CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01533



RNA: CRW_01533
Rfam family: 5S_rRNA

GCCUACGACUAUACCACCAUGAAUACACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUUAAGUAUGGUAGGGCCGGGUCAGUACCUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAACACCCGGUGUUGUAGGCCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).((((..............((....))............))))............
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..((.((((((..((....))..))))..))))..)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((((((....)))))))))...))))))))))))))))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((.[[[[[[[[...))))........))))))...(((((((.......]]]]]]]]...............))))))))))))))))..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).))(((((.......((.((.(((....))))).))......))))))))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).)))))))))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((..(((((((((((((..)))))))))))))))))))))))))))((((((..(((((((((((((..)))))))))))))))))))..))))))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))))))))..)))))))).)))))))))..
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).)))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((..(((..)))..))))........))))))....((((((....)))))).((((((............))))))..)))))))))..
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....(((((((.....................................))))).))((((........((.((..((....)).)).)).......))))))))))))...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...)))))))))))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))..
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((......((((((.(......)...))))..)).....))))).)).(((((......(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)).)..)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))....((((((...(((((....)))))...))))))...........)))))))))..
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((...........(((....))).........))))))))))))))))..
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((((........((((............))))..(.....))))))...(((.........((.((..((....)).)).))........))))))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).)))))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((.(..)(.(((.(.(...((((((((..((.((......))..))..))))).))).))))).))))..(((((.((.......))))))).).)))))))))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))).).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((..(..((....))..)..)).))))))))))))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))....((((((....))))))...(((....))).(((....)))...)))))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((...((((......))))....(((...(((............)))....((((((....)))))).))))))...(((.(((....)))))))))))))))..