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CAACCUGGUUGAUCCUGCCAGUGGUAUAUGCUUGUCUCAAAGACUAAGCCAUGCAAGUCUAAGUAUGAGGAAUAAUUAAGACGAAACUGCGAAUGGCUCGGUAAAACAGCAAUAAUUUCUUCGGUGAUUUUUACUACUCGGAUAAUCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACGUGCCACAAUGCUUGGGUUUACUCAGGCAGUGCCGUUUAGAUAACAACACCAACAUAUGGUGAUUCAUAAUCGUCUUUCGGAUCGCUGGCGAAAGCCGGCGACGCACCGUUCAAAUUUCUGACCUAUCAACUUUCGAUGGUAAGGUAGUGUCUUACCAUGGUGGCAACGGGUAACGGACCGUGGGUGCGGGACUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGUAAAUUACCCAAUCCAGACUCUGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAUCAAUAGGGGACCCAUAAAGUCUUCUAAUUGGAAUGAGAACAAGCUAAACAGCUUAUCGAGAAUCCAGCAGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCUGUAAGCGUAUACCAAAGUUGUUGCAGUUAAAACGCUCGUAGUCGGACUUUGGCAAUUCCGGAUGUGUGCGCGUCGUGCGCGCACUUUGCAGGGGUUGCUUUUGUGGGCAUGCGUGGGAUGAUGCGACUUUAUUGUCGAACGUCCCUACGCAACCACCUUUUACUGUGAGAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCAAUUGCCGUGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACUCGGUCUUAUUUUGUUGGUUUGUUAGGGCUGAGUAAUGAUUAAGAGGGACAGUUGGGGGCAUUUGUAUUCAGGCGCUAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUGCUGGAAGACAAACUGCUGCGAAAGCGUCUGCCAAGGAUGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAAGUAAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUUACUAUAAACGAUGAGGACUGGGGAUCGGGCGAGGAAUAUCGAUGACCCGCCCGGCACCCUCCGGGAAACCAAAGUGUUUGCUUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCAUCACCGGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCAGGACAUAGUGAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGUUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAGCGAGACCUGGGCGUGCUAAAUAGGGGCUACUACCAUUUUGGUAGUACGUUUUCCCCUUCUUAGACGGACUGUGGGCGUCUAGUCCACGGAAGCUCCAGGCAAUAACAGGUCUGAGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGUGCUACACUGAGUGGAUCAGCGGGUCAGGUUGCACGAAAGUGUUUCCUAAUCUUUAAAUCCGCUCGUGAUGGGGAUUGACGGUUGCAAUUUUCCGUCAUGAACGAGGAAUACCUUGUAAGCGCGGGUCAUCAUCCCGCGCUGAAUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGGUCCGGUGAGGCUUUGGGAUUGCGAUGGAAAGAGCGUCUCGCUCGUUCUGUCGUGAGAACUCAGUCGAACCUUAUCAUUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......(((((((((((...(((((.((.(((((......((..(((((((((.((((...(((.....)))....)))).....)))..))))))..))....(((((......(((((((..((((.((((((..........)))))).((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))).((.((.............(((((.....)))))..((.(((((((..(((((.((((((((....))))))))...............((((((..((((((.(((.(((((((((.....)))))))))....((((((((((..(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).))..............((....)).....(((((((..(((((....((..(((((....))))).)).....))))).)))))))..))))).)))).))).))))))....))).(((.....)))...)))).....)))))).(((((....((((((((..((....(((((((((......(((((((.....)))))))......)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).)))).))..)))))))).........(((((((..((((....))))..))))))).)))))...)))....((((((((((...))))))))))))))))..)))))).)))))..))))))).)))).)).))))..)))))..)))))..))).))))))...........))))..)).))))).....))))).((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....)))))).))))).)).)))))..(.((((((((((.......).))))))))).)....(((((.((...........))))))))))..(((((.(((((.((((...)))).))))).))))).....((((....))))(((((((...(((((..(.((((((((....((((((.....))))).).(((((((((.(((.....)))....(((((...((....))...)))))......))))))))).)))))))))..)))))..((.((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).).)).((((((((.....(((((((((((((.....))))))).)....))))).(((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))..((((...........)))).))))))......(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))..))..))))).))))).))....(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..(((((((((((.(((((...))))).)))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))...........))))))).(((((....)))))...)))))))).) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................((((((((..................................))..))))))................................................................................(((((..........))))).....................................................((((.(((....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))......(((..((.((((........)))).))...)))........................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((((...)))))))))..))).........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((.....................)))).)))............((((.....((((((((((((((((((.......(........)........)))))))))))).....((....))(((.......)))........................((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))..................................................(((((.(((.((((..((((((.((((.............))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).................)))))).....))))..................((..((((((((..........((((((((....))))))))..........)))))))).))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................(((((((....((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((.....))))))))))))))))...)..))))))))))))))))))...)))))))....................(((((....)))))............. |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.........)))