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UAAUAAAAAUGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAGUGAAGGCUAUAAGUCUGCUUGAAUACAUGCGAGUCGAAUGAUUUAGAUCAUGGCGUACGGGUGAGUAAUAGACUCAUAUCUGGCCCCAACUCUUGGAUAAUCCUAUCCCUCCGGGAGAAAAAAAGGGAAAUACAGGAUAAUUAUAAGGUACGCCGGUUGGGGAUGAUUAGGUCGAGUAUUAGGUAGUUGGUAAGUAAGCUUACCAAGCCUUUGAUGCUUAGUUGGUCUGGGAGGACGAUCAAUCACACUGGGACUGAGACAAGGCCCAGGUUUCAUUUGAAGGCAGCAGUAAGGAAUAUUGCACAAUGAGCGAAAGCUUGAUGCAGCAAGACUUGGUGAGGGAUUGAAGGCUUAGGUUGUAAACCUCUUUUUUAACUGAGGAUAAUGACAUUAAGUUAAGAAUAAGUCCCGACUAACUUCGUGCCAGCAGUCGCGGUAAUACGGAGGGGGCAAGCCUUAUUCGUCAUAACUGGGCGUAAAGGGCCCGUAGGUUGCUUUCUGUAAAGUUAUUUGUUAAAUAUUAUAGCUUAACUAUAAAAAGGCAUUUAAAACAUGAAAGCUUGAGUCUGACAGAGGGAAAUGGAAUUUUUUAAUUAGGGUUAAACUCCGGAUAAGUAAAAGAGAACAUCAGCUGCGAAAGAUUUCCUUGUUCAGUACUGACGCUGAGGGGCGAAGGCGUAGGUAGCGAACAGGAUUUGAGACCCUGGUAGUCUACGCUGUAAACGAUGAGUGCUAAUUUUUAGAAAUCUAGAAAAUAUAGCCAAGGCAUUAAGCAUCGCUGAGGAGUACGAGCGCAAGCUUAAAAAUCAACGGAAUUGGCGGGGGUUCAAACAAGUGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUGCGAUAAUACGCGCGUAACCUUACCAGUUCUAGUAAGUCUGUCAUUUUUACGAGACGUAACAAACUUUGGGACUUUCAGGUGUUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUAGGGUUAAUUCCUGUAACUGAGCGCAACCCUCGUCUCUUUUAAGUUUUGUAAUAGUUUAUACUAAGUAAUAAAACAGGAGAGAUACUGCCAACGUUGAGUGGAGGAAGGUGGGAUGAGGUCAAGUCUUCAUGGCCCUUAUAACUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGGAAGGACAACGAGUUGCGAGGGAGUAAUCCAAAGCCAAUCUUAAAACCUUUUCUUAGUUCGGAUUGGGGGCUGCAAUUCGCCCCCAUGAAGUUGGAAUCACUAGUAAUCGCGAAUCAGGAUGUCGCGGUGAAUACGUCACUGGGCCUUGCACACACCGCCCGUCACGUCCUGGGAGUUGACUUGGCCAGAAGAUUUAGGAAUAAACUUUUUAAGUUGAAGUUUGAUAAAAAAAAGCUUUUUUUCUUUUCUAACGAAAAAAGAAAGUCCUUUUGAAGGACAGGUAAGCAACUGGGAGUAAGUCGUAACAAGGUAGUCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAAAAAUUAAUUU |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........(((((((((((((((((..(((..(((((((((....(((((........)))))(((((((((((((...((((.((((.((((((.....))))))....(((((.....(((((((.(((((.(((((.............))))).....))))).))).)))).(((((((((((..(((((..((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..((((((.((((...(((((..((((.(((((.((......)).)))))......((((...(((((((((.....)))))).....((((....))))..)))..)))).....))))..)))))..(((((((((..(...((((..........))))...)..)).))))))).........))))))))))(((((((((.((....)))))...)))))).......))))...))))).))))).))))))..))))))))).))))...))))...))))))))).......))))))))).)))......((((.((((.....)))).)))))))))....((((((........))))))....))))))))))))....................((((((((....((((.((((((((((....((((.(((.(((((..((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...........((((...(((((((....)))))))........(((((.....(((((.((((...((..((((....)))).....((((((...((((((((((((......(((.(((.(((((.(((....(((((........))))).........(((((((..((((.(((......((((...))))))).))))))))))).))).))))).))).))).......((((..(((....))).(((((.....))))).....))))..)))))..(((((((((..(((((((..((((....))))....)))))))))))))))).)))))))))))))(((...(((((..((......))...))))).((((((........))))))..))).(((((....(..((((.....((...((...(((....)))...))...))......))))..)...((((.((((((((((........)))))))....))).))))...)))))...))...)))))))))..((((((.....)))))).)))))))))....))))).))))))))))......((((((.((((............((((((((.......))))))))..........((((.((((.(((((....))))).)))).((((((...))))))....))))..))))...))))))..))))))).))))..(((....)))))))))))...........) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................(((((....)))))................................((((((((...............................................................)))))))).....................................................................................(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))...........((((......................)))).(((((((((................)))))))))...(((((......(((((((................))))))))))))..........................................((((((.....................((((((.....)))))).................))))))............(((((((..............................................................)))))))..........................(((((((((......((((.........))))...)))))))))...........(((((..(((((((....))))))).................))))).............((((....))))....................((((((((............((((((((.........................................((((((.......(((((...))))).........))))))........................(((((..........(((((((.....)))))))..))))).........(((((((((..(((((((..................))))))))))))))))....................................................................)))))))).....(((((((...............(((....)))................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))...................................................................................................................................................................