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CACCAGGUUGAUUCUGCCUGACGUAGAUGCUAGCCUCCGAGGCUAAGCCAUGCAUGCCCGUGACGCAAGGAACGGCGAACGGCUCAGUAAUACUGCGAUGAUCUGCUCCGCGCGGACGAUAACUACGGGAAACUGUGGCUAAGAGCGCGGAUUGAGACGCAGCCCUAUCAGCAAGUUGGUAGUGUAACGGACUACCAAGGCGGCGACGGGUGACGGGAAAUCAGGGUUUGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAGAUGGCUCCCACGUCCAAGGACGGCAGCAGGCGCGAAAAUUGCCCACUCUCUUGCGAGGAGGCGGUUACGAGGCGUGACGGAAGGGCGCACUGUAAAGACGUGCGCGAACGCGAUUGGAGGGCAAGUUCGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACCGACUCCAAGAGUGUCUAUGGUGGAUGCUGCAGUUAAAAAGUCCGUAGUCGGCACUGCGACGAAAGCGCGCUGCUCGAUGGCGCAGGCGUUGCAGGGGCUUGCGGAGCGGGCGGGGGGCACGGUAUAGGCAGGCGAGAGAUGAAAUGGCCAAGACCCUGCCUGGACCGACGGUGGCGAAGGCGGUGCCCUCGCACGCAUCUGUGGAUCAAGGACGAAGGCCGGAGGAUCGAAAGUGAUUAGAGACCGCUGUAGUUCCGGCAGUAAACGAUGCCGACACCGCGCGGCGGGGCUGCGCGGGGGGAGAAACCUUAGUGUUCGGGCUCUGGGGAUAGUAUGCUCGCAAGUGUGAAAAUUAAACGAAAUUGACGGAGCUACACCACAAGGAGUGGAUUGUGCGGCUUAAUUUGACUCAACGCGGGGCACCUUACCAGGGCCACGCGCGCCUGAGACCGCAUGCGCGAGGCGCGCAGGAGUGGUGCAUGGUCGUUGCAAAUUGGUGGGGCGACUUUUGGCUUAAAUGCCGGAACGAGUGAGAUCUCCGAGACGGGUGCGCGCAGCACAGGAGGGUGGAGGCGAUAACAGAUCAGUGAUGCCCUUAGAUGCCCUGGGCUGCACGCGCAAUACAAUCCCCGCGCGCUGCACAGAACGGUCGCGGGGGUGUGGGACCGGCGCCUGUAAGGGCGCCGCGAACGAGGAAUUCCUAGUAACGGCGGCUCACCAAGCCGCGGUGAAUGUGUCCCUGUAGCUUGUACACACCGCCCGUCACUAUCUCAGAUGGCCGUGUCGGUGAAGGGAGCAAUCUCUGUGCCUCCGCGGCUAGAUAAGAUGUAAGUCGUAACAAGGUUGCGGUCGGUGAACCAGCAGCAGGAUCAUAA |
| Reference structure (ext) |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
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|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((((((((((((...)))))).........(((((((..((((((...((((..((((.........((((((...(((((((((((((...(..((.((((((....)))))).)).).)))))))....(((((.((((..((.((...((((((((.......))))))))....)))).))))........(((.......)))(((((((.(((((((........))))))).).)))..)))((((.((.((((((((..((((((.(.(((.......)))...(((((.....)))))......((((((.((....))))))))...........).)))))).))).))))).)).))))(((.....))).........)))))....))))))..))))))........)))).))))...((((((((.....((((((.....))))))...))))))))...))))))..)))))))(((((((((((.((((((((......................)))))))).))))................)))))))....)))))))))....................................((((..((....(((((((((................(((((((((...))))))))).....................((((((((.....(..(((((((..((....(((((((....................((((.....))))..........)))))))......))))))).)).)...))))))))((((((((((.....((....))..))))))))....)).......(((((((.((......)).)))))))...........)))))))))..))....))))........(((((.(((((.((((((((((....((((.....))).)...)))))).......)))).))))).)))))...((.(((((((((.((((.......)))))))))))))))..(((((((((((....))))))))...((.(((....))).))..(.((((((.....)))))).).......)))(((((.(((.((...(((((.((((.((.((((....((((((((..((((.(((((....))))).))))..))))))))....))))...............)).)))).))))).)).))).)))))....... |
|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
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|
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))(((((((((((((((((.)))))))......((.(((((((..((((((...((((..((((((.......((((((...(((((((((((((...(..((.((((((....)))))).)).).)))))))...((((((.((((..((.((..(((((((((.......))))))))..).)))).))))........((((.....))))(((((((.(((((((........))))))).).)))..)))((((.((.((((((((..((((((.((((((.....))))((.((((((...))))))......((((((.((....))))))))....))....)).)))))).))).))))).)).))))((((...)))).........))))))...))))))..)))))).....)).)))).)))).(.((((((((.....((((((.....))))))...)))))))).).))))))..)))))))(((((((((((.((((((((.....(..........).....)))))))).))))......((....))..)))))))))..)))))))))..)...((.......)).....(((......)))..((((.((((...(((((((((.........(((.((((((((((((...)))))))))(((......)))...)))...((((((((....((..(((((((..(((...(((((((.((.......))..(((.((((((.....))))....)).))))))))))....).))))))).)).))..))))))))((((((((((..(..(((())))).))))))))....)).......(((((((.((......)).)))))))...))).....))))))))).)))..).))))........(((((.(((((.((((((((((...(((((.....))).))..)))))).......)))).))))).)))))..(((.(((((((((.((((.......)))))))))))))))).(((((((((((....))))))))...((.((((())))).)).((.((((((.....)))))).))......)))(((((.(((.((...(((((.((((.(((((((....((((((((..((((.(((((....))))).))))..))))))))....))))..............))).)))).))))).)).))).)))))....... |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.cccccc)))))..........(((((.....))))).(((........((((..........)))).....))).......................(((((((.........((((((....))))))......)))))))......(((((((...........((((((((.......))))))))...........((((((((..................((...(((((((........)))))))..dd))....DD(((....(((((((...((((((........................................((((((.........)))))).............))))))..)).)))))....)))................................................................((((((((...((..((.........))))...))))))))......((((((((.((((.(((((((((.((((((((......................)))))))).))).......((....)).)))))))))).))).))))).......((.......))............................((((((((((((........))))....(((((((((...)))))))))..............bbbb.bbbbbb..bbbbbb.....................................)))))))).((((.....)))).........((..................((aa(((....))).))......((((..........{{{{.))))}}}}........AA................(((((((.....(((((((......))))))).....................(((((.(((((.((((((((((.....................)))))).......)))).))))).)))))...((.(((((((((.((((.......))))))))))))))).....((((((((....)))))))).......................[[[[)))))))))]]]].........BBBBBB<<BBBBBB.BBBB<<<<)))))))).((((....((((((((..((((.(((((....))))).))))..))))))))....))))..............)))))))..>>>>.........>>CCCCCC.... |
|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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