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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01214



RNA: CRW_01214
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((.(((((((.((((((((.....(((..(((..(((.(((....))))))..))).....)))((((........)))).......))))))))....((((((...(((((............(((((((((.............((((((.....))))))(((((((((((........(((((...........((((((((((....(((..((((((((.......))))))))))).....((....))))))....))))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))..)).))))))))....))))))...)))))))))..(((((((.(((..((((((((((..((............((((((((((.....((((((.......((((((...((....)).....))))))))))))...(((((.......(((((.((((((...((((((....))))))...))))))((((.....((((((((...))))))))...))))......))))).))))).))))))))))..(((((((((((((((...............)))))))))((((((...........)))))).....)))))).....))..))).))).....(((((((.(((((..(((((....(((((....((((((((...((..(((........))).))..(((((((..(((((((...((((...((((((((((((....((....))...((((((.(((((...................))).))........((((.....)))).)))))).)))))))))..)))..))))...((((((((...(((...(((((...((.(((...))).))...)))))..(((.((((((((((((((.((.((...((((..((((....))))...))))....)).))..(((((((.((((((........))))))(((((...))))).....))..)))))...))).))))).)).)))))))....)))))))))))..)))))))....((....)).......)))))))....)))))))))))))........((((((((....))))))))....))....))).))))).((((((............))))))...)))))))....))))..)))..))))))).)))))...))))))...))))))).......(((....(((......))).(((((((.....((((....))))..(((.......)))...)))))))...))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((((...(((....)))...........(((((((((..........................................(((.((((..(((((((((((...(((.....((((((....))))))......)))................((((............................................(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).))).))))((((((.......)))))).....((.((((........)))).)).............((((((((.((....(((((((..((((((....................................))))))......((..((((((.(((..........))).))))))))....)))))))....)).))))..................))))((((....((((((....))))))....)))).((((.....(((((((.....)))))))...))))....................(.(((((...((((((....((((((((.....................))))))))....................))))))..)))))..)((.........)).........)))))))))))))))........)))..............................(((((.((((....)))).))))).............(.(((((.(((.(((......((((.................................((.((((.....)))).)).....................))))......))).)))))))).)(((((...(..(((.....))))...))))).......)))))))))((.(((((((..((((.................................(((((...((((((........))))))(((((...))))).........)))))(((((((((...................(((((.....)))))........................................((((......(....((((((((....))))))))....)......)))).....((((((............)))))).........)))))))))........))))..))))))).))........)))))))((..((..((....))..))..))...................................((((((((((....))))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).((((((((((.(((((.(((.....(((.(((..((....((...(((...)))...)).))......(((.......(((.((..((...(((((((.((((.....(((((......)))))......))))...((((((.(((((......)))))))))))............)))))))..)))).)))..(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).))..(((....)))....)))))).).....(.(((....((((....))))..)))).))..))))).............((((..........)))).....((((((.......((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))((((...((........))...)))).((((((((((....((.((((.....((((((.......))))))...)))).))....)))).......(((.((((((..((((((....(.((((((...(((......)))......)))))))............((....)).)))))).))))))..))).........(.......((((((....(...((((.........))))...).))))))......)...(((.((.(.....(.((((.......)))).).........).))..)))))).)..........(((....))).................(((((.(((((((..((..(.((((.((((((((((....((((........))))........(((.(((...(((((......((((...))))....)))))..(((.((((..(((((((...........(((....))).........(.(((((.(((((........))))).))))))........(..(((((...)))))..)...............)).)))...).))))))))....))).)))...)).)))))))).)...((((((.(....................).))))))....(....(((((((......)))))))....).....))).).....((((((............))))))......))...)))))))))).))..(.(..((.(..(((((.(..(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))..).)))))...).))...)..)..(((((((((....)))))))))......)).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((...(((((((..((((....))))..........(((((((((..((.......)).......(((((........)))).(((((((.((((..((((((((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((.(((((((..(((((((.......))..(((.(....).)))....)))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))))))))))))))..........(((..((.((((........)))).))...)))..((((.((..((((.((....(((((((..((((((......................(((....)))....)))))).....(((..((((((.(((..........))).)))))))))...)))))))....)).))))..)))))).............(((((....((((((....))))))....)))))((((.....(((((((.....)))))))...))))....................(.((((((..(((((((...((((((((.....................))))))))......)....((....)).)))))).))))))..)((.........))........))))))))))))))))........))))))).....).(((........))).....(((((.(((((()))))).))))).............(.(((((.(((.(((.((...((((.....(((...((.......))((..((.....((.((((.....)))).))...))....)).....)))..))))..))..))).)))))))).)(((((...(..((((...)))))...))))).......)))))))))((.(((((((..((((.((((((....)))...................(((((...((((((.(....).))))))(((((...))))).........)))))(((((((((.(.(((((...(.(((..((((((.....))))).).)))..)..))))).).......(.....)......(((((((.....(....((((((((....))))))))....).....)))))))...((((((..((.....)).)))))).........)))))))))....))).))))..))))))).))........)))))))((..((..((....))..))..))................