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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01300



RNA: CRW_01300
Rfam family: SSU_rRNA_eukarya

CACCUGGUUGAUCCUGCCAGUGGUAUAUGCUUGUCUCAAGGACUAAGCCAUGCAAGUCUAAGUAUAAGUGAUUCUGAUGACGAAACUGCGAAUGGCUCGGUAAAACAGCUAUAAUUUCUUCGAUGGUAACUUACUAUUCGGAUAACCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACGUGCCACAAAUGCGGGGUUUCGGCUCCGUGGUGCCAAUUAGAUAACAACACCAACAUUUGGUGAUUCAUAAUUUUCUUUCUGAUCGCUGCAUGCAUUGCGGCGACGCAUCGUUCAAAUUUCUGACCUAUCAACUUUCGAUGGUAAGGUAGUGUCUUACCAUGGUGGUGACGGGUAACGGACCGUGGGUGCGGGACUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCGGACUCCGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAUCAAUAGGGGACCCGAUGGGUGCCCUAAUUGGAAUGAGAACAAGGUAAACAGCUUAUCGAGGAUCCAGCAGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCUGUAAGCGUAUACCAAAGUUGUUGCAGUUAAAACGCUCGUAGUCGGAAGUUGGUGGUCUUGCGGGUGCGCGCGUUGAGCGUACGCCUGUCGAGGCUGCUUUUGUGGAUUGCGCGCACGGGCGGCUUUAGUGUCGAACGUGUUGGGUUUCGCUGCUUUGGCGUUCACGCGGCAGAGCGGCGGAGGCGCAGCCACCGUUUACUGUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCGUUUGCCGUGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACUCGGUUUUCCUAUUUUGUUGGUGUUGUGAGGGGCGAGUAAUGAUUAAGAGGGACAGUUGGGGGCACUUGUAUUCCGGCGCUAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUGCCGGAAGACAAACCGCUGCGAAAGCGUCUGCCAAGGAUGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAAGUAAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUUACUAUAAACGAUGAGGACUGGGGAUCGGGCGUGGAAUUGCGAUGACCCGCCCGGCACCCUCCGGGAAACCAAAGUUUUUGCUUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCAUCACCGGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCAGGACAUAGUGAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGUUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAGCGAGACCUGGGCGUGCUAAAUAGGGGCUAUUACCGCUUUUUUUGGUAGUGAGAGCUUUUUUGACCCCUUCUUAGACGGACUGCGGGCGUCUAGUCCGCGGAAGCUCCAGGCAAUAACAGGUCUGAGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGUGCUACACUGAGCGGAUCAGCGGGCGAGGAUGCGCGAAAGCGUUUCCUAAUCCCCAAAUCCGCUCGUGCUGGGGAUAGAGGGUUGCAAUUCUCCCUCUUGAACGAGGAAUACCUUGUAAGCGUGGGUCAUCAUCCCGCGCUGAAUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGGUCCGGUGAGGCCUUGGGAUUGUCGUGAGGGGAGCGUUUGCGCUCGUUUCGUGAAGAAAACUUGGUCGAACCUUAUCACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...[[[.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((.....................)))))......(((......((((..((..((....((((............((((....(((((((.....))))))).....)))).......((((((((....))))))))....((((((........((((((...)))))).....)))))).........((((((((.....))))))))...))))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((...)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....{{{{.....{{.)))}}.......}}}})))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......(((((((((((((((((((((.....))))))))))).))))))))))...((((.((((((...((.((.(((...(((...(((((..((((.........))))))))))))..)))...))..))...))))))))))...............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..(((.(((((((.((.((......)))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..(((((.((((((((.......)))))))).............)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((...((((((((....))))))))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..(.((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (......(((((((((((..(((((((((((((((...((((.((....((((........))))...)).))))...)))...((((((.((((((.(......)))))))......((((((((((...))))).)))))....)))))).....(((((((....(((.........(((((((....)))))))..(((..............((((((...))))))....................((((((((.....)))))))).)))...............(((..(((.((..(.(((((((((.....))))))))).).)))))..))).))).(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))...........(((((((((.((((...)))).)))).)))))..((.((.(..(((((.....)))))...).)))).......))..))))).)))).))).)))))))......))))))).))))))))))))...(((((((.(((((..(((..((((.(((.....((..((((((((((((..(((.....)))..)))))).))))))..))....(((.((((((.((((..((((......))))..))))......((((((((((((.(((....))).)))))))))))).)))))))))))).)))).)))...........(((((((..((((....))))..))))))).)))))..((...((((((((((((........))))))))))))(((((((..((((((.((..(((.((((((((((.(((((((((((.((((.((((((((((((((......))).)))..)))))))).))))......((....))((.((((.(((....((((((..((.(((((((..........(((((....))))).....((((((...(((((..............(((..(((..(((((((.((...........)))))))))..)))))).........(((((((((((..(....)..)))).((((....))))))))))).)))))..))))))....((((((((((.(((((((...((..(((((((((.(((.....)))....(((((...((....))...)))))......))))))))).))..........))))))).)))))))))).....))))))).))..))))))...((((.((.((((((...)))))).)))))).))).)))).)).....(((((((.((((..((......))..)))).))))))).)).))))..(((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))..((((((...((((((.(((.(((....)))......((((((((..(.(((..((((.((((....)))).))))...))))..))))))))..))).))))))))))))..))))).)))))))))).(((((....)))))..((((((((.......)))))))).....)))..))))))))..)).)))))..))....(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((.((((((((.(((((....))))).))))))))..))..)).))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))....(((((....)))))...))))))))..)
