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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00801



RNA: CRW_00801
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...[[[.))))).((((((((((.((((((((....(((.(((..((....))......(((.....((((((....(((.....)))..)))).)).(((..(.(((..((....)).))).....))))..((...))))).(((....)))......)))))).......(.(((..(((((....))))).)))).)).))))))...(((((......(((((....................))))).))))).))))))))))....(((.......((((...(((...........(((((((....(.(.((...(((......)))..)))...)....).....(.((....))))))))).........)))....))))....(((((((....(...((((.........))))...))))))))......(((...............))).))).(((......((((...))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((..........((.((((..((((((((((..(((((((((....)))......)))))).....(((.......)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))))....(((((...)))))....(((((((((((........)))))).))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((((.((((((((...(((..........((.........))......)))...))))))))..))))..))....((((((((((....)))))))))).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...((((.(((((((((...((((((((((.((((((((((.....(((((((......(((....((((((..((((((((..(((.....))))))))).)).(((....(((...........)))......)))...))))))...((((....))))........)))......)))))))..((((....)))).....)))).))))))...(((((((.....))))).))((((.((((((.....))))))))))..))))))))))..(((...(((((((((((...(((((...........((.....((((((...((((......))))...)))))).....))...(((....)))....)))))))))))))))).....)))..)))))).........((((.........))))....))).)))).(((((...........((((..........(((......((((...))))....)))....((((((.((((((.(((((...(((((..((((((((((...((((........))))........((((((((.(((((((....................((((((((..((..(....)..))))))))))..((((((...((((....)))).)))))).)))).)))...))))))))..)).))))))))...........)))))...........((.((((......)))).)).....))))).....((..(((((((((.........))))))))).((((....))))..))....))))))........(((((((((((((.....................))))))........)))))))))))))......))))(((((((((....))))))))).))))).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.(((..((((((((((.((((((((((.....((((((..((((((......((((((..((((((((..(((.....))))))))).)).(((...(((.......)))..)))............))))))...((((....)))).....))..)))).....))))))..((((....)))).....)))).))))))...(((((......(((((((...((((...))))..))))).))))))).))))))))))....))).((((((((...(((((((((((...(((((.......)))))...))))))))))).((((((................(((....))).((((........((((((...........((((((....((...((((.........))))...)))))))).(((((.......))))).....))))))..))))....)))))).)))))))).......)))))).(((((.((((((.((.((((((...((((((((((..((((........))))...((((...((((((((((((.....((((..((((.......((((((((..(((((....)))))))))))))..((((((...((((....)))).))))))))))))))..))))...))))))))..))))...............)))))).............(((((........))))).))))...))))))..(((((((((.........)))))))))....))...))))))(((.......))))))))..(((((((((((((.....................))))))........)))))))......((((.....((((((((((....))))))))))..)))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).((((((((((.((((((.((................(((.................(((((..((((.....)))))))))..)))............................................((((....))))(((((....))))).............(((....))).......))..))))))...(((((((.....))))).))((((.((((((.....))))))))))..))))))))))...........(((.................................................................................................))).............((((((.........((((.........)))).....)))))).(((((.......))))).................................................((((((.((((((...........((((((((((((............(((....(((....((((((((.........(.((((..((((.......((((((((..(((((....)))))))))))))..((((((...((((....)))).)))))))))))))))...))))))))...)))..)))...............)))))))..............................................(((((((((.........)))))))))....)))))))))))(((.......))))))))).((((((((((((.......................)))))........)))))))...............((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......((((((..(((((((...(.......)...))))).)).(((....(((...........)))......)))...))))))...((((....)))).....))))))...............((((....))))......))).))))))......((((.....))))....((((.((((((.....))))))))))..))))))))))....(((((.....(((....((((.......(((((.(((..........(((((((((.........))))))))).........(((....)))))).))))).....))))............((((((.....(...((((.........))))...).)))))).................)))......))))).(((......(((.....)))....)))........(((((.(((((((.((.(((((((.((((((((((...((((........))))........((((((...........(.(((((..((.(((.((.(((((((((.(....).)......))))))))..((((.......))))...)).).))....)))))))).....))))))..)).)))))))).)((((((.(.(((............)))...)..)))))).................))))))...((((((((.........)))))))).....))...)))))))))).))....(..((.(..(((((((.(((((.....................))))).........)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))((((((((((.((((((((((...........((((((((.....(((....))).(((((..((((.....))))))))).))))))))..(((...........))).....................((((....))))(((((....)))))............((((....)))).....)))).))))))...(((((((.....))))).))((((.((((((.....))))))))))..))))))))))....((((.((((((((((...............((((.......)))((....(((........)))....))..............((....)).......)..))))))))))...........((((((....((...((((.........))))...)))))))).(((((.......))))).........)))).(((......((((...))))....)))........((((((.((((((...........((((((((((((.....((.....((((...(((....((((((((.(((....)).((((..((((.......((((((((..(((((....)))))))))))))..((((((...((((....)))).)))))))))))))))...))))))))...))).))))........)).....))))))).........(...((((........))))................)(((((((((.(.....).)))))))))....)))))))))))(((.......))))))))).(((((((((((((.....................))))))........)))))))...............