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((.......((((..(((((.((((((.((.....(((............(..........)....................(((((((.((...((((((((((((.....((((((..............))))))......))))..................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((....)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((.(....))).....)))).(((((((((................)))))))))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))).)))).......(((.(((......((((...(((((((((((.....((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..).)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))..................)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))............(((((.(((((((((..)))).)))))...((....))....))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........((((((.......(...(((..(((((((...)))))))..(....)))).)...((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....).))))..........(((((((....((......(((......)))......))....)))))))..((.((.((.....)))).))..........)))).)..))))....)))))....))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((.........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(....((((......(....................................................).....))))..)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))......... |
|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......)))))).(((....)))....((.((........)).))..(((..(((((....))))))))....((((.........))))..(((...((((((((..((....(((((((((((.............))))..))..)))))............))..))))))))..))).............((((..((((((((....)))))))))))).(((((((((((..((((....))))...........(((((............)))))...(((((......(((............(.(((...(((((....))))).))))............((((.......(((....))).....))))........))).....))))).................(((((......(((((.....((....)).......))))))))))..(((((.(.((((.......)))).)....((((.(.(((.((((((.......(((..((((......(((((.....)))))....))))..))).....))))))...(((((((..(((((((..(...((((((.....(((......)))........))))))...)..(..........).)))))))..)))).)))...))))..))))...(((((((...((...((((.........))))...))))))))).............((((.(((((((....)))))))...)))).))))))))))))))))..((.......((((....)))).....))........(((((.((((((......((((((.((((((((((...(((((........))))).......((((((.......((((............))))......................((.((((..(((((.......((((..(((....)))...(((......)))......)))).....((((((((((((....(((.....((((....))))......)))...)))))))).(((((....((....)).....)))))...))))...)))...))))))))....))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((....((....))....))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))....................((.(((.......))).)).))))))))).))....(..((.(...((((((..(((.(((.....................(((((...))))).(((((...........)))))..((((((((........))))))))((((.......)))).))).)))..))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))............. |
|
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......))))))..(...((((.....)))).)..............(((..((((((..)))))))))......((((((.....)))))).(((((((.((((((((((((((((..((((((((((......................................))))..)))))))))))....(((((((((((..((((((((....))))))))))))..))))))).((((((((....))))...))))......(((.......((((((((((....(....)......((((((.....)))))).((.(((((....))))).))(..........(((..((((((........(((((...)))))..(((((((((.(...........)..)))))))))..)))))).)))..(((((((((.((....)))))...))))))....(..(((((...((((.......))))...)))))(....)...)((((((((..................((((((.....))))))...(((.(((.......))).)))........))))))))..........(((......(((......))).........)))..............................((((()))))((((....))))..(((((((((.((...((((.........)))))).))))))))).............((((((((((((....))))))).).))))....)..((((((..((((..(.....).))))...))))))...(((((((((((((.(.(((((.......(((.....((((........)))).....)))......)))))).)))))))).).((((((.......(((((...))))).........))))))..........((((((((....))))).)))((....)).((((((.....)))))).................(((((((((..(((((((.(((((....))))..).))))))))))))))))..........))))................(((((......)))))((((((........))))))....((.(((.....(((((((.....(((((((...(((....)))...)).)).)))....)))))))..))).))...(((((((........)))))))....................(((((((((....)).)))))))..........)))))))))).........)))......))).))))))))....)))))))............(((((((.......))))))).......((((()))))(((((((((....)..))))))))((((((...))))))..........(.........)...........((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((.....(((.(((..(((..(((((....))))))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))).)......)).)...((..(.....)).)...........