|
|
|
UUAAGGCGGCCACAGCGGCGGGGCGACUCCCGUACCCAUCCCGAACACGGCAGAUAAGCCCGCCAGCGUUCCAGCGAGUACUGGAGUGUGCGAACCUCUGGGAAAACUGGUUCGCCGCCUCCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).(((((((...((((((((.((....))))))))))..))))))).)))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((..(((..((((((....)))))).....(((((.....(((......)))(((..(((((((((......))))))))))))......)))))...)))....)))))))..) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((.......(((...............)))........)))))).(((..((((......((((((.((....)))))))).....))))..)))........ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..(((((......))))).)))).(((((............))))))))))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......((((((....................................))))))................((((((.........))))))............)))))))... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))...((.((.....((((((.((....))))))))....)).))...))))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.(..((((((((.(..((.((((.............)))).))....))))))).))(((((((......))))))).)..(((((............))))))))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.(..((.((((.............)))).))....))))))).))(..((((......((((((.((....)))))))).....))))..))))))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))...((((......((((((.........)))))).....))))...)))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((.((((((((.(..((.((((.............)))).))....))))))).))(((((((......)))))))))).(((((....(.....).))))))))))))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((........((((((.......((((.....[[[[[...))))........)))))).(((((((((......)))))))))(((((((..]]]]].....))))))))))))... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))...((.((.....((((((.((....))))))))....)).))...)))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((..[[[[.....))))....((((((....)))..)))..]]]].(((.(((....))).[[[[)))...]]]](((((............))))))))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......((((((.(..((.((((.............)))).))....))))))).(((((((((......)))))))))..(((((............))))))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..(((..((((((....)))))).....(((((.....(((......)))(((..(((((((((......))))))))))))......)))))...)))....)))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....(((((((.((..((.((((.............)))).))....))))))).))((((([[......[[)))))....(((((...]].....]]))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((.((((....((((((((....(...........(((((....)))))).....)))))).))...(((((.....((((((.((....))))))))....)))))...)))))).).. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....((((((((................(((((....)))))......)))))).))....((.......((((((.((....))))))))........))..))))))))). |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..(....((((((....)))))).......((......(((......)))(((..(((((((((......)))))))))))).......)).......)....)))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((........((((((.......((((.............))))........)))))).(((((((((......)))))))))(((((((............))))))))))))... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....(((((.((((...((((((.............))))..))...))))))).))...((((......((((((.((....)))))))).....))))...)))))))... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.........(....)...(((....)))........)))))).)).............((((((.........))))))............)))))))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))(..(((((...(.((((((.((....)))))))).)..))))).).))))))))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((....((((((((....(((((((...(.....)...))))..))...))))))).))(..(((((.....((((((.((....))))))))....)))))..)))))))))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))(..(((((...(.((((((.((....))))))))..).))))).).))))))))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((....((((((((....(((((((...(.....)...))))..))...))))))).))(..(((((.....((((((.((....))))))))....)))))..)))))))))). |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((....((((((((....(((((((...(.....)...))))..))...))))))).))(..(((((.....((((((.((....))))))))....)))))..)))))))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((.(((....)))))))..((((((((.....(((......)))(((..(((((((((......))))))))))))......)))))....)))...)))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.......((((((....)))))).....((((((....(((......)))(((..(((((((((......))))))))))))[[[[).))))).....]]]].)))))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.......((((((....))))))............................(((((..((((((...((((......))))......))))))...)))))..)))))))... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......((((((..................(((....)))........))))))................((((((.........))))))............)))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).))...((.((.....((((((.((....))))))))....)).))...))))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((.(((....)))))))..((((((((.....(((......)))(((..(((((((((......))))))))))))......)))))....)))...)))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((.(((((((.((..((.((((.............)))).))....))))))).))..(((((......)))))..))).(((((............))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....(((((((((((.....)))....((((((....)))..)))...)))))).(((((((((......)))))))))))(((((...(......).))))))))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.((((..((((((.(((((((((((((.......)))))))..)))))))))))).....(((((..(..)))))).))))(((((((((......)))))))))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..(...((((((((.....((.(((.............)))...))....)))))).))...((((......((((((.((....)))))))).....))))...).)))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..(((..((((((....)))))).....((((......(((......)))(((..(((((((((......)))))))))))).......))))...)))....)))))))... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((....((.((((.............)))).)).....)))))).))...((((......((((((.((....)))))))).....))))...)))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..(((..((((((....)))))).....(((((.....(((......)))(((..((..(((((......)))))..)))))......)))))...)))....)))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.((((..((((((.......((((.............))))........)))))).....(((((......))))).)))).(((((............))))).))))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...(((((([[[....((((.....{{{{{{..))))........))))))..}}}(((((......)))))..))).(((((}}.}]]].....))))))))))))... |