...........................((((..........................................)))).................................................................((((((.((((.....(((((..(....)..))))))))).))))))..........................................((((.(((....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................(((......)))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))...............................................))))).))))............................................................................................................................................................................................................(((....((........))....)))...........................((((((.....................)))).))...((((((((.((((((......(((.(((((.((((((((((.(((........))).)).)))))))).)))))....(((....)))...))).....)))))).)))))))).......................((((.........))))............................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))...........................(((.......)))............................................................................................((((((((((((.............((((((((((................))))))))))........(((((.(((.((((..(((((.(((((.............)))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))...................((.............))..............((..((((((((..........((((((((....))))))))..........)))))))).))..(((((.((((((..........))))))..................(.(((((((((.....))))))))).).....))))).......)))).))))))))....((((((((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((.....))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..)))))))).................(.(((((....))))).)........... |
|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((..........(((.((((((((..((((..................))))......))..)))))).)))............................(((((((..........)))))))............((((((((((..((((((((....))))))))))................(((((.....)))))....................((((((((....))))))))((((((.............((((...........((((((((((...)))))))))).........))))...........))))))....(((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))........))))))))............(((((..........................((((((((((.......)))))))).))(((....((..(((((....))))).)).....)))............)))))................................)))))))))).....................................(((((((((......(((((((.....)))))))......)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).))))......................(((((((.....(((....))).)))))))............((((((((((((((...)))))))))))))).........................................((.(((((.(((.(((.......................))).))).)))))..))...((((((((((.....))))))))))........................(((((....)))))............(((((((............))))))).....(((((((.((.((....))..)))))))))(.(((((((((((..(((.....))).))))))))))).)...((((....)))).....................(((((((((((..(((((((.(((((.(((((...............((((((((...(((((((............((((((((((((.((..(((((..(......(((.....(((........))).....)))...).)))))..)).))))).))))).))............))))))).................((((((((...)))))))).)))))))).............((((((((.....))))))))))))).)))))......................................((....)))))))))((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))))((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))))).............((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..(((.(((((((((((.(((((...))))).)))))))))))...)))))))..)))..))))))))).)).)))))..).))..........((.(((((....))))).)).......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((((.......)))))(((((((((((((((((...(.....(((.(((..((((..................)))).............(((.........))).......(((((((.((...(((((((..........))))))).)).....((((.(((.((.(...((((((((....)))))))).)))))))))).......(((((.....)))))....................((((((((....))))))))((((((..(....(((.(.((((.....((..(.((((((((.......)))))))).).))....)))).).)))....))))))).....)))))))((.((((........)))).))................)))))).)....((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((.......))))))))........)))).)))).....................(..(((((.......((((.....((....)).......)))))))))...)))))))))).......((((((........................((((((((.((.((((((((.....)))))))).))...))))))))....((((...((((((((......((((......))))......)))))))).)))).....))))).)............(((....(((((...(((((.......(((....)))................((((((((((..............))))))))))..................(.(((((((((((.....((((((((.(.((((...((((.........)))).......)))).)...))))))))....))))))))))).)..............((((((....(...((((.........))))...).))))))...............((((((.(((((((.(..((....))..).)))))))....))))))((((((...((((.(.((...((((........((((....))))....)))).)).)...((((.(((((((..((.((((((.((((.....)))).......(((................(((((((..(.....((..((((((((((((.((..(((((.((..........(((.(((........)))))).......)).)))))..)).))))).)))).)))....))...)..)))))))((((((......(((((((((((((...))))))))(((((..........)))))..((((((((.....))))))))..))))).(((.....((((((((((.....)))))))...))).)))))))))......(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))...(....