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CACCAGGUUGAUUCUGCCUGACGUAGAUGCUAGCCUCCGAGGCUAAGCCAUGCAUGCCCGUGACGCAAGGAACGGCGAACGGCUCAGUAAUACUGCGAUGAUCUGCUCCGCGCGGACGAUAACUACGGGAAACUGUGGCUAAGAGCGCGGAUUGAGACGCAGCCCUAUCAGCAAGUUGGUAGUGUAACGGACUACCAAGGCGGCGACGGGUGACGGGAAAUCAGGGUUUGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAGAUGGCUCCCACGUCCAAGGACGGCAGCAGGCGCGAAAAUUGCCCACUCUCUUGCGAGGAGGCGGUUACGAGGCGUGACGGAAGGGCGCACUGUAAAGACGUGCGCGAACGCGAUUGGAGGGCAAGUUCGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACCGACUCCAAGAGUGUCUAUGGUGGAUGCUGCAGUUAAAAAGUCCGUAGUCGGCACUGCGACGAAAGCGCGCUGCUCGAUGGCGCAGGCGUUGCAGGGGCUUGCGGAGCGGGCGGGGGGCACGGUAUAGGCAGGCGAGAGAUGAAAUGGCCAAGACCCUGCCUGGACCGACGGUGGCGAAGGCGGUGCCCUCGCACGCAUCUGUGGAUCAAGGACGAAGGCCGGAGGAUCGAAAGUGAUUAGAGACCGCUGUAGUUCCGGCAGUAAACGAUGCCGACACCGCGCGGCGGGGCUGCGCGGGGGGAGAAACCUUAGUGUUCGGGCUCUGGGGAUAGUAUGCUCGCAAGUGUGAAAAUUAAACGAAAUUGACGGAGCUACACCACAAGGAGUGGAUUGUGCGGCUUAAUUUGACUCAACGCGGGGCACCUUACCAGGGCCACGCGCGCCUGAGACCGCAUGCGCGAGGCGCGCAGGAGUGGUGCAUGGUCGUUGCAAAUUGGUGGGGCGACUUUUGGCUUAAAUGCCGGAACGAGUGAGAUCUCCGAGACGGGUGCGCGCAGCACAGGAGGGUGGAGGCGAUAACAGAUCAGUGAUGCCCUUAGAUGCCCUGGGCUGCACGCGCAAUACAAUCCCCGCGCGCUGCACAGAACGGUCGCGGGGGUGUGGGACCGGCGCCUGUAAGGGCGCCGCGAACGAGGAAUUCCUAGUAACGGCGGCUCACCAAGCCGCGGUGAAUGUGUCCCUGUAGCUUGUACACACCGCCCGUCACUAUCUCAGAUGGCCGUGUCGGUGAAGGGAGCAAUCUCUGUGCCUCCGCGGCUAGAUAAGAUGUAAGUCGUAACAAGGUUGCGGUCGGUGAACCAGCAGCAGGAUCAUAA |
Reference structure (ext) |
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((((((((((((...)))))).........(((((((..((((((...((((..((((.........((((((...(((((((((((((...(..((.((((((....)))))).)).).)))))))....(((((.((((..((.((...((((((((.......))))))))....)))).))))........(((.......)))(((((((.(((((((........))))))).).)))..)))((((.((.((((((((..((((((.(.(((.......)))...(((((.....)))))......((((((.((....))))))))...........).)))))).))).))))).)).))))(((.....))).........)))))....))))))..))))))........)))).))))...((((((((.....((((((.....))))))...))))))))...))))))..)))))))(((((((((((.((((((((......................)))))))).))))................)))))))....)))))))))....................................((((..((....(((((((((................(((((((((...))))))))).....................((((((((.....(..(((((((..((....(((((((....................((((.....))))..........)))))))......))))))).)).)...))))))))((((((((((.....((....))..))))))))....)).......(((((((.((......)).)))))))...........)))))))))..))....))))........(((((.(((((.((((((((((....((((.....))).)...)))))).......)))).))))).)))))...((.(((((((((.((((.......)))))))))))))))..(((((((((((....))))))))...((.(((....))).))..(.((((((.....)))))).).......)))(((((.(((.((...(((((.((((.((.((((....((((((((..((((.(((((....))))).))))..))))))))....))))...............)).)))).))))).)).))).)))))....... |
ContextFold
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[ FASTA input ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))(((((((((((((((((.)))))))......((.(((((((..((((((...((((..((((((.......((((((...(((((((((((((...(..((.((((((....)))))).)).).)))))))...((((((.((((..((.((..(((((((((.......))))))))..).)))).))))........((((.....))))(((((((.(((((((........))))))).).)))..)))((((.((.((((((((..((((((.((((((.....))))((.((((((...))))))......((((((.((....))))))))....))....)).)))))).))).))))).)).))))((((...)))).........))))))...))))))..)))))).....)).)))).)))).(.((((((((.....((((((.....))))))...)))))))).).))))))..)))))))(((((((((((.((((((((.....(..........).....)))))))).))))......((....))..)))))))))..)))))))))..)...((.......)).....(((......)))..((((.((((...(((((((((.........(((.((((((((((((...)))))))))(((......)))...)))...((((((((....((..(((((((..(((...(((((((.((.......))..(((.((((((.....))))....)).))))))))))....).))))))).)).))..))))))))((((((((((..(..(((())))).))))))))....)).......(((((((.((......)).)))))))...))).....))))))))).)))..).))))........(((((.(((((.((((((((((...(((((.....))).))..)))))).......)))).))))).)))))..(((.(((((((((.((((.......)))))))))))))))).(((((((((((....))))))))...((.((((())))).)).((.((((((.....)))))).))......)))(((((.(((.((...(((((.((((.(((((((....((((((((..((((.(((((....))))).))))..))))))))....))))..............))).)))).))))).)).))).)))))....... |
