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AAAUCCGGUUGAUCCUGCCGGACCCGACCGCUAUCGGGGUGGGGCUAAGCCAUGGGAGUCGUACGCUCCCGGGCAAGGGAGCGUGGCGGACGGCUGAGUAACACGUGGCUAACCUACCCUGAGGAGGGAGAUAACCCCGGGAAACUGGGGAUAAUCUCCCAUAGGCGAGGAGUCCUGGAACGGUUCCUCGCUGAAAGGCUCAUGGGCUAUUCCCCGCUCAUGAGCGCCUCAGGAUGGGGCUGCGGCCCAUCAGGUAGUUGGGGGGGUAAGGGCCCCCCAAGCCUAUAACGGGUAGGGGCCGUGAGAGCGGGAGCCCCCAGUUGGGCACUGAGACAAGGGCCCAGGCCCUACGGGGCGCACCAGGCGCGAAACGUCCCCAAUGCGCGGAAGCGUGAGGGCGCCACCCCGAGUGCUCCCGUAAGGGAGCUUUUCCCCGCUCUACAAAGGCGGGGGAAUAAGCGGGGGGCAAGUCUGGUGUCAGCCGCCGCGGUAAUACCAGCCCCGCGAGUGGUCGGGACUCUUACUGGGCCUAAAGCGCCCGUAGCCGGCCCGACAAGUCACUCCUUAAAGACCCCGGCUCAACCGGGGGAAUGGGGGUGAUACUGUCGGGCUAGGGGGCGGGAGAGGCCAGCGGUACUCCCGGAGUAGGGGCGAAAUCCUCAGAUCUCGGGAGGACCACCAGUGGCGAAAGCGGCUGGCUAGAACGCGCCCGACGGUGAGGGGCGAAAGCCGGGGCAGCAAAAGGGAUUAGAUACCCCUGUAGUCCCGGCUGUAAACAAUGCAGGCUAGGUGUCACAUGGGCUUAGAGCCCAUGUGGUGCCGCAGGGAAGCCGUUAAGCCUGCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGACUGAAACUUAAAGGAAUUGGCGGGGGAGCACCACAAGGGGUGGAACCUGCGGCUCAAUUGGAGUCAACGCCUGGAAUCUUACUAGGGGAGACCGCAGGAUGACGGCCAGGCUAACGACCUUGCCUGACUCGCGGAGAGGAGGUGCAUGGCCGUCGCCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCCCACCACUAGUUGGUAUCCUGGUCUCCGGGCCGGGACCACACUAGUGGGACUGCCGGCGUAAGCCGGAGGAGGGAGGGGGCCACGGCAGGUCAGCAUGCCCCGAAACCCCUGGGCCGCACGCGGGUUACAAUGGCAGGGACAGCGGGAUUCCGACCCCGAAAGGGGAAGGUAAUCCCUUAAACCCUGCCGCAGUUGGGAUCGAGGGCUGAAACUCGCCCUCGUGAACGAGGAAUCCCUAGUAACCGCAGAUCAACAAUCUGCGGUGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACACACCGCCCGUCGCUCCACCCGAGUAGGAGAGGGGUGAGGCCCCUUGCCUUUGGGUGGGGGGUCGAGCUUCUCUCCUGCAAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUCACCUC |
Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....(((.(((((.(((...((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..)).(((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.(.....(((..((((......)))).))).....).)))))..))))...)))...((((((((..........(((...((((....))))..))).(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))....((((..(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..)))))..((((......((((((((((((...(((((.((((((((...((((.(((((.((....)).))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).))))))))).......((((.((((.((..((((((((((.....))))))))))..))........(((((((..((((((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))...)))))))....((((......))))...((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).)))))))..))))...((((.(((((..(((.....)))..)).)))..(((((.(((.((((((.........((.((((......))))))))))))....(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....)))))))..))).)).))).))))).)))).)))))))))...)))..)))).))).....)))).....(((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....)))))))....))))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))).......((((.(((..(((((((((((((..(((((((..((....))..)))))))..)))))))))))))..))).)))).....))))...))).((((((((....)))))))).)))))))).) |
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.......))))))((((((((((..((((((((.(((..(((.(((((((.....)))))))))).....)))...((((.(((((((......(((((((..((...(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).)))))))..)))))))))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((.((((((((....))))....))))..((((((.((.......))))))))))))....)))).((((((((..........(((...((((....))))..))).(((.(((((...((((((....)))))).((((((((((.......))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))).......))).)))))..)))))))))).(((((((((((.....(((((((((..(((((((((((..(((((((.((....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))).))..)))))...((...(((((......((((((((((((...(((((.((((((((...((((.(((((..........))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((......((((.........))))...))))))))).......((((.((((.(((((((((((((((...))))))))))))))).......)))).....((((((((((((.......(((((....)))))..((((((((((((..((((..((((.((((.....))))..((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).(((((((((.....((..((((.((........)).))))..))...)))))))))...))))...))))...)).)))).)))))))))))...........(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).....)))))....)))))))..)))))))))...)))..))))).)).....))))....((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))))...))))))))((((((........))))))......)))))..........((((((((.......)))))))).....))))))))))))........)))))))..))))...))).)))))))).((((((((((((((((((....)))))))))))..(((((((((((.....)))))))))))..........((((((((((....))))))))))..))))))) |
Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.......))))))...........(((((((((...................(((((((((......)))))))))................................(((((((......................................................................................................))))))).............................................................((((((((....))))...))))...((((((............))))))((((....))))........................(((((....)))))......))))))))).................................................((((((...................................)))))).........................................(((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).............((((((((((((((...))))............................................))))))))))...........................(((((((((......((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))........................................((((((((..............................(((((((...((((........(((...)))..................))))..........................................((((......))))..................((((((((.....((((((((....))))))))....)))))))).....(((((....))))).......................................)))))))......))))))))....((((((((...............((((....))))