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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00807



RNA: CRW_00807
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] .................................(((((...[[[.))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..((((((.((((((.........)))))))))))))))......(((......(((((.((.((...(((((((.(((((.....)))))..............................................................................................)))))))..)).)))))))(((..(.(((..((((((((((((.........................))))))..)))))))))....))))..((((((((....))))...))))))).((.(((((.......))))))).(.....)...)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((.....)))).....))))..(...(((((...(......)...)))))...)...(((((......(.((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...(((((((((((..(((((............................)))))....)))).)))...((((((((((.(((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....))))))))))))))))))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((...)))))).))...((....))..))))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((.(((((((((((((....))))).))))).))))))))).(((.(((..(((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))....)))))).....((((.........................................................................................................))))...))))).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.(((((((((((((((((((((..................................................................................................)))))))))))))))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))..............
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..........((((..((((............(((((.(((((.(((((((((..(((..(((((((.(((..(((.(((......(((((((.((((((.........)))))))))))))..((((((...(((((.(((((.........(((((((((((((.....)))))......................(((((.........((((((...))))))..........((((((.(((.......))).))))))))))))))))))).......))))).)))))..(.(((.((((((((....((((((((((((..((..((((((((....))))))))..))..))))).))))))))))))))).))))..........((((((....).)))))......)))))).)))))))))....(((((...(((((....))))).)))))........((....)).......................))))))))))...........(((((.(((.(((.(((...((((((((..........))))).)))....(((((((....((((...((....(((.((((((.((..((((((..((((((.(((((((((((..(((((.........((.......))........)))))....)))))).....(((((((((((.(((.(((..((((.(((............((((((.....)))))).............))))))).))))))))))))))))).))))).))))))...))))))..)))))))).)))...))))))...((((((((.((.(((((((((((((((((..((((((...))))))......((....)).))))))))....(((((((((((.((....))....((((((((((((((((((.(((((.(..(((.((((....((((..((((..((((........))))....................(((((((...((((((((((....))))).)))))...)))))))...))))..))))))))))).)))))).))))....)))))))..)))))))..........)))))..(((..((((((((....((((((((((.........))))))))))..))))))))..((((((.((((((((.((((((...)))))))))))))).))))))))).....(((....)))...))))))..)))))).)))))))))))))....)))))))..((((((......((((..((..((((....))))..))....)))).....))))))...)))))).))))))))..))))))))).)))))...(((...........(((((((.........)))))))..........))).......)))))...........((((((((...((((((((((....(((((((....(((((((((..(((((((((.......)))))))))........(((.......))).))))))).))....))).))))...))))))))))...))))))))...)))).))))..((((..((((....))))..))))..........)).)
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((.........)))).................(((((.................(((((((.((((((.........)))))))))))))))))).........(..(((((.........((((((((............................................................................................................)))))))).......)))))..)..(((((..((((((((((((.......(((((((....)))))))))))))..)))))))))))...(....(((((((.........)))))))..)....(((((.......)))))...........................((((...(((((....))))).))))...................................................(((................)))........((.(((((..........)))))..)).((((((((((...................................................................................((((.......))))...............((((((((((.((((.((....((((................(((((.....)))))...............))))...)).))))))))))))))...((...........(((((((((..(...(.(((....))))....)..)))))))))......)).(((((((((.(((((.....)))))..............)))))))))..........)))))))))).................................((((........))))..((((.(((......))).))))......................((((((((.((((((((((((....))))).))))).))))))))).)......(((((((((....)))).)))))....................................(((((..((((((((....((((((((((.((....))))))))))))..))))))))..((((((.(((((((((.((((.....))))))))))))).)))))))))))...(((....)))...................(((............)))..............................(((....)))((((.....)))).....................(((((((........))))))).......................(((...........))).......................................((((((((..(((((((((((....(((((....)...((((((((.(((((((((.......))))))))).))....................))))))...........))))...)))))))))))..))))))))...............(((((((((....)))))))))...............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...............))))).....