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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01283



RNA: CRW_01283
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((((((((((((((((.(((((....((((((((((((.(((....(((((....)))))...)))))))..))))...))))..((((((...((...((((....(((((..(((((....(((((((((...........))).((((..(((((((((((((((......(((..(((.(((((.........))))))))..)))))))))))).(((..((((((((.......)))))))))))..))))))..)))).((((....))))..))))))))))).((((........)))).....)))))))))...))..))))))....(((((((...((((....)))).)))))))...))))).....(((...(((((.........)))))..))).((((((.......((((((...((....)).....)))))))))))).)))))))))).......(((((((((...((((.(((((...)))))..((((((((......((((.(((....))))))).....((((.....((((((((((.(((..((((...(((((((((((((((...............)))))))))((((((...........)))))).....))))))..))))...))).........(((((((.(((((..(((((....((((((..(((((((((((((((....((........((....(((((((((((((...))))))))))))).....((((((.(((...((....))....))).(((....)))..))))))...))......))...)))...((((.....)))).(((((((((....((((........))))........((((((((..(((((...((.(((...))).))...)))))..(((.((((((((((((((.((.((...((((..((((....))))...))))....)).))..(((((((.(((((((........))))))).....(((((...))))).....))..)))))...))).))))).)).)))))))...)))))))))))))))))..))))))))))))..........((((((....))))))..))))))........((((((((....))))))))....))....))).))))).((((((............))))))...))))))).)))))))))).....)))).))))..(((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....)))))..))))..))))...))))))))).....))))..)))))))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))((((((((((....................................................................(((((...((((((((((((......((.(((.((...(((((((((................((((.((((((((((((((((......(((((.........))))).................))))))))))(((..((((((((.......)))))))))))...)))))).))))((((((.......)))))).....((.((((........)))).)).....................................)))))))))...)).))).)).............(((...(((((.........)))))..))).))))))))))))....)))))))))))))))...............................................(((((....)))))(((.......((((.....((((.(((....)))))))...)))).......)))..............................((((((((.....................))))))))........................((((((.....(((.........))).....((((((..((((....))))................)))))).................(((((((((((((...)))))))))))))..................))))))..........(((....)))..............................((((.....)))).(((((((((((..(((((((...((((...(.(((........(((....)))....)))...)..))))...)))))))))).................................................................((((((((((........)))))))..)))((((.....)))).................................................)))))))).........................(((((....))))).................((((((((....))))))))..(((...............((((((..(.......).))))))............)))........................((.....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..))))))).....))...................(((((.((....)).)))))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......)))))..)))..((((.(((((.(((.....(((.(((((((....((...(((...)))...)).))))....(((.......(((.((..((...((((((((((((.....(((((......)))))......)))))..((((((...............))))))....(((((.........))))).)))))))..)))).)))..(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).))..(((....)))....)))))).).....(.(((....((((....))))..)))).))..)))))...........(((((.........))))).)))).((((((.......((((.....((....)).......)))))))))).......(((((...(((((((.......((((.(....(((((((((....((.((((.....((((((.......))))))...)))).))....)))).......(((.((((((..((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..)).......((....)).)))))).))))))..))).........(.......((((((....(...((((.........))))...).))))))......)...(((.((.(((((((((((((...)))))))))))))..((....))..))..)))))).))....).))))((....))..................(((((.(((((((..((..(.((((.((((((((((....((............))........(((((((....((((......(((.....)))....))))...(((.((((..(((((((...........(((....))).(.((......)).)..........(((((...(((((((.(....).)))))))..(..(((((...)))))..)......)))))....)).)))...).))))))))....)))))))...)).)))))))).)..............((.((((((....)))))).....))....(....(((((((......)))))))....).....))).).....((((((............))))))......))...)))))))))).))..(.(..((.(..(((((.(..(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))..).)))))...).))...)..)..................)))))))..))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))((((((((((..............((((..((..((((.......))))...)........)....))))(......)((((((..((((((((((((......((.(((.((...(((((((((.............((.((((.((((((((((((((((.(....(((((.........)))))...............).))))))))))(((..((((((((.......)))))))))))...)))))).))))((((((.(....)))))))(((..((.((((........)))).))...)))..............))...............)))))))))