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................((((((((....)))))))).....................................................((((((((.....))))))))..................................((((((((((...)))))))))).....................................................................................................(((((...))))).....................................................................................((((((...................................))))))..........................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((((((..................)))))))))))............................(((((((((((((.....................)))))))))))))........((((((((((.....))))))))))................((((((((.......((((.........))))....)))))))).........((.....(((..(((((((................)))))))..))))).((....)).................................................................................................................................................................................................................................................((((((..........(((((.((((((((.......)))))))).............)))))...........((((((((.....))))))))....)))))).....................................................(((((((((.........(((((((((....))))))))).........)))))))))..........((((((..........))))))....................((((((((.......))))))))...............................................................................................................................................................((((((((((....)))))))))).........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).........................(((((((((.......(((...........)))........)))..))))))...................................(((((..........)))))..........(((((..((((......(((((..........)))))))))..)))))........((((.....)))).....................((((((((.....))))))))..................................((((((((.......))))))))........((((.......((((....))))....(((((..((.((((........)))).))...)))..))....................((((....((((...))))..))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((...................................))))))...............................................................................................................................................................................................................................................................(((((((((((((....)))..)))))))))).....................(((((((..((((((......(((.((((((((((((((.....................))))))))))))))....(((....)))...))).....))))))..)))))))..........((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..(((((.(...............................)...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))......................................................((((((((....(((...((((((((....))))))))....)))...))))))))......((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..................))))...(((((.((...(((((((((((((..((((..(...((((((((((((((((......))))))))))))))))...)..))))..)))))))))))))..)).)))))...............(((.(((((....))))).)))..........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((.....(((((((((((((........((((((((((........................................)))))))))).............................((((((..(((....)))))))))........(((((..((((((......((((((....))))))))))))..))))).......((((((...))))))....................((((((((.....))))))))..(................((((((((.((..(.((((((((((...)))))))))).).))))))))))..............)..(((.((((((..(((((((........))))...................................)))..)))))).))).....................((((((((((((((...)))))))))).)))).................................................................................)))))))))))))...................((.(((((((.......(((((((((((((((((((((.....))))))))))).))))))))))......))))))).))((((((((..........(((((.((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))).).))))...))))).................(((((((((((((....)))))))))))))............(((((((((((((........)))))))))))))........(((((((........((((((((((((((((.......((((((((((((((((.(((......))))))..)))))))))))))........((((((((((.....))))))))))........................(((((....))))).....(((((.(((((((((..........)))))))))....(((((((.((...........)))))))))..((((((((((((.((((...)))))))))))))))).................................)))))(((((((((............(((((((((((..........................(((((((............((((((((((((.(((((((((.............((..............)).............))))))))).))))).))))))).............))))))).(((.(((((((((((((......(((((...........)))))......))))))))))))))))..((((((((.....)))))))))))))))))))..............)))))))))..........................(((.(((((((((.(.((((((((((((((....))))))))))).)))).)))))))))))).................))))))))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))))))..............))))))))..((((((((..(((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((....)))))))))))))))))