((((((..........))))))....))))..)))))).)).((((((((.......))))))))...........)))))))))).))))).(..((...(((((.....(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.((((.....)))).)))))))))))...)..))))..)))..)))))))))....)))))....))...)..))))))....))))).))))).....)))...). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......)))))(((((((((((((.(.....)(((.(((((((((.((((..(.(.......)..)..)))).....)))..)))))).)))............................(((((((..(......)))))))).....((((...((((((((((..((((((((....))))))))))((((....(((.....(((((.....))))).......)))......))..((((((((....))))))))((((((.............((((.....((..(.((((((((((...)))))))))).).))....))))...........))))))....(((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))..))....)))))))).((((((...(((((...))))).)))))).............((((((((((.......)))))))).))(((....((..(((((....))))).)).....)))................((())).((....))((.....)).))))..)))))))))))))(((((.................((....))))))).((((((((((.(...((((((((...)))))))).)..).)))))))))...((((...(((((((((((.(.((((......)))).))))))).))))).))))......................(((((((...(.((((()))))))))))))..(((((.....((((((((((((((...))))))))))))))...)))))................................(((((((((.(((.((((((...((.......)).))..)))).))).))))).))))..((((((((((.....))))))))))........................(((((....)))))......((((.(((((((((..........)))))))))....(((((((.((.((....))..)))))))))(.(((((((((((..(((.....))).))))))))))).)...((((....))))................))))((((((((((((..(((((((.(((((.(((((....((.(.......((((((((...(((((((.(......((..((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((.(....).)))).)).)))..)).)))))..)).))))).))))).))....))...)..)))))))....(((.......)))((((((((...)))))))).)))))))).......).))..((((((((.....))))))))))))).)))))..........(.(.(.....).).).............(((()))))))))))((((((((..(.((((.(((..((((....))))..))).)))).)..)))))))))))))((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))))))............((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..(((.(((((((((((.(((((...))))).)))))))))))...)))))))..)))..))))))))).)).)))))..).)).........(((.(((((....))))).)))......... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).............((.....))...(((((((((........(.............).........)))..))))))....................................((..(((....)))))............((((...((((.....(((..(((....)))..)))))))...))))........((((.....)))).....................((((((((....))))))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))............(((.((((((((.....))))))))..)))...............................................))))).))))..........................................................................((((((((((((((....(((.......)))...))).)))))))))))................(((((.(((.((......)).))))))))..................................(((((((.(((........))).))))))).............((((((((((((.....))))))))))))....................(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........((((((....(...((((.........))))...).)))))).................(((..(((((((.((...........)))))))))..)))...((....)).......................(..(((((....)))))...)............((((....(((((((((........((.....)).......................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))).....((((((((((................))))))))))........(((((((((.((((..(((((.((((((.......))))))......)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))..................................................(((.(((((((.(.....)...(((.((((....)))).)))...........))))))))))..((((((((((((..........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((((.((..(((.....)))..)).))))))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..).)..........(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((....(((((((......((((((.........(((((((((.((((...(((.....)))....)))).....)))..))))))........(((((((((((((...........(((((((..........)))))))((((((.(((.....(((((....((((((((....)))))))).....(((.....)))..(((((.....))))).....(((((((..(((((.((((((((....))))))))..............(((((((.............(((((((((.....)))))))))....(((((.((((....(((((((.(((.....((((((.....((((........))))......)))..))).((((.(((((......((((((...(((((...))))).)))))).........(((.............)))..(((((((..(((((.(((....(((((....))))).)))....))))).)))))))..))))).)))).))).))))))).......(((.....)))...))))...)))))....(((((....((((((((........(((((((((...(((((((((((...))))))))...))))))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).)))).....)))))))).........(((((((..((((....))))..))))))).)))))...(((((((((((((((((...))))))))))))).))))))))))))))))..)))))))...............))))).........))).))))))..)))))).....)))))))..))))))))))))).((((((((((.....))))))))))...)))))).......(((((((((((((....)))))......[[[[[[..))))))))....]]]]]].(((..(((..(((((((................)))))))..)))))).(((((((...(((..(((((((....)))))))[[[[)))...]]]]........((((...((((((((((((((((..(((((((....(((((((((.(((..(((.....))).)))............((((((..(((((.......(((((((((....)))))))))((((.....)))).((((...(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))(((((((..(((.((((..(((((.((((((((...))))))))......)))))..)))))))..