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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00816



RNA: CRW_00816
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((..(((((((...(((.(((.((((.((.....))))))))).)))...(((....((.....))....))))))))))..(((((........)))))......((((((.(((.((((((((..(((....))).)))).)))))))......))))))...))))..))))....((((.....))))...((((..(((((((((((((((..(.((((((((((((((....))))))..(((((....((((((......))))))........................(((.....)))........))))).....((((..((((((((......((((.((((....)))).....((((((.......(((((....)))))...)))))).......((((....))))))))......))))))))...)))).))))))))).))))))))).((((((((((....))))))))))..)))))).)))).....................)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((...((((....))))........((.((((((.......(((((.............((((...(((.((((((((........))))))))...((((((....(((((((....))))))).....))))))..))).....((((((................)).)))).....))))....(((((((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((((......))))))....)))).....))))))))...)))))..((((((((....(((((....((((...((((((....))))))...((((....))))))))..(((((...))))).)))))...(((((((.((((....(((.((((....)))).(((...))).......)))....)))).))).))))..))))))))(((((((((....)))))))))..)))))).))))))).)))))..............
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((((..............................................................))))))((((((((........))))))))...((((((....(((((((((.((((....))).)))..)))))))......)))))).................((((.....))))...((((..(((((((((((((((....((((((((((((((....))))).....(((....)))(((......)))....((((.......))))...((((..(((((..((((........((((..(((((.((((.......))))..)))))..))))...........((((((....((((........))))....)))))).......))))..))))).)))).....................)))))))))..)))))))...((((((((((....)))))))))))))))))).))))......................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((..(((((((.......(((.((((..........))))))).......(((.................))))))))))......((((.......((((.....((((((....(((((((....)))))).)....)))))))))).....)))))))))..((((((....((..((((....((((......((((((((((((......((((....)))).((((((....))))))...........((((((......))))))....)))....).))))))))....))))...))))..))........((.((((.(..(((((.....)))))....((((....))))..).)))).))...))))))(((....)))..................((((....))))((((((((......(((((..........))))).....))))))))(((((((((....))))))))).(((.......)))......................
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((..(((.....))).........((......)).......(((.................)))))))))((((((((........))))))))...((((((...((((((((((.((((....))).)))..)))))))....).)))))).....))))......(.((((.....))))...((((..(((((((((((((((.(..((((((((((((((....)))))....((((....))))(((((....))))).((((.......))))...((((..(((((..((((..((((((((((..(((((.((((.......))))..)))))..))))...))))....((((((..(.((((........)))).)..))))))....)).))))..))))).)))).....................)))))))))).)))))))...((((((((((....)))))))))))))))))).))))..)...................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((.[[[....)))(((.((((..........))))))).......]]]................(((((.....((((((((........))))))))...((((((.(((.((((((((..(((....))).)))).)))))))......)))))).......[[[....)))))(((....))).]]]((((..(((((((((((((((....((((((((((((((((....)))).((((((....((((((......)))))).((((.......))))...((((........))))..............))))))))).((((((((......((((.((((....)))).....((((((.......(((((....)))))...)))))).......((((....))))))))......)))))))).......)))))))))..)))))))...((((((((((....)))))))))))))))))).))))......................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((((((....(((.(((.((((.((.....))))))))).)))...(((....((.....))....))).)))).((((((((........))))))))...((((((.(((.((((.(((..(((....)))..))).)))))))......))))))....))))).(((.(((((((.....))))...((((..((((((((...((((.((.....(((((((((.(((..((((...(((((....((((((......)))))).((((.......))))....(((....)))..(((....))).)))))))))..)))))))).))))...)).)))).((((....)))).....((((((.......(((((....)))))...)))))).......((((....)))).(((((((......(((((..........))))).....))))))).(((((((((....))))))))).)))))))).)))).))).)))..............
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((.......(((...................))).......(((.................))))))))))(((((((........)))))))....((((((.....((((((((..(((....))).)))).)))).........)))))).................((((.....))))...((((..(((((((((((((((....((((((((((((((....)))))............((((((......))))))............................((..............((((..((((....((.......)).....))))..))))...........((((((.......(((((....)))))...)))))).......[[[[..))]]]].........................)))))))))..)))))))...((((((((((....)))))))))))))))))).))))......................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((((....(((.(((.((((.((.....))))))))).)))...(((....((.....))....))).)))))((((((((........))))))))...((((((.(((.((((.(((..(((....)))..))).)))))))......)))))).....))))).......((((.....))))...((((..(((((((((((((((....((((((((((((((....))))))..(((((....((((((......)))))).((((.......))))....(((....)))..(((....))).)))))..(((((.((((.......))))..)))))..((....))(((.....(((((..((((.(((((....))))).(((........))).((((....)))).))))..)))))......))).....))))))))..))))))))..((((((((((....)))))))))).))))))).))))......................
