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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01344



RNA: CRW_01344
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((.(((.......)))))......(((......((((((((..((...(((((((...((....((((((....)))).)).....)))))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((....))).)))).)).))))))...........(((((.........)))))......(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((.....((((...(((..............((((((.....))))))...............(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((((((((....)))))))))..<<..))>>...>>>....>>>.))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((...(((.(((............))))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....))).((((......))))..)))))).....((((....((((((((....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...((((.......((.....))......))))....(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((((((((....(((.((((((((....(((((((..((((((.(((((((......)))).((.....)).....)))))).)))..)))))))))))).)))......((((....))))..))).....)))))))))..(((....(((..(((.(...((((((((.......))))))))...).)))..)))..((((.......(((.....))).....((((((..........))))))..(((....)))(((.((.(((((.(((.((((((.((((((((((((.((..(((((...)))))......)).)))))))))))).(((......)))...)))))).))).))))).)).))).(((.....))).......(.(((((((..(.....(((((((........(((...(((((......(((....(((((.....)))))....))).)))))...)))..(((((.((.(((((((.((((((((.(.....((......))...)))))))))..((((((...((....)).((.(((((((.(((.(((((((.((..((.(....))).)).))))))).)))......((((((.((((((((..((((.....((((.....(((((((((....)))))))))........(((((((((....)))))))))...))))((((....)))).............))))..)))))))).((((.....))))((((((((((.................(((....))).(((((((...((((((((......)))))...)))..(((.(((.....(((.(((((......((..(((.((((..((((.....(((.((.(((......))))).))).((((((....))))))..))))..)))).)))..))..))))))))))))))....)))))))...)).))))))))......)).)))).........))))))).))))))))....))))))).))....((.((((((.....(((....))).....)))))).)).........))))).........))))))))..)))))))).))))....(((((.(..(((((((((..((..(((((....)))))..))..)))))))))..).)))))...))).))))..)))(((...(((....)))...)))........)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((...............((((((........(((.(((.((((((((......))))((..((((((((.....(((((.....((((((((((((.....................)))))......))))....)))..)))))...((((.(((..((((((((.......)))))))))))..(((.(((...((((...((((((((.(((((((......((((((((((.....(((((.(((((.....((((....(((((...((((((((.((((((((((((.....((((...........))))...)))))))))))).(((......)))...)))))).))..)))))....)))).(((..(((((((((((...((.((((((.(((((..((((..(.....((((............)))).....)...))))..))))).)).))))))..)))))..(((.(((.((((((((((..(((((((.....................)))))))..)))).((.........))..))))))))).)))..)))))))))..)))))...((((((((((((...(((....)))..))..))).))))))).................(((((((((....))))))))))))))...)))))).)))).((((((((....(((...(((((..((((...(((.......)))....((((((((((((.....))))..)))..)))))......))))...)))))...)))..)))))))).....(((((((...........)))))))..))))))).(((((((............)))))))..))))))))...(((.....(((....((((((.....((((((....)))))).))))))....)))..)))...))))....))).)))))))..))))))))..))........))))))))))......)))))).....((((((..(((((..((((((((....))))))))......(((....))).....((((((((..((...((((.........))))..)).....))))))))...)))))..(((((......(((((((..((..(((((....)))))..))..)))))))......)))))....(((((((...)))))))..)))..)))....)))))))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((((((..........(..((((((.............................)))))).....)...............................(((.......)))....................)))))))))......................((((((((.......))))))))...((((((((..........................((((.((((((..........)))))).).))).....((((.((.(((((.(((.((((((.((((((((((((.((.....................)).))))))))))))..(........)....)))))).))).))))).)).))))(((.....))).(((((..........((.(((((...(((........((((............)))).........)))...))))).)).........)))))..(((.(..(((((((((((.((((((((.....................)))))))).)))................)))))))).).))).....................((((..(((((...........)))))..))))..............(((((..(..(.(((((((((....))))))))).)..)..))))).((((.(.((((((((....(((...(((((..((((..(((((((.............((....((((.....))))........))))))))).))))...)))))...)))..))))))))..).))))...........................................................(((((......)))))......................((((((....))))))......................................................................................((((....(((........((((((((....)))))))).....)))...))))......(((((((........((((.........))))..........)))))))...)))))))).((.....(((((((((..((..(((((....)))))..))..))))))))).....)).......((((.......))))...((....))................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......)))))............(((((.(((.....(((.(((..(((((........)))))......(((.......(((((.(..((...((((.((((((.....)))))...........(....)...).))))..))).)))))((((....(((..((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....)))))