CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00815



RNA: CRW_00815
Rfam family: -

UUUUUUUGGUGAACAGGAGCAUCACAAUAAAAAGCCCUCGUUAAAAAAAAAUCAGCGCCAGGUGUCGUUUGUGAUGAUACGCUGACAGAGUGCUGUUGUCUCUGUCCGUGUCUCGUCCCAAAGGGCAAAAGAUGGGAACCUUCCCGCCCUUGUCGCCAUGAUACACACUUGGCGCGCAGGCAGGCGGGAGCGAGCCCCCAUCAUACACUUCGAAAUUGUCGGGGAGUGCCCGUAAAGCUUUGACUACCGCGGUCCGCCGAGAGGUGAGGGCGAGCAAUCGUCCAGGACGCAGCAGUGUUACGUAGUGGUACACGGAUGGUAAAAACGUCAAAGAUAGGGUUGAUCCGCAGGGAAGCGCCAGUGCUCACGGCAAGAACGUGAGCAAAGGCGAACCUUCAGAGACUCUAAUGAAGUGGGCGCAAGCUUAAGGGAGAGUCCAAUCCACGGGGAGACCCGGUCCACAGGAGUAAGGGGGCGCUGCUCACCCCCAAGGACUGUGGAUGGAGACAGAGUGUUAGCACCUGCCUUCAGGUAGUCAAUGGCCAGCAGUUUUUUUUUUUUUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] .......((((............................................))))....(((((((((((((((((((((((((((.........)))))))))))))))))))))))))))....((((((....((((((((((((((((((((.......))))))).)))))..))))))))......))))))...(((((((....((.((((....((((.......(((((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((.((......))))))....)))....).))))))....))))...))))))(((...(((...((((((((.......))))))))...)))..)))...[.[[[[[...)))))))(((....))).......]]]]]].((.(.((((....)))))(((((((......(((((.........))))).....))))))).((((((((.(((....))))))))))).........))..........................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.....(((((........))))).........((((((...............(((((...((((.((((.(((((.((((.(((((((.((....))))))))).)))).))))).)))).))))...((((((..((((((((((((((((((((...........))))).)))))..)))))))).).)..))))))...(((((((.....(((..(((..((((......((((((((((((((...((((....)))).((((((....))))))....)))....((((.((......))))))....)))).....)))))))...))))...)))..((((...((((..((((((((.......))))))))..))))..))))....))).....))))))))))))..((((..(((....)))......((((....))))........))))..)))))).(((((.....(((..(((((....(((((.(((.(((....)))))).)))))..)))))..)))..)))))................)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((.........))))...((((((........((((((((((....((((.((((((((...))))))))..((((...(((((((((((((((((((.......((((...((((....((((((...(((((((((((((((((((...........))))).)))))..)))))))...))..)))))).....((((((.....)))))).(((((((.....((((((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((.((......))))))....)))).....))))))).(((((((..((...((((...((((..((((((((.......))))))))..))))..))))..)))))))))......)))))))..))))..)))).(((((..(((.((((....)))).......)))....(((((.........)))))..))))).))))))))))))).....)))))).((((....)))))))).)))).....)))))))))).)))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((.........))))..................((((((((.(.((((((.......((((.(((((.((((.(((((((.((....))))))))).)))).))))).))))((((....((((((....((((((((((((((((((.(.......).))))).)))))..))))))))......))))))...(.((((((.....)))))).).))))........(((((((((...(((((((....)))..((((((....)))))).))))..........................((((.......))))..............((.(.(((....((((..((((((((.......))))))))..))))..))).).))((((((....(....(((....)))).....)))))).......((((....))))((((((((......(((((.(.....).))))).....))))))))((((.(((.(((....)))))).)))).)))))))))))))..)).).))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((........)))))..................((((((((((....((((((((((.((((.(((((.((((.(((((((.........))))))).)))).))))).)))).)......((((((....((((((((.(((((((((.(.......).))))).))))...))))))))......))))))..((((((.(.......((((....((((......(((((((((((...(((((((....))...((((((....))))))...........(((((((...))))))).))))))))....).)))))))...))))...))))..(((...((((..((((((((.......))))))))..))))..))).....(((((...(.....((((....))))....).)))))...(((.((((....))))((((((((......(((((.........))))).....)))))))))))..).))))))..)))))).((....))........))).....))))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((.........)))).................(((((((((.(.(((((((((....((((.(((((.((((.(((((((.((....))))))))).)))).))))).))))((((....((((((..((((((((((((((((((((.(.......).))))).)))))..)))))))).).)..))))))..((.((((((.....)))))).)))))).....)))