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AAUUAUAUUGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAAUGAACGCUAGCCGUAGGCUUAACACAUGCAAGUUGUACGUUUUUUAUAAAUAUAGAAAAAGUAGCGAACGGGUGAGUAACGCGUGAGAAUCUGCCUCUUAAACUGCGGAAUAACAUUACGUUAGAAUCGUGGAUAAGUAUUUUAUGUUAUAUUUAUAUAAAAUAAAGUAUAAAGAAUAAUAUUCGUUAAGAGAUGAGCUUGCGUAAGAUUAGGUAGUUGGUAAGGUAAAGGCUUACCAAGCCAAAGAUCUUUAGCUGGUUUGAGAGAAUGAUCAGCCACAUUGGGACUGAGACACGGCCCAAAUACUUUAGAGUAGCAGCAGUGGGGAAUAUUGGACAAUGGGCGCAAGCCUGAUCCAGCUAUACGGCAUGAGUGUAGAAGACUGUAUUGGUUGUAAAGCUCUUCGGUGAUAUAUUUUUAGAUUAUUUAUAAUUUUAAAGAGCAGAGAUUAUGACAACGUAUCAUCAAAAAGUCCCGGCUAAUCUCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGAGAGGGGCGAGCGUUAUUCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGCGUGCGUAGAUUGUUAGAAUGGAUUUCUAUAUAAAAAUCAAGGCAACACCUUGAUAGAUAGAAAAGCAUUAGUUUUAUAAAAAUUAAUAAUUAAUAGAUGUAAUUUAUAAUAAUAAGUUAUAUUUAUGUUUUCCAUCCAAACUUGAGUAUUUAUUAGGAGAGUAGAAUUCCUGGAGUAGAGGUAAAAUUUGUUGAUCUCAGGAGGAAUACCUAAAGCGAAAGCAGCUCUCUAGUAAAACACUGACAUUGAGGCACGAAAGCGUGGGUAGCGAAAAGGAUUAGAUACCCUUGUAGUCCACGCCGUCAACUAUGAUCUUUUUCUAUUUUCCCUUGCAAGGGGGGAAGUGGAGUAGCUAACGCGUUAAAAGAUCCGCCUGAGGAGUACGGUCGCAAGAUUAAAACUCAAAGGAAUAGACGGGGACCCGCACAAGUGGUGGAAUAUGCGGUUUAAUUCGAAACAACGCGCAAAACCUUACCAGUCCUUGAUAUGACACUUAUAGUUAAAAUGUUAUCGUUUUAUACUUUGUGUUACAGGUGUUGCAUGGCUGUCGUCGGUUCGUGCCGUAAGGCGUUGGAUUAAUUUCUUUAACGAACGAAACCCCUGUUAUCAAUUGCUAAGAUUACUAAAAACAAUGUUUUUAGAUCAGAACUUUGAUAUUACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGAAGGGAUUACGUCAAGUCUUCAUGACCCUCAUGGGCUGGGCUACACGUGUAUUACAAUGGCGAAUACAAAAAGAUGCAAUGAUGAGAAUCGGAGCAAAUCUAUAAAAUUCGUCUCAGUACAGAUUGUUUUCUGCAAUUCGAAAACAUCAAGAAGGAAUCACUAGUAAUCGUGGAUCAGCACGCCACGGUGAAUCAGUACUCGGGUCUUGUACUCCCCGCCCGUCACACUCUGGGAAUCGAGUAGAUUGUAAGUCUGUAUUUCACUUUUUUUCUAUUCUUUAGAAAUAAUAAUAAGUUCUGAUGAAUUUAUUAAAUAUAGAAAUUUAGAAAAUAUACCCAGAAUUUAUUUGGUAACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUUACUUCUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...[[[.))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..(((((((((((....))))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.(((((...((((.....))))....)))))....(((((((((((((((....)))))))))))))))...((((...)))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).(((((((........))))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((.....)))).....)))).(...(((((...............................................)))))...)...(((((......(((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...(((((((........((((..(((.....(((((((...)))))))...)))))))...........................................................................)))...((((((.....(((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....))))))))))....))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...((....))....))))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..((..(((((((....)))))))))...)))))))).((.((((..((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.......(((..((((((((...)))))))))))......))))))).....(((((.....)))))........))))...))))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((......(((.((...(((....)))...))...))).....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((((.((((((((((((((((((((((.......(((((((.......(((((((..(((((((((..................)))).))))).)))))))......))))))).....))))))))))))))))))))))..))))..))....((((((((((....)))))))))).............