...)))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((....))).)))).))..))))))))....(..(((((((.......((((........((((((.......((((.....((....)).......))))))))))....(((..(....((((((.(((((.....((((...(((((.(((..(((..((((.........))))....)))............(((.(((.((((((.((..((((((((...(.(......).)......))))))))..)).......((....))..))))))))).))).))).)))))...))))...))))).))))))...)..)))...............))))........)))))))..)(.(((((((((....))))))))))(((....)))..((((....))))...((.......((((....)))).....))........(((((.(((((((..((..((((((.((((((((((.........(((.....)))........(((((((......(((((......)))))........(((.((((..((((((..(....((....))....)..)))))......((((.....(((......((((.....((((((....)))))).....))))..)))......))))....))))))))....)))))))...)).)))))))).)...............................(((........((((((((....)))))))).....)))..)))))......((........))................))...)))))))))).))....(..((.(..(((((.(..(((((((((..((..(((((....)))))..))..)))))))))..).)))))...).))...)....((((.(.((......)).).))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((.(((((((((..(......((((((((((..((((..(.(((())))....)..))))))))))...)))).(((.....)))..............((((((((.....))))..........))))...)..)))))))))..)))............(((..((((((((.......)))))))))))((((((((.......(................((((((.((((((..........)))))).).)))..)).((((.((.(((((.(((.((((((.((((((((((((.((.(((............)))..)).)))))))))))).(((......)))...)))))).))).))))).)).))))((((...))))((((((.....(((..((.(((((..((((........((((............)))).........))))..))))).)).))).....)))))..(((.((.(((((((((((.(((((((((....(.........)..)..)))))))).)))..((.........)).)))))))))).)))..).(...........)....(((((((((((...........))))).........)))))).....(((((..(..(.(((((((((....))))))))).)..)..))))).((((.(.((((((((....(((.(.(((((..((((..(((((((.............(((((.((((.....))))...))..)))))))))).))))...))))).).)))..))))))))..).))))((((...........)))).............(((((((............)))))))((((((......))))))..........((((((...(.((((((....))))))).....))))))..................(((..(((.....)))))).(.................)................(((((....(((........((((((((....)))))))).....)))...))))).....((((((((.((((..((((.........)))).))....))))))))))..)))))))))((((....(((((((((..((..(((((....)))))..))..)))))))))....))))....((((((((...))))))))(((....)))...............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((......[[[[[)))..]]]]].....((((((.((((((((((........(((((.....))))).................(((((...((((.((((((((...........((((....))))))))......)))).))))....)))))(((..((((((..((((((((.......)))))))))))..)))..))).........(((((((.....))).....[[[[[[))))......]]]]]]..(((....)))(((....(((((..(((((((((.((((((((((((.....(((((...))))).........)))))))))))).(((......)))...)))).))))).)))))....))).(((..[[[)))((((...))))...]]].......(((((.........[[[[))))).......]]]]...((((...[[[...))))....]]].....(((....[[[....[[[[[[[[[[[.[[[[[[[[..............)))....]]]]]]]].]]]................]]]]]]]]...]]].((((...........))))((((...[[[[[...))))....]]]]]....((((((((.(((........))).....(((((((((....)))))))))....(((.[[[[[[[[)))...]]]]]]]].((((.(((((.[[[)))))...))))......]]]..)))))))).((((.....)))).......))))))))))..(((.....(((....))).[[[[[[[[[...[[[[.[[[[.....)))...]]]].]]]]......]]]]].]]]].........((((...(((((((......))))))).........((((((.....((((((....)))))).))))))...[[[........)))).....]]](((((.[[[[))))).(((....)))...........]]]].....))))))(((((........[[[[[..((((((((....))))))))...........))))).....((((((((..(((..((((.........)))).))).....))))))))...]]]]]...((((....(((((((((......(((((....)))))......)))))))))....)))).......(((((...)))))(((..[[[[)))..........]]]]..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((((((((.......((((((...)))))).(((((((((((((((((..((.((.(((((..((((.......(((((....((((.((((.((...(((.....((((....))))..))).....)).)))).)))).))))).(((.(((.....((((((((.......)))))))).....))).))).............))))))))).)).))))))))))((..((((((.(((((..(((....)))(((.((.(((((.(((.((((((.((((((((((((..((.(((((...)))))...))....)))))))))))).(((......)))...)))))).))).))))).)).)))((((((.(((..((((...))))..)))(((..((((((.(((((.....((((...(((((.(((..(((....(((((.....)))))....)))............(((....(((((((((((.((((((((.....................)))))))).))).......((....)).))))))))...))).))).)))))...))))...))))).)))))).....))).....))))))....(((...(((........))).))).(((((((((....)))))))))))))).))))))..))....((((((((....(((...(((((..((((.(((.((((.(...(((.((.((((((.((....)).)))).)).))))))))))))).))))...)))))...)))..))))))))....((((.((((...........)))).)))).)))))))))))))))....(((((((.((..(((((((......))))))).((((....(((((((....((((((....))))))..........(((.................)))(((((.....)))))((((..((...........))..)))).....(((.((......))))).........(((((((....))))))).)))))))...)))).......((((((((..(((..((((.........)))).))).....))))))))))))))))).(((((....(((((((((..((..(((((....)))))..))..)))))))))....)))))....(((((((...))))))).(((....)))...)))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((((((......................................................................