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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01456



RNA: CRW_01456
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((((.....(((((((.<<.<<<<)))...>.(((((((..(((>>>.>>.))).....)))))))...))))...(((....)))......((((((((.........))))).).)).))...((((((.....((....))......))))).).........((....))..((((((.....((.....))....)))))..((((....((((....))))......((((((((.....(((((..((((((((.(((...((((.......))))(((...).ggg.....))GGG...)))...))))))))).))))..))))..)))).....(((((((((.......)))))))))......(((((..[[[[)))))..))))..)..)).))))))).))...............((....))....)).........((((....)))).............).....)))))))))).....(.((((((((((.......))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....)).(((((.....)))))...)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).((((((((..((((((((((....(((...((((((((...((.((((....))))..))...))))))))..)).)....)))))))....................)))...))))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....a.aaaaaa...........(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))).)..)))))))))))))...........)).....AAAAAAA)))...)))))))(((((......)))))....))))))(.((((((.((((......((((((((....))))))))...))))))))))..).....))))))((.....((.....((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((eeee.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))((((((((((((((.((((((...((((..(((..(((((((((((........))))))((..((((....(((..(((((.....)))))......(((((((.....)))))))..)))...))))...))...(((((....)))))....)))))...)))...))))........))))))...)))...)))))).)))))EEEE..)).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))(((((((.....)))))))(...).......(((((((((..((f....(....F))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((.(((((((..((((....))))...))))))).))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))..((((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..ddddd..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).DDDDD))))))))))))))))))...(((((.((((.(.....)))))))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))((hh....hhhhhh((.((((((.......))))))...))hh)(.(((HH....HHHHHH....((((((((i...(..I)))))))).(((....))).HH))).).....(((((((.((..]]]]..))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..)))))))))))(...bbbbbbbb..((((..(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).)))))).(.((....(((((...........)))))....))).))))..)...BBBBBBBB....(..(((((((((.......)))))............(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))...)))).)...))))))).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.....((((....(((((.(((..(((..((.(((.(((.....(((((...(((........(((((.....(((((((...(((........)))...))))))).((((((..(((((....(((((...((..((((...((....))..))))..)).....(((((..(((((......))))).))))).......))))).....((...((((((....((.....))...)))))))).)))))..((((....)))).....))))))...........))))).(((.(((((((((((..(((.((((....(((((((((.....((((...(((((..((((.......))))..((((......)))).((((((((.........))))))))......((((((....))))))..))))).......(((.(((.((..(((((........((....))...((((.......))))...((((((((...............((((((.((((((....((((((..((....))...((((((((((..(((.(((........))).))).((((.(((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))....)))))))))))..(((((...((((((((.......)))..))))).....((((((......)))))).).))))....(((.(((((........))))))))..)))).))))))))))........))))).).....)))))).)).))))))))))))....))))).)))))..)))..))))...))))))))).....))))..(((((((..(((((((....))))).))..)))))))....(((((..((((.......((((((.....((((.((((((((..((((.....((((((((((......))))))))))....(((......)))..............)))))))...))))).))..))......))))))...)))))))))....)))...))))))))))).))).)))..)))))....((((.((....)).))))..(((.((((....)))))))........)))))).))..)))..))))))))(((((.(((........((((.(((((((((((((........(((..((((((.((....))))))))((((...((....))..((((.(((((((..(((.(((...((((((.......))))))..(((..(((((..(((....)))...)))))......))).(((((((...(((((...(((.(.(((....))).).)))..(((...(((((........)))))...(((((((.....((((((((.((((....(((((..((.(((((...(((((.((((((((..(((((...(((.((((((.....)))))).....((((((.......))))))..)))..)))))........(((((....)))))...).))))))))))))..(((..(((...((((......((((......))))..((((((...((....))..))))))...((((((.....)))))).))))..((((....)))))))..)))..)))))))..)))))))))..)))))))).)))))))(((((((.....)))))))........)))))))).((((..(((((.....)))))..((((((((((..(((....)))..)))..)))))))..)))).(((((..(((((((.(((..((..((((((..((((....))))...))))))..))..((((((((((..(((((.((((........((((((((((((..(((..((((((((((((.....))))))..((.(....)))(((.(((...((((...(((((.(.....(((((((.(((((.......(((((..((.(((((.....))))).))..)))))....((((((((((((...(((...(((((((.((.((((((.((..(((((((((....(((((((((((......((((((((....))))))))....(((..((((......)))).)))....)))....)))).)))))))).))))).....)).))))))..)).))))))))))..)))))).)))))).(((.((((((...........)))))).)))....))))).)))))))...).)))))..)))))))..)))........))))))..)))..(((..(((......)))..)))..(((....))).))))))).)).))))))))))))....(((((((((.((.((...((......((((((....)).))))..((..((((((((...((.......))...))))))).)..)).))..)))).)))))))))..)))).))))))...).)).))))...))))))))..)))))))......))).)))..))))))))))).(((((((....))).)))).))))...)))((.((((((......((...........(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...((((...(((((((((((....))))))...)))))...)))).)))))..)).....((((((...........))))))..)))))).)).....)))))))))))))...(((.(((((.......)))))..)))....)))).((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))))...)))..)))))...))))..)
