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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01260



RNA: CRW_01260
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(((((.......))))).((((.(((((.((((((.(........((((((((..(((..(..((....((..((.((((((((.((((((((..(((.(((....((..((((((...............(((....)))..........((((..((....))..))))..))))))...)).....))).)))..)))))))).(((((.((.((((((..(((((((((((.(((..((.(((((.......))))).))))).......((((.((((......(((......))).....((.((((........)))).))..(((....)))(((.((.(((((...((((((((..(((.(((....(((..((((....(((.(.(((....))).).)))....))))....)))......))).)))))))))))...))))).)).))).........))))))))))))).))))))..)..))))).)).)))))..))))))))))..)).....))..)...........(((......)))............)))..))))))))..((.(((.((((.((..(((((..((((((...(((.((.(((...........))))).)))((((..(((..(((...(((((((..((((..(.((((((...(((..((.(....)))....(((((....))))).))).((.((((((((((..(((((.....))))).........((..(((.(....(((((..((....))..)))))..((((((((....(((.(((((((...((((...(((..............)))..)))).....((((.((((..........)))).))))...)).))))))))..))))))))..).)))..)).)))))))))).))...)))))).)..))))..)))))))..((((........(((((.(((.(((((..(((((.((..(((((((...(((...(((.....)))))).........(((..((........))..))).))))))))))))))))))).)))..))))).(((((..((((((.......)))))).((((((..((((.((((((...)))))).))))...)))))).....)))))..))))...)))..)))......))))))))))..)))))...))..)))).))).)).....((.((((..((((..(((((....)))))..))))..)))).))..).)))))).)).)))..)))).((((((((((....)))))))))).......)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......)))))..)))((((.....((((.......(((((((....(((((...((((((........))))))....))))).......((((((...(((((((((.....(((.....((((((((((((.........))))))...((((((((((.....(((...((((....))))...)))...))))))))))..((((.(((((((((...((((((.(((...)))..((((....)))).))))))..))))).(((((((((((.....((((((.(((((((((...(((((......(((((....(((((....((((((...(((((...((((((((.(((((((.....((((((...............)))))).....))))..))).......(((((....))))).))))))))...))))).((((((.((((...((((.(((((......(((.........(((((((.........))))))).........((((((((((((((...(((......)))...)).......))))))))))))..)))......))))).))))..))))..((((((((.....................))))))))................)))))).))))))...((.........))..)))))..)))))...(((((....)))))...((((((.((((((((((..((......((((..((..((((((((....))))))))....((((((((((((.((((.(((((....((....(((.......((((...(((..............)))..)))))))....))))))).)))))))))))))..)))..))...))))))...)))))))))).(((((((.................))))))).))))))((.(((.((((((((...))))))))))).))..))).))..))))))))).(((((...((((..(((((...)))))....((((..((((..((((..........)))).....))))....)))).))))...))))).(((((..((((((.......)))))).((((((..((((..(((((...)))))..))))...)))))).....)))))......)))))).(((....))).))))))).))))..)))).))))))))))...))).......((((..((((..(((((....)))))..))))..))))))))))....)))..)))))).)))))))((((((((....)))))))).)))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.......)))))..)).((((....))))...............................(...((((...))))...)..................................................((((((.........))))))...(((((((((..................................)))))))))....................(((((....)))))(((((.......)))))....((((((.(((...(((((((((.((((..........(...((.((((........)))).))....)......((((.((.(((((...((((((((..(((...........................................(((.........)))..........)))))))))))...))))).)).))))..(...(((((.(((((.((...............(((((((.........)))))))..............((((((...............................)))))).............)).))))).)))))..).....(((((((.....................))))))).................(((((((((((((....((((((.........................(((....)))................(((((.((((.......)))).))))).(((((......))))).......................((((((((....(((..(..(((..................................((((.....)))).........................)))...).)))..)))))))).........(.................)))))))....)))))))))))))(.......).....(((((.(((.(((((..((((..............................................................................))))))))).)))..)))))............................((((((..((((.(((((.....))))).))))...)))))).........((((.....)))).............))))))))))))).....)))..))))))............((((.(((((..(((((....)))))..))))).)))).........................(.((((((((((....))))))))))...)....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......)))))..)))...............(.....(((.(((...(((((...........(((.....))).....)))))......((((((((......(((((.............(..(((....)))..)..............((((((((..........((((.......))))...........))))))))..)))))...)))))))).(((....(((..((.(((((.......))))).)))))......)))...((((((((....))))...)))).....(.((((........)))).)..((((....))))...)))))).).((((.((((...(((....))).))))))).)(((.(((....((....))....)))............(((((((((((..((((.......((((.....((....)).......)))))))).....))))).......................((((...(((.........(((((((((((.....(((............)))......)))))))))))........(((........(((((((.(..((((((((...(.(......).)......))))))))..).......(((....))))))))))........)))...)))...))))....((((((....(...(.((.........)).)...).))))))..........)))))).......(((((((.......................)))))))..))).(((........((((....))))....)))........(((((.(((((((..((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((((......((....))...)))))))..(((.((((..(((((((......(...((((....)))).).........((....))........((((....(..(((((....)))))..).....))))......)).)))...).))))))))....)))))))...)).)))))))).).((((((.......))))))..(....((((((........))))))....).....)))))......((((..........))))..........))...)))))))))).))....(..((.(..(((((.(..((.((((.(((((..(((((....)))))..))))).)))).))..).)))))...).))...)(((.((((((((((....))))))))))...)))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......)))))..)))(((((())))))....................((((.......((..((((...))))..)).)))).(........)...........((((..................(((((((.........)))))))..((((((((((................................))))))))))..))))....(((((..(((((((((()))))))(((((.(....))))))...(((((((.(((...(((((((((.((((......(((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))((((.((.(((((...((((((((..(((.((.....................................((.(((.........))).))....)).)))))))))))...))))).)).))))((((..(((((.(((((.((...............(((((((.........)))))))...........((((((((((.............................))))))))))..........)).))))).))))).))))..((((((((.....................))))))))................(((((((((((((..(.(((((.........((.......))....(((((....))))).............((((((.(((((.....))))).))))))((((((....)))))).......................((((((((....(((.(((((((..((((.........................((.((((.....)))).))...............))))...)))).))))))..))))))))........((......(......)...))))))).)..)))))))))))))((.....)).....(((((.(((.(((((..(((((.(...((((((.((((.............(.........).....................))))...))))))).)))))))))).)))..)))))((((...................)))).((((((..((((.((((((...)))))).))))...))))))......(.(((((.....))))).)..........))))))))))))).....)))..)))))))((((.......((((.(((((..(((((....)))))..))))).)))).......))))....))).)))))(((((((((((((....))))))))))..)))...