{{{{{.................................................)))))))))....}}}}}.............((((((((..ccccc))))))))...(((((((.......((..............((((.....((((((..........))))))...........((((.((.(((((.(((.((((((.((((((((((((...........................))))))))))))................)))))).))).))))).)).)))).))))...............(((((((((((.((((((.(((((.....((((...(((((......(((....(((((...aa)))))dd..)))............(((.((.(((((((((((.((((((((.....................)))))))).))).......((....)).)))))))))).))).....)))))...))))...))))).))))))...............((((.((((((((....................(((((((((....))))))))).........(((((((....bb)))))))...<<<..(((([[..))))...................)))))))).((((.....)))).....))))................]]......>>>...(((((BB........((...............)).......................................((((((......))))))....DD.....AA........((((((....)))))).........................................)))))...........................................................((((((((....))))))))...........................................................)))))))))))..)))))))))((((....(((((((((..((..(((((....)))))..))..)))))))))....)))).......((((.....))))..........CCCCC.............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((...((((..((((((((((...)))))).)).))..)))).((((......)))).................(((((.....(((.((((.((...(((.....((((....))))..))).....)).)))).)))..))))).............((((((((.......))))))))....(((((((.....((.................)).......((((....(((((..(((((.((((....))))((.((.(((((.(((.((((((.((((((((((((..(..(((((...)))))......)..)))))))))))).(((......)))...)))))).))).))))).)).)).(((((..(((..((((...))))..))).....((((((.(((((.....((((..............(((....(((((.....)))))....)))(((.((.(((..(((....(((((((((((.((((((((.....................)))))))).))).......((....)).))))))))...))).))).)).)))..))))...))))).))))))..............)))))....(((...(((........))).))).(((((((((....))))))))))))))..)))))...)))).((((((((....(((...(((((..((((.((..................((((((.((((.....))))...))..))))....)).))))...)))))...)))..))))))))....((((.((((...........)))).))))(..((...((((((............)))))).((((((......))))))........(.((((((.....((((((....))))))......)))))))...................((...........))...))...)........((((((.((((.....(((.((......))))).......)))).))))))..((.((((((.....(((....))).....)))))).))......((((.........))))....................))))))).((((....(((((((((..((..(((((....)))))..))..)))))))))....)))).....(((((((...))))))).(((....)))...)))))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..[[[[[[[[[...((((.....(((.(((((...((.(((((.......(((((((((((.........(((((.(((....(((((...((((.((((..((...(((.....((((....))))..))).))..)))).))))....))))).)))...))))).((((((((.......)))))))).........)))))).))))).....))))).))...))))).(((((((((((((((.(((((..(((...(((.(((.((.(((((.(((.((((((.((((((((((((..((.(((((...)))))...))....)))))))))))).(((......)))...)))))).))).))))).)).)))((((((((((..((((...))))..))))....((((((.(((((.....((((...(((((.(((..(((....(((((.....)))))....)))............(((....(((((((((((.((((((((.......((......))....)))))))).))))......((....))..)))))))...))).))).)))))...))))...))))).)))))).............))))))......))).(((........))).)))..((((((((....)))))))).))))).)))))).....))))))))).(((((((...((((....))))...............((((((.((((..((((.....))))((((((((((.................(((....))).(((((((...((((((((......)))))...)))..(((.(((.....((((........)))).((((...((..(((......)))..))...((.((.((((((.....((((((....))))))......))))))))...))..)))).....))))))....)))))))...)).))))))))....)))).(((.....(((..(((((..(((((.((.......((((((((....))))))))......(((....)))......)).)))))..((((....))))........)))))..)))......)))..)))))))))))))......((((((..((..(((((....)))))..))..)))))).))).....))))....((((((...)))))).))))))........]]]]]]]]]...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((..(((((..((((((((((...)))))).)).))..)))))((((......))))....(((..........(((((....((((.((((......(((.....((((....))))..)))........)))).)))).))))).........))).((((((((.bbbb..))))))))...((((((((...............(((.....))).......((((((..((((((.(((((.((((....))))......(((((.(((.((((((.((((((((((((.....(((((...))))).........)))))))))))).(((......)))...)))))).))).))))).......((((((((((..((((...))))..))))....((((((.(((((.....((((..............(((....(((((.....)))))....)))(((....(((..(((.((.(((((((((((.((((((((.....................)))))))).)))................)))))))))).))).)))....)))..))))...))))).)))))).............))))))....(((...(((........))).))).(((((((((....)))))))))))))).)))))))).)))).((((((((....(((...(((((..((((.(((.((.............((((....((((.....))))<<<.<<<.))))))))).))))...)))))...)))..))))))))....((((.((((....{{{{{..)))).)))).(((((.(((((((............)))))))((((((......)))))).......((.((((((.....((((((....))))))......)))))))).......(((.(((..aaa))).)))......AAA)))))>>>.>>>...((((((.((((.....(((.((......))))).......)))).)))))).....((((((.....(((....))).....)))))).....(((([[[[)))).....]]]].....}}}}}..........))))))))((((....(((((((((......(((((....)))))......)))))))))....)))).....(((((((...)))))))..........BBBB)))))))))...
