|
|
|
CACCUGGUUGAUCCUGCCAGUGGUAUAUGCUUGUCUCAAAGACUAAGCCCUGCAAGUGCCUGUAUGAGUGUUUAUAUAACGAAACUGCGAAUGGCUCGGUAAAACAGUAAAAAUUUUUUCGGAGAAAAUACUACUCGGAUAACCGUAGUAAAGCUAGAGCUAAUACGUGCUACAAAAUGAGGCGAGCAAUCGUUCUCGUGGUACAAAAUAGAGAUACAACCCAGUUUUUACUGGUGAUUCAUACUUUUUUCUGAUCACACUUUUAUGUGUGUGACGCUCCGAUCAAAUUUCUGACCUAUCAACUAUGAUGGUAAGGUAGUGGCUUACCAUAGUUGUGACGGGUAACGGACCGUGGGUGCGGGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCGAACUUCGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAGCAAUAGGGGGACCAAUGGUCUCUCUAAUUGGAAUGAAAACAAUGUAAACUCCUUAUUGAGGAGCCAGCAGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCUGUAAGCGUAUACCAAAGUUGUUGCAGUUAAAACGCUCGUAGUCGAACUUUGGCGAUGGUUGCUGAAACUCCGUAAGGAGAUUGAUGUAGCCUCGUCCUUGUGGAUUUUUGGGGGUGUGGUGGUACUUUAUUGUAUUGCUGCAUUUCCGCCACUGUUUACUGUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAAGCGAUUGCCCUGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACCUGGUUCUGUUUUAUUGGUUUGUCUGUAUCAGGUAAUGAUUAACAGGGACGGUCGGGGGCAUUUGUAUUCCAGCGUUAGAGGUGAAAUUCUUGGAUCGUUGGAAGACAAACAGCUGCCGAAAGCGUCUGCCAAGGACGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAAGUAAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUUACUGUAAACUAUGAGGCCUGGGGAUCGGGCGUGGCCUAUUGGUACGUUCGGCACCCUCCGGGAAACCAAAGCUUUUGCUUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGUCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCAUCACCGGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCCAGACAUAGCAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGUUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUCUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAGCGAGACCUGGGCGUGCUAAAUAGAAAAUGCUAUUAAACUGCGGUAGCAUCGAAAAUUUAAUCUUCUUAGACGGACUGUAGGCGUAUAGUCUAUGGAAGCUCCAGGCAAUAACAGGUCUGAGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGUGCUACACUGAAUGGCUCAACGGGUGAGGUAGUGCGAAAGCAUGACCCAAUCUCUAAAUCCAUUCGUGCUGGGGAUAGAAGCUUGCAAUUAUCCUUCUUGAACGAGGAAUACCUUGUAAGCGCGAGUCAUCAUCUCGUGCUGAAUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGGUCCGGUGAGGCCUUGGGAGAGCUGGGCGAAUUAGUGUUUAUUCACGAAUUUCCUGGUUUAAACUUGGUCAAACCUUACUACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGCU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....................)))))......(((......((((..((..((....((((..........((((....(((((((.....))))))).....))))......((((((((((....)))).))))))....((((((.........(((((......)))))......)))))).......((((((........))))))...))))...))))..))))(((..(.(((...((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((...)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....{{{{.....{{.)))}}.......}}}})))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......(((((.(((((((((((((((....))))))))).)))))))))))...((((......((((((((((((((((......)))))))))))))))).))))...........................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((.....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..(((.(((((((((.((....)))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((((((((((......))))))..........)))..)))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((...((((((((....))))))))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((((((((((((.(((......)))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((((((((((...(((((.((.(((((.....((((...(((((....((((((.((((((((((.........((((((.((..(((.((((...(((...((((((..((((((.......(((((((....))).))))....(((((.......(((((((.....(((((((....))).)))))))))))...............((((((....))))).)............))))).((((((........))))))..))))))..)))))))))..((((((....))))))..........((((((...(((((.((((.....)).(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))...........((..((((((((((...))))))))))......................((((((...))))))...)).....))..))))).)))).))).)))))))...)))))))..))))))...))))..)))..)))))))).))))))))))....((((...(((((.(((((((.((.((((....)))).)).).)))))))))))...((((.....(((..(((..(..((((......))))..)..)))..))))))).)))).................(((((((..((((....))))..)))))))..(((.(..((.((((((((((((((...)))))))))))))).))..))))...))))))........)))))..))))...(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....))))((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....)))))).))))).)).))))).(((((((...........))))))))))..(((..(((((((((.((....)))))))))))..)))....(((((((...((((((.(((((.((..(((((..((.(....).))..........(((((..(.((((((((....((((((.....))))).).(((((((((.(((.....)))...........(((((...........)))))..))))))))).)))))))))..)))))((((.((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).).)).((((......(((((......))))).....((.(((((((((............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........))))....)).)))))))...((((((......((((..(((.((((....)))).)))..))))......))))))..)).((((((.((((..((....))..))))....((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))..))))).))))).)))).)))))..))..(((((((((..(((..((((..((..((((..((.(((((.(((......))).)))))))..))))...)).))))..)))..))))))))).))))).))))))........)))))))(((((....)))))...))))))))..) |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................((((.............)))).......................................................................................................................((((((((.......)))))))).............................................((((........))))........................................(((((...)))))......................((((((((((...))))))))))........................................((((((...................................))))))..................................................................................................................................................................................................................................(((((((......................)))))))...........................((((((((((((((.....................))))))))))))))........((((((((((.....))))))))))................((((((((............................)))))))).........