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((((((((((.(((((.((((((((.......))).)).))).))))).))........((..((((...))))..)).((((((((..(((.(((....((..((((((......(((((......(((((((.........))))))).....))))).......))))))...)).....))).)))..)))))))).(((((.((.(((((.(((((((((((((.(((..((.(((((.......))))).))))).......((((.((((..(((((((......)))(((...((((((........)))).))...)))......(((.((.(((((...((((((((..((((...)))).(((.........)))....(((((((........)))))))......(((((....))))).))))))))...))))).)).)))....)))).))))))))))))).))))))))...))))).)).)))))......(((((((.((...(((.(((((..((.........((((.(((...((((......(((((....))))).....))))......))).)))).((((((((((((...(((...........)))((((((...((.(((..(((....))).)))..(((.((....)).)))........))..))))))..(((((....))))).((((((((....((((((.(((((.....))))).)))))).......))).)))))((((..((....))..))))...((((((((....(((.(((((((...((((...(((..............)))..)))).....((((.((((..........)))).))))...)).))))))))..)))))))).....((((((.(((...((.((((..(((((((.((((((((((....(((((...)))))...(((((.(((.(((((..(((((.((..(((((((((((.........)))).((((.....))))..(((.((........))..))).))))))))))))))))))).)))..)))))))))))).((((((.......)))))).((((((..((((..(((((...)))))..))))...))))))........(((((.....))))).))).))))))))))).)).))).)))))).))))))..)))))).....((.((((.(((((..(((((....)))))..))))).)))).)).))...))))).)))...)).))))))).(((((....))))).))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......)))))..)))..........................................(((..<<....)))>>....................................................((((((((.........))))))...((((((((((.........(((((....))))).........))))))))))...(((.(((..........................(((.......)))......{{{{{........((((((((..((((......((((((.....((((........))))......................(((((...((((((((..................................................................[[[[[[[...))))))))...))))).........(((...((((.(((((..................(((((((.........)))))))............(((((((((.............................)))))))))..............))))).))))..)))....(((((((.....................))))))).................(((((((((((((....((((....((((..((.......))....))))...............((.((((((((((.(((........)))..........(((........)))........................((((((((....(((.(((.(((..................................((((.....)))).........................)))..))))))..)))))))).......aa...)))))))))).))...AA))))....)))))))))))))............((((....))))..........))))))..............................................((............))............]]]]]]]...........................................................................................(((.......))).............)))).)))))))).))).))).))}}}}}............((((.(((((..(((((....)))))..))))).))))...........................((((((((((....))))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(..((((....((.(((((.((((((((.......))).)).))).))))).)).....((((..........)))).....((((((((..(((.(((....((..(((((.......(((((......(((((((.........))))))).....)))))........)))))...)).....))).)))..))))))))..............(...(((((((((.(.(((..((.(((((.......))))).))))).......((...((((((((((.....)))))))(((...((((((........)))).))...)))......(((.((.(((((...((((((((..((((...)))).(((.........)))....(((((((........)))))))......(((((....))))).))))))))...))))).)).)))..........)))..))).))).)))))).....).(((((((.........)))))))..........................(((......))).(((((.....)))))........................................(..(((....(((...........)))((((((......(((...((....))..)))..(((.((....)).)))............))))))..(((((....)))))..............(((((.(((((.....))))).)))))((((((......))))))..(............)......((((((((....(((.(((((((...((.............................((((.....)))).((..........))....))....)))).))))))..)))))))).....((((((.(((...((.((((..(((((((.((((((((((....(((((...)))))...(((((.(((.(((((..(((((.((..(((((((((((............((.........))........((........))))))..))))))))))))))))))).)))..)))))))))))).((((((.......)))))).((((((..((((..(((((...)))))..))))...))))))........(((((.....))))).))).))))))))))).)).))).))))))..)))....).(((((....((.((((.(((((..(((((....)))))..))))).)))).))....))))).....(.......).((((((((((....)))))))))))))).)..
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