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GACAGAAUCAAACUUGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUAUCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGGACGGACUAAUUGGGGCUUGCUCCAAUUAGUUAGUGGCAGACGGGUGAGUAACACGUGGGAAUCUGCCCAUCAGUACGGAAUAACUUUUAGAAAUAAAAGCUAAUACCGUAUAUUCUCUACAGAGGAAAGAUUUAUCGCUGAUGGAUGAGCCCGCGUCAGAUUAGGUAGUUGGUGAGGUAACGGCUCACCAAGCCGACGAUCUGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGGACAAUGGGCGAAAGCCUGAUCCAGCAAUACCGAGUGAGUGAUGAAGGCCCUAGGGUUGUAAAGCUCUUUUAGCAAGGAAGAUAAUGACGUUACUUGCAGAAAAAGCCCCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACGGAGGGGGCUAGCGUUGUUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGAGUGCGUAGGCGGUUUAGUAAGUUGGAAGUGAAAGCCCGGGGCUUAACCUCGGAAUUGCUUUCAAAACUACUAAUCUAGAGUGUAGUAGGGGAUGAUGGAAUUCCUAGUGUAGAGGUGAAAUUCUUAGAUAUUAGGAGGAACACCGGUGGCGAAGGCGGUCAUCUGGGCUACAACUGACGCUGAUGCACGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAGAUAUCGGAAGAUUCUCUUUCGGUUUCGCAGCUAACGCAUUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGAUUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCUCGCACAAGCGGUGGAGCAUGCGGUUUAAUUCGAUGUUACGCGAAAAACCUUACCAACCCUUGACAUGGUGGUCGCGGAUCGCAGAGAUGCUUUCCUUCAGCUCGGCUGGACCACACACAGGUGUUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCAUUCUUAUUUGCCAGCGGGUAAUGCCGGGAACUAUAAGAAAACUGCCGGUGAUAAGCCGGAGGAAGGUGGGGACGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGGGUUGGGCUACACGCGUGCUACAAUGGUGUUUACAGAGGGAAGCAAGACGGCGACGUGGAGCAAAUCCCUAAAAGACAUCUCAGUUCGGAUUGUUCUCUGCAACUCGAGAGCAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCUCGGGCCUUGUACACACUGCCCGUCACGCCAUGGGAGUUGGUUUUACCUGAAGGUGGUGAGCUAACGCAAGAGGCAGCCAACCACGGUAAAAUUAGCGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUUACCUCCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.................(((((...aaa.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((((((((....))))))))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).[.(((((((...(.......)....))))))..])..((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((...<.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..((((((((((((...))))))))))))...<<..))>>.....>>>>>>>))).(((......((((....))))....)))...AAA..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((...((((((((....)))))))).((((.....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.((((..(....).))))))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....)))))))))).............
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((....((((((((((((....))))))))))))..))))...((((.((((...(((((((..((...((((((((((((..(..((((((....))))))...)..))))...(((((....)))))..........))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))))))))).)).......))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))((((((((((..((((....)))).......(((((.......)))))......))))))))))......((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))))))))))))).......((..((((.....(((((..((((..((((((..((((((((((....((((((.....))))))..))))))))))...)))))).....((((((((...(((((((((..((((((((((..(((......)))...)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))..)))))....)))))).))))...))))))))))).....((((((((..(((((..((((((((((((.((.(((((((((...))))))))).))...((....))....)))))))(((((........(((((((........(((((...((...(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........((((((..(((..(((....)))..)))..((((...))))))))))....(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))))...))))))...))))))).......))))))).....(((((((....(((((.((...(((....)))...))...)))))...))))))).(((((((...(((((((........))))))))))).)))..))))))....(((((((((....)).)))))))......))...))))))..((....))..)))))))..))....)))))(((((((((.....(((((..(((............)))..)))))))))))))).))))))))))))..))))).))..)))(((((((((....)))))))))))))))))..)))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................(((((((.......................((((((((((((....))))))))))))...................................((((((((..............................................................))))))))............((((((......((((((((.......))))))))......))))))......((((....))))...........(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))......................................................................((((((......((((((..................))))))))))))...........................................((((((..((((((((((....((((((.....))))))..))))))))))...)))))).......((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))..))))))....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((....(((((((((...)))))))))..................)))))))..............((((....))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((........((((........................((((((...))))))))))............................................................................(((((((.........................))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).......................................................................(((((((........)))))))......................................................))))))))..................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((.......((((((....)))))).......)))))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((....