CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods

Laboratory of Bioinformatics and Protein Engeneering

Home

Methods

Datasets

Rankings

RNA 2D Atlas

Help

FAQ

Contact us

RSS feeds

Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01493

RNA: CRW_01493
Rfam family: 5S_rRNA

			AGGUUGGCGGCCAUAGCGGAGGGGCCAUACCUGGUCUCGUUUCGAUCCCAGAAGUGAAGUCCUCCUGCGUUUUGUUGUUGUACUGUGGACGAGAGUCUAUGGGAAGCUCAUAACGCUGCCGGCCUC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).(((((((....((((((((((....))))))))))..))))))).))))))))))).
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((.((((((((..((((..(((...)))..))))..)))..))))).))))...(((..(((...((((((((....))))))))..)))...))).))))))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((((.((((((..((((..(((...)))..))))..)))..))))))).))(((.((..(((...((((((((....))))))))..))).)).)))))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((....(((((((.((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))(.(.((..(.....((((((((....))))))))....).)).).)))))))).....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((.(((((...((((((.............))))..))...))))).))))(((.((..(.....((((((((....))))))))....).)).)))))))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((((.((((((..((((..(((...)))..))))..)))..))))))).))(((.((..(((...((((((((....))))))))..))).)).)))))))))))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((..(((((((..((((..(((...)))..))))..)))..))))..))))(((.....(((...((((((((....))))))))..)))....)))))))))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((.((((((((..((((..(((...)))..))))..)))..))))).))))...((((.(((...((((((((....))))))))..)))..)))).))))))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((..(((((((..((((..(((...)))..))))..)))..))))..))))........(((...((((((((....))))))))..))).......))))))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....(((((.((((((...((((.............))))...))..))))).))))(((.((..(((...((((((((....))))))))..))).)).)))))))))))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((((((((((((((((((((((...))))))))))))))..))))))))))((((((.((((.(((((((((((..)))))))))))))))))))))))))))))))).
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((.((((((((..((((..(((...)))..))))..)))..))))).))))....((..(((...((((((((....))))))))..))).))....))))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...(((((((((((((....)))))(((((((.......)))))))...))))).................((((((((....))))))))...)))......))))))))))).
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((......(.((((((((....)))))))).)....))))))))))))..))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((......(.((((((((....))))))))..)...))))))))))))..))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((..(((((((..((((..(((...)))..))))..)))..))))..))))........(((...((((((((....))))))))..))).......))))))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((((.((((((..((((..(((...)))..))))..)))..)))))).)))........(((...((((((((....))))))))..))).......))))))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((.(((((.....((((.............)))).......))))).))))..............((((((((....))))))))............))))))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((..(((((((..((((..(((...)))..))))..)))..))))..))))........(((...((((((((....))))))))..))).......))))))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((..(((((((..((((..(((...)))..))))..)))..))))..))))......((((.((.((((((((....))))))))...))..)))).))))))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((..(((((((..((((..(((...)))..))))..)))..))))..))))(((.((..(((...((((((((....))))))))..))).)).)))))))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((..((...((((.(((......)))))))...))..).)))))...................)).((((..)))))))).(((......)))))))))))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....((((..(((((((..((((..(((...)))..))))..)))..))))..))))(((.((..(((...((((((((....))))))))..))).)).)))))))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((((....((((..(((((((..((((..(((...)))..))))..)))..))))..))))........(((...(..(((((....)))))..)..))).......))))))..))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((.((((.(((((.((((....)))).(((((((.......)))))))...))))).(((.........))).)))).(((....))).((((.....))))...))))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((......((((((((((....)))))....(((.......))).......))))).(((.........))).....((((....)))).(((.....)))....))))))))))..

^top