|
|
|
UUAAGGCGGCCAUAGCGGUGGGGUUACUCCCGUACCCAUCCCGAACACGGAAGAUAAGCCCGCCUGCGUUCCGGUCAGUACUGGAGUGCGCGAGCCUCUGGGAAAUCCGGUUCGCCGCCUACU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).(((((((...((((((((.((....))))))))))..))))))).)))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((....((((((((.(((((.((((.............)))).)).))).)))))).))...((((......(..(((.((....)))))..).....))))...)))))))..) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((......((((((((................(.(((....))).)......)))))).))...((.(......((((((.((....)))))))).....).))..)))........ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......(((.(((((..((((((.............))))..))..)))))...(((((((((((....))))))..))))).))).(((((...)))))...)))))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......((((((....................................))))))................((((((.((....))))))))............)))))))... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))...((.((.....((((((.((....))))))))....)).))...))))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......((((((...((....)).))))))..((((.((((......((.(((..((((((((((....))))))))))))).))..........)))))))))))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((....((.((((.............)))).)).....)))))).))(..((((......((((((.((....)))))))).....))))..))))))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))...((((......((((((.((....)))))))).....))))...)))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......((((((..(((....)))))))))..((((.((((.(....((.(((..((((((((((....))))))))))))).))..).......)))))))))))))))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.......((((((.....[[[[...))))))(((....))).........))))))(((((((((......)))))))))(((((((...]]]].....)))))))........ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))...((((......((((((.((....)))))))).....))))...))))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......((((((.......((((....[[[......))))..]]]...)))))).((((((((((....))))))))))..(((((...(((...)))))))))))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......((((((.(((((.((((.............)))).)).))).)))))).((((((((((....))))))..))))(((((...(((...)))))))))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.(((((.((((.............)))).)).))).)))))).))...((((......(..(((.((....)))))..).....))))...)))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.(((((.((((.............)))).)).))).)))))).))...((((......((((((.((....)))))))).....))))...)))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((.((((((((....(...........(((((....)))))).....)))))).))....((((.....((((((.((....))))))))....)))).)))))))))).)) |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.............................(((((....)))))...................(.....)..(((((((.(....))))))))............))))))))). |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......((((((.(((((.((((.............)))).)).))).)))))).((((((((((....))))))))))..(((((...(((...)))))))))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.......((((((.......((((.............))))........))))))(((((((((((....)))))))))))((((((....(((..)))))))))))))))... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((....((.((((.............)))).)).....)))))).))(..((((......((((((.((....)))))))).....))))..))))))))... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.....((.(((.............)))...))....)))))).)).............((((((.........))))))............)))))))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))(..(((((...(.((((((.((....)))))))).)..))))).).))))))))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))...(((((.....((((((.((....))))))))....)))))...))))))))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))(..(((((...(.((((((.((....))))))))..).))))).).))))))))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))...(((((.....((((((.((....))))))))....)))))...))))))))). |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))...(((((.....((((((.((....))))))))....)))))...))))))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.(((((.((((.............)))).)).))).)))))).))...((((......((((((.((....)))))))).....))))...)))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((((((......((((((.(((((.((((.............)))).)).))).)))))).((((((((((....))))))))))..(((((...(((...)))))))))))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......((((((.......((((.............))))........))))))(((((((((((....))))))))))).......(((((...)))))...)))))))... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......((((((..................(((....)))........))))))................((((((.........))))))............)))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............(..(((.((....)))))..)............)))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.(((((.((((.............)))).)).))).)))))).))...((((......(..(((.((....)))))..).....))))...)))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.(((((.((((.............)))).)).))).)))))).))...((((......((((((.((....)))))))).....))))...)))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.(((((.((((.............)))).)).))).)))))).))(..((((......(..(((.((....)))))..).....))))..))))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..((((((.((((((...(((((((.......)))))))....))).)))))).)))..((((.((..(((((((.((...).))))))))..))))))..))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((((((....((((((((.....(((..................)...))....)))))).)).....(((.....((((((.((....))))))))...)).).....)))))))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.(((((.((((.............)))).)).))).)))))).))...((((......(..(((.((....)))))..).....))))...)))))))... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.(((((.((((.............)))).)).))).)))))).))...((((......((((((.((....)))))))).....))))...)))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((((((.(((((.((((.............)))).)).))).)))))).))...((((......(..(((.((....)))))..).....))))...)))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((....)))((((.((....)))))).((((((((..((............))...)))).(((....))).(((.((....))))).))))..........)))))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((..((((.....[[[[)))).........]]]].........)))).......((((......((((((.((....)))))))).....))))...)))))))... |