((.....(((..(((((((((.((....)))))))))))..))))).((....))............................................................................................................................((((((((((..................................))))))))))...............................................................((((((...............((((((((.......)))))))).........................((((((((.....))))))))....)))))).....................................................(((((((..........(((((.((((....))))......))))).....)))))))...............................................................................................................((((((((..((((((((((((((............((((((((.........................))))))))............)))))))))))))).))))))))..............((((((((((....))))))))))......... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................((((((((.................................))..))))))...................................(..............)............................(((((...............)))))......................................................((((((......))..)))).................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((((...)))))))))..)))..........................................................................................................................................................................................................((.........))..............................................................................................(((((((.....................))).))))............((((.....((((((((((((((((((......((........)).......)))))))))))).....((.....))(((.......)))........................((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((...........))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))..................................................(((((.(((.((((..((((((.((((...................))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).................)))))).....))))..................((..((((((((..........((((((((....))))))))..........)))))))).))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................(((((((....((((((((((((((((((..(...((((((((.((((((((........))))))))))))))))...)..))))))))))))))))))...)))))))....................(((((....))))).............. |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........................(((((((((...(...((((((....))))))...)....)))..))))))................................((((((..........)))))).........................(((((.....(......)..)))))..................((((.((....))))))...................((((((......))..)))).................................((((((((.......))))))))..................................((((((..((.((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((...)))))))))).))).........................................................................................................................................................................................................((((.......))))..................................................................................(((((((((((((...)))))))))))))....................((((((((.((((((......((((((((((((((((((.....................))))))))))))))....(((.....)))..)))).....)))))).)))))))).........................(...........)..............................(((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((...........................................................(......................................).....)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((((((((................)))))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))......................................................(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....)))))))......((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................((((.((...(((((((((((((((((((..(...((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..)).))))................(((.(((((....))))).))).......... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((((((((.......(((((..(((((((..........................................................(((((..((((((....(((((..(((....))))))))..((....))......(((((((.....(((((((....)))).))))))))))................(((((....)))))....................((((((........))))))..))))))..)))))....((((.(((((((...(((((((.......)))))))))))))..).))))..............((....((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))....))...........(((((....(((.....)))..))))).............(((((((((((((...)))))))))).)))..................(((((.....)))))...))..))))).)))))................(.....).........)))))))))))(((((...........................)))))....(.((((((.....((((....))))......)))))))(((((((((.......(((((((((((((((((......)))))))))))))))))..........................(((((((..((((....))))..)))))))............((((((((((((((...)))))))))))))).........................)))))))))...((.(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..))).))((((((((((.....))))))))))........................(((((....))))).........((((((...........)))))).(((((((....(((((((.(((....))))))))))((.(((((((((((.(.((....)).).))))))))))).))...................................(((((((((...(((.((...(((((.(((((..........................(((((((............((((((((((((.((..(((((.........(((.....(((........))).....))).....)))))..)).))))).)))))).)............)))))))......(((((.....((((((((.......)))))))).....))))).................((((((.....))))))..))))).)))))....))...)))..))))))))).......)))))))(((....)))..(((.((((((......((((..(((.((((....)))).)))..))))......))))))))).............(........((((((((.......((((.(((((((.((((((((.......))))))))...............................((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))..).))..)))))))))))(((((....)))))))))))))...).. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.......)))))))......(((((..((............(((((.((((((......((.........))