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CACCAGGUUGAUUCUGCCUGACGUGGAUGCUAGUCUCAUAGAUUUAGCCAUGCAUGUGUAAGCGAAGCGAUUAGUGAAGCGGCGGAAGGCUCAGUAACGGGCGAGUAUUUUAAUCUCUAGAACCGGACAACCUCAGGAAACAGAGGGGAAAACGGAGUAAGAGCAUGUGUUGUUAGCAUGUGAUGAGAACAACAGUGCAGGAGAGUAAGAAGCCAUCCCAUCAGUUAGUAAGUAGGGUAAGGGCCUAUUUAGACGUAGACGGGUACGGGGGAUUAGGGUUUGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAGACGGCUACCAGGUCCAAGGACAGCAGCAGGCGCGAAAAUUACCGAAGCCUCCAAGAGGGCGGUAGUGAAGAGACGUGAAAACAAGUGUGUGUAAAAACCACAUGAGUAACUGUGGAGGGUCAAGGCUGGUGCCAGCAUCCGCGGUAAUACCAGCUCCAGGAGUGUCUAUGAUGAUUGCUGCGAUUAAAAGGUCCGUAGUCGAAGAACAGUACUUGUUUGUAAUGUGGCUUAUCGAGAGCCGAAUAGAACGAGAAGAGUUCAGAGUAAGGAGGGAAGGAGGGCUAGAUUAUUGAGCAGCGAGAGGUGAAAUUUGAUGACCUGCUUUAGGAGUAACAGAGGCGAAAGCGCUAGUCAAGAACGAAUCCGAUGAUCAAGGACGUAGGCUGGAGGAUCGAAGACGAUUAGAGAGACCGUAGUAGUUCCAGCAGUAAACGAUGCCUACGCUGUUGUGGUUAUGAGCACGGCAGAAGAGAAAUCUAGUAGGGCUUUGGGGAGAGUACGCGCGCAAGCGAUAAAUUUAAAGGAAAUUGACGGAAGAACACCACAAGGAGUGGAGUGUGCGGCUUAAUUUGACUCAACGCGGGACAGCUUACCAUACCCGAUGGCCGUGUGAGCGUAGUACGCGAUAGGUCAGAGAGUGGUGCAUGGCCGUUAACGACGAGUGGGGUGACCUUUGGGUUAAGUCCGCCGAAGUAGUGAGAUCCCUAGGAUACGAAAGUUAUCGACAGGUGUUAAAAACACAGGAAGGAAGGGGCAAGAACAGGGUCAGUGAUGCCCUUAGAUGGUAUGGGCUGCACGCGCACUACAGUGGUCACAGCAGAAACGGAUAGAAGUAAAUGUGAUCGAGAGGGAAUGAGCACUGUAAUGUGCACAGGAACGAGGAAUUGCUAGUAAUCGUUAUCUCAUUAAGAAGCGAUGAAUGUGUCCCUGUUCUUUGUACACACCGCCCGUCGUUAUCGAAGAUGGAACCAGGUGCGAACAAGUGAAAGCGAGUGAGUGCAGGGUUCGAGAUCUGAUACAAGUCGUAACAAGGCAGCUGUAGGAGAACCAUUAGCAGGAAGCUUG |
| Reference structure (ext) |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
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|
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))...................................................................(((((.....((((.....((((((((((((....(((.....((((.(....).))))......))).......((((.(((((((..((.....))..))))))))))).........................((...((((((((.......)))))))).)).............)))))))))))).....))))......))))).......(((((((..((.((.......(((((((........(((((((...((((...)))).)))))))....................(((((.......)))))....................(((((((.((.((....))))....)))))))...................)))))))........)).)))))))))..((((....(((((((....(.((((((.....)))))).)..)))))))....))))..............................................................................(((....)))..............(((.........)))(((((((((((..((((....))))..................)))))............))))))((((((((........))))))))..((....)).........................((....)).............................(.((((.....)))).).((((.((((..(((((((...((((.....((((((....((....))....))))))......))))...))))))))))).)))).....((.((((((((.((((.(((.......................................(((.........))).....((((.....))))............((((((((((((.(((((..((((.((.....)).))))..)))(((((.(((((((.(((((.....................))..............))).))))))).))))).....(((((..............))))).((.......))...........)).)))))))))).)).))).)))).)))))))).))......(((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))...............((.......))................................ |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......)))))..))).........(((...(((((((((..()........((...((.....))...))......((((((.....((((.....((((((((((((.(.((((.....((((.(....).))))......))).......((((.(((((((..((.....))..)))))))))))...(..(.......)..)(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).).)))))))))))).....))))......))))))......(((((((..((.((.......(((((((.((.....(((((((...((((...)))).))))))).......)).....((....(((((.......)))))..)).....(((........((((((((((.((....)))))...))))))))))................)))))))........)).)))))))))..((((....(((((((...((.((((((.....)))))).)).)))))))....))))...................)))))))))...)))((......(((...........)))))................