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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00849



RNA: CRW_00849
Rfam family: SSU_rRNA_bacteria

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ....(((((...<<<.))))).((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..((((((((......)))))))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((((((..((......)).)))))))......((((((((((........)))))))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)))))))))..((((((....)))))).[.((((((((.......)))))))..])..(((((((((....{{{{.....{{.)))}}.......}}}})))))).))))))))))..........(((((...a.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........aaaaaa..((((((((((((((.....))))))))))))))...aa..))AA.....AAAAAAA))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((...((((.(......(((((((.......)))))))...)..))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((((((....)))))))))....)))))))..((((((((....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((...((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.....(((.(((((.(((...((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..)).(((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.(.....(((..((((......)))).))).....).)))))..))))...)))...((((((((..........(((...((((....))))..))).(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))....((((..(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..)))))..((((......((((((((((((...(((((.((((((((...((((.(((((.((....)).))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).))))))))).......((((.((((.((..((((((((((.....))))))))))..))........(((((((..((((((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))...)))))))....((((......))))...((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).)))))))..))))...((((.(((((..(((.....)))..)).)))..(((((.(((.((((((.........((.((((......))))))))))))....(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....)))))))..))).)).))).))))).)))).)))))))))...)))..)))).))).....)))).....(((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....)))))))....))))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))).......((((.(((..(((((((((((((..(((((((..((....))..)))))))..)))))))))))))..))).)))).....))))...))).((((((((....)))))))).)))))))).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.......))))))((((((((((..((((((((.(((..(((.(((((((.....)))))))))).....)))...((((.(((((((......(((((((..((...(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).)))))))..)))))))))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((.((((((((....))))....))))..((((((.((.......))))))))))))....)))).((((((((..........(((...((((....))))..))).(((.(((((...((((((....)))))).((((((((((.......))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))).......))).)))))..)))))))))).(((((((((((.....(((((((((..(((((((((((..(((((((.((....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))).))..)))))...((...(((((......((((((((((((...(((((.((((((((...((((.(((((..........))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((......((((.........))))...))))))))).......((((.((((.(((((((((((((((...))))))))))))))).......)))).....((((((((((((.......(((((....)))))..((((((((((((..((((..((((.((((.....))))..((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).(((((((((.....((..((((.((........)).))))..))...)))))))))...))))...))))...)).)))).)))))))))))...........(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).....)))))....)))))))..)))))))))...)))..))))).)).....))))....((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))))...))))))))((((((........))))))......)))))..........((((((((.......)))))))).....))))))))))))........)))))))..))))...))).)))))))).((((((((((((((((((....)))))))))))..(((((((((((.....)))))))))))..........((((((((((....))))))))))..)))))))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.......))))))...........(((((((((...................(((((((((......)))))))))................................(((((((......................................................................................................))))))).............................................................((((((((....))))...))))...((((((............))))))((((....))))........................(((((....)))))......))))))))).................................................((((((...................................)))))).........................................(((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).............((((((((((((((...))))............................................))))))))))...........................(((((((((......((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))........................................((((((((..............................(((((((...((((........(((...)))..................))))..........................................((((......))))..................((((((((.....((((((((....))))))))....)))))))).....(((((....))))).......................................)))))))......))))))))....((((((((...............((((....))))................))))))))..........(((((((........)))))))....................(((((((((.....)))))))))..............................................................................................................................((((((((((....)))))))))).........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.......))))).((((((((((.((((((..(((....(((......((...((...((((....))))...)).))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((((.......)))))))))....................................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((((....)))))).....(((((.........))))).......(((((......(.((((((((.(......))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((.....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(.(((((..(((((((.......)))))))...))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((............)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((...((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..((....))...)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))..........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.......))))).((((((((((.((((((...(.....(((......(((..((.((((((....)))))).)))))................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((((.......)))))))))...................................))))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((((....))))))..((.(((((.........))))).))....(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((.....((((((..(((((((((.....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))...))))))))..((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..(((............)))))....)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))....).)))))))).....(((((((....((((..(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..(((((((.((((....(.((((..((....))...)))).)...)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))..........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.......))))))((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.((((((.......(((((((..((((((((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))...(((((((((((.......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))((((((.(....)))))))((((..((((((((.(....)))))))))))))......))))))))))))).........(((((..((.((((.(((.(.......).))))))).)))))))(((((((((.......((((.....((((....))))..))))(((.(((((...