RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01535

RNA: CRW_01535
Rfam family: 5S_rRNA

			GUCUACGGCCAUACCACCGGGAAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCCCGGUAGGGCCAGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCUGGUGCUGUAGACUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).((((.............(((....)))...........))))............
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((((((....)))))))))...))))))))))))))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((...(....)...))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......(((((.......))))).(((((((((..............[[[[(....{{{{{{{......))))))))).......)]]]]...}}}}}}})))))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((......((((.(((....))).))))....))))))))))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))))))))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((...((((...))))((((((((((((....)))))))))).)).))))))(((((((((.((((((((.(((..)))))))))))))))))))))))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((((((.((....))))))))....))))))))))))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))))))))..))))))))))))))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((...(....)...))))..)))...)))))).))(((((((...(.(((((.(((....)))))).)).).))))))))))))))))..
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.......(((((.......((((((((((((((..((((..........))))....[[[[[[......))))))))).))))))))))....]]]]]].)))))))))..
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...................((((((......))..)))).................(((((.......((.((..((....)).)).))......))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((.((((((.bb.b(.[[[[[[[[[[[[[(aa.aa((..))...)))))){{(<<<<<<<)A))).)AAA]]]]].]]]]])>>]]]B..>>>>>}})))))))))BB
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...)))))))))))))))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((((......((((((((......))..))))..)).....))))).)).(((((......(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((.(......((.(((....)))))......))))))).)))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((((.......((((((((((((((.............((((....))))...........))))))))).)))))..........)))))))))))))))..
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((............)))))...))))))))))))))))..
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((((........((((((......))..))))..(.....)))))).))(((((.......((.((..((....)).)).))......))))))))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))))))))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((........(((..((....))..))).........)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(.((...))).))).))))..((.((........).).))((((.(((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))).))))..))))))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((...........................................)).))((.(((...(..((.((.(((....))))).))...).))).)))))))))))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((.....((..(..((....))..)..))...))))))))))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......(((((.......)))))....(((((..............((((....))))..(((....)))))))).(((....))).(((....)))...)))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......(((..........((((.{{{{{{.....))))..[[[[.((((}}}.))))(((((....)))))}}})))]]]].(((.(((....)))))))))))))))..

---