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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00808



RNA: CRW_00808
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ..................................................(((((...[[[.))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..(((..............................................................))))))......(((.....((((((((.((....(((((((.((((.......))))............(((((...........))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((........))))))))))).....))))..((((.((((....))))...))))))).((((((.........)))))).(((.....)))...)))))).........(((...(((((....))))).)))..)).))))))..((((...................)))).................................................................................................................................(((((........((((....................)))).))))).)))))))))).....(((.......((((....(((((((((((.....)))))))...((((((((....(((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....))))))))))..))))))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((.......))))))))...((....))....)))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........)))).......(((((((.....(((((((......)))))))..((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....(((((...............................................)))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((...........................................................))))).))..............((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((.((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.((((((((((((((((.(((((..(((((((..................................................))))))).))))).)))))))))))).))))..).))..))....((((((((((....))))))))))..........................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (....(((((.(((((...(((..((((((((((((..(((((....(((((((.(((.(((......))).........((((((.......(((.(((..........((((((((((((.(((((((((((((((((....))))))))))))...)).))).))))))))))))(((((...........(((((.....((.(((((((.(((((.....)))))............((((((((.....)))))))).)))))))))...)))))....((((((((((((((((((.......)).))))))...((((((((((..((((((..........))))))..)))..)))))))...........))))))))))))))).))))))......((((((....((((....))))..))))))..))))))...........))))))))))..))))).)))))))))))).)))................(((((((((.......((....((((.((((((....(((((((((((.((((((.....))))))..................((((((((..(((((....)))))))))))))..)))..((((.(((((((...(((((..(((((.....)))))........((((((((....((((((((((.....))))))))))..(((((...((((((((((..(((((((.((.((((((...)))))).)).)))))))..((((....))))....)))))))))).))))).....((((((...............))))))..))))))))..)))))........((((((((...(((((((((((((((((((((.....))))))))))..((....))...)))))))..(((...((((......))))..)))...((((..(((.(((..(((((((((...((((.((((.....((((((......))))))..............))))..((((((((((((.....)))))))).)))).)))).....(((((((......((((.((...(((((.((......)).)))))..)))))).(((((((((((((....))))))))..((((((((........)))))))).)))))...)))))))...)))))))))))).)))..))))..))))..((((((.....(((((......(((((((((((((....))))))))..)))))......)))))..((((((((.....)))))))).....))))))....(((((((........)))))))..........))))))))..............)))))..)).)))).))))))))....))))))...............(((((((..(((((((.(((((..(((((((.((((.(..(((((.(..(((((....)))))..)..)))))..).))))))))))).))))).)))))))..))).)))).)))).....))..((((((((((....))))))))))..)))))))))..)))))..))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((.....))))))))................................((((((((.................................................(((.........((((((((((((....)))))))))))).............)))................................))))))))................................(((((.......))))).((((....)))).............((((((..((((((((.......)).)))))))))(((((((.((.(((((((..........))))))).))...)))))))................)))....................((((((....((((....))))..))))))..((((((((..........(((((((((..((...................))........))..)))))))............))))))))................(.......)((((((.....))))))((((((((.......))))))))..............................((((((.............)))))).........(((..((((......((((((((.....(((((((((.....)))))))))((((((((.(.((((((((((.........................................................)))))))))))))))))))...............................)))))))).....)))).)))........................((((((((((.....))))))))))..............(((((((((.....((((......))))........................................)))))))))...........................................((((((.......))))))..................(((..................(((((.((......)).))))).............(((((((((....))))))))).((((((((........))))))))...........)))....................................(((.......................((((((((....)))))))).........................(((((((....))))))).....))).....(((((((........))))))).(((((((..............(((((((.......))))))).............)))))))............((...(((......(((((((.(((((..(((((((.(((...........................................)))))))))).))))).))))))).......)))....))......