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AAACGUAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAAUGAACGCUAGCCAUAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGCUUCUGACAAGAAGAGUGGCAAACGGGUGAGUAACACGUAGGAAUCUACCCAACAGCUCGGGGAAAUAGUAUUAUCUAUGAAUCCCGAAUAAAAAAACUAAGUGUUGUUAUUGGAUGAGCCUGCGGAGGAUUAGGUAGUUGGUGAGGUAAAAGCUCACCAAGCCGAUGAUCCUUAGCUGGUCUGAGAGGACGAUCAGCCACACUGGGACUGAGAAGGGCCCAGACUUCUACGGAAGGCAGCAGUGGGGAAUCUUGGACAAUGGGCGAAAGCCUGAUCCAGCUAUAUGGCGUGAGUGAUGAAGGCAAUUUCUGUUGUAAAGCUCUUUCAUUGAGAACGAAUUAUGAUGUAACUCAAAGAAGAAGCCCCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGGGGGGGCUAGUGUGGUUCAGCAUGACUGGGCGUAAAGGGCACGUAGGCUGUUAAUUACGUUGGAAGCCAAAGCCUCAGGAAACCCCUGAGAACGUCUUUCAAAACGGAUUAACUCGAGAUAUAAAGAGGAAAGCGGAAUUUCAAAUGGAGAGGUUGAAUUCGUAGAUAUUUGAAGGAAGGCCAAAGGCGAAGGCAGCUUUCUGGUUAUAAUCUGACGCUGAGGUGCGAAAGCAUGGGGAGCAACCAGGAUUAGAUACCCUGUUAGUCCAUGCCCUAAACGAUGAGUGUUCGUGACUUGAUUUUUUAUUGGGUCACCAAGCUAACGCGUGAAACACUCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGGCUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCAUACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAACAACGCGCAAAACCUUACCAGCUCUUGGUAUUUUUUUAAGUUUCUUGUAAUGAUAGAAACGAUCUUUUGGAAAAAACAGGCGUUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUUGGUUCAGUCCUAUAACGAGCGAAACCCUUCGACAAUGUUGCUAUGAAUCUUAGAGAAUUCAGCACUCUUUGUUGACUGCCCGUGAUAGACGGGAGGAAGGCGAGGAUGACGUCAAGUCCGCAUGACCCUAAUGAGCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGAAGACAAAAGGAAGCAAUGACGUAAGUCGGAGCAAAUCCACAAAAAUCGUCGUAGUUCGGAUUGUUCUCUGCAACUCGAGAACAUGAAGCUGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGCAUGCCACGGUGAAUUGGUACCUGGGCCUUGUACAUACCGCCCGUCACACCCUGGGAAUUUUUUUGGCCCGAAGGUAACUACACAAAUUUUUUCAUGAUAGAUUCACUUGUGGAUUUAUGGUGCGAAUUUUUAUUAUGUUUCCCACGGUCGAGGAAGUGACUGAGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGUCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAAUAUAUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........(((((...{{{.))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..((((((((....)))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.(((((...(((........)))....))))).......(((.....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((.........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((.....)))).....))))((.(((((((...(........)....))))))).))..(((((......(((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...(((.(((((((.(((((((((.......((((((.....)))))).....)))))..)))))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...)....(..((....))))))))))..)))).))))...)))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....))))))).))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))........))))).))).((.((((..((((((.((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.((((..((((((...)).))))))))..))))))).....(((((.....)))))........)))).))))).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.....(((...((((([((((((((((....))))))))).]))))))))).......))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((.((.(((((....(((((.((........)))))))))))))).))...(((..((((....(((((....)))))..))))..(((((((.(((...((((((.(((((...((((((((((((..((((......))))...))))))...............))))))..)))))...))))))..(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).......((((....))))..((((((......)).))))..(((((((((.((((....))))...((((..(..(....((((...(((((....))))).))))(((.(((.((....)).)))..)))..)..)..))))...(((..(((((((....((((((((((((...............(((..((((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))).((((((((((((......((((((...((((((((.((((.(((((...))))).)))).....((((((.....))))))..((((((((....(((.....(((..........)))...............((..((((((((((((((.(((((...(((.(((((((.....((....)).)))))))..)))..)))))...(((((((((....))......((((((..(((((((((.((((((((((((...(((((..((..(((((((.((((((..((.....))..))))))...((....))....)))))))))..))))).....((((....))))..........)).))))))))))((((((.......)))).)).....)))))))))....((((((.........((((((...))))))(((((((((((((((.........))))))......)))))))))....))))))...(((((....)))))..(((((.(((..((((.((((.((......)))))).)))).))))))))..))))))....))))))).))))))))).)))))..))..)))(((((.....))))).))))))))......))))...))))..))).)))......))))))))))))............)))..........(((.((..((((....))))..))...)))........))))))))))))...(((((((........)))))))....(((((..((((.(....).)))).)))))......)))))))..)))..))))))))).....))))))))))..((((..((..((((((((((((.(..((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))..)))))))))))))..))..)))).....)))......((((((((((....))))))))))..........))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..((((.((((((..(((..(((...(((((((((...((((..((...(((..((((........)))).(((((.(((((.........(((....((((((.(((((...((((((((((((..((((......))))...)))))).((.......))...))))))..)))))...))))))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).))).((((....)))).....))))).(((((.((....))..))))).))))).......)))...))((((..(((((((...(((((....))))).))).(((....))).(((((((((((((((((....))))).......)))))))....(((........))).)))))...))))