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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01239



RNA: CRW_01239
Rfam family: -

CACCAGGUUGAUUCUGCCUGGUGUAGAUGCUAGUUUCUAAGAUUUAGCCAUGCAUGUUUUGUGAAUUCUUACGAAGGAACGGCGAACGGCUCAGUAAUAUUGCGUUAAUCUGGUCUAAAUAUAAAAAUAACUACGGUAACCUGUAGCUAAUAAUUUAGAAUGAGACGCAAAUUUAUCAGUUUGUUGGUAGUGUAAUGGACUACCAAGACUAUGACGAAUAACGGGAAAUUAGGGUUUUAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAGAUGGCUCCCACGUCCAAGGACGGCAGCAGGCGCGAAAAUUGUCCACUCUUUUAUGAGGAGACAGUUAUGAAACGUGAAUAUAAGUUUGAAUUUUAAAAUAAUUUAUUUUAUGCAAUUGGAGGGCAAGUUUUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACCAACUCCAAGAGUGUCUAUGAAGGUUGCUGCAGUUAAAGCGUCCGUAGUUUUUUUAUUGCAAUUUAAAAACUAUGAUUAAAUUAGUUAAGUUUCCAAUACAUUGUGAAACGGAUAGGGAAAAUUGUAUAGCUAGGUGAAGAAUGAAAUCUCAAGACCCUAACUCGACAAACAGAGGCGAAGGCGAUUUUCUUAUACGUAUUCUUAAAUAAAGGACGAUAGUUAGAGGAUCGAAGGUGAUUAGAGACCGCUGUAGUUCUAACUGUAAACUUUGCCGACAUUUCAUAUUGUUUUGAUAAGAAAGGGAGAAAUCUUAGUUUUCGGGCUCUGGGGAUAGUACACUCGCAAGGGAGAAACUUAAAGCGAAAUUGACGGAAGAACACUACCAGGAGUGGAUUGUGCUGCUUAAUUUGACUCAACGCGGGAAAACUUACCAGAGUCAAAUAUAUUUAUGAUUUUUUUAAAUGAAAUAUAUAAAAGUGGUGCAUGGCCGUUGCAAAUUGAUGGGUUGACUUUUAACUUAAUUGUUGAAACCAGUGAGAUCAUUUAUGACUGGUAUUUUAAAUACAGGAAGGAAAUGGCAAUAACAGGUCCGCACGCCCUUAGACAUUCUGGGCUGCAAGCGCAAUACAAUAUCUUGUUAUUUAUAUUUAUUUAUACAAUUAUAUGUAGGAUUAAUUCUUGUAAAUGAAUUAUGAAUCAGGAAUUCCUAGUAAUAAUAUUUCAUUAAGAUAUUAUGAAUUUGUCCCUGUUCUUUGUACACACCGUCCGUCACUAUUUCAGAUGGUUAUAAAGAUGAAGAGCUAAGGUUCUGAAUAUUUAUAACUAGAUAAAGUACAAGUCGUAGCAAGGUUGCAGUCGGUGAACCAUCAGCAGGAUCAUAA
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...[[[.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((..(((...(((....)))...)))))......(((......((((((((..((...(((((((.........(((((((....))))))).....)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...((((....)))).)))).)).))))))............((((((.........)))))).........(((((((((....<.<<<.....<<.)))>>.......>>>>)))))).))))))))))..........(((((.....((((...(((...((((......((((.((((((.......))))))...))))......)))).(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{.((((((((((...))))))))))..{{..))}}...}}}....}}}.))).(((......((((....))))....))).....]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((...((((((......(((....)))....))))))...((.((((..(.(((((((...(((((((((....))).((((......))))..)))))).....((((.....((((((((...)))))))).....))))....)))).)))....))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.................))))).))....(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......))))))))......(((((((((..(((((.(((.(((.((((((((...(((((....)))))..))))..((((((((....(((((((..((...(((((((......((..((((((....))))))...)).)))))))..)))))))))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....))))........))).)))))....((((((..(((((((........)))))))...)))..))).)))))))))).....(((((((...(((((((((((((.(((((.......((((((.(((((((.............)))))))))))))..(((((((.((..((((((((((.(((((((...(((((((...........)))).)))...)))))))))).)))))))...((((((((((..((....))..))))))))))..............)))))))))..)))))...(((....(((((((((((.(((...(((..(((......)))....))))))..(((...........)))..)))))))))))...))).)))))..)))))))).)))))))...)))))..))).)))))).((((((((..((((..(((((.((((((((((((...(((........))).((((((((((((((.......)))).((((((((....(((...(((((..