((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.(((((((...((((((((((.((((((((((.....(((((((......(((....((((((....((((((..(((.....)))))))))....(((....(((...........)))......)))...))))))...((((....))))........)))......))))))).(((((....)))))....)))).)))))).....(((((.....)))))...((((.((((((.....))))))))))..))))))))))..(((...((((((((((((((.....)))..(((((.(((....((((((...((((......))))...))))))..........(((....)))))).)))))))))))))))).....)))..)))))))...))))))(((..[[[...)))..]]].........(((((.......))))).....((((((...[[[............))))))...]]]....((((((((((.((((((....((((((...((((((((((..((((........))))...((((...((((((((((((...........((((.......((((((((..(((((....)))))))))))))..((((((...((((....)))).))))))))))......))))...))))))))..))))...............)))))).............(((((........))))).))))...))))))..(((((((((.........))))))))).........))))))(((.......))))))))..(((((((((((((..........(((...)))..))))))........))))))).)))))..........(((((((((....)))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((..(((.(((..............((((((.........(((........)))......)))))).((((((((..(((.....))))))))).)).)))...)))..)))))).............(((..((........((((....)))).((((....)))).......((..((((..(((((((((((((.....)))......(((((((.....))))).)).(((.((((((.....)))))))))))))))))))..))))..)).(((((((((((...(((((...........((.....((((((...((((......))))...)))))).....))...(((....)))....))))))))))))))))....(((((.((((((....((...((((.........))))...)))))))).(((((.......)))))...........((.(((......((((...))))....)))...))...((((((.((((((.((.((((((...((((((((((..((((........)))).((((((...((((((((((((..((.((((..((((.......((((((((..(((((....)))))))))))))...(((((...((((....)))).))))).))))))))))))))...))))))))..)))).))............)))))).............(((((........))))).))))...))))))..(((((((((.........)))))))))....))...))))))(((.......))))))))).(((((((((((((.....................))))))........)))))))...))))).))..))).((((((((....)))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.(((((((...((((((((((.(((((((((.............(((((........{{{{{...(((((((..((((.....))))))))).)))))))...((.......))...................}}}}}...((((....))))..((......))..............((((....))))......))).)))))).....(((((.....)))))...((((.((((((.....))))))))))..))))))))))........(((((((((((...........................((((......................))))...........(((....))).........)))))))))))..........)))))))...))))))(((.........))).............(((((.......)))))..............(((.....................))).........(((((.((((((............(((((((aaa....(((......[[))).........((((((((...........((((..((((.......((((((((((<<........))>>))))))))..((((((...((((....)))).))))))))))))))....))))))))......)))]]................AAA.................(((........)))..................(((((((((.........)))))))))....)))).))))))(((.......))))))))..(((((((.........................................)))))))................(((((((((....)))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((................((((.........(((........)))......))))...((((((((..(((.....))))))))).)).)))....(((...........))).....................((((....)))).((((....)))).......((..((((..(((((((((.(((.....)))......(((((((.....))))).)).(((.((((((.....))))))))).)))))))))..))))..)).(((((((((((...................((.....((((((...((((......))))...)))))).....))...(((....))).........))))))))))).....(((..((((((.........((((.........)))).....)))))).(((((.......)))))...........((.(((......((((...))))....)))...))...((((((.((((((.............(((.((((((..((((........))))...(....((((((((........((.((((..(((........((((((((..(((((....)))))))))))))..((((((...((((....)))).)))))).)))))))))..))))))))...)....(((........)))....)))))).............(((((........)))))................(((((((((.........)))))))))....)))..))))))(((.......))))))))).(((((((((((((.....................))))))........)))))))....))).........(((((((((....)))))))))........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.(((((((...((((((((((.((((((((((.....(((((((......(((....((((((..((((((((..(((.....))))))))).)).(((....(((...........)))......)))...))))))...((((....))))........)))......)))))))..((((....)))).....)))).))))))...(((((((.....))))).)).(((.((((((.....)))))))))...))))))))))..(((...(((((((((((...(((((...........((.....((((((...((((......))))...)))))).....))...(((....)))....)))))))))))))))).....)))..)))))))...))))))(((.........))).............((((((...........((((..........(((......((((...))))....)))....((((((.((((((.(((((...(((((..((((((((((...((((........))))........((((((((.(((((((....................((((((((..(((((....)))))))))))))..((((((...((((....)))).)))))).)))).)))...))))))))..)).))))))))...........)))))...........((.((((......)))).)).....))))).....((..(((((((((.........))))))))).((((....))))..))....))))))........(((((((((((((.....................))))))........)))))))))))))......))))(((((((((....))))))))).)))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......................ccc...cccc......(((..[[[[[[))).............((((((((..(((.....))))))))).))]]]]]]..ccc.))))))....CCC.....................((((....))))(((((....)))))..........((((..(((((((((.(((CCCC.)))CCC...(((((((.....))))).))((((.((((((.....)))))))))))))))))))..)))).....(((((((((((.............(((((........(((((((..((((......)))).).))))))..........(((....)))....))))))))))))))))....(((((.((((((.........((((..bbb....))))BBB..)))))).(((((.......)))))....{{{{{{....(((......((((aaa))))....))).....AAA((((((.((((((....((((((.<<<<<.(((((((.((((........)))))(((ddd.((((((((........((.((((..((((.......((((((((..(((((....)))))))))))))..((((((...((((....)))).))))))))))))))))..))))))))...))).DDD................)))))).............(((((........)))))........))))))..(((((((((.........)))))))))....>>>>>))))))((((....).))))))))).(((((((((((((..........(((...)))..))))))........)))))))...))))).......((((((((((....))))))))))}}}}}}.
