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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00785



RNA: CRW_00785
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((....(((((((((.((((((((....(((.(((....(((((.((...((((....(((((((...(((((....)))))...)))).)))((((..((((......................)))).....)))).))))..)))))))....)))))).....(((((((((.........))))))).))..)).))))))....(((((((......(((((...((....)).....)))))))))))).)))))))))......((((((..(((((((((((((................))))..(((((((((((((........))).)))))))).))................((((.((...((..((((.........))))...))...)).))))...)))))))))...))))))..((((.......))))...(((.........)))...))))).)).)))..)))).((((((...........(((..((((((((((............))).((.((((((((.((((........))))....((((.((((((((.....((((.....((((((......((..(((...(((....)))......)))..))..((((..((((.........))))))))..)))))).....))))))))))))...))))......((((((..((((...((.((((((..(((((((............)))))..))..)))).)).))...))))...))))))(((((.......))))).)))))))).))...))))))).)))...((((((........((....................)).......))))))..))).)))...(((..(((((((((....)))))))))....))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.........))))..(((((((((((((......))))...................(..........((((((...(((((....)))))...)))).)).)......(((...(......)..)))............................................................(((....)))......................((((((((.......)))))))).......................)))))))))................((((((......))))))......(((((((..(((((((((((((........))).)))))))).))..................)))))))......(((.........)))(((((........((((.........)))).....)))))(((.......)))...................(((....)))........(((((...................)))))........................((.........((((........))))........((((((..................(((((...........(....(((....)))...........)...........(...........)........)))))........)))))).........)).................................((((.......)))).........................(((((((.........))))))).............(((((.........)))))......((((((.......................................))))))................((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......)))))).(((((((((...(((((.....(((.(((.(((....))).....(((.....((((((....(((......)))....)))).))((((....(((..((......)).)))......))))........)))...((....)).....)))))).))))).(..((...(((((....))))).)).)..............(((((........(((.....((....)).......)))..))))).)))))))))......((((...((.((((((......))))))...........((((..(((((((..((........))...))))))).....................(((.........)))............((((((...((...((((.........))))...))))))))...............)))).........))...)))).(((.......(((....))).....)))........(((((.((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.((...(((.(((((....))).......)).)))........(........)..)).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...(((((...))))).....(....(((((((.......))))..)))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...))).)))))).))....(..((.(...((((((.......................................))))))....).))...)(((...((((((((....)))))))).....))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......)))))).(((((((((((((......))))........((..(.(((((((.........((((((...(((((....)))))...)))).))))))....(((..(((....))).)))......................(((....)))....))).)..))..............((((....))))(.......)...........(((((((((.......)))))))).((()))..............).)))))))))................((((((.(()).))))))......((((((((.(((((((((((((........))).)))))))).)).................)))))))).....((((.........))))((((...((...((((.........))))...))))))(((((.....)))))..................(((....)))........(((((..(((........)))...)))))((((........))))......((((((((.....((((........))))........(((((((..((............(((((((((.......(((.(((((....))).......)).)))........((((.........)))))))...))))))))....))))))).....)))))))).....((((.....)))).............((((.......)))).........................(((((((.........)))))))......((.....(((((.........)))))....))((((((.......................................)))))).............((.((((((((((....))))))))))...))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((.(((...(((((((((.(((((((.....(((.(((....(((((......((((....(((((((...(((((....)))))...)))).)))((((...(((..(((....))).)))..(((....)))...)))).))))....)))))....))))))...............(((((....)))))............)))))))((((((((......((((...(((.....)))..)))))))))))).)))))))))......)))....)))((((((......)))))).((((............[[[[[[[[[[[))))....]]].]]]]]]]].............))))))))..(((.......[[[[)))......]]]].............(((..[[[...)))..]]]......(((((.....))))).........................(((........[[[[[..[[[....)))..]]]..]]]]](((.[[[..))).......]]]