|
|
|
CACCAGGUUGAUUCUGCCUGUUAUAUGUACUAGUGUCGAAGAUUUAGCCAUGCAUGCUUUACGAAUUCACAAGAAGAAGUGGCGGACAGCUCAGUAAUACAGUUAUAAUAUACUCUCUACUAAAGGAUAACCGCGGUAAGCUGCGGGUAAAACUUCAAGCUAUGUGUUUCAUGAAAGAAUUUAUAGUUCAGAGUGUUAGUUUCUGGCCUAUUAGUUAGUAGGUAAUGUAAGGGAUUACCUAGACUAUUAUGGGUAACGGGAGAUGAAUGUCUGAUACCGGAGAGGAAGCCUUAGAAACCGCUUUCACGUCCAAGGAUGGCAGCAGGCGCGAAACUUACCCAAUCGUUUUUUAAGACGGAGGUAGUUAUGACACAUGUGAAUUAUUCACGAGGAAGAUCAAUAAAUCAGAUUUUUUUUACUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAGUAGUGCAUAUACAUGCUGUAGUUAGAAAGUUUGUAGCCGUAUAAGCUUGAAUCAGAGGAAAGGAGGACUCUUAAGGUAAACUUUAACUCUGGUCAAUGCUUAUAUUCGAAGCGGAUGGAGGCACUUGUAUUCAAUAGCGAGAGGUAAAAUUUGAUGACCUAUUGAGGACAAUCAGUAGCGAAAGCGAGUGUCUAGUACGCGUUUGAGGGUCAAGAACGUUAGCCGGAGGAUCGAAGAUGAUUAGAUACCGUUGUAGUUCCGGCCGUAAACCAUGCCUACUUGCCUUGUACAUAGUAUGAAGCAUAGAGAAAUUAAGAGUUUUUGGGCUCUAGGGAUAGUAAUCCGGCAACGGACAAACUUAAAGAAAUUGGCGGAAGGACACCACAAGGAGUGGAUUGUGCGGCUCAACUUGACUCAACACGGGAAAUCUUACCAGGGUCUGUAUAUGUGAGACUGUCCCAUUUAUGGUGGUACACGAUAAUAUACUGAGUGGUGCAUGGCCGUUUUCAACACGUGGGGUGACCUGUCAGGUUUAUUCCGGUAACGUGUGAGGUCACAGUAUUAAUAAGUAUUUUAAUAGACAGCUAAUGGUAAAUUAGAGGAAGUGUGACGAUAACAGGUCAGUGAUGCCCUUAGAUACCCUGGGCUGCACGCGCAAUACAUUGAGUAAGUCAUUUACAAUAGUAAUUUUGAAACUUACUCGCUACUGGGAUCAUCCUUUGUAAUUGGGAUGUGAACGUGGAAUUCCUAGUAAUCGUAGCUCACUAAGUUACGAUGAAUGUGUCCCUGUUCUUUGCACACACCGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGGAUGUUGAUAUGAAAUUGCUGCUUGAAUGUGAGGUACUUGAGUAUUAACAACUAGAUAAGAUAUAAGUCGUAACAAGGCUGCUAUAGAAGAAUCUGUGGCAAGAUCAUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((..(((...(((....)))...)))))......(((......((((((((..((...(((((...((((....(((((((....))))))).....))))...((((((((((.......))))))))))...)))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).......(((...((((((....)))))).)))..)).))))))..(((((...))))).(((((((((.........)))))))))..(((((((((....{{{{.....{{.)))}}.......}}}})))))).)))))))))).......(((((.....((((...(((.(((((((....((((((....(((...(((.....)))...)))....))))))....)))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.((((((((((...))))))))))..<<..))>>....>>>....>>>.))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((...(((((......((((((((((...))))))))))....)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....))).((((......))))...))))))....((((..((((((.((...))))))))..((((((((.....))))))))....))))...)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...((((((((((.((((....))))...)))..)))))))......(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((((((((((((((........))))))))))))))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......(((((..(((((((((..(((((.((((.((((((...((((((((((((..((...(((....)))...))))).....((((((((.....(((((((...(((.((((.....(((..((((((((..(((((........((((..((((((...(((......)))..))))))(((((...(((.(((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))))).)))...)))))....))))..(((((..........)))))..((((....))))))))).(((((.(.((((.(((..((((((....)))))).(((((..........((((((...))))))..(((((((.........))))))).)))))...))).)))).).)))))....))))))))...))).(((.((((((((....))).))))).))))))).))))))))))..(((((((((((.((((((..((((...(((.....)))...))))..)))))))))).))))))).((((((((.....((((((((((.(((..((.(....).))............(((((((......))))))).))).))))))))))....))).)))))((((((((......(((((.(.((((.............((((.((((.(((((..((((..((.((.((..(((((.(..(((...)))..).))).))........((((((....)))))).)).)).))..((((....)))).................))))..))).)).)))).).))))))).).)))))...)))))))).....((((..(((((((((...))).....))))))...))))..((((.(((...))).))))..)))))))).))))))))).)))))).)))).....(((((((..((.(((.........))).))..)))))))..........))))).......(((..(((((.....))))).((..(((((.(((.((((((...(((..((((...........))))..))).....(((((((((((((((((.((((....))))...)))..)))))))..((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....))))))))).))))))).))))))..)))))))).))....)))..(((((.(..(((.(((((((((..((.((((((......))..)))).))..))))))))).)))..).)))))......))))).)))).((((((((....))))))))..)))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((..((((((((.....(((..((((....((((((((((..((((((((.......(((((...((((((((.....(((((.......(((((((.((....(((((((..(((..((((((((..(((((.((((.........((((((...(((......)))..))))))(((((...(((.(((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))))).)))