...)).))).)).............(((...(((((.........)))))..))).))))))))))))...)))))))))))))))).........((((((...................(....).......(((((....)))))(((....((.((((.....((((.(((....)))))))...)))).))....))).......)))))).........((..(((.((((((((.....................)))))))).)))......((((....))))))(((((((((..(((.........))))))..((((((((((((....)))))..............)))))))(........)..(..(.(((((((((((((...))))))))))))).)..).............))))))........(.(((....))).)...((.......))..(((((.......((((.....)))).((((((.((((..(((((((.(.((((..((.((((....(..(((....)))..)))))...)).)))).).))))))))))).))))))..)))))((((((..((((...((((....))))..................(((((((((((((((.(....).)))))))..)))(((((...))))).........)))))(((((((((........((((...........))))....................(.........)((((((....))))))((((((.....(....((((((((....))))))))....).....)))))).(..((((((..((.....)).)))))).....)...)))))))))........))))..))))))((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....))))..................(((((.((....)).)))))..........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))((((((((((.........(((...))).(((..[[[[..)))..]]]]..(((.[[[[.)))....]]]].....((((.[[[[[[.......))))..]]]]]]..(((((....(((((((((...........))).((((.((((((((((((((((......(((((.........))))).................))))))))).(((..((((((((.......)))))))))))..))))))).)))).((((....))))..)))))))))))..(((((.....(((...))).(((....))).....)))))......(((((((....[[[[........)))))))..]]]]...(((.(((...(((((.........)))))..))).[[[[[[.)))...((((((((.........)))...)))))]]]]]].))))))))))....(((((((..(((((((((((.((((((..[[[[.))))))((((.....((((.(((....)))))))...)))).......]]]]........))))))))))).(((..[[[[[[[[[.)))...........]]]]]]]]]((((((...[[[.....))))))....]]]..(((((((((..(((.........))))))..((((((((((((....)))))......[[[[....)))))))....]]]].........(((((((((((((...)))))))))))))..................))))))...((((...(((.[[[)))....))))........]]]...........((((...((((.((((...[[[[[[.)))).))))...))))...........]]]]]]..((((((((....))).[[[[......))))).......]]]].(((((.(((((..(((..(((....)))))).))))).(((............[[[[[((((((((((........)))))))..)))(((((...))))).))).....]]]]].......)))))(((..((((...........))))..[[[.)))......]]]((((((.......((((((....))))))(((((.(((..(((..((((((((....))))))))((((((.(((.......(((((((((............))))))...))).))).))))))............))).)))))))).....(((((((..((((....................))))..)))))))..))))))..........(((.[[[...)))......]]].)))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((.((((((((...(((......)))......)))))).(((....))).((((((((((.((((........))))....(((((((.((.(((((((.(((.(((((.....((((((....))))))......))))).)))..((((.((((((.(((((((((......(((.((((.(((((........))))).)))).)))))))))))).(((..((((((((.......)))))))))))...)))))).))))((((((.......))))))(((...((((((........)))).))...)))..(((((.(..((((.((....(((((((.......(((((..((((.((((...((....((..(((...(((((.........)))))..))).)).....))...)))).))))..)).))))))))))....)).))))..)))))).((.(((((((((.(((....((((..(((((((((((((((.((((((.((...((((((((((((..((((((...((((.....................)))).((((.(((.((((((((((..((.....))....)))))))))).(((..(((((.((((.((((....))((((((....(((..(((.........)))))).))))))..(((((....))))).....)).)))).)))))))).......))).))))..(((((((((((((...))))))))))))).........(((.((....((((((.(((.....(((....))).....)))........(((((((.......((((.....)))).((((((.((((..(((((((...((((..(((.(((.....((.((....))))..))))))....))))...))))))))))).))))))..))))))).(((....(((....)))....)))...))))))...)).))).)))))).(((((((........))))))).....(((((...))))).)))))))).)))).....)).)))))).))))........))))).))))))..))))))).))))))))))).......((((((....))))))...))))))).))....(((((((....))))))).((((((.(((..((.((...((((((............))))))...))))))).))))))..........))))))).((.((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....))))))........))))))).)))...((....))..)))))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((bbbbbbb))))((((((((((((.(((......((....((((......................))))....))....))).........((((((..(((((((((((((((((......(((....<<<<)))dd.....)))))......((((.((((((((((((((((......(((((.........))))).................)))))))))).....((((((((.......))))))))......)))))).))))(((((.........)))))(((...((((((........)))).))...)))......................(((((((..DD(((>>>>)))..)))))))..............((...(((((.........)))))..))..))))))))))))...))))))))))))))))...................................................................((((((((.....((([[[[[[[[.....)))...))..{{.....{{{{{{{{{.......(((....((((((....((((((((.....................))))))))...........((....)).))))))...))).................{{{...(((((...................aaaaaaaaaaa..))))).................((((((((((((.....))))))))))))..................................(((....)))..............................((((.....))))..(((((.(((...(((((((...