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CACCAGGUUGAUUCUGCCUGACGUAGAUGCUAGUCUCUGAGAUUAAGCCAUGCAUGUCAGUGAAGCCUUACGGUGGAACGGCGAACGGCUCAGUAAUGUUGCGGUAAUUUGGUCUCUGUGUGUAAACUAACCACGGUAACCUGUGGCUAAAAGCGGAGAAUAAGGCGCAACCCUAUCAGCUUGUUGGUAGUGUAAAGGACUACCAAGGCCAUGACGGGUAACGGGAAAUCAGGGUUUGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAGAUGGCUCCCACGUCCAAGGACGGCAGCAGGCGCGAAACUUGUCCACUCCUUACGGGGGAGACAGUCAUGAGACGUGAGUAUAAGACCUGAGUGUAAAGACCUUAGGGUGAAGCAAUUGGAGGGCAAGCUUUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAACUCCAACUCCAAGAGUGUCUAUGGUGGAUGCUGCAGUUAAAGGGUCCGUAGUCGUGAAUGCAAUUAAAUGUCGUUGUUCAAUAGCGAUGAGUUUGCUAAUGUUUGCGGAACGGAUAGGGAGUGUAGUAUAGACUGGCGAAGAAUGAAAUCUCAAGACCCAGUUUGGACUAACGGAGGCGAAGGCGACACUCUUAGACGUAUCUUAGGAUCAAGGACGAAGGCAGGAGUAUCGAAAGUGAUUAGACACCGCUGUAGUUCCUGCAGUAAACUAUGCCGACAGCCUGUGUGUGAGAAUACGUGGGCGGGAGAAAUCUUAGUGUUCGGGCUCUGGGGAUAGUACGCUCGCAAGGGUGAAACUUAAAGCGAAAUUGACGGAAGGACACUACCAGGAGUGGAUUGUGCUGCUUAAUUUAACUCAACGCGGGAAAACUUACCAGGGUCAAGUCAUUCGUUGAUUGAAUACGUGAGAAUGGCAGGAGUGGUGCAUGGCCGUUGGAAAUUGAUGGGGCGACCUUUAGCUUAAAUGCUUAAACCAGUGAGACCUCCUUGACAGGUGUUCUGUAACACAGGAGGGUGGAGGCUAUAACAGGUCCGUGAUGCCCUUAGAUAUCCUGGGCAGCAAGCGCAAUACAAUAUCUCUUCAGUAGACAAAGUGAUUUGAGAUGAGUAGGAUCUACGUUUGUAAAUACGUAGUGAAUAAGGAAUUCCUAGUAACGGUGCCUCAUCAAGGCAUGGUGAAUGUGUCCCUGUUCUUUGUACACACCGCCCGUCACUAUUUCAGAUGGUCAUAGGGAUGAAGAGCUUCGGCUCUGAAUAUCUAUGGCUAGAUAAAGUACAAGUCGUAACAAGGUUUCAGUUGGAGAACCAGCUGAAGGAUCAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))((..........(((.....)))............))........................................((((((.....(((.(((((((........((.((((((....)))))).))...))))))).)))..))))))......((((..((((((((.......)))))))))))..)(((((((.....................(((((((.(((((((........))))))).).)))..)))((((.((.((((((((.(((((((.(((((.....)))))...(((....)))....((......((((((.((....)))))))).....)).......))))))).))).))))).)).))))................(((((((((........................((((((..(((((((((....(((((((((((.......))))))..)))))....))))))))).))))))........((((.((((((((.....................)))))))).))))..............)))))))))...........................(((((((............................))))))).................((((((((((....))))))))))....................((((((((....(((...(((((..((((.(((.(((.((((.((((.((..................)).)))).))))...)))))).))))...)))))...)))..))))))))..(((((((.................)))))))...............(.........(((((((((((((((.(((((.....................((((((..((((.....)))).....)))))).....)))))....)))))((((.(((((...........))))).)..))).........(((((....................))))).........((((((.(....).))))))......(((....))).........))))))))))......).............................)))))))...........((((((((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))........................((((((((((....))))))))))........ |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))((((....((((((((...))))).))).....)))).......(((....))...............)........((((((....((((.(((((((........((.((((((....)))))).))...))))))).)))).)))))).......(((..((((((((.......)))))))))))..((((((((..........(((((...((.(((((((.(((((((........))))))).).)))..)))((((.((.((((((((.(((((((.(((((.....)))))((.(((....)))))..((....(.((((((.((....)))))))).)...)).......))))))).))).))))).)).))))..(.....).....(.((.(((((((.....)))))))...........((((((..(((((((((....((((((((((((.....)))))))..)))))....))))))))).))))))...(((((((((.((((((((...(((......)))......)))))))).))))................))))))).).............))..........((((((((..(....(((......)))....)..)))))))).................((((((((((....)))))))))).(((....))).........((((((((....(((...(((((..((((.(((.((((((((.((((.((((.((....)).))....)).)))).))))..))))))).))))...)))))...)))..))))))))..(((((((.................))))))).......((((((.(((((......(((((((((((((((.((((((.....(........).....((((((((((((.....))))..)).))))))....))))))....)))))((((.(((((...(....)..))))).)..)))....((..((((((((.........)).......)))))).)).....((((((.(....).))))))......((((())))).........))))))))))...)))))..)))))))))))...............))))))))..(((.....((((((((((.((..(((((....)))))..)).)))))))))).....)))................((((((((((....))))))))))........ |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((......[[[[[)))..]]]]]......((((((..((((((((.....(((((((((....))))........(((....((((.......((((((.........(((((((...........((((((....))))))......)))))))......))))))......))))..((((((((.......)))))))).))).)))))(((........)))..))))))))..))))))(((((((........)))))))..(((....))).......(((((....(((((((.((((...[[[[))))...(((....)))............]]]]..(((....(((....)))...)))......))))))).....))))).......((((((..((((...((((((...))).))))))))))))).........((((((..((((((((((((.....(((((((((...)))))))))...))))....)))))))).)))))).(((((((((((.((((((((...(((......)))......)))))))).)))................))))))))...(((.((((......)))))))...(((((.........((((.........))))[[[[[[)))))....]]]]]](((....(((..(((((....)))))..)))...........[[[[[[[[.)))((((.....(((.(((((....)))))..)))..............)))).]]]]]]]]....((((((.[[[[[))))))............]]]]].......(((((.[[[[[.(((((((.................))))))).....)))))..]]]]].((((........(((....)))..(((......)))....))))(((..[[[[[)))....(((((....))))).]]]]]..(((.[[[........)))....(((((...........)))))...]]]....(((..[[[[[[.[[[))).......]]]...]]]]]]....(((.[[[[[))).......]]]]].((((((((....))).......((((((.....))))))[[[[..[[[[[...))))).....]]]]].]]]]((((.[[[[....))))...]]]](((((.(((((....)))))...)))))...(((.[[[..)))....]]].......((((((((((((....))))))))..)))).... |
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Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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