((..(((.....(((((......((((.....((((......))))..))))..)))))..)))..))....)))))...)))..))))))))......((((((((...((((((.((((((((......(((((((..(((((((((.......((((((((...))))))))..(((((((((((((.............)))))..)))).)))).............)))))....)))).(((.((((...........)))))))..))))..)))....(((((..(((((((((((((((((..((((..........))))...)))))))))).)))))))))))).............))))))))))))))..))))))))...))))).)))))(((((..((((((.............))))))(((((..((..(((((....)))))..))..)))))..........))))).))))..)))))))))))))....))))...)))).)).))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......))))))))............................................................................(((((((..((...(((((((..........((((((....))))))......)))))))..))))))))).....((.((...((((((((.......)))))))).))...))..........................(((((((.(((((((........))))))).).)))..)))((((.((.(((((.((((((((((..((.........)).............................................................)))))).)))).))))).)).))))............(.......)................................(((((((((..((....))..)))))))))...............((((((((....))).)))))...................................................(((........))).......(((((((((........((((.......))))........)))))))))..............((((((..(((((.(((((.((((((((((((...((...............)).................................(((.....((((................))))...(((((((.....................((((((((((.(((((((((......((....)).....)))))))))(((((..................)))))....))))))))))....................((.........))............((((((.............)))))).....................................(((.((((...........))))))).............................((((((((...........................)))))))).........(((....)))....((((((((.......)))))))).............................)))))))))).......((((((((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))............))))..))))))))))))).)..))))...)))).)).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......))))))))..((((...(((((.(((.....(((.(((.(((...((...(((....)))...)).........(((.......(((((((..((...(((((((..........((((((....))))))......)))))))..))))))))).......((((..((((((((.......))))))))))))...........((((((((....))))...))))))).(((((((........))))))).((((....))))))))))))).).....(.(((..(((......)))..)))).))..)))))((......((((........(((((((...))))))).....((((((........((((.....((....)).......))))))))))(((((........((.((((........)))).))(((((((((..(......)..)))))))))...............(((((...........)))))(((....(((((...........(((((((...................................((....))..(.(((((.................))))).)(((((((((....(...((((.........))))...).)))))))))...)))))))....((((.(((.......))).)))).(((....)))...)))))....)))..........)))))...........))))...)).....(((((.(((((((..((.(((((((.((((((((((....((((((((...................))))))))(((((......(((....)))....)))))........((((..(((((((((...(((.(((...(((..(.......)..)))....))).)))...............((((.....))))............))))...).)))).))))((((...........)))).)).)))))))).)...(((((((......(((......))).........)))))))((((((........))))))..........))))))...........(((((.((....)))))))...))...)))))))))).))(((((..((.(..(((((.(..((((((((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))..).)))))...).))...............)))))...)))).............