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(.((((((((((.....((..(((((((((((....((((((..(..(((.(((........(((((((..(((.......))).....))))))).....))).)))..)..)))))).....((((((.........))))))..........((((((.....((....))......))))).).........((....))...((((......((.....)).....))))..((((....((((....))))......((((((((.....((((...(((.((((.(((........(((.......(((......))).....)))....)))...)))).)))..))))..)))))..))).....((((((((.........))))))))......(((((......)))))..)))).....)).))))))).))...............((....))...))...........(((.....)))..................)))))))))).).(((..((((..((((.......))))..))))(((((.(((........))).)))).)((((((((((((((.(((((..((.......))..)))))..((....))..(((.......)))....))))))))))))))......(((((((......((((.......))))....)))))))........((((.(((....))).......(((((....)))))(((.((((..(.(((.((((((.....(((((((...((((((((.((((..((((..((.....))..))))..))))))))..))))..((((((.......(...(((((((((..(((((((....))))).))..)))))))))...).......)))))).(((((((.........))))))).......((..(..((((((((((......)))))))))).)..))......(((((((((....(((((((((((.....(((((((.(((.............((((..........((....(((....)))....)).....)))).........((((((..((((.......))))....))))))..............))).)))))))((((...(((((..(((((......))))).)))((((.((.((((((....(.....((((((.((....))))))))...)...))))))))..........................((((((.......))))))))))..........(((((.(((((...(((((((((.....(((((.....(((((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((((....((((((......((((((.......))))))..((((..((((.....)))).....(((((.(((((((...((((....(((..(((((.....)))))......((((((.......))))))..)))...))))........(((((....))))).....)))))))))))).))))))))))............((((......)))).))))))).)))..........(((((((..(((((.....)))))...............((((((((.(((.....(((......(((((....(....).....))))).(((((.......))))).............))).((((..((((...........))))(((((((((..(((....)))..)))..))))))....))))((((((((((((..(((....(..((((((..((((....))))...))))))..)....))))))))..).(((((((((.......))))....((((..........))))(((((.......))))))))).)...............))))))....))).)))))))).................(((((....)))))....)))))))))))))))......((((.......((...((((((.(((((((.((.(....(((((((((.(.........(((((..(((......((((((((....))))))))...)))............)))))).)))))))))..........(((((.(((..........))))))))).)).)))))))..))))))..((((.....))))((((((...........))))))..))...))))....))))))...)))))...)))))......))...))))...))).......((((..(((......)))..)))).(((....))).))))))))))))))..)))..)))))))...(((..((((((.................(((((((......(((.((((((((...((.......))...)))))))..)))).(((((((((((((((.((((.(((.(((((........)))))...)))(((((.....))))).....))))...)..)))).).....(((((((....))).)))).(((((((.....)))))))......)))))))).)......)))))))....................(((((...(((....((((((((((......)))))...)))))....))).)))))))))))...((((((...........))))))..)))))))))..))).)..))))))).........(((((.......)))))..............((((((.(((....(((((....)))))...)))..)))))).........))))