CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01153



RNA: CRW_01153
Rfam family: SSU_rRNA_eukarya

CACCUGGUUGAUCCUGCCAGUGGUAUAUGCUUGUCUCAAAGACUAAGCCCUGCAAGUGCCUGUAUGAGUGUUUAUAUAACGAAACUGCGAAUGGCUCGGUAAAACAGUAAAAAUUUUUUCGGAGAAAAUACUACUCGGAUAACCGUAGUAAAGCUAGAGCUAAUACGUGCUACAAAAUGAGGCGAGCAAUCGUUCUCGUGGUACAAAAUAGAGAUACAACCCAGUUUUUACUGGUGAUUCAUACUUUUUUCUGAUCACACUUUUAUGUGUGUGACGCUCCGAUCAAAUUUCUGACCUAUCAACUAUGAUGGUAAGGUAGUGGCUUACCAUAGUUGUGACGGGUAACGGACCGUGGGUGCGGGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCGAACUUCGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAGCAAUAGGGGGACCAAUGGUCUCUCUAAUUGGAAUGAAAACAAUGUAAACUCCUUAUUGAGGAGCCAGCAGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCUGUAAGCGUAUACCAAAGUUGUUGCAGUUAAAACGCUCGUAGUCGAACUUUGGCGAUGGUUGCUGAAACUCCGUAAGGAGAUUGAUGUAGCCUCGUCCUUGUGGAUUUUUGGGGGUGUGGUGGUACUUUAUUGUAUUGCUGCAUUUCCGCCACUGUUUACUGUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAAGCGAUUGCCCUGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACCUGGUUCUGUUUUAUUGGUUUGUCUGUAUCAGGUAAUGAUUAACAGGGACGGUCGGGGGCAUUUGUAUUCCAGCGUUAGAGGUGAAAUUCUUGGAUCGUUGGAAGACAAACAGCUGCCGAAAGCGUCUGCCAAGGACGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAAGUAAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUUACUGUAAACUAUGAGGCCUGGGGAUCGGGCGUGGCCUAUUGGUACGUUCGGCACCCUCCGGGAAACCAAAGCUUUUGCUUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGUCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCAUCACCGGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCCAGACAUAGCAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGUUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUCUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAGCGAGACCUGGGCGUGCUAAAUAGAAAAUGCUAUUAAACUGCGGUAGCAUCGAAAAUUUAAUCUUCUUAGACGGACUGUAGGCGUAUAGUCUAUGGAAGCUCCAGGCAAUAACAGGUCUGAGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGUGCUACACUGAAUGGCUCAACGGGUGAGGUAGUGCGAAAGCAUGACCCAAUCUCUAAAUCCAUUCGUGCUGGGGAUAGAAGCUUGCAAUUAUCCUUCUUGAACGAGGAAUACCUUGUAAGCGCGAGUCAUCAUCUCGUGCUGAAUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGGUCCGGUGAGGCCUUGGGAGAGCUGGGCGAAUUAGUGUUUAUUCACGAAUUUCCUGGUUUAAACUUGGUCAAACCUUACUACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...[[[.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....................)))))......(((......((((..((..((....((((..........((((....(((((((.....))))))).....))))......((((((((((....)))).))))))....((((((.........(((((......)))))......)))))).......((((((........))))))...))))...))))..))))(((..(.(((...((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((...)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....{{{{.....{{.)))}}.......}}}})))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......(((((.(((((((((((((((....))))))))).)))))))))))...((((......((((((((((((((((......)))))))))))))))).))))...........................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((.....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..(((.(((((((((.((....)))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((((((((((......))))))..........)))..)))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((...((((((((....))))))))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((((((((((((.(((......)))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (......(((((((((((...(((((.((.(((((.....((((...(((((....((((((.((((((((((.........((((((.((..(((.((((...(((...((((((..((((((.......(((((((....))).))))....(((((.......(((((((.....(((((((....))).)))))))))))...............((((((....))))).)............))))).((((((........))))))..))))))..)))))))))..((((((....))))))..........((((((...(((((.((((.....)).(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))...........((..((((((((((...))))))))))......................((((((...))))))...)).....))..))))).)))).))).)))))))...)))))))..))))))...))))..)))..)))))))).))))))))))....((((...(((((.(((((((.((.((((....)))).)).).)))))))))))...((((.....(((..(((..(..((((......))))..)..)))..))))))).)))).................(((((((..((((....))))..)))))))..(((.(..((.((((((((((((((...)))))))))))))).))..))))...))))))........)))))..))))...(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....))))((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....)))))).))))).)).))))).(((((((...........))))))))))..(((..(((((((((.((....)))))))))))..)))....(((((((...((((((.(((((.((..(((((..((.(....).))..........(((((..(.((((((((....((((((.....))))).).(((((((((.(((.....)))...........(((((...........)))))..))))))))).)))))))))..)))))((((.((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).).)).((((......(((((......))))).....((.(((((((((............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........))))....)).)))))))...((((((......((((..(((.((((....)))).)))..))))......))))))..)).((((((.((((..((....))..))))....((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))..))))).))))).)))).)))))..))..(((((((((..(((..((((..((..((((..((.(((((.(((......))).)))))))..))))...)).))))..)))..))))))))).))))).))))))........)))))))(((((....)))))...))))))))..)