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((......[[[[[)))..]]]]]...((((((...))))))((((.(((.[[[[......)))......]]]]...))))..(((....))).....(((..[[[[[[[)))......((((((....))))))......]]]]]]]......(((.[[[[..........((((((((.......)))))))).))).....]]]].......(((((...(((((((((((...(((((((........))))))).(((((..(((((((....((((((((..((((((.(((.........)))(((((((((...))))))......((((((.........))))))...))).......)))))).))).)))))....))))((((...))))..)))......((((((...(((((((((.........((((((....(((.((((((((.....(((((.......)))))...))))))))..)))......)))))).(((((((((((.((((((((......................)))))))).)))................))))))))))).))))))))))))...)))))....)))))..))))))..))))).........(((..[[[[((((........)))).)))(((((((((...))))))))).]]]](((.[[[[[[..))).....]]]]]]...(((.((((.(((.(((.........)))...)))...)))))))........((((.......[[[..........))))..]]]..(((.(((....))))))..((((((((...[[[[[.......))))))))....]]]]](((.[[[[[[)))...........]]]]]].....((((.....[[[[.....))))...]]]]......(((((.(((((.((((((((((.....(((.....))).....)))))).......)))).))))).)))))......(((((((((.((((.......)))))))))))))(((.....(((((((....))))))).......(((....))).......[[[[[[)))..]]]]]]......((((..(((((.(((......(((((........(((((....((((((((..((((.(((((....))))).))))..))))))))....)))))....(((((((...))))))).)))))....))).)))))..)))). |
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((.(((((((((......(((((.((((((..(((...)))......((((((..((((((...((((..((((((...((((.(((((....(((..(((((((.........((((((....))))))......)))))))...))))))))(((..((.((...((((((((.......))))))))....)))).)))...(((((..(((.....))))))))....(((((((........))))))).((((....))))((((((..(((.......(((..(((......)))..))).((((((...))))))......((((((.((....))))))))..((((..((((((.......((((((((.((....)))))...)))))))))))..)))).....)))..)))))).))))...)).)))).))))...((((((((...((((...........))))...))))))))...))))))..)))))).))))))..)))))...))))).)))).)))..)))....((.((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((...((((((......((((...(((.((..(((((....))))).....)))))...))))(((((........)))))...(((((((((...))))))))).((......))........(((((..(((((((.((((..((((....)))).((((......))))....((((((((((((.....))))..)))..))))).((((.((((..((((.(((.(((....)))))).)))).(((....(((((.((((((...))))))...)))))....)))((((.((......)).))))..(((((((......))))))).)))).))))..(((...)))(((((.(((((.((((((((((...(((((.....))).))..)))))).......)))).))))).))))).)))).))))))).)).)))))))))...)).)))))))...(((((((((((((....))))))))...((.(((....))).)).((.((((((.....)))))).))......))))).(((.....))).)))))))))))))).(((....((((((((..(((..(((((....)))))..)))..))))))))....))).......((((((...))))))))))))...))))..))))).)).... |
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.cccccc)))))..........(((((.....))))).(((........((((..........)))).....))).......................(((((((.........((((((....))))))......)))))))......(((((((...........((((((((.......))))))))...........((((((((..................((...(((((((........)))))))..dd))....DD(((....(((((((...((((((........................................((((((.........)))))).............))))))..)).)))))....)))................................................................((((((((...((..((.........))))...))))))))......((((((((.((((.