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| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((.(((((((((((.....)))))).........(((.(((((.(((............((((((((..(((((((((.((((((((((....))))))))))........((((((((((((......(((((((.(((((((((((((......)))))...((((((((........(((((((((...((.((((((((((((((...(((((....))))).)))))))......(((((((((((((.......))))))))))))).....))))))).))...)))).)))))........((.((((((((((.((....)))))...))))))).))....((((((((((((((((((((((((((....((((((((......)))))))).....)))))..)))))).)))))))))))))))..))))))))..))))))))...........((((((((((((......))))...)))))))))))))))...........((((((((((((((((((((.(.((....)).).))))..))))))))))))))))...((((((((..((((.....(((((((...(((((...((((((((......))))))))..((....)).........)))))...((((.(((((....)))))..)))).......)))))))......((((...(((((.(((((........))))).)))))...)))).....................))))..)))))))).))))))))))))...............((((.(((.((...((((((((((((.......((...........)).....)))))))))))).)))))))))..)))))))))..((((((...((((((((((((((....))))))))))))))..((((((.((((((..........)))))).))))))...))))))..........))))))))...(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))......))).))))))))..))))).)))..))))).......) |
|
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.(((((((((....)))).....)))))...((((((((..............)))))))).(((((.((((...((((((((((....)))))))))).((((...(((((.....((((....(((((((.(((((((((((((......)))))...(((((((.(((((...(((((((((......((((((((((((((...(((((....))))).)))))))......(((((((((((((.......))))))))))))).....)))))))......))))).)))).(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...((((((..((((((((((((((((..((((((((....))))))..)).....)))))))))....)))))))..))))))...))))))))))))..))))))))...........((((((((..(((.........))))))))))))))))))......(((..(((((((((((((((((((((((...)))....))))...))))))))))))))))...)))...))))..)))))...))))......(((((((((((((((......))))))))......)))))))..)))).)))))..((((..((((....))))...))))..))))))....(((((((...((((.((((..(((((........)))))..))))...((((((((((((....(((...((((((((.((((.((..(((((......(((((.....(((((..((((.................))))...)))))..)))))))))))))))).((((((((.((((...((((((.......))))))....))))..(((((((((((((....))))))))))))))))))))).))))))))..))).((((((((((((((.....(((((((.((((...((((........(((........)))........))))..))))..((((((....((((((((.......))))))))....)))))))))))))..)))))))))))))).))))))))..)))).))))(((((((((....))))))))))))))))....... |
|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.(((....(((((((......)))))))......))).)))...((((((((((....))))))))))..........................................(((....))).....((((....))))(((((((((((((..((..................))..)))))))))))))..................(((((((((((.......)))))))))))(((((((((...........))))))))).........((.((((((((((.((....)))))...))))))).))....(((((((((((((((.............((((((....))))))...........((((((....)))))))))))))))))))))............(((((.......))))).(((((((((.................)))))))))..............((.((((((((((((((((........(....)..........)))))))))))))))).))(((..................)))((((((((..............)))).))))...........................................(((((((..............................)))))))..(((((........)))))...................................................((((.....((((((.............................................)))))).....))))................(((.((((((...(((((.....)))))...((((((((((((((....)))))))))))))).....................((.......))......................................)))))).))).....(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).........................((((((((((....))))))))))............. |
|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((((..((((.(((((((((.(((...((.....((((.(((..(((((((......)))))))......(((.......((((((((((....)))))))))).((((((.(.((.((((.......)))).)).).))))))..(((....)))))).(((((....)))))..((((....))))....)))))))....(((((((...(((((....))))).)))))))............))..))).)))))))))))))..((((((((((.............))))))))))..........((((((.....((....)).......)))))))))).))))).(((((..(((..(((..................((((((((((((......((((((....))))))....)))).))))))))........................(...((((((((...................))))))))...)........((((.((((((((((((((((..((..((........))..))..)))))))))))))))).).))))))..(...((((((.(.(.....(((((..............)))))....).((((((((((..............................((((((((...(..(((.............))).)...)))))))).(((((........)))))...((((((.(((.........((((....)))).....))).)))))).(((((((....(((((.(.....(...(((((((((.....)))))..))))..)....).)))))....)))))))....)))))))))).(((.((((((.....................((((((((((((((....))))))))))))))..............(((((((..........)))))))................................)))))).))).....(((((((((...(..(.((((((....((((((((.......))))))))....)))))).)..)...))))))))).).))).)))...)...........((((((((((....))))))))).).)))..))))). |
|