...)))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((.(((....))))))))............((((((..(.......)..........((((((((((.........)).....((....))))))))))........)))))).....((((((.........))))))...........(((((..(((((......))))).)))))...........((....))...((((((....((.....))...))))))((((((....((((....))))))))))(((((((((......((..((((((((((((((((((...(((((((....(((((((((.......((((((.((...((((.......))))........(((((((((((((((((.........))))))))....(.((((((....))))))..)......)))))..))))........(((.........)))...((..((((.......)))))).((((((((...............((((((.((((((...(((((((..((((.......))))..)))).)))(.((..........)).)((((((((((((((((((((((.(.......)(((...((((.(...((....))..).))))...))))))..))))))))))))(((((....((((((((.......)))..))))).....((((((......))))))...)))))...(((.(((((........))))))))..)))))))((((..(((((......))))).)))).)))))).)).))))))))))))..(((((....)))))...))..))))))))))))))).....)))))((((((((..(((((((....))))).))..))))))))...(((((.(..((.......((((((.....((.((((((((((..((((.((((((((((((((......))))))))))....(((......)))...)))).......)))))))...)))))..)).))......))))))...))).)))))....))....))))))))))).((((((((((((((..((((((.(((....(((((((((....(((....)))(((........)))..........((((((.(((((((((((.(((......(((((((......((.((((((....(.....((((((.((....))))))))...)...))))))))..((((((.((((((((....((...((((((.......)))))).(((..........))).(((((((...((.....)).)))))))...(((..(((((......)))))....)))...(((....))).(((((........))))).(((((((((....(.((((((((((((....((((.....)))).......(((((((...............)))))))))))))))).))))...))))))))).......)))))))))).)))))).....(..(((((....)))))...)..)))))))...))))))(((((((((((((((((((((.........)(((((((...(((((((((......)))...((((((.....))))))(((((.((((....(.........)...))))........))))).....)))))).....)))))))((((.....)))))))))......((((.((((((((..(((((.....)))))..((((((((((..(((....)))..)))..)))))))..))))(((((((((((((..(((...((..((((((..((((....))))...))))))..))...)))))))))......((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....)))))).(((.......))).......)))))))(((((((.....)))))..)).........(())(((((..((.(((((.....))))).))..)))))(((...........)))..........)))).)))).))))))))))))))))))))))).)))))).(((...(..((((((((....)))))))))..)))))))))))).))))))))).(((((((((((()))).(((((.((..(((.((((((..(((((((((..(((.....)))..)))))).)))..)))))))))..)).)))))....((((........((((((((((((((((.......)))))))..)).(((....)))...)))))))....(((.(((((..((((((((...(((..(((.((((((((..((.((((((((((.((........)))))))))....((........))...(....)))).)))))))))).))))))...........))))))))..))))).)))))))......))))))))........((((........)))))))))))..)))))))............)))))))...))(((((.(.(((((((....))).))))))))))..((.((.((((((...(((.......((((..(((((((..((.(....).)).))))))).....))))((((...(((((((((((....))))))...)))))...))))..(((..(((((....)))))....)))))).........)))))).))..))....)))))))))....(((((((((.......)))))..(((.....)))(((((((.(((....(((((....)))))...)))..)))).)))....)))).............