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................((((.............)))).......................................................................................................................((((((((.......)))))))).............................................((((........))))........................................(((((...)))))......................((((((((((...))))))))))........................................((((((...................................))))))..................................................................................................................................................................................................................................(((((((......................)))))))...........................((((((((((((((.....................))))))))))))))........((((((((((.....))))))))))................((((((((............................)))))))).........((.....(((..(((((((((.((....)))))))))))..))))).((....))............................................................................................................................((((((((((..................................))))))))))...............................................................((((((...............((((((((.......)))))))).........................((((((((.....))))))))....)))))).....................................................(((((((..........(((((.((((....))))......))))).....)))))))...............................................................................................................((((((((..((((((((((((((............((((((((.........................))))))))............)))))))))))))).))))))))..............((((((((((....)))))))))).........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................((((((((.................................))..))))))...................................(..............)............................(((((...............)))))......................................................((((((......))..)))).................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((((...)))))))))..)))..........................................................................................................................................................................................................((.........))..............................................................................................(((((((.....................))).))))............((((.....((((((((((((((((((......((........)).......)))))))))))).....((.....))(((.......)))........................((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((...........))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))..................................................(((((.(((.((((..((((((.((((...................))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).................)))))).....))))..................((..((((((((..........((((((((....))))))))..........)))))))).))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................(((((((....((((((((((((((((((..(...((((((((.((((((((........))))))))))))))))...)..))))))))))))))))))...)))))))....................(((((....)))))..............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).........................(((((((((...(...((((((....))))))...)....)))..))))))................................((((((..........)))))).........................(((((.....(......)..)))))..................((((.((....))))))...................((((((......))..)))).................................((((((((.......))))))))..................................((((((..((.((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((...)))))))))).))).........................................................................................................................................................................................................((((.......))))..................................................................................(((((((((((((...)))))))))))))....................((((((((.((((((......((((((((((((((((((.....................))))))))))))))....(((.....)))..)))).....)))))).)))))))).........................(...........)..............................(((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((...........................................................(......................................).....)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((((((((................)))))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))......................................................(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....)))))))......((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................((((.((...(((((((((((((((((((..(...((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..)).))))................(((.(((((....))))).)))..........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).(((((((((((.......(((((..(((((((..........................................................(((((..((((((....(((((..(((....))))))))..((....))......(((((((.....(((((((....)))).))))))))))................(((((....)))))....................((((((........))))))..))))))..)))))....((((.(((((((...(((((((.......)))))))))))))..).))))..............((....((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))....))...........(((((....(((.....)))..))))).............(((((((((((((...)))))))))).)))..................(((((.....)))))...))..))))).)))))................(.....).........)))))))))))(((((...........................)))))....(.((((((.....((((....))))......)))))))(((((((((.......(((((((((((((((((......)))))))))))))))))..........................(((((((..((((....))))