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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01250



RNA: CRW_01250
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((.(((...(.....)...)))))......(((......((((((((..((...(((((((....(....(((((((....))))))).....))))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))...(((..((((...))))....)))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))..((((...))))..(((((((.........)))))))........(((((((((....<<<<.....<<.)))>>.......>>>>)))))).))))))))))..........(((((.....((((...(((.........((((((.(((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[.((((((((((((....))))))))))))..[[..))]]...]]]....]]].))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((...((((((......(((((...)))))...))))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....))).((((......))))..)))))).....((((.(((...)))..(((((((.....))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...((((.....))))....(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.......((((((((((((((((...((((.((((............((((((..(((((((((..((((.......(((.((((.((((....((((((((......(((((((...((..((.(((((......))))).))..)))))))))...))))))))..(..((((((..((((((((.......)))))))))))..)))..).....(((((((((((.((....(((......)))((((.(((.....(((.((.(((.(((..((((.......))))..)))))).)))))......))).)))).....)).)))))))))))..((..((((((((.........))))))))..))..))))...((((.......)))).)))))))....))))..)))..))))))..))))))...........((((.....((((...(((((.....(((((...((((.((((((((.((.((((..((.....................))..)))).)).......(((....)))))))))))))))...))))))))))..))))...)))))))).))))...))).)))).......((...((((((((((((.(((((.((((.((((((((..((....))..))))))))..((((.....(((((....)))))...(((((((..((((....))))................(((((.......((....)).((((...(((((((((((..((.((....((..(((....(((((.....(((((((((..(((..........)))..)))))))))...)))))....)))......(((((((.((((...((((((...........)))))).......(((((((((...((.((.((.....)).)).))..)))))))))......)))))))))))..))....)).))..)))))))))))......(((((..........((((((((..(.......)..)).))))))....((((..(((..(((.....(((((((((.....)))))))))....))))))..)))).)))))....))))))))))))))))....(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..))))......))))...)))))))))))))))))...))...)))))))))..)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((.....((....))..(((.((((((..((((.....((((...((((...((((.((....((((.......(((...(((((((..((...(((((((..........(((((......))))).......)))))))..)))))))))...)))..(((..((((((((.......))))))))))).(((((((((...(((..(((..(((((...((((((...((((((........)))).))...)))..))))))))(((((((((..(((..((((....(((((((.(((((((((.((((.........))))))))))))).))....))))).....))))............((((..((((((.(((......(((((..((((.(((((.(((((.(((((........))))).(((((..(((((((((((((.(((((((((((.(((.((((((((.((..(((((((.....................)))))))..)).......(((....)))))))))))))))))..))))))))...........(((((((..((((................))))..))))))).))))))))))..))).((((((((((((....))))))))))))........)))))........))))).)))))))))..))))).((((((...(((......((((.((....(((.((((.....)))))))(((((((((((..((.((....(((.(((....(((((.....((((((((((((............)))))..)))))))...)))))....)))......(((((((.((((.....(((((((..(((((........))))).((..(((((((((...............)))))))))))....)))))))))))))))))).)))....)).))..))))))))))).))))))......)))...))))))...)))...((((((((....))))))))...))))))...))))))).((((((((.......)))))))).....))))))))).....)))...))))))))))))..))))...(((((((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))))))..)).))))...))))..))))))))..)))))).)))......)))))))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))...........................................((((.........))))...............((((((((......(((((((((........((((((....))))))...))..)))))))...))))))))........(((..((((((((.......)))))))))))((((((((((...((((((((...)))))).(((.....((.((((........)))).))........))).....((((((((...................................................((((((((((((.........))))))))))))......((((((...................(((((.(((((.(((((.(((((...........................