(((((((((.((((((((......................)))))))).))).......((....)).)))))))))).))).))))).......((.......))............................((((((((((((........))))....(((((((((...)))))))))..............bbbb.bbbbbb..bbbbbb.....................................)))))))).((((.....)))).........((..................((aa(((....))).))......((((..........{{{{.))))}}}}........AA................(((((((.....(((((((......))))))).....................(((((.(((((.((((((((((.....................)))))).......)))).))))).)))))...((.(((((((((.((((.......))))))))))))))).....((((((((....)))))))).......................[[[[)))))))))]]]].........BBBBBB<<BBBBBB.BBBB<<<<)))))))).((((....((((((((..((((.(((((....))))).))))..))))))))....))))..............)))))))..>>>>.........>>CCCCCC.... |
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((..(((((((.....))))).))..(((.((.((((..(((........))).))))..)))))...)))))((((((((((((((((......((.((((((....)))))).))...)))))).......(((((((......((...((((((((.......)))))))).)).(((((.(((((((((......((.(((((((((((...(((((((........))))))).(((((..(((((((.((.((((((((..((((((.((...(((((........((((((...))))))......((((((.((....))))))))...)))))..)).)))))).)))).)))).)).))))(((.....)))..)))......((((((...(((((((((.........((((((.((.(((.((((((((.....(((((.......)))))...))))))))..))).))...)))))).(((((((((((.((((((((......................)))))))).))).......((....)).))))))))))).))))))))))))...)))))....)))))..)))))).(((....(((.(((((((.....(((((........)))))...(((((((((...))))))))).(((((...((((.(((....(((((((..(((.((((..((((....))))..))...))...)))..)))))))....)))...((((((((((.......)))))).))))..(((((.((.(((((.(((((((.(((((.((((.(((((..((.((..(((((((.((((...(((..(((((((.((......)).)))))))((((((......))))))....)))....)))).......(((((.(((((.((((((((((...(((((.....))).))..)))))).......)))).))))).)))))............))))))))).))...))))).)))).))))).....))).))))))))))).)))))...))))..)))))....))))))))))..(((((..(((.((.....)).)))..)))))..))).)).)))))))))((((....((((((((..(((..(((((....)))))..)))..))))))))....))))....))))).....)))))))...((....))...))))).))))).. |
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((.(((((((((......(((((.((((((..(((...))).....(((((((..((((((...((((..((((((.......((((((...(((((((((((((.........((((((....))))))......)))))))...((((((.((((..((.((...((((((((.......))))))))....)))).))))....(((.(((((...))))))))((((.(((((((.(.....))))))))..(((....)))(((....((((((((..((((((......(((((........((((((...))))))......((((((.((....))))))))...))))).....)))))).))).)))))....))).((((...)))).))))....))))))...))))))..)))))).....)).)))).))))...((((((((...((((...........))))...))))))))...))))))..)))))))))))))..)))))...))))).)))).)))..))).......((((((((((((((((((((((..(((((((.(((((...(((..(((((.((.(((.((..........(((((....))))).(((.(((((((((((((((((........))))....(((((((((...)))))))))...........(((((.((((.(((.((...............))))).)))).)))))...........)))))))))((((.....)))).....))))))).[[[[.......((((.(((.(((....)))))).)))))))))))..)))))))).)))))..................(((((((............)))))))((((((......)))))).......]]]]..(((...)))(((((.(((((.((((((((((...(((((.....))).))..)))))).......)))).))))).)))))...((.(((((((((.((((.......)))))))))))))))(((((((((((((....))))))))......(((....))).......((((((.....)))))).........)))))((((.....))))))))))))))))))((((....((((((((..((((.(((((....))))).))))..))))))))....))))......((((((...))))))))))))...))))..)))))....... |