..)))))))............((((((((((((((...)))))))))))))).........................)))))))))...((.(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..))).))((((((((((.....))))))))))........................(((((....))))).........((((((...........)))))).(((((((....(((((((.(((....))))))))))((.(((((((((((.(.((....)).).))))))))))).))...................................(((((((((...(((.((...(((((.(((((..........................(((((((............((((((((((((.((..(((((.........(((.....(((........))).....))).....)))))..)).))))).)))))).)............)))))))......(((((.....((((((((.......)))))))).....))))).................((((((.....))))))..))))).)))))....))...)))..))))))))).......)))))))(((....)))..(((.((((((......((((..(((.((((....)))).)))..))))......))))))))).............(........((((((((.......((((.(((((((.((((((((.......))))))))...............................((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))..).))..)))))))))))(((((....)))))))))))))...)..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((.......)))))))......(((((..((............(((((.((((((......((.........))............((((...................(((((...)))))..((((((......((.(((.(((((.(((((....................(((((....)))))((((((((......((((((......(((((....)))))...(((.(((((((.(....((((((........))))))..(((((....((((((..((((..(((((((...((((((.......)))))))))))))..((((........))))))))..)))))).))))).((.((((........)))).))............((((((...(((((...(.(((...(((.......))).))))(((((((..........((((((((((...)))))))))).......................(((.......)))((...(((((.......((((.....((....)).......)))))))))...))...........)))))))......(((((((.............(((((.((((((.....((((....))))......)))))))))))...((((.....(((((((((((((((((......)))))))))))))))))))))....................)))))))....))..)))..((((((.....(((....)))..............((((....((((((....(.(((..((((...)))).))).)..))))))...)))).))))))((((..((((((((...((((......))))....))))))))..))))..))))))((((((((((.....))))))))))...........).)))))))..)))..(...((((.........))))...)))))))......)))))))).(((((((.((((((((..((....)).))))))))....)))))))........))))).)))))))).)).))))).)......))))...........((((.(((((.(((((((..((.((((((.((((.....)))).......(((.....((((.......(((((((............((((((((((((.((..(((((.((..........(((.(((........)))))).......)).)))))..)).))))).)))))))((........)).)))))))((((((..........(((((((.........)))))))..............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........)))).))))))......(((.((((((.(....((((..((..((((....))))..))..))))....).)))))))))...(((((((..........)))))))))))....)))..)))))).)).((((((((.......))))))))...........)))))))))).))..(.(..((...(((((.....(((((((((..(((..((((..(....(((((((.(((((.(((......))).))))))))))))....)..))))..)))..)))))))))....)))))....))...)..)..))))..))))..)).)))))...)).))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))(((((((((((((......(((((..(((((((..(..............(((((.............................(((...((((((..((((((....(((((..(((....)))))))).(((....))).....(((((((.....(((((((....)))).))))))))))........((......(((((....)))))....))..............((((((........))))))..))))))..)))))))))((((.(((((((...(((((((.......)))))))))))))..).)))).......((((..(((.(..((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))..).)))..))))...((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).))).............)))))((((((...)))))))..))..))))).)))))........(((..((((.....)).)).))))))))))))))))(((((......(........).((....))))))).....(.((((((..((.((((....)))).))...)))))))(((((((((.((((..(((((((((((((((((......)))))))))))))))))..((........))........(((.(((((((..((((....))))..))))))).)))(((..(.((((((((((((((((.))))))))))))))).)))))(((...))).....)))).)))))))))...((.(((.(((((.((((((((.(.((((......))))..).)))))))).)))))..))).))((((((((((.....))))))))))........................(((((....)))))........(((((((...........)))))))(((((((((..(((((((.(((....))))))))))((.(((((((((((.(.(((()))).).))))))))))).))..........(((............).....))..(((((((((..(((((((...(((((.(((((............((((..........(((((((..(...((((..((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).))))).))))))).)))).....)..))))))).)))).(((((.....((((((((.......)))))))).....)))))...............((((((((.....))))))))))))).)))))....))..))))).))))))))).....)))))))))((((()))))..(((.((((((.(....((((..(((.((((....)))).)))..))))....).)))))))))............(((((.....((((((((.......((((.(((((((.((((((((.......))))))))...............................((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))..).))..)))))))))))(((((....)))))))))))))))))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................((((((........((((........))))................((((.................................((((..((....))))))........))))................(((((.(.........).))))).....................((..........))....................((((((........))))))...........................(((...((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))....................................((((((.......((((..(...........).....))))))))))................................................(((((.(((((((.((((((......))).)))).)))))))))))...................((((((((((......))))))))))...................................................................))))))..............((((((((...................))).)))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((.....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((((..(....).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..(((((..((((((.......)))))).........)..))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)...(((.((((....)))).)))...........))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))..............