((((....)))).............(((.........)))(((((((((((((((((....)))))................))))))(..........)))))))((((((((........)))))))).(((....))).......................(((....)))....(((.......))).....(.....(.((((.....)))).)(((((.((((..(((((((.(.((((..((.((((((.((.((....))..))))))))...)).)))).).))))))))))).)))))...)((.((((((((.((((.(((..((((((..........)))))).........(((...(((((....).)))).....((((.....)))).........)))((((((((((((.(((((..((((.((.....)).))))..)))(((((.(((((((.(((((.....................))..............))).))))))).)))))................((..)).((((((.(((.....))))))))).....)).)))))))))).)).))).)))).)))))))).))..((..(((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))....))........(((.......)))..((((.((....))....))))........ |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((....((((((.(((((.((((((((((...))).)))).))).)))))....((...))..(((.((...(((((((..((((......))))..((.(((((.(((((....(((.....((((........))))......))).......((((.(((((((..(((...)))..))))))))))).))))).))))).))((((((((..(((..((((((((.......))))))))..((((......)))).(((((((.....)))))))(((...((((((........)))).))...)))..........((..(((((...(((((((...((((...)))).)))))))..............((..(((((.((....)))))))..)).((((((((..((...(((....))).)).))))))))........((((((...(((((.((((.((.(((((((((....))).))))))....((((....(((((((......((((((.....))))))....)))))))....)))).......(((.........((((((......((((((((.(((......)))..))..))))))..............((....)).)))))).........))).)).)))).)))))....)))))).((((....)))).........((((....((((((.(((........(((((.((((((((........)))))))).(((....))).))))))))))))))....)))))))))..)).................(((((((.......((((.....)))).((((((.((((..(((((((...((((.....((((((.((..((...))..))))))))......))))...))))))))))).))))))..))))))).)))..))))))))(((....)))....)))))))...)).))).((((...))))......((((.((((..(((((.........((..((.....((((((((((((.(.(((..((((.((.....)).))))..)))(((((.(((((((.(((..(((...((........))...)))..((......)).))).))))))).)))))......((.((......)).)).((((((.(((.....)))))))))......).)))))))).)))).....))..)).(((....))).(((.(((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))...))).)))))..)))))))).))))))((((..((......)).))))..)))))) |
|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..((((((...(((((.((((((((((...)))).)))).)).))))).....(((((((.(((.((.(((........))))).)))((((((.((.(((((.(((((....(((.....((((........))))......))).......((((.(((((((..(((...)))..))))))))))).))))).))))).......(((((......((((((((.(....)))))))))..((((......)))).(((((((.....)))))))......((((((.(.....))))).))..(((....)))................(((((((...((((...)))).)))))))..................(((((.((....))))))).....((((.((((((((...(((((((((.((....)))))...))))))(((((...(((((.((((.((((((((((((....))).))))))....((((....(((((((......((((((.....))))))....)))))))....)))).......(((.........((((((.(((..((((((.....................))))))......)))..............)))))).........)))))).)))).)))))....))))).(((((....))))).....)))).......))))..)))).......((((((.((((((((........)))))))).(((....))).))))).).(((((((...(((.(((....))).....(((.....))).((((((.......((((.....)))).((((((.((((..(((((((...((((..((.((((((.((...........))))))))))....))))...))))))))))).))))))..))))))....((.(((((.(((((....)))))..))))))).....)))...)))))))(((((....).)))).....(((((...)))))............[[[[[[[[[[[[...[[[..[[[[...)))))...]]]]..]]](((((.(((((((.((((.(((..................))))............))).))))))).))))).......................((((((.(((.....)))))))))........]]]]]]]]]].]]....)))))))).)))).))).((((.(((((..((((....................))))..)))))...))))..(((...................)))............)))))))))))) |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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