(((((((....)))))))....((.....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(....).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................(((.........((((.((((((.((((((.(..............(((..((..((...((((((....))))))...))..)))))................(((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....))).............)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((................))))).)))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((....(((((((....)))))))....((.....))..))))).)...((.(((..(((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((..(((..(((......))))))...)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..)))))...)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((.((((..(....).)))))))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))..)))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).)))....((((((..((((..(((((((((............(((..((.((((((((((((....)))))))))))).))....))).........................((((((((((((.(((.((((((....)))))).).)).)))))..(((((....)))))...........))))))).(((((((.(((((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))((.(((((((.........))))))).)).(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))......((((..((((......((((....)))).....))))((((.(((((...(.......)....))))).)))).((((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))))........)))).....(((((((....((((((((.(((((.((((((.(((((((((((....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))).)....(((((((...(((((((....((((((((((....(.......)....))))))))))....................)))))))..)))))).)...)))).))))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))............(((((.((.(((((((((...))))))))).))...............))))))))))))))...(....(((....))).....)...........)))).)))))))...................(((((...(((........))).)))))...((((............(((((........(......)...................)))))...................((....))((((((.............(((......)))...))))))..........(((((((...((.((.......)).)).....)))))))..((.(((((.....))))).)).............................(((....))))))).....................(((......(((((.((...(((....)))...))...))))).....)))..............((((((........)))))).............(((........)))....))))))))).))))....))))))...................................((((((((((((....((((((..(((.........))).))).)))..))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....))))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).))).....((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((((((((....)))))))))))).)))))......(((......(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((....))))))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))((((.(((((...(.......)....)))))...))))(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......((((((.....(.((((.(.(((.(.(((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))).)...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((.((((((((.....)))))))).))...((....)).....)))))))))))))((.....((((....))))....))..(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((.(.((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(....).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..).))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).)))((((((((((..((((..(((((((((..((.((.....(((..((.((((((((((((....)))))))))))).))....))).............(((((......)))))..((((((.(((.((((((....)))))).).)).)))))).(((((....)))))....(((((((((..((..(((((((.(((((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).))))).(((.((((((((((......(((((()))))).....))))((((.(((((.(((.......).)).))))).)))).((((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))))......)))))).))).(((((((....((((((((.(((((.((((((.(((((((((((....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))).)...((((((((...((((((((...((((((((((..(((.......)))..))))))))))...)..(............))))))))..)))))).))..)))).))))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))............(((((.((.(((((((((...))))))))).))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........)))).)))))))..)))))))))))(((((((((((..((((........)))))))))...((((.......((((((((((..(((..(((....)))..)))..((((...))))))))))((....))......(...((....))(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((.(((.....))).)).....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))...(((.....)))).)))).(((....))))))).......))))))......((((((.....(((((.((...(((....)))...))...)))))....))))))...........(((((((........)))))))))..)).....((((........))))...))))))))).))))....)))))).))))(((((............((((.((..((..((((((((((((....((((((..(((..(....).))).))).)))..))))))))))))..)))).)))).......)))))(((((((((((....))))))))))........).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..................((((....))))..............................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)...(((((....)))))...........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((.....((((((....))))))...((.........))))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((..)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((......((.(((......))).))......)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....