...))))))))))))))))))))))).))))))))...................(((((....)))))...))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((.......))))))).....(((((((((....(((....((((((..(((.......((....)).....)))..((((((.(((((((...................(((((((.(((.(.((((((..(((....))))))))).)..............((((.....((((((((....))))))))((.((((((((.......((((..(((.(((...(((.....((((((........((((.(((..((((....))))...........(.(.((((.....((..(.((((((((.......)))))))).).))....)))).).)..(((......)))..((..(((..((.((((........)))).))...)))..))...)))))))........((((((...((((.....)))).))))))...))))))........)))...)))))))))).).))))))).))........)))..)..)))..)))))))..(..(((((.......((((.....((....)).......)))))))))...)..........)))))))))))))..(((((.((((.(((.(((........))).))).)))).)))))..((..((((((((.............((((.(((((((((((..((((......))))..))))).....((((((((((((.((......)).)))))))))))).))))))))))..(((........)))...............))))))))..)).............))))))..(((((((((((((........)))))))))))))..))).....)))))))))..............(((...((((((......(((((((.((((.(.......).))))...))))))).............((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).))))))...............((((((.(((((((.((...........)))))))))....)))))).((((....)))).))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((...(((.(((.(..((.....)).........).)).).))).........(((((((..(.....((..((((((((((((.((..(((((.((..........(((.(((........)))))).......)).)))))..)).))))).)))).)))....))...)..)))))))((((((......((((...(.((((.......)))))((....))........)))).((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........)))).))))))......(((.((((((((....(((...(((.((((....)))).))).....)))..)))))))))))...((((.((((((..........)))))).....((((....))))...((((((((.......)))))))).......)))))))))))))).))....(..((...(((((.....(((((((((..(((..((((..(......((((((((.(((((....))))).))))))))......)..))))..)))..)))))))))....)))))....))...).((((((........))))))................
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).(((((((((((..(.....)(((.((((((((.(((....(....((.....)).....)...)))))..)))))).)))........................(....((((((..(((....)))))))))..).....(((((..(((((......(((((((....))))))))))))..))))).......((((((...))))))....................((((((((.....))))))))((((((.........((((((((.((.(((..(.((((((((((...)))))))))).).))))).))))..)))).....))))))....(((((((.((.((((........)))).)).).)))..))).(((.((.(((((.((....((((.(((.((.((((....((((...........))))....)))).)).)))))))(((((..(((((..........((((.......)))).....)))))...))))).....))))))).)).)))..((.....))........))))))))))).......................((....))......((((((((((((((((.((((.....)))).)))))).))))))))))...((((.(((((((((((..((((......))))..)))))....(((((((((((((.(((....))).)))))))))))))))))))))))......................(((((((..(((((())))))..))))))).............((((((((((((........))))))))))))(((((.((((((((((........((((((((((.(((((..(((..((((.((((((((((..(((.......)))))..)))))))).))))...)))..((((((((((.....)))))))))).........((((...........(((((....))))).....(((((.(((((((((..........)))))))))....(((((((.((.(((())))..)))))))))(.(((((((((((..(((.....))).))))))))))).)...((((....))))................)))))(((((((((..(((((((...(((((.(((((........(.......).........(((((((.(......((..((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).))))).))))).))....))...)..))))))).(((.((((..(((((.((.....((((((.........)))))).....)).)))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).)))))....))..))))).)))))))))....))))......((((()))))..(((.((((((((..(.(((..((((.((((....)))).))))..))).)..))))))))))).................))))).))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)......)))))))))..)))))...((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((.((((((((.(((((....))))).)))))))).))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))..).)).........(((.(((((....))))).)))..........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................(((((((.......((((.........))))........).......((((...................................((((..((....))))))........))))........((......((((((........))))))))..................((.......))......................(((((((.......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................((((((.((((((((((.(((.....))).)))))))).)).))))))...................................................((((((((.((......)).)))))))).......................................................................))))))..............(((((.(..((....................))).)))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((.(((........).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............((((((....((((..((((...((((((.........))))))...............))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)...(((.((((....)))).)))...........))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((..(..((((....))))..)..))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))..............
