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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00804



RNA: CRW_00804
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ................(((((...[[[.))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..((((((((((((.....)))))))))..))))))......(((.......(((((.((..((......(((((((.((((.(....))))).....((((((((((((.....))))))))))))...((((((((((...)))))))))).)))))))..)).)))))))(((..(.(((..((((((((........))))))))))).....))))..((((.((((....))))...))))))).(((((((.......))))))).((((...))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))................................................................................................................................................................................................................................................(((((......(.((((....................)))))))))).)))))))))).....(((.......((((....(((((((((((...)))))))...((((((((...((((((((((((((((((((...(((......))).......))))))))))))....(..((....))))))))))).))))))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))).)))))))))...((....))...))))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((....(((.(((((.(((((...))))).))))).)))(((.((((..((((((((((..(((((((((....)))....................)))))).....(((...........((((((((....)))))))).....(((((....)))))....)))...))))).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((........(((.......................................))).........))).....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((.((((((.......))))))))..........)))))))))).))....((.((.(.(((((((((((((((((((.(((..............................................................))))))))))))))))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))............................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (............(((((((((((((((((((((((....((((((.........(((((........)))))..((((((((((.....))))))))))...)))))).(((((((............(((......((.(((((((.....................((((((((((((.....))))))))))))...((((((((((...)))))))))).))))))))).(((((....)))))..(((..((((((((........))))))))))).....)))....(((.((((....))))...))))))))))...))))))......))))))))..(((((((((((.(((((((..((((((...(((((....))))).))))))......(((((((.(((((((..((((((((......((..((((((.(((...))).))))))..)).((....)).))))))))...((((......))))..........))))))).................................(((((((((.............(((((((.....))))))).......((((((((((((((......))))))))))))))...))))))))).))))))).........((((.(((((((((.(((((........(((((...((..(((((.(((((..........((((.((((((((..(((((((((((..(((((((...)))))))...))))))))))).....((((.((((((.(((((((((((...((........))...((((((....((((((((((((.(((((.(((.(((..(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..))).....((((((.(((((((((((((.....))).))))))))))..((....))....))))))..)))...((((.(((((....)))))..))))....)))).).))))))........((..(((((.....(((((......))))))))))..)).........))))))..))))))...))))))))))).)))))).))))..(((((.........))))).)))))))).))))..((((((((((((...((.((((.(((......((.((((((................((((((((.((......)).))))))))....(((((((((.((....)).))))..)))))...))))))))......)))..((((((((((.((((..(((((((.......((((((((((((....))))))..))))))........))))))).....)))).))))))))))......)))).))..)))))))))))).))))))))))..))....)))))....((((........))))))))).)))).........)))))..))))...)).)))))..((((((((..(((((((((.(((...(((..(((.(((((...(((((((.((....)).)))))))...))))))))..)))..))))))))))))..))))))))..))))..(((.((((((((((((....)))))))).)))))))...))))))).))))))))).)