...)))))))))(((..((((((..........))))))...))).......))))).(((((...((((.(((..((((((....)))))).(((((..........((((((...))))))..(((((((.........))))))).)))))...))).))))...)))))....))))))))...))).....((((((((....))).)))))))).))))..))))))))).((((((((((((.((((((..(((....(((.....)))...)))...)))))))))).)))))))).....(((.....((((((((((..((((................))))....(((((((......))))))).....))))))))))....)))..)))))(((.....(((...((((((.(((((....)))))...(((....)))..)))))))))..))).)))).))))..)))))........))))))))..........((((((....))))))..(((((((..((((....)))).............((.(((((.((((..((((....(((((..(((((((((((..((((((......((((..((((((..............))))))...))))......)))......)))...(((.(((((.((((((((((((((.((.((((((((((((((((...))).)))))))....)))))))).((((((.((((((........)))))).....((((.......))))......))))))...))).))))).)).))))))))))))...)))))))))))...........((((((((((..(((....)))....)))..))))))).))))).....((((((........)))))).....))))...))))....(((((((((.....)))))))))...(((((...........)))))..))))).)).)))))))...)))).(((((((((.....((((............)))).....))))))))).))))))..))))..)))..))))).))).((((((((....))))))))..)))))... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.((((((((......(((.(((..(((..(((.((((....)))).))))))................(((((((..((.(.(((((...(((((((..((((((....))))))...)))))))..(((((((((.((......)))))))))))..))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..((((((((....))))...))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((......))))).))))))).))))))..((((((.))))))..(((((((((.......)))))))))...((((((.......(((((.....(.......)....))))))))))).)))))))))).....(((((......(((((...(((((((((((..((((((((((...((((.(((.....)))...)))).))))))))))..)))))))...((((((.....(((((((((((((((((((((((((......))))...)))))))))))))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.(((((((((...)))))))))...((....))....)...)))))).)))))...((..(((((....)))))...))................((((((.....((((((..((((((((........((........))..........(((((((...((((........(((.((((.....)))).)))......))))...((.(((...((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((......)))))))..((.(((((.....))))).))...)))))..))))).))))).....))))).....)))))))......)))))))).....((((((((....(((....)))........))))))))...........(((((..........)))))..........))))))....((((((((.......))))))))...........))))))...............(...((((.(((..(((((((((((((..((((((((((......))))))))))..)))))))))))))..))).))))....)..........(((((((((....)))))))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))............((((.((((((...(((((((((.((..((...(((....)))...))...((((((((((...((((((............................((((((....))))))............((((((.((((.......)))).)))))).(((...........((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))...........))).....((((.((((((..........)))))).).)))......(((.((.(((((...((((.(((..((((((....)))))).................((((.....)))).(((((((((.........))))))))).......))).))))...))))).)).)))............(((.((((.............)))).)))................(((((((((((.(((((((.((((....(((....).))...))))..)))))))))).))))))))((((((((.((..((((((((((.(((...........(.............).((((((......))))))..))).)))))))))).)).))).)))))((((((((.......((((((.((((...........))).).........)))))).................(((.((((((...)))))).)))...........((((((....))))))...........((((....)))).............................((.......))...............)))))))).......................))))))...)))).)))))).............................))..))))))))).)))))).)))).....(((((((..((.(((.........))).))..)))))))...........................((((.......)))).((..(((((...(.((((((...(((..((((...........))))..))).......(((((((((((((((.((((....))))...))..))))))))).((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....)))))))))..))))...)))))).)...))))).)).........(((((....(((.(((((((((..((.((((............)))).))..))))))))).)))....)))))...(((.......)))(((((((((....)))))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((((((..(((((...(.....(((.(((..(((..((...(((....)))...))))).............................(((((.....(((.....((((((....))))))......)))...((((((.((((.......)))).))))))(((((.........)))))(((((.((((..((((((((.......))))))))))))...)))))...(((.....((...)).....))))))))(((((..........)))))..