(..((.....)))..((....)).)))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...(((.((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((.....((((((....))))))....((.....))...))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((..)).))).))))..)..))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).)))((((.((((((.((((((((((((......(((.(((..........((((((((((((....)))))))))))).(((((((((.(((.......(((((((.......((((((((((((.....((((((....))))))......))))((((((((....)))))......))).)))))))).....)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))).............))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))...)))))))((((((((((..((((....)))).......((((((.....))))))......)))))))))).......(((((......(((((((((.........)))...))))))))))))))))))))))...........((((.....((((((.((((..((((((.(((.....(((((((((((((.....))))))....))))))).))))))))).......((((((...(((((((....((((((((((.((((......))))..))))))))))....................)))))))..)))))).....)))).))))))....))))...))))...((((....[[[..))))...]]]....((((...(((((((((((....(((((((((...)))))))))..................)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).))))))))..((((.(((..[[[)))))))...(((......)))......]]]...........(((((((........((((((..(((..(((....)))..)))..((((...))))))))))....(((.(((((.((((....))))(((((((((....)))..((((......))))..))))))))))))))..((((((((((((....))))).[[[.......))))))).....(((((.....))))).....]]]...(((...[[[[.)))....]]]]......)))))))........((((((.....(((((((....(((((......(((....)))........)))))...)))))))[[[[((((..((((.....))))..))))))))))...]]]]....(((....[[[[[[[...)))...]]]]]]]...((((.....[[[[..))))......]]]]....((((.(((..((((((((((((.....(((((..(((............)))..)))))))))))))))))..))).)))).((((.....[[[[.(((((((((....))))))))).))))....]]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).))).((.((((((..((((..(((((((((.............((((((.((((((((((((....)))))))))))).(((((..(((.(((........(((((......)))))..((((((..((.((((((....)))))).))...)))))).(((((....)))))....(((((((((..((..(((((((.((((.((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))).((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((.(((((.........(((...(((((....))))).))).(((((.(((((.((((......((((....)))).....))))((((.(((((................))))))))).(((((((((((...((....(((((.(((.((((((..((((.((........)).))))...)))))))))....(((.(((....))).))).....)))))....)).)).)))))))))...))))).)))))........((((((..........))))))(((((......)))))((((((((.((((...((((((.....))))))...))))((((((.......))))))....)))).)))).))))).)))(((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))))))...((..(((((((.((.(((((((((...))))))))).))...((....))....)))))))))(((...((((..((((....))))...))))..)))....)))).)))))))..)))))))))))...(((((((((((((((((((.(((((..........((((.((((...((((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).)))))).))))((((((((....)))).))))))))).))))))))))))))..)))))...(((.((((((...(((((((((.((.(((.....))).)).))..)))))))..((.(((((.....))))))).(((((...((.(((.....))).))...).))))..)))))).))).))).))))))))...(((((((....(((((.((...(((....)))...))...)))))...)))))))...))))))..(((((((........)))))))........((.((((........)))).))))))))))).))))....)))))).))(((((((((..(((.....((((.(((..(..((((((((((((.....(((((..(((...((.....)))))..)))))))))))))))))..)))).))))))).)).))))))).((((((((....)))))))).(((.....)))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).)))..((((((((..((....(((((((((.....(((((..........((((((((((((....))))))))))))...[[[.[[[[[[[.......(((((((.......((((((((((((.....((((((....))))))......)))))...((((....))))..........cc)))))))..aaa)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))......................[[[.......................(((((................)))))........(((({{....(((((((((.((....)))))...))))))))))}}.................(((((((......((((((.((((..((((((.(((((((((((....((((((.....))))))..))))))))))..))))))).......((((((...(((((((....((((((((((...((.......))...))))))))))...........((....)).)))))))..)))))).....)))).))))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((.(((((((((...))))))))).))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).................AAA.......CC.....(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).............(((((...((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((...((......)).))....))))))).....(((((.....)))))..............))))....)))))............))))))).......))))))......(((((((....(((((.((...(((....)))...))...)))))...)))))))..............................))))).........((((......bb))))...))))))))).BB))....)))))).))]]](((........]]]]]]]..]]]..((..((((((((((((....((((((..(((.........))).)))).))..))))))))))))<<)).........>>....)))...(((((((((....))))))))).............. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.(..((((((.((((.................(((((.......)))))..(((..((.(((.((((((((....))))))).)))).)))))................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....(((....)))....((....))))))))))..)).))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))....(((((((....))))...)))......((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((.(((((..(..(..)..)....))))).)))