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CACCAGGUUGAUUCUGCCUGACGGAUGCUAUUCUCUGGGGCUAAGCCAUGCAUGCUUGUGAACUCUUUGUGGGGGAUUAGCGGACGGCUCAGUGAUAGCACGAUGAUUUGUUUGCGGGAUGAGCAGUAGCUGCGGGAAACUGCAGAUAGUGGUCUGCCCCUGUGGGGUUGGCAAGUAAGUUGUGGGCCUAUCAGCUGGUAGUUAGGGUAAUGGCCUAACUAGGCGCAGACGGGAUACGGGGGAUCAGGGUUUGGUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAGAUGGCUACUACGUCCAAGGAUGGCAGCAGGCGCGAAACUUGCCUAAUCCUUUGGGGAGGCGGUUAUGAGAAGUGAUGUGUGUGCGAGUGCAAAGGGGUCGCAUGUGAUUGGAGGGCAAGUCGGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACCUGCUCCAAUAGUGUCUAUGGUGGAUGCUGCAGUUAAAAUGUCCGUAGUCUGUUGUGUAUGUCUUUGUGUGUGAUGUUUGUGGUUGUGUGUGGAUGUAGUGAUGUGUGUGGCAGAGGACGAGGGGCACUGGAUAGUUGGGCGAGAGGUGAAAUGCGAAGACCCUGACUGGACGAGCGGAAGCGAAGGCUGUGCUCUUGGACUAAUGUUGCGAUGAAGGACGAAGGCUAGAGGAUCGAAAUCGAUUAGAUACCGUUUUAGUUCUAGCAGUAAACGAUGCCGACUGGACGGGACAGUGUGUGUUGUCCAUGAGAAAUCUUGAGUAUGCGGGUUCUGGGGAUAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUUGAAGAGAUUGACGGAAGGACACCACAAGGAGUGGAGUGUGCGGCUUAAUUUGACUCAACGCGGGGCAACUUACCGGCUCUGAAGGAUGCCUGUGAGUGCAUGGCAUGAGGCAUGCGGCGGUGGUGCAUGGCCGUUUUAAAUGGAUGGCGUGAGCUUUGUCUUAAGUUGCGUAAGAUGUGAGACCCUUUGACGGUGUUCUACGGAGCAAGGAGGGGAUGGAAAAGAACAGGUCCGUUAUGCCCUGAGAUGAGGCGGGCUGCACGCGCAUACGAUAGAUGGCGCUUCUGCCUGCUGUGAGGGAUGAAGCUGUGUAAGGGGCUUCUGAACGUGGAAUUCCUAGUAAUAGCGGCUGACGAAGCUGCUUUGAAUGUGUCCCUGUCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGACGCACUGGACGAAGAUCGGAAGGUCUGAGUCCUGAGUGUUAGAUAAGAUAUAAGUCGUAACAUGGCUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGGAUCAUAA |
| Reference structure (ext) |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
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|
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
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|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........(((((((((((((((((..((.(((((((.((((((..(((((((....((((((((.((((((....)))..))).))))))))..............((((((....))))))...........))))))))))))).))))))).))......(((.((.(((..((((((((.......)))))))))..)).)).)))..............)))))))))))))))))..((((........))))((((((((((.....(((.((.(((((...((((((((..(((...............................((((((...........))))))......)))))))))))...))))).)).)))....................(((((((.....))))))).............................................................))))))))))(((..((((((((((((((.((((((((....((((((((.....................)))))))).....(((((((((................................(((((..((((......((((....))))........))))..))))).................((((.......)))).((((.(((((....(.((((((((((((((..............)))))))).((((.......))))..))))))..)....))))).)))).....((..(((((((((((.....(.((((.(.(((((((.(((.((.((((((.((((((((.......(((((.(....).)))))..............((((((.......)))))).........((((((.......))))).......)........)))))))).))))))..)).)))((((((..........)))))).))))))).).)))).)))))))))))).))............))))))))).........((...((((((........)))))).............)).......(((((((.....)))))))......))))))))))))))))).))))).....)))..(((((....((((((.(.((((..(((((....)))))..)))).).))))))....)))))...............((((((.(((....))).))))))........ |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
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|
Contrafold
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[ FASTA input ] |