................))))))))..........(((((((........)))))))....................(((((((((.....)))))))))..............................................................................................................................((((((((((....))))))))))......... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.((((((..(((....(((......((...((...((((....))))...)).))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((((.......)))))))))....................................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((((....)))))).....(((((.........))))).......(((((......(.((((((((.(......))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((.....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(.(((((..(((((((.......)))))))...))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((............)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((...((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..((....))...)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).......... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.((((((...(.....(((......(((..((.((((((....)))))).)))))................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((((.......)))))))))...................................))))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((((....))))))..((.(((((.........))))).))....(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((.....((((((..(((((((((.....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))...))))))))..((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..(((............)))))....)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))....).)))))))).....(((((((....((((..(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..(((((((.((((....(.((((..((....))...)))).)...)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).......... |
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.......))))))((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.((((((.......(((((((..((((((((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))...(((((((((((.......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))((((((.(....)))))))((((..((((((((.(....)))))))))))))......))))))))))))).........(((((..((.((((.(((.(.......).))))))).)))))))(((((((((.......((((.....((((....))))..))))(((.(((((...((((((....)))))).((((((((((.......))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))..........(((((....(((((....(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).)))))))....)))))...(((.((((((((...((((......))))...).))))))).))).(((((.((....)).)))))........(((((.........)))))..(((((((((.(((...(((.........)))))).))))))))).........((((((..(((((((((((((((...)))))))))))))))................))))))........((((.(((((....)))))..)))).........(((((.(((((................(((((((((.......))......(((((.......))))).....))))))).(((((((((.((......((((.((........)).))))....)).)))))))))...((((((..((........((((......))))))))))))....(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).....)))))......(..........)..............................(..((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))))..)..((((((((((((........)))))))..........))))).....(((((((((.....)))))))))............))))).........)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....))))))))))......... |
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..((((((((......)))))))))))...((((((.......(((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((((((((.......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))))))(((.((......)).)))...((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((....))))))..(((((((((.......)))))))))....((((((.......((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......((((((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))..(((.(((.....(((((((((..((((((.((..((((......))))....))))))))..)).......((....)).)))))))....))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...((....)).....)))))))))))))((.....((((....))))....)).........(((((.(((((((..((..((((((.((((((((((....(.((........)).)........(((((((...((((((......(((.(((.......))).)))...)).))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((((((....)))))))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....((((((((...(((....)))...)).)))))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))......... |
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.......))))))((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.((((((.((..(.(((((((..((((((((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))...(((((((((((.......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))((((((.((()))))))))((((..((((((((.(....)))))))))))))......))))))))))))).).))....(((((..((.((((.(((.(.......).))))))).)))))))(((((((((.......((((....(((((....))))).))))(((.(((((...((((((....)))))).((((((((((.......))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..)))))))))).......(..(((((....(((((....(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).)))))))....))))).).(((.((((((((.(.((((......))))..)).))))))).))).(((((.((....)).)))))........(((((.........)))))..(((((((((.(((...(((.........)))))).))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...))))))))))))))).(.((....)))...)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....(((((..........((((((((((((((((((((((.....)))((....(((((.......)))))...))))))))).(((((((((.((..((..((((.((........)).))))..)))).)))))))))...((((((..((........((((......))))))))))))(.(.(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).....))))).).)((((........))))......(((.............)))))((..((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))))..)).