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)))........................((((.(.((((.(((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))....((((((((...(((((.((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))...((.((....)).)))))))..)))).))))..)))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)).......(((....))).....((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......((((((.....((((((....))))))..(.((.......)))))))).)....(.((.(((((.(((.(((((.(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....((((...((((((.((((..(((......)))))))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))).))))).)).)....))))))))....))))))).......)))))).....((((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...))))))))...(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((.........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..((())).))))))))))..)))))))))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).))).(((((((((..((((..(((((((((.......(......(((((.((((((((((((....)))))))))))).(((((..(((.(((........(((((......)))))..((((((.....((((((....))))))......)))))).(((((....)))))....(((((((((..((..(((((((.((((((....(((..((((((((.......)))))))))))......).((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).(....(((........((((...(((((....))))).))))(((((.(((((.((((......((((....)))).....)))).....(((((................)))))......(((((((.((...((....((.((.(((.((((((..((((.((........)).))))...))))))))).....((.(((....))).))......)).))....)).))..)))))))....))))).))))).......................(((((...((((((.....((((((((((.((((......))))..))))))))))...........((....))..))))))..)))))......)))....).......(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((.(((((((((...))))))))).))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...))))).)))))))..)))))))))))...(((((((((((((((((((.(((((..........((((.((((...((((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).)))))).))))((((((((....)))).))))))))).))))))))))))))..)))))...(((.((((((...(((((((((.((.(((.....))).)).))..)))))))..((.(((((.....)))))))..((((...((.(((.....))).))...))).)...)))))).))).))).))))))))...(((((((....(((((.((...(((....)))...))...)))))...)))))))...)))))....((((((........)))))))........((.((((........)))).))))))))))).))))....)))))).)))((((((....((......((((.((..((..((((((((((((.....(((((..(((...((.....)))))..)))))))))))))))))..)))).)))).))....)))))).(((((((((....)))))))))((.......))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((..((.((((....)))).))..))..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.......).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((....(((((((....)))))))....((.....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.(....).))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..(....).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((((..((((((((.((((((.((((((((((...(((.(((....(..((..((..((.((((....)))).))..))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))).......(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(.......)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((....(((((((....)))))))....((.....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))(.((((......))))).))))))....((((..(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..(....).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((..((..((.((((....)))).))..))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.......).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...(((((((....(((((((....)))))))....((.....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..(....).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((((..(((.((((.((((((.((((((((((...(((.(((....(..((..((..((.((((....)))).))..))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))).......(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(.......)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((....(((((((....)))))))....((.....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..(....).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((.((((((..((((((((.((((((.((((((((((...(((.(((....(..((..((..((.((((....)))).))..))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))).(((((..((...((((((((.......)))))))).))....)))))..(((((((......)))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))))......((((((...(((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(.......)....))))))...)).(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).))))))))))..........((((......((((....((((((((((.(((((((((.......((((((.....)))))).....)))))))..)))))))))...((((((((....(((((((...((((((((...((........))......))))))))...).......((....)).))))))...)))).))))..)))....))))....((((((........((((....(...))))).....))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((...(((....)))....))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((....(((((((....)))))))....((.....))..))))).)))(((.((..((((.((((((((.((((((.((....))((..(((......))).))))))))....(((...(((((((...((..((.(...)..))))....))))))).....(((((.....)))))........)))))))))....))....)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))......(((((.........)))))))