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((...((((((((((....)))..(((((((((((....((((((.....(((.(((..(((...(((((((...(((........)))...))))))).))).))).))).....))))))...)).(((((.........)))))............(((((..(((((......))))).))))).......(((.((....))..)))((((....))))...((..((((((((((((((((.((((....)))).(((((......))))).((((.((.(((((.(((((((((((..(((.((((....((((((((.......(((((((((((..((((.......)))).(((((......)))))((((((((.........))))))))......((((((....))))))..))))...(((((((.((((.......((......)).((....))...((((.......)))).)))).))))))).............(((.((..((.((((((((...((.((((((((((.(((((((((((.(((.(((........))).)))....(((((((((((((.(((((..((.......))..)))))..((....))..(((((...)))))....))))))))))))).(((((....)))))..((.((((.......)))))).((((((......))))))((....))...(((.(((((........))))))))......)))))))))))...........(((.......)))....))))))))))))....))).)))))))...)).))).))))))))))))))).....))))(((((((((..(((((((....))))).))..)))))))))..(((((..((((.......((((((.....((((.((((((((..((((((((.((((((((((......))))))))))((..(((......)))...))..)).))..)))))))...))))).))..))......))))))...)))))))))....)))...))))))))))).)))).).)).))))..((((((.(((....((((((((.....((((...((.(((........))).))..)))).((((((.(((((((..(((((......))))).((((((((((.((((.......)))).((((((.((....)))))))).........((..((..((((((.((((((((....(((..((((((.......)))))).(((..........)))..((((((...((.....)).)))))).((.(((..(((((......)))))....))).))(((....))).(((((........))))).(((((((((.(((..((((((((((((....(((((...))))).......(((((((.((........))..)))))))))))))))).)))))).)))))))))......))))))))))).))))))..)).)).(((((....))))).......((((.((((...((((((((((((((((.....((((......)))).(((((((...((....))..)))))))..((((((.....))))))(((((((.......(((((((.(((..((..(((......)))..))..))).))))).))..))))))).........((((((....((.(((((((((((((..(((((.....)))))..((((((((((..(((....)))..)))..))))))).((((((.....((((.((..(((...((..((((((..((((....))))...))))))..))...)))(((.....))).((((((.......)))).)).((((..........))))((((((.....))))))))))))...))))))..)).))))))(((((((((.....)))))..))))..(((((....)))))......((((.....)))).))))).))....)))))).)).))))).....)).))))))).)))).)))))).))))))))))))))).)))))).(((......((((((((....))))))))...))).)))))))).))))))))).((((((((.........(((((.((..(((.((((((..(((((((((..(((.....)))..)))))).)))..)))))))))..)).)))))...((((((........))))))..(((((((.......)))))))((((((((....(((((((....)))..)))).(((((..((((((((....(((((((.((((((((..((.((((((((((.((........))))))))....(((........))).......)))).)))))))))).))).......))))...))))))))..))))).))).)))))....))))))))....((((((((........))))).))).))))))))))..))))))...))((((((..((((((.....(((((((....))).)))).((((((((...))))))))......(((((.(((((..(((((((..((........)).))))))).....)))))))))).))))))..))))))..((.....)))))))).))).(((((..(((((....)))))....))).)).....)))))))...))((((....(((.(((..(((......(((((.......))))).((((.....))))((((((.(((....(((((....)))))...)))..)))))))))..)))..)))...))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((((.............((((...........(((((.........(((..((....(((((((...(((........)))...)))))))..)).))).........)))))...........(((((((((((((((((((...((..((((((...(((...((((.(((((..(((((.................(((((((.(((((((..(((.....................((((....))))........................))).))))))))).))))).....(((((....(((((((((.......((((((..............((((((...((((((...((((..((((((mmmmmmmmm....))).........((((((....))))))..........(((((.((....))...............((....))...((((.......))))....bbb))))).......................................((((.......))))..MMMMMMMMM.....................(((((((((((((((..((....((....qq.))dddd))...((....))..((DDDD...QQ))....)))))))))))))..((......(((.....ppp.pppppp)))hhh....((((((......))))))...))HHH...(((.(((((........))))))))...))PPPPPP.PPP...ff...)))FF))))....)))))).))))))......BBB...(((((....))))).......))))))))))))))).....)))))((((((((..(((((((....))))).))..))))))))...)))))..)))))......((((((.....((((.((((((((..((((.....((((((((((......))))))))))....(((......)))..............)))))))...))))).))..))......))))))...))))))).....))))))..))))))))...((((((((((((((..((((((.(((....(((((((((....((((...((.