((((((((((((........)))))))..........))))).....(((((((((.....)))))))))..........))))))))))......)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....))))))))))......... |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).(((.((((((.((..(((..(.....(((.(((...........((((......)))).......................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....((((.(((((.......))))).))))...................................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))).))))..(.(.((((....)))).))....((((((.(....))))))).......(((((......((.(((((((.((....)))))...))))))))))).)))))).))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((.(((((.......))))).)))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((((((((.(....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((...((((((....((((((....)))))..).........))))))..(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((..............))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((...((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((...((...(((((......)))))))......))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))......... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.(((((((..((....(((.(((..(((..(((((((........))))))))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).......((((((.((.)...)))))))......................................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((((....)))))).(((((((((.........)))))))))...(((((......((((.(((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((..((((.....)))))..)))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).(.(....((((((((((((.(....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((...((((((.........(((((....).)))).(..)..))))))..(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((...((....((..........)))..)....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((...((..((((....))))..))....))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((...(.((((.((((....)))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))......)). |
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.......))))))((((((((((..((((((........(((..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((..(((...)))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))))))((((...((((.....(((((((....)))))))..)))).....((((.((((((((....)))...)))))...((((((............))))))))))....)))).((((((((.......((((.....((((....))))..))))(((.(((((...((((((....)))))).((((((((((.......))))))))))....))))))))..)))))))))))))))))))))).......))))))..))))))))))...((((((((((((......(((((....(((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).....)))))..)))))...(((.((((((.....((((......))))......)))))).))).(((((.......[[[)))))......]]]......))))))).(((....)))((((........[[[[[[[....))))..]]]]]]](((.........[[[..))).(((.(((((((((((...))))))))))).)))]]].....(((((((..((((((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))...)))))))......((((.....))))..((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).)))))))(((((.....[[[[[))))).(((.....)))]]]]](((((((....)))).[[[[[..)))....(((((((......))))..))).]]]]].(((((.((((((((((((..(((((((....))))))))))).))))))))[[[[.(((((....)))))........)))))........]]]]....(((((((.[[[[[.))))..)))...]]]]]....((((((((.....((((((....((((....)))).....)))))).....)))))))).....(((((.((((((........)))))).....[[[[[[.......((((((((((((.....)))))))))...))))))))...]]]]]]................((((.(((..(((((((((((((..((((((((((......))))))))))..)))))))))))))..))).))))...........(((((((((((((....))))))))).....)))). |
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.......)))))).(((((((((.(((((((((.(((.(((((((..((((((((((((((......)))))))).....))))))........)))))))...(((((((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))((((((.(....))))))).))))).(((((((.......))))))).((((.....)))).((((.(((....(((((.((((((.((.((((.(((...........))))))).)))))).)).))...)))...))).))))...((((....))))...))).)))))))))..((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))...((((((.......(((((((..((((...)))).))))))))))))).)))))))))((((.......(((((....(((((....(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).)))))))....)))))...(((.((((((((..((((......))))....)).)))))).))).(((((.((....)).))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).)))))))))........(((.((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))........(((((...((((.((.((((((((((.(((((....)))))..))).........((((((((...(((.(((.(((.(((..((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).(((((((((.((..((..((((.((........)).))))..)))).)))))))))))).))).))).))).....)))))))).(((..((.....))..))))))).(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).))).)))))).))))).)))).))).)))))...)))..)))).))).(((((((.((..((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))))..)).((((.(((((((........)))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....))))))))).......)))).((.....)).......))))).))((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).)))).))))......(((((((((((((....))))))))).....)))). |