(((((......(((((.(......((.........))......)...)))))..(((((((.(((((...........))))))))))))((.(.((((((..(((.........))))))))).).))((((.......))))....................................................(((((((....(((((....((((.........(((((((((.............)))).)))))((((((..(((((.((((((.........................))))))...)))))))))))..))))....)))))....)))))))....)))))...((((....(((...(((((.(((((((((.((((((....(.(((((...(((((....))))).))))).).....(((((((((.......((((...(((......((((..((.......))..))))....))).))))......(((((........((((.....((....)).......)))).)))))...)))).))))).)).))))..))..))))))).)))))..)))..(((.(((((............................))))).)))...........(((((((((..((((.((......(((((....((.((.....)).))....)))))......(((.........))).)).)))).)))))))))..((((..........(((((((....(.....(((......)))......).))))))).....))))(((((((((.(((((.....)))))......((....))))))))))))))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((.(...((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((....((((((((.((....((((((....))))))......))))))))).)...((((..((((((.(.(((((....(((....))).((((.....((((........)))).....))))((((((((....((((((((((.........))))))))))..)))))))).(((((((.(((((((((..............))))))))).)))))))........))))).).).)))...))))))......)))))))...)).)))))))).)..((((((......((((..((..((((....))))..))....)))).....)))))).....(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........))))))).........).)))))))))).))..(.(..((.(.((((((((..(((((((((((....((((.........(((((((..((((((((.........))))))))........(((.......))).)))))))...........))))...)))))))))))..))))))))..).))...)..).((((((((((....))))))))))....(((....)))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((((.((()))..))))).(((((....))))).(((((...((........))..(((((((.((((((.........)))))))))))))))))).......((((.(((((..(((....((((((((((((.......)))).............................................................................................))))))))....)))))))).))))(((((..((((((((((((.......(((((((....)))))))))))))..)))))))))))..(((...(((((((.........))))))).)))((.(((((.......)))))))........................(((((...(((((....))))).))))).................................................(((((..((......))..))))).(((...((((..(((....((((((((.((....)))))...)))))...)))))))....)))...........(...........)((((.............)))).................(((((.......)))))..............((((((((((.((((.((..(.((((...............(((((((...)))))))..............)))).).)).))))))))))))))..((((..........(((((((((..(...(.((((())))))....)..))))))))).....))))(((((((((.(((((.....)))))......((....)))))))))))..........((...(((....)))....)).........((((.((((.(((((((........)))).(((((.(((......))).))))).))).)))).)))).(((((.((((((((.((((((((((((....))))).))))).))))))))).)))))).(((((((((....)))).)))))..................((((........))))..(((((..((((((((....((((((((((.((....))))))))))))..))))))))..((((((.(((((((((.((((.....))))))))))))).)))))))))))...(((....))).((.((....)).))..((((((..........)))))).....((((((.................(((....)))((((.....)))).....))))))....(((...(((((((........)))))))))).................(((((((.........)))))))...(...........)...........(...((.(.((((((((..(((((((((((....(((((....))..((((((((.(((((((((.......))))))))).)).....(((.......)))..))))))............)))...)))))))))))..))))))))..).))......).((((((((((....))))))))))..............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...(((....)))..))))).((((((.........))))))......(((......[[[[[.........))).......((((((((((((.........)))).))))))))]]]]]...(((.[[[[[...)))...]]]]]((((((((.....................(((......)))....(((((.........((((((...))))))..........((((((.(((.......))).)))))))))))))))))))....((((((....(((((..(((((........)))))..))))).)))))).......(((((((........[[[[..[[[[...[[[[[[[)))))))..]]]]]]].]]]]..]]]]...........(((.[[[[[[[..........)))..(((((.....(((((....))))).((((.........))))..))))).]]]]]]].....(((((........)))))..............((((.((((...))))[[[[[[[[..))))....]]]]].]]](((..[[[[[[[[.....)))...((((.......))))...]]]]]]]].((((((.(((((((((((((((((((((......(((............)))((((((((((........))))))))))....)))))))((((....(((........))).(((((((...)))))))(((..(((.........)))))))))))))))))))...))))).))))))...((((((((....(((.[[[....)))..]]].....))))))))...................((((((...))))))............(((.[[[[[[[))).....]]]]]]](((....))).................(((((.....(((((....[[[[)))))...(((((..((((........))))))))).]]]]...(((((((((((((((((((((((((((....))))).))))).)))........[[[[[[(((((((((....))).)))))).))))))))))))))..]]]]]].............(((((..((((((((....((((((((((.........))))))))))..))))))))..((((((.(((((((((.(((((...)))))))))))))).)))))))))))...(((....))).(((((......[[[[.[[[[[[.)))))....]]]]]]...]]]]...........(((((....((((((.............)))))).......[[[[[[........)))))........]]]]]]......((((....)))).(((((.............))))).(((((((.........))))))).....))))).....((((((((...((((((((((....((((.........(((((((..(((((((((.......))))))))).......((((.......)))))))))))...........))))...))))))))))...))))))))..............((((..((((....))))..))))..............