((((((....)))))).((((((((((.......))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))..........(((((....(((((....(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).)))))))....)))))...(((.((((((((...((((......))))...).))))))).))).(((((.((....)).)))))........(((((.........)))))..(((((((((.(((...(((.........)))))).))))))))).........((((((..(((((((((((((((...)))))))))))))))................))))))........((((.(((((....)))))..)))).........(((((.(((((................(((((((((.......))......(((((.......))))).....))))))).(((((((((.((......((((.((........)).))))....)).)))))))))...((((((..((........((((......))))))))))))....(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).....)))))......(..........)..............................(..((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))))..)..((((((((((((........)))))))..........))))).....(((((((((.....)))))))))............))))).........)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.......))))).((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..((((((((......)))))))))))...((((((.......(((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((((((((.......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))))))(((.((......)).)))...((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((....))))))..(((((((((.......)))))))))....((((((.......((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......((((((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))..(((.(((.....(((((((((..((((((.((..((((......))))....))))))))..)).......((....)).)))))))....))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...((....)).....)))))))))))))((.....((((....))))....)).........(((((.(((((((..((..((((((.((((((((((....(.((........)).)........(((((((...((((((......(((.(((.......))).)))...)).))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((((((....)))))))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....((((((((...(((....)))...)).)))))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.......))))))((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.((((((.((..(.(((((((..((((((((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))...(((((((((((.......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))((((((.((()))))))))((((..((((((((.(....)))))))))))))......))))))))))))).).))....(((((..((.((((.(((.(.......).))))))).)))))))(((((((((.......((((....(((((....))))).))))(((.(((((...((((((....)))))).((((((((((.......))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..)))))))))).......(..(((((....(((((....(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).)))))))....))))).).(((.((((((((.(.((((......))))..)).))))))).))).(((((.((....)).)))))........(((((.........)))))..(((((((((.(((...(((.........)))))).))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...))))))))))))))).(.((....)))...)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....(((((..........((((((((((((((((((((((.....)))((....(((((.......)))))...))))))))).(((((((((.((..((..((((.((........)).))))..)))).)))))))))...((((((..((........((((......))))))))))))(.(.(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).....))))).).)((((........))))......(((.............)))))((..((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))))..)).((((((((((((........)))))))..........))))).....(((((((((.....)))))))))..........))))))))))......)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))).........
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((.(((((.......((((((((((..(((((((((((...)))...........((((((((......)))))))).((((.(((((((......((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))))))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....)))).((((((((....))))...))))....(((((.((......)).))))).((((....)))).((((((((..........(((..(((((....))))).))).(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))).......)).))))))..)))))))))).......((.(((((....(((((....(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).)))))))....))))))).(((.((((((((..((((......))))....)).)))))).))).(((((.((....)).))))).......((.((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...((((((((...(((.(((.(((.(((..((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).(((((((((.((..((..((((.((........)).))))..)))).)))))))))))).))).))).))).....))))))))...(..((.....))..).(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).....))))).....((......))..)))))...)))..))))..))..((((((.....((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....)))))))).....((((.(((((((........)))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....))))))))).......)))).((.....)).......))))).).((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))))..
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(.(.((((((...((.((((((((((.((((((..(((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..))))))...........(((.......))).............((........................)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).)))))).).....(((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((((....))))))..((((((((.........))))))...)).(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))).).((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.(((.((((((..((((((((((....((((........))))....(...(((((((.(...((.(((((..(((((((.......)))))))...))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((....(....)....))))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).))))))))((...(((((((....((((...((..((((....))))..))....))))....)))))))...))((((..(((((((.(.....)))))))).....)))).)))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((....))...))))))...))))).))))))..))).))))...))..).)...(.(((((((((....)))))))))((....)).)
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.......))))).((((((((((.((((((..(((....(((.(((..(.((.(((((((((....)))))))))..))..)..(((.......(((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....(((...(((.......)))...))).......((........................)).)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).......(.((((...((((....))))).))))))).))))))..((((((....)))))).(((((((((.........)))))))))...(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))....((..(((((((((((((..((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))...)))))))).(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((.((((..(((............)))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..(((..((((....))))..)))...))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..((....))...))))))...))))))))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((..(((.((((((((((.((((((..(((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..))))))...........(((.......))).............((........................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).)))))).).....(((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((((....))))))..((((((((.........))))))...)).(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((..((.((((((..((((((((((((..((((........))))))..(...(((((((.(...((.(((((..(((((((.......)))))))...))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...).(((.(((((((.(.((..((..............)))).)..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((...((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((....))...))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))...(.(((((((((....)))))))))((....)).)