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.......))))..........................(((((((((.((....((((.........))))......)))))..))))))..................................((((((..((....)))))))).................(((......((((.((......)).))))))).((((((.........((((.....))))......)))))).........((((((.........))))))..................................((((((((.......)))))))).......((((((......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((...................................))))))................................................(((((((((((((((((.(((.....))).))))))).))))))))))......(.......(((((..((((......))))..)))))................................................).....................................(((....)))......................((((((((((((...)...)))))))))))...............................((((((...((((((((((((.(((((((.((((((......)))).))...))))))).))).........((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((.((...........)))))))))..)))...((....))..........))...........(..(((((....)))))...)............((((....(((((((((....(((..((((.......................(....)....)))).)))..(((((....((..(..............)..))......)))))..)))))))))....)))).................................................(((((.(((.((((..(((((((((((((.........)))))))...........).)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))...............)))))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))................))))))..(((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((((.((.(((((....))))).)).))))))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..............((((.(((((....))))).)))).........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))(((((((((((((((....(((((.....[[[[.)))))..]]]].............)))...((((((..[[[[[[(((......)))........((((((((((...))))).)))))....)))))).......]]]]]]...((((((..(((.[[[[[[)))...]]]]]](((((..............((((((...)))))).................[[[((((((((.....)))))))).)))))..]]]....(((((((..((((((....(((((((((.....))))))))))))..)))..)))..))))...((((((((((.((((......)))))))).......[[[....)))))).....]]]....))))))...((((((...(((((...))))).))))))...........(((.(((((.((((...)))).))))).[[[[[.)))......(((((.....))))).....]]]]].....(((....[[[[[[[[....)))..]]]]...]]]]......))))))))))))......(((((((..(((((.(((....))).....((((((((((((((((..(((.....)))..)))))).))))))))))...((((.(((((((((((..((((......))))..)))))....(((((((((((((.(((....))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))..........(((((((..((((....))))..)))))))..((((((.....((((((((((((........)))))))))))).))))))....(((((...........((((((.........(((((.....((((((((.....[[[.............)))))))).....]]](((..((((((((((.....)))))))))).[[[[[[.........))).....]]]]]].((((...[[[[..))))...]]]]...(((..........[[[..[[[..[[[[[[[))).............]]]]]]]..]]]]]].........(((((((...[[[[[...........((((....)))))))))))..]]]]]..(((((....((((((((((.(((((((.......(((((((((.(((.....)))....(((((..............)))))......))))))))).............))))))).))))))))))....)))))....(((..((((((((((.[[[[)))).))))))..))).....]]]]....((((((.....(((((.((((((((.......)))))))).[[[[[[......)))))...........((((((((.....))))))))]]]]]].............((((((...[[[[)))))).....]]]].))))))))))).(((.((((((((....(((..((((.((((....)))).))))...)))...)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))).))))))........)))))....(((((.....(((((((((..(((..((((..(((....((((((((.(((((....))))).))))))))......)))))))..)))..)))))))))....)))))...............(((.(((((....))))).)))..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((.......)))))))......(((((.(((.((.(((.(((((((((.((....((...((.....))....))...)))))..)))))).)))......(((((..((..((((((((((...))))).))))).))..)))))....)).)))(((((..(((((((....((.((...)).))...)))))))..))))).......((((((...))))))...........((((((((.((((((((.....))))))))........(((......))).((((((........((((((((.....)))))))))))))).(((((((.....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))...............(((((.((((...)))).))))).(((((....((...((((.....)))).)).....)))))......))..))))).)))).))).))))))).((((((((((((((.(((...........)))))))).......((.(((((((.......((((((((((((((((.((((.....)))).)))))).))))))))))......))))))).))(((..((((......))))..)))((((.((((((((((((((.(((....))).))))))))).))))).))))(((........)))...........(((((((..((((....))))..)))))))...))).)))))).(((((((((((........))))))))))).(((((.(((((((((.((..(((.((((((((((.(((((.((.(..((((.((((((((((((((......))).)))..)))))))).)))).((((((.((((((((((.....)))))))))).....(((.(((((....((((((.(((..((((.........(((((.(((((((((..........))))))))).))