((((((((((((....))))))))).))).......................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.((((((((......)))))))).)).((...........................((((((............(((((......(....(((.(((...........((((((((..((((((..(((((((((((....)))))))))))..................((((.....)))).........................))))))..)))))))).........(((...((((((((.....))))))))...)))......(((...))).((((((((((.(((((((.......)).))))))...(((((((.((..((((((((....)))..)))))....)).)))))))............)))))))))......)))))).)...(((((((....((((....))))....((((((.(((((((((.....((((((((((..((((((..((((...))))..))))))........))....((((((.........(((.......))).............(((((((((((((.....))))))((((((((.......))))))))........(((((........((((.....((....)).......)))).)))))......)))))))...((..........))......(((((((((.......)))))))))..)))))).............(((((((((............))))))))).................))))))))....)))))))).).)))))).(((((((........((((((.........(((.........)))......))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))...)))))))...................)))))))....)))))))................(.(((((((........))))))).)........................(((((.(....(.........(((((((.......((((..((((((..............))))))..(((((.((......)).)))))..)))).......(((((((((....)))))))))..(((((((........))))))).................)))))))......)...).)))))..))))).(((((((.....................((((((((....))))))))........................((((((((....))))))))..)))))))...(((((((........))))))).(((((((.(((..........(((((((.......))))))).....))).....)))))))..))))))....((.(.(((......(((((((.(((((..(((((((............((.(..(((((....)))))..).))............))))))).))))).))))))).......)))..).))......((((((((((((....)))))))))).))...................))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((.....))))))))((...........))...............((((((((((.....................((............(((....)))((((((((((......(((((((((((((())))))))))))))..........)))))))))).)).........................)))))))))).(((((...................)))))((((((.....))))))(((((....)))))..........((((((((..((((((((.......)).)))))))))((((((((((.(((((((..(((())))))))))).)))..)))))))................)))))..................((((((.((.((((....))))))))))))((((((((((..........(((((((((((((((...............))))))......))..)))))))............)))))))).)).............(((...)))((((((.....))))))((((((((.......)))))))).((................))....(((..((((((.............))))))..)))..((((((.((((......((((((((.....(((((((((.....)))))))))((((((((.(.((((((((((((((((.((((((.........)))))).))))))......................)))))))))))))))))))..((((....)))).................)))))))).....))))))))))...(.......)(((((...((((((((((((.....)))))))))).)).....)).)))(((((((((.....((((......))))..(((....)))............................))))))))).......................................(((((((((((.....)))))))).)))............((((((.((...((((.((...(((((.((......)).)))))..))))))..)).(((((((((....))))))))).((((((((........)))))))).........))))))...........(((.........))).......(((((((..((.............(((.((((((((....))))))))...)))..................(((((((((()))))))))))))))))))...(((((((........)))))))((((((((.......(((((..(((((((.......)))))))....)))))....))))))))..........(((.(.(((((((.((((((((.(((((..(((((((.((((....(((......(((((....))))).......)))....))))))))))).))))).))))))).))))).)))..).))).....((((((((((((....))))))))).))).......................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((......)))))))).......((((((.....((((.....))))....))))))...........((((((((........................((((((((...(((((((((((((((((((....))))))))))))....((((....))))....)))))))..)))))))).............((((((((.(((((.....)))))............((((((((.....)))))))).))))))))...(((((((........[[[..[[[[[[...)))))))..]]]]]]]]]((((((((((.(((((((..........))))))).)))..)))))))..............)))))))).......(((((((((.((((((....((((....))))..))))))............(((....)))..)))))))))..((((((((((..............))))))))))(((((((((.......((((.....))))................((((((((((.....))))))((((((((.......))))))))[[[[..))))..]]]]..........(((.[[[[[[..)))........]]]]]].......((((((.((((......((((((((......((((((((...))))))))...((((((((...((((((((((..(((((((....((((((...))))))....)))))))..((((....))))....)))))))))).))))))))..((((((...............))))))..)))))))).....))))))))))....(((.....[[[[[[[[)))..]]]]]]]]............................(((((((((...(((.[[[[.....)))..(((....)))]]]]........(((((.....))))).)))))))))((((((......))))))....................((((((((((((.....)))))))).)))).....((((((((((((......((((......(((((............)))))....)))).(((((((((((((....))))))))..((((((((........)))))))).)))))...))))))....)))))).(((..[[[[[[[))).(((((.....)))))..]]]]]]].....(((((((((((((....))))))))..)))))......(((((((((((((((.....))))))...))))))))).....(((((((.[[[[[[[)))))))........]]]]]]]......................(((((((((.....((((..(((...))).))))......)))).)))))..............................((((((((...........))))))))((((((((((((.((((..(((.(((....)))....)))..)))).))))))))))))...((((((((((....))))))))))..)))))))))...............