((((....))))...)))))).)..((((.(((...(((((......))))).)))))))..)))))..(((((...)))))...(((((((.........))))))).(.(((((((.......((((.....((....)).......)))))))))))))))))))))((((.............((((...(((((((((((.(..(((((((.((((......((....))....))))..)))))))..).)))))))).....(((.((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..)).......((....)).))))))).)).))).......)))...))))....((((((....(...((((.........))))...).)))))).......))))......(((.((((((...)))))).)))..((....)).((((((....))))))..((.......((((....)))).....))........(((((.(((((((..((..((((((.((((((((((.......((..............))...((((((......(((((.(...(((.(((((...))))).)))...).)))))(((((.((((..((((((((.(..(((((((((....)))....((......))....))))))..)((((((..(((((........)))))...(..(((((.....)))))..)...))))))...))).)))...).))))))))))...))))))...)).)))))))).)...((((((((((................)))..))))))).....((....((((((........))))))....))....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....(..((.(..(((((.(..(((.(((((((((..((.((((............)))).))..))))))))).)))..).)))))...).))...).....(((((((((....)))))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))........(((.((((.((((((...((((((((((((((((...(((....)))...)))..(((((((((((..((((((..........(..........((.....((((((....))))))......))...(((((((.((((.......)))).)))))))((((..((..((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))).)))..)).))))...((((((.((((((..........)))))).).)))..))..(((.((.(((((...((((.(((..((((((....)))))).................(((((...)))))((((((((((.........))))))))))......))).))))...))))).)).)))........((.((((.((((((((....))).))))).)))).))............(((((((((((.(((((((.((((....(((....).))...))))..)))))))))).))))))))((((((((.((..((((((((((.(((....((....(((...........)))((((((......))))))))))).)))))))))).)).))).)))))((((((((.......(((((((((((...........))).))........))))))(((..............(((.((((((...)))))).)))...........((((((....))))))...........((((....))))............................((((.....)))).....)))......)))))))).....................).)))))).).)))).))))))(((.....))).................)))).))))))))).)))))).))))..)).(((((((..((.(((.((....))))).))..)))))))..)(((((........)))))......(((((.....))))).((..(((((.(((.((((((...(((..((((...(.....).))))..))).....(((((((((((((((((.((((....))))...))..))))))))).((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....)))))))))..)))))).)))))).)).)))))).)).........(((((....(((.(((((((((..((.((((..((......)))))).))..))))))))).)))....)))))...(((.......)))(((((((((....)))))))))......... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((...((((((((......(((.(((..(((..((((((........)))))))))................(((((((..((.(.((((((..((((((...((((((....))))))....)))))).(((((((.((.(........)).)))))))))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..((((((((....)))...)))))....((((((((......))))))))..((((...))))...)))))).......(((((...(((((......))))).))))))))...)))))(((((...))))).(.((((((((........)))))))))..((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))))))))))).......((((((......(((((...((((((((((((.(.((((((((...((((((((.....)))))))))...)))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((..((((((((((((.(..))))))).))))))((.....).)..)))))))).))).((((.(((((....)))))..)))).........((((((((((((..((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((...((((........(((.((((.....)))).)))......))))...((.(((..(.(((((((((..((((((.((....))...((((......))))..)))))).....(((.(((((((.(....).))))))..)(.(((((.....))))).).....)))...))))).)))).....)))))).....)))))))...)).)))))))).....(((((((.((.((((....))))...))...))))))).......(...((((((........))))))....).....)))))).)).((((((((.......))))))))...........)))))))........)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..((((((((((.....))).)))))))..)))))))))))))..))).))))..).)).........(((((((((....)))))))))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))............((((.((((((...((((((((((((.......(((....))).....))).....((((((((((((((.(((...)))((((((......(((((.((((((....)))))).....((((..(((((((...(((......)))..)))))))..)))).....(((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))))).....)))))......))))))...(((((.....(((((((...(((....)))(((.((((((....((((.(((...((((((....)))))).)))))))...