((((((((.....((((........)))).........((((((((........................((((..((((..(((....)))...............((((..((((.........))))))))......))))..)))).)))))))).)))))))).....(((((...)))))............((((......(((...........)))....((((((.....))))))....))))(((((..[[[..)))))....(((((.........))))).]]]..((((((.......................................))))))............(((.((((((((((....))))))))))...))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.(((.(((....(((((....(((((......)))))...)).)))..))).((((.((((....(((((((...(((((....)))))...)))).)))..)))).)))).........((((((((..((.(((((((.((((...(((....)))....((..((((......(((((((.........))))))).....))))..)).....(((((((......(((((((.((....)))))...))))))))))).........(((((..((((((.(((.((.....((..............((((((((.(((((((((((((........))).)))))))).)).................)))))))).....((((.((...)).))))...(((.((...((((.........))))...))))).(((((.....)))))..................(((....)))........(((((..(((.........)))..)))))((((........)))).(((((((...........((((........)))).........))))))).)).....)).)))...)).)))).))))).(((.(((((....))).......)).)))..((((..((((.........))))))))..)))).)))).......)))...))..))))))))...(((((...))))).............((((.......))))........((((((.((((((.....))))))........(((((.......)))))....(((((.........))))).....)))))).))))))))))........................((......((......))......)).((((((((((....)))))))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((<<<<.........))..((((((((.((((......))))..............................((((((...(((((....)))))...)))).)).....................[[...............................................................((((....)))).....................(((((((.........)))))))........................))))))))(((.............(((((........))))).......((((((....(((((((((((........))).)))))))).....................))))))......((((.........))))............((((.........))))............................................................(((((...................)))))((((........))))......{{{{{{{......((((........))))........{{{{{{{.{{{.......................)))........(((....)))......................(((.........))).............}}}...}}}}}}}......}}}}}}}]].............................((((.......)))).........(((((...........(((((((.........))))))).............(((((.........))))).....)))))((...>>>>................................))....................((((((((((....)))))))))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.............(.(.....(((((......)))))....)..).......((((.((((....(((((((...(((((....)))))...)))).)))..)))).)))).........((((((((..((.(((((((.((((...(((....)))...................((((((.........))))))....................((((((((.......))))))))...............................(((((..((((((.(((((((((......))))))......((((((((.(((((((((((((........))).)))))))).)).................)))))))).....((((.((...)).))))....(.......((((.........))))......)..(((((.....)))))..................(((....)))........(((((..((...........))..))))).(((........))).....((.............((((........))))...........))..............)))...)).)))).))))).(((...(((....)))..........)))..((((..((((.........))))))))..)))).)))).......)))...))..))))))))...(((((...))))).............((((.......))))........((((((.((((((.....))))))........(((((.......)))))....(((((.........))))).....))))))....)))))))...................................................((((((((((....)))))))))).......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((....(((((((((.(((((((.....(((.(((....(((((.((...((((.....((((((...(((((....)))))...)))).)).((((...(((((........)).)))......((...))..)))).))))..)))))))....))))))...............(((((....)))))............)))))))(((((((......(((((...(((.....)))..)))))))))))).)))))))))......((((((..((((((((((.(((............((((((((.(((((((((((((........))).)))))))).)).................)))))))).....((((.((...)).))))............)))..))))))))))...))))))..(((((.....))))).....................))))).)).)))..)))).(((.(((..(((.....(((..(((((((..........((....)).((((.((((((.((((........)))).....((.(((((..((((((....(((((((.(((..((.((((..((((..(((....)))...............((((..((((.........))))))))......))))..))))...))...)))))))))).....(((((...)))))........................)).))))...))))).))...................)))))).(((((.......)))))....)))).......))))))).)))...((((((.......................................))))))...)))..))))))..((((((((((....)))))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.((.(((....[[[[(aaaaaaaaa)))...AAAAA...)].]]]......((((.((((....(((((((...(((((....)))))...)))).)))..)))).))))....((((.((((((((.....(((((((.((((...(((....)))........((((......(((((((.........))))))).....))))..........