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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00813



RNA: CRW_00813
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ....(((((((......................................................))))))).(((..(((.............(((((((((((.................)))))))))))......)))...)))...(((...(((((......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))).....)))..(((((((....((.((((....((((......((((.........))))........((((((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((((......))))))....)))....).)))))))..))))...))))))(((...(((...((((((((..............................................................))))))))...)))..)))...[.[[[[[...)))))))(((....))).......]]]]]].((.(.((((....)))))(((((((......(((((.......)))))......))))))).((((((..........))))))........))..........................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.....((.((((.(((((..(((((..((((((.(((((.((((.((..........((((.....((((((((.(((((((.(((((((((((((.................))))))))))..(((.((((((((............)))))))).)))))).))))))))))))))).(((((((.((((.....)))).(((....(((((((((((((((((.(((.......))).))))..(((((..(((...(((.((((((...........)))))).(((((((((((((.((..(((((((...((((...((((..(((((.((((.......)))).)))))...((((((..........)))))).))))))))..)))))))...........((((....))))...))..((((((((....(((((...((((..((((((...))))))....))))...)))))....(((..((((((....))))))...))).))))))))..)))))))))............((((((...(((....((((((.........)))))).....((((....((((.((((....))))))))(((((.........)))))...)))).....)))))))))...))))....)))....)))...)))))....)))))).)))))))..)))....))))))).))))......)).))))..)))))....(((........)))....)))).))...)))))....))))).(((((((.....((...(((....(((((.....(((((..((((....((((((....))))))..((((((....((((........)))).....))))))..)))))))))...))))).(((((((.....((((((.......)))))).....)))))))...))).((((((((....)))))))).))..)))))))....))))))....))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((.......)))...........................................(((((.(((((((((.((((((((((((((...........)....))))))))))).(((.((((((((.(.........))))))))).))).)).))))))))))))))(((((.((......(((((..(((.....)))(((((.((((.(((....))).)))).))))).))))).............((.((((((...........)))))).))............)).....)))))...............(((((.((((.......)))).)))))...........................(((((....)))))..(((((((.......................((((((((....(((((...((((.((((((.......)))))).))))...)))))....(((..((((((....))))))...))).)))))))).......................................((((((.(.....).))))))...............((.((((....))))))(((((((.........))))))).........(((..(....)...)))..........(((((....)))))............((((((......))))))...................................))))))).................................(((((((.(....((((((.....))))))..).))))))).......((((((....))))))..((((((.........(((....)))......))))))......(((((....)))))(((((((.....((((((.......)))))).....))))))).((((((..........))))))....................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.((((....(((.(((((((.((...((((...........((.((((....................((.(((....((((((...(((.((((((((((.................))))))))))......((((((((............)))))))).(((((((((((.(.(((((.((((((((((.....((((..((((.....))))((((.((((.(........).)))).))))...))))......))))......((((((...........))))))..((((.......)))).....))))))))))).)..((...(((((.((((.......)))).))))).)).................(((((.......................)))))...........))))))))))).............(((((((((...(((((....((.......))....)))))...(((((...(((((....)))))((((...............)))).......)))))....((((((((.(((....((((((.........))))))..............(((.(((.....))).)))((((((.........)))))).....))).))))...)))).....((....))...((((((....))))))........)))))))))......)))...)))))).....))).))(((((.......(((....))))))))......)))).))..))))..............((((..............)))).)).))))))((((((((((....((((((....))))))..((((((.......(((((....)))).)...))))))..))))(((((....)))))(((((((...(.