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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00796



RNA: CRW_00796
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (....((((.((((.(((((...(((((..((((((((.((((.....))))...((.((......)).))...)))))))).(((.....))).))))).)).))))))).))))..........((((((((.......(((((..........((.....))......(((.((.((((...))))))..(((((....))))).....)))...............)))))......(((((.......(((((..((((((.((((...((((.........((((((.((((((((((((.(((((..(((((((((..((.((((.((((........))))..))).).))..))...))))))).))))).)))))..)))).....((((..(((.....))).))))....)))..))))))..((((.........(((((......(((((..........)))))......((((((...(((((((((((((........)))))))).))))).....(((........))).............)))))).......)))))........))))((.(((((((((((.(((((.((((.(.(((.((((....)))).(((....).)).))).)))))......(((((........((((......)))).......)))))...................))))).))))).))))))..))....(((((((.........)))))))......))))..))))))))))...))))).((.(..((((.(((.(((((...))))).))).))))...).))..........)))))...))..))))))....)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..(((((((((((....(((((.(((((..(((..(((((((.((.................)))))..)))))))..)))))((((((.(((.......(((((((((.((..((((((((...(((..........))).(((((....(((.............(((...........(((((...(((((....))))).)))))...........))).((((((....((((((...((....)).....))))))...(((...(((.........)))....)))(((((((((........))))))))).)))))).))).((((((.........(((....)))...((((((((((.......)))).....((((((................(((((((((..(((......(((((...........))))).....(((((((..........)))).....)))..)))...(((((((((((((........))))))))).))))....)))..))))))..................))))))......)))))).)))))).))))).....)))).....))))..)).)))))).((((....))))....)))......)))(((......(((((((((...((((((......((((.....(((.(((((......((((.........))))......))))).(((((.(((.(((((((.........))))))).......))))))))...)))..))))......))))))...)))))))))......))).)))))).)))))....))....))))...))))).....))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................((((.................))))..........................................................................((((...(((((....))))).))))..........................((((((...((....)).....))))))...............................((((((....(((((..(((((((......(.(((.((((........))))..))).)..........))))))).))))).....)).))))...........((.......))..................(((((...........)))))..........................................(((((((((((((........))))))))).))))............................(((((((((..........................................)))))))))......((((....))))(.............................)...............................(((((......((((.........))))......)))))...........(((((((.........))))))).................(((.......))).......((((.(((.((((.....)))).))).))))................((((.........)))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((.((((.((((.....((((((((....((((((((((.(.(((..................(((..............(((((............)))))....((........((((....(((..........)))......))))........))))).................(.(((...(((((....))))).))))............)))..).))))....(((.....((....)).......)))..........))))))......))).))))).((((...(((.......(((((((.....((.(((..(((........)))...))).)).........))))))).......)))....))))....)))).)))).).........................(((((...........)))))..(..(((......((((.....))))....)))...).....((((...((((............(((((((................................((((((((..((((...(((.(((..((((((.((..((((.((((.......)))).))))....((((....))))...)).).)))...))))))))......(((((..........((......)).........)))))......................))))))))))))...........(((((((.........))))))).....)))))))))))..))).).....(..((.(..((((.(((.((((.....)))).))).))))...).))...)...)).)).....................