((((((((....bbb))))))))............BBB.........AAAA...(((((..((((((.(((((((((......))))))......((((((((.(((((((((((((.((...))))).)))))))).)).................)))))))).....((((.........))))...(((.((...((((.<<<<....))))...))))).(((((.....)))))...(((.........)))(((....)))........(((((..(((.........)))..)))))((((.>>>>...))))((({{{{{......)))..((((........)))).........}}}}}.............)))...)).)))).))))).(((...(((....)))..........)))..((((..((((.........))))))))..)))).)))).......))).......))))))))...(((((...))))).............((((.......))))...)))).((((((.((((((.....))))))........(((((.......)))))....(((((.........))))).....)))))).))))))))))...............................................(((.((((((((((....))))))))))...))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((....(((((((((.(((((((.....(((.(((....(((((.((...((((.....((((((...(((((....)))))...)))).)).((((...(((((........)).)))......((...))..)))).))))..)))))))....))))))...............(((((....)))))............)))))))(((((((......(((((...(((.....)))..)))))))))))).)))))))))......((((((..((((((((((.(((............((((((((.(((((((((((((........))).)))))))).)).................)))))))).....((((.((...)).))))............)))..))))))))))...))))))..(((((.....))))).....................))))).).))))..)))).(((.(((..(((.....(((..(((((((..........((....)).((((.((((((.((((........)))).....((.(((((..((((((....(((((((.(((..((.((((..((((..(((....)))...............((((..((((.........))))))))......))))..))))...))...)))))))))).....(((((...)))))........................)).))))...))))).))...................)))))).(((((.......)))))....)))).......))))))).)))...((((((.......................................))))))...)))..))))))..((((((((((....)))))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....)))....((.((...(((((((((.(((((((.(...((..))..(((...((((((((((((((.....((((((................))))))((.(((((((.............)))).))).((......))))....))))))(((..)))).).).)))))(((((..))).))...(((((..))))).)))(((..)))))))))))((((((((.............)))).................)))).)))))))))(((((((......)))))))(((((((((....(((.((.((((((((...(((((((((((........))).))))))))....................)))))))).)))))(((.(......)))).......(((.(.((((.(((..))))))).).))))))).))))).((((((.(((...))).(((.((..(((....)))(((((((..(((..(.(((..(((.((((.((..((((((((((((((.(((((...))(((.(.((((((...((.(((.(.((((((((.(((.((((((((((.(...((((((.(.................((((((((....)))(.(((((.....................)))))))))))).(..).((((((((....(((..)))...)))..)))))..(((((...)))))((....(((..)))...))).).)))))))).)))))))))).)))).))).)).))))).))))))))))..).)))))))))))....................)))))..))((((((((((.(.(((((((........)))))))).))..)))))))))))))))..)))).)))..)))))))...)).))).))))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................((((((((.............................................((((((...(((((....)))))...)))).))........(((.............)))..........................................................(((((....)))))...................(((((....................................)))))..)))))))).......(((((..((((((((((................((((((((.(((((((((((((.(.....)))).)))))))).)).................)))))))).....((((.(.....).)))).................))))))))))...)))))................................................................................((((((................................((((........))))........(((((..((((((.....((((((.(((..((.((((..((((..(((....)))...............((((..((((.........))))))))......))))..))))...))...)))))))))......(((((...)))))........................)).))))...))))).............................(((((.......)))))................)))))).......((((((.......................................)))))).................(((((((((....)))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((....(((((((((...((((((((..........((((..((((((..((((((...((((((...(((((....)))))...)))).)).(((....(((((........)).)))......)))....))))))...(((....))).....))))))...............(((((....)))))..........))))......((((((((.......)))))))).....)))).......))))...)))))))))......((((((..((((((((((.(((............((((((((.(((((((((((((........))).)))))))).)).................)))))))).....((((.((...)).))))............)))..))))))))))...))))))..(((((.....))))).....................))))).).))))..)))).(((.(((..(((.....(((..(((((((..........((....)).((((.((((((.((((........)))).....((.(((((..((((((....(((((((.(((..((.((((..((((..(((....)))...............((((..((((.........))))))))......))))..))))...))...)))))))))).....(((((...)))))........................)).))))...))))).))...................)))))).(((((.......)))))....)))).......))))))).)))...((((((.......................................))))))...)))..))))))..((((((((((....)))))))))).......