..))))))))..(((((((...((....)).....)))))))..)))))))))..)))))).(((...(((((....(((((((((........)))))).....))).....((((((.....)))))).)))))..)))....)))))))))).((((((((...(((((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))....(((.........))).)))))))..))))).))).)))..((((.......((((((...((...((((.........))))...))))))))(((..((((((((((((.(((((((((.......)))))))))...((....))....)))))))(((((.((((......(((((.(((((((..((..(((...((((((((((((((((.((((((..((((((((((((..................)))))...(((((((..(((.(((((((((((((((.........))))))......)))))))))....(((.....((((.((((((.((((((((..((((........)))).....)).)))))).....((((((((((...(((..(((((........))))))))....)))))))((.(((((.....))))).)).)))....))))))))))....)))...))).....))))))).......)))))))...(((((((........(((.((..((((....))))..))...))).......)))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((((....)).)))))))......)))..))))))..((....))..)))))))...)))..)).....))))))).(((((..............)))))...(((((((((....)))))))))..)))))..............)))).((((((......)))))))))))..)))))....)))((((((((((....))))))))))........)))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((..(((((.((((((.......(((...........((.(((((....))))).))...................(((((((.((...((((((((((((.....(((......)))......))))..................))))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))....(((((.((......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((.....)))).....))))..((.(((((.................))))).))....(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(.(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..)))).........(((((.((((((....((((((..(((((((((.....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((.......)))))))...(....))))))))..((.(((...((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..(((..........)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))....).)))))))).....(((((((....(.((.(((..((((....))))..)))...)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((..........................................)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................((.(((((....))))).)).......(((.....................)))......((((((..((((......))))...))))))..................................((.(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).))(((((.........)))))......(((((.((.....)).))))).((((....)))).........................((((....))))..(((((((.((......................................((((.(((((.................))))).)))).((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).((((((((((((......(((...................(((((((.(((((((((.(.....((((((.....))))))...).)))))..)))))))))))((..........))................((((((((((((((((((...((...................(((.......)))........................((((....))))..........((((.........))))(..........(((...((..(((((((.((((((((((.....))))))))))((.((....)).)).)))))))))...)))((((..((((....))))...))))..........).............................((((....................))))..(((.......)))..........((((((.........))))))...............................((....))((((((............................))))))...........................)).....))))))))).)))))))))..((.(((((.....))))).)).............................)))......)))))))))))).....((.....(((((........(((.((..((((....))))..))...))).......)))))..)).......(((((((........))))))))).)))))))..........(((((((.........)))))))........(((((((((.....................................)))))..))))(((..............(((.(((((((((....))))))))).)))..............))).....(((((........)))))...................((((((((((....))))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((..(((((.......))))).......))).).(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((....))))).)))))......(((.......((((((..((...(((.....(((((...((((......))))....))))).......(((........)))..)))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.((.....)).))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((.....)))).....))))..((.(((((.....((....))....))))).))...((((((......(((((.....((....)).......))))))))))).((((......))))..((((((.....(.((((.(.(((.(((((((.(((((((((.(.....((((((.....))))))...).)))))))..)))))))))...((..((((...(((((((....((((((((...(((......)))......))))))))....(((...))).......)))))))..))))...))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....))))))))))))))((.....((((....))))....))..(((((...((((.(((((((.....((((((.((((((((((....(.((........)).)........(((((((...............((((((.........))))))..................((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..(.((......)).)..)))))).....((((((((((.(...((..((((........))))))....).))))).....((((.......))))..))))).........)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)................((..((..((((....))))..))....))..................(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))...........)))))))))).)...(.(..((...((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......)))))....................().............(((..((.(((((....))))).)))))....((((...........((....)))))).