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......)))))))).....(((.((((((((((.....(............).....))))....)))))))))...........(((..(((((((..((...(((((((.......((.((((((....)))))).))...)))))))..)))))))))..)))((((((..((((((((.......)))))))))))..)))..............(((((((((((((((((((.(((((((........))))))).).)))..)))((((.((.(((((.((((((((((.((((.......))))...(((....))).....................((((.......))))...........)))))).)))).))))).)).))))..)))).....((((...))))..........(..(((........)))..)((((((((((..(((())))..))))))))))..............((((((((....))).)))))...........................................))))))))(((........))).......(((((((((.((.((..(((((.....)))))))...)).)))))))))..........((..((((((..(((((.(((((.((((((((((((.((((.(((.......))).))))....((((.......))))....(((((.(((((.....((((.((.......))....))))...((((((((((.((((......))))(..((((((((((.(((((((((.....(((....)))....)))))))))((((((...((((....)))).))))))....))))))))))...)..............(((((.......)))))..........((((((.............))))))((.....))....................(((((..((((.((((..((.....)))))))))....).....(((....)))..((((((((((((((((..(((((..........)))))...)))))))))).)))))).((((()))))....(((((((((.....))))))))).........))))))))............)))))))))))))))))((((((((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))............))))..))))))))))))).)..))))...)))).)).))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......))))))))((((.[[[[[..))))....]]]]]........((((((((....))))))))....(((.[[[[)))...........]]]].......(((((((..........((((((....))))))......)))))))...((((((...............((((((((...[[[[))))))))..]]]].......(((.[[[[......)))...]]]]((((.(((((((........)))))))..(((....)))(((....(((((.((((((((((.((((((...)))))).(((((......((((((.((((((((((...)))....))))))))))))).)))))..)))).)))))).)))))....)))..(((...)))..))))....))))))...........((((((......[[[.[[[[[[[[[..))))))....]]]]]]]]]]]]............((((((((....))).)))))((((((((((((((((.....((((...(((......)))......)))).(((........)))......))))))))))).....)))))..........(((....)))...........(((........)))((((..((((..(((((((.((((((((((.((((.((((.....)))).))))((((....)))).(((..(((...)))..))).((((.(((....))).............((((((((((((((((((.((((((..((((((((((((((((.(((((((((.....(((....)))....)))))))))....(((((((((....))))......)))))))))))))))((((((((.......)))))......(((((((......))))))))))........))))))..)))))).......(((((((((((...............)))(((.((((..(((...))))))))))...............(((((..(((((((((((((((((............(((.....))))))))))))).)))))))))))).))))).)))(((((((((.....)))))))))...........))))))............)))))))..)))))...((((((((((.....(((((....))))).....))))))))))......))))..))))..)))))))))))))....))))...))))..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......)))))))).((((.(((((((((...(((.((((.(((...((((((((....)))))))).....)))...)))).))).....((((((..((...(((((((((.....((.((((((....)))))).)))).)))))))..)))))))).((((.(((.....((((((((.......)))))))).....))).))))....))))))))).))))..(((((..((.((((((((((((((..(((((.((((....))))((.....))((((.(((((((..(((......)))..)))))))......((((((.(((((((.............))))))))))))).(((((..((((..((((((((((.(((((((...(((......((((...))))...)))...)))))))))).))))))))))).)))))......)))).......(((((.((((((...))))))))))).(((.(((.((((((((((..((((((((((((...(((((((((.((......)))))....)))).(((........)))))....))))))))).....(((..((((.....)))))))((((((((((...((..(((........)))..))...))))))))))...)))..)))...))))))).))).)))........)))))..))))).....))))))))).............((((.(((......)))...))))..))..)))))...((((......))))((((.(((((....(((((((((.....((.....)).....)))))))))...(((((((((((.......))))).)))))).(((((.....((((((((((.((..((...(((((((((((......))))).((((((.............))))))............(((.((.....((((.((((((...(((.((((...........)))))))....((((.((((....)))).(((((((((((((((((.(((((..........)))))..)))))))))).))))))).(((....)))....(((((((((.....)))))))))....)))).))))))..)))).....)).))).....(((((....((((((((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))....))))).))))))...)).)))))))).))))..)))))))))).))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......))))))))............................................................................(((((((..((...(((((((..........((((((....))))))......)))))))..))))))))).((((((((((((((((((((.......))))))))........................((((.........((...(((((((........))))))).ccc))....CCC......(((((..((..(((((............................................................................))))).aa))<<)))))(((((((................................))))))).....