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((.((((((((.....(((...))).....((((.((..(....)..))))))...)))).))))...)))))((((((((((((((((...(..((.((((((....)))))).)).).)))))).......(((((((......((...((((((((.......)))))))).)).(((((.(((((((((......((.(((((((((((...(((((((........))))))).(((((..(((((((.((.((((((((..((((((.(.(..(((((......(.((((((...)))))).)....((((((.((....))))))))...)))))..)).)))))).))).))))).)).))))(((.....)))..)))......((((((...(((((((((.........((((((.(((((((.((((.(....))))).))).))))..(((((((.(.....).)))))))..)))))).(((((((((((.((((((((.(...................))))))))).))).......((....)).))))))))))).))))))))))))...)))))....)))))..)))))).(((....(((.(((((((.....(((((........)))))...(((((((((...))))))))).(((((...((((.(((....(((((((..(((.((((..((((....))))..))...))...)))..)))))))....)))...((((((((((.......)))))).))))..(((((.((.((((((.((((((.(((((.((((.(((((..((.((..(((((((.((((...(((..(((((((.((......)).)))))))((((((......))))))....)))....)))).......(((((.(((((.((((.(.((((.((((...((......))..))))))...)).))))).))))).)))))............))))))))).))...))))).)))).))))).....))).))))))))))).)))))...))))..)))))....))))))))))..(((((..(((.((.....)).)))..)))))..))).)).)))))))))((((.(..((((((((..((((.(((((....))))).))))..))))))))..).))))....))))).....)))))))...((....))...)))).)))))).. |
RNAwolf
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.........)))).(((((..((..........((.....))......(..(((..(....)..))).)..........))....))))).(((...(..((((((.......(.((((((....)))))).)....)))))).......(((((((...........((((((((.......))))))))....(((((..((((((((...............(((((...(((((((........))))))).(((((..(((((((.((.((((((((..((((((......(((((........(((((.....)))))......((((((.((....))))))))...))))).....)))))).))).))))).)).))))((((...))))..))).......(((((...(((((((((.........((((((.(((((((.((((.(....))))).))).))))..(((((((.(.....).)))))))..)))))).(((((((.(((.((((((((......................)))))))).))).......((....))..)))))))))).)))))))))))....)))))....))))).....................................................(((((((((...)))))))))...............................................................................((((.....))))................................................((((((((.....(((....)))))))))))..............((((((.(........).)))))).((((((......))))))......................(((((.(((((.((((.(.((.((.(((...((......))..)))..))..)).))))).))))).)))))...((..((((((((.((((.......)))))))))))).))......((((((......))))))......................(.((((((.....)))))).)..............................)))))))).((((.(..((((((((..(((..(((((....)))))..)))..))))))))..).))))....))))).....)))))))...((....)).....)....)))... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((..(((((((((......(((((.((((((..(((...)))......((((((..((((((...((((..((((((.......((((((...(((..((((((((......((.((((((....)))))).))...))))))....((((((.((((.....((...((((((((.......))))))))....))...))))((((.....((.(((......))).))..(((((((........))))))).))))...(((((((.((.((((((((..((((((.(.(..(((((........((((((...))))))......((((((.((....))))))))...)))))..)).)))))).))).))))).)).))))(((.....)))..)))....))))))..))..)))..)))))).....)).)))).))))...((((((((.....(((((.......)))))...))))))))...))))))..)))))).))))))..)))))...))))).))))..))..)))....((.(((((((((((((((.(..((...((((((...(((.....((.((...((((..((.......))....))))...))))....)))))))))(((((((((.((((.....((((.....(((((((((...))))))))).........((..((.((....)).))..))...))))..((((....))))............)))).))))))))).((((.....)))).((((((((((((((((..((...((((((((((.(((((...(((((((((((((.....(((....)))))))))))....)))))(((((((((((......((((((((((......(((......)))...((((((................(((((.(((((.((((.....((.((((...((......))..)))))).......)))).))))).)))))..(((.(((((((((.((((.......)))))))))))))..(((((((((((((....))))))))...((.(((....))).)).((.((((((.....)))))).))......))))).)))))))))......)))))..))))).....))))))))))).))))).((((....)))).))))).)))))...))...)))).))))))))).))).))..).))))))...))))..))))).)).... |