(((((((((.......(((((((((((((.........)))))))))).......(((....(((....)))..))).....................)))....)))))).))).........)))))).)))((((((((((((.((((((..((((...(((.....)))...))))..)))))))))).))))))))..)))))))...)))))..))))))......((((((((((........(((((((((((......))))).....(((((..(((.....))))))))..))))))...(((...((((((((((((....)))))...(((....))).))))))))))......))))).))))).((((((...))))))...............((((((....)))))).((((((((..((((....))))....((((.(((..((((...((((...((((.....)))).(((((....(((...))).....)))))....)))).))))..))).......))))))))))))..((((.(((...))).))))..)))))))).))))))))).)))))).))))((((.(((((((.....[[[[[[[.............)))))))((((((....))))))..]]]]]]]..(((((.....))))).....(((((.....((((((...(((..((((...........))))..))).....(((((((((((((((...((((....)))).......))))))))..((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....))))))))).))))))).)))))).....))))).))))(((((..[[[[[[.))))).(((((((((.....((((............)))).....)))))))))..]]]]]].(((....)))..........(((((((((....)))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..((((...(((.((((((...(((((.((((.((((((...((((((((((((..((...(((....)))...))))).....((((((((.................((((((...........((((((....))))))......(((((.((((((((.(((......)))......(((((((...(((.(((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))))).)))...))))).)).(((..((((((..........))))))...)))......(((((.((((.((.((((.(((...((((((....)))))).))))))).)).....((((((...)))))).((((((((.........))))))))(((((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))).((((....))))....((((.((...)).)))).((((((((((((.((((((..((((...(((.....)))...))))..)))))))))).))))))))((((((((.....((((((((((.(((....((.....)).............(((((((......))))))).))).))))))))))....))).))))).((((..((((..((((.((..((((......)))).....))))))..)))).)))).........)))).).))))...)))))))).)))))..)))))).....((((((....)))))).((((((((..((((....)))).................(((.((...(((........)))..)).)))..((((((..(((((.....(((...))).....))))).)).....))))))))))))..((((.(((...))).))))..)))))))).))))))))).)))))).)))).....(((((((..((.(((.........))).))..)))))))..........)))))..)))))).)))(((((.....))))).((..(((((.(((.((((((...(((..((((...........))))..))).....((((((.((((((((((.((((....))))...)))..)))))))..((((((((.((((((........))))))............)))))))).((((((((.....))))))))...)))))).))))))..)))))))).))..(((((.........))))).(((((((((..((.((((((......))..)))).))..))))))))).........(((....))).))))..)).(((((((((....)))))))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))............((((.((((((...((((((((((((.....................((..((((((((((aa.((((((............................((((((....))))))......((....(((((...................))))).{{{)).......((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..))))).........}}}..........((((((..........))))))...........(((((.(((((........((((...(((((......))))).))))............((((.....)))).(((((((((.........))))))))).<<<<<<<.....))))).)))))...(((((...........>>>>>>>...........................(((((.....(((((((((((.(((((((...(((...((.......))...)))...)))))))))).)))))))).....(((.....((((((((....(((((((.....................)))))))............((....))))))))))....)))......bbbbbbbb.......(((((................................))))).................(((.((((((...)))))).)))...........((((((....))))))...........((((....))))))))).........................................)))))....BBBBBBBB.......................))))))...)))).)))))))).......................AA..))).))))))))).)))))).))))..((([[[[)))............................]]]].............................((.......)).......(((((.....((((((...(((..((((...........))))..)))........((..((((((((((.((((....))))...))..))))))))..((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....)))))))))...))....)))))).....)))))......((....(((((....(((.(((((((((..((.((((............)))).))..))))))))).)))....))))).....))..........((((((((....)))))))).......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((((((..((...(((...((((.((((((.........((.((((...(((((((((((....))))))))).))......((.........(((((...(((.((......((((((((.((((((....)))))).).))))))).......(.((.(((....))))).)..........)).)))))).))..((((((((((..((((((((.(...).)))))))))))..)))))))...((((((((....)))...)))))))