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.........))))...........................((((((........(((((......)))))......(((((...((((.................................((((((..((....))))))))..........................((((..(........)...))))......(((((.........(((((......)))))......)))))........((((((........)))))).................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((...................................))))))..............))))..))))).......................(((((.(((((.(((.(((((....))))))))...))))))))))......(.....(((...(((((((((((......)))))))))))...))))............................((.......(((....)))...)).......))))))..((((((((((((((...))))))))))))))...................(((((((..((((((......((((..(((.((((((..((((((......))).)))....)))))).)))......(((.....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....))))))).................(((..(((((((((.((....)))))))))))..)))...((....))......................((..(((((....)))))...))...........((((....(((((((((.....((..((((.....................(((....)))..)))).))...(((((...(((..(..............)..))).....)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((.(..((((..((((..(((((((.......)))))))...........))))..)))).)...((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((...(.(((...(((.((((....)))).)))....))))...))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......))))))....................(.(..((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((..(((.(((((......))))).))).)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).).........((((.(((((....))))).)))).........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((.[[[[[..((((((((...)))).)))).)))...]]]]]..(((((((((((.........(((((((..((((((....................((((.......[[[[[[.)))).....]]]]]]......))))))....(((((((.....(((((((....))).)))))))))))....((((((......(((((....)))))[[[[[........)))))).((((((........))))))......]]]]]........(((...[[[[[[[...)))..(((((....)))))]]]]]]].(((.((((....(((((((.(((....(((((((.....((((........))))......)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((((...))))))))))..(((.................((((((...)))))))))...........))))).)))).))).))))))).......(((.....)))...))))...)))..))))))).)))))))))))((((........))))((((((.....((((....))))......)))))).(((((((((.(((((((....((((((((((((......))))))))))))......(((........))).)))))))...(((((((..((((....))))..)))))))....(((.....((((((((((((((...))))))))))))))...)))....((((.....))))..))))))))).(((..(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....))))((((((((((.....)))))))))).[[[[[[.....))).........]]]]]].((((...[[[[..))))...]]]].................((((((((.(((........(((((((((((((((...((((((........(((((....)))))..)))))).....((((..((((.....))))..((((....((((....((((((((((.(((((((.......(((((((((.(((.....)))...........(((((...........)))))..))))))))).............))))))).))))))))))....)))))))).(((..((((((((((.....)))).))))))..)))......)))))))))))))).)))))...((((((((.......))))))))))).........(((((.....((((((((....))))))))..))))))))))))).....((((((((((.....)))))))....[[[[[[[.............)))..]]]]]]](((((((.(((.((((....)))).)))..[[[[[[[....)))))))..]]]]]]]...((((((.....((((((((.......((((.(((((((.((((((((.......))))))))...((((....(((.....)))..............(((((.....(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))......))))..)))..)))))))))....)))))....)))))))))))))))(((((....)))))))))))))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((.......)))))))......((((((((....((((.((((.((((.((...(((((((....))))))).....))))))...)))).(((....(((...((((((..((((((.......(((((((....))).)))).(((....))).....(((((((.....(((((((....))).)))))))))))....((((((....(((.(((....))))))............)))))).((((((........))))))..))))))..))))))))))))...((((((...(((((((.......))))))))))))).(((((((.....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...))))))))).))))..................((((((...))))))((......))))..))))).)))).))).))))))).(((((((((.((((....))))((((((((((((((((......))).)))).)).)))))))(((.((((((...((((((....)))).))...)))))))))(((....)))....(((((((((((((((((......))))))))))))))))).(((........)))...........(((((((..((((....))))..)))))))...))).))))))(((((((((((((...))))))))))))).....((.(((((.(((..........((((((((.((((.(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..))).))))..((((((.....)))))).(((.........))).((((((((((((((((....))))).....((.(((((((...........)))))))))(((((((.(((((((((.((....)))))))))))...)).))))).........))))))))))).(((((((...((((.(((((((((...((((..(((((......(((((((((..(((((.((..(((((.(((((.......(((.....)))........(((((((......((((..((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).)))).)))))))).))))........))))))).(((.((((..(((..((((((((.......))))))))...........)))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).))))).....)).))))).)))))))))....))))).(((((....)).))).(((.((((((......((((..(((.((((....)))).)))..))))......))))))))).))))..)))..)))))).)))))))))))...((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))))))).)))..))))).)).))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))).))))...........((.(((((....))))).)).))).))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((.((...(((((.....(((................................(((((((((((.........((((((.(((((((.((((.........((((((..((((((....((((((..((....))))))))................(((((((.....(((((((....)))).))))))))))................(((((....)))))....................((((((........))))))..))))))..))))))...((((..((((((...(((((((.......)))))))))))))....)))).....(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))............(((...(((((.....)))))...)))........))))).)))).))).))))))).......((.......))...))))..))))))))))))).)))))))))))..........(((((.((((((...((((((....)))).))...))))))))))).............((((((((((((((((......))))))))))))))))...........................(((((((..((((....))))..)))))))............((((((((((((((...))))))))))))))........................................(((.(((((.((((((((.....((.......)).....)))))))).)))))..)))...((((((((((.....)))))))))).......................................................................((((((((...(((((((.(((....))))))))))...(((((((((......((((....)))))))))))))....(((........)))....................((((((((((([[[[......[[[[[.[[[[[..........................[[[[[[[........[[..[[[[[[[[[[[[.[[..[[[[[...........[[[[[[[))......]]]]]]]...........]]]]]..]].]]]]].]]]]]]].]]..........]]]]]]]................((((((((.......)))))))).........................((((((((.....))))))))]]]]].]]]]].........]]]].)))))))))......))))))))....))).....))))){{.)).)))).))))).(((.((((....)))).)))......(((..((((}}.....))))..))).((((((.....((((((((.......((((.(((((((.((((((((.......))))))))...............................((...(((((.((...((((((((..(((..((((......((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))......))))..)))..))))))))..)).)))))....))..)))))))))))(((((....)))))))))))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(.((((((((.((..........((((((((...)))).))))..((((.(((..(((((((....)))))))..))..))))..).(((((..............................((((((..(((....))))))))).....))))).....((((.....((((((.............)))))))))).((((((........(((((......)))))....).))))).......(((((((((....)))))))))..................(((..((((((...(((((((((.....)))))))))))))..)).))).......((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))).))).))))))........(((.(((((((..........))))))).))).......................(((((.((((((..((.((((....)))).))...)))))))))))...((((......((((((((((((((((......)))))))))))))))).))))......................(((((((.((((......)))).))))))).....(((((...(((((((((((((...)))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((.....)))..))))..)).)))))).))))))))....(....)...(..(((((....)))))......)....................)))))...((((((..((((((((.((....))..))))))))..)))..(((....))).)))......................((((....)))).........................((.((((.....)))).))........................(((....))).........................((..(((..((((....))))..)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..((((((.((((((((...)))))))).....).))....)))..)))))).)..(((((((.....))))))).....))))))).............((..((((..(((...)))))))..))..........((.((((((((..(.((((.(((((((((....)))))))).)).))))..))))))))))...((((((.(((((..........))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))))..((((.((..((((((((((.(((..((((..(...((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).)))).............))..((((((((....))))))))))))))))..)