((((((((.....))))))))..(((...))).....)))))))...))))))))).)))))))))))))))......)))))))((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))))((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))............)))))..))))..(((((((((.....[[[[[[[........(((((((((((.(((((...))))).)))))))))))..)))))))))..]]]]]]]...........................)))))))(((((....)))))............. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((...((((((((...)))).))))(((((........)))))..........(((((((.(((((((.((..(((((((((..((.............))...))))))....))).)).)))))))..........((((.(((.((.((..((((((((....))))))))))))))))))).......(((((.....)))))........))))))).(((.((((((((....))))))))....)))...........((((((((.(((......)))..))))).))).))))))..))))).((.....)).(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).))..............((....)).....(((((((..(((((....((..(((((....))))).)).....))))).)))))))..))))).)))).))).)))))))..((((((((.((((..((.....(((((((((((((((......))).)))).).)))))))((((((((......((((((((...))))))))......))))))))....((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).))))((((((((.(((.....))).))))...))))..(((....))).))..))))..))).)))))((((((((((((((...)))))))))))))).(((((((.((((.(((((.(((((.((.((....((((.(((((((((.(((.((((((((((......))).)))..)))).))).))))).))))..((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....))))))......))))...)).)).))))).))))).((((.(((((((((((((..(((((((.((...........))))))))).(((((((.(((((.((((...)))).))))).))))).))...(((.(((((((...(((....(((....((((....((((((((((.(((((((((...))))................((.........)).((((((((...(((...((((....))))....)))...))))))))))))).))))))))))....)))).(((((((((((((((((((((.((.((((((...)))))).))))))....(((((((......((((((.(((((((...)))))))......(((((.((((((((...((((((((.....))))))))..(((...)))........)))))))).((((...........)))).(((....)))..(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))..))))).((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))............))))))......)).))))).))))))).))))))))))...))))))..))))))).))).(((((((((.(((((...))))).))))))))).....))))))....))))))).))))...........)))).)))))))...((.(((((....))))).)).))))))).. |
|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((cccccccc.)))..((((((((((..........(((.(((((((((.((((..................)))).....)))..)))))).)))............................(((((((..........))))))).............(((((((....((((((((....))))))))..................(((((.....)))))....................((((((((....))))))))((((((............................(((((((((.....)))))))))..................<<<<<<)))))).....(((((...((((((........)))).))...)))..))..[[[[.[[)))))))..((((((...(((((...))))).)))))).............((((((((((.......)))))))).))((.........(((((....))))).........))...............]].]]]]......>>>>>>...............)))))))))).....................................(((((((((......(((((((.....)))))))......)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).))))......................(((((((..((((....))))..))))))).............(((((((((((({{{{{))))))))))))............}}}}}.........................((.(((((......((.......................))......)))))..))...((((((((((.....))))))))))...........((....)).....(((((....)))))............(((((((............))))))).....(((((((.((...........)))))))))..((((((((((................))))))))))....(((((....)))))....................((((((.((((..(((((((.((.((((((((..........................(((((((aaaaaaa........(((..((((.....(((((...........(((((((........))))))).....dddddd))))).....))))...)))....DDDDDD......)))))))..((.((((..(((((.((((((((...))))))))......)))))..))))))...(((((((bbbb.bb))))))).....................BB..BBBB.......AAAAAAA)))))))).))...)))))))((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))).((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))..................(((((.((...((((((((..(((..((((..(((.(((((((((((.(((((...))))).)))))))))))...)))))))..)))..))))))))..)).)))))...................(((((....)))))...CCCCCCCC.. |
|
MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((((((((.((..........((((((((...)))).))))..((((.(((..(((((((....)).)))))..))..))))..)..((((...............................(((((((..((....))))))))).....))))......((((.....((((((.(....).)))))))))).((((((........(((((...)))))....).))))).........(((((((((....))))))))).................((((..((((((....(((((((((.....)))))))))))))..)).)))).......(((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..))).))))).........(((.(((((((..........))))))).))).......................((((((((((((..(.((((((...)))).).).)))..))))))))))....((.(..(((((((((((..(((((......))))).))))).)))))).)))........................((((((.((((......)))).)))))).....((((((...(((((((((((((...)))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))....(....)...(..(((((....)))))......)....................))))))..((((((..(((((((.(.((......))..))))))))..)))...((....))..))).....................(((((....)))))........................((.((((.....)))).))........................(((....)))..........................(..(((..((((....))))..)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..((((((.((((((.....))))))......))))))