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(..((((((((...))..............(((...(........)))).......((((((((......))))))))..................((((((((..((.(.((((((((.(((((((.((((((....)))))).)).)))))..((((........((......)).......))))....(......((........))......).)))))))).))))))))))).......(((..((((((((.(...).)))))))))))....((((((.((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....))))..................(((...(((((....))))).))).(((...(((..(((((((....)))))).(((.(((((.((....))))))).)))...))))..)))....((((((((.((....)))))...)))))............(((((.........)))))....((((((......(((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))).)))))).(((((.((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).))))))..(((((.......(((((.....(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((......((((((((.(((((((((((.(.......).)))))))))))...((....))....))))))).)(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...............))))).......)))))...(((..(((...)))..))).)))))...(((.....((((...(((((((....)))))))..(...)..))).)..............((((.((((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((((.(((((((.((((((.(..(((....)))))).))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).))))))))))))).)))........................................(((((((....((((((.((..((((....))))..)))..)))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((.........)))))))..................((....))..))))))...(((.(((..(((((((((((((..(((((((..(((..))).)).)))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))... |
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(((((.......((((((((((..(((((((((((...)))...........((((((((......)))))))).((((.(((((((......((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))))))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....)))).((((((((....))))...))))....(((((.((......)).))))).((((....)))).((((((((..........(((..(((((....))))).))).(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))).......)).))))))..)))))))))).......((.(((((....(((((....(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).)))))))....))))))).(((.((((((((..((((......))))....)).)))))).))).(((((.((....)).))))).......((.((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...((((((((...(((.(((.(((.(((..((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).(((((((((.((..((..((((.((........)).))))..)))).)))))))))))).))).))).))).....))))))))...(..((.....))..).(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).....))))).....((......))..)))))...)))..))))..))..((((((.....((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....)))))))).....((((.(((((((........)))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....))))))))).......)))).((.....)).......))))).).((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))).. |
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.(.((((((...((.((((((((((.((((((..(((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..))))))...........(((.......))).............((........................)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).)))))).).....(((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((((....))))))..((((((((.........))))))...)).(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))).).((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.(((.((((((..((((((((((....((((........))))....(...(((((((.(...((.(((((..(((((((.......)))))))...))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((....(....)....))))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).))))))))((...(((((((....((((...((..((((....))))..))....))))....)))))))...))((((..(((((((.(.....)))))))).....)))).)))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((....))...))))))...))))).))))))..))).))))...))..).)...(.(((((((((....)))))))))((....)).) |
PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.((((((..(((....(((.(((..(.((.(((((((((....)))))))))..))..)..(((.......(((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....(((...(((.......)))...))).......((........................)).)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).......(.((((...((((....))))).))))))).))))))..((((((....)))))).(((((((((.........)))))))))...(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))....((..(((((((((((((..((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))...)))))))).(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((.((((..(((............)))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..(((..((((....))))..)))...))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..((....))...))))))...))))))))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))) |
PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((((((((.((((((..(((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..))))))...........(((.......))).............((........................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).)))))).).....(((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((((....))))))..((((((((.........))))))...)).(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((..((.((((((..((((((((((((..((((........))))))..(...(((((((.(...((.(((((..(((((((.......)))))))...))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...).(((.(((((((.(.((..((..............)))).)..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((...((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((....))...))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))...(.(((((((((....)))))))))((....)).) |
PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.((((((..(((.(..(((.(((..((((.(((((((((....)))))))))..))).)..(((.......(((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....(((...(((.......)))...))).......((........................)).)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((((....)))))).(((((((((.........)))))))))...(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))....((..(((((((((((((..((.((((((..((((((((((....((((........))))(...)...(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))...)))))))).(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....((((..(((((((.((((..(((............)))))))..)))))))..((.(((((....))))).))...).)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..(((..((((....))))..)))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..((....))...))))))...))))))))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))) |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((.(((...((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.((....(((..((((......)))).)))...))..)))))..))))....)))).((((((((..........(((...((((....))))..))).(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))....((((..(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..))))).(((((......((((((((((((...(((((.((((((((...((((.(((((.((....)).))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).))))))))).......((((.((((.((..((((((((((.....))))))))))..))........(((((((..((((((.(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....))))))....((((......))))...((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).)))))))..))))...((((.(((((..(((.....)))..)).)))..(((((.(((.((((((.........((.((((......))))))))))))....(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....)))))))..))).)).))).))))).)))).)))))))))...)))..))))).)).....)))).....(((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....)))))))....))))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))))......((((.(((..(((((((((..((..(((((((..((....))..)))))))..))..)))))))))..))).)))).....))))...))).((((((((....)))))))).)))))))).. |
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((([[.[[[[[[....)))((((((((((..(((((((((((...)))..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((((((...((((.(((((((.((((((((.((((((....)))))).).))))))).(.(((((((((.((.(...)))))))))))))....((((((((((........)))))))))).))))))).)))))))))).(((...((((..((((((((.(....))))))))))))).....)))......((((....))))..........((((((............))))))((((....)))).(((((((((((...))).(((..(((((....))))).))).(((.(((((.(.((((((....)))))))(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))).......)).))))))..)))))))))).......((.(((((....(((((....(((((((((((.(((((((((.(....((((((.....))))))...))))))))))..))))))))).)))))))....))))))).(((.((((((((.(((((......))))...))).)))))).))).(((((..........))))).......(((((((..(((..((((((..(((((((((.(((...(((((...)).))).))).))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((((((...(((.(((.(((.(((..((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).(((((((((.........((((.((.(.....))).)))).......)))))))))))).))).))).))).....)))))))))...................((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).)))))))).....(((((....)))))........)))).................))))))...)))..))))).)).(((((((.....((((((((..((.((((((((..((((....))))..)).))))))))...)))))))).....((((((((((((.((...)))))))))......(((....)))....(((((((((.....)))))))))......)))))(((.....)))......))))).))((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))]]]]]]]].. |
RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.((((((.........(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).............(((.......)))..........................................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(((((....))))).)))))...))))))..((((((....)))))).....(((((.........))))).......(((((........((((((((.((....)))))...))))).))))).)))))))))).((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((.....((.(((((...((((((.......))))))....))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((............)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((...((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((.............)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))) |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......((((.((((((((((.((((((...((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).......(((((((.......)))))))......................................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((((....)))))).....(((((.........))))).......(((((........((((((((.((....)))))...))))).))))).)))))))))).......(..((((......((((.(.(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).))))))....((..(((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....(((...((...))...))).....(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))...)))))))).(((.(((....((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((((.(((((((...((..(((............)))))....)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))....)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((...((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(.....)....)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))) |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(((((.(((...((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.(.....(((..((((......)))).))).....).)))))..))))....)))).((((((((..........(((...((((....))))..))).(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))....((((..(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..))))).(((((......((((((((((((...(((((.((((((((...((((.(((((.((....)).))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).))))))))).......((((.((((.((..((((((((((.....))))))))))..)).......)))).....(((((((((((((.((((.(((((....)))))..)))).......(((((((((.(.(((.(((.(((.(((..((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).)))))))..(((((((.(((....).)).(((((..(((.....)))..)).))).))))))).))).))).))).)))...).))))))))).)))))).........(.(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).....))))).)..)))))))..)))))))))...)))..)))).))).....)))).....(((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....)))))))....))))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))))......((((.(((..(((((((((((((..(((((((..((....))..)))))))..)))))))))))))..))).)))).....))))...))).