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((...............(((((((...)))).))).......(((((((((((((....))))))).............((((((.....(((((...........))))).....((((((..((....))))))))......)))))).............(((((((...........)))))))........)))))).....(((((......)))))...((............)).((((((......))))))..................(((((....((((...((((((((.......)))))))))))).....)))))....................((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).................(((...............))).))..))))).)))).........((.....))((((.(((((((..........))))))).))))......................(((((.(((((((((((((((....)))))).))))))))))))))....(((.....(((((((((((((((((......))))))))))))))))))))........................((((((.((((......)))).)))))).....((((((...(((((((((((((...))))))))))))).(((.(((.(((........((((((((.((((((.((...((((.((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))).....(((.....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....)).....(((((....))))).......))).)))....)))......))))))..((((((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..))).........(.((....(((..(((((((.((((............................((((.....))))))))))))))).......)))......(((....))).)).).....................((.(((((((((....)))))))))....(((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))...((((((.((.((((..((((((.(((((((.....))))))).......))...))))..))))).)..((((((((.....))))))))....)))))).............(((..((((..(((...)))))))..))).........((.((((((((.(..((((.((((.((((....)))).))))..)))))..))))))))))...((((((.(((((.((....)).)))))..(.((((((....))))))..((((((((.....)))))))).).....)))))))))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((..(...((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).))))................(((((((((....))))))))))))))).)..
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((.(((...)))....((((((((...)))).)))).(((((.((((((.(((((((((((.........(((((((.((((((.((((...(((...((((((..((((((.......(((((((....))).)))).(((....))).....(((((((.....(((((((....)))).))))))))))..............(.(((((....))))))...................((((((........))))))..))))))..)))))))))((((..((((((...(((((((.......)))))))))))))....))))...(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))..................((((((...))))))((......))))..))))).)))).))).)))))))....)).(((.....)))...))))..))))))))))))).)))))))))))...((((((((((((.((((((...((((((....)))).))...)))))).(((((((((..((...(((((((((((((((((......))))))))))))))))).(((........)))...........(((((((..((((....))))..)))))))....(((.....((((((((((((((...))))))))))))))...))).((...)).......))..))))))))).((((.(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..))).))))((((((((.....))))))))..........((((((....((((((.(((..((((............(((((((...........))))))).((((((((.((((((((.(((....)))))))))))..((((((((((......(((....))))))))))))).(((((.(((...((((.................((((....((((((((((.(((((..(.....)...........((.....)).............((((...........))))......((((((........)))))).))))).))))))))))....)))).....(((((((((((((((.....)))).))))))))))).....)))).))).)))))..........((((((((.......))))))))............(((((.....((((((((....))))))))..)))))))))))))........))))..))).))))))..))))))((((((..(..(((...))).)..)))))).(((((((..((.((((((..((((((..................)))))).((((((.((((..(......)..))))....((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))).....))))))))..)))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))...))))..))))))))....))))..)).)))))..))))))).).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((...........(((.......(((.....)))...).....)).((.....(((((...(((......))))))))))(.((((((((......((((.........))))...)).)))))).)...(.((((((......))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((...((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........((...(.(((...(.((.....).)...(..)..)).)))))..((....)).........((((.(((((.......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((.................))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((.....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.((.((..((((....))))(...)...........(((.((((((((((((.....))))(((.((((((.......(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))......((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).))).)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(.(((((.(((..(((((((((((.(.(((.........(((.(((.((((...((....(((.......)))...)).((.....)).........(((.....(((....((((.....((((((..((....))))))))........((........)).....(((((.....((....))..)))))..((((((((((......((((.((....))))))...)).))))))))...(.((((((......))..)))))..))))...)).)..))).((.....(((...((((((((.......)))))))))))......(((...((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))...)))..))..)))))))))).(....((((((...(((((...))))).)))))))...........(((((((((((((...)))))))))).)))......((.......((.....)).)))))...).(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((.(.......(.((...(((((.......