..)))))).)..(((((((.....))))))).....))))))).............((..((((..(((...)))))))..)).........(((.((((((((..(.((((.(((((((((....)))))))).)).))))..)))))))))))..((((((.(((((..........))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(((((((((((.(((((...))))).)))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).)))))............))..((((((((....)))))))))))))))).) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((((((((.............((((((((...)))).))))....((((((..(((((((....)).)))))..)..........((((((...............................((((((..(((....))))))))).....))))))..)))))......(((((((......))))))).....(((((.........(((((...)))))......))))).........(((((((((....))))))))).................((((....((((....((((((((((...)))))))))))))).....)))).....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))...(....)..((((((((..((.....))..............((((.(((((((..((.(...(.........((((((((((.((((((.(((.....))).))))..).)))))))))))...(((...((.(((((((((...((((......))))..)))))).))).).))))......)...............(((((((.(((((....))))).))))))).....(((((...((((((((((((.....))))))))))))..(.................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....))..((.(((((....))))).....))............).......)))))..(((((((..(((((((.((((......)).)))))))))..)))..(((....))).)))).................((.(((((....)))))..))..................((((.((((.....)))).))))..)))....)))))))))))...))))...)))).......................(((((((..((((....))))..)).))...((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))....(((((((((.((((..((((((((((((......)))).))..)...)))))..)))).))).((((((((.....))))))))....)))))).....(((....)))....(((..(((...))))))...............((.((((((((..(.((((.(((((((((....))))))))).).))))..))))))))))...((((((.(((((..........)))))..(.((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))).....)))))))))...))))).))))))).))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((((...)))))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))................((((((((....)))))))))))))))).) |
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Mastr(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((.((..((((((((((((((((...))))..(((((((((.((((...(((.....)))....)))).....)))..))))))................................(((((((..........)))))))...(((((((....((((((((..((((((((....))))))))((((.(((.....)))..(((((.....))))).........((.....))..((((((((....)))))))).))))...(((......)))..............(((((((((.....))))))))).)))))).))........(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).))..............((....)).....(((((((..(((((....((..(((((....))))).)).....))))).)))))))..))))).)))).))).)))))))......))))))).))))))))))))..(((.(((((((......))).))))...)))...(((((((((....((((((((.....))))))))......)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).))))..................(((.(((((((..((((....))))..))))))).)))....))..((((((((((((((...)))))))))))))).(((((((.((((.......(((((.((.((.........(((((((((.(((.(((.(((((........)).)))...))).))).))))).))))..((((((((((.....))))))))))...........((....)).....(((((....))))).....)).)).)))))((..((.((((.(((((((((((((..(((((((.((...........)))))))))..((((((.(((((.((((...)))).)))))))))))......(((.(((((((...(((....(((....((((....((((((((((.(((((((((...)))).................(.........)...(((((((....((...((((....))))....))....))))))).))))).))))))))))....)))).(((((((((((((((((.(((.((.((((((...)))))).))))).....(((((((......((((((.(((((((...)))))))......(((((.((((((((...((((((((.....))))))))..(((...)))........)))))))).((((...(.....).)))).(((....)))..(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))..))))).((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))............))))))......)).))))).))))))).))))))))))...))))))..))))))).))).(((((((((.(((((...))))).))))))))).....))))))....))))))).)))).))..))....)))).)))))))....(.(((((....))))).).)))))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((((((..(((((((((((((((......(((((((((((((.......((....(((........)))...)))))..))))))........(((....(((((...((((.............(((....)..(((.....))).........)).((.....((((((((....))))))))))((((((((((.......((((.....))))...)).)))))))).....(.((((.(((....))).)))))..))))...))))).))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...)).........(.((....)))....))))))..(((((...))))).))))))))))).......(((((((((((.......)))))))).)))......((..(...........)..))........(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))).))))))))))...(((((((...........((((..............((.......................)).........(((..(.........(...).........((((...........))))))).)................(...(((((............((((...))))(((....))).............)))))........).....(((((((.((................)))))).)))..((((((((.((((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))).))))))))...))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((..............))))))))..)))..(((....))).))))....))).(......)(((..((((....))))...)))..........((((((((((((((((((...((((((((...)))))...(((...))))))((.((...)).)).........(((((..((........((........))...)).....)))))..)))))))))..((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.