((((((((....)))))))).)))))))).. |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..........................................................................................(..(.....(.((.........(.(....).)...........(.((.....(.((....((...(.(.((.....(...(((...))).)..........((.........))....(..........)..))..).)..))..)).)..(((.(..(((...(((((((.......))))))).)))...)..)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......)))))))....))...)....))...)...).......((((....(((....))).).)))....)........((......................))..(.............)....(((((......((.((((.((.((....))))....))))))))))).).).....................(.....((((...(((((((((((.(.(((.((((......((((((.....))))))....).))))))...))))))))...((((((.....(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))....))).)))..))))...))))....).((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((((.(((((.......))))).)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...((.(((((((........((((((..(((((((((.(...(.((........)).).).)).(.(((((((.................................................((.((((..(((((..((...((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((....(..................).......)))))))..((.(((((....))))).....)).)))).)..))...)))))...))))))....)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((...((..((((....))))..))....))).....)))))))...))(.....(((((((........)))))))........).)))))).((.(((((((.........)))))))....))........)))............)))).))((((..(...((((((..((((.(....(((....(..(.)...).))).)...))))..))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))).......... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((..(((.........................................................................(..((....(.(.(.......................).....(((......(.((....((...(.(.((...(.(....(......).)...).........(....)..............(....)...)).).)..))..)).)..(((.(..(((...(((((((.......))))))).)))....).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......)).)))))....)..))......)...)..)).......((((....(((....))).).)))....)..)))...(((((.....).))))..((((((((.........))))))))....(((((......((.((((.((.((....))))....))))))))))).).......................(.....((((...(((((((((((..(((((.(((......((((((.....))))))....)))).))))...)))))))...((((((.....(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))....))).)))..))))...))))....).((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((..........((.........)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...((((((((((((......((((((..(((((((((.((....((........))..)).)).(.(((((((..............(((................(..)...)))......((.((((..(((((..((...((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((..(((...((............)).)))...)))))))..((.(((((....))))).....)).)))).)..))...)))))...))))))....)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((...((..((((....))))..))....))).....)))))))...))(.....(((((((........)))))))........).)))))).((.(((((((.........)))))))....))......)))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((...(........)..))).)...))))..))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))))))))).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(((((.(((...((((((((((..((((((.....................(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.......(.(..(((........))).).).......)))))..))))....)))).((((((((................((((....))))......(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.(......))))))))))....))))))))..)))))))))))))))))))..........))))))..))))))))))..........(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..))))).(((((......((((((((((((...(((((.((((((((...((((.(((((.((....)).))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).))))))))).................((..(((((((((((...)))))))))))..))...((....))............(((((..((((.(((((....)))))..)))).......(((((((((...(((.(((.(((.(((..((((((((((...((....))...(((((.......))))).))).)))))))..(((((((((((....).))..((((..(((.....)))..)).)).)))))))).))).))).))).))).....)))))))))..)))))...........(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..(..(((((....)))))..).....))))).................)))))...)))..))))).)).....))))....((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))))...))))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))))......((((.(((..(((((((((((((..(((((((..((....))..)))))))..)))))))))))))..))).))))............)))(((((((((....))))))))))))))))).. |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((.(((...((((((((((..((((((..((....(((..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.((....(((..((((......)))).)))...))..)))))..))))....)))).((((((((..........(((...((((....))))..))).(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))....((((..(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..))))).(((((......((((((((((((...(((((.(((((((....((((.((((..((....))..)))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((..((...(((........))).))..))))))))).......((((.((((.((..((((((((((.....))))))))))..))........(((((((..((((((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))...)))))))....((((......))))...((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).)))))))..))))...((((.(((((..(((.....)))..)).)))..(((((.(((.((((((.........((.((((......))))))))))))....(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....)))))))..))).)).))).))))).)))).)))))))))...)))..)))).))).....)))).....(((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))).....)))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))))......((((.(((..(((((((((..((..(((((((..((....))..)))))))..))..)))))))))..))).)))).....))))...))).((((((((....)))))))).)))))))).. |