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...(((((.......)))))..........(((((((((((((((((.(((.(((((((.((((((..(((((((....((((((((.((((((....)))..))).))))))))..(((..((..((.((((((....)))))).)))).)))..))))))))))))).))))))).))((((..(((.((.(((..((((((((.......)))))))))..)).)).))).)))).......).)))))))))))))))))..((((........))))((((((((((..(.((((.((.(((((...((((((((..(((((((.........(((.......)))..............)))))).(((((())))))...)))))))))...))))).)).))))(((......)))...(((((((((((.....)))))))()....................)))).......)...........................))))))))))((((.((((((((((((((.((((((((....((((((((.....(........)......))))))))..((.(((((((((....(...........................(((((.(((((....((((((....)))))......)))))).))))).(((........)))..((((.......)))).((((.(((((....(.((((((((((((((..(((.....))).)))))))).((((.......))))..))))))..)....))))).))))....(((..(((((((((((.....(.((((.(.(((((((.(((.((.((((((.((((((((.(.(((((((((.(....).)))))).....(((.(((.(((((((.....)))))))))).)))..((((((.(((......))).)))))).)))...))))))))).))))))..)).)))((((((..........)))))).))))))).).)))).)))))))))))).)))......)....))))))))).)).....((((((((((((........))))))(......)..))))))......(((((((.....)))))))......))))))))))))))))).)))))....))))..(((((.(..((((((.(.((((..(((((....)))))..)))).).))))))..).)))))............(((((((((.(((....))).))))))..)))... |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((..((((((..((..(((((((((((((((((..((.(((((((.((((((....((((.(((.((((((((.((((((....)))..))).))))))))..)))((.((.((.((((((....)))))).)).)).))..))))...)))))).))))))).)).(((..(((.((.((...((((((((.......))))))))...)).)).))).))).((...))..)))))))))))))))))...(((........))).((((((((((..(((.((.(((.(((((..((((((((..(((....))))))).........))))..))))).)))....(((((((.((((((...(((((..(((((....((.(((.((((.((((.(((((((.((......)))))).))).)))).))))))).))....))))).)))))...)))).)).)))))))...........)).))).....))))))))))...(((((((.((((((((.((((((((.(..((((((((......((.....))......))))))))..)..(((((((((....(((((((.(((..((.((......))..))..))).))).....(((((....))))).....((((((.((((...(((........))).))))))))))....(((((((..((((......((((((((((((((..((((...)))).)))))))).((((.......))))..)))))).......)))).((((.....))))...((((((((.....((.((((...(((((((.(((.((.((((((.((((((((...((((.((((.(((.......(((((.(((...))).))))).........))).)))).)))).((((((.(((......))).))))))........)))))))).))))))..))))).((((((..........)))))).)))))))...)))).)))))))))).))))))).))))....))))))))).((((...((((((((((((........))))))..........))))))))))..(((((((.....)))))))......))))))))))))))))))))))).)))))))).(((((....((((((...((((..(((((....)))))..))))...))))))....)))))..((((((...)))))).(((.(((....))).)))))))))))... |
|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.{{{{{{)))))..........(((((((((((((((((.....(((((((.((((((..(((((((....((((((((.((((((....)))..))).))))))))..............((((((....))))))...........))))))))))))).))))))).....................((((((((.......))))))))..........................)))))))))))))))))..((((........))))((((((((((...(((((.((((((......(((((((............))))..................((((((((..aaaaaa...)))))))).......<<<<)))....................................((((((.......))))))...........>>>>..................AAAAAA.......)))))).)))))...))))))))))...((((((.(((((((((.((((((((.....(((((([[.[[[[[[..............))))))....((((...(((....)))..)))).......................................................................................................................(((...((((((.................(((((....)))))...........................((((.....)))).(((((((((((.......((((...(((((((.(((((..bbbbbb.bbbbbbbb.))))).(((((........)))))..............................(((....)))...........................((((((...BBBBBBBB.BBBBBB..)))))).......................)))))))...))))..)))))))))))))))))...)))....]]]]]]]]..............((((((........))))))......................(((((((.....)))))))......)))))))))))))))))))))))..........(((((....((((((...((((..(((((....)))))..))))...))))))....))))).................((...(((....)))...))}}}}}}.... |
|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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