(((....))).))))))..(....)....)))))))((((.(((..((((((((((((....(((((..((((..(....).)))).)))))...))))))))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((((((....))))))))((((((..((((((..((((..((((((((......(((((...((((((.((((((((((((....)))))))))))).(((((..(((.(((.((((((.(((((......))))).....((((....((((((....)))))).....(((((((.(((((....)))))....(((((((((..((..(((((((.((((((....((((.((((((((.......)))))))).((.((...((((.(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))))))..)).)).....(((((....((((....))))..)))))...))))...((((..(((..(((((...(((((....(((.((((.(((((................))))).)))).)))..)))))..(((((((((.((....)))))...)))))).)))))..)))..))))......(((((((......((((((.((((..(((((.((((.....(((((((((((((.....))))))....))))))).))))))))).....((((((((...(((((((((..((((((((((..(((.......)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))))).))..)))).))))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((.((((((((.....)))))))).))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).......)))))).)))))))..)))))))))))..)))))))....)))).)))))).............(((((((......((((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).))..(((..((.(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((((.((.(((.....))).)).))..))))))...((.(((((.....))))).))...))))))..)))).)).)))))))..))).....)))))))....))).))))))))...(((((((....(((((.((...(((....)))...))...)))))...)))))))...)))))).....((((........)))))))))......((.((((........)))).)).)))))))).))))....))))))(((((..((....))..)))))....)))).))..((((((((((((.....(((((..(((...((.....)))))..)))))))))))))))))....[[[[[[[.))).........((((((((((....))))))))))..]]]]]]].... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).))).(((((((((..((((..(((((((((((((.(((((...((((((.((((((((((((....)))))))))))).(((((..(((.(((........(((((......)))))..((((((.(((.((((((....)))))).)).).)))))).(((((....)))))....(((((((((......(((((((.(((((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))).(((.(((((((.........))))))).)))(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))(((((.......((((......((((....)))).....)))).(((.(((((................)))))).)).((((((..(((..(((((((((.((.{{{)))))...))))))..........................}}}....(((.(((....))).)))[[[..............)))...)))))).........)))))..........]]].......((((((((...(((((((.....(((((((((...<<<<..........)))))))))....>>>>.............)))))))..)))))).)).................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((....(((((((((...)))))))))..................)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..)))))).)))))))....)))))))))...(((((((((((((((((((.(((((..........((((.((((...((((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).)))))).))))((((((((....)))).))))))))).))))))))))))))..)))))...(((.((((((...(((((((......(((.....)))........)))))))..((.(((((.....))))))).(((((......(((.....)))......)).)))..)))))).))).))).))))))))...(((((((....(((((......(((....)))........)))))...)))))))...)))))).....((((........)))))))))..))))...((((........))))...))))))))).))))....)))))).)))((((((((..(((.....((((.........((((((((((((.....((((((.(((............)))).))))))))))))))))).......))))))).)).)))))).(((((((((....)))))))))(((.....)))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((........(((((....)))))........)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....))).............)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((.....((((((....)))))).....((.....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((..(((((..((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((.....((....(((((....)))))....))...))))......(((.......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....))).............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))).......((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..)))).......))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((.....((((((....)))))).....((.....))..)))))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(....).))).)))).)...))))..))))))..))).)))).)))).........((((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((..(.((((((((((((....)))))))))))).....(((((.(((.......(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...(((((....)))))..........))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))))...)..))))..(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))(..(((((((..((((....)))).......((((((.....))))))......)))))))..)......((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))))))))))))).......(((.((.......((((((.((((..((((((.(((.....(((((((((((((.....))))))....))))))).))))))))).....((((((((...(((((((((..((((((((((..(((.......)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).))))))....)).))).))))...))))))))))).....((((((((..(((....((((((((((((.((.((((((((.....)))))))).))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((.((((.(((.....))))))).(((((..((((((((...((((((..........(((((((......((((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).))..(((..((.(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((((.((.(((.....))).)).))..))))))...((.(((((.....))))).))...))))))..)))).).))))))))..))).....)))))))......)))))).......