((((...((((......((((..(.(((((.(((((((.((.((((((((.....................)))))))).)).......(((....))))))))))))))))....))))))))..))))....((((..(((((...((((.........))))...)))))..))))..............((((((((((((....)))))))))))).....................))))).)))))))))).)))))....(((((.........................((((.....)))).....................................((((.((..(((((((((....................))))))))))).))))...........)))))...........(((..........)))................(((((((((..........................)))))))))...................))))))....................((((..............................(((((......))))).............))))......(((((((.......))))))).......))))))))............))))))))))))(((..((((((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..))))))..................((((.(((....))).))))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......)))).............(((((.........(((.(((..........(((((.......)))))(((..(((.......(((((((..((...(((((((..........((((((....)))))).......)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))...(((..((((...))))....)))))).((.((((........)))).))..)))...........))))))....((((.(.(...(((((...))))).).)))))..)))))................((((((.........)))))))))).....((((((.......((((.....((....)).......))))))))))..(((((((......................((((....((.........((((((.(((..(((((((.(..((((((((...(.............)...))))))))..).....(..((....)))))))))).)))))).)))...))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))......(((.(((((..((((((((((((....))))))))))))...(....).....))....)))..))).........((((....))))..................((.(((((((..((..(.((((.((((((((((............................(...((..(((..((((.....))))...)))..)).).........((.((((..((((((((..........(((....))).((((......)))).............((((((((........(..((((.....))))..).)))))))).....))).)))...).)))))))...............)).)))))))).)....................(....(((((((......)))))))....).....))).).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))))))))).(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))..............................(............(((((.......)))))...............((((((((....(.(((((((((.....((.((((((....)))))).))))..))))))).).))))))))........(((..((((((((.......)))))))))))((((((((((...((((((((...)))))).(((..(((((.((((........)))).))...)))..)))....((((((((((........((...((.......))..))..(..............((((.((((((((((((.........))))))))))))))))..(((((((..........(((((.(((((((.(((((.(((((.(((((.((((..........))))........((((...((((......(((((((.(((((.((((((((((.((((((((...(.............)...)))))))).)))......(((....)))))))))))))))))..)))))))))..))))(...((((..(((((...((((.........))))...)))))..))))...)..........((((((((((((....)))))))))))).....................))))).)))))))))).)))))...((((((((.......................((((.....))))......((((.........(((.....)))......(((((.((..((((((((((((............)))..))))))))))).)))))....)))))))))))))).))))).((((((......))))))............(..((((((((((((....(.((.....)).))))...)))))))))((........))).....)))))))............).......(((((.((...........((((.....))))((((((((....))))))))......))..))))).....((((((((.......)))))))).....))))))))))...........))))))))))))(((..((((((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..))))))............)(((((((((.(((....))).)))))..))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((..........((((.((((............((((((..((((((...(((......))).(((.(((((((((.....(((((((((.....(((((((....)))..(((((......)))))....((((((.((((((........(((..((((((..((((((((.......)))))))))))..)))..)))...((((((((((((((((..(((......)))((((.(((.....(((....(((.(((..((((.......))))..))))))...)))......))).)))).)))))..))))))))))).))))))..))))))......)))))))))))))...))))...((((.......)))))))))))).(((...))).....))))))..))))))...........((((.....((((...(((((..........(((.....(((((((((((.((((((((.....................)))))))).)))......(((....)))))))))))...)))......)))))..))))...)))))))).))))............(((....))).((((((((((((.(((((.((((.((((((((((((....))))))))))))...........(((((....)))))...(((((((.(((((....)))))..((((.....))))