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.......))))).((((((((((.((((((..(((.(..(((.(((..((((.(((((((((....)))))))))..))).)..(((.......(((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....(((...(((.......)))...))).......((........................)).)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((((....)))))).(((((((((.........)))))))))...(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))....((..(((((((((((((..((.((((((..((((((((((....((((........))))(...)...(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))...)))))))).(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....((((..(((((((.((((..(((............)))))))..)))))))..((.(((((....))))).))...).)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..(((..((((....))))..)))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..((....))...))))))...))))))))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((.((((((.(((...((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.((....(((..((((......)))).)))...))..)))))..))))....)))).((((((((..........(((...((((....))))..))).(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))....((((..(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..))))).(((((......((((((((((((...(((((.((((((((...((((.(((((.((....)).))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).))))))))).......((((.((((.((..((((((((((.....))))))))))..))........(((((((..((((((.(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....))))))....((((......))))...((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).)))))))..))))...((((.(((((..(((.....)))..)).)))..(((((.(((.((((((.........((.((((......))))))))))))....(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....)))))))..))).)).))).))))).)))).)))))))))...)))..))))).)).....)))).....(((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....)))))))....))))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))))......((((.(((..(((((((((..((..(((((((..((....))..)))))))..))..)))))))))..))).)))).....))))...))).((((((((....)))))))).))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((([[.[[[[[[....)))((((((((((..(((((((((((...)))..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((((((...((((.(((((((.((((((((.((((((....)))))).).))))))).(.(((((((((.((.(...)))))))))))))....((((((((((........)))))))))).))))))).)))))))))).(((...((((..((((((((.(....))))))))))))).....)))......((((....))))..........((((((............))))))((((....)))).(((((((((((...))).(((..(((((....))))).))).(((.(((((.(.((((((....)))))))(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))).......)).))))))..)))))))))).......((.(((((....(((((....(((((((((((.(((((((((.(....((((((.....))))))...))))))))))..))))))))).)))))))....))))))).(((.((((((((.(((((......))))...))).)))))).))).(((((..........))))).......(((((((..(((..((((((..(((((((((.(((...(((((...)).))).))).))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((((((...(((.(((.(((.(((..((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).(((((((((.........((((.((.(.....))).)))).......)))))))))))).))).))).))).....)))))))))...................((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).)))))))).....(((((....)))))........)))).................))))))...)))..))))).)).(((((((.....((((((((..((.((((((((..((((....))))..)).))))))))...)))))))).....((((((((((((.((...)))))))))......(((....)))....(((((((((.....)))))))))......)))))(((.....)))......))))).))((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))]]]]]]]]..
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.......))))).((((((((((.((((((.........(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).............(((.......)))..........................................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(((((....))))).)))))...))))))..((((((....)))))).....(((((.........))))).......(((((........((((((((.((....)))))...))))).))))).)))))))))).((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((.....((.(((((...((((((.......))))))....))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((............)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((...((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((.............)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....)))))