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................(((((........)))))..((((((((((.....))))))))))((((....................................((((((((.((((.......)))).....((((((((((((.....))))))))))))....((((((((.....))))))))..)))))))).((((((....)))))).(((..((((((((........)))))))))))...................................(((.............(((((.......)))))..........)))......((((((....((((....))))..)))))).........................................((((((.(((...))).))))))..........................................................................................((..............))...(((((((.....)))))))((((((.((((((((((((((......)))))))))))))))))))).......((((.........((((((((.((....))))...))))))..)))).............................................(((((((((((..((((((.....))))))...)))))))))))....................................................................................((((((((.((...((((.........)))))).)))))))).................(((((((((..............))))))))).................((((((.....((((.(((((....)))))..)))).............................)))))).......................(((..........(((((..........((((((((((.....))))))))))............................((((..((((.................))))...)))).................((((((((((((....)))))))).))))................(((((((((.((....)).))))..)))))....)))))........)))....(((((((...........................(((((((....))))))).................................)))))))...............(((((((........)))))))........................................(((............)))..............................)))).......................(((((........)))))........((((((((((((.(((((.......)))))))))))))))))...............((((((((((((....))))))))).))).........................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...)))))(((((((........(((.....((((((((.....))...(((((........))))).)))))).....)))((((((((((.(((((.(......(((((((((((....(((........((((((((......(((((((((((((((..(((((((((((.......)))))))))))...(((((.((((((...)))))).)))))...............((((....(((..((((((((........)))))))))))......))))......((((....))))......((((.......(((....((((.......))))......)))..))))......(.(((...(((((....))))).))))......)))))))...........(((((...)))))))))))))(((((...(((....)))..))))).((....)).........((((((......(((((((((((((((((((((((........((((........))))..............................(((((((.....))))))).)))))))))))........(....))))))))))))).....)))))).....((((.........((((.....((....)).......))))..))))................((......(((((((..............(((((((((((......................))))))))))).......................(((.......((((((........))))))....))).......................................)))))))....))..))))))))..........))).......)))))))((((((....))))))...........................(((((((((.......((((.........................))))....))).........))))))......................)))).....)....(((((((...(((((...((((((((...)))))))))))))...............(((((((...(((.((((....)))....................................(((.(((((((((((((....)))))))).))))).)))............).)))..))))))).................)))))))......((((((.............................(((((((......)))))))..............(((((.((((((((((((((((.........)))))))))..(....(((((((........)))))))....).....................))))))).)))))(((((..........)))))....................))))))...)))))))))))))))..((((((((((((((((......)))))))).......(((((((((((.(((...........))))))))))))))..................((((((((((....))))))))))...)))))))).......)))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((((..................................(((((.(....).)))))..((((((((((.....))))))))))((((......(((((....((((((....)))))).....((((((((.((((.......)))).....((((((((((((.....))))))))))))...((((((((((...)))))))))).)))))))).((((((....)))))).(((..((((((((........)))))))))))..(((.......))).((((....))))......((((((((..(((....(((((.......))))))))..)))).))))(....(((((((...((((....))))).))))))..)...................(((((((((((((...((.((((((.((((.)))).)))))).))..((....))..)))))..))))))))....................................((..........)).......(((((((..........)))))))(((((((.....)))))))((((((.((((((((((((((......)))))))))))))))))))).......(((((........((((((((.((....))))...)))))).)))))...............(((........())))..........(((.(((((((((((..(((((((...)))))))...))))))))))))))............................................((((.......))))......................((((((((.((...((((.........)))))).))))))))((....)).....(((.((((((((((.(((.....)))))))))))))..............)))((((((.....((((.(((((....)))))..)))).............................)))))).....((..........))...((((.(((......(((((((.....((.(((((((((((...))))))))))).)).......................(.((((..((((..((((......)))).))))...)))).)...........((.((((((((((((((()))))))))).))))).))............(((((((((.