..)))(((......))).....(((((((((..(((((((..((.((.(((((((.((((..((.((.........)).)))))).)))))))...))..))..))).)))).....))))))).)).(((((.(((((.......(((.....)))........(((((((............((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).)))).))))))))((((....)))).))))))).(((.((((..(((((.((.....((((((.........)))))).....)).)))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).)))))........))))..))).))))))..)))))))).((((.((.(((...))))).))))..))))))...((((.((((....)))).)))).(((((((.....((....))))))))).....))).))))).))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))..)))))))))..)))))))))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((.((((((((.(((((....))))).))))))))..))..)).))))..)))..))))))))).)).)))))..((....)).((((((((...)).)))))).)))))))).))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((bbbbbbbb.)))).(((((((((((.............(((((((((................................)))..)))))).................................((((((..(((....)))))))))........((((...((((((......((((((....))))))))))))...))))....[[[((((((...))))))....................((((((((.....))))))))...................((((.(((.((....(((((((((.....)))))))))...))))).)))).....(((((((.(((......(((((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((........((((ff..((((.aa))))..))))...............((.(((AA(((...FF)))gg)))..))((................................))........GG..))))).)))).))).)))))))..............)))))))))))..........(((........................((((((((((((((((.((((.....)))).)))))).))))))))))...((((.(((((((((((..((((......))))..)))))....(((((((((((((.(((....))).)))))))))))))))))))))))......)))........................................................((((((((((((........))))))))))))((((]]]((((((((...........(((..(((.............((((.((((((((((((((......))).)))..)))))))).))))........((((((((((.....))))))))))...........((....)).....(((((....)))))............((((((((..........))))))))..............(((((((...((((..(((((((((((((((((................))))))))))....(((((....)))))....................(((((((((..((((<<<<<.(((((.(((((..........................(((((((..............((((((((((.....(((((...........(((((((........))))))).....cccccc))))).....))))).)))))...CCCCCC......))))))).(((.((((..(((((....(((((.{{{{..)))))((}}}}))........)))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).))))).........)))).))))))))).......................>>>>>..((((((((....(((..((((.((((....)))).))))...)))...)))))))).))))))).....dd))))))))))))))DD)))..((((((....)))))).((((((((.......))))))))............))))))))....))))........(((((.((...((((((((..(((..((((.........((((((((.(((((....))))).)))))))).........))))..)))..))))))))..)).)))))..............((...eeeee..))EEEEE...BBBBBBBB...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(.(((((((((((...((((((((((((........((..(((((((((.(((..(((((((....)).)))))..)..)))))..))))))..))..............................((((((..((....))))))))......(((((......(((.....(.(((((........))))))))).((((((.........(((((...)))))......)))))).........((((((((.....))))))))....................((..(((.(...(.(((((((((.....))))))))).)..))))..))....(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((.((((((((((((((...)))))))))).)))).)).................((.................)).))..))))).)))..))).)))))))....)))))))..))))))))))))....(((((((.............((((.((......(((((((((.(((((((((((.....)))))))))))..)))))))))...(((((...........(((((......................((((((.(...((.((......)).)).)...)))))))))))))))))).))))................((((((..((((....))))..)))))).............((((((((((((((....)..)))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).))))).....((....))...))))..)).)))))).))))))))...((....)).....(((((....))))).....(((((...(((((((..........))))))).(((..(((((((.(.((......))..))))))))..)))....(....)..((((....(((..(....)..)))..((((....))))...)))).........)))))...(((.((((.....)))).))).......................(((....))).............................(((..((((....))))..))).....((((((((((((..((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((..((.((((..(((((((((((((.........))))))).).)..........))))..))))))...((((((((.....)))))))).....)))))).................((((..((.....))))))..............((.((((((((.(..(((((((((.((((....)))).)))).))))))..))))))))))...((((((.(((((..........)))))....((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))....))))).))))))).....(((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(((((((((((((((((....)))))))))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).))))).....))))))))))..(((((((....))))))).))))))))..)