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((((((...(((((..))))).......(((....))).......(((.................)))))))).((((((((........))))))))...((((((....((((((.....((((..)))).[[[[[[))))))......))))))....)))))).......((((.....))))...((((..(((((((((((((((....((((((((((((((((....))))..(((((....((((((......)))))).((((.......))))...((((........))))........))))).......))).((((((((]]]]]]((((.((((....)))).....((((((.......(((((....)))))...)))))).......((((....))))))))......)))))))).......)))))))))..))))))))).((((((((((....))))))))))..)))))).))))......................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((..(((((((...(((.(((.((((.((.....))))))))).)))...(((....((.....))....))))))))))(((((((........)))))))....((((((.(((.((((((((..(((....))).)))).)))))))......))))))...))))..))))....((((.....))))...((((..(((((((((((((((....((((((((((((((....))))))..(((((....((((((......)))))).((((.......))))...((((........))))........))))).....((((..((((((((......((((.((((....)))).....((((((.......(((((....)))))...)))))).......((((....))))))))......))))))))...)))).))))))))..))))))))).((((((((((....))))))))))..)))))).))))......................
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((((((...(((.(((.((((.((.....))))))))).)))...(((.................)))))))))((((((((........))))))))...((((((.(((.((((.(((..(((....)))..))).)))))))......)))))).....)))))(((.(((((((.....))))...((((..(((((((((((((((..(.((((((((((((((....))))))..(((((..(.((((((......)))))))((((.(....)))))....(((....)))..(((....))).)))))..(((((.(((([[[[[..))))..)))))..........(((.....(((((..((((.(((((....))))).(((........))).((((....)))).))))..)))))]]]]].))).....))))))))).))))))))..((((((((((....)))))))))).))))))).)))).))).)))..............
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((..(((((((...(((.(((.((((.((.....))))))))).)))...(((....((.....))....))))))))))(((((((........)))))))....((((((.(((.((((((((..(((....))).)))).)))))))......))))))...))))..))))....((((.....))))...((((..(((((((((((((((..(.((((((((((((((....))))))..(((((....((((((......)))))).((((.......))))...((((........))))........))))).....((((..((((((((.(..(.((((.((((....)))).....((((((.......(((((....)))))...)))))).......((((....)))))))).)..).))))))))...)))).))))))))).))))))))).((((((((((....))))))))))..)))))).))))......................
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((........)).(((((((..((.(((((....))))).))..((.(((..(((((((((...))))))))))).)))).))))))...((..))(((((((((((((((((((((((..(((.((((((((.(((((..))))))))).))))))).....((((..((.............))..))))).))))..(((((((.((((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).((((((.((.(((((........)))))((.(((((..(((........)))..)))))..))((........))))))))))..((.((((((..(......)))))))))((((((((..(..((((..(((((((((((..)))))))(((........)))((((((..))))))))))..))))...)..))))).))))))))))))))))))))...((((((((((....)))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((...((((((...(((.(((.((((.((.....))))))))).)))...(((....((.....))....))))))))).(((((((........)))))))....((((((.(((.((((((((..(((....))).)))).)))))))......))))))...)))........(((((((.....))))...((((..(((((((((((((((..(.((((((((((((((....))))))..(((((....((((((......)))))).((((.......))))...........................)))))......(((...................................................(((((....)))))................((((....)))).....................)))..))))))))).))))))))).((((((((((....))))))))))..)))))).)))).)))..................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((..(((((((...(((.(((.((((.((.....))))))))).)))...(((....((.....))....))))))))))(((((((........)))))))....((((((.(((.((((((((..(((....))).)))).)))))))......))))))...))))..))))....((((.....))))...((((..(((((((((((((((..(.((((((((((((((....))))))..(((((....((((((......)))))).((((.......))))........(((.....)))........))))).....((((..((((((((......((((.((((....)))).....((((((.......(((((....)))))...)))))).......((((....))))))))......))))))))...)))).))))))))).))))))))).((((((((((....))))))))))..)))))).))))......................