..((((((((......))))))))..(((....)))...)))))).........((((...(((((......))))).))))))))))......((((.....))))..((((((((((.....))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))))))..)..................((((.(.((((.(((((((.((.(((((((.(.((((((((.....)))))))))).)))).))))..)))))))..(.((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).)))........(....)..)))))))....))).)))).)))).).))))...((((((((.(((...((((.........)))))).))))))))).....(((((((((((.(((((((.......)))))))....(....).....)...))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...........(((((.(((.....))).((((((((.((....(((........)))..)).....(((((((...((((.(...(..(((.(((((...))))).))))..)..))))...((.(((((.(((((((((((..(((((.((....)).(.((((......))))).)))))...(.((((..((((((((...).)))))))..((.(((((.....))))).))....))))))))))).)))))))...))))).....)))))))......))))))))....(((((((((((((.((....))..)))).)..))))))))..........((((((........))))))..............(((...(((((((((.....)))))))))...))).....)))))....................((((((....(((((((((((((..((((((((((...).))..)))))))..)))))))))))))..))..))))..))))......))..((((((((....)))))))).))))))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((..(((((((((.....(((((((.((((((...(((((((((((((.......((((........)))).((((((((((...((((((.(((((...(((.(((......(((..(((((((....(.((.(........)...((((((.(.(((......)))).)))))).((((...(((.(((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))))).)))...)))).....(((..((((((..........))))))...)))......((((.(((((....(((.((((...((((((....)))))).))))))).........(((((...))))).(((((((((.........))))))))).............))))).)))).)).))))))))...))).(((.((((((((....))).))))).))).))).))))))))...((((((((((((.((((((..((((...(((.....)))...))))..)))))))))).)))))))).(((((((.....((((((((((.(((.....(.....)..............(((((((......))))))).))).))))))))))....))).)))).((((((((......(((((..(((((...........))).))...((..((((.(((..........((....(((.((((((...)))))).)))...........((((((....)))))).))........((((....))))................)))))))..)).((((.....))))......)))))...))))))))......(.........)......))))))...)))).))))))...((((.(((...))).))))......)))).))))))))).)))))).)))).))).(((((((..((.(((.........))).))..)))))))..((((((........)))))).....(((((.....))))).((..(((((.(((.((((((...(((..((((...........))))..))).....((((((.((((((((((.((((....))))...))..))))))))..((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....)))))))))..)))))).))))))..)))))))).))..(((((.........))))).(((((((((..((.((((((......))..)))).))..)))))))))...................))))).)))).((((((((....))))))))..)))))... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).((((((((((.((((((((......(((.(((.......((..(((......)))..)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..(((((..())))))...............)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).))))..(((((.((....))....)))))))).(((((.............))))).((((...)))))).)))))).......(((((...(((((..))))).)))))).)))))))......((((((.)))))).((((((((((.......))))))))))..((...(.......((((((...((((...))))..))))))))).)))))))))).........((((......(((((.(.((((((((((((..((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))...))))))))...((((((.....((((((((((.(((((((.((.(((......)))....)).))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..)))).).)))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((...((..(((...(((......))))))..)).(....)....))))).)))).(((((((.(((((....)))))..))))...((...(((((.(((((((..((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...((((........(((.((((.....)))).)))......))))......((.((((((((((((...((((((.((....))...((((......))))..)))))).....((..((.((((..(.)...))))))..((.(((((.....))))).)).....))....)))).))))....)))).)).....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.(((..((...))....)))....)))))))...........(((..((........)))))..........)))))).))..(((((((.......)))))))............)))))))))).))..)).)))....((((((..(((((((..((((((..(((((((............)))))))..)))))))))))))..)))..)))............((((((((((((....))))))))).....))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(...).))))))((((((((((.(((((((((.....(((.(((..(((..(((..(((....)))..)))))).....((((.......(((((((..((...(((((...(((((((..((((((....))))))..).))))))..(((((((((.