............((((...................(((((...)))))..((((((......((.(((.(((((.(((((....................(((((....)))))((((((((......((((((......(((((....)))))...(((.(((((((.(....((((((........))))))..(((((....((((((..((((..(((((((...((((((.......)))))))))))))..((((........))))))))..)))))).))))).((.((((........)))).))............((((((...(((((...(.(((...(((.......))).))))(((((((..........((((((((((...)))))))))).......................(((.......)))((...(((((.......((((.....((....)).......)))))))))...))...........)))))))......(((((((.............(((((.((((((.....((((....))))......)))))))))))...((((.....(((((((((((((((((......)))))))))))))))))))))....................)))))))....))..)))..((((((.....(((....)))..............((((....((((((....(.(((..((((...)))).))).)..))))))...)))).))))))((((..((((((((...((((......))))....))))))))..))))..))))))((((((((((.....))))))))))...........).)))))))..)))..(...((((.........))))...)))))))......)))))))).(((((((.((((((((..((....)).))))))))....)))))))........))))).)))))))).)).))))).)......))))...........((((.(((((.(((((((..((.((((((.((((.....)))).......(((.....((((.......(((((((............((((((((((((.((..(((((.((..........(((.(((........)))))).......)).)))))..)).))))).)))))))((........)).)))))))((((((..........(((((((.........)))))))..............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........)))).))))))......(((.((((((.(....((((..((..((((....))))..))..))))....).)))))))))...(((((((..........)))))))))))....)))..)))))).)).((((((((.......))))))))...........)))))))))).))..(.(..((...(((((.....(((((((((..(((..((((..(....(((((((.(((((.(((......))).))))))))))))....)..))))..)))..)))))))))....)))))....))...)..)..))))..))))..)).)))))...)).))))). |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))(((((((((((((......(((((..(((((((..(..............(((((.............................(((...((((((..((((((....(((((..(((....)))))))).(((....))).....(((((((.....(((((((....)))).))))))))))........((......(((((....)))))....))..............((((((........))))))..))))))..)))))))))((((.(((((((...(((((((.......)))))))))))))..).)))).......((((..(((.(..((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))..).)))..))))...((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).))).............)))))((((((...)))))))..))..))))).)))))........(((..((((.....)).)).))))))))))))))))(((((......(........).((....))))))).....(.((((((..((.((((....)))).))...)))))))(((((((((.((((..(((((((((((((((((......)))))))))))))))))..((........))........(((.(((((((..((((....))))..))))))).)))(((..(.((((((((((((((((.))))))))))))))).)))))(((...))).....)))).)))))))))...((.(((.(((((.((((((((.(.((((......))))..).)))))))).)))))..))).))((((((((((.....))))))))))........................(((((....)))))........(((((((...........)))))))(((((((((..(((((((.(((....))))))))))((.(((((((((((.(.(((()))).).))))))))))).))..........(((............).....))..(((((((((..(((((((...(((((.(((((............((((..........(((((((..(...((((..((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).))))).))))))).)))).....)..))))))).)))).(((((.....((((((((.......)))))))).....)))))...............((((((((.....))))))))))))).)))))....))..))))).))))))))).....)))))))))((((()))))..(((.((((((.(....((((..(((.((((....)))).)))..))))....).)))))))))............(((((.....((((((((.......((((.(((((((.((((((((.......))))))))...............................((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))..).))..)))))))))))(((((....)))))))))))))))))). |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................((((((........((((........))))................((((.................................((((..((....))))))........))))................(((((.(.........).))))).....................((..........))....................((((((........))))))...........................(((...((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))....................................((((((.......((((..(...........).....))))))))))................................................(((((.(((((((.((((((......))).)))).)))))))))))...................((((((((((......))))))))))...................................................................))))))..............((((((((...................))).)))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((.....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((((..(....).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..(((((..((((((.......)))))).........)..))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)...(((.((((....)))).)))...........))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....))))).............. |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.........))))...........................((((((........(((((......)))))......(((((...((((.................................((((((..((....))))))))..........................((((..(........)...))))......(((((.........(((((......)))))......)))))........((((((........)))))).................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((...................................))))))..............))))..))))).......................(((((.(((((.(((.(((((....))))))))...))))))))))......(.....(((...(((((((((((......)))))))))))...))))............................((.......(((....)))...)).......))))))..((((((((((((((...))))))))))))))...................(((((((..((((((......((((..(((.((((((..((((((......))).)))....)))))).)))......(((.....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....))))))).................(((..(((((((((.((....)))))))))))..)))...((....))......................((..(((((....)))))...))...........((((....(((((((((.....((..((((.....................(((....)))..)))).))...(((((...(((..(..............)..))).....)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((.(..((((..((((..(((((((.......)))))))...........))))..)))).)...((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((...