(((((((....(((((.((...(((....)))...))...)))))...))))))).....))))))))....))))).(((((((((......((((.....))))..(((((((.........)))))))......)))))))))..............)))))))((((..((..((((((((((((.....(((((..(((..(......)..)))..)))))))))))))))))..))..))))..))))).....))).((((((((....)))))))).))))))))..)))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................(....((.(((.(((......(((.((...((..(..(....)..))...).......((........(....(..(...((.....(.....).....().......))...)...)..).....((.(((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).))...........))...))).......((((((....(((....))).).)))))..)).......((((.((((...((...)).))))...))))((((.(((((...(..........).))))).))))..(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))......))).).........)..)((.....((((...(((((.(((((.(.((.((((((.....((((((.....))))))...))))).)))...)))))).)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((.((((((.(......))))))).))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((((......(....(((....))).....................))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...((((((.......((..((...(((....)))...))....)..)....))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((....(..(....)..)..)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).............) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.(((...((.(((..((((.....((.....((((....)))).....))...))))...(.((.((((....((((((..((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(......(....).)...(.....)..)))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...))))((((.(((((...(..........).))))).))))..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((.((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))).)...(((.((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((.((((((.(....)..)))))).))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((.(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((((...(...(..(((....))).)..................)))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..((..((((((..((((....(.((((...(...(....).)...)))).)...))))..))))))..))..))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).)))....((((((..((((..((((((((......((.............((((((((((((....)))))))))))).(((((...((.(((.(((((...((((......))))..............((((((....))))))......(((((..(((((....)))))......(((((((......(((((((.(((((..........((((((((.......))))))))..............((((...............))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((....((((....))))..))))............((...(((..(((((.................((..(((((................)))))..))..............(((((((((.((....)))))...)))))).)))))..)))...)).......(..(((.......((((((.((((..((((((..(((((((..(....((((((.....))))))..)..)))))))...))))))......(((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))...........((....)).)))))))..)))))).)...)))).))))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((.(((((((((...))))))))).))...((....))....))))))).)))..).((((..((((....))))...))))........))))).)))))))....))))))).....)))))...........))))).............(((((((.((....(((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).)...(((..((.(((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))...........((((((((.((.(((.....))).)).))..))))))...(..(((((.....)))))..)...........)))).).))))))))..)))..)).)))))))....))).)).)))))...((((((.....(((((.((...(((....)))...))...)))))....)))))).................................))..........(((........))).....)))))))).))))....))))))......................((((.((..((..((((((((((((.......(((..((...(....)..)).)))......))))))))))))..)))).))))..............(((((((((....))))))))).............. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.(((((((((((((((...(((.(((((.(((((((((....(((.(((..........((((((((((((....)))))))))))).(((((...((((..(((...(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...(((((....)))))..........))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..)))..)))).((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((....((((....))))..))))))).))))))..(((..(((..((((((.(((.......(((.(((..(((((................)))))..))).))))))......(((((((((.((....)))))...))))))))))))..)))..)))..........))))).....((((((..(((..((((((..(((((((..(....((((((.....))))))..)..)))))))...)))))).....((((((((...(((((((((..((((((((((..(((.......)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))..)))))).....)))...))))...))))))))))).....((((((((..(((....((((((((((((.((.((((((((.....)))))))).))...((....))....)))))))..(((...((((...(((....)))....))))..)))...(((((((.((((.(((.....)))))))..((((..(((((((((((((((((..........(((((((........((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).....(((..((.(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((((.((.(((.....))).)).))..))))))...((.(((((.....)))))))....))))))..)))).).))))))))..))).....)))))))......))))))..)))..(((((((....(((((.((...(((....)))...))...)))))...))))))).....))))))))....))))..(((((((((......((((.....))))..(((((((.........)))))))......)))))))))..............)))))))((((..((..(((..(((((((.....(((((..(((...((.....)))))..))))))))))))..)))..))..))))..))))).....))).((((((((....)))))))).))))))))..)))) |