(((((.(.........)....))...........).......))(.(......).....)..(((((.((((.......))))..)))))......(....)....(((((.......((...(((.....)))(((....))).....))......)))))..............(((((((((((.............))))))).))))..(((.......(((((......((((.((((.(((((((((((.(((......))))))..)))))))).)))).....(((.....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))......)...((((((((((..((((((((.((((..))))))))))))..)))...((....))..))))....)))..((((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((..........((.....))(....)...(((((.(((..(((((....((......(..........)..))......)))))..))).((.((((((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))...(((((.(((.((((..((((((((((....................)))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........)))....))))))........))))))))))).)....)).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))....(((((((((.....))))))))).....)))))))))))))))).....)).))))..((((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((...........(((....)..(((.....))).........)).((.....(((((...(((......))))))))))(.((((((((......((((.........))))...)).)))))).)...(.((((((......))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((...((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........(....(((((.(...((.....).)......).)...)))))..(......).........((((.(((((.......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((.................))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((.....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...((................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(.(((((.(((..(((((((((((..((((.........(((.(((..(.....((....(((.......)))...)).((.....)).........(((.....(((....((((.....((((((..((....))))))))........((........)).....(((((.....((....))..)))))..((((((((((......((((.((....))))))...)).))))))))...(.((((((......))..)))))..))))...)).)..))).(((....(((...((((((((.......)))))))))))......((....((((((((....))))...)))).(..((.((((........)))).))...))).....)))).)))))).(....((((((...(((((...))))).))))))).(.........(((((((((((((...))))))))).))))....).((......(((.....)))))))))....(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((.(.......(.((...(((((.......(((((.(.........)....))...........).......))(.(......).....)..(((((.((((.......))))..)))))................(((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..............(((((((((((.............))))))).))))..(((.......(((((......((((.((((.(((((((((((.(((......))))))..)))))))).)))).....(((.....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))......)...((((((((((..((((((((.((((..))))))))))))..)))...((....))..))))....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))........(((((.(((..(((((............(((..(((......)))..))))))))..))).((.((((.(((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))).(((((((((((.((((..(((((((((((..................))))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))..........)).)).))))))........))))))))))).))....).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))))))))))))))...)).))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((.((...((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))(((((((((....)))))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((...)))....((((((((...)))).)))).(((((...((((((((((((((((.........(((((((.((((((.((((...(((...((((((..((((((....((((...(((....))).)))).(((....))).....(((((((.....(((((((....)))).)))))))))).....((((((.(.(.(((((....)))))))).)).........)))(.((((((........))))))).))))))..)))))))))((((..((((((...(((((((.......)))))))))))))....)))).....(((((((.(((....(((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))............(((...((((((...))))))...)))........))))).)))).))).))))))).......(((.....)))...))))..))))))))))))).)))))))))))...(((((((((((((((((((...((((((....)))).))...)))))).(((((((((.((((..(((((((((((((((((......))))))))))))))))).(((........)))...........(((((((..((((....))))..)))))))....(((.....((((((((((((((...))))))))))))))...)))..............)))).))))))))).((((.(((.(((((.((((((((((.(((((...).)))).)).)))))))).)))))..))).))))((((((((.....)))))))).......(((((((((....((((((.(((..((((..........(.(((((((.((.(...)))))))))))((((((((.((((((((.(((....)))))))))))..((((((((((......(((....)))))))))))))((((((.(((...(((((...............(((((....((((((((((.(((((((((...))).....(((.(((.....)))...........(((((...........)))))..)))((((((((....)))))))))))))).))))))))))....)))))....(((((((((((((((.....)))).)))))))))))...).)))).))).))))))((((.....((((((((.......)))))))).....))))...(((((.....((((((((....))))))))..)))))))))))))........))))..))).))))))..))))))((((((..((.(((...)))))..)))))).[[[[[[[..[[.[[[[[[[(((((((..................)))))))[[[[[[(((((............))))))))((((((....)))))).(((((((((....).))))))))......]]]]]]....]]]]]]]]]..]]]]]]]..(((((.....(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))......))))..)))..)))))))))....)))))..)))))..))))))))...))))).....))))).)))))))).))