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.(......)))))((....)..)....((((((((((...((.(((((((.((((((((((...(((...))).(((((((.(......).))))..)))((((((.(((.(((((((..)))))))(((((...)))))....((.(((((((((((.((.(....(((((((((.....)))))))))..((((..((((((.((..((........)).((..(..)))(((((.((.......))))))).(((((..)))))......(((((.((((((((((((((((((((((((((.....................))))))))))))))))...............)))))).)))))))))))))))))((..((((((.((((...))))).)))))..).).)))).....))).))))))))))).))..(...(((((..)))))....))))))))))....))))))))))..((..((...))..))((..(((((((..................).))))))..))(((((((......)))).((..))(((((.((....)).)).)))(((((....((((.(((((((((...)))))))))).))).))))))))((........))...)))))((((((((..))))))))))))....))))))))))(((((((.((((.........(((((((....(((((((.....((...((((((((((((.(((((........))))).((((((.(((((..(((((((.((((.((.((((((((((.((((((..(((...........)))...)..))))).))))).)))))......(((((...(((..(((......)))....((((.(..((((((..))..(((((((..)))))))(((....(((......)))...))).))))..))))).....((((.(((((...............)))))............))))))).).)))).((..))((((((((...).)))))))((..))))...)))).))).))))....))))(((......)))).))))))..)))))))......(...).)))))....)).((..)))))))))...)).))))))))))))).))).((..((((.............))))..))(((..........)))(((.((.......)).)))..)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((((((..(....................................................................................................(((....)))........)..)))))))))......................((((((((.......)))))))).............((((((..............((((.....((((((..........))))))...........((((.((.(((((.(((.((((((.((((((((((((..(..((((.....))))......)..))))))))))))................)))))).))).))))).)).)))).))))...............(((((((..((.((((((.(((((.....((((...(((((.((...(((..(.(((((.....))))).)..)))............(((.(....(((((.(((.((((((((.....................)))))))).))).......((....))..)))))...).)))..)).)))))...))))...))))).)))))).............((((((.((((((((..((((..............(((((((((....))))))))).........((((((((....))))))))........((((....)))).............))))..)))))))).((((.....))))...........................(((....))).(((((((..................................................................((..(((......)))..))....................((((((....))))))........................................)))))))....................)).))))................................(((((((....))))))).......(((....)))...........................................))..)))))))..))))))...((((.(..(.(((((((..((..(((((....)))))..))..))))))).)..).))))................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((...((((.....(((.(((((......(((((.......(((((((((((...(((..((((.((.......(((((....((((.((((.((...(((.....((((....))))..))).....)).)))).)))).)))))))))))..)))..((((((((.......)))))))).........)))))).))))).....)))))......))))).(((((((((((((((.(((((.(((((.....((((.((.(((((.(((.((((((.((((((((((((..(..(((((...)))))......)..)))))))))))).(((......)))...)))))).))).))))).)).)))).(((..(((((((((((....((..(.((.(((((..((((........((((............)))).........))))..))))).)))..))....)))))..(((.(..((.((((((((..(((((((.....................)))))))..))))......((....))..))))))..).)))..)))))))))..)))))...(((((((((((...........))))).........)))))).................(((((((((....)))))))))))))).)))))).....))))))))).((((((((..((((....))))................(((((.((((..((((.....))))((((((((((.................(((....))).(((((((...((((((((......)))))...)))..(((.(((.....(((.(((((.....((((......((..(((......)))..))..........(((((.....((((((....))))))......))))).))))......))))))))))))))....)))))))...)).))))))))....)))).(((.....(((..(((((..(((((.((.......((((((((....))))))))......(((....)))......)).)))))..((((....))))........)))))..)))......)))..)))))))))))))......((((((..((..(((((....)))))..))..)))))).))).....))))...(((((((...))))))).(((....)))...)))))))))...