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((..........)))))).((.(((((.(((((.(((((((((..(((...((((....)))).....)))....((((((((.((((((.........)))))))))))))).((((((..(.((((.(((((.........(((((((((((((.....)))))......................(((((.........((((((...))))))...........(((((.(((.......))).))))).))))))))))))).......))))).))))(((((..((((((((((((.......(((((((....)))))))))))))..))))))))))).((((...(((((((.........))))))).))))..(((((.......)))))...)..))))))..((.(((((...(((((((..(((((....))))).((((.........))))...........(((((...........))))).(((((((((..((......))..))))).......((((((((..........))))).)))))))(((((((.((.((((...((....(((.((((((.....((((((..((((((.(((((((((((..(((((............................)))))....)))))).....(((((((((((.(((.(((..((((.(((............(((((((...))))))).............))))))).))))))))))))))))).))))).))))))...))))))....)))))).)))...))))))...((((((((.((.(((((((((....((((((((...((((((((...((.((((((..(((....((((((((((.((.......)).))))............(((((((((.((((.(((((.......(((((...(((.((.....)).))).)))))))))).)))).))))...))))).((((((...((((((((((....))))).)))))...))))))..))))))))).))))))))...)))))))).)))))))).((((.((..((((........))))..)).))))((((((((....((((((((((.........))))))))))..))))))))..((((((.((((((((.((((((...)))))))))))))).))))))(((.(((.(((....)))))).)))....)))))).))))))))))))).)).)))))))..((((((......((((..((..((((....))))..))....)))).....))))))..)))))))...))))))).))))))))).))))).((((....)))).(((((.............))))).(((((((.........))))))).))))))).(((((.((((((((...((((((((((....(((((((....(((((((((..(((((((((.......)))))))))........(((.......))).))))))).))....))).))))...))))))))))...))))))))........(((.(((.((......)).)))))).))))).............
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................((((((.((((((.........)))))))))))).........((........[[[........))((((((((............................................................................................................))))))))........]]]......(((((..(((((.((((((..........((........))...))))))...))))))))))........(((((((.........))))))).......(((((.......)))))...........................((((...(((((....))))).)))).................................................................................(((((({{{....{{{{{{{))).)))....}}...}}}}}...}}}........................................................................................................((((((((((..(((..........((((................<<<<<..)))).>>>>>.(((.........)))....))).))))))))))................((((((((............................)))))))).........(((((((((.(((((.....)))))......((....)))))))))))...............(((....)))..............................................((((......aa......))))AA.........((((((......(((((((...((((((((((....)))))).))))...)))))))........(((((((((....)))).))))).....................................((((..((((((((....((((((((((.........))))))))))..))))))))..((((((.(((((((((.(((......))).))))))))).))))))))))...............((.((....)).)).....))))))...................((((.......((((..((..((((....))))..))....))))......))))...........(((((((........)))))))............................................(((...........)))..................((((((((..(((((((((((.....((...................(((((((((.......))))))))).........................................))....)))))))))))..))))))))...............(((((((((....)))))))))...............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................(((((.(((((.(((((((((..(((...((((....)))).....))).....(((((((.((((((.........)))))))))))))((((((((..(..(((.(((((.........(((((((((((((.....))))).......................((((.........((((((...))))))...........(((((..(.........)..))))).)))).)))))))).......))))).))).(((((..((((((((((((.......(((((((....)))))))))))))..))))))))))).((((...(((((((.........))))))).))))..(((((.......)))))...)..)))))).)).((((((...(((((((..(((((....))))).((((.........)))).....................................(((((..((......))..))))).((((..((.((.(((....((((((((.((....)))))...)))))...))).)).))..(((.((((((.....((((((..((((((.(((((........(((((............................)))))(..............)(((((((((..(((..(.......................(((((((...))))))).(...(((.........))).)).))).)))))))))..))))).))))))...))))))....)))))).))).....))))...