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(((((((((...(((((((.....))..)))))...)))))))))....(((......(((.((((((((....)))))))).)))..((.((((((((((..(((..((..((...(((((((.(..(((..((((.....))))...)))..)....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...............)))))))..)).))..))).......(((..((((((((.......))))))))))).((((((....(((((((.........)))))))......((((((((..(((.((((((.((.(((.(((((((.((....((((....((((...(((((....))))).))))............((((......((((.....)))).....))))...((((((((.((....))....((((((((((........))))))))))....))))))))......)))).(((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))..))))))))).))))).)))))).....((((((......((((((.((((((((((((......(((((((.....)))))))..)))))))...(((((((((...))))))))).....(((((((((((((((....)))))))))))))))....)))))..........((.((((((((.(((((....((((((..((.((.(.......).)).))..))))))...........((....)).))))))))))))))).))))))..((..(((((....((((((........((((((.(......).))))))...(((((......(((((((((((((((((((((....)))))))))))))...((....))...))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))....)))))..)))))).....((((((....(((((((...........))).))))...((((.(((((((.(((..((((((....((((((((((....))))))).)))..))))))..(((..((...(((((.(((..(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((..((((((...((..(((..((((((((...)))))))))))))....))))))...((.(((((.....))))).)).....))))...))).).))))..))..))).))).)))))))........((((((.....(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))..))))))(((.((((((........)))))))))...))))..))))))....)))))..)).))))))....)))..))))).))).)))))).)))))...))))))).(((((..(..(((((((((((((((..((((.(((((......((((((.....))))))...((((((((((....))))))))))......))))).)))).....)))....))))))))))))..)..))))).....)))..((..((((((((((....))))))))))..)).......)) |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).........................((((((((..................................))..)))))).......................................................................................................((((....))))............................((((((((.......))))))))..................((((....))))......(((..((.((((........)))).))...)))........................((((....((((....))))..))))..............(((.(((((((((...........))).))))))..))).............................................................(((......................................)))............................................................................................................................................................................(...................((((((((((((((...(((........)))....)))))))))))))).....((....))(((.......)))........)...............((...........((((.........))))........))..................((((((((................))))))))..((....))........................(((((....))))).................(((....((((((((...........................................................(((((...............................)))))..))))).)))....)))..................................................(((((.(((((((.((((((.((((..............))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))................................................(((.((((((((.........((((((((....))))))))..........)))))))))))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................(((((((.....(((((((((....((...((((...((..(...(((((((((((((((..................)))))))))))))))...)..))).)))..))....))))))))).....)))))))....................(((((....))))).................. |
|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.......)))))))...........(((...)))..................((.((((((((....)))))))).))........................................................((.......))........((((((((..((((....))))..))))))))............((((((..((((...((((((((((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((............))))).((((....))))...........................))))))))..(((((((((.((((((((((((......(((......................((((((((.............................................)))))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..............((((((..((((.......)))).)))))).........(((((((......(((((((.....)))))))..)))))))...((((((((.....)))))))).....(((((((((((((((....)))))))))))))))....((((.....(((((....((((((.(((((((....((((................................))))........((....)).)))))))))))))......................((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..........(((((((((((((((((((((....)))))))))))))..............))))))))........((((..((((....))))...)))).......................)))))..))))....(((..................))).......................(((((....((((((((((....))))))).)))..))))).................)))....)))))))))))).)))..))))))..))))...))))))............((((((.......(((..((((((((...)))))))))))......))))))...((.(((((.....))))).))..............................................................(((((((......((((((..((((....))))..))..)))).....)))))))........((.(((((((........)))))))))..........(.......(((((((.........))))))))...................................((((((((..((((((((((((........(((((........(((((((.............((((((((((....))))))))))...))))))).......)))))......))))))))))))..))))))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...)).