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((.......)))........((((.(((((..(((((((......)))))))))....))).))))..((((((((((....))))))))))..........((.((((.......)))).))...........(((((......)))))(((....)))((((((((((((((..((.....((.....))....))..)))))))))))))).................(((((((((((.......)))))))))))(((((((((...........))))))))).........((.((((((((((.((....)))))...))))))).))....(((((((((((((((..........((.((((((....)))))).))........((((((....)))))))))))))))))))))...........((((((.......))))))(((((((((.................)))))))))..............((.((((((((((((((((.((....((....))....))...)))))))))))))))).))((((.(((.(....).))).))))((((((((.(.((....)).).)))).))))..........................................((((((((.(((((.............)))))......)))))))).(((((........)))))......(...................((((.......))))....)....((((((....((((((............((...................))..........))))))....))))))...............(((.((((((..((((((.....))))))(.((((((((((((((....))))))))))))))....)..........(((.(((((.....)))))))).................................)))))).))).....(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...................((....((((((((((....)))))))))).)).......... |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((..(((((((((.....))))....)))))......((((..((((((......)))))))))).....))))))))((((((((((....))))))))))........((((((((((((......(((((((((((((((((((((......)))))...((((((((.((((...(((((((((......((((((((((((((...(((((....))))).)))))))......(((((((((((((.......))))))))))))).....)))))))......)))).))))).(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).....(((((((((((((((((((...(((...((((((((......))))))))...)))......)))))).)))))))))))))))))))))))))..))))))))............(((((((((((......))))...)))))))))))))))...........((((((((((((((((.((((((...)))......)))..))))))))))))))))...(((((((((((....((((((........(((((...((((((((......))))))))..((((.....))))....)))))...((((.(((((....)))))..))))....))))))))).......((((...(((((.(((((........))))).)))))...))))..((((...((((....))))..)))))))))))).))))))))))))................(((((((((.....)))))..))))......(((((((((....(((((((((........)))))..((((((.......)))))).(((((...((((((((((((((....))))))))))))))..((((((.((((((..........)))))).))))))...))))))))).)))))))))........(((...(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))....)))........(((((((((....))))))))).............. |
|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((...((.((((((.....)))))).))...((((.(((....(((((((......)))))))......))).))))..((((((((((....))))))))))....((((((((((.(((((((......))))))).......(((....))).((.(((((....)))))))...))))))))))..((((((((....(((((((...(((((....))))).))))))).........((((((((((.......)))))))))).(((((((((...........)))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).(((((((((....)))))))))...............((((((((((((((.....(((((((....)))))))...))).))))))))))).....((((((((((..((((((...(((((((((((((......))))...)))))))))..............((.((((((((((((((((((((.((......))..))))...)))))))))))))))).)).(((((((..((((.((((.(((.((((((((..............)).)))))).))).))))......................((((.(((((....)))))..)))).((((..((((.(((((...((((...(((((.(((((........))))).)))))...))))))))).))))..)))).....))))..)))))))...(((....))).))))))..)))))))))).((((((.....))))))...........(((((((((....((((.....(((((.(((((((...........((((((.....))))))..((((((((((((((....))))))))))))))...(((((((.((........))))))))).))))))).)))))..)))).))))))))).)))))))).....(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).))).))))))).......(((((((((....))))))))).............. |
|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((............................................(((((((......)))))))................((((((((((....)))))))))).........(((((............................(((((......)))))..........((((((((((((((.................{{{{{{{{{))))))))))))))..................((((((((((.......))))))))))((((((((((...........))))))))))...........((((((((((.........)))...))))))).......((((((((((((((((((((.........((((......))))......................))))).)))))))))))))))...............................((((((((.................))))))))...............((.((((((((((((((((......((........))......)))))))))))))))).))................((((.........(((......<<<<<<<.)))..>>>>>>>.................................(((((..[[)))))...........))))....................]]..((.....}}}}}}}}}))...................................................aaaa)))))..............................................................AAAA...............................................((((((((((((((....))))))))))))))....................................................................(((...(((.(((....(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))....))).)))....))).........((((((((....))))))))))))).......... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((...((.((((((.....)))))).))......(((......(((((((......)))))))......))).......((((((((((....)))))))))).....(((((((((.(((((((......))))))).......(((....))).((.(((((....)))))))...)))))))))...((((((((....(((((((...(((((....))))).))))))).......((((((((((((.......))))))))))))((((((((...........))))))))...((((......((((((((((.((....)))))...)))))))))))...((((((((((((((((((((...........(((((((......)))))))..............))))).))))))))))))))).........((((((((((..((((((...(((((((((((((......))))...)))))))))....((((...))))..((((((((((((((((......(......)..........))))))))))))))))...((((((((..(.((.((((((.........(......((((((((......))))))))......................)....((((.(((((....)))))..))))....))))))))