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((((.....(((((((((((((((.....)))..((((((((..((.........((.....)).........)).))..))))))..........(((((......((((((((((...)))))).)))).....))))).....(((((((.....(((((((....((.((...)).))...)))))))..............((((((...))))))....................((((((((.....))))))))...................((((.(((.((.((.(((((((((.....))))))))))).))))).)))).....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))...............(((((.((((...)))).))))).(((((....(....(((.......)))..).....)))))......))..))))).)))).))).)))))))......))))))).))))))))))))....((((((.........((.(((((((.......((((((((((((((((.((((.....)))).)))))).))))))))))......))))))).))((((((((.......((.((((((((((.((((((((((((((.(((....))).)))))))))))).)).)))).).)))))))...........(((.(((((((..((((....))))..))))))).)))........(((((((((((((........)))))))))))))((((...(((((((..(..(((..(((((((((....((.......((((.((((((((((((((......))).)))..)))))))).)))).((((((.((((((((((.....))))))))))........((((((....(((....((((....)))).........((.(((((((((..........))))))))).)).(((((((.((...........)))))))))..((((((.(((((.((((...)))).))))))))))).....((((....)))).......................(((((((..(((((.....(((((.((((........(((.....)))........(((((((............((((((((((((.((..(((((.((........((((....(........)))))........)).)))))..)).)))).))))))))((((....)))).))))))).(((.((((..(((((........((((((.........))))))........)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).)))).)))))........))))).))))))))))..))))))...((((.((.(((...))))).))))..))))))...((((.((((....)))).)))).(((((((.....((....))))))))).........))....))))))))).((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))..).)))))))..)))).))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..((.....((((((((.(((((....))))).))))))))......)).))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))......(.(((((....))))).).)))))))).).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....((..........))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((.............(((.......(((.....)))...).....)).((......(((((.(......).)))))))(.((((((((.......((((.....))))...)).)))))).).....(.((((..((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........(((..((((.(.....((......))...).)).))..)))..(....)................................................(((.(.(((((......)))))..))))..................((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((..((................)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.((((...)..)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))((((.(((((...((..(((.(..(...)(....)..((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.....................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.........(......(((((((((((..((((........(((((((((.((....(((((.......)))))......)))))..))))))........(((......((....((((..............(((....)).(((.....)))..........).((......(((((..........)))))))((((((((((.......((((.....))))...)).)))))))).....(.((((..((.....))..)))))..))))...))....))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))....(....)....(.((....)))...((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))......((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))..)(((((((.((......(.((...(((.........((((.................................))))........................................................(((.(.....(......)......)))).....................(((((.......((...(((.....)))(((....))).....))......)))))(....)........(((((((((..(..................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....))))))).....))...(((.((((((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...((....))..))).....))).........(((..((((....))))...)))..........((((((((((((((((.....))))(((.((((((.....(((...)))......((...)).(((((.(((..(((((....((......(..........)..))......)))))..))).((.((((..((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))((((((((.(((.((((..(((((.((...........................)).....)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..........))))..))))))........))))))))))).))....).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....)))))((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((((.(...)))))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))..........
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....((..........))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((.............(((....).((((.....)))...).....)).((......(((((.(......).)))))))(.((((((((.......((((.....))))...)).)))))).).....(.((((..((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........(((..((((.(.....((......))...).)).))..)))........................................................(((.(.(((((......)))))..))))..................((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((..(..................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.((((...)..)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((...((.........((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.....................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))))))))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((........((......(((((((((((..((((....(...(((((((((.((....((((.........))))......)))))..))))))...)....(((......((....(((((.............(((....)).(((.....)))..........).((......(((((..........)))))))((((((((((.......((((.....))))...)).)))))))).....(.((((..((.....))..))))).)))))...))....))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))((..((.((((........)))).))...))........((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))..(.........(((((((((((((...))))))))).))))....).((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))(((((....(.........(.((...(((..........((............................).....)...........................................................((....)).................(.......)...............(((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))(....)........(((((((((..(..................))))))))))(((((.......(((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))......(...(((.((((((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...((....))..))).....))).((....)).)...((((....))))).)))))...))...((((((((((((..(((.....)))(.((.((((((.....(((...)))......((...)).(((((.(((..(((((............(((..(((......)))..))))))))..))).((.((((..((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))((((((((.(((.((((..(((((.((...........................)).....)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..........))))..))))))........))))))))))).))...)..(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....))))(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((((......))))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))...)).)))(((((((((....)))))))))..........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((..((((((((((((((((...))))..(((((...........((((...........)).))[[[........)))))..........(((((......((((((((((...)))))).)))).....)))))..]]](((((((.....(((((((......((((......))))))))))).............(((((((...)))))).)(((............)))((((((((.....))))))))................(((((((.(((.((.((.((((((((((...)))))))))))).))))).))))..)))(((((((.(((.....((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))...............(((((.((((...)))).))))).(((((.........((((.....))))........)))))..........))))).)))).))).)))))))......))))))).))))))))))))...(((((((............(((((((.......((((((((((((((((.((((.....)))).)))))).))))))))))......)))))))...((((((((.((((..((.((((((((((.((((((((((((((.(((....))).)))))))))))).)).)))).).)))))))..))))....((((.(((((((..((((....))))..))))))).)))).......(((((((((((((........)))))))))))))((((.(((((((((.((..(((.((((((((((.(((((.......((((.((((((((((((((.(...)))).)))..)))))))).)))).((((((.((((((((((.....)))))))))).....((.((((((....((((((.(((..((((...............(((((((((..........)))))))))....(((((((.((...........)))))))))..(((.((.(((((.((((...)))).))))).)))))....(((((....))))).........................................(((((.(((((..(((..(((.....))).)))....(((((((............((((((((((((.....(((((...........(((((............)))))...........))))).....))))).)))))))((((....)))).))))))).(((.((((..(((((...((((({{{{{{...))))).}}}}}}........)))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).)))))........))))..))).))))))..)))))))).((((.((.(((...))))).))))..))))))...((((.((((....)))).)))).(((((((.............))))))).........))))).))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))..))))))))))))))).))))))))..(((((.....(((((((((..(((..((((.........((((((((.(((((....))))).)))))))).........))))..)))..)))))))))....))))).....))))))))))....(((((....)))))...)))))))).))