(((((...(((.((((.....)))))))((((((((((((((((......(((.(((....(((((.(((((((((.((((((.(((...)))..))))))))))).)))).)))))....)))......(((((((.((((((((((......))))))...............(((((((((..........((((.....))))...)))))))))......))))))))))).)))..)))))....)))))))))))(((...(((((.((((((.......((((.((((...)))).))))...))))))((((..(((..........(((((((((.....))))))))).......)))..)))).))))).....))))))))))))))).((((((((((((((((.....((((....)))).....))))))))))))..)))).......))))...)))))))))))))))))........)))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((.(((((((.(((((......((((((((.(((((((..(((.(((((((((((((...))))))).)).)))).))).((((((((......(((((((...((..((.(((((......))))).))..)))))))))...))))))))((((.((((((..((((((((.......)))))))))))..))).))))....(((((((...))))))).((......)).((((.(((.....(((.((.(((.(((..((((.......))))..)))))).)))))......))).)))).).))))))...)))))))).((((((((((((.........))))))))))))...((((((.......((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).))))..........(((((.....((((...(((((.....(((((...((((.((((((((.((.((((((((.....................)))))))).)).......(((....)))))))))))))))...))))))))))..))))...)))))..(((((...((((.........))))...))))).(((((((.(((((.((((.((((((((((((....))))))))))))...........(((((....)))))...((((((...((((....))))................(((((....((.((((.....)))))).(((((((((((..((.((......((((......((((.....(((((((((..(((..........)))..)))))))))...))))((((((((((((.....))))).(((((((((......)))))).))).(((.((.((.(((((((((...((.((.((.....)).)).))..))))))))).))....)).))).))))))))))))).))..)))))))))))(((...(((((.((((.....)))).........((((((((....)))))))).((((..(((...((.....(((((((((.....)))))))))....)).)))..)))).))))).....)))))))).)))))).((((((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))..)))).......))))...)))))))))))).((....)).))))))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((..[[[[[[[[[)))..................(((((((.(((((..............................(((((.(((.....((((((((......(((((((((.......((aaa......))AAA....)))..))))))...))))))))((((.((((((..((((((((.......)))))))))))..))).)))).....................(((...((...((((........))))......))...)))....................................)))..))))).)))))...)))))))..((((((((((((.........))))))))))))........................................(((((((...(((((((................................<<<......<<.......((((.(((((((.((.((((((((.....................)))))))).)).......(((....))))))))))))))))))))).>>)))))))................((...((((.........))))...))(((((((((>>>(((((......((((((((((((....))))))))))))...........(((((....)))))............((((....))))................(((((.......(({{{{{{{{{))...(((((((((((..((...................((((.....((((((((((((............)))..)))))))))...))))...........................................................(((((((..(((..((.........))..))).....)))))))............................))..)))))))))))..((((....................(((((((.....)))))))....................)))).....((((((((.......))))))))............}}}}}}}}}.........)))))........((((((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)))..............)))))..))))))))).........]]]]]]]]]...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((.(((............((.((((((.((((.((((.....(..(((((((((((.....)))))).)).)))..)...((((((((......(((((((..........(((((......))))).......)))))))...)))))))).............((((((((.......))))))))((.((((((((((....(((((((...)))))).(((..(((.(.((((........))))..)...)))..)))..((.(((((((((...(..(.(((..(((.....))).)))).)....................((.((((((((.........)))))))).))............(.........).........(((((.(((((.(((((.(((((.(((((........)))))........(((((((((((((.(((((((((..((((.((((((((.((.((((((((.....................)))))))).)).......(((....)))))))))))))))...)))))))))...........(((((((..(((...(((.........))))))..))))))).))))))))))..))).((((((((((((....))))))))))))......(........).....))))).)))))))))).)))))..................................((((.....))))...(((((((((((.....(((.....)))......(((((.(((((((((.((((((............))))))))))).)))).))))).....((.........)).....((((((((......))))))).)