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CACCAGGUUGAUUCUGCCUGACGUGGAUGCUCGCCUUAAAGACUAAGCCAUGCAAGUUUGCGAGCUGAGCAGCGAACGGCUCAGUAAAACAGGGCACUCUAACGCACGGAAGAGAUAACCACGGGAAACUGUGGCUGAGAAGUGCGAUGAGGCUCUGACCUAUUAGUUUGUCGGUACGGUAAGUGCGUACGGAGACGAUGAUGGGUAACGGGGGAUCAAGUCCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAGAUGGCUGCCACGUCCAAGGACGGCAGCAGGCGCGCAACUUACCCAAUGAGGAUUGAGGUAGUGACGAGGCGUAGAUUGUGAGUUGAGAGUAAAGAACUUAACGAGAGCGACUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAGGGGCGUAUGUGUGUGUUGCUGCGGUUAAAAAGCGCGUAGUUUGUGGUGUAGCGGGUCGUUGUGGGGCGAGAUCAAUGCGUUCUGUGUGACUUAUGCUCAUUGCUAGGGAGCGCGAGACGCCGGUGGUAUUCGGUAGCGAGGGGUGAAAACUGCAGACCUACCGAGGAGCGACAGAGGCGUAAGCGGCCGGCGAGUGCGGAUCCGACGAUCAAGCGCGUGGGCAGGAGUAUCGAAGACGAUUAGAGACCGUCGUAGUUCCUGCAGUAAACGAUGCCGACAUGGUUGAAUAGAAUUGACCAAAGGGAAACUGAGUGUACGGGCUCCGGGGAGAGUACGGGCGCAAGCCAGAAACUUGAAGAAAUUGACGGAAGGACACCACCAGGCGUGGAGUGUGCGGGUUAAUUUGACUCAACGCGGGGCAACUUACCCGGGCCGCAGCCUCUUGAGAGGAAACCGAUGGGGCCUCGUGGUGCAUGGCCGUUCUCAACGCGAGGGGUGACCACUGAGUUAGUUCUGGCAAGCCGUGAGGCCCCUGUACUUUUGUAGACGGCGGACGGCAAGUCCGAGGAAGCGAGGGCGUAUAACAGGUCUGUGAUGCCCGCAGAUGUCCGGGGCUCCACGCGCACUACAAUAGCAAAUGGUAGACGAGAGUAAGUUUGUUGUGGUUGGGAUUGACGCUUGUAAAUGCGUCAUGAACGAGGAAUGCCUAGUAGUUGUCUGUCAGCAGCGGACAACGAAUAAGUCCCUGUUCUUUGUACACACCGCCCGUCGUUAUCUAAGAUGGCGGUGCGGAUGAAGCUGCUACGUGGCAAGAAUCCGUGCUGCUAGAUUGGAUACAAGUCGUAACAUGGUUGCAGUAGGUGAACCUGCCGCAGAUCAAGCU |
| Reference structure (ext) |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
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...(((((.......))))).....((..((((((((...((((..((....(((........(((((((.(....).)))))))....((((((.(((...(((((.....((....((((((....)))))))).....)))))..)))))))))((((((((..(((((.(((((.......)))))...))))))))))))).....((((((......))))))...........(........)(((((..((((....)))))))))............((((((((....)))).)))).....................((((((.........)))))).................................(((((((((((....((.......))..........)))))))))))...............))).......)).)))).....)))))))).))......................................((...(((((....((.((((((((...(.(((....))).)....))))))))..))......)))))..))..............((((....))))..((((((((((((((((..(...((((.........)))))..)))))))).((...(..........(((((((......)))))))............)...)).(((((((((.((((((((.((....)).................................................(((((.......)...................))))........((((....))))........(((((((((((((.................................................))))))))))))))))))))).........(((((.....))))).........((((((...(((....))).)))))).......)))))))))))))))))(((((((...(((((...............))))))))))))......((((((.(....).)))))).((((.(((....)))....(((((((((.....)))))))))............)))).....................(((((((..(((((((((((((.....((((....))))...)))))))))))))..))))))).............((((((.(((((....))))).))).)))..... |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
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....((.(((((.((((..(((((.(((.(((((((((..((((..((..((((....)))).(((((((........)))))))....((((((.(((...(((((.....((....((((((....)))))))).....)))))..)))))))))((((((((.....((.(((((.......))))).)).....)))))))).....((((((......)))))).....((.((((........)))).)).((((....))))((((((.((((((((((.(((((((....)))).)))))).((((........))))..((((((.........))))))....((..((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))..))...)))))))..)))))).........((((..........)))).)).))))....))))))))))))...))))).(((((..((((.((.....))))))..)))))..(((((.((.((.((((((((.....(((....)))......))))))))..)).))...))))).((((((.((((.(((..((((....))))..((((((((((((((((((....((((.........))))))).))))))).(((.((....((....(((((((......)))))))