((......)))))))))))..)))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..((((((((....))))...))))))).(((((((((...)).))))))).((((....)))).).)))))).)....((.(((...(((((......))))).))))))).))))))..((((((.))))))..(((((((((.......)))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......(((......(((((...(((((((((((..(((((((((....((((.(((.....)))...))))..)))))))))..)))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).))).(....)((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((...(...((((....(...)))))...))))))))).........(((((((.(((((((((...)))))))))...((....))....)...)))))).))).....(((.(((((....)))))..)))....((....((((((((((((..((.(((((((.((((((((((......((........)).(....(...(((((((...((((((......(((.((((.....)))).)))...)).))))...((.(((((.(((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((......)))))))..((.(((((.....))))).))...))))).)))))).)))))))...))))).....))))))))).)).)))))))).)...(((((((.....(((....))).........)))))))......(....(((((..........)))))....).....)))))).((((((((((((.....)))))))))...)))))...)))))))((....)))))))((.(.((((((((..(((((((((((((..((((((((..........))))))))..)))))))))))))..))))))))..).)).........(((((((((....)))))))))......)). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(...).))))))((((((((((.(((((((((.....(((.(((..(((..(((..(((....)))..)))))).....((((.......(((((((..((...(((((...(((((((..((((((....))))))..).))))))..(((((((((.((......)))))))))))..)))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..((((((((....))))...))))))).(((((((((...)).))))))).((((....)))).).)))))).)....((.(((...(((((......))))).))))))).))))))..((((((.))))))..(((((((((.......)))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))))))))))......((((......(((((...(((((((((((..(((((((((....((((.(((.....)))...))))..)))))))))..)))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).))).(....)((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((...(...((((....(...)))))...))))))))).........(((((((.(((((((((...)))))))))...((....))....)...)))))).))))....(((.(((((....)))))..)))....((....((((((((((((..((.(((((((.((((((((((.....(((........))).....(...(((((((...((((((......(((.((((.....)))).)))...).)))))...((.(((((.(((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((......)))))))..((.(((((.....))))).))...))))).)))))).)))))))...))))).....))))))))..)).)))))))).)...(((((((.....(((....))).........)))))))......(....(((((..........)))))....).....)))))).(((((((((((.......))))))))...)))))...)))))))((....)))))))((.(.((((((((..(((((((((((((..((((((((..........))))))))..)))))))))))))..))))))))..).)).........(((((((((....)))))))))......)). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((........(((.((((((...(((((.((((.((((((...((((((((((((..((...(((....)))...))))).....((((((((.................((((((...........((((((....))))))......(((((.((((((((.....((((............(((((.((((.((((((.(((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))....)))))).)))))))))..((.....))..(((((.....(((((((...(((....)))(((.((((((....(((.((((...((((((....)))))).)))))))...(((((((((...(((.(((.(((((((((.........)))))))))((((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))).))))))))).))).........)))))).))).((((((((((.(((((((..((((...(((.....)))...))))..)))))))))).)))))))...)))))))...))))).......))))...((((((((((........(((((((((((......))))).((....))..((((.....))))......))))))...(((...((((((.((((......))))...(((....)))..)))))))))......))))).)))))....)))))))).)))))..)))))).....((((((....)))))).((((((((..((((....))))((.......(((..((((...((((...((.....((((.(((((.......))).)).))))......))...)))).))))..))).......))..))))))))..((((.(((...))).))))..)))))))).))))))))).)))))).)))).....(((((((..((.(((.........))).))..)))))))..........)))))..)))))).)))[[[[))))...]]]].((..(((((.(((.((((((...(((..((((...........))))..))).....(((((((((((((((((.((((....))))...)))..)))))))..((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....))))))))).))))))).))))))..)))))))).))..(((((..{{{{{{.)))))..((((((((..((.((((((......))..)))).))..))))))))...}}}}}}.(((...((((.......))))((((((((....))))))))...))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.((((((((((.....(((((((.((((((...(((((((((((((......(((....)))........((((((((((<<<((((((((((((...(((.