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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00802



RNA: CRW_00802
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((..(((.....(((((..(((((..............)))))......(((((((((..(((((((.....)))))))..........)))))..))))....(((.((((.......)))))))...))))).....)))))))...)))).((((((..(((.(((((........)))))...(((((..(((.(((...(((((.((.....(((((.......((((((...((....)).....)))))).))))))).)))))..)))..((((..(((((((.......(((((..((...(((((....)))))))..))))).(((((((.......(((((.................))))).(((((..((((((......))).)))..))))))))))))((((.......((((.........))))....))))...)))..)))).(((((((........)))))))))))..))).......))))).)))..))))))....(((((((((((((((((...((((((.....((((((((((....(((....((..((((..((((((((.....((((..((((............(((........(((((...))))))))......))))))))...((................)).))).)))))..))))...))..)))..))).)))))))..(((((((....)))))))..((...((((.........))))))..))))))......((((.(((((((.........)))))))...))))....))))))........))))))......(((((((.............(((((....))))).............))))))).)))))...)))(((((((((((((....)))))))))...)))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((......))))))......(.(((((........)))))..)............((((.......(((((((.....))))))).............)))).(((.((.(((.(((((.....))))))))...)).)))..............(((..(((((((.(((.(((((........)))))..((((....))))...............................((((((...((....)).....)))))).....(......((((((.........))))))).......(((((.......(((((....)))))....)))))...............(((((.................))))).(((((.......................))))).......((((.......((((.........))))....)))).............(((((((........)))))))......................))).)))))))..)))....((((((((((((...((((((..........................................(((((((................((((((.((..((.....................................................))...))....))))))......)))))))...............(((((((....)))))))............................))))))......((((.(((((((.........)))))))...))))....))))))........))))))......(((((((..............((((....))))..............)))))))............(((((((((((((....))))))))))...))).
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((......))))))...(((((((((..........(...(((.(((...............((((......((((((.((((......)))).))))))...(((....(((..((((.....)))).)))......))).........))))(((...)))......)))))).)...............((((....))))...................(((((.......((((.....((....)).......)))).)))))..)))))))))....(((...(((((((.......(((((........((((....)))).....)))))..((((((....(((((...........((((.....((....))........))))...........)))))...)))))).(((...((...((((.........))))...)))))...)))..)))).(((((((........))))))).))).(.(......((((....))))....).)........(((((.(((((((...(((((....(.((((((((((...(.((........)).)........(((((((...........((.((((..((((((.((...(((.(((((....))).......)).))).........(.........).)).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)(((((((....)))))))..((...((((.........))))))...)))))....((((((.(((((((.........)))))))...)))).)).)))))))))).))....(..((.(..(((((((........................................)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((......))))))....(((((((((........))))).))))..........(((((..(...(((((((.....)))))))...........))))))((((.((.(((.(((((.....))))))))...)).)))).............(((..(((((((.....(((((........))))).(((((....)))))....................((........((((((((.((....))))...))))))..))((......((((((.........))))))))......(((((..((...((((((()))))))))..)))))...............(((((.................))))).(((((((....(........)....)).)))))....((.((((.......((((.........))))....)))).))..........(((((((........)))))))..............((((....)))))))))))..)))((((((((((((((((...((((((...((((((((((...((((...........))))...((..(((((((.(((............((((((((((.(((......(.(((....))))................................))).).)))...)))))))))...)))))))..)).))))))))..(((((((....))))))).....(((....)))........))...))))))....((((((.(((((((.........)))))))...)))).)).))))))........))))))......(((((((.............((((((..)))))).............))))))).)))).......(((((((((((((....))))))))))...))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((......))))))(((.(((((((((........))))).))))..)))...(((.[[[[)))..(((((((.....)))))))............]]]].((((...[[[[.(((((.....))))))))).....]]]]((((.......((((...))))....))))(((((.[[[....))))).(((((....))))).....]]]...((((...((((((......((((((..((((.....)))).))))))))))))......[[[[[[..))))...]]]]]]........(((((.......(((((....)))))....))))).(((((((.(((..[[[[)))....]]]]..............(((((..((((((......))).)))..))))))))))))((((.......((((.........))))....))))........((((.(((((((........)))))))[[[..)))).......]]].......................(((((((.....))))....[[[[[..)))..]]]]]...(((........(((((.((((((((.(((.((((..((((............................(((....))).......)))))))).)))..(((......)))......))).))))).))))).......((((((((((((.....))))))))).))).......))).......((((..((((((((....))).)))))..)))).(((((((....[[[..)))))))........]]]..(((((.........))))).....(((((((........................................)))))))............(((((((((((((....)))))))))...)))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..(((.((((.(((.(((((((((........))))).))))..)))..))))..((((((..(((((((.....)))))))..........)))))).(((((((.(((.(((((.....))))))))((((....))))....((((...(((..(((((((.(((.(((((........))))).(((((....))))).....(((((.((.....((((((......((((((..((((.....)))).)))))))))))))).))))).......((((....(((((((.....(((((..((...(((((....)))))))..))))).....)))))))...(((((.....((....))....))))).(((((((..................)).)))))