(((((((((((.(((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((...........)))).((((.......)))).......((((((.((.(.(((....((((..((((((((.......))))))))..))))..))).).))((((((....(....(((....)))).....)))))))))))).((((....))))((((((((......(((((.(.....).))))).....))))))))((((.(((.(((....)))))).)))).)))))))))))))..)).).))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.[[[[...))))..]]]]...........................(((((.....[[[[.[[[[.[[[[[.[[[[.[[[[[[[)))))....]]]]]]].]]]].]]]]].]]]].]]]]...((((((....((((((((((((((((((...........))))).)))))..))))))))......)))))).(((.((((((.....))))))[[[....)))..]]]..(((....[[[))).(((....)))..((((((....))))))..(((((....))))).]]].....(((...[[[[)))....]]]].......((((((......((((...((((..((((((((.......))))))))..))))..))))....((((((.......(((((....)))))....)))))))))))).((((....))))((((((((......(((((.[[[[[[..))))).....)))))))).....(((.(((....))))))......(((........)))]]]]]]................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((.((.............))))).))).(((((((((..((((((..((((.((((.(((((.((((.(((((((.((....))))))))).)))).))))).)))).))))...((((((....((((((((((((((((((...........))))).)))))..))))))))......)))))).(((.((((((.....)))))).)))............(((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((.((......)))))).((((.......)))).......(((((..((((.(((....((((..((((((((.......))))))))..))))..))).....((((((.......(((((....)))))....)))))).......))))..))))).((((((((......(((((.........))))).....))))))))((((.(((.(((....)))))).)))).)))))))).))))..)).))))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((.........)))).......................((....((((((.......((((.(((((.((((.(((((((.........))))))).)))).))))).)))).((.....((((((....((((((((((((((((((...........))))).)))))..))))))))......)))))).....((((((.....))))))....)).........(((((((((...(((((((....)))..((((((....)))))).))))......(((.............)))....................................((....((((..((((((((.......))))))))..))))..))......((((((.......(((((....)))))....)))))).......((((....))))((((((((......(((((.........))))).....))))))))((((.(((.(((....)))))).)))).)))))))))))))..))....)).............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((.((.............))))).))).((((((((...(((((...((((.((((.(((((.((((.(((((((.((....))))))))).)))).))))).)))).))))...((((((....((((((((((((((((((...........))))).)))))..))))))))......)))))).................((((.....)))).......((((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((.((......)))))).((((.......)))).......((((((.(((....)))..((((..((((((((.......))))))))..))))..........((((((.......(((((....)))))....)))))))))))).((((....)))).(((((((......(((((.........))))).....))))))).((((.(((.(((....)))))).)))).))))))))).)))..))..)))))))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((........))))).........((((((...{{{{{{{{{{{{{{{{(..((((((((...)))))))){{{{.....{{{{{{{{{{{{{{{{{{{.{{{{{((((....))))....((((((....((((((((((((((((((...........))))).)))))..))))))))......))))))...((((((...........)))))){{{{{....{{{{{{{{{{{...{{{{{.........)))))).......((((...)))).....(((((((...))))))).}}}}}}}}}.....}}}}}}}...((((((.........((((((((..((((((((.......))))))))..))))...))))...((((((.......(((((....)))))....))))))))))))}}}}}}}}}}.((((((..........((()}}}}}}.....)))...))))))}}}}}}}}}}}}}.....}}}}}}((((((..))))))........}}}}.}}}}}}}}}}........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((.....................((((((...............(((((...((((.((((.(((((.((((.(((((((.((....))))))))).)))).))))).)))).))))...((((((....((((((((((((((((((...........))))).)))))..))))))))......))))))...(((((((.....(((..(((..((((......((((((((((((((...((((....)))).((((((....))))))....)))....(((.(((......))))))....)))).....)))))))...))))...)))..((((...((((..((((((((.......))))))))..))))..))))....))).....))))))))))))..((((...(((........))).((((....))))........))))..))))))[[[[[))))).(((..(((((....(((((.(((.(((....)))))).)))))..)))))..)))...]]]]]................
