(((((((.(((............................(((((((((..............(((((.........)))))................))))).))))))).)))))))......)))))))....((((((((.((((((..........(((.((((....)))).))))))......................))).))))))))((((((.....))))))....(((((.........)))))......((((((..............((((........))))...........))))))................((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((...(((..........)))...)))))))))..........((((.((((....))))...))))((((...((((....))))....)))).(((((((...((((((.....))).)))...)))...[[[[[[[[.....(((....)))...))))...........]]]]]]]](((((....)))))...(((((((...........((((..(((...((((((...[[[..)))))).....)))..))))................]]].....((((((((....................((((...[[[[[[[[[[[..))))..]]].]]]]]]]]....)))))))).......)))))))......................((((((.........(((..[[[...)))..]]]..))))))......................................(((........[[[[..........)))........]]]]((((.[[[.....))))...]]]((((((((.....((((........))))........(((((((.(((...(((((((((((((..................(((....)))...))).))))))......((((..............)))).....)))))))...))))))).....))))))))........((((((((((......(((..(((.((((....)))).))).)))........))))))))))...............(((((((...)))))))....(((((.........)))))......((((((..............((((........))))[[[[.......))))))................((((((((((....))))))))))]]]]...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.((((((...(((((((((..(((((..((.((((((.((..((........))......((((((.(((((((((..((((((((((.......((.((((((((..((((((.....))).))).........((((((((.....(((....))).(((....))).......)))))))).((((....))))((((((.((.((((....)))))).))))))......))))))))..))..(((((......)))))((((((...))))))..((((....(((((((.((((((...............((((((.((((((((((........))).)))))))))))))...............)))))).))))).))((......))...((((((.((.....((((.........))))...))))))))..........(((((((.........))))))))))).(((.......(((....))).....)))....(((.((((((((((((((......)))).)).((.(((.........(((((....((.......))...)))))........))))).....))))))))..))).......))))))))))..))).))..))))......))))))........))))))))))..)).)))..)))))))))........))))))....(((((....)))))..........(((.((((....)))).))).((((.(((((.((((((.....))))))........(((((((...)))))))....(((((.........))))).....))))))))).......))))....(((...(((.((..(((.((......)).)))..)).)))....))).((((((((....)))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................................(((((((((((((((....(((....)))...................(((((((.((((....))))......................((((((([[......[[.))))))...]]((((....]]..)))))................((((.................................(((((.(((((((((((........))).)))))))))))))...........................................((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((.........)))))))))))................)))))))..............(((((((.((((((......)))).))....((.......(((<<<<......)))...........>>>>.........))........)))))))........................................................)))))).))))))))).......................................................(((.((((....)))).)))......(((((............(((((.........{{)))))........}}....(((((.........))))).....))))).................................................................((((((((((....)))))))))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.....((..........)).....))))))))...((((......((((((....)))).))..(((((((..((((....))))..)).))).)).((((((.((..........((((((.........((((((((.....(((....))).(((....))).......))))))))..(((....)))(((((((.((.(((......))))).)))))))...................(((((......)))))((((((...))))))..((((......(((((.((((((...............(((((.(((((((((((........))).)))))))))))))...............)))))).)))))...((......))...((((((.((.....((((.........))))...))))))))..........(((((((.........))))))))))).(((.......(((....))).....)))....(((.(((((((.((((((......)))).)).(.((((.........(((((....((.......))...)))))........)))))......)))))))..))).........................................................................................))))))...(((((....)))))..........(((.((((....)))).))).(((.((((((.((((((.....))))))........(((((((...)))))))....(((((.........))))).....)))))))))........))..))))))............((.((......)).))..........)))).((((((((((....)))))))))).......
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((...(((..........)))...))))))))).(.((((......((((((....)))).))..(((((((..(((({{{{))))..)).))).)).((((((((((.........[[[))).((((((((((((((((.....(((....))).(((....))).......))))))))..(((....)))(((((((.((.((((....)))))).)))))))...................(((((......)))))((((((...))))))..((((....(((((((.((((((..(((..........(((((.(((((((((((.((...))))).))))))))))))).........).))..)))))).))))).)).............((((((.((.....((((..<<<....))))>>>))))))))..........(((((((.........))))))))))).(((.......(((....))).....)))....(((.((((((((((((((......)))).))((.((((.........(((((..................)))))........))))).)...))))))))..)))..........}}}}...............................................)))...................)))))....]]]...(((((....)))))..........(((.((((....)))).))).(((.((((((.((((((.....))))))........(((((((...))))))).((.(((((.........)))))))...)))))))))..........).))))))...(((.....(((............))).....))).)))))((((((((((....)))))))))).......
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((......).)))...))).(((..(......)..)))((..))((((((..(.(...(((((...(((........)))((((((((..)))))).)))))))...(((((((.((((((..(...((.((((((((((((((((.(.(((((..)))..((.(((((((((...(((((((((.(((((..)))))..((((.............))))((((((.(........))))))).(((.(((((......)))))((((.......)))).))).(((((((((((((((((((((((((...)))).)))))..(((((((((((((...)).))).))))))))))))))...))))..........))))))..(((.((.(.........((((((.((...(.((((.(((..))))))).).))))))))(((((.(.((..............))).)))))(......).)).).)))...))))))))).((((..((.(........)))((((((..)))))).)))).((((((..((...((((((..(......).(..).))))))....))))))))(((((.((..(.(.((((((..........).)))))))..)))))))...))))).)).)))).)))).)))))).)))))))))))....)..)))).((..))..((((.(.((((((.(((((((.(..((.(((....((...))(...(((...(.(((.(((((((((.(..)...((((((((......).))))))).))).(......)(((((.............)))).)))))))))))....))).)))).)))))))))((.(........)..))))))))))))))...((..))).))))).))).))..)..))))).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((.............................................................((((..(..((((....))))..)...)).))....................................................................................(((((....)))))..................................................(((((......))))).................((((.......................................(((((((((((........))).)))))))).................................................(((((........((((.........)))).....)))))..................................))))...)))))..............................((((((.((((((......)))).))..............(((........))).............................................................................................................................................................................((((....))))..........................................................................)))))).......((((((..............((((........))))...........))))))................((((((((((....)))))))))).......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((.((...((((((((((.(((((((((...(((.(((..((((((.......((..((...(((((((..((((....))))..).)))).))..(((...((((((.....))).)))...)))..))..))................)))))).))))))...............(((((....))))).....))).))))))......((((..(((...((((((........)))))).....)))..)))).))))))))))..)).((((....(((((((.((((((...............((((((.((((((((((........))).)))))))))))))...............)))))).))))).)).............((((((.((.....((((.........))))...)))))))).................................))))..)))))))..))))..((.(((..(((.....(((..(((((((((((((......)))).)).((..........((((........)))).....((.((((((..((((.....(((((((.(((..(((((((..(((((((((.......((((((.(((((.........)))))))).....))).....))))).))))..)))))..))...))))))))))...(((((((((....((((((......(((.....))).......)))))).......((((((....))))))...))))))))).............)))))))))))).))...))))))).)))...((((((..............((((........))))...........))))))...)))..)))))...((((((((((....)))))))))).......