(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((((....)))))))).)))))......(((.......((((((..((...(((((((.((((((..................))))))....(((((.....((((((((..........)))))))).....)))))...)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......(((.......))).....))))((.((((((((.............(((((((((..........)))))))))....)))))))).))..(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((.......(((((.((((........(((((((.....)))))))....))))....(((((((.......))))))).......((((((((..(((((.......))))).))))))))))))).........(((.((((((.((((((((...((((((.((....................))))))))...).......((....)).)))))))))))))..)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((((((((((((((((....)))))))))))))...((....))...)))))))))))).(((......((((....))))....)))...(((......(.(((((((.((..((((((.((((((((((....(.((........)).)........(((((((.(((..((((((..(....(((((........)))))...)..))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....))))...((......)).....))))).....((((..((((((.......((...((((((((...)))))))).))......))))))...((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))))).)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((..((((....))))..))....)).....)))))))......(....(((((((........))))))).......)..))))).....(((((((.........)))))))......))...))))))))....)))..(..((...((((((((..(((((((((((...((((.........)))).(((((((...((((.......((((((((((....))))))))))....))))....)))))))..........)))))))))))..))))))))....))...)....((((((((((....))))))))))((.....)).... |
|
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.......)))))))..........((((...))))................(((.((((((((....)))))))).))).......................(.........).....(((((...((((.....))))....)))))....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...........(((((((((((((..((((((((((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))..(((((((.(((.....)))))))).((((....))))........................)).)))))))).((((((((((.((((((((((((...((.(((.((............((((...((((((((........((((....))))(............)...........)))))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))))))...((((..(((((((..((((.......)))).))))))).))))(..(((((((.(....(((((((.....)))))))).)))))))..)((((((((.....)))))))).....(((((((((((((((....)))))))))))))))...(((((((...(((((.((.((((((.(((((((...((((((......(((((...........))))))...))))).......((....)).)))))))))))))..................(...((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))(((......(((((((((((((((((((((()..)))))))))))))...((....))...))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))....)))((....)))).))))))))))))..(((((((...........))).)))).....................((((((....((((((((((....))))))).)))..)))))).............)).))).)).)))))))))))).)))..))))))))))))).))))))).(....((((..((((((.......(((..((((((((...)))))))))))......))))))...((.(((((.....))))).)).....))))....)(((..(....)..)))......((((.(((.((((())))).......(((((((......((((((..((((....))))..))..)))).....)))))))..(((((.((.(((((((........))))))))).........((.......(((((((.........)))))))))....))))).............))).))))(.(.((((((((..((((((((((((....(..(((((((..((...(((((((.............((((((((((....))))))))))...)))))))...)).))))))))....))))))))))))..))))))))..).).........((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................(.................((((........))))....(((......................................((((((..................))))))........(...)......................................(((.(((.......))))))........(((..((((((((.......)))))))))))...............((((....))))...((((((...((((((........))))).)...)))...))).................(((((...((((......)))).)))))(((.((.............(((((((...)))).........)))........................))..)))....................................(((((.......((((.(((.........)))....))))).)))).....................)))...........................(((((((((...................(......)))))))))).........................................)............(((................)))........((((((.((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..))))...))...........)))).........(((((((...(...((((.........))))...)))))))).............(.....(..(((((((((....)))))))))....)((.)).............)......((.......(((((....)))))................((((...(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((............((........))..........)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((...((((.(.....(((..(((((((.....))))))))))..)...)))).....((((((((.....))))))))....)))))).................((((..........)))).............(((.(((((((.(.....)..((.(((((....)))).)))...........))))))))))..(((((((((((............)))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......)))))).................)).(.(.(((((.((....((((((((......(...(((((....(...(...(.(..(..........(((((.((((....)))).))))))..).)...)...))...))))....)...))))))))....)).)))))..).)..............(((((....))))).................. |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.(((((((.......))))))).))))(((..[[[)))..]]]............(((.(((.((((((((....)))))))).)))...)))....(((((((((..(((..[[[[[))).......]]]]].(((..[[[[[)))....]]]]]....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...........