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((.((((((((((......((((((((.(((((.((..(((((((..((..((((.(((.(((...))).)))..............((((....))))......))))..))..)))))))....)).))))).))))))))....)))))))))).))).((((((((.((((((((.(((((..((.((.(((((((.(((((.....)))))............((((((((.....)))))))).))))))))))).))))).((.((((.((((((((.....))))).)))))))...)).((((((.((((((...........))))))))))))..(((((((.........))))))).((((((...(((((((...(((......(((....((((....))))..))).((((((((((((..(((.((..(((((((....((((((....(((((...)))))...))))))...)))))))..))...)))..)))))))).))))....((((((((.(((((...(((((.....))))).((((((((.......))))))))((((........)))).(((((.((((((.((....)))).))))(((((..(((..((...((((((.((((......((((((((......((((((((.....)))))))).((((((((...((((((((((.(((((((((............)))))))))..........((((....))))....)))))))))).))))))))..((((((((........))...))))))..)))))))).....))))))))))...)).)))..))))).....(((((((((((.....))))))))))).((....)).....((((((((.....((((......))))..(((....)))............(((((.....))))).)))))))).((((((......))))))........))))).......((((((((((((.....)))))))).)))).))))).....(((((((((...((((.((...(((((.((......)).)))))..))))))..)))(((((((((....))))))))).((((((((........)))))))).........)))))).))))))))...)))..)))))))...))))))(((((((.....((((((((((.......((((..(((..((((((....))))))..)))..))))......))))))))))...........)))))))...(((((((........))))))).((((((...((((.(((((..(((((((.......)))))))....))))).))))))))))......))))))))...(((((((..(((((((.(((((..(((((((.((((....(((((....(((((....))))).....)))))....))))))))))).))))).)))))))..))).)))).(((((......((((((((((((....)))))))).)))).........)))))))))).)))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................((((((((((((....)))))))))))).....................................(((((((((((.....................................(((((((((((((.((((..........................((((((((((((((((((.......)).))))))...(((((((.((.(((((((..........))))))).))...)))))))...........))))))))))..................((((((....((((....))))..))))))..(((((((...........(((((((((.................................)))..)))))).............))))))).........................((((((.....)))))).(((((((<<<<<<<)))))))...............................((((((.............))))))........................(((((((.......((((((((.....)))))))).((((((((...(((((((((......((((..............))))...............................))))))))).)))))))).................[[[[[..........)))))))...............]]]]].................((((((((((.....))))))))))..((....))..................((((......))))............................................................................................((((...........)))).......................................(((((.((......)).))))).............(((((((((....)))))))))..(((((((........))))))).............................................................................((((((((....))))))))........................................................(((((((........))))))).((((((...............(((((((.......)))))))..............))))))....................................{{...>>>>>>>....................)))).)))))))))))))........)))))))))))..}}..................................((((((((((....))))))))))..........................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(..((((((((...)))))))).......((((((....((((.....)))).....)))))).(((((......((((((.((((...(.(.(((..........((((((((((((.((.(.((((((((((((....))))))))))))....)..)).)))))))))))))))...).).((((((((((((((((((((((((((.(((((.....)))))............((((((((.....)))))))).))))))))...(((...))).(((((((((.((((((((.......)).))))))...((((((((((.(((((((..........))))))).)))..)))))))............)))))))))......((.((((.((..((((((....((((....))))..))))))..((((((((..(((.((..((((((((...(((((......................)))))))..))))))..))...)))..))))))))...(((((...((............((((((.....)))))).(((((((.......)))))))..(((........)))...........(((.((....)))))....(((((..(((..((...((((((.((((......((((((((......((((((((.....)))))))).((((((((...((((((((((..(.(((((..............))))).)..............((......))...)))))))))).))))))))..((((((.(........)....))))))..)))))))).....))))))))))...)).)))..))))).....(((((((((((.....))))))))))).((....))..(((((((...((....((((......))))...))...((((..(((.(((..(((((((((.(((((((........)))))))...((((........)))).............((((((((((((.....)))))))).))))...........(((((.......((((.((...(((((.