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AUCAUAGUCAAAAGAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAAGGAACGCUAGCUAUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGUUGUUUUCGGGGAGCUGGGCAGAAGGAAAAGAGGCUCCUAGCGUUAGUCCGCUUGUCUCGCCCAACAUGUUGGUGGGAACAGUUGAGAACAAAGUGGCGAACGGGUGCGUAACGCGUGGGAAUCUGCCGAACAGUUCGGGCCAAAUCCUGAAGAAAGCUAAAAAGCGCUGUUUGAUGAGCCUGCGUAGUAUUAGGUAGUUGGUCAGGUAAAGGCUGACCAAGCCAAUGAUGCUUAGCUGGUCUUUUCGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCGGACUCCCACGGGGGGCAGCAGUGGGGAAUCUUGGACAAUGGGCGAAAGCCCGAUCCAGCAAUAUCGCGUGAGUGAAGAAGGGCAAUGCCGCUUGUAAAGCUCUUUCGUCGAGUGCGCGAUCAUGACAGGACUCGAGGAAGAAGCCCCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACGGGGGGGGCAAGUGUUCUUCGGAAUGACUGGGCGUAAAGGGCACGUAGGCGGUGAAUCGGGUUGAAAGUGAAAGUCGCCAAAAACUGGCGGAAUGCUCUCGAAACCAAUUCACUUGAGUGAGACAGAGGAGAGUGGAAUUUCGUGUGUAGGGGUGAAAUCCGGAGAUCUACGAAGGAACGCCAAAAGCGAAGGCAGCUCUCUGGGUCCCUACCGACGCUGGGGUGCGAAAGCAUGGGGAGCGAACGGGAUUAGAUACCCUGUAGUCCAUGCCGUAAACGAUGAGUGUUCGCCCUUGGUCUACGCGGAUCAGGGGCCCAGCUAACGCGUGAAACACUUCGCCUGGGAGUACGGUCGCAAGACCGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCUGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUACAACGCGCAAAACCUUACCAGCCCUUGACAUAUGAACAACAAAACCUGUCCUUAACGGGAUGGUACUGACUUUCAUACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUUGGUCAAGUCCUUUAACGAGCGAAACCCUCGUUUUGUGUUGCUGAGACAUGCGCCUAAGGAGAAAGUCUUUGCAACCGAAGUGAGCCGAGGAGCCGAGUGACGUGCCAGCGCUACUAAUUGAGUGCCAGCAAGCACGUAGCUGUGCUGUCAGUAAGAAGGGGGCCGGUGCCUUUCGGCAAACGUGUGCGUAUUGCAGCUAGCGCGCUUUCCCCAGCCUGACAGUUUAGUAAAGUCAAGUUUUUGGCCAACUCUUGCAGGUGAUGACGACGUCGAGUUGGCGGCGGGGAAAGACUCGGCAUGAAGGCGAGCCGCCCGGUGGUGUGGUACGUAGUGGGUUGCCCCGCCAAACGGCUCCGAAACAAACAAAAAGUGCGUACCGCACUCACGAGGGAACUGCCAGUGAUAUACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCCGCAUGCCCUUAUGGGCUGGGCCACACACGUGCUACAAUGGCAAUUACAAUGGGAAGCAAGGCUGUAAGCGGAGCGAAUCCGGAAAGAUUGCCUCAGUUCGGAUUGUUCUCUGCAACUCGGGAACAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAUGCCGCGGUGAAUAUGUACCCGGGCCCUGUACACACCGCCCGUCACACCCUGGGAAUUGGUUUCGCCCGAAGCAUCGGACCAAUGAUCACCCAUGACUUCUGUGUACCACUAGUGCCACAAAGGCUUUUGGUGGUCUUAUUGGCGCAUACCACGGUGGGGUCUUCGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGUGGCUGGAUUGAAUCC |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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Afold
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[ FASTA input ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.......))))))((((((((.(((((((((...(((..(((.......)))...)))....)))).)))))...))))))))(((...........(.((((((((((((..(((((((.(((((((((())))).......................))))))))))))).)))))).))))).))))......((((((((((..((((........(((....))).......((.(((((.((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..)).))).)).))))))..((((((.....))..)))).....))))))))))(((((.(.......).)))))...(((((((...(((((....))))).))))).....((((....)))).....(((...((.....))...)))(((((.((((((.(............).)))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..((((((((((...........))..))))))))...(((((((..((((((.((.(((.....((((((.....))))))...))).))(((((((((((.((.(.(((.(((......(((((......(((..((((((.....(((((((((.((.........(((.....))).....)).)))))))))))))))....(((((...(((...(((((((...