(((........))).))..)))).((((((.((((((((.(((((......)))))((..........((((((..........((((((.((....)))))))).......))))))....((((((.((((((((.........((((((.......))))))........((oo....))(((((((.............))...............((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........))))).kkkkkkkkk..........kkkkk..)))))((((OO...)))).................................((((((KKKKK))))))...KKKKKKKKK.........)))))))).))))))........(((((....))))).......))...(((.....((jjjjjjjjjjjjjjj...............(((aaaaaaa.))).........AAAAAAA....((lll......))(((((...((((....((((((((........((........(((((...............)))))(((((((.....))))))))).......((((((((((.....(((.......)))...((((((((((..(((....)))..)))..))))))).(((((((((...((((((..(((...((..((((((..(((.......)))..))))))..))...)))))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))..(((((........)))))......)))))).....))))))).)))....)))))))).)))).............((iiii..ii.iiiii))...IIIII.II..IIII..gg.))))).....GGLLL..........))...)))JJJJJJJJJJJJJJJ)))))))).)))))).(((......((((((((....))))))))...)))))))))))).)))))))))..................(((((.........((nnnn))(((((((((..((.......))..)))))).)))..NNNN.{{{{{{...)))))...}}}}}}................(((((((.......)))))))..................(((..((((....)))).)))..............(((....)))..............((.............[[[[[[[[))..................................((((((((((((...((.......))...)))))))).))))..........]]]]]]]].........................)))))))..))))))).))))))..................)))))))(((((((....))).))))................(((........(((...(((...(((((((...............))))))).eeeee)))<<)))..cccc.cccccc.)))CCCCCC....CCCC)).))>>.EEEEE.(((((....)))))...............)))))))...............................(((((.......)))))................((((........(((((....)))))........)))).........................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.....((....(((((.(((....)))))))).(((............)))(((........))).....(((((((...(((........)))...)))))))...))(((..(((....))).)))....((((((.........))))))...........(((((..(((((......))))).)))))...........((....))...((((((....((.....))...)))))).(((((....((((....))))))))).(((((((((...((((.((.(((((.(((((((((((..(((.((((....((((((((.......(((((((((((..((((.......)))).(((((......)))))((((((((.........))))))))......((((((....))))))..))))...(((((((.((((.......((......)).((....))...((((.......)))).)))).))))))).............(((.((..((.((((((((...((.((((((((((.((((((((((..(((.(((........))).))).((((((((((((((((.(((((..((.......))..)))))..((....))..(((((...)))))....))))))))))))(((((....(((((...............))))).....((((((......))))))...)))))...(((.(((((........))))))))..)))).))))))))))..(......).(((.......)))....))))))))))))....))).)))))))...)).))).))))))))))))))).....)))).((((((((..(((((((....))))).))..))))))))...(((((..((((.......((((((.....((((.((((((((..((((.(...((((((((((......))))))))))....(((......)))..........)...)))))))...))))).))..))......))))))...)))))))))....)))...))))))))))).)))).).)).))))..((((((.(((....((((((((.....((((...((.(((........))).))..)))).((((((.(((((((((((.((......)((((((..((((.((.((((.......)))...).))..((..((((((((((.......((....))...)))).)))))).......))...((((((.......))))))))))....(((....))).((((((...((.....)).))))))....(((..(((((......)))))....)))...(((....))).(((((........))))).(((((((((.(((..((((((((((((....(((((...))))).......(((((((.((........))..)))))))))))))))).)))))).))))))))).........(((((((....))))))).((..(((((....)))))...))..)))))).....))))((((((((((((((.((((((((.......(((((....)))))...(((......)))....(((((.....))))).(((((((.......(((((((.(((..((..(((......)))..))..))).)))))).)..)))))))........))))))))......(((..((((((.....((((.....)))).(((((.((((((...(((..((((.((((......(((((.(((.((((((.(((((..(((...((..((((((..((((....))))...))))))..))...)))))))).....(.((((((.......)))))))..(((..........))).((((((.....)))))).(((.......))).......))))))......(.......))))))))).......)))))))).)))...))))))..))))).....((((((((((...........)))).))))))))))))..)))..)))))))))))))))))))))).)))))).(((......((((((((....))))))))...))).)))))))).))))))))).((((((((.........(((((.((..(((.((((((..(((((((((..(((.....)))..)))))).)))..)))))))))..)).)))))...((((((........))))))