(.(((...(((.((((....)))).)))....))))...))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......))))))....................(.(..((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((..(((.(((((......))))).))).)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).).........((((.(((((....))))).))))......... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((.[[[[[..((((((((...)))).)))).)))...]]]]]..(((((((((((.........(((((((..((((((....................((((.......[[[[[[.)))).....]]]]]]......))))))....(((((((.....(((((((....))).)))))))))))....((((((......(((((....)))))[[[[[........)))))).((((((........))))))......]]]]]........(((...[[[[[[[...)))..(((((....)))))]]]]]]].(((.((((....(((((((.(((....(((((((.....((((........))))......)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((((...))))))))))..(((.................((((((...)))))))))...........))))).)))).))).))))))).......(((.....)))...))))...)))..))))))).)))))))))))((((........))))((((((.....((((....))))......)))))).(((((((((.(((((((....((((((((((((......))))))))))))......(((........))).)))))))...(((((((..((((....))))..)))))))....(((.....((((((((((((((...))))))))))))))...)))....((((.....))))..))))))))).(((..(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....))))((((((((((.....)))))))))).[[[[[[.....))).........]]]]]].((((...[[[[..))))...]]]].................((((((((.(((........(((((((((((((((...((((((........(((((....)))))..)))))).....((((..((((.....))))..((((....((((....((((((((((.(((((((.......(((((((((.(((.....)))...........(((((...........)))))..))))))))).............))))))).))))))))))....)))))))).(((..((((((((((.....)))).))))))..)))......)))))))))))))).)))))...((((((((.......))))))))))).........(((((.....((((((((....))))))))..))))))))))))).....((((((((((.....)))))))....[[[[[[[.............)))..]]]]]]](((((((.(((.((((....)))).)))..[[[[[[[....)))))))..]]]]]]]...((((((.....((((((((.......((((.(((((((.((((((((.......))))))))...((((....(((.....)))..............(((((.....(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))......))))..)))..)))))))))....)))))....)))))))))))))))(((((....))))))))))))))))))) |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((.......)))))))......((((((((....((((.((((.((((.((...(((((((....))))))).....))))))...)))).(((....(((...((((((..((((((.......(((((((....))).)))).(((....))).....(((((((.....(((((((....))).)))))))))))....((((((....(((.(((....))))))............)))))).((((((........))))))..))))))..))))))))))))...((((((...(((((((.......))))))))))))).(((((((.....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...))))))))).))))..................((((((...))))))((......))))..))))).)))).))).))))))).(((((((((.((((....))))((((((((((((((((......))).)))).)).)))))))(((.((((((...((((((....)))).))...)))))))))(((....)))....(((((((((((((((((......))))))))))))))))).(((........)))...........(((((((..((((....))))..)))))))...))).))))))(((((((((((((...))))))))))))).....((.(((((.(((..........((((((((.((((.(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..))).))))..((((((.....)))))).(((.........))).((((((((((((((((....))))).....((.(((((((...........)))))))))(((((((.(((((((((.((....)))))))))))...)).))))).........))))))))))).(((((((...((((.(((((((((...((((..(((((......(((((((((..(((((.((..(((((.(((((.......(((.....)))........(((((((......((((..((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).)))).)))))))).))))........))))))).(((.((((..(((..((((((((.......))))))))...........)))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).))))).....)).))))).)))))))))....))))).(((((....)).))).(((.((((((......((((..(((.((((....)))).)))..))))......))))))))).))))..)))..)))))).)))))))))))...((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))))))).)))..))))).)).))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))).))))...........((.(((((....))))).)).))).))))). |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((.((...(((((.....(((................................(((((((((((.........((((((.(((((((.((((.........((((((..((((((....((((((..((....))))))))................(((((((.....(((((((....)))).))))))))))................(((((....)))))....................((((((........))))))..))))))..))))))...((((..((((((...(((((((.......)))))))))))))....)))).....(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))............(((...(((((.....)))))...)))........))))).)))).))).))))))).......((.......))...))))..))))))))))))).)))))))))))..........(((((.((((((...((((((....)))).))...))))))))))).............((((((((((((((((......))))))))))))))))...........................(((((((..((((....))))..)))))))............((((((((((((((...))))))))))))))........................................(((.(((((.((((((((.....((.......)).....)))))))).)))))..)))...((((((((((.....)))))))))).......................................................................((((((((...(((((((.(((....))))))))))...(((((((((......((((....)))))))))))))....(((........)))....................((((((((((([[[[......[[[[[.[[[[[..........................[[[[[[[........[[..[[[[[[[[[[[[.[[..[[[[[...........[[[[[[[))......]]]]]]]...........]]]]]..]].]]]]].]]]]]]].]]..........]]]]]]]................((((((((.......)))))))).........................((((((((.....))))))))]]]]].]]]]].........]]]].)))))))))......))))))))....))).....))))){{.)).)))).))))).(((.((((....)))).)))......(((..((((}}.....))))..))).((((((.....((((((((.......((((.(((((((.((((((((.......))))))))...............................((...(((((.((...((((((((..(((..((((......((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))......))))..)))..))))))))..)).)))))....))..)))))))))))(((((....))))))))))))))))))) |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((.((..........((((((((...)))).))))..((((.(((..(((((((....)))))))..))..))))..).(((((..............................((((((..(((....))))))))).....))))).....