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((....)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((.....(.((((..)))).)...)))).....(((((...(.......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((((.(.......((((...(((.((((((..(..(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((.(...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....))))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((((((.((((((((....)).))))))...((....))....))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........((((.((.....(.((.(....(.(((((...))))))..........))).).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)).)))).....((.(((((((((.......((....((.......).....))).....)))))))..((.(((((....))))).))....))))..)))).).))))....)))))))...))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(....(((......................(....................(((..(......)....)))...)))).)....))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((.......((((.((((((.(((((((((.....(((.(((..((((..((((....))))))))................((((((..((...(((((((...((...........((((...)..........))).....))............((....)).)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((....)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((.....(.((((..)))).)...))))...(.(((((................))))).).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((((.(.......((((...((((((((((...(.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)........(....))))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((((((.(((((((((..)).)))))))...((....))....))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........((((.((.....((((......(.(((((...))))).).(.....).))).).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)).)))).....((.(.(((((((.......((...((........).....))).....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))..)))).).))))....)))))))...))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(....(((....................................(((....(.(...(....).....)).))).)))..)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......))))))..(((.(((((...)))))[[[[[..)))...]]]]]...(((((....)))))(((((((..((((((..[[[))))))..]]].......(((((((...[[[[[.[[[[[)))))))......]]]]].....]]]]].........)))))))................((((((((((((((..((((((((....))))))))))))..))))))).(((((((.........)))))))....[[[[[.....)))....]]]]].......(((...[[[((((((.....)))))).)))(((((....))))).]]]...............((((((..........(((((...((((.[[[[[[[[[))))))))).......]]]]]]]]]..))))))((((..[[[[[[[[[...))))..]]]...]]]]]].((((.[[[[[....((((.......))))......))))..]]]]](((((((((.........((((.....((((((.....))))))...))))......))).))))))...(((((((..((((((((((...((((((((((.(((......))).)))...)))))))...))).............)))))))..)))).)))..(((((....(((....)))...)))))..((((.....[[[[))))...]]]]..((((((.......[[[[[[..(((((((....))))))).))))))...]]]]]].....(((((((.[[[...((((....))))..............)))))))...]]]..(((.....[[[[[[.)))((((..(((((........)))))))))......]]]]]](((((...[[[...)))))..]]]((((((...((((((...)))))))))))).(((((.(((.(((((((((((....))).....(((..(((((((.....(((((.......(((((((((..(((((((..((((....))))....))))))))))))))))..............((((((((...(((.......)))..))))).((((((........)))))))))..)))))...))))))).))).))))))))))).(((....)))..))))).............(((...[[[[))).(((((((........)))))))........]]]].....((((((((((.[[[[[[[[)))))))...)))......((((............))))....]]]]]]]]....(((((((.((((....((((....((((((((.......)))))))).)))).....(((((((((.(((((....))))).)))))((((((...))))))....))))..))))...)))))))........((((((((((....))))))))))............. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((...((((((.(((.(((..(((((...)))))))))))...((((.(((((....)))))....))))((.(((..((((((.....)))))).(((((((.((((((((((.(((((..((((((((((......................................))))..)))))))))))....(((((((((((..((((((((....))))))))))))..))))))).(((((((.(......)))))))).((.(((((.((......)).))))))).......(((((((((...(((.....(((((...(((((....))))).))))).....))).((((.((((..((((((.(((((...)))))..(((((((((................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))))....((((.......))))....))))))))).((.(((((((............))))))).)).......((((.((((.....)))).)))).(((((((..((((((((((...((((((((((.(((......))).)))...)))))))...))).............)))))))..)))).)))((((.(((.(((((..(((((((...((...((((.........))))...))))))))).............((((.(((((((....)))))))...))))((((((.((((((..((((..........))))...)))))).((((..((.......))..))))....((.((((((.((((((((.....(((((........)))))...((((((........(((.((((.((((((.((((.((((((((...((((((...))))))))))))..(((((....))))).)).)))))))))))))).))).(((((.((.((.((((........(((((((((..(((((((..((((....))))....))))))))))))))))........)))).)))).))))))))))).(((((......)))))((((((........))))))..)))))))).....(((((((.....(((((((...(((....)))...).))).)))....))))))).((((((.((((((((((........)))))))....))).))...))))...(((((((.........))))))).....)))))))).)))))).......))))).)))))))))))))))))....)))))))..(((((((((.....))))))))).(((((((.........)))))))..(((((((........))))))).((((((...))))))..))).))..))))))..)).)))).......((((((((((....))))))))))............. |