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))....................((((...((((((................................(((((((((((((........................................(((....)))(((.....)))))))......((((......(((((.((....)).)))))))))((((((.........((((.....))))......)))))).........((((((((.....)))))))).....))))).....((((........(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...))))))))).))))...........................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........))))))...........................................................................................................................................................................)))).........))))((....)).............)))))).............(((................(((.....................(((((((..((((((............(((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))....)))...(((....(((..(((((((................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((((((....))))....................(((((((..(((.....(((.(((.((((((.................(((....)))....((((((((((.....((((((...(((..((....))..))).)))))).........((.((((((((((((.....(..((((((((((.....)))).))))))..)..))))..(.(((((.(((.((((..(((((.....................................)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....)))))).....))).))))))))).)))).))).))).(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((((((..(((..((....(...(((((((..((.((((......)))).))..)))))))...)....))..)))..)))))))...)).))))..)))).........((((.(((((....))))).)))).........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(.(((((((((((..(((((((((((((((...((((.((....((((........))))...)).))))...)))...((((((.((((((.(......)))))))......((((((((((...))))).)))))....)))))).....(((((((....(((.........(((((((....)))))))(((((..............(((((.....)))))....................((((((((.....)))))))).))))).............(((..(((.((..(.(((((((((.....))))))))).).)))))..))).))).(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))...........(((((((((.((((...)))).)))).)))))..((.((.(..(((((.....)))))...).)))).......))..))))).)))).))).)))))))......))))))).))))))))))))...(((((((.(((((..(((..((((.(((.....((..((((((((((((..(((.....)))..)))))).))))))..))....(((.((((((.((((..((((......))))..))))......((((((((((((.(((....))).)))))))))))).)))))))))))).)))).)))...........(((((((..((((....))))..))))))).)))))..((...((((((((((((........))))))))))))(((((((..((((((.((..(((.((((((((((.(((((.((.(.(((...(((((((((....(((((..(((((.(((((.(((........)))....((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....))))))...))))).....(((((..(((((((((.......).))))))))(((..(((((((.((...........)))))))))..)))(((((....)).(((((((((((..(....)..)))).((((....)))))))))))...)))...))))))))))..))))).(((((((.((.((((((.................((.........))....((((((((..(((((.....((((...(((((((((.((.....(((..(..(((((((.((((((.......(((..((((((((((.....)))).))))))..))).((((.(.(....)).)))).......)))))))))))))..)..))).)).)))))))))))))......((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........))))))))...))))).)))))))).)))))).))...)))))))((((((((..(.(((..((((.((((....)))).))))...))))..)))))))))))))))))...)))).)).))))).))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))..))))))))..)).)))))..))....(((((.((..(((((((((..(((..((((..(......((((((((.(((((....))))).))))))))......)..))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))....(((((....)))))...)))))))).).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((((((...................................................................................................................................................................................(......))))(((.......(((((..........)..................)((..(...((((..((((...(((((.....((((((.((((.....(((...((((.(((.......(((((......((((...........)))))))))((((((.((......((((...................)))).))...)))))).(...(...((((.((((.....)))))))).)....).(((((((((((.(((....(((....(((((((.......))))))).))).....)))...))))((((....))))..((((...((.((((((........)))).))...))...))))((((((((((..((...(((((...(((.....))).)))))(..........(.(((((((.(.)))))))...)).).......(((.....(...)..)))))..))))))))))...(((((((((.(((((.((((.......(.(((((....((((.....(((....(((((.....((........(((...................))).........)).(((((...........................(((..........((.((((...................(...(((....))).....)....))))..(...((((((((.(((......)))........)))))))).)(((((((...(((((.(....(((((((((((((..((((.......))).)...))))))))).)))....(((....)))..)....)...)))))...))))))).)).....))).))))))))))