((((.....((((.((((((((....(((..............((((((.((.((......)))).))))))(((((..((((.(((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))))).))).).)))))....(((..((((((..........))))))...)))......((((.(((((....(((.((((...((((((....)))))).)))))))........((((((...))))))(((((((((.........))))))))).............))))).)))).))))))))))).).))).(((.((((((((....))).))))).))))))).)))))))))..((((((((((((.((((((..((((...(((.....)))...))))..)))))))))).))))))))((((((((.....((((((((((.(((........(((......)))......(((((((......))))))).))).))))))))))....))).)))))((((((((....(((((((..(((((...........))).))..(((..(((((.(((.........(((.(((((.((((((...)))))).))).))........((((((....)))))))))........((((....))))...............))))))))..)))((((.....))))......))))).)))))))))).......................))))))...)))).))))))..(((((.(((...))).)))).)>>>.)))).))))))))).)))))).)))).))).(((((((.....(((.((....))))).....)))))))..((((((...{{{{{)))))).....(((((.....))))).....(((((.(((.((((((...(((..((((...........))))..))).....(((((((((((((((...((((....)))).......))))))))).(((((((((((((((.[[[....))))))...]]]....).))))))))(((((((((.....)))))))))..)))))).))))))..)))))))).....(((((.........))))).(((((((((.....((((............)))).....))))))))).........}}}}}.....))))).))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).((((((((((.((((((((......(((.(((.......((..((((....))))..)).((......(((.......(((((((..((...(((((...((((.....((((((....))))))......))))..(((((((((.((......)))))))))))..)))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(........).))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(((((......))))).))))))).))))))..((((((.))))))....(((((((.......))))))).....((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))))))))))....(..(((......(((((.(.(((((((((((...((((((((....((((.(((.....)))...))))..))))))))...)))))))...((((((.....((((((((((.(((((((.((.(((......)))....)).))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..)))).).)))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........((((((..((..(((((...)))))..))...((....))........)))))).)))..).((((.(((((....)))))..))))....((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...((((........(((.((((.....)))).)))......))))......((.((((((((((((...((((((.((....))...((((......))))..)))))).....(((..(((((((......)))))))..((.(((((.....))))).))....)))....)))).))))....)))).)).....)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((....))..........)))))))...........(((((..........)))))..........)))))).))..(((((((.......)))))))............)))))))((....)))))))..)).((((.(((..(((((((((((((..((((((((((......))))))))))..)))))))))))))..))).))))...........(((((((((((((....))))))))).....)))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((..(((((((((..(((((.((((.((((((...((((((((((((..((...(((....)))...))))).....((((((((....(((........)))..((((((..(((..((((((((..(((((........((((..((((((...(((......)))..))))))(((((.((((.((((((.(((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))....)))))).)))))))))....)))).((((((..........)))))).((((....))))))))).(((((.(.((((.(((..((((((....)))))).(((((..........(((((.....)))))..(((((((.........))))))).)))))...))).)))).).)))))....))))))))...))).....((((..((((((((((.(((.(.((.(((...(((((....((((((((((((.((((((..((((...(((.....)))...))))..)))))))))).))))))))((((((((.....((((((((((.(((..((.(....).))............(((((((......))))))).))).))))))))))....))).)))))((((((((....(.(((((.(.((((.............((((.((((.(((((..((((..((.((.((..(((((.(..(((...)))..).))).))........((((((....)))))).)).)).))..((((....)))).................))))..))).)).)))).).))))))).).))))).).))))))))...)))))...))).)).).))).))))))))))..)))).........))))))............)))))))).))))))))).)))))).)))).....(((((((..((.(((.........))).))..)))))))..........))))).......(((..(((((.....))))).((..(((((.(((.((((((...(((..((((...........))))..))).....(((((((((((((((((.((((....))))...)))..)))))))..((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....))))))))).))))))).))))))..)))))))).))....)))..(((((.(..(((.(((((((((..((.((((((......))..)))).))..))))))))).)))..).)))))......))))).)))).((((((((....))))))))..)))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((....(.(.(.....((((.........(.....(........(....