((((((.......)))))).)...)))))))(((((((..........))))))).........))))))..)..)))......))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((...........(((.......)))((((......(((((.((((.......................(((((.(((((((((.(((((((((((((((.........))....))))))))))).(((.((((((((.(((....)).))))))))).))).)).))))))))))))))(((((((((.(((.((((((.(((.....)))(((((.((((.(((....))).)))).))))))))))).............((.((((((...........)))))).)).....)))...))))....)))))..........((...(((((.((((.......)))).))))).))...........(((((..(.(((((((((....))))).)))).)..)))))(((....))).....(..((((((((....(((((...((((.((((((.......)))))).))))...)))))....(((..((((((....))))))...))).))))))))......)................................((((((.((...)).)))))).....((((......((.((((....))))))(((((((.........))))))).))))(((.(((.(((())))..)))..)))....((((((....))))))...........((((((......)))))).((((.......))))))))..))))).....)))).............((((((...................((((((((.(....(((((((...)))))))..).))))))))))))))((((((....))))))..((((((........((((....)))).....))))))......(((((....)))))(((((((.....((((((.......)))))).....)))))))(((((((..........)))))))((.........)).(......).......))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((...[[[)))(((.......))).]]]......(((((..................((((((....(((((((.(((((((...(((((((((((.................))))))))))).(((.((((((((............)))))))).)))....)))))))))))))).....((((.....((((((((((.....))))((((.((((.(((....))).)))).)))).))))))......))))...(((((((((...........))))))..[[[[)))....]]]].......(((.......[[[[))).(((((.((((.......)))).)))))..............]]]]..(((((..(((((....))))).[[[[[.))))).((((....)))).]]]]].((((((((....(((((...((((.((((((.....))))))...))))...)))))..[[[[[..((((((....)))))).......))))))))...((((...))))]]]]].....(((.....[[[[[..((((((.........))))))...))).......]]]]]((((....))))..(((((((.........)))))))......))))))((((.(((....)))...)))).((((((....))))))....(((....((((((......)))))).[[[[)))....]]]]......)))))..(((....)))..(((..[[[[)))....]]]].........(((.[[[[[[[)))....(((((((...))))))).....]]]]]]]......((((((....))))))..((((((...[[[.(((((....)))))....))))))...]]](((((....)))))(((((((.....((((((.......)))))).....)))))))(((((((.[[[......)))))))..]]].....(((...[[[...))).......]]]
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.((((.....((.((((.(((((.....(((((......(((((.((((.............((((((((((((.(((((((((..((..(((((((((((((.........)))....))))))))))..)).((((((((............)))))))).(((((((((((...(((((.((((((((((((((..(((.((((....((((((((((.((((.(((....))).)))).))))).)))..))....))))...((.((((((...........)))))).)).))).))))..))))....)))))))))))....((...(((((.((((.......)))).))))).))...(((...(.(((((....(((((((((....)))).)))))....))))))...)))..)))))))))))))))).....(((((...((((.(((((((...)))))))...))))...)))))..(((((((((.((((.(((((((.......))).))))..)))).))))....))))).......))))))))))...((((((.((...)).)))))).....((((.....(((.((((....))))))).(((((.........)))))...)))).)))))).(((.(((....)))...)))....((..(((.((......))))).)).((((((......)))))).((((.......))))))))..))))).....)))))(((((((..(((((((((.((((............))))((((((......(((((((...)))))))....))))))..)))))))))..)))...))))...((((((.......(((((....)))))....))))))......(((((....)))))(((((((.....((((((.......)))))).....)))))))..)))))((((((((....)))))))).......((.....))))))))....))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........(((............(((((......(((((.((((.........................................(((((((((((.................))))))))))).....((((((((............)))))))).(((((((((((...(((((.((((((((((((((.......((((.....))))((((.((((.(((....))).)))).)))).......................((((((...........))))))........))))..))))....)))))))))))....((...(((((.((((.......)))).))))).))...(((.....(((((....(((((((((....))))).))))....)))))....)))..)))))))))))(((((.....(((<<<<<((((.....[[..............))))...]]))).....((..((((((....))))))...))...))))).........................................((((((.........))))))..............(((.