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((.[[[[[[.[[))))....)))).]]]]].]]]((((((((((....((((..((((.((((.(((((.((((.(((((((.((....))))))))).)))).))))).)))).))))...((((((....((((((((((((((((((...........))))).)))))..))))))))......)))))).(((.........{{{.{{{{..)))}}}}}.}}...((((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((.(((...).)))))).((((.(....))))).......((((((.............((((..((((((((.......))))))))..))))...(((((..<<<<<<..)))))(((((....)))))....>>>>>>)))))).((((....))))((((((((......(((((.........))))).....))))))))((((.(((.(((....)))))).)))).))))))))))))).....))))))))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((.((.............))))).))).............)))))).((((.((((.(((((.((((.(((((((.((....))))))))).)))).))))).)))).))))...((((((..((((((((((((((((((((...........))))).)))))..)))))))).).)..)))))).........((((((((((((.....))))....(((((((((((((((((((.((....)).(.(((.(((((..(((((..(((((....))))).....((((.((...((((.......)))).......((((((....(.(((....((((..((((((((.......))))))))..))))..))).)...((((((..(....(((((....))))).)..)))))))))))).((((....))))))))))..........))))).))))).))).)..))))))))).(((((.(((.(((....)))))).)))))..))))))).)))..)))))))).............
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.(........)))))).))))).........(((((((((((.((((((((((((..........).)))))(((((((.(((..))))))))))((((.((((((((((((.(((((.((((((...(((((((((((((((((((...........))))).)))))..)))))))).)....)))))).))((((...............)))).....).))))))).(.(((..))).(((((..)))))))))))))))..)).((((..((.(........)))..)))).((((..)))).((.(((.......))).))(((((((...)).((.((((((((((((((.(....))))))))))))))).))(((((((......)))))))((((((((.((...)).).))))))))...((((((..))))))(((((((((....(((((...((..)))))))...)))))))))(((((.(((.((((..))))))).))))).....)))))))).).))))))))))))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(...............).....................(((.........(((.(((((.((((.(((((((.((....))))))))).)))).))))).))).((((....((((((....((((((((((((((((((...........))))).)))))..))))))))......)))))).....(..(((.....)))..)...))))..........(((........((.(((....)))..((((((....))))))..)).......(((.............)))..........................................((((..((((((((.......))))))))..))))..........((((((.......(((((....)))))....)))))).......((((....)))).............................................(((((.(((.(((....)))))).)))))....)))...))).......................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((...((.((.............)))))))..))))))).....(((((((((((..((((.(((((.((((.(((((((.((....))))))))).)))).))))).)))).(((..(((.(((((....)))))..)))...))).......)))))))))))((.(((.((.(((((((.((((((......(((((((.....(((..(((..((((......((((((((((((((...((((....)))).((((((....))))))....)))....((((.((......))))))....)))).....)))))))...))))...)))..((((...((((..((((((((.......))))))))..))))..))))....))).....))))))).((....))....(((....)))......((((....))))..............))))))..))))).)).))...(((((....(((((.(((.(((....)))))).)))))..)))))....))).))...................