..((........(((((((((...((.((..(.....)..)).))..))))))))).(........)))...................)))))))))))......................(((....(((.......))).....)))........................(((((((((.....))))))))).....))))))))).....)).....).)))))))))).))..((((((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)))..............)))))))).)))))).))....))))))))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((((...((((.((((............((((((..(((((((((..((((.......(((.((((.((((..((.(((((((((...((.(((((((((((.......))))))).)))).))..((((((.((((((...((...(((..((((((..((((((((.......)))))))))))..)))..))).)).((((((((((.((....(((......)))((((.(((.....(((.((.(((.(((..((((.......))))..)))))).)))))......))).)))).....)).))))))))))..))))))..))))))..........))))))))).))))))...((((.......)))).)))))))....))))..)))..))))))..)))))).((((((...))))))....((((...(((((.....((((.((.((((.((((((((.((.((((..((......((.....))......))..)))).)).......(((....))))))))))))))))).)))).)))))..)))).......)))).))))...))).)))).......((...((((((((((.(((((((.((((.((((((((..((....))..))))))))..((((.....(((((....)))))...(((((((..((((....))))................(((((.......((((.....))))...(((((((((((..((.((....((..(((....(((((.....(((((((((..(((..........)))..)))))))))...)))))....)))......(((((((.((((...((((((...........)))))).......(((((((((...((.((.((.....)).)).))..)))))))))......)))))))))))..))....)).))..)))))))))))......(((((..........(((((((..((((...))))..)).)))))....((((..(((...((.....(((((((((.....)))))))))....)).)))..)))).)))))........))))))))))))....(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..))))......))))...)))))))))))))))))...))...)))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(.(((((((((.(((..(((...)))(((.((((((.((((.((((...(((.(((((((((((((...))))))).)).)))).))).((((((((......(((((((..........(((((......))))).......)))))))...)))))))).............((((((((...<<<<))))))))...((((((((((.....(((((([[[)))))).(((..(((...((((.(.....)))))......)))..))).....((((((((.......(.(((..((((...)))).))))........]]]..........((((((((((((.........))))))))))))......(((((((((((((............(((((.(((((.(((((.(((((.(((((..aaaa..)))))AAAA....(((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((((.((((((((......(((...)))......)))))))).)))......(((....))))))))))))))))..)))))))))...........(((((((..(((...(((.........))))))..))))))).))))))))))..))).((((((((((((....))))))))))))...((((((....))))).).))))).)))))))))).)))))..........(((.....)))..........((.((((.....)))))).{{{{{{{{{{{.....(((.....)))......(((((.((((...(((.(((((............)))))...))).)))).))))).......(((.......)))..{{{{{{{{{))))))}}}}}}}.}}...........(((((((((..........................)))))))))(((......)))......))))))).......}}}}}}}}}}}..........................((((((..bbbbb))))))....BBBBB....................(((((((((.....)))))))))......))))))))..............)))))))))).....((((((((((((((((.....((((....)))).....)))))))))))))..)))........>>>>..)))))))).)))))).)))...)))))))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((((...((((.((((............((((((..(((((((((..((((.......(((.((((.((((..((.(((((((((...((.(((((((((((.......)))).))))))).))..((((((.((((((...((...(((..((((((..((((((((.......)))))))))))..)))..))).)).((((((((((.((....(((......)))((((.(((.....(((.((.(((.(((..((((.......))))..)))))).)))))......))).)))).....)).))))))))))..))))))..))))))..........))))))))).))))))...((((.......)))).)))))))....))))..)))..))))))..)))))).((((((...))))))....((((...(((((.....((((.(((.(((.((((((((.((.((((..((...(..((.....))..)...))..)))).)).......(((....))))))))))))))))).)))).)))))..)))).......)))).))))...))).)))).......((...((((((((((((.(((((.((((.((((((((..((....))..))))))))..((((.....(((((....)))))...(((((((..((((....))))................(((((.........((((((((..(...(((((((((((..((.((....((..(((....(((((.....(((((((((..(((..........)))..)))))))))...)))))....)))......(((((((.((((...((((((...........)))))).......(((((((((...((.((.((.....)).)).))..)))))))))......)))))))))))..))....)).))..)))))))))))..(((((.((((((((((....((((.((..(((...)))..)))))).)))))))...)))