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((.......)))(((.....)))...........................(((((((..((((....(......).....)))))).))))).........(((..........)))................((((.......)).)).........((((...(((((....))))).))))............((..(((((.....((((((((.((....))))...)))))))))))....))..................((((((((.((((((((..(((((((((..(((.(((.((((........))))..))).)).)..))...))))))).))))).))).)).)))).....((((..(((.....))).))))....)).......(((((...........)))))...............(((.....)))................(((((((((((((........))))))))).))))............................(((((((((........(((((.............)))))...........)))))))))......((((....))))((...................(......)))........((((...................(((((......((((.........))))......)))))...(.((....(((((((.........))))))).......))...)....(((.......)))...))))((((.(((.(((((...))))).))).))))...............(((((.........)))))......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((.(((...((((((........(((.((((.....))))......)))........)))))).....(((((((......))).))))...))))))).)))).....(((.....[[[.)))......]]].(((......(((.............(((...........(((((...(((((....))))).)))))...........)))((((((.....((((((..((((.....)))).))))))))))))...))).........((((((.((((((((((((.(((((..(((((((........(((.((((........))))..)))............))))))).))))).)))))..)))).....((((..(((.....))).))))....)))..))))))....)))...........(((((.(((......(((((...)))))....)))...(((..(((((((((((((........)))))))).))))).......[[[..)))((((((............))))))..]]]........(((...[[[[)))((((.((((.......)))).))))....((((....)))).]]]].........))))).........(((((....[[[[((((......)))).......)))))....................(((((....((((....))))....(((((((.........)))))))..)))))]]]]......(((.......)))(((....((((.(((.(((((...))))).))).))))................[[[[....)))..]]]].......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.((((((((...((((((((((.((((((.((....((((.((((..............(((((....))))).(((((............))))).)).))........((((.((.(((..........)))...)).)))).((.....))......)))))))))))).)))))....(((((....)))))................(((.((((((.....((((((..((((.....)))).))))))))))))...)))...................(((((((((.(((((..(((((((((..(((.(((.((((........))))..))).).))..))...))))))).))))).)))))..))))............)))))..))))))))..)))............((((............(((((((((..((..(((((...))))).....((((......(((((((((((((........)))))))).))))))))).(((........))).........((((((((((.......(((.((((...(((..(((.((((.(((((....).)))).))))....((((....))))..)))...)))....)))))))......(((((........((((......)))).......)))))......((((.((...)).)))).))))))))))...........(((((((.........)))))))....))..))))))..)))............))))..((((.(((.(((((...))))).))).)))).))))))........(((((.........)))))......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................((((.................))))........................((................................................((((...(((((....))))).))))...................((((.....{{))))................}}.................................[[[))......((aa..(((((((........(((.((((........))))..)))............)))))))...))AA........]]]........................................(((((...........)))))..........................................(((((((((((((........))))))))).)))).............................((<<<<..............................<<<..(((.........)))))>>>....((((....)))).........................(((((((((...((((((...................(((((......((((.........))))......)))))...........(((((((.........))))))).................(((.......)))...))))))...)))))))))....>>>>.........................((((.........)))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((.(((((...(((.((((.....))))(((.....))).................................((........)).))).)).))))))).))))..........((((((.........((((.(((((.....((..............))............((((...(((((....))))).))))...........(((.((((((.....((((((...(((.....)))..))))))))))))...))).........((((((.((((((((((((.(((((..(((((((((..(((.(((.((((........))))..))).).))..))...))))))).))))).)))).).)))......((((..(((.....))).))))...))))..))))))..((((............(((((((((..((..(((((...)))))...............(((((((((((((........))))))))).)))).....(((........))).........((((((((((.....((.((((.((.....((((...((((.(((((....).)))).))))....((((....)))).))))....)))))).))..........(((((........((((......)))).......)))))......((((.((...)).)))).))))))))))...........(((((((.........)))))))....))..))))))..)))............))))..((((.(((.(((((...))))).))).))))...))))).........))))........)))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((...((((((..........(((((((((((..(((......................))).........(((((([[[[[[[...............(((((..............(((...((((((...((((.........(((..((((....((((((...........(((((...(((((....))))).)))))..................((((.......)))).......))))))...)))).........))).................))))))))))..............)))..)))))....((((((.......(((((((...............(((((.......)))))..........................))))))).....))))))..(((((...........)))))..)))))).......)))))))))))..........)))))).((((((((((((........)))))))).))))))))))))).......((((..(((((..(((((((((..........................................)))))))))......(((((..))))).............))))).......(((((((((...((((((...................((((....................((((((....(((((..)))))....(((((((.........)))))))..))))))..))))...(((.......)))...))))))...)))))))))..........]]]]]]]....)))).......(((((.........)))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((.