((((....)))))))((((((.........))))))...............((.(((....)))...))...((((((....))))))............>>>>>............................))))..))))).....)))))....((.....((((((.....................(((((((......((((((.....))))))....)))))))..)))))){{{{{))..}}}}}...((((((.......(((((....)))))....))))))......(((((....)))))(((((((.....((((((.......)))))).....)))))))(((((((..........)))))))....................)))......))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.((((.....((.((((.(((((....((((.((.....(((((.(((..............((((((.(((((.((((.(.........(((((((((((((.........)))....))))))))))..((.((((((((............)))))))).))(((((((((...(((((.((((((((((((((..(((.((((....((((((((((.((((.(((....))).)))).))))).)))..))....))))...((.((((((...........)))))).)).))).))))..))))....)))))))))))....((...(((((.((((.......)))).))))).))...(((....((((((....(((((((((....))))).))))....))))))...)))..)))))))))((((((((....(((((...((((.(((((((...)))))))...))))...)))))....(((..((((((....))))))...))).))))))))...((((...))))...........))))))))))....((((((.((...)).)))))).....((((.....(((.((((....))))))).(((((.........)))))...)))).)))))).(((.(((....)))...)))....((..(((.((......))))).)).((((((......)))))).((((.......)))).)))..)))))...(((........)).).............)).))))...)))))...((((........(((((((...)))))))..................((((((....))))))..((...........(((((....)))))........))......(((((....)))))(((((((.....((((((.......)))))).....))))))).......((((((((....))))))))......))))......))))))....))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.((((....(((..((((((........(((((.((((..(((((............(((......)))....((...(((((((((((..(((((((((.(((.(((((...((.((((..(((......(((.((((...((((((((((.((((((.(((((.((((((((...(((((.((((((((((((((..(((.((((....((((((((((.((((.(((....))).)))).))))).)))..))....))))...((.((((((...........)))))).)).))).))))..))))....)))))))))))....((...(((((.((((.......)))).))))).))...(((....((((((....(((((((((....))))).))))....))))))...)))..)))))))).((((((((....(((((...((((.((((((.....))))))...))))...)))))....(((..((((((....))))))...))).))))))))...((((...)))))))))....((((((...(((....((((((.((...)).)))))).....((((.........((((....))))..(((((((.........))))))).)))).....)))))))))....(((....)))....))))))))))))).....))).))))))).)))..))))))...((((.......))))..))))).((......)).))).))))))))).))))).))))))..))...))))).((((....)))).......))))))))).))))))(((((((..((...((((((....))))))..((((((.......(((((....)))))....))))))...((((((((....)))))(((((((.....((((((.......)))))).....)))))))..)))..((((((((....)))))))).))..))))))).....)))......))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.((((.((..((.((((.(((((.((.((((........(((((.((((.............((((((((((((.((((.((........(((((((((((((.........)))....)))))))))).....((((((((.(((....)).)))))))))...(((((((((...(((((.((((((((((((((..(((.((((.((...((((((((.((((.(((....))).)))).))))).)))......))))))......((((((...........))))))....))).))))..))))....))))))))))).........(((((.((((.(....))))).)))))....(.(((....((((((....(((((((((....))))).))))....))))))...)))).)))))))))((((((((....(((((...((((.(((((((...)))))))...))))...)))))....(((..((((((....))))))...))).))))))))...((((...))))..........))))))))))))...((((((.........)))))).....((((.....(((.((((....)))))))((((((.(......)))))))..)))).)))))).............................(((.((......)))))....((((((......)))))).((((.......))))))))..))))).((((((......))).)))..[[[[[.......)))))).))))).(((((((.......(((((((...))))))).............]]]]]((((((....))))))....((((...{{{.(((((....))))).{{{))))}}}..}}}(((((....)))))(((((((.....((((((.......)))))).....))))))).......((((((((....)))))))).....)))))))....))))))..))))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.((((.....((.((((.((((((..(((((.(.(.(((((.(((((....((....(((.((((((((((((((...(((((((((((..(((((((((.(((.(((((...(((.(((..(((((((..((((((.......((((((((.((((((.(((((.((((((((.(.(((((.((((((((((((((..(((.((((....((((((((((.((((.(((....))).)))).))))).)))..))....))))...((.