(((....))).........((((((((((....)))))))))).)))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((.....(((.....[[[[.))).((((((((..(((.(((....))))))..)))...))))).]]]].((((((((((......)))).[[[.......)))))).((((.....((((((....))))))......))))]]].((((((.[[[[))))))...]]]]..(((......[[[[.)))....]]]]...(((.[[[[....(((..((((((((.......))))))))))).......)))...]]]]....((((....((((.....))))[[[[[..........)))).(((....))).....]]]]]......(((((((..[[[[[[........))))))).......(((....)))....]]]]]]...........(((...[[[[[[.)))...((((((((.........)))...)))))]]]]]]......((((((........[[[[[[.......))))))...]]]]]]..((((((((......(((((((.....))))))).....((((.....((((((((((.(((.((((((..(((((((((.((((((((...(((......)))......))))))))....))).............)))))).))))))..))).........(((((((.(((((...........(((((....((((((((...............((((.......(((((.((((....)))).))))).......))))....(((((.(((.(((.((((((............(((((.....)))))............((((.....)))).))))))..)))...(((.(((.....))).)))....))))))))...((((((.(((.(((((....)))))..)))....(((((((.((((((((.....(((..(((....))))))......................(((((...((((((........))))))(((((...))))).........)))))...))).)))))(((..((((...........))))..)))..))))))).))))))....................)))))))))))))........((((((((....))))))))....(((....)))))))).((((((............))))))...))))))).)))))))))).....)))).))))..(((((....((((.....((((....................)))).....))))....)))))..))))..........(((((((((....))))))))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((.(((((((((((((....))).(((.(((...))))))))))).)))))......((((((...(((.((....((((......((((.((((((((((((((((.((((.....((((((....))))))......))))...((((((..((((......)))).))))))....((((((((((.........(((....)))((((((((..((((((((.......))))))))))).....((....)).(((((((.....)))))))(((...((((((........)))).))...)))..(((((.(..((((.((....(((((((.......(((((..((((.((((...((..(((....)))..................(((((....)).))).))...)))).))))..)).))))))))))....)).))))..)))))).))))).(((((((...(((((.((((...(((...((((....((.((((.....((((((((...))))))))...)))).))....))))..)))...)))).))))).(((((((((((((((..((.....))....)))))))))((((((...........)))))).....)))))).(((.....)))........(((((...((((....(((((....)))))..)).))......))))).))))))).)).)).))))))(((.((((....)))).))))))))))....)))))))))))))......))))...)))))..))))))...............(((((.....((((((...((((.((((..........)))).))))....((((.............)))).(((((......((((...))))....)))))....)))))).....))))).(((((..((((.(((.(((((.(((((..((((.((.....((.((((.(((((((((........))))))(((((...)))))........((((.((...((......))..)))))).((.(((((((.....))))).)))).))).)))).)).......)).))))..........))))).)))))....(((((((....))))))).((((((.(((..((.((...((((((............))))))...))))))).)))))).....))).))))..)))))(((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....)))))....((.......)).(((((((((....))))))))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((({{{{{{.)))))..)))...................................................................................(([[[[[[[((...................(((.............................................................................(((.((......((((((((.......))))))))......)).)))........................(((...((((((........)))).))...))).......................<<<<<<...<<<<))).>>>>.>>>>>>........................................aa...)).......))..(((((.AA...............)))))...........................(((((....((((((....))))))....)))))((((.....(((((((.....)))))))...))))........(((((.....(((.((((((..((((((....((((((((.....................))))))))...........((....)).)))))).))))))..))).....................]]]]]]].......................................................................................(((...(((..........(((....)))..............................((((.....))))......................................)))..)))..(((((......(((.....)))....)))))..............................(((....))).........................(((((...((((((........))))))(((((...))))).........)))))..................................................................................................((((((((....))))))))....................((((((............))))))...............)))))..................(((.....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..))))))).....))).................(((((((((....)))))))))}}}}}}...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((.(((((((((((((....))).((..(((...))).))))))).))))).............((((........))))......(((((((...(((((((.((..((((.....((((((....))))))......))))..))....((((((((.(((((((.(((.(((..((((.((.((((...((((...(((((..((.....((...((((((((.......)))))))).)).....((....)).))..((((((.....(((((..(....((((........)))).(((.((((..(((((.(..((((.((....(((((((...((((....)))).))))))).......(((....))......................((((..(((..........)))..))))(......)).........)).))))..)))))).......(((((((...(((((.((((...(((...((((....((.((((.....((((((((...))))))))...)))).))....))))..)))...)))).))))).(((((((((((((((..((.....))....))))))))).((((.............))))......)))))).(((.....)))........(((((...((((....(((((....)))))..)).))......))))).)))))))......((..((.(((.((((....)))).)))))..))............))))..)))..........(((....))).................)..))))).....))))))..............)))))......))))..)))).))..))))....))).).)).)))))))..((((...)))).....((((..((.((((.....))))))..)))).....)))))))).(((((.....)))))..........(((((...((((((........))))))(((((...))))).........)))))......))))))).))))))).(((.(((((((.....))))).))))).....((((((...(((.((................)......(((((.((((((((....))))))))....(..(......)..)..((((((............)))))).......)))))..................(((((.........)))))...(..((((..((..((....))..))..))))..)).)))...)))))).................(((((((((....))))))))))))))))).