....((.((((.......((((.........))))....)))).))..........(((((((........)))))))))))..(((.((...)).))).))).)))))))..)))...)))))))))))...))).)))))).((..((.......((((.(........))))).(((.....((..(((((...(((.((((.(((.((((((((((((.((((((.(((.((((...........................))))..)))...))).))).))..))).)))..))))(((((((((.....)))))))))........))).)))).))).((((..((((((((....))).)))))..)))).((((..((((((((.....))))))..))..)))).(((((.........)))))......((((((.............(((((....))))).............)))))))))))..)).....))).((((((((....)))))))).))..))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((......)))))..........................................(((........((((((([[[[[))))))).........]]]]]....)))....(((.(((((.....))))))))................((((...(((..(((((((.(((...........((((((....((((....)))).))))))..............(((((.....bbbbb.)))))............BBBBB.........................................(((((.......(((((....)))))....)))))...........................................(((((.......................))))).......((((.......((((.........))))....)))).............(((((((........)))))))......................))).)))))))..)))...)))).((((((((...((((((.....(((((((..............................(((((((..((..................................(((....)))...................................................))....)))))))......)))))))..(((((((....)))))))............{{{.............))))))......}}}..((<<(((.aa..aa..)))AA))AA......>>.))))))))...................((((((........................................)))))).............(((((((((((((....)))))))))...)))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((......))))))......(.....(....................).......((((((((...(((((((.....)))))))............)))).))))....(((.(((((.....))))))))......(((((.(...((((...(((..(((((((.(((...........((((((...(((((....)))))))))))........................((((((..((((.....)))).)))))).((.(((((((.((.((....)).))..))))))).))...(((((..((...(((((....)))))))..)))))...(...........(((((.....(......)....))))).(((((((..................)).)))))....)..((((.......((((.........))))....)))).............(((((((........))))))).((.............))....))).)))))))..)))...))))((((.....))))........((((.((((((................((((..............................................(.((((((.(((.(((.............................)))..)))...))).))).)..)))).......((((((((((((.....))))))))).)))........))))))...((((..((((((((....)))).))))..)))).((((..((((((((.....))))))..))..)))).(((((.........)))))......))))((........................................)))))))).........).(((((((((((((....)))))))))...)))).
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((......)))))).(((..aaaaa({{{{..))).)}}.....}}AA.......((((((((((.(((((((.....)))))))).........).)))).))))....(((.(((((.....))))))))................((((...(((..(((((((.((((.........(((((((...(((((....))))))))))))...............(((((...((((((..((((.....)))).))))))(((.(((((((.................))))))).)))..(((((.......(((((....)))))....))))).....(((.......[[[[[.))).............]]]]].(((((((.(((((......))).)))).))))).......((((.......((((..bbb....))))BBB.)))))))))........(((((((........)))))))(((.............))).).))).)))))))..)))...))))((((.....)))).............((((((..(((.............)))..........(((.((((............<<<..............<<<<<<.<<<.<<<<...........)))).)))........>>>>..>>>...>>>.>>>...............((((((((((((.....))))))))).)))....>>>.))))))...((((..((((((((....)))).))))..)))).((((....((((((.....))))))......)))).(((((.........))))).......(((((.............(((((....))))).............)))))..........AAA.(((((((((((((....)))))))))...)))).
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((.(((...((.................................(((((..((.((((((((...(((((((.....)))))))............)))).))))....(((.(((((.....))))))))...))...))))).)).))).)))....(((((((.((((((.........(((((.....(((....)))..))))).........................((((((...(((.....)))..))))))......................................................((((....))))...........................((....))..........................................................((((.......((((.........))))....)))).............(((((((........)))))))..................))).))).)))))))....((((((((((.((((((...(((((....................(((........(((((.((((((((.((..((((...(((............((........))....(((....))).......))).))))..))....................))).))))).))))).......((((((((((((.....))))))))).))).......))).........................)))))............((((((.........))))))............)))))).........))))).......((((((........................................))))))..)))))..))).(((((((((((((....)))))))))...)))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((..(((((...((((((((.(((((................(((((..((.((((((((...(((((((.....)))))))............)))).))))....(((.(((((.....))))))))...))...)))))...((...((((...)))).....)).))))).)))))))).....(((((....)))))......(((.((((......((((((....((((((..((((.....)))).))))))...................((((((....(((((((.....(((((..((...(((((....)))))))..))))).....))))))).....)))...)))....)))))).((....)))))).))).....)))))......((((.(((((.((.((((.......((((.........))))....)))).))..........(((((((........))))))).(((.((((.....((((....))))...........(((..(((((((((((....((((((...((..............(((........(((((.((((((((.(((.((((..((((............((........))....(((....))).......)))))))).)))......((........))..))).))))).))))).......((((((((((((.....))))))))).))).......))).(((....))).........))..))))))...........((((..((((((((.....))))))..))..)))))))))........)))))).))))))).((((.............(((((....))))).............)))).)))..))))).))))..((((((((((....)))))))))))))))..