((((((....)))))).......((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))......((((((.........(((...((((....))))...[[[[[))).....(((((....((((....))))..)))))((((((.......))))))...]]]]]...................(((((((((((....)))...((((((((((........))))))))))....))))))))....))))))(((...[[[[[[)))...............]]]]]].......)))))))))...........((((....(((((......((((((..(((((((((((......(((((((.....)))))))..))))))....(((((((((...))))))))).....(((((((((((((((....))))))))))))))).......)))))..........((((((((.(((((....((((((.....(((......)))........))))))....................)))))))))))))...)))))).....)))))...))))(((((.......[[[[[[..)))))...]]]]]]...(((((...((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))..(((......)))))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).))))))))....(((((...[[[........)))))...............]]]((((.((((.....(((...))).((((((....((((((((((....))))))).)))..)))))).)))).))))(((((........[[[[[[)))))........(((.....)))....]]]]]].....((((..((((((.......(((..((((((((...)))))))))))......))))))......(((((.....)))))........))))..(((((..(((((((((((...))))))...)))))..)))))...(((...(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))...)))(((..[[[[[[))).......]]]]]]..........(((.......[[[[[[)))........]]]]]]......((((.[[[[[...)))).....]]]]]...((((((((..((((((((((((.....((((.(((((......((((((.....))))))...((((((((((....))))))))))......))))).))))............))))))))))))..)))))))).((((.....[[[[.(((((((((....))))))))).))))...]]]].. |
|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...((((((((((((((((((((...)))..))))).((((((((((............(((((.((((((((....)))))))).)).))).(((.((.....)).)))..........(((((((.((((((..((((.....))))...))))))....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...((((...)))).))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))(((((((...(((((......((((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))...(((((.........((((...(((((....))))).)))).((((((.......))))))...)))))..)))))).....))))).((((((((.............((((((((((........))))))))))....))))))))........))))))).(((((((((.((....)))))...))))))...((((.(((..(((.......(((((((.....(((((...(((.(((((.(((((.((((((......(((((((.....)))))))..))))))((..(((((((((...)))))))))..)).(((((((((((((((....)))))))))))))))....))))).((....)).((.((((((((.(((((...((((((......(((((...........)))))...)))))).......((....)).))))))))))))))).))))))))...)))))...(((((((..((((...((........)).))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...((....))....)))))))))))))))))..))).))))..))))))).)))))...))).((((((((((((....((((.(((....(((((((...........))).))))...((((.(((((((.(((..((((((....((((((((((....))))))).)))..))))))((((.(((.((((((((....))).)))))((....))(((((((........))))))).....))).)))).((((((...((..(((..((((((((...)))))))))))))....))))))...((.(((((.....)))))))(((((...((......))...))))).......))).)))))))..(((....))).(((...(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))...)))..(((.((((((........)))))))))...))))..(((((.((...((((......))))..))))))).))).))))))))))............)))))).((((((((..(((((((((((((((..((((.(((((....(.((((((.....)))))).).((((((((((....))))))))))......))))).)))).....)))....))))))))))))..))))))))(((..((((.....((((((((((....))))))))))..))))..))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.......))))))...........................................((((((......))))))............................................(((((...((((.....))))....)))))........................................................................((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((...........))))))....(((((.((.......)))))))..............................((.....(((((....)))))bbb))(((.((((((((((..........................(((((..aaaaaaa..........................)))))................AAAAAAA.................(((......................)))...........................(((......(((((......((((((......(((((((......(((((((.....)))))))..)))))))....((((((.......))))))......(((((((((((((((....)))))))))))))))......................(((((((.((((((.....(((((.((....................)))))))............((....)).)))))))))))))...)))))).....)))))...((((((((.((...((((.........)))))).))))))))dddd......(((((((((((((((((((((....)))))))))))))...((....))...)))))))).)))....((((..((((....))))...)))).........DDDD.{{{{{{.................((((((.............)).))))........{{{{{{{.{{....(((((....((((((((((....))))))).)))..)))))..........................)))))))))).)))....BBB.......................((...((((((...((..(((..((((((((...)))))))))))))....))))))......(((((.....))))).........)).........................}}.}}}}}}}...................(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))........((.(((((((........)))))))))..................(((((((.........)))))))............}}}}}}..................((((((((..((((((((((((..(((....cc.....)))...((((...............(((((((((([[..))))))))))<<...)))).>>.......CC....]].))))))))))))..))))))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((......((((.(((((((.(.(((...(....(((.(((......(((....(((........).))...)))((......(((...(...(((..(..((.......(...(..((((....(.....)).....))).......).(.(((((................)))))..).)...(.((((....))))).....)).)..))