((......)).)))))..))))))..(..(((((((((....))))))))).((((((((........))))))))....).....)))))....)))))))))))).)))..)))).(((((.....)))))...((((((((((.......((((..(((..((((((....))))))..)))..))))......)))))))))).........((......))..(((((((........)))))))......................(((((((.......)))))))..)))))))....))..))))).........)).))))))...(((((((((((........((((((.((((......))))..)))))).........))))))))))).)))))))))))))).)))).)))))))))).......))))).......((((((((((((....))))))))).)))....(((.....)))..).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((.(((((.((((((((((......((((((((.(((((.((...((((.(((((.(((.................)))...)))))))))....)).....(((((.((((((.....)))))).)))))....))))).))))))))....))))))))))..(((((.(((((....((((((..((......((.(((((((.(((((.....)))))............((((((((.....)))))))).)))))))))..((.....))....))..))))))...)))))...)))))..((((((((((((((((..((((((..........))))))..)))..)))))))........(((((.((...((((((..((.((((.((..((((((....((((....))))..))))))..((((((((...((((.......)))).......((((((((((..((......))..))))))))))................))))))))...((((((.((((((((.((((..((((((.....))))))...............(((((((((((.....(((((........((((((((.((....)))))...))))).)))))..(((((..((((((.(((.....((((((((....((((((((((.....))))))))))(((((((...((((((((((..(((((((.((.((((((...)))))).)).)))))))..((((....))))....)))))))))).)))))))...((((((.((.......))...))))))..))))))))...)))......((((((..((((..(((((((((((((((((((((.....))))))))))..((....))...)))))))..(((...((((......))))..)))...((((..(((.(((..(((((((((...((((.((((.....((((((......))))))..............))))..((((((((((((.....)))))))).)))).)))).....(((((((......((((.((...(((((.((......)).)))))..)))))).(((((((((((((....))))))))).((((((((........))))))))..))))...)))))))...)))))))))))).)))..))))..))))...)))).))))))...))))))......((((((((....))))))))....)))))....(((((((((((((((.....))))))))...))))))).(((((((.....))))))).)))))))))))........)))).....(((((((.......)))))))....))))))))....)))))).........)).))))))......(((((((.(((((..(((((((.((((....(((((....(((((....))))).....)))))....))))))))))).))))).)))))))))))))...)).)))))........(((((((((....)))))))))))))))........)))))..))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((...)))))))))......((((((((..((((.....))))..)).)))))).(((((((((..((((((.((((...((((((((..........(((((((((((.(((((((((((((((((....))))))))))))...)).))).))))))))))))))))..))).((((((((((((((((((((((((((.(((((.....)))))............((((((((.....)))))))).))))))))...(((...))).(((((((((.((((((((.......)).))))))...((((((((((.(((((((..........))))))).)))..)))))))............)))))))))..(((.((.((((.....((((((.((.((((....))))))))))))..((((((((..(((.....(((((((((...((((((((.....))).........))))))))..)))))).......)))..))))))))...((((((.((((..(((...)))((((((.<<<<))))))((((((((.......))))))))((((.[[[....))))]]].......(((.((....)))))....(((((..(((.......((((((.(((((.....((((((((.....(((((((((.....)))))))))((((((((.(.((((((((((...((((((....(((((.....)))))....))))))...................)))))))))))))))))))..((((((...............))))))..))))))))...).))))))))))......)))..))))).....(((((((((((.....))))))))))).........((((((((((.((((...((((......))))..)))...((((..(((.(((..(((((((((.(((((((........)))))))...((((........)))).............((((((((((((.....)))))))).))))..........(((((((......((((.((...(((((............)))))..)))))).(((.(((((((((....))))))))).((((((((........))))))))...)))...)))))))...)))))))))))).)))..)))).(((((.....)))))...((((((((((.............((((.((((((....))))))).))).........{{{)))))))))).}}}...((((......))))(((((((........)))))))..................>>>>(((((((.......)))))))))))))))))).))))))))))............)))))))))(((((((((((.....(((((((((.((((......))))..)))))).))).....))))))))))).)))))))))))))).)))).))))))))))))))...))))).......((((((((((((....))))))))).)))....((((...)))).)))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((.(((((.((((((((((......((((((((.(((((.((...((((.(((((.(((.................)))...)))))))))....)).....(((((.((((((.....)))))).)))))....))))).))))))))....))))))))))..(((((.(((((....((((((..((......((.(((((((.(((((.....)))))............((((((((.....)))))))).)))))))))..((.....))....))..))))))...)))))...)))))..((((((((((((((((..((((((..........))))))..)))..)))))))........(((((.((...((((((..((.((((.((..((((((....((((....))))..))))))..((((((((...((((.......)))).......((((((((((..((......))..))))))))))