(((((((((((..((((......))))...))))))...............)))))..............((.(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).))((((((....)...)))))......(((((.((.....)).))))).((((....)))).......(((((............(((((....))))).(((((((.((....................(((.............(.((((.(((((.((..........))..))))).)))))((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).((((((((((((......(((......((((.........(((((((.(((((((((.(...(.((((((.....))))))..)).)))))..)))))))))))((..........)).............((.((((((((((((((((((..((((....(.......(((((((((.......))))).))))...........((....((((....)))).....))...((((.........))))(((((((....((((..((..(((((((.((((((((((.....))))))))))((.((....)).)).)))))))))..))))((((..((((....))))...))))...))).)))).....((((((.......)))).......(((((....((......))....))))).(((((.....)))))(((((((..((((((.((....))))))))........)))))))..............))((....))((((((.......((((.......).))).....)))))).........)................))))....))))))))).)))))))))))((.(((((.....))))).))..((((.......))))..))))......)))......)))))))))))).((.(((((...(((((........(((.((..((((....))))..))...))).......)))))))))).)))))(((((((........))))))))).)))))))...((((((.(((((((.........)))))))..))))))(((((((((............(((..........))).........)))))..))))(((......((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))))........))))))))((((((......))))))................(((((((((((((....))))))))))........))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...........((((....)))).......................((((((..((...(((((((..(.((...((((......))))....)).).(((...).).).....))))...)))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((.....)))).)...)))).....(((((...(........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((((((....((((((.......))))))..........)))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((............))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(..(((...........(.......(((..((......))..)))..)................)))..)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..((((....))))..)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....(((......)))......)).).(..)..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((.....((((((.......))))))....(....).).)))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((............))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(..(((..............(....(((..(((....)))..)))....)..............)))..)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......)))......(((((.((........)))))))...((((...........((((..(.(((((....))))).)))))..(((((((.(((...((((((..(((....((((((((((((..((((......))))...))))))...............))))))...)))....)))))).((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))......((((....))))..((((((......)).))))..(((((((((.((((....))))........(((...))).......(((((....))))).(((((((.(((.((....)).)))...(((((....)))))......(((.....)))..((((((((((((..............((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).((((((((((((......((((((...((((((((.((((.(((((...))))).)))).....((((((.....))))))..((((((((....((......(((..........))).....)).....((.((((((((((((((((((..(((((((((((((..((((((((((.......))))).)))))....(((.((((((((.(((((.((((((((......)).(((((((((.((((((((((((...(((((..((..(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))..)))))(((..((((....))))...)))....))).)))))))))((((((.......)))).)).....)))))))))....((((((.........(((((.....))))).........((((((.........))))))...................))))))))).))).))).)).)))).).))).))).((((.((((.((......)))))).)))))))))))..))))..))............))))))))).)))))))))))...(((((.....))))).))))))))......))))...))))..))).)))......))))))))))))....((((...))))..........(((.((..((((....))))..))...)))........))))))))))))...(((((((........)))))))...)))))))...((((((.(((((((.........)))))))..))))))..))))))))).....))))))))))..((((.(((..(((((((((((.((..((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))..)))))))))))))..))).))))...........))))(((((((((....)))))))))(((.....)))... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((........(((..((((...............................(((......(((((((.((...(((((((.(.(((....).................)).)...................)))))))..))))))))).....)))(((..((((((.(((....))))))))))))..)))).....((((((((....))))...))))....(((((.(((....)))))))).((((....))))...)))...........((((...(((((....))))).))))))).))))))...(((......((((.....)))).....)))......(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......(((....(((((((((((.(((((((((((......(((((....))))).....)))))))))..)))))))))...(((.((((....((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).))))))...))))..)))..))))....)))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).))))))...(((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.................((((.........))))...................(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..................))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....((...((...(((....)))...)).....))