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((.((...(((.((....(((((((((((.....(((.(((....))))))...(((((..(.(((((.(((((..(((........(((..(..((((((((((((....((((..(((((....((((((((......))).(((.(((((((.(((((((..(((((..(.(....)).((((.(....).))))...)))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).))))))))))))))))).)))...)))))))))).((((........)))).....)))).....(((.((((..(......(((((((...((((....)))).))))))).......(((....))).............)..)))))))....))))))))))))...)..)))))).)))))((.....)).))))))..))))))))))).)))))(((((((((....(((((..(.(((((.(.(((.((.((((.....(((((((.....)))))))...)))).))....((((((((((.(((.((((((..(((((((((.((((((((...(((......)))......))))))))....)))....((....)).)))))).))))))..))).........(((((((.(((((....(((....(((((....((((((((..((((.((......((((.((....(((((.((((....)))).))))).))....))))....(((((.(((...((((...(((....))).............((((((((.(....((.((((.....)))).))...).).))))))).))))...((......))...))))))))...((((((.(((.(((((....)))))..)))....(((((((..((((.(((((..(((..(((....)))))).)))))................(((((...((((((........))))))((((.....)))).........))))).......)))).(((..((((...........))))..)))..))))))).))))))............))))))..)))))))))))))........((((((((....))))))))....))).......))))).((((((..((.....)).))))))...))))))).)))))))))).))).).))))).)..(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....))))).....)).)))....))))))))).....))))).)).)))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((................................(((.(((....))))))............(((((.(((((.......................((((((((((..................(((((((((.......((...(.(((((((.(((((((..(((((..(.(....)).((((.(....).))))...)))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).))))))))))))))))).)..)).............((..........))......(((....))).........................)))))))))........................................................))))))))))...............)))))((.....)).)))))........................................(.(((((.(.(((.((.((((.....(((..((.....))..)))...)))).))....((((((((((.(((.(((.((..((((((....((((((((.....................))))))))...........((....)).)))))).)).)))..))).........(((((((.(((((...........(((((....((((((((..((((.((........................................................(((...(((..........(((....)))..............................((((.....))))......................................)))..))).............(((.....)))......................((((..............((....))...(((.....)))............(((((...((((((........))))))(((((...))))).........))))).......))))..........................................................))))))..)))))))))))))........((((((((....))))))))..............))))).((((((..((.....)).))))))...))))))).)))))))))).))).).))))).)..(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))......................................)))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((.((((((((...(((((((((.((((((((..(((.(((....))))))..)))...)))))..(((((...((((((.(((...(((..((......(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((.(..(((......)))..))))))............)))))))...))..)))..(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).))))))..((((((.......)))))).......))))))......(((((((...(((....))).(((((((((((....(((((((...((((....)))).))))))).(((((.(((....))).......((((.....(((.((((((.(((..........))).)))))).....)))....))))..)))))...))))).........)))))).............))))))).)))))..))))))))).....(((..((.....))..))).....((((.....((((((((((.(((.(((..(..((((((....((((((((...(((......)))......))))))))...........((....)).)))))).)..)))..))).........(((((((.(((((....(((....(((((....((((((((..((((.((......((((.......(((((..(((....)))..))))).......))))....(((((.(((...((((...(((....))).............(((((((.......((.((((.....)))).)).......))))))).))))...((......))...))))))))...((((((.(((.(((((....)))))..)))....(((((((..(((((((.((.((....(((....)))..(((.....))).....)).))..(((((...((((((........))))))((((.....)))).........)))))...))).)))).(((..((((...........))))..)))..))))))).))))))............))))))..)))))))))))))........((((((((....))))))))....))).......))))).((((((..((.....)).))))))...))))))).)))))))))).....)))).))))..(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))............)))).(((..(((....)))..))).)))))))).