>>..AA....(((((((((..((....))..)))))))))...............(((((...........))))).............................................))))........................(((((((...........((.......)).......{{{{)))))))...(((........)))bbbb..bbbb}}}}bbb...bbbbbbbbbb.........................(((....)))...........................(((....)))..............................................((((((((((.(((((((((...................)))))))))................................)))))))))).........))))))))))))........................((((((.............)))))).....................................(((.((((...........)))))))................((...............................((((....(((((((................))))))).))))....[[[[[[.......))]]]]]]..........................((((.................((((((((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))............BBBB..BBBBBB..BBB..))))BBBB...BBBB..........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......)))))))).((((.(((((((((.......((((.(((..(((((((((....)))))))...)).)))...))))........((((((....((..(((((((.......((.((((((....)))))).))...)))))))...))))))))..((.((((((..((((((((.......))))))))))))..)).))......))))))))).))))..(((((....(((((((........))))))).((((....))))....(((((.(((((((((((..(((......)))..(((((..(((((.((((((.(((((((.............))))))))))))).........(((..(((((((((.((((((((...((...))..((((...)))).........)))))))))).)))))))...((((((((((..(......)..))))))))))..............(((((((......)).)))))(..(.(((((((((((...((((((((.(((......))))...).)))).(((........)))))....))))))))))))..)....((((.....))))...((((((((((...((..(((........)))..))...)))))))))).......))).....))))).))))).............)).......))))))))).)).)))............((((.(((......)))...))))......)))))...((((......))))((((.(((((....(((((((((.....((.....)).....)))))))))...(((((((((((.......))))).)))))).(((((.....((((((((((..((.((.....((.((((((......))))))....)).....))..(((((((.((((((((......(((.((.....((((.((((((...(((.((((...(.....).)))))))..........((......))..(((((((((((((((((.(((((..........)))))..)))))))))).))))))).(((....)))....(((((((((.....))))))))).........))))))..)))).....)).)))..............((((((((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))..)))))))).))))))).))...)))))).))))..)))))))))).))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.[[[[[[))))))))..((((...((((....(((((((((.(((.......((((..((((((...((.........(((((((.((((.((((.....((((((.............(((((.(((((((((....((((....))))....((((((..(((..(((.....((((((((.......)))))))).....)))..)))....(((......(((.((((..(((...(((((((........))))))).((((....))))...((.(((((.((((((((((.((((((...))))))............((((((.(((((((.............)))))))))))))........)))))).)))).))))).))..)))..)))).)))...)))....))))))....))))))))).)))))...((((((((((((((..((....))..))))))))))..........((((((((((((.(((.((((((((((...(((((((((((...((.(((((.(((......)))))....)))..(((........)))))....)))))))))))...............(((((....((((((((((...((..(((........)))..))...))))))))))...))))))))...))))))).))).)))........((((....)))).(((..(((...)))..)))......(((....))).))))))))).........))))..........))))))...((..((..((((((...(((((((.....((.....)).....)))))))((((((((...((((....)))).))))))))..))))))..))...))...)))))))).)))))))...((((((......)))))).)).)))))))))).(((((((.((((((((......(((.((.....((((.((((((...(((.((((...........)))))))....((((.......(((((..(((((((((((((((((.(((((..........)))))..))))))))))).)))))))))))..........(((((((((.....)))))))))....)))).))))))..)))).....)).)))..............((((((((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))..)))))))).)))))))))).))))).))))...))))))))...]]]]]]....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......)))))))).((((.(((((((((.......((((.(((.((((((((((....)))))))...))))))...))))........(((((((......((((((((((........((((((....))))))...)).))))))).)..)))))))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....))))....))))))))).))))..(((((....(((((((........))))))).((((....))))....(((((.((((((((.....((([[[[[[)))(((((((.(((((((((((((.(((((((.............))))))))))))).........((((.(((((((((.((((((((............((((...)))).........)))))))))).)))))))...((((((((((............))))))))))((((...))))...((((((((....))).)))))..(((.((((((((((.....((((((.(((......))))...).)))).(((........)))......))))))))))))).....(((((.....)))))..((((((((((.......(((........))).......))))))))))......))))....)))))))))))))).]]]]]]..............)))))))).)).)))............((((.(((......)))...))))......)))))...((((......))))((((.(((((....(((((((((...................)))))))))