((((.....((((((.............)))))))))).((((((........(((((......)))))....).))))).......(((((((((....)))))))))..................(((..((((((...(((((((((.....)))))))))))))..)).))).......((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))).))).))))))........(((.(((((((..........))))))).))).......................(((((.((((((..((.((((....)))).))...)))))))))))...((((......((((((((((((((((......)))))))))))))))).))))......................(((((((.((((......)))).))))))).....(((((...(((((((((((((...)))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((.....)))..))))..)).)))))).))))))))....(....)...(..(((((....)))))......)....................)))))...((((((..((((((((.((....))..))))))))..)))..(((....))).)))......................((((....)))).........................((.((((.....)))).))........................(((....))).........................((..(((..((((....))))..)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..((((((.((((((((...)))))))).....).))....)))..)))))).)..(((((((.....))))))).....))))))).............((..((((..(((...)))))))..))..........((.((((((((..(.((((.(((((((((....)))))))).)).))))..))))))))))...((((((.(((((..........))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))))..((((.((..((((((((((.(((..((((..(...((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).)))).............))..((((((((....))))))))))))))))..) |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((...............(((((((...)))).))).......(((((((((((((....))))))).............((((((.....(((((...........))))).....((((((..((....))))))))......)))))).............(((((((...........)))))))........)))))).....(((((......)))))...((............)).((((((......))))))..................(((((....((((...((((((((.......)))))))))))).....)))))....................((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).................(((...............))).))..))))).)))).........((.....))((((.(((((((..........))))))).))))......................(((((.(((((((((((((((....)))))).))))))))))))))....(((.....(((((((((((((((((......))))))))))))))))))))........................((((((.((((......)))).)))))).....((((((...(((((((((((((...))))))))))))).(((.(((.(((........((((((((.((((((.((...((((.((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))).....(((.....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....)).....(((((....))))).......))).)))....)))......))))))..((((((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..))).........(.((....(((..(((((((.((((............................((((.....))))))))))))))).......)))......(((....))).)).).....................((.(((((((((....)))))))))....(((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))...((((((.((.((((..((((((.(((((((.....))))))).......))...))))..))))).)..((((((((.....))))))))....)))))).............(((..((((..(((...)))))))..))).........((.((((((((.(..((((.((((.((((....)))).))))..)))))..))))))))))...((((((.(((((.((....)).)))))..(.((((((....))))))..((((((((.....)))))))).).....)))))))))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((..(...((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).))))................(((((((((....))))))))))))))).).. |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((.(((...)))....((((((((...)))).)))).(((((.((((((.(((((((((((.........(((((((.((((((.((((...(((...((((((..((((((.......(((((((....))).)))).(((....))).....(((((((.....(((((((....)))).))))))))))..............(.(((((....))))))...................((((((........))))))..))))))..)))))))))((((..((((((...(((((((.......)))))))))))))....))))...(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))..................((((((...))))))((......))))..))))).)))).))).)))))))....)).(((.....)))...))))..))))))))))))).)))))))))))...((((((((((((.((((((...((((((....)))).))...)))))).(((((((((..((...(((((((((((((((((......))))))))))))))))).(((........)))...........(((((((..((((....))))..)))))))....(((.....((((((((((((((...))))))))))))))...))).((...)).......))..))))))))).((((.(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..))).))))((((((((.....))))))))..........((((((....((((((.(((..((((............(((((((...........))))))).((((((((.((((((((.(((....)))))))))))..((((((((((......(((....))))))))))))).(((((.(((...((((.................((((....((((((((((.(((((..(.....)...........((.....)).............((((...........))))......((((((........)))))).))))).))))))))))....)))).....(((((((((((((((.....)))).))))))))))).....)))).))).)))))..........((((((((.......))))))))............(((((.....((((((((....))))))))..)))))))))))))........))))..))).))))))..))))))((((((..(..(((...))).)..)))))).(((((((..((.((((((..((((((..................)))))).((((((.((((..(......)..))))....((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))).....))))))))..)))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))...))))..))))))))....))))..)).)))))..))))))).). |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((...........(((.......(((.....)))...).....)).((.....(((((...(((......))))))))))(.((((((((......((((.........))))...)).)))))).)...(.((((((......))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((...((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........((...(.(((...(.((.....).)...(..)..)).)))))..((....)).........((((.(((((.......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((.................))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((.....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.((.((..((((....))))(...)...........(((.((((((((((((.....))))(((.((((((.......(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))......((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).))).)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....))))))))))))))).... |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((.(((..(((((((((((.(.(((.........(((.(((.((((...((....