((((((...........)))))).)).))).))))..))))....))))))))))).)..((...(((((.((((.......)))).))))).))...(((...(.(((((....(((((((((....)))).)))))....))))))...)))..)))))))).((((((((....(((((...((((.((((((.....))))))...))))...)))))....(((..((((((....))))))...))).))))))))...((((...)))))))))....((((((...(((....((((((.(.....).)))))).....((((.........((((....))))..(((((((.........))))))).)))).....)))))))))....(((....)))....)))))))))))))).))))))...)).)).)))..))))))...((((.......))))..))))).((......)).))).))))))))).))))).))))))....(((((..((((((....))))).)..)))))))))).....))))))).)))))....))..(((((((((((.(.((((((..(....(((((....))))).)..)))))))..((((((((....)))))......)))...)))))).....)))))..))))).)))))).)))))).((((((((....)))))))).....))).....)))))))))....))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((..(((((.(((((.((..)))))(((((((((((..((......).)..).(((......)))..((((((((.(..(((((((((((((...(((((......).))))(((..((...(((...........)))....)))))(((..))).)))))))))))))..)))))))))...)))).))))))).).)))))....(((.(((((.(((.((((....))).))).))))))).)).((........)).)))))((((((...))))))..(((((((((((((((((((((((((...(((......))).((((.((...).((((......).)))(((((((((....((..))..).)))))))))))))((((((((((..((((...((((((.(((..)))(((((((((((........).))))).(((((..(...((((((((((((....(((.....((((((...))..(((((((..))))))).(((((((....((((..))))..(((((........).))))..(((((((..(((((((((..))).)))))).............)))))))...(((.((((((((((......)))))((((...))))...))))..)))).....(((((..))))).((((((....))))))))))..))).)))).(((...))))))...)))))))))))).)))))))))))...((((((......))).)))))))))(((((((((((((.((((((((((((..)))))).)).)))).((((((..))))))..(((((........))))).))))))))))))).(.(.((((.((..(.............))).)))).))(........).(((((((((((((..((((((.(......)))))))..)))))))))))))))))..)))))))))).))))..))))))).))).)))))).)))))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.((((.....((.((((.((((((..(((((.(...(((((.(((((..........(((.((((((((((((((...(((((((((((..(((((((((.(((.........((..(((..((.(((..((..((((..((((...((((.........(((((.((((((((.(.(((((.((((((((((((((..(((.((((......((((((((.((((.(((....))).)))).))))).)))........))))...((.((((((...........)))))).)).))).))))..))))....))))))))))).)..((...(((((.((((.......)))).))))).))...(((.....(((((..(.(((((((((....)))).))))).)..)))))....)))..)))))))).((((((((....(((((...((((.((((((.....))))))...))))...)))))....(((..((((((....))))))...))).))))))))....((.....)).))))).....((((....(((....((((((.((...)).)))))).....(..((.......))..)...)))))))........))))....))))..))))..))..)))........((((((....)))..((((((....)))))).))).............))..))).))...((((.......))))...................))).))))))))).))))).)))))).......((..((((((....))))).)..))...))))).....))))))).)))))........(((((((((((...((((((.......(((((....)))))....))))))......(((((....)))))............)))))).....)))))..))))).)))))..)))))).((((((((....)))))))).....))).....)))))))))....))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.((((.....((.((((.((((((..(((((.....(((((.(((((..........(((.((((((((((((((...(((((((((((..(((((((((.(((.(((((...((.((((..((((((((((..((..((((............))))..)).(((((((((((...(((((.((((((((((((((..(((.((((....((((((((((.((((.(((....))).)))).))))).)))..))....))))...((.((((((...........)))))).)).))).))))..))))....)))))))))))....((...(((((.((((.......)))).))))).))...(((...(.(((((....((..(((((....)))).)..))....))))))...)))..)))))))))))((((((....(((((...((((.((((((.....))))))...))))...)))))....(((..((((((....))))))...))).))))))..))))).))..((((((.......((((((...(((....((((((.(.....).)))))).....((((.........((((....))))..(((((((.........))))))).)))).....)))))))))(((((((....)))..((((((....)))))).))))...))))))..)))..))))))...((((.......))))..))))).((......)).))).))))))))).))))).))))))....(((((..((((((....))))).)..)))))))))).....))))))).)))))........(((((((((((...((((((.......(..((....))..)....))))))...((((((((....)))))......)))...)))))).....)))))..))))).)))))...))))).((((((((....)))))))).....))).....)))))))))....))))))