((....)).))))..)))))..)))))))....))).)))).((((((((((.((((...((((((.......((((((((((((....)))))))..)))))........))))))......)))).)))))))))).............(((((((........)))))))..................((((((........)))..)))((((..........))))......................)))))...)))).....................((((((((......)))))))).....(((((((((((((.(((((.......))))))))))))))))))..............((((((((((((....))))))))).)))...............))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((((((((((((((((....((((((.........(((((........)))))..((((((((((.....))))))))))...)))))).(((((((.((((...))))(((........((((((((.((((.......)))).....((((((((((((.....))))))))))))...((((((((((...)))))))))).)))))))).((((((....)))))).(((..((((((((........))))))))))).....)))....(((.((((....))))...))))))))))...))))))......))))))))..(((((((((((.(((((....((((((...(((((....))))).))))))......((((((((((((((..((((((((((((((.....((((((.(((...))).))))))..............))))))..))))))))....((((((((((((((((((((((((.......((((........))))......(((((((..........)))))))(((((((.....))))))))))))))))))).((((...))))..))))))))))))...)))))))......))))))).........((((.(((((((((.((((((.(((((.((((((((((((((((.((((..........))))...))).)))...(((((((((((..(((((((...)))))))...)))))))))))((((......((((((((((((.(((((((.......((((((((((((....)))......((((((..(((((((.((((...((((((.......((((.........))))....)))))))))).......((((((.((((((((((.((((...))))))))))))))..............))))))..)))...((((.(((((....)))))..))))....))))...))))))............(((((.....(((((......)))))))))).......)))).)))))........))))))).))))))...))))))...)))).)))))....))))).)))))...((((..((((..((((......)))).))))...))))........((((((((((((....))).............((((((.....))))))......((((((((..........))))..))))))).))))))..........((((((((((.....(((((((((..(((((...((((((((((((....))))))..)))))).......((((...)))))))))..))))))))).)))))........(((((((........)))))))...............))))).(((........))))))))).))).........))))))..))))......)))))..((((((((..(((((((((.(((.......((((.(((((...(((((((..........)))))))...)))))....))))..))))))))))))..))))))))..))))........((((((((((....)))))))))).........))))))).)))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((((((((.........(((((....((((((...(((((........)))))...))))))..((((((((((((((.(((((........(((((.(((((((....)))))))....((((((((.((((.......)))).....((((((((((((.....))))))))))))...((((((((((...)))))))))).)))))))).((((((....)))))).(((..((((((((........))))))))))).(((((((...((((.((((....))))...)))).(((((..((((....(((((.......))))).........(((.((((..((((((((((.........)))).)))))).(((...((((((((.((((....)))).))))))))...)))(((((..((.(....)))..))))).((....)).....((((((..(((((((((((((.((....)).))).))).))))))).((((........))))......(((((((.((....)).)))))))(((((((.....)))))))((((((.((((((((((((((......)))))))))))))))))))).)))))).)))).)))....((((((((.((....))))...)))))).))))..))))).(((((...)))))....)))).)))....(((((((((...))))))))).((((((((.(((((((........((((.((((....((((..............))))...)))).)))).........)))))))...)))))))).....((((.((((........(((.(((((((((..((..(((((((((.((((((((.....)))).))))...((((((((((.((((...))))))))))))))..............((((((........))))))....(((((((((.(((..............(((...(((.(((.(..(((((.....(((((......))))))))))..)))).))))))....((((..((.(((((((((((...))))))))))).)))))).))).))))))))).(((.((.(((..((((..((((......)))).))))...))))).))).....((((((((((....)).)))))))).....((((((.....)))))).....(((((((((.((....)).))))..)))))...)))))))))...)).(((.((((((((((.((((..(((((((.......((((((((((((....))))))..))))))........))))))).....)))).)))))))))))))..........(((((((........))))))).......(((((((((.(((((((........))))..))))))))...))))..)))))))))))))))).))))))))).......))))))))))))))))))).((((.((((((((......)))))))))))).((((((((((((((.((((.......)))))))))))))))))).................(((((((((....))))))))).)))))..))))))....)))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((.................................(((((........)))))..((((((((((.aaaa))))))))))((((....................................((((((((.....................((((((((((((.....))))))))))))....((((((((.....))))))))..))))))))..((((....[[))))..(((..((((((((........)))))))))))........]].......(((....)))((..........((((((.......dd)))))).....DD....................((((((....((((....))))..)))))).........................................((((((.(((fff))).))))))FFF..((....))..................................................................................................(((((((.....))))))).......((((((((((((((......))))))))))))))..........................((((((((.((....))))...))))))...................................................(((((((((((..((((((.....))))))...)))))))))))....................................................................................