(((.......)))...)).((.....)).........(((.....(((....((((.....((((((..((....))))))))........((........)).....(((((.....((....))..)))))..((((((((((......((((.((....))))))...)).))))))))...(.((((((......))..)))))..))))...)).)..))).((.....(((...((((((((.......)))))))))))......(((...((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))...)))..))..)))))))))).(....((((((...(((((...))))).)))))))...........(((((((((((((...)))))))))).)))......((.......((.....)).)))))...).(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((.(.......(.((...(((((.......(((((.(.........)....))...........).......))(.(......).....)..(((((.((((.......))))..)))))......(....)....(((((.......((...(((.....)))(((....))).....))......)))))..............(((((((((((.............))))))).))))..(((.......(((((......((((.((((.(((((((((((.(((......))))))..)))))))).)))).....(((.....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))......)...((((((((((..((((((((.((((..))))))))))))..)))...((....))..))))....)))..((((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((..........((.....))(....)...(((((.(((..(((((....((......(..........)..))......)))))..))).((.((((((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))...(((((.(((.((((..((((((((((....................)))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........)))....))))))........))))))))))).)....)).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))....(((((((((.....))))))))).....)))))))))))))))).....)).))))..((((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....))))))))))))))).... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((...........(((....)..(((.....))).........)).((.....(((((...(((......))))))))))(.((((((((......((((.........))))...)).)))))).)...(.((((((......))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((...((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........(....(((((.(...((.....).)......).)...)))))..(......).........((((.(((((.......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((.................))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((.....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...((................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....))))))))))))))).... |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((.(((..(((((((((((..((((.........(((.(((..(.....((....(((.......)))...)).((.....)).........(((.....(((....((((.....((((((..((....))))))))........((........)).....(((((.....((....))..)))))..((((((((((......((((.((....))))))...)).))))))))...(.((((((......))..)))))..))))...)).)..))).(((....(((...((((((((.......)))))))))))......((....((((((((....))))...)))).(..((.((((........)))).))...))).....)))).)))))).(....((((((...(((((...))))).))))))).(.........(((((((((((((...))))))))).))))....).((......(((.....)))))))))....(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((.(.......(.((...(((((.......(((((.(.........)....))...........).......))(.(......).....)..(((((.((((.......))))..)))))................(((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..............(((((((((((.............))))))).))))..(((.......(((((......((((.((((.(((((((((((.(((......))))))..)))))))).)))).....(((.....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))......)...((((((((((..((((((((.((((..))))))))))))..)))...((....))..))))....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))........(((((.(((..(((((............(((..(((......)))..))))))))..))).((.((((.(((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))).(((((((((((.((((..(((((((((((..................))))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))..........)).)).))))))........))))))))))).))....).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))))))))))))))...)).))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((.((...((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))(((((((((....))))))))))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((...)))....((((((((...)))).)))).(((((...((((((((((((((((.........(((((((.((((((.((((...(((...((((((..((((((....((((...(((....))).)))).(((....))).....(((((((.....(((((((....)))).)))))))))).....((((((.(.(.(((((....)))))))).)).........)))(.((((((........))))))).))))))..)))))))))((((..((((((...(((((((.......)))))))))))))....)))).....(((((((.(((....(((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))............(((...((((((...))))))...)))........))))).)))).))).))))))).......(((.....)))...))))..))))))))))))).)))))))))))...(((((((((((((((((((...((((((....)))).))...)))))).(((((((((.((((..(((((((((((((((((......))))))))))))))))).(((........)))...........(((((((..((((....))))..)))))))....(((.....((((((((((((((...))))))))))))))...)))..............)))).))))))))).((((.(((.(((((.((((((((((.(((((...).)))).)).)))))))).)))))..))).))))((((((((.....)))))))).......(((((((((....((((((.(((..((((..........(.(((((((.((.(...)))))))))))((((((((.((((((((.(((....)))))))))))..((((((((((......(((....)))))))))))))((((((.(((...(((((...............(((((....((((((((((.(((((((((...))).....(((.(((.....)))...........(((((...........)))))..)))((((((((....)))))))))))))).))))))))))....)))))....(((((((((((((((.....)))).)))))))))))...).)))).))).))))))((((.....((((((((.......)))))))).....))))...(((((.....((((((((....))))))))..)))))))))))))........))))..))).))))))..))))))((((((..((.(((...)))))..)))))).[[[[[[[..[[.[[[[[[[(((((((..................)))))))[[[[[[(((((............))))))))((((((....)))))).(((((((((....).))))))))......]]]]]]....]]]]]]]]]..]]]]]]]..(((((.....(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))......))))..)))..)))))))))....)))))..)))))..))))))))...))))).....))))).)))))))).)) |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........)))....................((((.......((..............................((((((...(((((......................................(((....)))