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CACCUGGUUGAUCCUGCCAGUGGUAUAUGCUUGUCUCAAGGACUAAGCCAUGCAAGUCUAAGUAUAAGUGAUUCUGAUGACGAAACUGCGAAUGGCUCGGUAAAACAGCUAUAAUUUCUUCGAUGGUAACUUACUAUUCGGAUAACCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACGUGCCACAAAUGCGGGGUUUCGGCUCCGUGGUGCCAAUUAGAUAACAACACCAACAUUUGGUGAUUCAUAAUUUUCUUUCUGAUCGCUGCAUGCAUUGCGGCGACGCAUCGUUCAAAUUUCUGACCUAUCAACUUUCGAUGGUAAGGUAGUGUCUUACCAUGGUGGUGACGGGUAACGGACCGUGGGUGCGGGACUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCGGACUCCGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAUCAAUAGGGGACCCGAUGGGUGCCCUAAUUGGAAUGAGAACAAGGUAAACAGCUUAUCGAGGAUCCAGCAGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCUGUAAGCGUAUACCAAAGUUGUUGCAGUUAAAACGCUCGUAGUCGGAAGUUGGUGGUCUUGCGGGUGCGCGCGUUGAGCGUACGCCUGUCGAGGCUGCUUUUGUGGAUUGCGCGCACGGGCGGCUUUAGUGUCGAACGUGUUGGGUUUCGCUGCUUUGGCGUUCACGCGGCAGAGCGGCGGAGGCGCAGCCACCGUUUACUGUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCGUUUGCCGUGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACUCGGUUUUCCUAUUUUGUUGGUGUUGUGAGGGGCGAGUAAUGAUUAAGAGGGACAGUUGGGGGCACUUGUAUUCCGGCGCUAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUGCCGGAAGACAAACCGCUGCGAAAGCGUCUGCCAAGGAUGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAAGUAAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUUACUAUAAACGAUGAGGACUGGGGAUCGGGCGUGGAAUUGCGAUGACCCGCCCGGCACCCUCCGGGAAACCAAAGUUUUUGCUUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCAUCACCGGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCAGGACAUAGUGAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGUUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAGCGAGACCUGGGCGUGCUAAAUAGGGGCUAUUACCGCUUUUUUUGGUAGUGAGAGCUUUUUUGACCCCUUCUUAGACGGACUGCGGGCGUCUAGUCCGCGGAAGCUCCAGGCAAUAACAGGUCUGAGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGUGCUACACUGAGCGGAUCAGCGGGCGAGGAUGCGCGAAAGCGUUUCCUAAUCCCCAAAUCCGCUCGUGCUGGGGAUAGAGGGUUGCAAUUCUCCCUCUUGAACGAGGAAUACCUUGUAAGCGUGGGUCAUCAUCCCGCGCUGAAUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGGUCCGGUGAGGCCUUGGGAUUGUCGUGAGGGGAGCGUUUGCGCUCGUUUCGUGAAGAAAACUUGGUCGAACCUUAUCACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGCU |
Reference structure (ext) |
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Afold
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[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
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...(((((.......))))).........................(((((((((.......(((...........)))........)))..))))))...................................(((((..........)))))..........(((((..((((......(((((..........)))))))))..)))))........((((.....)))).....................((((((((.....))))))))..................................((((((((.......))))))))........((((.......((((....))))....(((((..((.((((........)))).))...)))..))....................((((....((((...))))..))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((...................................))))))...............................................................................................................................................................................................................................................................(((((((((((((....)))..)))))))))).....................(((((((..((((((......(((.((((((((((((((.....................))))))))))))))....(((....)))...))).....))))))..)))))))..........((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..(((((.(...............................)...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))......................................................((((((((....(((...((((((((....))))))))....)))...))))))))......((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..................))))...(((((.((...(((((((((((((..((((..(...((((((((((((((((......))))))))))))))))...)..))))..)))))))))))))..)).)))))...............(((.(((((....))))).))).......... |
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.....(((((((((((((........((((((((((........................................)))))))))).............................((((((..(((....)))))))))........(((((..((((((......((((((....))))))))))))..))))).......((((((...))))))....................((((((((.....))))))))..(................((((((((.((..(.((((((((((...)))))))))).).))))))))))..............)..(((.((((((..(((((((........))))...................................)))..)))))).))).....................((((((((((((((...)))))))))).)))).................................................................................)))))))))))))...................((.(((((((.......(((((((((((((((((((((.....))))))))))).))))))))))......))))))).))((((((((..........(((((.((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))).).))))...))))).................(((((((((((((....)))))))))))))............(((((((((((((........)))))))))))))........(((((((........((((((((((((((((.......((((((((((((((((.(((......))))))..)))))))))))))........((((((((((.....))))))))))........................(((((....))))).....(((((.(((((((((..........)))))))))....(((((((.((...........)))))))))..((((((((((((.((((...)))))))))))))))).................................)))))(((((((((............(((((((((((..........................(((((((............((((((((((((.(((((((((.............((..............)).............))))))))).))))).))))))).............))))))).(((.(((((((((((((......(((((...........)))))......))))))))))))))))..((((((((.....)))))))))))))))))))..............)))))))))..........................(((.(((((((((.(.((((((((((((((....))))))))))).)))).)))))))))))).................))))))))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))))))..............))))))))..((((((((..(((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((....)))))))))))))))))...))))))))))))))))))))))).))))))))...................(((((....)))))...))))))))... |