(((((...(((((..((((((((.((((.....))))...((.((......)).))...)))))))).(((.....))).))))).)).))))))).)))).....(((..[[[[[[.))).((..(((((..........((.....))......(((.((.(((.....)))))..(((((....))))).....)))...............)))))......(((((.(((.....)))..((((.((((..................((((((.((((((((((((.(((((..(((((((.((((.....))))...............(((....)))......))))))).))))).)))))..)))).....((((..(((.....))).))))....)))..))))))..((((............(((((((((..((....(((...(((((...(((((.(((...(((((((((((((........))))))))).)))).....(((........)))....)))..(((.(((.(((....((.((((.((.....((((...((((.(((((....))).)).))))....((((....)))).))))....)))))).))....))).))).)))...))))))))))................(((((......((((.((...)).))))......))))).......))).(((((((.........)))))))....))..))))))..)))............))))..((((.(((.(((((...))))).))).)))).))))))))........)))))...))..]]]]]].....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((.(((((...(((((((((<<<)))).(((.....)))..........................>>>...............))))).)).))))))).)))).....((((.{{{{{{.........{{{{.{{{{{)))).(((............)))...........(((((...(((((....))))).)))))..........(((.((((((.....((((((..((((.....)))).))))))))))))...))).........((((((.((((((((((((.(((((..(((((((....(((.(((.((((........))))..))).)).).......))))))).))))).)))).)).))).....((((..(((.....))).))))....)))..))))))..((((............(((((((((......(((((...)))))...............(((((((((((((........))))))))).)))).....(((........))).....(((([[[[[[[[[[........((((.((.....((((...((((.(((((....).)))).))))..(.((((....)))))))))....)))))).............[[[[[...)))).((((......)))).......]]]]]....(.((((.........)))))]]]]]]]]]]...........(((((((.........)))))))........))))))..)))............))))..((((.(((.(((((...))))).))).))))...}}}}}.........}}}}........}}}}}}.....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((.(((((...(((((..((((((((.((((.....))))...((.((......)).))...)))))))).(((.....))).))))).)).))))))).))))..........((((((((.......(((((..........((.....))......(((.((.(((.....)))))..(((((....))))).....)))...............)))))......(((((.......(((((..((((((.((((...((((.........((((((.((((((((((((.(((((..(((((((((..((.((((.((((........))))..))).).))..))...))))))).))))).)))))..)))).....((((..(((.....))).))))....)))..))))))..((((.........(((((......(((((..........)))))......((((((...(((((((((((((........)))))))).))))).....(((........))).............)))))).......)))))........))))...(((((((((((.(((((.((((.(.(((.((((....)))).(((....).)).))).)))))......(((((........((((......)))).......)))))...................))))).))))).))))))........(((((((.........)))))))......))))..))))))))))...))))).((.(..((((.(((.(((((...))))).))).))))...).))..........)))))...))..)))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((..((((((((.(.(((((((((...)))((((.((..))))).).(((((((..))))))).....(((..)))(((((..(..((..)))..)))))((.(((((..((((...(((((.((.((((((((..(((((...((..((.((..)).....((((((..((((...)))(((((((..)))))))((((((((((((.(((..............))).)).))..(((((.((..((((((((((.(..(.((((...)))))).)).)))))))))).)))).).....)))))))))))))))..).)))..)))))..))))))))))))))).))))...)))))))(((((..))))).(((((...)))))....).))))).)))))))))...(((.......(((((..(.((..))))))))..(((((.((((.(......).)))).((((((((.......))..))))))......((((..))))((((........).(.((...))(..)(((((.((..((((((((...((...(........)...).)..(((((((..)).))))).))))))))...((.(((((..)))))))((.(((...(((....((((......))))...)))..))))).).).)))))....((...))(........).)((((.(((((((..)))).)))..))))..(..(((((((((.......)))))))))..)..)))))))))).).((((((..(.(.(..(.((((..(((..((((...))))..))))))))))))).))).)))))))))(.(.((..........)))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((.(((((.(((((..............(((.....)))...................))))).........((........)).....)).))))))).))))..........((((((.........(((((..........((.....)).............(((.....)))....(((((....))))).......................)))))......(((((.......(((((..((((((...............................(((((((((.(((((..(((((((((..(...(((.((((........))))..)))....)..))...))))))).))))).)))))..)))).....((((..(((.....))).))))....................................((((((.......(((.....)))................(((((((((((((........))))))))).)))).....(((........)))..........(((((((.............................((((.(((.(....)..))).))))....((((....))))............................(((((........((((......)))).......))))).......((...........))....)))))))............(((((((.........)))))))........))))))..))))))...))))).......((((.(((.(((((...))))).))).)))).................))))).......)))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..(((....(((.((((.((..........(((((.((.(((((((......(((((...((((.((.........(((((.............((.((((((.......)))).)).))..((.((((((...((((..........(((............))).(((((.....(((((...(((((....))))).)))))..........(((.(((..(.....((((((..((((.....)))).)))))))..)))...))).........)))))...))))))))))..((((((((((((((((..(((.(((.((((........))))..))).).))..))...))))))...))))))))......))........))))).......(((((((((..(((......(((((...........))))).....(((......((((.....))))....)))..)))...(((((((((((((........)))))))).)))))....)))..)))))).......)).)))).....)))))......)))))))......((((...((((.(((((....).)))).))))....((((....)))).))))..........)))))))...(((((((((...((((((....((..((((((.....(((((......((((.((...)).))))......)))))...........(((((((.........)))))))...))))))..))....(((.......)))...))))))...))))))))).)).)))).))))))...))))))........(((((.........)))))......