((((.......................................))))...))))))).))).))))).............((...(((....))).))......................((((....(((((((........))))))).....((((.....)))).]]]]]]]].))))........))))))................................AAAAAAAAAAA..........((((((....))))))................((((((((....))))))))....................((((((............)))))).....}}}....}}}}}}}}}.....}}.........(((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....)))))..................ccc........))..CCC.BBBBBBB...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((((((.(((...........(...((((.(((..((....(((((....)))))...)).)))...))))......).((((.((....((((((((((((((.....((((((....))))))......)))))......((((.(((((..(((((((((......(((........((..........))........)))))))))))).((...((((((((.......)))))))).))....))))).))))(((.............)))......((((((........)))).))..(((....)))................(((((((...((((....)))).))))))).............(((...(((((.........)))))..))).)))))))))......)))))).))).)))))..........(.((((.(((..((..(.(((((((((.(((......((..(((((((((((((((.((((((.((...((((((((((((..((((((...((((.....................))))..(((.(((.((((((((((..((.....))....)))))))))).(((..(((((.((((.(((....)..((((((.(((.....))).(((........))).))))))..(((((....))))).....)).)))).)))))))).......))).)))...(((((((((((((...)))))))))))))......................((..........(((....)))................(((((((.......((((.....)))).((((((.((((..(((((((...((((..((.((((.....(.(((....))))..))))))....))))...))))))))))).))))))..)))))))..........(..((((....))))...))).............)))))).(((((((........))))))).....(((((...))))).)))))))).)))).....)).)))))).))))........))))).))))))..))..))).))))))))))..........((((....))))..................((((((((....)))))))).(((((.(............((((((............)))))).........).))))).....................(((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....))))).............))..))).)))).)..))))..)))))))))...
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))(((((((((...........((((((((((((.(((....(((((....)))))...)))))))..))))...)))).(((..(..((((((((((((......((.(((.((.(.(((((((((.........(((..(.((((.((((((((((((((((.(....(((((.........))))).(....)........).))))))))).(((..((((((((.......)))))))))))..))))))).)))).)..)))((.((((...((.....((.((((........)))).))..(((....))).......))..)))).....))...))))))))).).)).))).))..(....).....(((...(((((.........)))))..))).))))))))))))...)..))).)))))))))......((.(((.((((...(((......)))..(((((((((...((((((..(.(((((.......((.((((.....((((.(((....)))))))...)))).))....((((((((((.(((.((((((..((((((........((..(...((((((...........)))))).)..)).......((....)).)))))).))))))..))).........(((((((.(((((....(((....((((((..(((((((((((((((..((((.......(((....(((((((((((((...))))))))))))).(((....))).....)))(((..(((...(.(.(((....))).))..)))..)))..))))..)))......((((.....)))).((((((((((((..(((.((......(((...(((.(((...((((((.(((.(((..(((.....))).....((((...((((((.....))))))..))))..))).)))((((....))))..))))))..........(((((...(((((((.(....).)))))))..(..((((.....))))..)......))))).......))).)))....)))..)).)))..))))))))))))..))))))))))))..........((((((....))))))..))))))........((((((((....))))))))....))).......))))).((((((..((.....)).))))))...))))))).)))))))))).......))))).)..(((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....))))).....)).))))...))))))))).....)))).))).)).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((((((.(((((((((..................................................((((....((((......))))......(((((((((((......((.(((.((...(((((((((..........((....((((..(((((.(((((((((......(((((.........))))).................))))))))).(((..((((((((.......)))))))))))...)))))..))))....)).....................((((........)))).....(((....))).........................)))))))))...)).))).))..(....).....(((...(((((.........)))))..))).)))))))))))......)))).)))))))))..................................(((((((((...((((((..(.(((((.......((.((((.....(((..(((....))).)))...)))).))....((((((((((.(((.(((.((..(((((((((.((((((((.....................)))))))).))).......((....)).)))))).)).)))..))).........(((((((.(((((...........((((((..(((((.(((((((((..((((.......(((....(((((((((((((...)))))))))))))..((....))......)))(((............(((....)))..........)))..))))..)))......((((.....)))).((((((((((((..(((.........(((...(((.(((...((((((.....(((..(((.....))).....((((......((.......)).....))))..)))....((((....))))..))))))..........(((((...(((((((.(....).)))))))..(..(((((...)))))..)......))))).......))).)))....))).....)))..))))))))))))..)))))).)))))..........((((((....))))))..))))))........((((((((....))))))))..............))))).((((((..((.....)).))))))...))))))).)))))))))).......))))).)(.(((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....))))))....)).))))...)))))))))......)))..))))))))....
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