..))......((((((....(((...(((........((.(((((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))..............)).....))...))).))).).)))))..)..))))..)))))....)...........)))).......)))))...))).)))))).))))))))))......))))...))))))).....)))))).)))))..))))...)))).)....)).(...((..((((((((((.((((((((...(..((((((((((((.....))))).))))))))))))).(.(((((((((.((((..(((((...(.((..........)))...)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)))))))...)..............((((...((...)).))))(((((.....((.....((((((((..)))))))).....))......)))))........(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...)))))..))))))).)(((((((...(.((((..(((..(((......((((((((((.......))))..)..))))).....).))..)))..)).).))..)).))))).)))...))).))).((((((((....)))))))))))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(.(((((((((((..((((((((((((..........(..(((((..........................................)))))..)..................((((.(((((...)))))..))))................((((((................(((((((....)))))))(((((..............((((((...))))))....................((((((((.....)))))))).))))).............(((..((..((..(.(((((((((.....))))))))).).)).))..))).....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............((((((((.((((...)))).))))).)))...........................................))..))))).)))).))).)))))))......))))))..))))))))))))....((((((.........((.(((((((.(.....((..((((((((((((..(((.....)))..)))))).))))))..))....).))))))).))((((((((...........(((...(((.(.((((((((((((.(((....))).))))))))))))..).))).....)))..................(((((((..((((....))))..))))))).............((((((((((((........)))))))))))).(((.((..((((((.((..(((.((((((((((.(((((.........(...((((((.......................))))))...)..........((((((((((.....))))))))))...........((....))........................(((((............................(((..(((((((.((...........)))))))))..)))...((....))..........((..........))....(((....))).................))))).............................................................................................((((((.................(((((((.((((((.......(((..(((((.((((.....))))..)))))..)))...........................))))))))))))).............))))))............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).....................................((((((((..(.(((..((((.((((....)))).))))...))))..))))))))....................))))).))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))..))))))))..))))).))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..(......((((((((.(((((....))))).))))))))......)..))))..)))..))))))))).)).))))).....)))))).)))....(((((....)))))...)))))))).).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((.......)))))))......(((((((.....((((...((((((...(((((.....(((((((((((..((((((((((.((..(((.((((.....(((......((((((((......((((((..(((....))))))))).....(((((....((((((......(((((((....)))))))(.((((.............((((((...)))))).(((........(((((((.((((((((.....))))))))((((((...((....(((((((..(((.((..(.(((((((((.....))))))))))..)))))..)))..))))...))))))))......)))))))((((((........)))).))........))).)))).).))))))...((((((...(((((...))))).))))))...........(((((((((.((((...)))).)))).)))))..................)))))))))))))....((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))).)))...))))..)))..)))))))).......))))..))))))...((..((((((((((((..(((.....)))..)))))).))))))..))...((((.((((((.((((..((((......))))..))))......((((((((((((.(((....))).)))))))))))).))))))))))...))))).........)))))(((((((..((((....))))..)))))))....))))))..(((((((((((((........))))))))))))).......((.(((((.((..((....((((((.(((.....((((.((((.((((((((((((((......))).)))..)))))))).))))......((....))...))))..((((((.(((...((((....((((..(((....(((((....)))))...)))..))))((((((((..........))))))))...)))).(((((((.((...((((((((.((((((.(((((((((((..((((...)))).))))))))))).....((((....))))..((((....(((((..(.((((((((.....(((((.....)))))...(((((((((.(((.....)))....(((((...((....))...)))))......))))))))).)))))))))..)))))..)))).((((..(..((.(((((...(((..(((((((((.......))).))))))..))))))))...))...((((((.....(((((..(.....((((((.........)))))).....)..)))))((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........)))).)))))))..))))...((((((((....(((..((((..(((....)))..))))...)))...))))))))..))))))...((((((..........))))))...((((((....))))))......)))))))))).)))))))))).)))))))))))))))...)).))))))).)).(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((.((..(((..(((((....)))))..)))..))..))..)).))))..)))..))))))))).)).))))).))))..........(((.(((((....))))).))).)).))))).