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..........................................................)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((((...(((......)))....))))))..........((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((...(........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))........)((((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((.(..((((((((((.(((......)))....))))))))))(....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....((((((...((...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((.......)))))))...(....)))))))))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((..(...).....))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((......((..((..((((....))))..))....)).....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((..........................................)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....(((......)))......))))..........((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).)))))).)))))))..((((....((((((.....))))))...)))).(((((((((...(........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.((((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...)))))))).....))...(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....))))))).)))).))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((.......)))))))...(....)))))))))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((............))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....)).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))..........))))))..((....))..)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((..........................................)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((((...(((......)))....))))))..........((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((.(.......).......))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).(.....).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((.(..((((((((((.(((......)))....))))))))))(....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...((((((...((...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))))).(....(((((((..(...(((((((..(((((((.......)))))))...(....)))))))))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((..((............)))).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....(.((..((..((((....))))..))....)))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((..........................................)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((((...(((......)))....))))))..........((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).)))))).)))))))..((((....((((((.....))))))...)))).(((((((((...(........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........((((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((.......)))))))...(....)))))))))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((............))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....)).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))((......)).)))))).((....))...)))))))((((((((..((((((.(((((....((((((.((((..((..........................................)).))))))))))...))))).))))))..))))))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..[[[.))))..(((.((((.((........))))))....((((...........((((....(((((....)))))..))))..(((((((.(((...((((((.(((((...((((((((((((..((((......))))...))))))...............))))))..)))))...))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).....((((....))))..((((((......)).))))..(((((((((.((((....))))...((((..((((....((((....((((....))))..))))(((.(((.((....)).)))..)))..))))..))))...(((..(((((((....((((((((((((...............(((..((((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))).((((((..((((......((((((...((((((((.((((.(((((...))))).)))).....((((((.....))))))..((((((((....((..((..(((..........)))..)).)).....((.((..((((((((((((((.(((((...(((.(((((((.....((....)).)))))))..)))..)))))...(((((((((....))......((((((..(((((((((.((((((((((((...(((((..((..(((((((.((((((..((.....))..))))))...((....))....)))))))))..))))).....((((....))))..........))).)))))))))((((((.......)))).)).....)))))))))....((((((.........((((((...))))))(((((((((((((((.........))))))......)))))))))....))))))...(((((....)))))..(((((.(((..((((.((((.((......)))))).)))).))))))))..))))))....))))))).))))))))).)))))..))))...(((((.....))))).))))))))......))))...))))..))).)))......))))..))))))............)))..........(((.((..((((....))))..))...)))........))))))))))))...(((((((........)))))))....(((((..((((........)))).)))))......)))))))..)))..))))))))).....))))))))))..((((..((..((((((((((.(((..((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))..)))))))))))))..))..))))...........)))).((((((((....)))))))).))).......]]]. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......)))).....(((((.((........)))))))...((((...........((((....(((((....)))))..))))..(((((((.(((...((((((.(((((...((((((((((((..(((((...).))))...))))))...............))))))..)))))...))))))