ContextFold
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[ FASTA input ] |
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(((.((((.......))))))).....(((((((((....(((....((((((..(((.......((....)).....)))..((((((.(((((((...................(((((((.(((.(.((((((..(((....))))))))).)..............((((.....((((((((....))))))))((.((((((((.......((((..(((.(((...(((.....((((((........((((.(((..((((....))))...........(.(.((((.....((..(.((((((((.......)))))))).).))....)))).).)..(((......)))..((..(((..((.((((........)))).))...)))..))...)))))))........((((((...((((.....)))).))))))...))))))........)))...)))))))))).).))))))).))........)))..)..)))..)))))))..(..(((((.......((((.....((....)).......)))))))))...)..........)))))))))))))..(((((.((((.(((.(((........))).))).)))).)))))..((..((((((((.............((((.(((((((((((..((((......))))..))))).....((((((((((((.((......)).)))))))))))).))))))))))..(((........)))...............))))))))..)).............))))))..(((((((((((((........)))))))))))))..))).....)))))))))..............(((...((((((......(((((((.((((.(.......).))))...))))))).............((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).))))))...............((((((.(((((((.((...........)))))))))....)))))).((((....)))).))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((...(((.(((.(..((.....)).........).)).).))).........(((((((..(.....((..((((((((((((.((..(((((.((..........(((.(((........)))))).......)).)))))..)).))))).)))).)))....))...)..)))))))((((((......((((...(.((((.......)))))((....))........)))).((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........)))).))))))......(((.((((((((....(((...(((.((((....)))).))).....)))..)))))))))))...((((.((((((..........)))))).....((((....))))...((((((((.......)))))))).......)))))))))))))).))....(..((...(((((.....(((((((((..(((..((((..(......((((((((.(((((....))))).))))))))......)..))))..)))..)))))))))....)))))....))...).((((((........))))))................ |
Contrafold
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[ FASTA input ] |
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...(((((.......))))).(((((((((((..(.....)(((.((((((((.(((....(....((.....)).....)...)))))..)))))).)))........................(....((((((..(((....)))))))))..).....(((((..(((((......(((((((....))))))))))))..))))).......((((((...))))))....................((((((((.....))))))))((((((.........((((((((.((.(((..(.((((((((((...)))))))))).).))))).))))..)))).....))))))....(((((((.((.((((........)))).)).).)))..))).(((.((.(((((.((....((((.(((.((.((((....((((...........))))....)))).)).)))))))(((((..(((((..........((((.......)))).....)))))...))))).....))))))).)).)))..((.....))........))))))))))).......................((....))......((((((((((((((((.((((.....)))).)))))).))))))))))...((((.(((((((((((..((((......))))..)))))....(((((((((((((.(((....))).)))))))))))))))))))))))......................(((((((..(((((())))))..))))))).............((((((((((((........))))))))))))(((((.((((((((((........((((((((((.(((((..(((..((((.((((((((((..(((.......)))))..)))))))).))))...)))..((((((((((.....)))))))))).........((((...........(((((....))))).....(((((.(((((((((..........)))))))))....(((((((.((.(((())))..)))))))))(.(((((((((((..(((.....))).))))))))))).)...((((....))))................)))))(((((((((..(((((((...(((((.(((((........(.......).........(((((((.(......((..((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).))))).))))).))....))...)..))))))).(((.((((..(((((.((.....((((((.........)))))).....)).)))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).)))))....))..))))).)))))))))....))))......((((()))))..(((.((((((((..(.(((..((((.((((....)))).))))..))).)..))))))))))).................))))).))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)......)))))))))..)))))...((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((.((((((((.(((((....))))).)))))))).))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))..).)).........(((.(((((....))))).))).......... |
DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.......))))..........................(((((((((.((....((((.........))))......)))))..))))))..................................((((((..((....)))))))).................(((......((((.((......)).))))))).((((((.........((((.....))))......)))))).........((((((.........))))))..................................((((((((.......)))))))).......((((((......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((...................................))))))................................................(((((((((((((((((.(((.....))).))))))).))))))))))......(.......(((((..((((......))))..)))))................................................).....................................(((....)))......................((((((((((((...)...)))))))))))...............................((((((...((((((((((((.(((((((.((((((......)))).))...))))))).))).........((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((.((...........)))))))))..)))...((....))..........))...........(..(((((....)))))...)............((((....(((((((((....(((..((((.......................(....)....)))).)))..(((((....((..(..............)..))......)))))..)))))))))....)))).................................................(((((.(((.((((..(((((((((((((.........)))))))...........).)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))...............)))))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))................))))))..(((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((((.((.(((((....))))).)).))))))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..............((((.(((((....))))).))))......... |
DotKnot
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[ FASTA input ] |
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Fold
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[ FASTA input ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(((((((((((...((((((((((((........((..(((((((((.(((..(((((((....)).)))))..)..)))))..))))))..))..............................((((((..((....))))))))......(((((......(((.....(.(((((........))))))))).((((((.........(((((...)))))......)))))).........((((((((.....))))))))....................((..(((.(...(.(((((((((.....))))))))).)..))))..))....(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((.((((((((((((((...)))))))))).)))).)).................((.................)).))..))))).)))..))).)))))))....)))))))..))))))))))))....(((((((.............((((.((......(((((((((.(((((((((((.....)))))))))))..)))))))))...(((((...........(((((......................((((((.(...((.((......)).)).)...)))))))))))))))))).))))................((((((..((((....))))..)))))).............((((((((((((((....)..)))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).))))).....((....))...))))..)).)))))).))))))))...((....)).....(((((....))))).....(((((...(((((((..........))))))).(((..(((((((.(.((......))..))))))))..)))....(....)..((((....(((..(....)..)))..((((....))))...)))).........)))))...(((.((((.....)))).))).......................(((....))).............................(((..((((....))))..))).....((((((((((((..((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((..((.((((..(((((((((((((.........))))))).).)..........))))..))))))...((((((((.....)))))))).....)))))).................((((..((.....))))))..............((.((((((((.(..(((((((((.((((....)))).)))).))))))..))))))))))...((((((.(((((..........)))))....((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))....))))).))))))).....(((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(((((((((((((((((....)))))))))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).))))).....))))))))))..(((((((....))))))).))))))))..) |
Mastr(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........((......(((((((((((..((((....(...(((((((((.((....((((.........))))......)))))..))))))...)....(((......((....(((((.............(((....)).(((.....)))..........).((......(((((..........)))))))((((((((((.......((((.....))))...)).)))))))).....(.((((..((.....))..))))).)))))...))....))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))((..((.((((........)))).))...))........((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))..(.........(((((((((((((...))))))))).))))....).((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))(((((....(.........(.((...(((..........((............................).....)...........................................................((....)).................(.......)...............(((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))(....)........(((((((((..(..................))))))))))(((((.......(((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))......(...(((.((((((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...((....))..))).....))).((....)).)...((((....))))).)))))...))...((((((((((((..(((.....)))(.((.((((((.....(((...)))......((...)).(((((.(((..(((((............(((..(((......)))..))))))))..))).((.((((..((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))((((((((.(((.((((..(((((.((...........................)).....)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..........))))..))))))........))))))))))).))...)..(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....))))(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((((......))))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))...)).)))(((((((((....))))))))).......... |