(..(((((.........))))).)))))))))))...............(((((((((((....))))))))))))))))....))).....)))))..(((..((((.(((((....)))))..))))..))).......(((((.....(((.((......)).)))(((((....((......))....)))))...(((((.((((...((((((...((..(.(((((((....))))))))..))...)))))))))).))))....((((....))))((((.((....))...................))))......(((((((((((.(((((.(((((.(.(.((...)).).).))))).)))))))))))..(((.....(((((((..(((((.(((((.(((.....)))))((((((((.....))).))))).......((((((.((())).)))))).(((.(((....)))..))).))).)))))((((((((.(((((((...........))))........((((((((...(.(.......)...)..)))))))))))))))))))))))))).....)))..........((((((((((((((((((((....)))))(....)....................))))))))))))).)))))))..((.(((((.....))))).))....((.((((((()))..)))).)).((((....))))..)...........(((.....)))..........................((((((.(((((((((..((.....))..)))))))).).))))))..((((((.(((((..((.......)).....(((((((.........)))))))...))))).)))))))))............))))).))).).)))))))))))))))))))..)))))..))...))...(................((((..((((((..((((((......))))))..))))))........))))).....(((((.......)))))...(((..((((((((((....))))))))))..)))..... |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.......)))))).(((((...........)))))...(((((((.(((((...(((((....(((((((((((((((((((((............((((((((((((((...(((((((.(((((((((.((((......))))))))..........))))))))))))..)))))).)))))....)))......((((((......))))))....(((....)))..(((((((.(((((.((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..)).)).))).))))))).((((((......)).))))......)))))).))))).).))))))))).(((((..(((.((((...(((((....))))).)))).....(((((((...(((.(((((((..(((.....)))..)))).))).)))...)))))))(((..((.(((.((((.......(((((((...((.((((((....(((.((((....(((((((........))))))).....)))))))......)))))).))..(((((((.((.((((.((((....((((((.....))))))..)))).))))..)).))))))).(.(((.(((...(((((((....((((((.......((((...(((.............))).))))....))))))...)))))))..)))..))))...))))))).(((...(((((((..(((...(((........))))))..))))))))))...(((..((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))(((..((((.(((((....)))))..))))..)))...((((((.((((((((((.((......)).))))((((....((......))....)))).....((((.((((...((((((...((..(((.(((((....))))))))..))...)))))))))).)))))).)))).)))))).)))).))).))..))).((((((..((.(((...((.(((((((((((((((((.(((((.(((((.....((...)).....))))).))))))))))))))((.(((......((((((.(((((((((.((.(((((((((((...(((((((...((((((..((((...(((((.(((((......)))))...(((((((........))..)))))((((((((.(((((((...........))))........((((((((......((....))......)))))))))))))))))))...((((.((....)).))))(((.(((((((((((((((((..(((.....(((....))).....)))..))......)))))))))))).)))..)))..((.((((((...))))))))....(((.((((........)))).))).)))))....)))))).)))).)))))))....)))).))).)))).)).)))...))))...((((((..((((((((..((.....))..))))))))...))))))..((((((.(((((.(((.......)))....(((((((.........)))))))...))))).)))))).............)).))))))..))).))....)))))))).))))).))..)))))).)))..)))))))))).))))).......((((((..((((((......))))))..)))))).((((.((((.((....)).)))).))))))).)))).(((..((((((((((....))))))))))..)))..... |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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