(.(...............................................................................................................................(.........)).)......).........(.....(.......(..(((.(.....)..)))..)....(((......)))..(.(......).)...........)..)(................).....(..(......)...)........(((........))).............).)....(....).......(((......)))........(......).(.......((((.(...((.(...).))..).)))))...))))........)....).)...((.....((((...(((.((.((((....(((((((.............................)))))))....)))).))...((((((.....(((((((.((.((((((((...(((......)))......))))))))....)).....((....)).)))))))....))).)))...)))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).((...(.(((((((.(.((.((((((...)))))).))...............).)...))))(((...(..(((..((((....))))...))))..))).((.(((((.((((((.....(((((((.(((((((((.(....(((........)))..).).(..(((((((...(((.........(((.(((((...))))).))).....)))......(.((((...(((((((.(..((((((..........(.(.((......)).)).))))))....(.......(....(.(...))....).....(((((.....)))))..........)..).))).)))).....)))))......)))))))...)..))))))))....)(((((((......((....))..........))))))).....(.(...(((((..........)))))......).).)))))).((.((((((((.......))))))))....)).....)))))).........))))).))...(.(.....(....(......((..(...(((.(.(..)...).)))...)..))....)....).....).).....)).)..)).))..(((((((((....))))))))).)))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((...(((.(((((........((((.((((((...(((((((((((...((...(((....)))...)).)).....((((((((............................(((..((((((((..(((((.((((.........((((((...(((......)))..))))))(((((.......(((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))))).......)))))))))((((.((((((..........)))))).).))).......))))).(((((.(.((((.(((..((((((....)))))).((((............(((((...)))))..((((((((.........)))))))).))))...))).)))).).)))))....))))))))...)))............(((((((((..((.(.((.(((...(..((....(((((((((((.(((((((..((((...(((.....)))...))))..)))))))))).))))))))((((((((.....((((((((((.(((..((.(....).))............(((((((......))))))).))).))))))))))....))).)))))((((((((......(((((.(.((((..................((((.(((((..((((..............(((.(..(((...)))..).)))...........(((((......)))))...........((((....)))).................))))..))).)).))))......)))).).)))))...))))))))...))..)...))).)).).))..)))))))))..................................)))))))).))))))))).)))))).)))).....(((((((..((.((...........)).))..)))))))...........................................((..(((((.(((.((((((...(((..((((...........))))..)))............(((((((((..((((....))))....)..))))))))..((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....))))))))).........))))))..)))))))).))..................(((.(((((((((..((.((((............)))).))..))))))))).)))...............)))))..)))(((((((((....)))))))))..))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((..(((((((((..((((..((((.((((((...((((((((((((..((...(((....)))...))))).....((((((((.....(((((((...(((.((((.....(((..((((((((..(((((.((((.........((((((...(((......)))..))))))(((((...(((..((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))))..)))...))))))))).....((((((..........)))))).((((....))))))))).(((((...((((.(((..((((((....)))))).(((((...........(((((...)))))...(((((((.........))))))).)))))...))).))))...)))))....))))))))...))).(((.((((((((....))).))))).))))))).)))))))))).((((((((((((.((((((..((((...(((.....)))...))))..)))))))))).))))))))((((((((.....(((((((((..(((....((.....)).............(((((((......))))))).)))..)))))))))....))).)))))((((((((......(((((..(((((...........))).))..(((..(((((.(((....((....((...(((.(..(((...)))..).)))...))......(((((......))))).))...(((..((((....))))...))).........))))))))..)))((((.....))))......)))))...)))))))).....((((..(((((((((...))).....))))))...))))..((((.(((...))).))))..)))))))).))))))))).)))))).)))).....(((((((..((.(((.........))).))..))))))).))))......((((((((.(((....(((((.....))))).((..(((((.(((.((((((...(((..((((...........))))..))).....(((((((((((((((((.((((....))))...)))..)))))))..((((((((.((((((........))))))............)))))))).((((((((.....))))))))..))))))).))))))..)))))))).))..(((((.........))))).(((((((((..((.((((((......))..)))).))..))))))))).)))..)))))))).....)))))).))).((((((((....))))))))..)))))... |