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((((...................................................................................................................................................................................(......))))(((.......(((((..........)..................)((..(...((((..((((...(((((.....((((((.((((.....(((...((((.(((.......(((((......((((...........)))))))))((((((.((......((((...................)))).))...)))))).(...(...((((.((((.....)))))))).)....).(((((((((((.(((....(((....(((((((.......))))))).))).....)))...))))((((....))))..((((...((.((((((........)))).))...))...))))((((((((((..((...(((((...(((.....))).)))))(..........(.(((((((.(.)))))))...)).).......(((.....(...)..)))))..))))))))))...(((((((((.(((((.((((.......(.(((((....((((.....(((....(((((.....((........(((...................))).........)).(((((...........................(((..........((.((((...................(...(((....))).....)....))))..(...((((((((.(((......)))........)))))))).)(((((((...(((((.(....(((((((((((((..((((.......))).)...))))))))).)))....(((....)))..)....)...)))))...))))))).)).....))).))))))))))..))......((((((....(((...(((........((.(((((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))..............)).....))...))).))).).)))))..)..))))..)))))....)...........)))).......)))))...))).)))))).))))))))))......))))...))))))).....)))))).)))))..))))...)))).)....)).(...((..((((((((((.((((((((...(..((((((((((((.....))))).))))))))))))).(.(((((((((.((((..(((((...(.((..........)))...)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)))))))...)..............((((...((...)).))))(((((.....((.....((((((((..)))))))).....))......)))))........(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...)))))..))))))).)(((((((...(.((((..(((..(((......((((((((((.......))))..)..))))).....).))..)))..)).).))..)).))))).)))...))).))).((((((((....)))))))))))))))... |
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(((((((((((..((((((((((((..........(..(((((..........................................)))))..)..................((((.(((((...)))))..))))................((((((................(((((((....)))))))(((((..............((((((...))))))....................((((((((.....)))))))).))))).............(((..((..((..(.(((((((((.....))))))))).).)).))..))).....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............((((((((.((((...)))).))))).)))...........................................))..))))).)))).))).)))))))......))))))..))))))))))))....((((((.........((.(((((((.(.....((..((((((((((((..(((.....)))..)))))).))))))..))....).))))))).))((((((((...........(((...(((.(.((((((((((((.(((....))).))))))))))))..).))).....)))..................(((((((..((((....))))..))))))).............((((((((((((........)))))))))))).(((.((..((((((.((..(((.((((((((((.(((((.........(...((((((.......................))))))...)..........((((((((((.....))))))))))...........((....))........................(((((............................(((..(((((((.((...........)))))))))..)))...((....))..........((..........))....(((....))).................))))).............................................................................................((((((.................(((((((.((((((.......(((..(((((.((((.....))))..)))))..)))...........................))))))))))))).............))))))............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).....................................((((((((..(.(((..((((.((((....)))).))))...))))..))))))))....................))))).))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))..))))))))..))))).))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..(......((((((((.(((((....))))).))))))))......)..))))..)))..))))))))).)).))))).....)))))).)))....(((((....)))))...)))))))).). |
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.......)))))))......(((((((.....((((...((((((...(((((.....(((((((((((..((((((((((.((..(((.((((.....(((......((((((((......((((((..(((....))))))))).....(((((....((((((......(((((((....)))))))(.((((.............((((((...)))))).(((........(((((((.((((((((.....))))))))((((((...((....(((((((..(((.((..(.(((((((((.....))))))))))..)))))..)))..))))...))))))))......)))))))((((((........)))).))........))).)))).).))))))...((((((...(((((...))))).))))))...........(((((((((.((((...)))).)))).)))))..................)))))))))))))....((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))).)))...))))..)))..)))))))).......))))..))))))...((..((((((((((((..(((.....)))..)))))).))))))..))...((((.((((((.((((..((((......))))..))))......((((((((((((.(((....))).)))))))))))).))))))))))...))))).........)))))(((((((..((((....))))..)))))))....))))))..(((((((((((((........))))))))))))).......((.(((((.((..((....((((((.(((.....((((.((((.((((((((((((((......))).)))..)))))))).))))......((....))...))))..((((((.(((...((((....((((..(((....(((((....)))))...)))..))))((((((((..........))))))))...)))).(((((((.((...((((((((.((((((.(((((((((((..((((...)))).))))))))))).....((((....))))..((((....(((((..(.((((((((.....(((((.....)))))...(((((((((.(((.....)))....(((((...((....))...)))))......))))))))).)))))))))..)))))..)))).((((..(..((.(((((...(((..(((((((((.......))).))))))..))))))))...))...((((((.....(((((..(.....((((((.........)))))).....)..)))))((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........)))).)))))))..))))...((((((((....(((..((((..(((....)))..))))...)))...))))))))..))))))...((((((..........))))))...((((((....))))))......)))))))))).)))))))))).)))))))))))))))...)).))))))).)).(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((.((..(((..(((((....)))))..)))..))..))..)).))))..)))..))))))))).)).))))).))))..........(((.(((((....))))).))).)).))))). |