(((((((((((..((((((((.(....))))))))))))..)))))))).....((((....))))..((((((......)).))))..(((((((((.((((....))))........(((...))).......(((((....)))))((((((((.(((..........)))...(((((....))))).....((((.....)))).((((((((((((..............((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).((((((((((((.....(((((((...((((((((.((((.(((((...))))).)))).....((((((.....))))))..((((((((............(((..........)))............((.((((((((((((((((((...((((((((((((..((((((((((.......))))).)))))...((((.((((((((.(((((.((((((...........(((((((((.((((((((((((....((((......(((((((.((((((((((.....))))))))))...............)))))))....))))((((..((((....))))...))))...))).)))))))))(((((([[[....)))).)).]]].)))))))))....((((((.........((((((...))))))(((((((((((((((.((....))))))))......)))))))))....))))))))).))).))).)).)))).).))).))))((((.((((.((......)))))).)))))))))))..))))).(((.......))).))))))))).)))))))))))...(((((.....))))).))))))))......))))...))))..))).))).)....))))))))))))...(((((...))))).........(((.....((((....)))).......)))........))))))))))))...(((((((........)))))))...))))))).).((((((.(((((((((....)).)))))))..))))))..))))))))).....))))))))))..((((.(((..(((((((((((.((.....(((((...(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..)))..)).))).....)))))))))))))..))).))))...........))))(((((((((....)))))))))(((.....)))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....(((......)))......)).....................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((.(((((((.(((((.(((.......((((((.....)))))).....))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((.......))))))....(....)))))))).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((..........)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....)).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.................................................))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......(((((((.((...(((((((...((.....(((......)))......)).....................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((.(((....))))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).))))))...(((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((.......))))))....(....)))))))).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..................))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....)).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(...........................................)..))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.((.(((((....(((((.((........)))))))))))))).))...(((..((((....(((((....)))))..))))..(((((((.(((...((((((.(((((...((((((((((((..((((......))))...))))))...............))))))..)))))...))))))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).....((((....))))..((((((......)).))))..(((((((((.((((....))))...((((..(..(....((((...(((((....))))).))))(((.(((.((....)).)))..)))..)..)..))))...(((..(((((((....((((((((((((...............(((..((((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))).((((((((((((......((((((...((((((((.((((.(((((...))))).)))).....((((((.....))))))..((((((((....((..((..(((..........)))..)).)).....(((.(..((((((((((((((.(((((...(((.(((((((.....((....)).)))))))..)))..)))))...(((((((((....))......((((((..(((((((((.((((((((((((...(((((..((..(((((((.((((((..((.....))..))))))...((....))....)))))))))..))))).....((((....))))..........)).))))))))))((((((.......)))).)).....)))))))))....((((((.........((((((...))))))(((((((((((((((.........))))))......)))))))))....))))))...(((((....)))))..(((((.(((..((((.((((.((......)))))).)))).))))))))..))))))....))))))).))))))))).)))))..))))...(((((.....))))).))))))))......))))...))))..))).)))......))))))))))))............)))..........(((.((..((((....))))..))...)))........))))))))))))...(((((((........)))))))....(((((..((((.(....).)))).)))))......)))))))..)))..))))))))).....))))))))))..((((..((..((((((((((((.(..((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))..)))))))))))))..))..)))).....)))..((((((((((((((....))))))))))........)))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(.(((.(..((.(((..((((.((((..(((((.((((((..((...(((.(((.........................................................................................................................(.(..(((...........((.(((...(((((((.......))))))).)))...))....(.((((((((....))))...))))...)(((((.((......))))))).))).)...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.((((............))))...))))((((.(.(((.....(...).......))).).))))..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).))))).)))).........))))((.....((((...(((.(((((((.(.(((.(((.(.....((((((.....))))))...).))).)))...))))))))...((.....(...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....))....((....)).)))))))..)......))...)))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((...((.(........).))..))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...(.((........)).).)))).(.(((((((......((((.............((....))..............))...)).