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))).((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))).)))))).).(..(((((((...((((....))))).))))))........((..(((((((((((((...........))).))))))).)))..))).((..(...........)...)))))..........................).((((((.......((((((((.((....))))))...)))).)))))))))))))))))(((((....(((.......(((((..(((....................(............).......................(((((((.............((((...)))).....))))..)))....(.................).....((......((..(...(((((((((.((((((((((((((......))))..)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))......))))..))((....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))(((..((...(((.(((((((((((.(((.((...)).)))))))))))..((....))....))).))).(.....)..))))))).))....))).)))))...........(((((((((((((.((((((..(((.((((((.........(((.....)))((...))((((...(((.....(((((....((.((.((.(....).)).))...).))))))..)))))))..((((((((((......((..((....))..))(((......))).....))))..(.(((((.(((((((.((((((((....((...........))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))...))((((..(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((......((..(((.((((....)))).)))....)).....))))))))))(..(....((((((..........))))))....))....)))))).)).(((((((((.....)))))))))).....(...))))))))((....))))).(((((((((((.((..(.((((((((......((.....((...((..(...((((((((((((((....................))))))))))))))...)..))).)....))......)))))))..)).)).))))...).))..))..)).(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((...(((((((.....))..)))))...))))))))).......(((..(((..((((((((....)))))))).((.((((.((((.(((((..(((..((..((...(((((((.((((((..((((.....))))...))))))....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...............)))))))..)).))..))).......(((..((((((((.......))))))))))).((((((....(((((((.........)))))))......((((((((..(((.((((((.((.(((.(((((((.((....((((....((((....((((....))))..))))(((.((((((...(((((((....))))))).)))))).))).....((((((((.............((((((((((........))))))))))....))))))))......)))).(((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))..))))))))).))))).)))))).....((((((...(((((((((....(((((((........(((((((.....))))))).(((.(((((..((((((((.....)))))))).....(((((((((((((((....))))))))))))))).))))).)))....((((((((((.....(((((((....((((((..((.(((......)))....))..))))))...........((....)).))))))).((((.((((...........((((....)))).(((((...((((......(((((((((.((((...(((((......(((((((((((((((((((((....)))))))))))))...((....))...))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))....)))))))))....))))).)))).....(((((((...........))).))))...)))).(((((((.(((..((((((....((((((((((....))))))).)))..))))))..(((..((...(((((.(((..(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((..((((((...((..(((..((((((((...)))))))))))))....))))))...((.(((((.....))))).)).....))))...))).)).)))..))..))).))).))))))))))))..)))).))))...(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))..)))))....(((((((........)))))))))))).))))))).)))))))))........))))))....)))..))))).))).)))))).))))))))).......((((((((..(((((((((((((((..((((.(((((......((((((.....))))))...((((((((((....))))))))))......))))).)))).....)))....))))))))))))..))))))))...)))).))....((((((((((....))))))))))...)))..))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((........ddddd)))).)))...DDDDD.((((((((((.............((((.((((((((....)))))))).))).)..(((...........)))..........(((((((.((((((..((((.....))))...))))))....(((((((((.((((([[[.))))).)))))))))]]]((((...)))).))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))).............................(((((.(((.....)))))))).......(((((.(((((((((.......(((((...(((((....))))).)))))((((((.......)))))).......)))).)))))...)))))..((((((((.(((((.......cccccccccc)))))...CCCCCCCCCC....)))))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))................aaa....(((((((.....(((((.(.((.((((((.((((((((((((......(((((((.....)))))))..)))))))...(((((((((...))))))))).....(((((((((((((((....)))))))))))))))....)))))..........((.(((((((.((((((.....(((((((....................)).))))).....................))))))))))))))).)))))))))..)))))...((((((((.((((................)))).))))))))bbbb......(((((((((((((((((((((....))))))))))))))..............)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........BBBB)))))((((....)))).......(((((((...AAA.....))).)))).............(((((.............((((((((((....))))))).)))(((((.((((.((((...(((.(((....)))..))).........(((((((........)))))))........((((..((((((.......(((..((((((((...)))))))))))......))))))...((.(((((.....))))))).{{{{.))))...........}}}}.(((.....)))..........)))).)))).))))).(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))..(((((.((.(((((((........))))))))).........(((((.((...((((......))))..)))))))....))))).((((............))))....((((((((..(((((((((((((((..((((.(((((......((((((.....))))))...((((((((((....))))))))))......))))).)))).....)))....))))))))))))..)))))))).....<<<<)))))((((((((((....))))))))))..>>>>....... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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Sfold
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UNAFold
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