((((((........((((.........)))).....)))))).................((((((((((............)))))))))).................((.........((((.(((((....)))))..)))).............................{{{{)).....................}}}}..........................((((((((((.....))))))))))..................(((((..........................................................................................................ggg..gg.)))))......GG....GGG.....................................................................................................................................((((((........))))))..............................bbbb......bbbbb.......)).BBBBB......BBBB..........ccc..ccc.))))((((((.((AAAA(((..(((.(((.....(((................<<)))eeeee))))))..)))...))))))))EEEEECCC>>CCC..............((((((((((....)))))))))).................)))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((((((((.........(((((....((((((...(((((........)))))...))))))..(((((((((((((.((((((......((((((..(((((((....)))))))..(.((((((((.((((.......)))).....((((((((((((.....))))))))))))...((((((((((...)))))))))).)))))))))((((((....)))))).(((..((((((((........))))))))))).(((((((...((((.((((....))))...)))).(((((..((((.(((((((((((.(((((...))))).....(((((....(((((((...((((....))))).))))))..)))))((((((((.((((....)))).))))))))......(((((..(.((....)))..))))).((....))....................................................((((........)))).......((((((..........)))))).(((((((.....))))))).(((((.((((((((((((((......)))))))))))))))))))............)))))).))))).((((.((....))))))........))))..))))).(((((...)))))....))))).))....(((((((((...))))))))).((((((((...(((((((......((((.((((....(((................)))...)))).))))...........))))))).)))))))).....((((.((((........(((.(((((((((.............((.((((((((.....)))).)))))).((((((((((.((((...))))))))))))))..............((((((.(((.....((((((((.(((((((((.(((..............(((..........((..(((((.....(((((......))))))))))..))......)))..........((.(((((((((((...))))))))))).)).....))).))))))))).......((((..((((..((((......)))).))))...))))........((((((..........(((((....)))))..((((((.....)))))).....(((((((((.((....)).))))..)))))...))))))......))))))))......................(.......((((..((((((....))))))....))))........)............((.........))..............(((((((........)))))))............((((.((.........)).))))......))))))))).....)))))))))))))))).))))...))))))...))))))))))))))))))).((((.((((((((......)))))))))))).((((((((((((((.((((.......)))))))))))))))))).................(((((((((....))))))))).)))))..))))))....)))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...))))(((((((((((((((...(((...<<<<<....((((((...(((((........)))))...))))))..(((((((((((((.((((((....(.((((((..(((((((....)))))))..(.((((((((.((((....{{{)))).}}}.((((((((((((.....))))))))))))...((((((((((...)))))))))).)))))))))((((((....)))))).(((..((((((((((...)).))))))))))).(((((((...((((.((((....))))...)))).((((((.((((.(((((((((((.(((((...))))).....(((((....((((((((...(((....))))).))))))..)))))((((((((.((((....)))).))))))))......(((((...............)))))..............(((((((.(((((((........................))))))).((((........))))......(((((((..........)))))))(((((((.....)))))))((((((.((((((((((((((......)))))))))))))))))))))))))))....)))))).))))).((((.((....))))))........))))).))))).(((((...)))))....))))).))....(((((((((...))))))))).((((((((...((((((.......((((.((((....(((................)))...)))).))))............)))))).)))))))).....((((.((((........(((.(((((((((.((.........(((.((((((((.....)))).)))))))((((((((((.((((...)))))))))))))).............((((((.((((.....((((((((.(((((((((.(((..............(((........(.((..(((((.....(((((......))))))))))..))).....))).............(((((((((((...)))))))))))........))).))))))))).(((.(.((((..((((..((((.(...))))).))))...))))).)))((.((((((........(((((((....)))))))((((((.....)))))).....(((((((((..........))))..)))))...))))))))....)))))))).((((((((.(((....((((((.......((((((((((((....)))))))..)))))........))))))[[[[[[[))).)))))))).]]]]]]].......(((((((.((...)))))))))............(((((((.........)))))))......))))))))))..)))))))))))))))))).))))...)))))))..))))))))))))))))))).((((.((((((((......)))))))))))).((((((((((((((.((((.......))))))))))))))))))......)))........(((((((((....))))))))).>>>>>..))))))....)))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((((((((((((((((....((((((.........(((((........)))))..((((((((((.....))))))))))...)))))).(((((((............(((........((((((((.....................((((((((((((.....))))))))))))...((((((((((...)))))))))).)))))))).((((((....)))))).(((..((((((((........))))))))))).....)))....(((.((((....))))...))))))))))...))))))......))))))))..(((((((((((.(((((((..((((((...(((((....))))).))))))......(((((((.