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((..((......)).)))))))))(...((.(..(((((.(..(((...(............).)))...).)))))..((.(.(..........)).....)).).)).)))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((........((..((..((((....))))..))....)).......)))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((...(...).)))))))...........))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(.........................((....((...((..........))...))..)..........)..)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))).))...))))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(..((.(((..((((.((((..(((((.((((((..((...(((.(((..............................................................................................................(......)...(..............((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.((......))))))).........)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.((((............))))...)))).(((.(.(((...(........)....))).)....)))(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).))))).)))).........))))((.....((((...(((.(((((((.(.(((((((.(.....((((((....).)))))...).)))))))...))))))))...((....(....(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....))....((....)).)))))))..)......))...)))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((...((.(........).))..))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...(.((........)).).)))).(.(((((((......(((((..((.(((((...(....)))))).....))...))..))).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((..(((...)))..)))))))))(...((.(..(((((.(..(((...((..........)).)))...).)))))..((.(((((.....))))).....)).).)).)))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((........((..((...(((....)))...))....)).......)))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((...(...).)))))))...........))))))............)))))))((((....(.(((..(...(((.(.....((.........................(.......)..........................))..)...))).....))))...)..))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))).))...)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((.((........))))))...........................(((((....)))))........(((((((.(((...((((((...............((((((..((((......))))...))))))...............................)))))).((((((......((((((((.......))))))))......))))))......((((....))))...........(((((...........)))))..(((....)))..........................((((....))))...((((((.....................................................((((((((((((..............((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).((((((..((((......((((((...((((.....((((.(((((...))))).)))).....((((((.....))))))..((((((((............(((..........)))............((.((..((((((((((((((..................................(((..(.....................((((....)))).)..))).....(((((((((.(((((((((.((....((((..((..(((((((.((((((..((.....))..))))))...((....))....)))))))))..))))((((..((((....))))...))))...))..)))))))))((((((.......)))).)).....)))))))))....((((((.........((((((...)))))).........((((((.........))))))...................))))))....................((((.(((..((((.((((...........)))).)))).))))))).....................))))))))).)))))..))))...(((((.....))))).)))))))).............))))..))).)))......))))..))))))....(((.....)))..........(((.((..((((....))))..))...)))........))))))))))))............................)))))).....(((((.(((((((.........)))))))..))))).................))))))))))..((((..((..(((((((((((.((..((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.(((((..(((..((((..(((((((((...((((............((((....(((((....)))))..))))....((((((((.((((((((................((((((..((((......))))...))))))...............(((.(((.((((.((((..((((((((((((((..((((((((.......))))))))(((.((..(((.......((((....))))..((..((((.(((((.((....))..))))).((((....))))......)))).)).....)))..)).)))....))))))))).(((.(((..(....)..)))..)))....)))))......)))).)))).))).)))...))))).))).)))).........)))).))))..(((((((((.((....)))))...))))))..))))))))).))))))).(((..((((((....(((((((((........)))))).....))).....((((((.....)))))).)))))).)))....)))))))))).........((((((..((((....(((.(..((((((((((((((.(((((...(((.(((((((.....((....)).)))))))..)))..)))))...(((((((((....))......((((((..(((((((((.((((((((((((....((((..((..(((((((.((((((..((.....))..))))))...((....))....)))))))))..))))((((..((((....))))...))))...)).))))))))))((((((.......)))).)).....)))))))))....((((((.........((((((...)))))).........((((((.........))))))...................))))))...(((((....)))))..(((((.(((..((((.((((.((......)))))).)))).))))))))..))))))....))))))).))))))))).)))))..))))....))))(((.((((((.((...((((((..(((.....))).......(((......((((..((((...((..((((...(((((........(((.((..((((....))))..))...))).......)))))))))..))...(((((((........)))))))....(((((.....)))))....))))..)))).(((((........)))))...))))))))).....)).)))))).((((..((..((((..((((((.(..((.(((.....(((..((..((..(((((((((....)))))))))..))..))..))).....))).))..)))))))..))))..))..))))..))).........((((((((((....)))))))))).......)))))) |