|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......))))))......................................................((((((((((((.......((((...(((...((((((((........(((((.(((((.............))))).....)))))................))))))))..)))..))))(((((((((((..((((((((....))))))))))))..)))))))........................................((((((((((...............................((....(((((....)))))..)).........................(((((.(((((...((((..[[[[[...))))...)))))..)))))]]]]].....................................................((.....((........{{{)).....))}}}............................................................................................................................................................................................((((((((.......((((.........))))....)))))))).............(((((((((...........))))).))))............................((((....))))......(((((((((((<<<<<<<<<.............................(((........)))..........))))))...........................................................((((....))))....(((....)))...........................>>>>>>>(((((((((..(((((((..((((....))))....))))))))))))))))...>>...)))))..................................(((((........)))))................(((((((......((((((...(((....)))...)).)).)).....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))..........)))))))))).......))))))).))))).................................(((((((.......)))))))..................((((((((....))))..)))).(((((.....)))))................................((((((((((....))))))))))............. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(..(((.(..((((((((...)))..............(((((........)))))..((((..(((.((.)))))))))................((((((..((...((((((((((((..((..(((((....))...........))).))...)))))..................)))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((....)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))..(((((((((.(((....((((((...))))))...)))..(((((((((...((........)).)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........))..(((((.....)))))...........(.(.((((((((((...((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))...(((((((...(((((((.(..((((((((((..((......)).....)))))))))).....).....(....).)))))))..))))).))....))).).)..(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((.........(((((.((((((((....)))))).))....(....).....)))))..((...((((.(((((....)))))..))))..))......)))....................(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((.(((........((.......(((((...)))))(((...))).)...).............(((.(((((...(((((.((....))...((((......))))..)).))).....(((....((((((.....(.(((((((.....)))).....))..))..))))))...((.(((.(.....)))).)).....)))))))))))...................)))))).......))))))).....(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))...)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..((((((((((((....((((((......................................(((.....(((..........)..)).))).))))))...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.....(((.(((....(..(((((....))))))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((..............))))))......))))..........((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((....)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((.(....)))))...)))).(((((((((...(.......)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........(((......((((...(((((((((((....(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))...........)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))............(((((.(((((((((..)))).)))))...((....))....))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........((((((......((...(((..(((((((...)))))))..(....)))).)).(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))(..(((......))).).)).)))).....((.(.(((((((....((......((........))......))....)))))))..((.((.((.....)))).)).....)))..)))).).)))...)))))))))...))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((((((..((((((((((((....((...((((......(....................................................).....)))).))...))))))))))))..))))))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
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PknotsRG
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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