(((((.............)))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........))).(((..((((..((.....))))))..)))....((..(((.(((((((.....((....((((((((....))))))))...))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))))).(....).....)))))((((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((((((...............)))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))....))))))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((............(((....).((((.....)))...).....)).((.....((((((((....))))))))))(.((((((((.......((((.....))))...)).)))))).).....(.((((..((....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........(((...(.(((.(......((.....))...........).)...)))))).(......)....((((...............))))....................((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((.................)))))).)))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.((((...)..)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((...((.........((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((..........))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))))))))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.......)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((((((..(((((((((((((((......(((((((((((((.......((....(((........)))...)))))..))))))........(((....(((((...((((............((((....)..(((.....))).........)))((((...)(((((((....))))))))))((((((((((.......((((.....))))...)).)))))))).....(.((((.(((....))).)))))..))))...))))).))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))...........((....)).....))))))..(((((...))))).))))))))))).......(((((((((((.......))))))).))))......((..(...........)..))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))).))))))))))...(((((((...........(((........................((.........................(((..(.........(...).........(((.............)))))).).)).............(...((.((...........(((((...))))(((....))).......).....)).))........).....(((((((.((................)))))).)))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)))))))....)))..(((((((.......((((.........))))....))))))).((...(...((((((((((..((((((((..............))))))))..)))..(((....))).))))....)))(((....)))).))((((....))))....(...........((((........((((.....))))((((...))))....(((...)))...((.((...)).)).........(((((..(((.......((........))..))).....)))))((((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))((((((((((((.((((..(((((.(((((.............)))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))..........)))..(..((((..((.....))))))..)..........(((.(((((((.....((....((((((((....))))))))...))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))...))))).))))))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((...............)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))..)..)))))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((.(((.((((((((((((((((...))))..(((((((((.((((((.(((.....))).)).)))).....)))..))))))................................(((((((..........)))))))...(((((((....((((((((..((((((((....))))))))((((.(((.....))).((((((.....))))).)......(((.....))).((((((((....)))))))).)))).(.(((......))))...........(.(((((((((.....)))))))))))))))).))........(((((((.(((.....((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))..............................(((((((..(((((.(......(((((....))))).......)))))).)))))))..))))).)))).))).)))))))......))))))).))))))))))))(((((((((((((.[[[[.))).)))).).))))).(((((((((....((((((((.....))))))))......)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).)))).]]]]............((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))..)))..((((((((((((((...)))))))))))))).(((((((.((((........(((................(((((((((.(((.((((((((((.(...)))).)))..)))).))).))))).))))..((((((((((.....))))))))))........................(((((....)))))............)))(((.....((((.(((((((((((((..(((((((.((...........)))))))))..(((.((.(((((.((((...)))).))))).)))))......(((.(((((((...(((....(((.(.(((((....((((((((((.(((((((((...))))...............................(((((((...(((...((((....))))....)))...))))))).))))).))))))))))....)))))(((((((((((((((((((((.((.((((((...)))))).))))))...((((((((....((((((((((((((((...))))))))(((..(((((.((((((((...((((((((.....))))))))..(((...)))........)))))))).((((..(((...))))))).(((....))).((((.((((((((.((.((((.(((..((((....))))..))).))))))..))))))))))).)))))).((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((....).))))))))....))).....)))))).))...)).))))))))))))).))))))))))..)))))))..))))))).)))((((((((((.(((((...))))).))))))))))....))))))....))))))).)))).....)))...)))).)))))))......(((((....)))))...)))))))).) |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((...........)))....................((((...((((((.................................(((....(((((.......................................(((....)))(((.....))))))))..(((..((.....(((((..........)))))....((((((.........((((.....))))......))))))...........)).............((((..........................(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((...)))))))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)))))).))))