((((((((.((.(((.((((.((((((((..((((((...))))))......((....)).))))))))..((((.((.......)).)))).................((((.((((.(((((.......(((((...(((.((.....)).))).)))))))))).)))).))))........(((((((...((((((((((....)))))).))))...)))))))........(((((((((....)))).)))))..........(((.((..((((........))))..)).))).((((((((....((((((((((.........))))))))))..))))))))..((((((.((((((((.((((((...)))))))))))))).))))))(((..(..(((....))).)..))).....))))..)))))))))))))..............(((((......((((..((..((((....))))..))....)))).....)))))...)))))))...))))))..))))))))).))))).((((....))))....(((((((.........)))))))....................))))).(((((.....((((((((...((((((((((.((.(((((....)))))))...((.(((((((((.......))))))))).)).....(((.......)))....((((((........))))))..))))))))))...)))))))).........(.((((.((......)).)))))..))))).............
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((.....[[[[...)))))]]]](((((.(((((.(((((((((..(((...((((....)))).....))).....(((((((.((((((.........)))))))))))))((((((((....((((.(((((..(((....(((((((((((((.....)))))......(((......)))....(((((.........((((((...))))))..........((((((.(((.......))).)))))))))))))))))))....)))))))).))))(((((..((((((((((((.......(((((((....)))))))))))))..))))))))))).((((...(((((((.........))))))).))))(.(((((.......)))))).....)))))).)).((((((((.(((((((..(((((....))))).((((.........)))).........((((.....))))...............(((((..............)))))(((((((((....(((....((((((((.((....)))))...)))))...)))....)))((((.((((((.....((((((..((((((.(((((..............................................((((........))))((((((((((.(((..........................(((((((...)))))))(((..(((.........)))))).)))))))))))))..))))).))))))...))))))....)))))).))).)..))))).).((((((((.((.(((((((((((((((((..((((((...))))))...............))))))))..((((.............))))............(((..((((.((((.(((((.......(((((...(((...........))).)))))))))).)))).)))).....)))(((((((.((((((((((((....)))))).)))).)))))))))........(((((.(((....)))..))))).........((((.....((((........)))).....))))((((((((....((((((((((.((....))))))))))))..))))))))..((((((.((((((((.((((((...)))))))))))))).))))))(((.(((.(((....)))))).)))....)))))).)))))))))))))..............((((........(((......((((....))))........))).......))))...))))))))).))))))..))))))))).))))).((((....))))....(((((((.(......))))))))(((((.........))))).))))).(((((.....((((((((..(((((((((((.((.(((((....)))))))......(((((((((.(....)))))))))).......((((.......))))...((((((........))))))..)))))))))))..))))))))........((.((((............)))))).))))).(((......)))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((..((((............(((((.(((((.(((((((((..(((..(((((((.(((..(((.(((......(((((((.((((((.........)))))))))))))..((((((((.(((((......((((((.((......)).)))))).......(((........)))........)))))......(((((((.((((((....((((((...((((((.(((((((......................))))))).....))))))....((((((..((((((((((((.......(((((((....)))))))))))))..)))))))))))).))))))....))))))..)))))))..)))......((((((....).))))).......))))).)))))))))....(((((...(((((....))))).)))))........((....)).......................))))))))))...........(((((.(((.(((.(((...((((((((..........))))).)))....(((((((....((((...((....(((.((((((.((..((((((..((((((.(((((((((((..(((((.........((.......))........)))))....)))))).....(((((((((((.(((.(((..((((.(((............((((((.....)))))).............))))))).))))))))))))))))).))))).))))))...))))))..)))))))).)))...))))))...((((((((.((.(((((((((((((((((..(((((.....)))))......((....)).))))))))....(((((((((((.((....))....((((((.(((((((((((.(((((.(..(((.((((....((((..((((..((((........))))....................(((((((...((((((((((....))))).)))))...)))))))...))))..))))))))))).)))))).))))....)))))))...))))))..........))))).((((..((((((((....((((((((((.........))))))))))..))))))))..((((((.((((((((.((((((...)))))))))))))).))))))))))....(((....)))...))))))..)))))).)))))))))))))....)))))))..((((((......((((..((..((((....))))..))....)))).....))))))...)))))).))))))))..))))))))).)))))...(((...........(((((((.........)))))))..........))).......)))))...........((((((((...((((((((((....(((((((....(((((((((..(((((((((.......)))))))))........(((.......))).))))))).))....))).))))...))))))))))...))))))))...)))).))))..((((..((((....))))..))))..............