..))))).....(((((((((.....)))))))))..........)..)))))))).........))))))))))))....(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..))))......))))...)))))))))))))))))...))...)))))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.(......)))))((((..))))..((((((((..)))...(((........)))((((((.((..))))))))(((((((((((((((((((((((.(..)((((((....((....))......(((........)))...)))))).))).)))))(((((((((((..(((((((((.......)))))))))..))))))))))).(((((((((...)))))).(((((..)))))..((((((.(...).((..))(((..)))))))))..(((.(........))))))).)))))).))))).))))...))))).((((((.(((((((((((((...........)))))....(......)..(((((...(((.(((..)))(((..)))..(((((((((((((.(..(((((..((.(((.(((((((((((.((((((((((((....)))))))))...(((((.(((((........))).)).((((..))))(((((..((((.((..(((..((..((((..))))((((((((((.(..........)))))))..))))((((..((((((((((((.(((..)))))))))))))))..))))(((((((..((..((((((((((((((..))))))))))))))..))(((........))).(.(((((...(((.....((((..))))...(((((((..((((((((..))))))))(((((........)))))....))))))))))....(...)((((...))))((((......)))))))))).((..)).(((.........))))))))))....))..))).(((((........))))).((((((......)))).))..(...).(.(((((.((((..))))(.(.(((.....))).)).....))))).)..).)))))..)))))...)))))))).)))).))))))).))))))))))(((..)))((((...))))...(((..((........)).)))(..))))))))).....(...((..))....)).)))))...)))....)))))((......)).(((((((((((................).).)))))))))(((((((...).)))))).))))))))))))))(((((..(..)...(((((...((((.(((...))))))).))))).)))))...)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((................((.((((((.(((.............((((((..(...(((.....................(((((((.......(((((((..........(((((......))))).......)))))))....))))))).....)))...)..)))))).....(((((((....(..((((((((((....((((((((((.......(((......)))((((.(((.....(((.(..(((.(((..((((.......))))..))))))..))))......))).))))........))))))))))....(...(((((((.........)))))))...).....................................................................................(((((((((...(((((((...((((..(((((((.((.((((..((......((.....))......))..)))).)).......(((....)))))))))).))))....)))))))............((((((..............................))))))..)))))))))......((((((((..((....))..)))))))).....................................((((....))))............................((((.....))))...(((((((((((..((.((....((..(((....(((((......((((((........................))))))....)))))....)))......(((((((.((((.................................(((((((((...((.((...........)).))..)))))))))......)))))))))))..))....)).))..)))))))))))......................(((.((...((.....))...))..)))........................(((((((((.....)))))))))............................))))))))))..).....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).........)))))))........))).)))))).)).......)))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((((...((((....(((..........((((((..(((((((((..((((.......(((.((((.((((..((.(((((((((...((.(((((((((((.......)))).))))))).))..((((((.((((((........(((..((((((..((((((((.......)))))))))))..)))..)))....(((((((((((((((..(((......)))((((.(((.....(((.((.(((.(((..((((.......))))..)))))).)))))......))).)))).)))))..))))))))))..))))))..))))))..........))))))))).))))))...((((.......)))).)))))))....))))..)))..))))))..))))))..........(((((.....((((...(((((.....(((((...((((.((((((((.((..(((..((.....................))..)))..)).......(((....)))))))))))))))...))))))))))..))))...))))).)))))))...))).)))).......((...((((((((((((.(((((.((((.((((((((..((....))..))))))))..((((.....((((......))))...(((((((..((((....))))................(((((.........((((((((..(...(((((((..((..((.((....(((.(((....(((((.....(((((((((..(((..........)))..)))))))))...)))))....)))......(((((((.((((...((((((...........)))))).......(((((..((...((.((.((.....)).)).))..))..)))))......))))))))))).)))....)).))..))..)))))))..(((((.((((((((((....((((.((..(.......)..)))))).)))))))...)))..))))).....(((((((((.....)))))))))..........)..)))))))).........))))))))))))....(((((..((((((..((.((((....)))).))..))))))..)))))..))))......))))...)))))))))))))))))...))...)))))))))...