......................................................................................................................................)))......)))(((....)))............)))))).............(((.............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((............................)))...))))))).........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)...((..((((....))))..))...........))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...(((((((.....((((.....)))).....)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.((((.((((...(((.....((((((.((((..((((((..((((((...............................(((((((.((((((.......................................(((....)))(((.....)))))))))......((.....(((((..(....)..)))))....................((..........((.((................((((..((....))..))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((...)))))))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........)))))))))........................................................................................................................................((((((......(((....)))..))))))....)))))).............(((....................................(((((((..((((((......((((.((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..)))))))...((....))..((.((((......)))).....))))).))))))..............(((....(((..(((((((................)))))))..)))...((....))..........)))...)))).))))))((((....))))...)))...))))...(((((((((((..(((.....(((.(((.((((((.................((.........)).(((((((((((..(((((.....(((((.((..(((((...(..(((....(..((((.(....).))))..)..)))..).)))))..)).)))))((((....((((....)))).(.(((((((((.((((..(((((..........................)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))))..)))).............))))).)))).))))))))).)))).))).))).(((((((.(.....)...(((...((....))...)))...........))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))..((((.((....(((((((..(((..((....(...(((((((((...((((.....))))...)))))))))...)....))..)))..)))))))...)).)))).......)))).))))(((.(((((....))))).)))......... |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.(((((((((((...(((((.((.(((((......((..(((((((((.((((...(((.....)))....)))).....)))..))))))..))....(((((......(((((((..((((.((((((..........)))))).((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))).((.((.............(((((.....)))))..((.(((((((..(((((.((((((((....))))))))...............((((((..((((((.(((.(((((((((.....))))))))).(..(((((.((((..(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).))..............((....)).....(((((((..(((((....((..(((((....))))).)).....))))).)))))))..))))).)))).))).))))))....))).(((.....)))...))))...)))))..).(((((....((((((((..((....(((((((((.(....(((((((.....)))))))....).)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).)))).))..)))))))).........(((((((..((((....))))..))))))).)))))...)))....((((((((((...))))))))))))))))..)))))).)))))..))))))).)))).)).))))..)))))..)))))..))).))))))...........))))..)).))))).....))))).((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....)))))).))))).)).)))))..((...(((((.((.((((.(((((((((((((..(((((((.((...........)))))))))..(((((((((((..(((.....))).))))))))))).....((((.(((((((...(((....(((...(((((....((((((((((.((((((..(.((..(((((((((.(((.....)))....(((((...((....))...)))))......))))))))).))........)..)))))).))))))))))....)))))(((((((((((((((((.(((.((.((((((...)))))).))))).....(((((.......(((((((.((((((.....))))))............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).)))))))..(((.(.((((.(((....)))..(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))...).)))...))))).))))))).))))))))))...))))))..))))))).))))(((((((((.(((((...))))).))))))))).....))))))....))))))).)))).))...)))))...))......)))....(((((....)))))...)))))))).) |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((..(((((......))))(((......(((...(((.(((.((....(((......)))........)).)))...)))...((......(((.((((........................((..(.((((((.................((((......((((..........)))).))))(((((.((......((....(......).....)..))).))))).....(((.(.......)).))......(..............)........(.(((.......))..)...)........((.((.....(.(...((((.........)))).))...))...)).........(((......(...)..)))..)))))))...))))))....))).))..((.(((((....(((((.(((......((((((.......((.....................))...........)))))).)).......)....((((((......))))))...............(((.(((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).)))))......)))(((((...))))....)(((((((...(((((..(..((((((((((((((((.((((((.....)))).))...)))))))))))).....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..(((((...(...(((.((((((..(((((((..........))))).))..))).............))).....)))...).......))))).....))))).)))))...))..((.(.(.(.(((.......................................................(((.((((..(((((.........................)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)..............((.(((((((...((.......((((((((....))))))))....))......))))))).))......(((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))).))))...........))))((((((((..(((((((..((...((((..((...).)))).......).......))...))..).)).))..)))))))).)))