(((.....))))))))......(((.....(((((...............)))))...................((..............((.((..............((((((......))..))))...............((((.(((....(((...((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((...)))))))))....................................................))))).)))).)))..)))))).(((((((((......((..............(((((((......))).))))...................................................................................................................(((..(((.....)))..)))......)).(((....)))...........))).))))))..........(((.............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((.....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((.............)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((..................................)))...))))))).........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)...((..((((....))))..))...........))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))))((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...(((((((......((((........)))).....)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....))))).............. |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))...........................((((((........(((..................((((((((.((((((...............(((.....)))......(((((..........))))).......))))))((((.........(((((.....((....))..)))))((.................((.................................((((((......))..))))....((((((.......((.((((((.......((((((((.......)))))))).........((((((.(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...))).......((.((....))))...))))))..((((.....)))).))))).).))........(((((((((((((...)))))))))).))))))))).......................)).....(((((((((....(((....)))..)))..((.....))..))))))..))))))..........)))))))).......(((....)))...............................................................................................................)))...............((((((......(((....)))..))))))....))))))..(((((((((((.........)))))))))))...............((.((((((..........((.(.((((...(((.((((((..((((((......))).)))....)))))).)))..........((((((((((.....))))))))))...........((....))...(((((((....))))).....((((((...((((..((.........((((((((((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..))))....)))......))((((.(.(((....)).).).)))).))))...))))))((((((..(((..((.((((.((.((((((.................(((....))).(((((.(((..(((((........((.(((.(....).))).))......)))))..))).((.((((((((((((......((..((....))..)).((......))......))))..(.(((((.(((.((((..((((..................................))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....))))))........))))))))))).))...)))).))(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))........)))))).).))((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((......(((((......))))).....)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))..)))))).))....((((.(((((....))))).))))......... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((.((((.((((...((((((((((...((..((((.((((.((...(((((((....))))))).....))))))...))))..))...((((((((.......(((((((......(((((((....))).))))......((((......(((((((.....(((((((....))).)))))))))))....((((((......(((((....))))).............)))))).((((((........)))))).))))........))))))).......((((((((((((.((((...((((((...(((((.((((.....)).(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...))))))))).)))).........(..(((...((((((...))))))...)))..).))..))))).)))).))).)))))))...)))))))..))))))...))))...(((.(((((((.((((((.(((....))).(((((((((((((((((.((.((((....)))).)).).)))))).(((((((((.((((...((..(((..(..((((......))))..)..)))..))........(((((.(((..........(((((((..((((....))))..)))))))..(((.(..((.((((((((((((((...)))))))))))))).))..))))..)))))))).)))).))))))))).((((.(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..))).))))....))).))))))).)))))).))))..))).)))...........(((((....)))))...)))))))))))).))))))))......))))))..(((..(((((((((.((....)))))))))))..)))...((....)).))))...))))..)))).))))....((((((..(((.....(.....).....)))....((((..(((.....)))..)))))))))).........))))).))))........(((((((....(((.(((...((..((.(((..((((....))))..))).....))..))..))))))..(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).)))))))((((((..........((((((((.......))))))))..............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........)))).))))))...((((((.((((((......((((..(((.((((....)))).)))..))))......))))))))).))).......((((((.....(((((((........((((.(((((((.((((((((.......))))))))...((((.(...((....((....))..))......(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((..((.(((((.(((......))).)))))))..))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))..).)))))))))))))))(((((....))))).))))))))))))) |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((...(((................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(......))))(((......((((.(.((.(((.((...((((......)))).......))).))...)))...((.....(.((.((((.......................(.(..((.(((((.........(.......((((......((((..........)))).))))(..(((((......((..............))..)).))))..(((..........)).)......((....................))................................((.((.....((....(((((.......))))).))...))...)).........((((.....(...).))))).)))))))...))))))....))).))..((.(((((....((((((.((.....(((((((.......((.....................))...........))))))).)).......)...(.(((((......))))))...............(((.(((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).))))).....))).(((.....)))...(((((((...(((((.(...((((((((((((((((.((((((.....)))).))...)))))))))))))....(((....)))...))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..((((((..(...(((.((((((..(((((((..........)))))).)..))).............))).....)))...)......)))))).....))))).)))))...))..(((.(...(.((.............................................................(((.((((..(((((.........................)