................))))))))...((((((.((((((((.((((..((((((.....))))))...............(((((((((((.....(((((........((((((((.((....)))))...))))).)))))..(((((..((((((.(((.....((((((((....((((((((((.....))))))))))(((((((...((((((((((..(((((((.((.((((((...)))))).)).)))))))..((((....))))....)))))))))).)))))))...((((((.((.......))...))))))..))))))))...)))......((((((..((((..(((((((((((((((((((((.....))))))))))..((....))...)))))))..(((...((((......))))..)))...((((..(((.(((..(((((((((...((((.((((.....((((((......))))))..............))))..((((((((((((.....)))))))).)))).)))).....(((((((......((((.((...(((((.((......)).)))))..)))))).(((((((((((((....))))))))..((((((((........)))))))).)))))...)))))))...)))))))))))).)))..))))..))))...)))).))))))...))))))......((((((((....))))))))....)))))....(((((((((((((((.....))))))))...))))))).(((((((.....))))))).)))))))))))........)))).....(((((((.......)))))))....))))))))....)))))).........)).))))))......(((((((.(((((..(((((((.((((.(..(((((.(..(((((....)))))..)..)))))..).))))))))))).))))).)))))))))))))...)).)))))........(((((((((....)))))))))))))))........)))))..))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................(((..........................................(((((((((......((((((((((((....))))))))))))..........)))))))))...................((((((((((...........(((((.....)))))...........((((((((((((.................................((((((((..(((((((.......)).)))))....((((((((((..((((((..........))))))..)))..)))))))............))))))))...................((((((....((((....))))..))))))................................................................................................(((...................((((((.....)))))).............................................................................................(((......((((((((......((((((((.....)))))))).((((((((...((((((((((..(((((((..(.((((((...)))))).)..)))))))..(((......)))....)))))))))).))))))))..((((((..(........)...))))))..)))))))).....)))......................(((((((((((((((((.....))))))))))..((....))...)))))))..(((...((((......))))..)))...((((...((..((..((((((((.....(((................................................((((((((((((.....)))))))).)))).)))......(((((((......((((.((...(((((.((......)).)))))..)))))).((((.((((((((....))))))))..((((((((........))))))))..))))...)))))))....))))))))))..))...)))).......((((((......................((((((((....))))))))...............................................))))))...(((((((........)))))))..............................................................)))........................................................................))))))))))))........))))))))))...........................)))........(.(((((((((....)))))))))..)........................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((......))))))))..................(((((.........(((...(((.(((((......((((((((..(((((.((((...((((...(((((((...((((......(((((((((((....))))))))))))))).....)))))))...)))).....)))).....(((((((((((((((........(((((.....)))))..........((((((((((((((.((((..(((((....)))))...((((..(((((((((((((((((((......((........)).((((((((((..((((((..........))))))..)))..)))))))..............)))))))))))).((.((((.((..((((((....((((....))))..))))))..((((((((...((((.......)))).......((((((((((..((......))..))))))))))................))))))))...((((((....(((((((((((.((((((.....))))))..................((((((((..(((((....)))))))))))))..))).(((((.(((((((.(((..((((......((((((.((((......((((((((....((((((((((.....))))))))))(((((((...((((((((((.(((((((((............)))))))))..........((((....))))....)))))))))).)))))))...((((((...............))))))..)))))))).....))))))))))((((((((...(((((((((((((((((((((.....))))))))))..((....))...)))))))..(((...((((......))))..)))...((((..(((.(((..(((((((((...((((.((((.....((((((......))))))..............))))..((((((((((((.....)))))))).)))).)))).....(((((((......((((.((...(((((.((......)).)))))..)))))).(((((((((((((....))))))))).((((((((........))))))))..))))...)))))))...)))))))))))).)))..))))..)))).(((((((.....(((((......(((((((((((((....))))))))..)))))......)))))..((((((((.....)))))))).....)))))))...(((((((........)))))))..........)))))))).....)))).))).)))))..)).)))))))))))))....)))))).........)).))))))..............................)))))))..)))).....)))).))))))))))))))....))))))))))))))))))))...)))))))).......))))))))..)))..(((((((((....)))))))))..)))))....................