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((...........)))....................((((.......((..............................((((((...(((((......................................(((....)))(((.....))))))))......(((.....(((((...............)))))...................((..............((.((..............((((((......))..))))...............((((.(((....(((...((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((...)))))))))....................................................))))).)))).)))..)))))).(((((((((......((..............(((((((......))).))))...................................................................................................................(((..(((.....)))..)))......)).(((....)))...........))).))))))..........(((.............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((.....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((.............)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((..................................)))...))))))).........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)...((..((((....))))..))...........))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))))((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...(((((((......((((........)))).....)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))..............
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))...........................((((((........(((..................((((((((.((((((...............(((.....)))......(((((..........))))).......))))))((((.........(((((.....((....))..)))))((.................((.................................((((((......))..))))....((((((.......((.((((((.......((((((((.......)))))))).........((((((.(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...))).......((.((....))))...))))))..((((.....)))).))))).).))........(((((((((((((...)))))))))).))))))))).......................)).....(((((((((....(((....)))..)))..((.....))..))))))..))))))..........)))))))).......(((....)))...............................................................................................................)))...............((((((......(((....)))..))))))....))))))..(((((((((((.........)))))))))))...............((.((((((..........((.(.((((...(((.((((((..((((((......))).)))....)))))).)))..........((((((((((.....))))))))))...........((....))...(((((((....))))).....((((((...((((..((.........((((((((((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..))))....)))......))((((.(.(((....)).).).)))).))))...))))))((((((..(((..((.((((.((.((((((.................(((....))).(((((.(((..(((((........((.(((.(....).))).))......)))))..))).((.((((((((((((......((..((....))..)).((......))......))))..(.(((((.(((.((((..((((..................................))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....))))))........))))))))))).))...)))).))(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))........)))))).).))((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((......(((((......))))).....)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))..)))))).))....((((.(((((....))))).)))).........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((.((((.((((...((((((((((...((..((((.((((.((...(((((((....))))))).....))))))...))))..))...((((((((.......(((((((......(((((((....))).))))......((((......(((((((.....(((((((....))).)))))))))))....((((((......(((((....))))).............)))))).((((((........)))))).))))........))))))).......((((((((((((.((((...((((((...(((((.((((.....)).(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...))))))))).)))).........(..(((...((((((...))))))...)))..).))..))))).)))).))).)))))))...)))))))..))))))...))))...(((.(((((((.((((((.(((....))).(((((((((((((((((.((.((((....)))).)).).)))))).(((((((((.((((...((..(((..(..((((......))))..)..)))..))........(((((.(((..........(((((((..((((....))))..)))))))..(((.(..((.((((((((((((((...)))))))))))))).))..))))..)))))))).)))).))))))))).((((.(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..))).))))....))).))))))).)))))).))))..))).)))...........(((((....)))))...)))))))))))).))))))))......))))))..(((..(((((((((.((....)))))))))))..)))...((....)).))))...))))..)))).))))....((((((..(((.....(.....).....)))....((((..(((.....)))..)))))))))).........))))).))))........(((((((....(((.(((...((..((.(((..((((....))))..))).....))..))..))))))..(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).)))))))((((((..........((((((((.......))))))))..............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........)))).))))))...((((((.((((((......((((..(((.((((....)))).)))..))))......))))))))).))).......((((((.....(((((((........((((.(((((((.((((((((.......))))))))...((((.(...((....((....))..))......(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((..((.(((((.(((......))).)))))))..))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))..).)))))))))))))))(((((....))))).)))))))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((...(((................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(......))))(((......((((.(.((.(((.((...((((......)))).......))).))...)))...((.....(.((.((((.......................(.(..((.(((((.........(.......((((......((((..........)))).))))(..(((((......((..............))..)).))))..(((..........)).)......((....................))................................((.((.....((....(((((.......))))).))...))...)).........((((.....(...).))))).)))))))...))))))....))).))..((.(((((....((((((.((.....(((((((.......((.....................))...........))))))).)).......)...(.(((((......))))))...............(((.(((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).))))).....))).(((.....)))...(((((((...(((((.(...((((((((((((((((.((((((.....)))).))...)))))))))))))....(((....)))...))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..((((((..(...(((.((((((..(((((((..........)))))).)..))).............))).....)))...)......)))))).....))))).)))))...))..(((.(...(.((.............................................................(((.((((..(((((.........................)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).................(((((((((((..(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))...(..((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))).))............))))((((((((..(((((.((..(((....((((((.(.....)))))))........)..)..)..).)...)))).)..))))))))))))...)))..((.(((((....))))))))))))))...