..((((((.........)))))).(((((((....(((((((....)))..)))).(((((..((((((((...(((.(((...))).)))........(((((((.((........)))))))))....((........)).(((((.((((..............))))..))))).....))))))))..))))).))).)))).....))))))))......((((((........)))))).(((.((((((.(((((((........((((((..((((((.....(((((((....))).)))).((((((((...))))))))......((((..(((((..(((((((...............))))))).....))))).)))).))))))..)))))).........(((.((....))..))).)).)))))..((((((...........)))))).)))))).)))........)))))))))....(((((((((.......)))))..(((.....))).((((((.(((....(((((....)))))...)))..)))).)).....))))........))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((..(((((.(((....)))))))).(((............)))(((........)))...(.(((((((...(((........)))...))))))))))))((((.(((....)))))))....((((((.........))))))...........(((((..(((((......))))).))))).....................(((((((................)))))))(((((....((((....)))))))))((((((((((...((((....(((((.(((((((((((..(((.((((...((((((((((.......((((((((((..((((.......)))).(((((......)))))((((((((.........))))))))......((((((....))))))..))))...(((((((.((((.....(.(((.........))))......((((.......)))).)))).))))))).............(((.....((.((((((((...((.((((((((((.(((((((((((((((.(((........))).))))((((((((((((((((.(((((...............)))))............(((((...)))))....))))))))))).(((((....((((.................)))).....((((((......))))))...)))))...(((.(((((........)))))))).))))))))))))))))...........(((.......)))....))))))))))))....))).)))))))......))).))))))))))))))).)...))))(((((((((..(((((((....))))).))..)))))))))..(((((..((((.......((((((..........((((((((..(((((((..((((((((((......))))))))))....(((......))).........)))..)))))))...))))).............))))))...)))))))))....)))...))))))))))).)))).)....))))..((((((.(((.(..(((((((((....((((..(((.(((........))).)).))))).((((((.((((((((.(((((......)))))(((.((((.....(((.......))).............((((((((((..................)))).))))))............(((((((....).))))))))))....(((....)))(((((((.............)))))))...(((..(((((......)))))....)))...(((....))).(((((.((...))))))).(((((((((.(((..((((((((((((....(((((...))))).......(((((((...............)))))))))))))))).)))))).))))))))).........(((((((....)))))))((((.(((((....))))))..)))))).............(((((((((((((((((((((((.......(((((....)))))...(((......)))...((((((.....))))))(((((((.......(((((((.(((......(((......)))......))).)))))).)..)))))))........))))))))......((((.((((((....(((((.....)))))(((((.((((((...(((..(((.(((((......(((((.(((.((((((.(((((..(((.......((((((..((((....))))...)))))).......)))))))).....(.(((((((....).))))))).((((.((.....))))))((((((.....)))))).(((.......))).......))))))...............)))))))).......)))))))).)))...))))))..))))).....((((((((((...........)))).)))))))))))).)))).))))))))))))))))))))))).)))))).(((......((((((((....))))))))...)))))))))))))))))))))).((((((((.(((.....(((((.....(((.((((((..(((((((((..(((.....)))..)))))).)))..))))))))).....)))))...((((((........))))))..(((((((.......)))))))((((((((....(((((((....)))..)))).(((((..((((((((..((((...........)))).(((...(((((((.((........)))))))))...(((........)))(((((.((((..............))))..))))).))).))))))))..))))).))).)))))).))))))))))......((((((........)))))).(((.((((((((((((((........((((((..((((((.....(((((((....))).)))).((((((((...))))))))..[[[[(((((.(((((.((({{{{{.........)))...}}}}}.......)))))))))).))))))..)))))).........(((...........))).)).)))))).((((((.......]]]])))))).)))))).)))........))))))))))...(((((((((.......))))).((((.....))))((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).).....)))).......))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...((((...(((((((.((((((....((.((((((..(((.((((((.....(((.(((..(((...(((((((...(((........)))...))))))).))).))).))).....))))))......(((((......((((((.((((...(((..((((((...(((...((((((((((..(((((.................(((((((.((((((((.(((.((...((...((..((((..((((....)))).....))))...))....))..))))))))))))))).))))).....(((((....((((((((.......(((((((...(((..((...(((((((...((((((...(((((.((((.((((((((((..((((((((......((((((....))))))..((((...(((((((.((((..................((....))...((((.......)))).)))).))))))).........