...))).)(.((((((....))))))))))))))... |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................((((...(((((.((((......))))(((((....((.(.((((.............)....))).........))).((((...((.........(((...(((....))).)))...))..)))..)....((((......((((..((....))..)))).))))((((((((......((((..((((....))))......))))...)).))))))......((.((((.((((.....))))))))....))((((...((((((.((((((.(((.....((((((........)))))).)))...))))))...))))))....)))).....(((...((.((((((........)))).))...))...)))))))))..)).(((...((((((...(((((...))))).))))))(((((((((.(.((..(((.((((....)))))))...))...)(((..((.((.....(.(......(((((.(...(..((((.........(((....((...................((...............))....)).....))...........((((((......).)))))........((.....(((((((.......(((((((((......(((....)))..))))))).)).)))).......)))...))((((((((.(((......)))........))))))))..(((((((...(((..(((...(((((((((((((((((.((((((......)))).))...)))))))))))))....(((....)))..))))...)))...))).)))))))((((((...(((((...)))))........)))...)))..((((((..(...(((.((((((..((((((((...............))))))))..))).............))).....)))...).......))))))..)..))))...)........................................................................)......))))).)....).....))...)....)....)))))))))).))....(((((((((((((.((((((((...(((((((((.....)))).)))))))))).(.(((((((((.((..(((((..((............).)....)))))...).))))(.((((((((.....))))))))...)))))))...)................((....(((......(((((.(....)))).))....))).....))............(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))).)))...))))).)))))))))))(((((((......((((((..(((..(((..(..(((((((.........))..).))))...)..)))..)))..)))).))...)))))))...)).......)))).((((((((....)))))....)))...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((((((((.((...(((((.((.(((((......((..(((((((((.((((...(((.....)))....)))).....)))..))))))..))....(((((......(((.(((..(((((((((((..........)))))))((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))).((.((.............(((((.....)))))...(.(((((((..(((((.((((((((....))))))))................(((((....(........(((((((((.....))))))))).(..(((((.((((..(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).))..............((....)).....(((((((..(((((....((..(((((....))))).)).....))))).)))))))..))))).)))).))).)))))))....)).(((.....)))...))))...)))))..).(((((....((((((((..((....(((((((((......(((((((.....)))))))......)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).)))).))..)))))))).........(((((((..((((....))))..))))))).)))))........((((((((((((...)))))))))))).)....)))))..)))))..))))))).).)).)).))))..)))))..)))))..))).))))))...........))))..)))..))).....))))).((((((((((.....))))))))))..(((((....((....)).....)))))..))))).)).)))))....................................(((((((.((...........)))))))))..((((((((((...(((.....)))..))))))))))............................................................................................................................................................................................................................................((((.((((((((...))))))))......)))).((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).................................(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))).............................................(((..(((.......(.(((((((((.(((((...))))).))))))))).).......)))..)))................................)).....(((((....)))))...)))))))).) |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((...(((((.((.(((((......((..(((((((((.((((...(((.....)))....)))).....)))..))))))..))....(((((......(((((((..((((.((((((..........)))))).((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))).((.((.............(((((.....)))))..((.(((((((..(((((.((((((((....))))))))...............((((((..((((((.(((.(((((((((.....))))))))).(..(((((.((((..(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).))..............((....)).....(((((((..(((((....((..(((((....))))).)).....))))).)))))))..))))).)))).))).))))))....))).(((.....)))...))))...)))))..).(((((....(((..(((..((....(((((..((......(((((((.....)))))))......))..)))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).)))).))..)))..))).........(((((((..((((....))))..))))))).)))))...)))....((((((((((...))))))))))))))))..)))))).)))))..))))))).)))).)).))))..)))))..)))))..))).))))))...........))))..)).))))).....))))).((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....)))))).))))).)).)))))..((...((((..((.((((.(((((((...((((..((((((.((((((((.......(((((.((.(((((((((((..((((...)))).))))))))))).))..(((((((..(((..((((....(((((..(.((((((((.....(((((.....)))))...(((((((((.(((.....)))....(((((...((....))...)))))......))))))))).)))))))))..)))))..)))))))..))).....(((((...(((..(((((((((.......))).))))))..)))))))).)))).))))).......(((((((.((((((.....))))))............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).)))))))))))))))((((.(((....)))..(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))...........))))))...))))...(((((((((.(((......))).......(..(((..(((.(((((...))))).)))..)))..)..)))))))))..))))))).)))).))....))))...))......)))....(((((....)))))...)))))))).. |