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................(((((.........))))).......................................((((((((......................................((((.........((((((...))))))...........(((((...............))))).)))).))))))))......................................................................................................................(((((.......)))))...........................((((...(((((....))))).))))..........(....).............................((((..........................(((...((((..(((..(.((((((((.((....)))))...))))))..)))))))....))).....((((.........................((((((((..............................((((((((((........))))))))))...........(((((..................(((((((...))))))).((..(((.........)))))................((((.....((((....))))........))))......)))))....((((((((.((.(((((((((((((((((..((((((...))))))......((....)).))))))))....((((((.....(((....)))....(((((.......(((..(((..((.........((((.......................))))..))..)))..)))...((((((((((((....((((.((((......))))..)))).......((((((..((((.(((.....))))))).)))))).)))))))))))).)))))................(((((..((((((((....((((((((((.........))))))))))..))))))))..((((((.((((((((.((((((...)))))))))))))).)))))))))))................))))))..)))))).)))))))))))))..............(((((......((((..((..((((....))))..))....)))).....)))))...........(((((((.(.....)))))))).................))))))))..........................)))).......)))).............((((((((...((((((((((....((((.........((((((...(((((((((.......)))))))))........(((.......)))..))))))...........))))...))))))))))...))))))))...............(((..((((....))))..)))...............
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.(((..((.((((........)))).))..)))..(((((..(((((....))))).)).)))...........))))))..(((((((....(((((((...(((((((....((((((.((((...(((.....(((((((((.(((((((((((((.....)))))......................(((((.........((((((...))))))..........((((((.(((.......))).)))))))))))))))))))....(((((((((((.(((((........))))).)))))...))))))...))))))))).....)))......)))).)))))).......))))))))))))))...((((..((((((.......(((((.(((((...((.((((.((((((.....((((...(((((....))))).))))(((.........((((......((((.....)))).....)))).((((((((......................(((...((((..(((....((((((((.((....)))))...)))))...)))))))....)))...((((((((.(((.(((...((((......((((((((((((.........(((((((...(((......((((((((((........))))))))))......))).(((((((..((((...........((((((.....)))))).((..(((.........)))))...))))........((((((.(((((((....))))....)))))))))....)))))))...((((((((.((.((((((((((((((((((.((((((...))))))......((....)))))))))))....(((((((((((.((....))....((((((((((((((((..(((.(((((.......(((((...(((.((.....)).))).)))))))))).)))..)))..((((...(((((((...((((((((((....))))).)))))...)))))))...)))).(((((((((....))).))))))......))))))..)))))))..........))))).((((..((((((((....((((((((((.........))))))))))..))))))))..((((((.((((((((.((((((...)))))))))))))).))))))))))....(((....)))...))))))..)))))).))))))))))))).....))))))).((((((......((((..((..((((....))))..))....)))).....))))))...((((...(((((((.(.....))))))))......)))).....))))))))))))......)))).....))).))))))))))).))))))))....))))).))))(((((((...((((((((((....(((((((....(((((((((..(((((((((.......)))))))))........(((.......))).))))))).))....))).))))...))))))))))...)))))))...)))).))..)))))..)))))....))))))..)))))))))))......