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((....((.((((.....)))).)).))))......((.........(....((((((....))))))...............................................................................................................................................................))).((..((..((((...........................(...(.....((((.(((....(((....(((((((.......))))))).)))......)))...))))......).....).((((...((.((((((........)))).))...))...))))((((.(((((..((......((...(((...(...(((...((.((.((.....(((...((((((((((...)))))))))).)))...))....))...))...))).....).))).......).).))..))))).))))....).....)..........((((...((.(.((.....((.(((...(((.(...(((((((((........((....(..((.(...................).)).....)..))..............((.........((((......))))....................)))))))..........)))).)....))).)))....))......)).)...)).)))).((((((((((((((...))))))))))))))(((................(((((((...(((((.(....(((((((((.(((((((.((((((......))).)))...))))))).)))))....((.(....)))..)))).)...)))))...))))))).).))................))...))....)).(((((.(((.(((.((((((..(...(((..(((((..((((((((.(((....)))))))))))..))).............))......)))...).......))))))...))).)))...............)))))(((((((((((.....))))(((.(((((((((....(((((.....(((.....((..(((((((.(((........(((((((((((.((..(((((.((...(((....((.((((........)))).))..))).)).)))))..)).))))).))))))..)))...).....(.(((((((((.((((..((.(..(..(....(............).)..)...)...))..)))))))(.((((.(((.....)).)))))...)))))))...)....)))))).))..)))...)).))).))))))))).....))).(((.((((((......(((...(((.((((....)))).)))....))).....)))))))))...((((((((((............)))))......(((....))).((.((((((((.......))))))))....))))))))))))))(((....((.((...(...((((.((...((((((((..(((..((((..(..........(.((..(.(..........))...).).)........)..))))..)))..))))))))..)).)))).).)).)).)))))))(((.(((((....))))).)))..........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(.((((((((...............................................(((((((((((.........((((((..(..(((.((((.........((((((..((((((...........(((....)))...........(.........(((((((.....(((((((....)))).))))))))))................(((((....)))))................)...((((((........))))))..))))))..))))))...(((..((.......((((((((.......))))))))......))..))).....(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))............(((...((((((...))))))...)))....))..))))).)))).))).))))))).....................))))..)))..).)))))).)))))))))))................((((((.....((((....))))......)))))).(((((((((..(((...((..(((..(..((((......))))..)..)))..))...........................(((((((..((((....))))..)))))))...((.(..((.((((((((((((((...)))))))))))))).))..)))............)))..))))))))).((((.(((.(((((.(((((((((..((((......))))..).)))))))).)))))..))).))))..........................((((....((....)).....)))).......................................................(..(((...........)))..)....(((((((..........((....))....)))))))...............................................................................................................................................................................(((..(((((.((((.....))))..)))))..)))..............................((((((.........))))))...............((((((((...(..(((((.....)))))..)..((.....))........)))))))).....................................((((((.......((...(((.((((....)))).)))...)).......)))))).....((((((.........................((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))........................(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((..((.(((((.(((......))).)))))))..))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))...................(((((....)))))...)))))))).).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((.((...(((((...(((((..(((((...((((...(((((....((((((...((((((((.........((((((.((..(((........(((...((((((..((((((.......(((((((....))).))))....(((((.......(((((((.....(((((((....))).)))))))))))................(((((....)))))..............))))).((((((........))))))..))))))..)))))))))..((((((....))))))...((((...((((((...(((((.((((.....)).(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))...........((..((((((((((...))))))))))......................((((((...))))))...)).....))..))))).)))).))).)))))))...)))))))..))))))...))))..)))..)))))))).)))))))).(((.(((((....((((.((((((...((((((....)))).))...))))))))))((.(((.(((((((((..(((..(..((((......))))..)..)))..))..(((........))).)))))))...(((((((..((((....))))..)))))))....))).))..((((((((((((((...))))))))))))))))))).)))...))))))........)))))..)))).))))).(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..((.(((((((((((((.....))))))))))........((((((....((((((.(((..((((............(((((((...........))))))).((((((((.(((.((((...(((((((((((..(.((.((((((((((......(((....))))))))))))).))..(((((((...((..((((....(((((..(.((((((((.....(((((.....)))))...(((((((((..(((....((.........))..((((...........)))))))))))))))).)))))))))..)))))..))))))...))).....(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).)))).)..)))))).)))))...))))........(((....))).))).........(((((.....((((((((....))))))))..)))))))))))))........))))..))).))))))..)))))).))).))..)))))...)))))...)).)))))))))).(((..(((....)))..))).....((((..((((.......))))..)))).(((((.....(((((((........((((.(((((((.((((((((.......))))))))...............................((...(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((..((.(((((.(((......))).)))))))..))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))....))..)))))))))))(((((....))))).)))))))))))).