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).................(((((((((((..(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))...(..((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))).))............))))((((((((..(((((.((..(((....((((((.(.....)))))))........)..)..)..).)...)))).)..))))))))))))...)))..((.(((((....))))))))))))))... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((....((.((((.....)))).)).))))......((.........(....((((((....))))))...............................................................................................................................................................))).((..((..((((...........................(...(.....((((.(((....(((....(((((((.......))))))).)))......)))...))))......).....).((((...((.((((((........)))).))...))...))))((((.(((((..((......((...(((...(...(((...((.((.((.....(((...((((((((((...)))))))))).)))...))....))...))...))).....).))).......).).))..))))).))))....).....)..........((((...((.(.((.....((.(((...(((.(...(((((((((........((....(..((.(...................).)).....)..))..............((.........((((......))))....................)))))))..........)))).)....))).)))....))......)).)...)).)))).((((((((((((((...))))))))))))))(((................(((((((...(((((.(....(((((((((.(((((((.((((((......))).)))...))))))).)))))....((.(....)))..)))).)...)))))...))))))).).))................))...))....)).(((((.(((.(((.((((((..(...(((..(((((..((((((((.(((....)))))))))))..))).............))......)))...).......))))))...))).)))...............)))))(((((((((((.....))))(((.(((((((((....(((((.....(((.....((..(((((((.(((........(((((((((((.((..(((((.((...(((....((.((((........)))).))..))).)).)))))..)).))))).))))))..)))...).....(.(((((((((.((((..((.(..(..(....(............).)..)...)...))..)))))))(.((((.(((.....)).)))))...)))))))...)....)))))).))..)))...)).))).))))))))).....))).(((.((((((......(((...(((.((((....)))).)))....))).....)))))))))...((((((((((............)))))......(((....))).((.((((((((.......))))))))....))))))))))))))(((....((.((...(...((((.((...((((((((..(((..((((..(..........(.((..(.(..........))...).).)........)..))))..)))..))))))))..)).)))).).)).)).)))))))(((.(((((....))))).))).......... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((...............................................(((((((((((.........((((((..(..(((.((((.........((((((..((((((...........(((....)))...........(.........(((((((.....(((((((....)))).))))))))))................(((((....)))))................)...((((((........))))))..))))))..))))))...(((..((.......((((((((.......))))))))......))..))).....(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))............(((...((((((...))))))...)))....))..))))).)))).))).))))))).....................))))..)))..).)))))).)))))))))))................((((((.....((((....))))......)))))).(((((((((..(((...((..(((..(..((((......))))..)..)))..))...........................(((((((..((((....))))..)))))))...((.(..((.((((((((((((((...)))))))))))))).))..)))............)))..))))))))).((((.(((.(((((.(((((((((..((((......))))..).)))))))).)))))..))).))))..........................((((....((....)).....)))).......................................................(..(((...........)))..)....(((((((..........((....))....)))))))...............................................................................................................................................................................(((..(((((.((((.....))))..)))))..)))..............................((((((.........))))))...............((((((((...(..(((((.....)))))..)..((.....))........)))))))).....................................((((((.......((...(((.((((....)))).)))...)).......)))))).....((((((.........................((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))........................(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((..((.(((((.(((......))).)))))))..))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))...................(((((....)))))...)))))))).). |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((.((...(((((...(((((..(((((...((((...(((((....((((((...((((((((.........((((((.((..(((........(((...((((((..((((((.......(((((((....))).))))....(((((.......(((((((.....(((((((....))).)))))))))))................(((((....)))))..............))))).((((((........))))))..))))))..)))))))))..((((((....))))))...((((...((((((...(((((.((((.....)).(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))...........((..((((((((((...))))))))))......................((((((...))))))...)).....))..))))).)))).))).)))))))...)))))))..))))))...))))..)))..)))))))).)))))))).(((.(((((....((((.((((((...((((((....)))).))...))))))))))((.(((.(((((((((..(((..(..((((......))))..)..)))..))..(((........))).)))))))...(((((((..((((....))))..)))))))....))).))..((((((((((((((...))))))))))))))))))).)))...))))))........)))))..)))).))))).(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..((.(((((((((((((.....))))))))))........((((((....((((((.(((..((((............(((((((...........))))))).((((((((.(((.((((...(((((((((((..(.((.((((((((((......(((....))))))))))))).))..(((((((...((..((((....(((((..(.((((((((.....(((((.....)))))...(((((((((..(((....((.........))..((((...........)))))))))))))))).)))))))))..)))))..))))))...))).....(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).)))).)..)))))).)))))...))))........(((....))).))).........(((((.....((((((((....))))))))..)))))))))))))........))))..))).))))))..)))))).))).))..)))))...)))))...)).)))))))))).(((..(((....)))..))).....((((..((((.......))))..)))).(((((.....(((((((........((((.(((((((.((((((((.......))))))))...............................((...(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((..((.(((((.(((......))).)))))))..))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))....))..)))))))))))(((((....))))).)))))))))))). |