...)).......)).))).((((((((((((((((((((.....((((((...........((((((....((.((((.((..((((.(((.(((.((((((...))))))..)))..(((....((((((((((.((.((((....)))).......)).)))).)).))))....)))...))).))))..)))))).)).....))))))))))))..(((....))).)))))))))))........(((((.....))))).....((....)).........(((((((.....))))))).))))))))))))))))).((((.(((((((((.....((....))..))))))))).).)))....(((((........))))).((.(((((((((((.((...(((((((((.....)))))))))...)).))....))))))))).))))))))).))))))((((((..(((((((((((((...(((((...)))))....)))))))))))))..)))))).......(((((...))))).(((((....))))).))))))))).)) |
|
IPknot
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[ FASTA input ] |
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((((((((.......)))))..)))......................................(((((((........)))))))....((((((.(((...(((((...........((((((....)))))).......)))))..)))))))))((((((((..(((((.(((((.......)))))...)))))))))))))............................................((((((..(((....)))))))))............((((((((....)))).)))).....................((((((.........))))))..................................((((((((.............{{{{{...........))))))))..................((((((.(((((((((..((((((((.........)))))))).))))))..)))))))))..............(((((((....((((((((.....(((....)))......))))))))....................)))))))....................(((((((((((((((.......((((.........))))....))))))).................(((((((......)))))))..((....)).........(((((((((.(((((((((((....)))(((...............((.......((........................................(((........)))........<<<..................<<<<<<<<<<<<))....aaa))....(((.....((....)).....)))...)))AAA...>>>>>>>>>>>>)))))))).......>>>((((.....))))..........((((...........[[[....)))).]]]...)))))))))))))))))..(((....((((((...............)))))).)))........((((((........)))))).......((....)).....(((((((((.....)))))))))...........................}}}}}.....(((((((..(((((((((((((...(((((...)))))....)))))))))))))..)))))))................(((.(((((....))))).)))......... |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.((((.(((((..(((((.(((.(((((((((..((((..((...(((....((((.(((((((........)))))))....((((((.(((...(((((.....((....((((((....)))))))).....)))))..)))))))))((((((((.....((.(((((.......))))).)).....)))))))).....((((((......)))))).....((.((((........)))).)).((((....))))(((((((((((((..(.((((((((....)))).)))))..((((........))))..((((((.........))))))....((..((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))..))....)))))).)))))))..........)))).....)))......)).))))....))))))))))))...))))).(((((..((((.((.....))))))..)))))..(((((.((.((.((((((((.....(((....)))......))))))))..)).))...)))))..(((((.((((.(((..((((....))))..((((((((((((((((((....((((.........))))))).))))))).(((..(....((....(((((((......)))))))...)).......)..))).((((((((.(((((((((((.....((((((...........((((((....((.((((.((..((((.(((.((..((((((...)))))).)).((((........))))((((....((((....))((...(......).))....)).....))))...))).))))..)))))).)).....))))))))))))..(((....))).)))))))))))........(((((.....))))).....((....))..........((((((.....))))))...)))))))))))))))).(....(((((((((.....((....))..))))))))).).......((((((........))))))...((..((...((.(....(((((((((.....)))))))))....).)).......))..))...))))))).))))).((((((..(((((((((((((...(((((...)))))....)))))))))))))..)))))).......(((((...))))).(((((....))))).))))))))).)) |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
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[ FASTA input ] |
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|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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