........((((...((((..(((((........)))))..))))...))))........................)..))))))))..(((....))).))))))..)))))))))).((((((.....))))))...........(((((((((....((((.....(((((.(((((((............(((((.....)))))...((((((((((((((....))))))))))))))...(((((((.((........))))))))).))))))).)))))..)))).))))))))).)))))))).....(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).))).))))))).......(((((((((....))))))))).............. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((.(((((((((((.....)))))).........(((.((((.(((((((......)))))))....((((........((((((((((....)))))))))).((((((...((((.(((((((......))))))).))))..)))))).)))).(((((....((((.((.(((((.(((((((((...((.((((((((((((((...(((((....))))).)))))))......(((((((((((((.......))))))))))))).....))))))).))...))))).))))...((((((....((((((..(((((.(((..((((((((..........((((((((((((((((((((((((((....((((((((......)))))))).....)))))..))))))).)))))))))))))).........((((((((((..((((((...(((((((((((((......))))...))))))))).................((((((((((((((((..((..((........))..))..))))))))))))))))...((((.((((((((..((((.(((.((((((((...............)))))))).))).))))...............((((....(((((((((....)))))......(((((..((((..((((...((((...(((((.(((((........))))).)))))...))))))))..))))..)))))...))))....)))).)))))))).))))..))))))..))))))))))..........))))))))..)))......(((((((((....((((.....(((((.(((((((...........((((((.....))))))..((((((((((((((....))))))))))))))...(((((((.((........))))))))).))))))).)))))..)))).)))))))))....)))))...)))))).......(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).)))))).))))).))))))..)))))..)))))))..))))).)))..)))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((.(((((((((((.....)))))).........(((.((((.(((((((......)))))))....((((........((((((((((....)))))))))).((((((...((((.(((((((......))))))).))))..)))))).)))).(((((....((((.((.(((((.(((((((((...((.((((((((((((((...(((((....))))).)))))))......(((((((((((((.......))))))))))))).....))))))).))...)))).)))))...((((((....(((((((.(((((.(((..((((((((..........((((((((((((((((((((((((((....((((((((......)))))))).....)))))..)))))).))))))))))))))).........((((((((((..((((((...(((((((((((((......))))...))))))))).................((((((((((((((((((((.(.((....)).).))))..))))))))))))))))...((((.((((((((..((((.(((.((((((((..(.........)..)))))))).))).))))...............((((....(((((((((....)))))......(((((..((((..((((...((((...(((((.(((((........))))).)))))...))))))))..))))..)))))...))))....)))).)))))))).))))..))))))..))))))))))..........))))))))..)))......(((((((((....((((.....(((((.(((((((...........((((((.....))))))..((((((((((((((....))))))))))))))...(((((((.((........))))))))).))))))).)))))..)))).)))))))))....))))).).)))))).......(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).)))))).))))).))))))..)))))..)))))))..))))).)))..)))))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((.((((((.........................(((.(((((.(((............(((((((((.(.((((....((((((((((....)))))))))).((.....(((((((((.((......(((((((.(((((((((((((......)))))...((((((((........(((((((((...((.((((((.(((((((...(((((....))))).)))))))......(((((((((((((.......)))))))))))))......)))))).))...))))).)))).((((.......(((((((((.((....)))))...)))))).))))....(((((((((((((((((((..........((((((((......)))))))).............))))).))))))))))))))...))))))))..))))))))...........((((((((((((......))))...)))))))))))))))...........((((((((((((((((........................))))))))))))))))...((((((((..(((...(((((........(((((...((((((((......))))))))...................)))))...(((..(((((....)))))...)))....)))))...........((((...(((((.(((((........))))).)))))...))))......................)))..)))))))).)).))))))))).....))..........................................................................................................(((((((((((((....)))))))))))))................................................))))...).)))))))))...(((...(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))....)))......))).)))))))).)))))).)))..)))))........ |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((..((((((((((.....)))))).........(((.(((((.(((............((((((((..((.((((((..(((((((((....)))))))))((((.....((((((((..((......(((((((.(((((((((((((......)))))...((((((((........(((((((((...((.((((((((((((((...(((((....))))).)))))))......(((((((((((((.......))))))))))))).....))))))).))...)))).))))).(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...(((((((((((((((......((((...((((((....))))))..)))).....((((((....)))))))))))))))))))))..))))))))..))))))))...........((((((((((((......))))...)))))))))))))))...........(((((((((((((..(..((..((........))..))..)..)))))))))))))...((((((((..((((.....(((((((...(((((...((((((((......))))))))..((....)).........)))))...((((.(((((....)))))..)))).......)))))))......((((...((((..(((((........)))))..))))...)))).....................))))..)))))))).))..)))))))).....))))..))))))..((((.(..(((.(((((((..((((((((((.((((((((.....(((((........)))))...........((((((.....))))))..((((((((((((((....)))))))))))))).)))).)))).))...........))))))))...))))))))))..))))).))..))))))))...(((...(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))....)))......))).))))))))..))))..)))..)))))........ |