...(((((((((((.......))))).)))))).(((((.....((((((((((.(((.(((....(((((((((......))))))...)))....))).((((((((.(((((((((((((.(((......((((((.((((((...(((.((((..(((...))))))))))....((((.((((....)))).(((((((((((((((((.(((((.((.....)))))))..)))))))))).))))))).(((....)))....(((((((((.....)))))))))....)))).))))))..)))).)).....)))))....))).....((((((((((.....(((((....))))).....))))))))))..)))))))).)))))))))))..)))))).))))..)))))))))).))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......))))))))..(((.((.(((.....(((((((((.(((.......((((..((((((...(.((((((...(.((((..((((.((((.((((((((((.((((((((((((.((((((((((((.((((((......((((.....((((((..(((..(((...(.((((((((.......)))))))).)...)))..)))....(((......(((.((((..(((...(((((((........))))))).((((....))))...((.(((((.((((((((((.((((((...))))))............((((((.(((((((.............)))))))))))))........)))).)))))).))))).))..)))..)))).)))...)))....)))))).))))....))))))))))......)))))))))))))))....)))))...)))).)))))).....((((((((((((.(((.((((((((((...(((((((((((...((.((((((.((......)))))....)))..(((........)))))....)))))))))))...............(((((....((((((((((...((..(((........)))..))...))))))))))...))))))))...))))))).))).)))........((((....)))).(((..(((...)))..)))......(((....))).))))))))).)))).))))..((.((....)).))..)))).)..((..(..(((...(((((((...(..((....))..)..)))))))((((((((...((((....)))).))))))))..)))..)..))..)))))).).........((((.....(((((......))))))))).)))))))))).(((((((.((((((((......(((.((.....((((.((((((...(((.((((...........)))))))....((((...(((((((((..(((((((((((((((((.(((((..........)))))..)))))))))).))))))).(((....)))................)))))))))......)))).))))))..)))).....)).)))..............((((((((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))..)))))))).)))))))))).))))).))))((....))...))))).)))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......))))))))..(((.(..(((((((............((.....((((((....)))))).......))............................................(((((.(((((((((....((((....))))....((((((..(((..(((...(.((((((((.......)))))))).)...)))..))).............................(((((((........)))))))...........((((.((.(((((.((((((((((.(((((.....))))).((((.................................................))))..))))).))))).))))).)).)))).((.....))..........))))))....))))))))).))))).........((((((((............))))))))................(((((((......)).))))).................................................................................................................................))))))).((((..((((..(((((...((((((.....((((((...((((..((((..........................((((.....((((..................................(....)...))))...)))).((..((..(..(((.(((((((((...(..((....))..)..)))))))))................................)))..)..))...))................................))))..))))..)))))).....(((((((.((((((((......(((.((.....((((.((((((...(((.((((..((.....)))))))))............((((((((...(((((.(((((((((.........................)))))))))..)))))............................))))))))............))))))..)))).....)).)))..............((((((((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))..)))))))).)))))))))))))..)))))....))))...)))).).)))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......))))))))..(((.((.(((.....(((((((((.(((.......((((..((((((.........((.(((((((........((.(((((((..................(((((.(((((((((....((((....))))....((((((..(((..(((.....((((((((.......)))))))).....)))..)))....(((......(((.((((..(((...(((((((........))))))).((((....))))...((.(((((.((((((((((.((((((...))))))............((((((.(((((((.............)))))))))))))........)))).)))))).))))).))..)))..)))).)))...)))....))))))....))))))))).)))))..((...((((((((((..((....))..))))))))))..........((((((((((((.(((.((((((((((....((((((((((...((.((((((.((......)))))....)))..(((........)))))....))))))))))................(((((....((((((((((...((..(((........)))..))...))))))))))...))))))))...))))))).))).))).........(((....)))..(((..(((...)))..)))......(((....))).))))))))).))...))))))).))...((((......))))...((..(..(((.(((((((((.....((.....)).....)))))))))....((((((((((.......))))).))))))))..)..)).))))))))).........((((.....(((((......))))))))).)))))))))).(((((((.((((((((......(((.((.....((((.((((((...(((.((((...........)))))))....((((...(((((((((..(((((((((((((((((.(((((..........)))))..))))))))))).)))))).(((....)))................)))))))))......)))).))))))..)))).....)).)))..............((((((((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))..)))))))).)))))))))).))))).))))((....))...))))).)))....