(((....))).)))).....))).)))))((((.......))))..))))))))))...........(((((.((((((.(((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))....))))))))))).((((((...((((((((.......)))..))))).....((((((......)))))).).)))))...(((.(((((........))))))))..))))))))))).........)))).)))))....)))))).)))))))...........(((((....)))))))..)))))))))))))))))).....)))))((((((((..(((((((....))))).))..))))))))...)))))..)))))......((((((.....((((.((((((((..((((.....((((((((((......))))))))))....(((......)))..............)))))))...))))).))..))......))))))..)))))))).....))))))..)))))))....((((((((((((((..((((((.(((....(((((((((((.((((....)))))))..........((((..((..((..((.(((((((((((.(((......(((((((..((..((.((((((....(.....((((((.((....))))))))...)...))))))))..((((((.((((((((....(((..............((((..((((.((.((((....))))((((((...((.....)).)))))).....)).))))....(((.(.(((....))).).)))..))))..(((((........))))).(((((((((.(((..((((((((((((....(((((...))))).......(((((((.(((....)))....)))))))))))))))).)))))).)))))))))......))))))))))).)))))).....)).(((((....)))))......)))))))...))))))).(((((((((((((.(.((.((.......(((((....)))))..........((((......(((((((....(.(((((...((((....(((((((..((..(((((((......(((((....(....).....)))))..(((((.....))))))))).)))...((((((((((((..(((((.....)))))..((((((((((..(((....)))..)))..))))))).((((((.....((((.((((..((..((..((((((..((((....))))...))))))..))...((((((.....))).((((((.......))))))....)))...))..))))..((((((.....))))))..))))...))))))..)).))))))).))).))..))))))).))))..............(((((..((.(((((.....))))).))..)))))....))))).)...)))))))....)))).))..))))))))))))))))...))))))).))..))..))......((((((((....))))))))..)))).)))))))).)))))))))....((((......((((.(((.(((((.((.((....))))....)))))....)))))))......((((((...(((.((((((...........)))))).)))........(((((((..((.(((((((((((..((((((((....(((((((....)))..)))).(((((..((((((((...(((..(((..((((((....(((..(((((((.((........))))))))).)))..........((((((....)).)))).))))))..))))))..(....)...))))))))..))))).))).))))).))))).)))))))).)))))))))))))...)))))))))))..))))))).))))))...)))))..)))...)))))))).(((((((....))).))))......)))))).)))))))....(((((((.(..((.((((((........)))))).))(((.....(((((...((((...(((((((((((....))))))...)))))...)))).)))))..(.((...((((((...........))))))...)))..)))....).)))))))))))....((((.((((.......))))...........(.((((((((.(((....(((((....)))))...)))..)))).)))).).)))).......))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...((((..........................................................................................................................................((((.(((......(..((((((...............((((..(((((.................(((((((.(((((((..(((...........((..((((..((((....)))).....))))...))..........))).))))))))).))))).....(((((....((((((((........((((((......................................((((((((.........))))))))......((((((....)))))).......................................((....))...((((.......))))...................................................((....))...((((((((((..(((.(((........))).))).((((((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))....))))))))))).((((((...(((((...............))))).....((((((......)))))).).)))))...(((.(((((........)))))))).))))).)))))))))).................................................................)))))).)))))))).....)))))((((((((..(((((((....))))).))..))))))))...)))))..)))).......((((((..........((((...............((((((((((......))))))))))....(((......))).........................)))).............))))))...............))))))..)...)))......(((...(((...........................(((.((((....)))))))................................................................................((((((.((....)))))))).......((....))..........................((((((.......))))))............................................................((..(.(((....))).)..))........(((((........)))))................((((............(((((.....((((....((((..(((((((...(((((...(((.((((((.....)))))).....((((((.......))))))..)))..)))))........(((((....))))).....))))))).))))...................................(((((....)))))...(((......)))..................................................))))