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.......((((.((((((((((.((((((...((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).......(((((((.......)))))))......................................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((((....)))))).....(((((.........))))).......(((((........((((((((.((....)))))...))))).))))).)))))))))).......(..((((......((((.(.(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).))))))....((..(((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....(((...((...))...))).....(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))...)))))))).(((.(((....((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((((.(((((((...((..(((............)))))....)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))....)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((...((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(.....)....)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((.(((((.(((...((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.(.....(((..((((......)))).))).....).)))))..))))....)))).((((((((..........(((...((((....))))..))).(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))....((((..(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..))))).(((((......((((((((((((...(((((.((((((((...((((.(((((.((....)).))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).))))))))).......((((.((((.((..((((((((((.....))))))))))..)).......)))).....(((((((((((((.((((.(((((....)))))..)))).......(((((((((.(.(((.(((.(((.(((..((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).)))))))..(((((((.(((....).)).(((((..(((.....)))..)).))).))))))).))).))).))).)))...).))))))))).)))))).........(.(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).....))))).)..)))))))..)))))))))...)))..)))).))).....)))).....(((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....)))))))....))))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))))......((((.(((..(((((((((((((..(((((((..((....))..)))))))..)))))))))))))..))).)))).....))))...))).((((((((....)))))))).))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((..........................................................................................(..(.....(.((.........(.(....).)...........(.((.....(.((....((...(.(.((.....(...(((...))).)..........((.........))....(..........)..))..).)..))..)).)..(((.(..(((...(((((((.......))))))).)))...)..)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......)))))))....))...)....))...)...).......((((....(((....))).).)))....)........((......................))..(.............)....(((((......((.((((.((.((....))))....))))))))))).).).....................(.....((((...(((((((((((.(.(((.((((......((((((.....))))))....).))))))...))))))))...((((((.....(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))....))).)))..))))...))))....).((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((((.(((((.......))))).)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...((.(((((((........((((((..(((((((((.(...(.((........)).).).)).(.(((((((.................................................((.((((..(((((..((...((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((....(..................).......)))))))..((.(((((....))))).....)).)))).)..))...)))))...))))))....)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((...((..((((....))))..))....))).....)))))))...))(.....(((((((........)))))))........).)))))).((.(((((((.........)))))))....))........)))............)))).))((((..(...((((((..((((.(....(((....(..(.)...).))).)...))))..))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....)))))))))..........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((..(((.........................................................................(..((....(.(.(.......................).....(((......(.((....((...(.(.((...(.(....(......).)...).........(....)..............(....)...)).).)..))..)).)..(((.(..(((...(((((((.......))))))).)))....).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......)).)))))....)..))......)...)..)).......((((....(((....))).).)))....)..)))...(((((.....).))))..((((((((.........))))))))....(((((......((.((((.((.((....))))....))))))))))).).......................(.....((((...(((((((((((..(((((.(((......((((((.....))))))....)))).))))...)))))))...((((((.....(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))....))).)))..))))...))))....).((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((..........((.........)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...((((((((((((......((((((..(((((((((.((....((........))..)).)).(.(((((((..............(((................(..)...)))......((.((((..(((((..((...((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((..(((...((............)).)))...)))))))..((.(((((....))))).....)).)))).)..))...)))))...))))))....)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((...((..((((....))))..))....))).....)))))))...))(.....(((((((........)))))))........).)))))).((.(((((((.........)))))))....))......)))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((...(........)..))).)...))))..))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....)))))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((.(((((.(((...((((((((((..((((((.....................(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.......(.(..(((........))).).).......)))))..))))....)))).((((((((................((((....))))......(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.(......))))))))))....))))))))..)))))))))))))))))))..........))))))..))))))))))..........(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..))))).(((((......((((((((((((...(((((.((((((((...((((.(((((.((....)).))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).))))))))).................((..(((((((((((...)))))))))))..))...((....))............(((((..((((.(((((....)))))..)))).......(((((((((...(((.(((.(((.(((..((((((((((...((....))...(((((.......))))).))).)))))))..(((((((((((....).))..((((..(((.....)))..)).)).)))))))).))).))).))).))).....)))))))))..)))))...........(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..(..(((((....)))))..).....))))).................)))))...)))..))))).)).....))))....((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))))...))))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))))......((((.(((..(((((((((((((..(((((((..((....))..)))))))..)))))))))))))..))).))))............)))(((((((((....)))))))))))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((.((((((.(((...((((((((((..((((((..((....(((..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.((....(((..((((......)))).)))...))..)))))..))))....)))).((((((((..........(((...((((....))))..))).(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))....((((..(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..))))).(((((......((((((((((((...(((((.(((((((....((((.((((..((....))..)))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((..((...(((........))).))..))))))))).......((((.((((.((..((((((((((.....))))))))))..))........(((((((..((((((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))...)))))))....((((......))))...((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).)))))))..))))...((((.(((((..(((.....)))..)).)))..(((((.(((.((((((.........((.((((......))))))))))))....(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....)))))))..))).)).))).))))).)))).)))))))))...)))..)))).))).....)))).....(((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))).....)))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))))......((((.(((..(((((((((..((..(((((((..((....))..)))))))..))..)))))))))..))).)))).....))))...))).((((((((....)))))))).))))))))..