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.(((((((...((((((((((.((((((((((.....(((((((......(((....((((((..((((((((..(((.....))))))))).)).(((....(((...........)))......)))...))))))...((((....))))........)))......)))))))..((((....)))).....)))).))))))...(((((((.....))))).)).(((.((((((.....)))))))))...))))))))))..(((...(((((((((((...(((((...........((.....((((((...((((......))))...)))))).....))...(((....)))....)))))))))))))))).....)))..)))))))...))))))(((.........))).............((((((...........((((..........(((......((((...))))....)))....((((((.((((((.(((((...(((((..((((((((((...((((........))))........((((((((.(((((((....................((((((((..((..(....)..))))))))))..((((((...((((....)))).)))))).)))).)))...))))))))..)).))))))))...........)))))......(....)....(((((........)))))..))))).....((..(((((((((.........))))))))).((((....))))..))....))))))........(((((((((((((.....................))))))........)))))))))))))......))))(((((((((....))))))))).)))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((......).))))))..(.(((.((((((...(((((((..)))))))..((((((..((...).)..).((((((...((.....)).)))))))))))....((((((((((((((((.((........(.........((..(..((((((((((((......)))))))))))))..))((((..))))..)((((...))))))).))))).(((((((..((((((((...((((.((...((..(((((((...((((((......))))))......((((((((((((((((((.(((((.......))))).))))))))))))).))(..........)....))).((((..))))...(((((..(........).....((..))..((((((..))))))..))))))..))))))..)).(((...(((((.......)))))(((...........)))(((....(((...)))..(((((((((...))))..))))).(((((.(.((((((((..((((((((((...(.((((((((.((.(((((.(((((((((.(((....)))(((((....(......)((((((((..(((........))))))))))).(.((((((((..........))))))))...))))))....))))))))))))))))))))))))....)...))))))))).)...))))))).(((((......))))).)))))))))))))..(((((((((...........)))))))))))))))..)))..........)))))..))....(((((((.(((..))).((.(.(.(...))).))..((........)))))))))..)))))..((..))))))))).))).).)).))).))).).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((...((((((((((.((((((((((..((.(((((((......(((....((((((..((((((((..(((.....))))))))).)).(((....(((...........)))......)))...))))))...((((....))))........)))......))))))).))...(((.....)))..)))).)))))).....(((((.....)))))...((((.((((((.....))))))))))..))))))))))..(((...(((((((((((...................((.....((((((...((((......))))...)))))).....))...(((....))).........))))))))))).....)))..))))))).........(((.........))).............((((((............((...........(((......((((...))))....)))....((((.(((((.((((((.............(((..(......((((........))))........(((((((.........((.((((..(((........((((((((..((..(....)..))))))))))..((((((...(((......))).)))))).)))))))))...)))))))......)..))).......................(....)....(((((........)))))................(((((((((.(.....).))))))))).........)))))).............)))))..(((((((.........................................)))))))..)))).......)).(((((((((....))))))))).)))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.(((((((((...((((((((((.((((((((((.....(((((((......(((....((((((..((((((((..(((.....))))))))).)).(((....(((...........)))......)))...))))))...((((....))))........)))......)))))))..((((....)))).....)))).))))))...(((((((.....))))).)).(((.((((((.....)))))))))...))))))))))..(((...(((((((((((...(((((...........((.....((((((...((((......))))...)))))).....))...(((....)))....)))))))))))))))).....)))..)))))).........((((.........))))....))).))))((((((...........((((..........(((......((((...))))....)))....((((((...((((((((.((.((((((...((((((((((..((((........))))...((((...((((((((((((..((.((((((...........((((((((..((..(....)..))))))))))..((((((...((((....)))).))))))..))))))))))))...))))))))..))))...............))))))........((.((((......)))).))....))))...))))))..(((((((((.........)))))))))....))...))))))))..................(((((((((((((.....................))))))........)))))))))))))......))))(((((((((....))))))))).)))))).