....))))).........)))).........(((((((.....)))))))........................................((((((((((..(((....)))..)))..)))))))...........................((..((((((...(((....)))....))))))..))................................(((((((..(((.((((........((((((.....)))))).(((.(....))))...(((...((((...(((((.(.....((((((..(((((.......(((((..((.(((((.....))))).))..)))))....((((((...............(((((((.((.((((((.....((((((((......................((((((((....))))))))................................................))).)))))........))))))..)).)))))))............)))))).(((.((((((...........)))))).)))....)))))..))))))...).)))))..))))((((.(((....(((((((....)))..)))).(((((..((((((((...(((..(((..((((((.....((..(((((((.((........))))))))).))...........(((((......).)))).))))))..))))))...........))))))))..))))).)))..))))..))).....)))).))).))))))).............))).....)))...))))...........................(((((((....))).)))).(((((((.....))))))).................................................(((((...((((...(((((((((((....))))))...)))))...)))).)))))........................................................))))....((((.((((.......)))).............((((((((.(((....(((((....)))))...)))..)))).))))...)))).......))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...((((.........(((....)))..(((((.((.......((..((((.(((((.((..((((....))))..))..((......(((((..(((((....((((((..........((((((((..(((((..((((((.(((((.((((...(((..((((((...(((...((((((((((..(((((.................(((((((.((((((((.(((.((...((...((..((((..((((....)))).....))))...))....))..))))))))))))))).))))).....(((((....((((((((.......(((((((((((..((((.......)))).(((((......)))))((((((((.........))))))))......((((((....))))))..)))))..((((((.((....)).....(((.......((....))...((((.......))))...))).)))))).............(((.((..((.((((((((...((.((((((((((.((((((((((..(((.(((........))).))).((((.(((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))....))))))))))).(((((....((((((((.......)))..))))).....((((((......))))))...)))))...(((.(((((........))))))))..)))).))))))))))...........(((.......)))....))))))))))))....))).)))))))...)).)))..)))))))))))))).....)))))(..(((((..(((((((....))))).))..)))))..)...)))))..)))))......((((((.....((((.((((((((..((((.....(((((((..(......)..)))))))((..(((......)))...)).........)))))))...))))).))..))......))))))..)))))))).....))))))..)))))))....((((((((((((((..((((((.(((....(((((((((((.((((....)))))))..........((((..((..((..((.(((((((((((.(((......(((((((..((..((.((((((..........((((((.((....)))))))).......))))))))..(((..(.((((((((....(((..((((((...((.((....((((.((.((((....))))((((((...((.....)).)))))).....)).))))....))))..(((....)))....))))))....(((((........))))).(((((((((.(((..(((((..(((((....(((((...))))).......(((((((.(((....)))....))))))))))))..)).)))))).)))))))))......))))))))))).)..))).....)).(((((....)))))......)))))))...))))))).(((((((((((((..((((((.......(((((....)))))...(((......))).)).))))....(((.(((((((((.((((....(((((((..((..(((((........(((((.....(((....))))))))(((((((.....))))))))).)))...((((((((((((..(((((.....)))))..((((((((((..(((....)))..)))..))))))).((((((.....((((.((((..((..((..(..(((..((((....))))...)))..)..))...((((((.....))).((((((.......))))))....)))...))..))))..((((((.....))))))..))))...))))))..)).))))))).))).))..))))))).))))((...((((.....(((((..((.(((((.....))))).))..)))))......))))...))......).)))))))))))...)))))))))))))...))))))).))..))..))......((((((((....))))))))..)))).)))))))).)))))))))..................(((((.((..(((.((((((..(((((..((..(((.....)))..))..)).)))..)))))))))..)).))))).......((((((...((...(((((((..((.((((((...(((.((((((((....(((((((....)))..)))).(((((..((((((((....(((((((..((((((....(((..(((((((.((........))))))))).)))..........((((((....)).)))).))))))..))).......))))...))))))))..))))).))).)))))....))))))))))).)))))))))...))))))..)))))))..))))))).)))))....(((.........))))))))).(((((((....))).)))).((((((((...))))))))..)))))..)))))))).((((((........))))))..))))))...(((((...((((...(((((((((((....))))))...)))))...)))).)))))...)))))..))))).....))......))))).))))..)).....)).))))).))))....((((.((((.......)))).............((((((((.(((....(((((....)))))...)))..)))).))))...)))).......))))).