(((((((..((((((((......((..((((((.(((...))).))))))..)).((....)).))))))))...((((......))))..........))))))).................................(((((((((.............(((((((.....))))))).......((((((((((((((......))))))))))))))...))))))))).))))))).........((((.((((((.((((((..(((((((.((((((((((..((((.((((.((....)).))))...))))......(((((((((((..(((((((...)))))))...)))))))))))((((..(((((((.((((((((.(((((((...(((.(((((((((................((((((.(((((.(((.(((..(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..))).....((((((.(((((((((((((.....))).))))))))))..((....))....))))))..)))...((((.(((((....)))))..))))....)))).).))))))........((..(((((.....(((((......))))))))))..))...)))).))))).)))....))))))).)))))))).))).)))).)))).)))))....))))).))))).))...))))))..(((((((((((((((...((((.(((......((.((((((................((((((((.((......)).))))))))....(((((((((.((....)).))))..)))))...))))))))......)))..((((((((((.((((..(((((((.......((((((((((((....))))))..))))))........))))))).....)))).))))))))))......)))).))).))))))))))))...............(((((..(..((((((..(......)..))))))...)...))))).))))))..))))...)).)))))..((((((((..(((((((((.(((...(((..(((.(((((...(((((((.((....)).)))))))...))))))))..)))..))))))))))))..))))))))..))))..(((.((((((((((((....)))))))).)))))))...))))))).)))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((((((((((((((((....((((((.........(((((........)))))..((((((((((.....))))))))))...)))))).(((((((............(((......(.((((((((.....................((((((((((((.....))))))))))))...((((((((((...)))))))))).))))))))).(((((....)))))..(((..((((((((........))))))))))).....)))........((((....))))......)))))))...))))))......))))))))..(((((((((((..........((((((....((((....))))..)))))).........................................((((((.(((...))).)))))).....((....))..................................................................................................(((((((.....)))))))........(((((((((((((......)))))))))))))..........................................................................................................(((((((((((..(((((((...)))))))...)))))))))))....................................................................................((((((........((((.........)))).....)))))).................((((((((((.(((.....)))))))))))))............................((((.(((((....)))))..))))......................................................................................((((((((((.....)))))))))).........................................................................................................................................................................................................................((((((....)))))).............................................................................................................................................................((((((((..(((((((((.(((..............................................................))))))))))))..))))))))..))))......((.(((((((((....)))))))))..))......))))))).)))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((((((((((((((((....((((((.........(((((........)))))..((((((((((.....))))))))))...)))))).(((((((............(((........((((((((.....................((((((((((((.....))))))))))))....(((((((((...)))))))))..)))))))).((((((....)))))).(((..((((((((........))))))))))).....)))....(((.((((....))))...))))))))))...))))))......))))))))..(((((((((((.(((((((..((((((....((((....))))..))))))......((((((((((((((..((((((((((((((.((..((((((.(((...))).))))))..)).((....)).))))))..)))))))).((((((((((((...(((((((((((((((..........................(((((((.((....)).)))))))(((((((.....))))))).)))))))))........))))))..))))))))))))...)))))))......))))))).........((((.(((((((((.(((((........(((((.(((((....))))).((((...((((.((((.((((((((..(((((((((((..(((((((...)))))))...)))))))))))((((..(((((((.((((((((.(((((((...(((.(((((((((................((((((...((.(((..(((..(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..))).....((((((.(((((((((((((.....))).))))))))))..((....))....))))))..))).))((((.(((((....)))))..))))...........))))))........((..(((((.....(((((......))))))))))..))...)))).))))).)))....))))))).)))))))).))).)))).)))).((((.........))))..)))))))).))))..((((((((((((...((.((((.(((......((.((((((..(((((((((((((....)))))))).)))))...............(((((((((.((....)).))))..)))))...))))))))......)))..((((((((((..(((..(((((((.......((((((((((((....))))))..))))))........))))))).....)))..))))))))))......)))).))..)))))))))))).))))...)))).......)))))....((((........))))))))).)))).........)))))..))))...)).)))))..((((((((..(((((((((.(((...(((..(((.(((((...(((((((.((....)).)))))))...))))))))..)))..))))))))))))..))))))))..)))).........(((((((((....)))))))))..........))))))).)))))))))..